data_SMR-a6a64d132c41e461233ab8f7a37a299d_4 _entry.id SMR-a6a64d132c41e461233ab8f7a37a299d_4 _struct.entry_id SMR-a6a64d132c41e461233ab8f7a37a299d_4 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - Q93074 (isoform 2)/ MED12_HUMAN, Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 12 Estimated model accuracy of this model is 0.0, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries Q93074 (isoform 2)' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 282412.756 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP MED12_HUMAN Q93074 1 ;MAAFGILSYEHRPLKRPRLGPPDVYPQDPKQKEDELTALNVKQGFNNQPAVSGDEHGSAKNVSFNPAKIS SNFSSIIAEKLRCNTLPDTGRRKPQVNQKDNFWLVTARSQSAINTWFTDLAGTKPLTQLAKKVPIFSKKE EVFGYLAKYTVPVMRAAWLIKMTCAYYAAISETKVKKRHVDPFMEWTQIITKYLWEQLQKMAEYYRPGPA GSGGCGSTIGPLPHDVEVAIRQWDYTEKLAMFMFQDGMLDRHEFLTWVLECFEKIRPGEDELLKLLLPLL LRYSGEFVQSAYLSRRLAYFCTRRLALQLDGVSSHSSHVISAQSTSTLPTTPAPQPPTSSTPSTPFSDLL MCPQHRPLVFGLSCILQTILLCCPSALVWHYSLTDSRIKTGSPLDHLPIAPSNLPMPEGNSAFTQQVRAK LREIEQQIKERGQAVEVRWSFDKCQEATAGFTIGRVLHTLEVLDSHSFERSDFSNSLDSLCNRIFGLGPS KDGHEISSDDDAVVSLLCEWAVSCKRSGRHRAMVVAKLLEKRQAEIEAERCGESEAADEKGSIASGSLSA PSAPIFQDVLLQFLDTQAPMLTDPRSESERVEFFNLVLLFCELIRHDVFSHNMYTCTLISRGDLAFGAPG PRPPSPFDDPADDPEHKEAEGSSSSKLEDPGLSESMDIDPSSSVLFEDMEKPDFSLFSPTMPCEGKGSPS PEKPDVEKEVKPPPKEKIEGTLGVLYDQPRHVQYATHFPIPQEESCSHECNQRLVVLFGVGKQRDDARHA IKKITKDILKVLNRKGTAETDQLAPIVPLNPGDLTFLGGEDGQKRRRNRPEAFPTAEDIFAKFQHLSHYD QHQVTAQVSRNVLEQITSFALGMSYHLPLVQHVQFIFDLMEYSLSISGLIDFAIQLLNELSVVEAELLLK SSDLVGSYTTSLCLCIVAVLRHYHACLILNQDQMAQVFEGLCGVVKHGMNRSDGSSAERCILAYLYDLYT SCSHLKNKFGELFSDFCSKVKNTIYCNVEPSESNMRWAPEFMIDTLENPAAHTFTYTGLGKSLSENPANR YSFVCNALMHVCVGHHDPDRVNDIAILCAELTGYCKSLSAEWLGVLKALCCSSNNGTCGFNDLLCNVDVS DLSFHDSLATFVAILIARQCLLLEDLIRCAAIPSLLNAACSEQDSEPGARLTCRILLHLFKTPQLNPCQS DGNKPTVGIRSSCDRHLLAASQNRIVDGAVFAVLKAVFVLGDAELKGSGFTVTGGTEELPEEEGGGGSGG RRQGGRNISVETASLDVYAKYVLRSICQQEWVGERCLKSLCEDSNDLQDPVLSSAQAQRLMQLICYPHRL LDNEDGENPQRQRIKRILQNLDQWTMRQSSLELQLMIKQTPNNEMNSLLENIAKATIEVFQQSAETGSSS GSTASNMPSSSKTKPVLSSLERSGVWLVAPLIAKLPTSVQGHVLKAAGEELEKGQHLGSSSRKERDRQKQ KSMSLLSQQPFLSLVLTCLKGQDEQREGLLTSLYSQVHQIVNNWRDDQYLDDCKPKQLMHEALKLRLNLV GGMFDTVQRSTQQTTEWAMLLLEIIISGTVDMQSNNELFTTVLDMLSVLINGTLAADMSSISQGSMEENK RAYMNLAKKLQKELGERQSDSLEKVRQLLPLPKQTRDVITCEPQGSLIDTKGNKIAGFDSIFKKEGLQVS TKQKISPWDLFEGLKPSAPLSWGWFGTVRVDRRVARGEEQQRLLLYHTHLRPRPRAYYLEPLPLPPEDEE PPAPTLLEPEKKAPEPPKTDKPGAAPPSTEERKKKSTKGKKRSQPATKTEDYGMGPGRSGPYGVTVPPDL LHHPNPGSITHLNYRQGSIGLYTQNQPLPAGGPRVDPYRPVRLPMQKLPTRPTYPGVLPTTMTGVMGLEP SSYKTSVYRQQQPAVPQGQRLRQQLQSQGMLGQSSVHQMTPSSSYGLQTSQGYTPYVSHVGLQQHTGPAG TMVPPSYSSQPYQSTHPSTNPTLVDPTRHLQQRPSGYVHQQAPTYGHGLTSTQRFSHQTLQQTPMISTMT PMSAQGVQAGVRSTAILPEQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQYHIRQQQQQQILRQQQQQQQQQQQQ QQQQQQQQQQQQQQHQQQQQQQAAPPQPQPQSQPQFQRQGLQQTQQQQQTAALVRQLQQQLSNTQPQPST NIFGRY ; 'Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 12' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 2176 1 2176 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . MED12_HUMAN Q93074 Q93074-2 1 2176 9606 'Homo sapiens (Human)' 2008-10-14 440A5E60BA3E7273 # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no F ;MAAFGILSYEHRPLKRPRLGPPDVYPQDPKQKEDELTALNVKQGFNNQPAVSGDEHGSAKNVSFNPAKIS SNFSSIIAEKLRCNTLPDTGRRKPQVNQKDNFWLVTARSQSAINTWFTDLAGTKPLTQLAKKVPIFSKKE EVFGYLAKYTVPVMRAAWLIKMTCAYYAAISETKVKKRHVDPFMEWTQIITKYLWEQLQKMAEYYRPGPA GSGGCGSTIGPLPHDVEVAIRQWDYTEKLAMFMFQDGMLDRHEFLTWVLECFEKIRPGEDELLKLLLPLL LRYSGEFVQSAYLSRRLAYFCTRRLALQLDGVSSHSSHVISAQSTSTLPTTPAPQPPTSSTPSTPFSDLL MCPQHRPLVFGLSCILQTILLCCPSALVWHYSLTDSRIKTGSPLDHLPIAPSNLPMPEGNSAFTQQVRAK LREIEQQIKERGQAVEVRWSFDKCQEATAGFTIGRVLHTLEVLDSHSFERSDFSNSLDSLCNRIFGLGPS KDGHEISSDDDAVVSLLCEWAVSCKRSGRHRAMVVAKLLEKRQAEIEAERCGESEAADEKGSIASGSLSA PSAPIFQDVLLQFLDTQAPMLTDPRSESERVEFFNLVLLFCELIRHDVFSHNMYTCTLISRGDLAFGAPG 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F . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'E1A-binding protein p400 {PDB ID=9c62, label_asym_id=F, auth_asym_id=G, SMTL ID=9c62.1.F}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 9c62, label_asym_id=F' 'target-template alignment' . 4 'model 4' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-12-04 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-11-29 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A F 3 1 G # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;MHHGTGPQNVQHQLQRSRACPGSEGEEQPAHPNPPPSPAAPFAPSASPSAPQSPSYQIQQLMNRSPATGQ NVNITLQSVGPVVGGNQQITLAPLPLPSPTSPGFQFSAQPRRFEHGSPSYIQVTSPLSQQVQTQSPTQPS PGPGQALQNVRAGAPGPGLGLCSSSPTGGFVDASVLVRQISLSPSSGGHFVFQDGSGLTQIAQGAQVQLQ HPGTPITVRERRPSQPHTQSGGTIHHLGPQSPAAAGGAGLQPLASPSHITTANLPPQISSIIQGQLVQQQ QVLQGPPLPRPLGFERTPGVLLPGAGGAAGFGMTSPPPPTSPSRTAVPPGLSSLPLTSVGNTGMKKVPKK LEEIPPASPEMAQMRKQCLDYHYQEMQALKEVFKEYLIELFFLQHFQGNMMDFLAFKKKHYAPLQAYLRQ NDLDIEEEEEEEEEEEEKSEVINDEVKVVTGKDGQTGTPVAIATQLPPKVSAAFSSQQQPFQQALAGSLV AGAGSTVETDLFKRQQAMPSTGMAEQSKRPRLEVGHQGVVFQHPGADAGVPLQQLMPTAQGGMPPTPQAA QLAGQRQSQQQYDPSTGPPVQNAASLHTPLPQLPGRLPPAGVPTAALSSALQFAQQPQVVEAQTQLQIPV KTQQPNVPIPAPPSSQLPIPPSQPAQLALHVPTPGKVQVQASQLSSLPQMVASTRLPVDPAPPCPRPLPT SSTSSLAPVSGSGPGPSPARSSPVNRPSSATNKALSPVTSRTPGVVASAPTKPQSPAQNATSSQDSSQDT LTEQITLENQVHQRIAELRKAGLWSQRRLPKLQEAPRPKSHWDYLLEEMQWMATDFAQERRWKVAAAKKL VRTVVRHHEEKQLREERGKKEEQSRLRRIAASTAREIECFWSNIEQVVEIKLRVELEEKRKKALNLQKVS RRGKELRPKGFDALQESSLDSGMSGRKRKASISLTDDEVDDEEETIEEEEANEGVVDHQTELSNLAKEAE LPLLDLMKLYEGAFLPSSQWPRPKPDGEDTSGEEDADDCPGDRESRKDLVLIDSLFIMDQFKAAERMNIG KPNAKDIADVTAVAEAILPKGSARVTTSVKFNAPSLLYGALRDYQKIGLDWLAKLYRKNLNGILADEAGL GKTVQIIAFFAHLACNEGNWGPHLVVVRSCNILKWELELKRWCPGLKILSYIGSHRELKAKRQEWAEPNS FHVCITSYTQFFRGLTAFTRVRWKCLVIDEMQRVKGMTERHWEAVFTLQSQQRLLLIDSPLHNTFLELWT MVHFLVPGISRPYLSSPLRAPSEESQDYYHKVVIRLHRVTQPFILRRTKRDVEKQLTKKYEHVLKCRLSN RQKALYEDVILQPGTQEALKSGHFVNVLSILVRLQRICNHPGLVEPRHPGSSYVAGPLEYPSASLILKAL ERDFWKEADLSMFDLIGLENKITRHEAELLSKKKIPRKLMEEISTSAAPAARPAAAKLKASRLFQPVQYG QKPEGRTVAFPSTHPPRTAAPTTASAAPQGPLRGRPPIATFSANPEAKAAAAPFQTSQASASAPRHQPAS ASSTAASPAHPAKLRAQTTAQASTPGQPPPQPQAPSHAAGQSALPQRLVLPSQAQARLPSGEVVKIAQLA SITGPQSRVAQPETPVTLQFQGSKFTLSHSQLRQLTAGQPLQLQGSVLQIVSAPGQPYLRAPGPVVMQTV SQAGAVHGALGSKPPAGGPSPAPLTPQVGVPGRVAVNALAVGEPGTASKPASPIGGPTQEEKTRLLKERL DQIYLVNERRCSQAPVYGRDLLRICALPSHGRVQWRGSLDGRRGKEAGPAHSYTSSSESPSELMLTLCRC GESLQDVIDRVAFVIPPVVAAPPSLRVPRPPPLYSHRMRILRQGLREHAAPYFQQLRQTTAPRLLQFPEL RLVQFDSGKLEALAILLQKLKSEGRRVLILSQMILMLDILEMFLNFHYLTYVRIDENASSEQRQELMRSF NRDRRIFCAILSTHSRTTGINLVEADTVVFYDNDLNPVMDAKAQEWCDRIGRCKDIHIYRLVSGNSIEEK LLKNGTKDLIREVAAQGNDYSMAFLTQRTIQELFEVYSPMDDAGFPVKAEEFVVLSQEPSVTETIAPKIA RPFIEALKSIEYLEEDAQKSAQEGVLGPHTDALSSDSENMPCDEEPSQLEELADFMEQLTPIEKYALNYL ELFHTSIEQEKERNSEDAVMTAVRAWEFWNLKTLQEREARLRLEQEEAELLTYTREDAYSMEYVYEDVDG QTEVMPLWTPPTPPQDDSDIYLDSVMCLMYEATPIPEAKLPPVYVRKERKRHKTDPSAAGRKKKQRHGEA VVPPRSLFDRATPGLLKIRREGKEQKKNILLKQQVPFAKPLPTFAKPTAEPGQDNPEWLISEDWALLQAV KQLLELPLNLTIVSPAHTPNWDLVSDVVNSCSRIYRSSKQCRNRYENVIIPREEGKSKNNRPLRTSQIYA QDENATHTQLYTSHFDLMKMTAGKRSPPIKPLLGMNPFQKNPKHASVLAESGINYDKPLPPIQVASLRAE RIAKEKKALADQQKAQQPAVAQPPPPQPQPPPPPQQPPPPLPQPQAAGSQPPAGPPAVQPQPQPQPQTQP QPVQAPAKAQPAITTGGSAAVLAGTIKTSVTGTSMPTGAVSGNVIVNTIAGVPAATFQSINKRLASPVAP GALTTPGGSAPAQVVHTQPPPRAVGSPATATPDLVSMATTQGVRAVTSVTASAVVTTNLTPVQTPARSLV PQVSQATGVQLPGKTITPAHFQLLRQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQTTTTSQVQVPQIQGQA QSPAQIKAVGKLTPEHLIKMQKQKLQMPPQPPPPQAQSAPPQPTAQVQVQTSQPPQQQSPQLTTVTAPRP GALLTGTTVANLQVARLTRVPTSQLQAQGQMQTQAPQPAQVALAKPPVVSVPAAVVSSPGVTTLPMNVAG ISVAIGQPQKAAGQTVVAQPVHMQQLLKLKQQAVQQQKAIQPQAAQGPAAVQQKITAQQITTPGAQQKVA YAAQPALKTQFLTTPISQAQKLAGAQQVQTQIQVAKLPQVVQQQTPVASIQQVASASQQASPQTVALTQA TAAGQQVQMIPAVTATAQVVQQKLIQQQVVTTASAPLQTPGAPNPAQVPASSDSPSQQPKLQMRVPAVRL KTPTKPPCQ ; ;MHHGTGPQNVQHQLQRSRACPGSEGEEQPAHPNPPPSPAAPFAPSASPSAPQSPSYQIQQLMNRSPATGQ NVNITLQSVGPVVGGNQQITLAPLPLPSPTSPGFQFSAQPRRFEHGSPSYIQVTSPLSQQVQTQSPTQPS PGPGQALQNVRAGAPGPGLGLCSSSPTGGFVDASVLVRQISLSPSSGGHFVFQDGSGLTQIAQGAQVQLQ HPGTPITVRERRPSQPHTQSGGTIHHLGPQSPAAAGGAGLQPLASPSHITTANLPPQISSIIQGQLVQQQ QVLQGPPLPRPLGFERTPGVLLPGAGGAAGFGMTSPPPPTSPSRTAVPPGLSSLPLTSVGNTGMKKVPKK LEEIPPASPEMAQMRKQCLDYHYQEMQALKEVFKEYLIELFFLQHFQGNMMDFLAFKKKHYAPLQAYLRQ NDLDIEEEEEEEEEEEEKSEVINDEVKVVTGKDGQTGTPVAIATQLPPKVSAAFSSQQQPFQQALAGSLV AGAGSTVETDLFKRQQAMPSTGMAEQSKRPRLEVGHQGVVFQHPGADAGVPLQQLMPTAQGGMPPTPQAA QLAGQRQSQQQYDPSTGPPVQNAASLHTPLPQLPGRLPPAGVPTAALSSALQFAQQPQVVEAQTQLQIPV KTQQPNVPIPAPPSSQLPIPPSQPAQLALHVPTPGKVQVQASQLSSLPQMVASTRLPVDPAPPCPRPLPT SSTSSLAPVSGSGPGPSPARSSPVNRPSSATNKALSPVTSRTPGVVASAPTKPQSPAQNATSSQDSSQDT LTEQITLENQVHQRIAELRKAGLWSQRRLPKLQEAPRPKSHWDYLLEEMQWMATDFAQERRWKVAAAKKL VRTVVRHHEEKQLREERGKKEEQSRLRRIAASTAREIECFWSNIEQVVEIKLRVELEEKRKKALNLQKVS RRGKELRPKGFDALQESSLDSGMSGRKRKASISLTDDEVDDEEETIEEEEANEGVVDHQTELSNLAKEAE LPLLDLMKLYEGAFLPSSQWPRPKPDGEDTSGEEDADDCPGDRESRKDLVLIDSLFIMDQFKAAERMNIG KPNAKDIADVTAVAEAILPKGSARVTTSVKFNAPSLLYGALRDYQKIGLDWLAKLYRKNLNGILADEAGL GKTVQIIAFFAHLACNEGNWGPHLVVVRSCNILKWELELKRWCPGLKILSYIGSHRELKAKRQEWAEPNS FHVCITSYTQFFRGLTAFTRVRWKCLVIDEMQRVKGMTERHWEAVFTLQSQQRLLLIDSPLHNTFLELWT MVHFLVPGISRPYLSSPLRAPSEESQDYYHKVVIRLHRVTQPFILRRTKRDVEKQLTKKYEHVLKCRLSN RQKALYEDVILQPGTQEALKSGHFVNVLSILVRLQRICNHPGLVEPRHPGSSYVAGPLEYPSASLILKAL ERDFWKEADLSMFDLIGLENKITRHEAELLSKKKIPRKLMEEISTSAAPAARPAAAKLKASRLFQPVQYG QKPEGRTVAFPSTHPPRTAAPTTASAAPQGPLRGRPPIATFSANPEAKAAAAPFQTSQASASAPRHQPAS ASSTAASPAHPAKLRAQTTAQASTPGQPPPQPQAPSHAAGQSALPQRLVLPSQAQARLPSGEVVKIAQLA SITGPQSRVAQPETPVTLQFQGSKFTLSHSQLRQLTAGQPLQLQGSVLQIVSAPGQPYLRAPGPVVMQTV SQAGAVHGALGSKPPAGGPSPAPLTPQVGVPGRVAVNALAVGEPGTASKPASPIGGPTQEEKTRLLKERL DQIYLVNERRCSQAPVYGRDLLRICALPSHGRVQWRGSLDGRRGKEAGPAHSYTSSSESPSELMLTLCRC GESLQDVIDRVAFVIPPVVAAPPSLRVPRPPPLYSHRMRILRQGLREHAAPYFQQLRQTTAPRLLQFPEL RLVQFDSGKLEALAILLQKLKSEGRRVLILSQMILMLDILEMFLNFHYLTYVRIDENASSEQRQELMRSF NRDRRIFCAILSTHSRTTGINLVEADTVVFYDNDLNPVMDAKAQEWCDRIGRCKDIHIYRLVSGNSIEEK LLKNGTKDLIREVAAQGNDYSMAFLTQRTIQELFEVYSPMDDAGFPVKAEEFVVLSQEPSVTETIAPKIA RPFIEALKSIEYLEEDAQKSAQEGVLGPHTDALSSDSENMPCDEEPSQLEELADFMEQLTPIEKYALNYL ELFHTSIEQEKERNSEDAVMTAVRAWEFWNLKTLQEREARLRLEQEEAELLTYTREDAYSMEYVYEDVDG QTEVMPLWTPPTPPQDDSDIYLDSVMCLMYEATPIPEAKLPPVYVRKERKRHKTDPSAAGRKKKQRHGEA VVPPRSLFDRATPGLLKIRREGKEQKKNILLKQQVPFAKPLPTFAKPTAEPGQDNPEWLISEDWALLQAV KQLLELPLNLTIVSPAHTPNWDLVSDVVNSCSRIYRSSKQCRNRYENVIIPREEGKSKNNRPLRTSQIYA QDENATHTQLYTSHFDLMKMTAGKRSPPIKPLLGMNPFQKNPKHASVLAESGINYDKPLPPIQVASLRAE RIAKEKKALADQQKAQQPAVAQPPPPQPQPPPPPQQPPPPLPQPQAAGSQPPAGPPAVQPQPQPQPQTQP QPVQAPAKAQPAITTGGSAAVLAGTIKTSVTGTSMPTGAVSGNVIVNTIAGVPAATFQSINKRLASPVAP GALTTPGGSAPAQVVHTQPPPRAVGSPATATPDLVSMATTQGVRAVTSVTASAVVTTNLTPVQTPARSLV PQVSQATGVQLPGKTITPAHFQLLRQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQTTTTSQVQVPQIQGQA QSPAQIKAVGKLTPEHLIKMQKQKLQMPPQPPPPQAQSAPPQPTAQVQVQTSQPPQQQSPQLTTVTAPRP GALLTGTTVANLQVARLTRVPTSQLQAQGQMQTQAPQPAQVALAKPPVVSVPAAVVSSPGVTTLPMNVAG ISVAIGQPQKAAGQTVVAQPVHMQQLLKLKQQAVQQQKAIQPQAAQGPAAVQQKITAQQITTPGAQQKVA YAAQPALKTQFLTTPISQAQKLAGAQQVQTQIQVAKLPQVVQQQTPVASIQQVASASQQASPQTVALTQA TAAGQQVQMIPAVTATAQVVQQKLIQQQVVTTASAPLQTPGAPNPAQVPASSDSPSQQPKLQMRVPAVRL KTPTKPPCQ ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 766 806 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 9c62 2024-09-11 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 2176 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 2181 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 1.1e-21 27.778 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MAAFGILSYEHRPLKRPRLGPPDVYPQDPKQKEDELTALNVKQGFNNQPAVSGDEHGSAKNVSFNPAKISSNFSSIIAEKLRCNTLPDTGRRKPQVNQKDNFWLVTARSQSAINTWFTDLAGTKPLTQLAKKVPIFSKKEEVFGYLAKYTVPVMRAAWLIKMTCAYYAAISETKVKKRHVDPFMEWTQIITKYLWEQLQKMAEYYRPGPAGSGGCGSTIGPLPHDVEVAIRQWDYTEKLAMFMFQDGMLDRHEFLTWVLECFEKIRPGEDELLKLLLPLLLRYSGEFVQSAYLSRRLAYFCTRRLALQLDGVSSHSSHVISAQSTSTLPTTPAPQPPTSSTPSTPFSDLLMCPQHRPLVFGLSCILQTILLCCPSALVWHYSLTDSRIKTGSPLDHLPIAPSNLPMPEGNSAFTQQVRAKLREIEQQIKERGQ--AVEVRWSF---DKCQEATAGFTIGRVLHTLEVLDSHSFERSDFSNSLDSLCNRIFGLGPSKDGHEISSDDDAVVSLLCEWAVSCKRSGRHRAMVVAKLLEKRQAEIEAERCGESEAADEKGSIASGSLSAPSAPIFQDVLLQFLDTQAPMLTDPRSESERVEFFNLVLLFCELIRHDVFSHNMYTCTLISRGDLAFGAPGPRPPSPFDDPADDPEHKEAEGSSSSKLEDPGLSESMDIDPSSSVLFEDMEKPDFSLFSPTMPCEGKGSPSPEKPDVEKEVKPPPKEKIEGTLGVLYDQPRHVQYATHFPIPQEESCSHECNQRLVVLFGVGKQRDDARHAIKKITKDILKVLNRKGTAETDQLAPIVPLNPGDLTFLGGEDGQKRRRNRPEAFPTAEDIFAKFQHLSHYDQHQVTAQVSRNVLEQITSFALGMSYHLPLVQHVQFIFDLMEYSLSISGLIDFAIQLLNELSVVEAELLLKSSDLVGSYTTSLCLCIVAVLRHYHACLILNQDQMAQVFEGLCGVVKHGMNRSDGSSAERCILAYLYDLYTSCSHLKNKFGELFSDFCSKVKNTIYCNVEPSESNMRWAPEFMIDTLENPAAHTFTYTGLGKSLSENPANRYSFVCNALMHVCVGHHDPDRVNDIAILCAELTGYCKSLSAEWLGVLKALCCSSNNGTCGFNDLLCNVDVSDLSFHDSLATFVAILIARQCLLLEDLIRCAAIPSLLNAACSEQDSEPGARLTCRILLHLFKTPQLNPCQSDGNKPTVGIRSSCDRHLLAASQNRIVDGAVFAVLKAVFVLGDAELKGSGFTVTGGTEELPEEEGGGGSGGRRQGGRNISVETASLDVYAKYVLRSICQQEWVGERCLKSLCEDSNDLQDPVLSSAQAQRLMQLICYPHRLLDNEDGENPQRQRIKRILQNLDQWTMRQSSLELQLMIKQTPNNEMNSLLENIAKATIEVFQQSAETGSSSGSTASNMPSSSKTKPVLSSLERSGVWLVAPLIAKLPTSVQGHVLKAAGEELEKGQHLGSSSRKERDRQKQKSMSLLSQQPFLSLVLTCLKGQDEQREGLLTSLYSQVHQIVNNWRDDQYLDDCKPKQLMHEALKLRLNLVGGMFDTVQRSTQQTTEWAMLLLEIIISGTVDMQSNNELFTTVLDMLSVLINGTLAADMSSISQGSMEENKRAYMNLAKKLQKELGERQSDSLEKVRQLLPLPKQTRDVITCEPQGSLIDTKGNKIAGFDSIFKKEGLQVSTKQKISPWDLFEGLKPSAPLSWGWFGTVRVDRRVARGEEQQRLLLYHTHLRPRPRAYYLEPLPLPPEDEEPPAPTLLEPEKKAPEPPKTDKPGAAPPSTEERKKKSTKGKKRSQPATKTEDYGMGPGRSGPYGVTVPPDLLHHPNPGSITHLNYRQGSIGLYTQNQPLPAGGPRVDPYRPVRLPMQKLPTRPTYPGVLPTTMTGVMGLEPSSYKTSVYRQQQPAVPQGQRLRQQLQSQGMLGQSSVHQMTPSSSYGLQTSQGYTPYVSHVGLQQHTGPAGTMVPPSYSSQPYQSTHPSTNPTLVDPTRHLQQRPSGYVHQQAPTYGHGLTSTQRFSHQTLQQTPMISTMTPMSAQGVQAGVRSTAILPEQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQYHIRQQQQQQILRQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQHQQQQQQQAAPPQPQPQSQPQFQRQGLQQTQQQQQTAALVRQLQQQLSNTQPQPSTNIFGRY 2 1 2 ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------SSQDTLTEQITLENQVHQRIAELRKAGLWSQRRLPKLQEAP------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL {QSQE=0.000}' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 9c62.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 4' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . 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'pLDDT all-atom in [0,1]' local . 5 2 QMEANDisCo 'Predicted accuracy according to all-atom lDDT in [0,1].' 'pLDDT all-atom in [0,1]' global . 5 3 GMQE 'Global Model Quality Estimate of the model accuracy, calculated by SWISS-MODEL.' 'normalized score' global . 6 # # loop_ _ma_qa_metric_global.ordinal_id _ma_qa_metric_global.model_id _ma_qa_metric_global.metric_id _ma_qa_metric_global.metric_value 1 1 2 0.541 2 1 3 0 # # loop_ _ma_qa_metric_local.ordinal_id _ma_qa_metric_local.model_id _ma_qa_metric_local.label_asym_id _ma_qa_metric_local.label_seq_id _ma_qa_metric_local.label_comp_id _ma_qa_metric_local.metric_id _ma_qa_metric_local.metric_value 1 1 A 423 GLU 1 0.810 2 1 A 424 ILE 1 0.830 3 1 A 425 GLU 1 0.740 4 1 A 426 GLN 1 0.820 5 1 A 427 GLN 1 0.750 6 1 A 428 ILE 1 0.800 7 1 A 429 LYS 1 0.810 8 1 A 430 GLU 1 0.760 9 1 A 431 ARG 1 0.650 10 1 A 432 GLY 1 0.710 11 1 A 433 GLN 1 0.640 12 1 A 434 ALA 1 0.740 13 1 A 435 VAL 1 0.490 14 1 A 436 GLU 1 0.430 15 1 A 437 VAL 1 0.630 16 1 A 438 ARG 1 0.360 17 1 A 439 TRP 1 0.220 18 1 A 440 SER 1 0.270 19 1 A 441 PHE 1 0.390 20 1 A 442 ASP 1 0.220 21 1 A 443 LYS 1 0.450 22 1 A 444 CYS 1 0.150 23 1 A 445 GLN 1 0.250 24 1 A 446 GLU 1 0.270 25 1 A 447 ALA 1 0.550 26 1 A 448 THR 1 0.330 # # loop_ _pdbx_data_usage.id _pdbx_data_usage.type _pdbx_data_usage.details _pdbx_data_usage.url 1 license ;This SWISS-MODEL protein model is copyright. It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #