data_SMR-f477776e4ccf295fa175dcd23bb9df56_3 _entry.id SMR-f477776e4ccf295fa175dcd23bb9df56_3 _struct.entry_id SMR-f477776e4ccf295fa175dcd23bb9df56_3 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - Q9UHV7/ MED13_HUMAN, Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 13 Estimated model accuracy of this model is 0.361, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries Q9UHV7' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 5 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 278685.945 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP MED13_HUMAN Q9UHV7 1 ;MSASFVPNGASLEDCHCNLFCLADLTGIKWKKYVWQGPTSAPILFPVTEEDPILSSFSRCLKADVLGVWR RDQRPGRRELWIFWWGEDPSFADLIHHDLSEEEDGVWENGLSYECRTLLFKAVHNLLERCLMNRNFVRIG KWFVKPYEKDEKPINKSEHLSCSFTFFLHGDSNVCTSVEINQHQPVYLLSEEHITLAQQSNSPFQVILCP FGLNGTLTGQAFKMSDSATKKLIGEWKQFYPISCCLKEMSEEKQEDMDWEDDSLAAVEVLVAGVRMIYPA CFVLVPQSDIPTPSPVGSTHCSSSCLGVHQVPASTRDPAMSSVTLTPPTSPEEVQTVDPQSVQKWVKFSS VSDGFNSDSTSHHGGKIPRKLANHVVDRVWQECNMNRAQNKRKYSASSGGLCEEATAAKVASWDFVEATQ RTNCSCLRHKNLKSRNAGQQGQAPSLGQQQQILPKHKTNEKQEKSEKPQKRPLTPFHHRVSVSDDVGMDA DSASQRLVISAPDSQVRFSNIRTNDVAKTPQMHGTEMANSPQPPPLSPHPCDVVDEGVTKTPSTPQSQHF YQMPTPDPLVPSKPMEDRIDSLSQSFPPQYQEAVEPTVYVGTAVNLEEDEANIAWKYYKFPKKKDVEFLP PQLPSDKFKDDPVGPFGQESVTSVTELMVQCKKPLKVSDELVQQYQIKNQCLSAIASDAEQEPKIDPYAF VEGDEEFLFPDKKDRQNSEREAGKKHKVEDGTSSVTVLSHEEDAMSLFSPSIKQDAPRPTSHARPPSTSL IYDSDLAVSYTDLDNLFNSDEDELTPGSKKSANGSDDKASCKESKTGNLDPLSCISTADLHKMYPTPPSL EQHIMGFSPMNMNNKEYGSMDTTPGGTVLEGNSSSIGAQFKIEVDEGFCSPKPSEIKDFSYVYKPENCQI LVGCSMFAPLKTLPSQYLPPIKLPEECIYRQSWTVGKLELLSSGPSMPFIKEGDGSNMDQEYGTAYTPQT HTSFGMPPSSAPPSNSGAGILPSPSTPRFPTPRTPRTPRTPRGAGGPASAQGSVKYENSDLYSPASTPST CRPLNSVEPATVPSIPEAHSLYVNLILSESVMNLFKDCNFDSCCICVCNMNIKGADVGVYIPDPTQEAQY RCTCGFSAVMNRKFGNNSGLFLEDELDIIGRNTDCGKEAEKRFEALRATSAEHVNGGLKESEKLSDDLIL LLQDQCTNLFSPFGAADQDPFPKSGVISNWVRVEERDCCNDCYLALEHGRQFMDNMSGGKVDEALVKSSC LHPWSKRNDVSMQCSQDILRMLLSLQPVLQDAIQKKRTVRPWGVQGPLTWQQFHKMAGRGSYGTDESPEP LPIPTFLLGYDYDYLVLSPFALPYWERLMLEPYGSQRDIAYVVLCPENEALLNGAKSFFRDLTAIYESCR LGQHRPVSRLLTDGIMRVGSTASKKLSEKLVAEWFSQAADGNNEAFSKLKLYAQVCRYDLGPYLASLPLD SSLLSQPNLVAPTSQSLITPPQMTNTGNANTPSATLASAASSTMTVTSGVAISTSVATANSTLTTASTSS SSSSNLNSGVSSNKLPSFPPFGSMNSNAAGSMSTQANTVQSGQLGGQQTSALQTAGISGESSSLPTQPHP DVSESTMDRDKVGIPTDGDSHAVTYPPAIVVYIIDPFTYENTDESTNSSSVWTLGLLRCFLEMVQTLPPH IKSTVSVQIIPCQYLLQPVKHEDREIYPQHLKSLAFSAFTQCRRPLPTSTNVKTLTGFGPGLAMETALRS PDRPECIRLYAPPFILAPVKDKQTELGETFGEAGQKYNVLFVGYCLSHDQRWILASCTDLYGELLETCII NIDVPNRARRKKSSARKFGLQKLWEWCLGLVQMSSLPWRVVIGRLGRIGHGELKDWSCLLSRRNLQSLSK RLKDMCRMCGISAADSPSILSACLVAMEPQGSFVIMPDSVSTGSVFGRSTTLNMQTSQLNTPQDTSCTHI LVFPTSASVQVASATYTTENLDLAFNPNNDGADGMGIFDLLDTGDDLDPDIINILPASPTGSPVHSPGSH YPHGGDAGKGQSTDRLLSTEPHEEVPNILQQPLALGYFVSTAKAGPLPDWFWSACPQAQYQCPLFLKASL HLHVPSVQSDELLHSKHSHPLDSNQTSDVLRFVLEQYNALSWLTCDPATQDRRSCLPIHFVVLNQLYNFI MNML ; 'Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 13' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 2174 1 2174 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . MED13_HUMAN Q9UHV7 . 1 2174 9606 'Homo sapiens (Human)' 2011-01-11 0FA54C84FE2C91E2 # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no Z ;MSASFVPNGASLEDCHCNLFCLADLTGIKWKKYVWQGPTSAPILFPVTEEDPILSSFSRCLKADVLGVWR RDQRPGRRELWIFWWGEDPSFADLIHHDLSEEEDGVWENGLSYECRTLLFKAVHNLLERCLMNRNFVRIG KWFVKPYEKDEKPINKSEHLSCSFTFFLHGDSNVCTSVEINQHQPVYLLSEEHITLAQQSNSPFQVILCP FGLNGTLTGQAFKMSDSATKKLIGEWKQFYPISCCLKEMSEEKQEDMDWEDDSLAAVEVLVAGVRMIYPA CFVLVPQSDIPTPSPVGSTHCSSSCLGVHQVPASTRDPAMSSVTLTPPTSPEEVQTVDPQSVQKWVKFSS VSDGFNSDSTSHHGGKIPRKLANHVVDRVWQECNMNRAQNKRKYSASSGGLCEEATAAKVASWDFVEATQ RTNCSCLRHKNLKSRNAGQQGQAPSLGQQQQILPKHKTNEKQEKSEKPQKRPLTPFHHRVSVSDDVGMDA DSASQRLVISAPDSQVRFSNIRTNDVAKTPQMHGTEMANSPQPPPLSPHPCDVVDEGVTKTPSTPQSQHF YQMPTPDPLVPSKPMEDRIDSLSQSFPPQYQEAVEPTVYVGTAVNLEEDEANIAWKYYKFPKKKDVEFLP 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Z . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 13 {PDB ID=8t1l, label_asym_id=Z, auth_asym_id=9, SMTL ID=8t1l.1.Z}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by BLAST to 8t1l, label_asym_id=Z' 'target-template alignment' . 4 'model 3' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-12-04 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-11-29 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A Z 26 1 9 # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;MSSSFVSNGASLEDCHCNLFCLADLTGIKWKRYVWQGPTSAPILFPVTEEDPILSSFSRCLKADVLGVWR RDQRPGRRELWIFWWGKDPNFADLIHHDLSEEEDGVWENGLSYECRTLLFKAVHNLLERCLMNRNFVRIG KWFVKPYEKDEKPINKSEHLSCSFTFFLHGDSNVCTSVEINQHQPVYLLSEEHVTLAQQSNSPFQVILSP FGLNGTLTGQAFKMSDSATKKLIGEWKQFYPISCGLKEMSEEKQDDMDWEDDSLAAVEVLVAGVRMIYPA CFVLVPQSDIPAPSSVGASHCSASCLGIHQVPASTRDPAMSSVTLTPPTSPEEVQTVDPQSAQKWVKFSS VSDGFSTDSTSHHGGKIPRKLANHVVDRVWQECNMNRLQNKRKYSATSSGLCEEETADKIGCWDFVEATQ RTSCSCLRHKSLKTRNTGQQGQAPSLGQQQQVLPKHKTNEKQDKSEKPQKRPLTPFHHRVSVSDEIGMDT DSASQRLVISAADSQVRFSNIRTNDVAKTPQMHGTELANSPQPPPLSPHPCDVVDEGVTKTPSTPQSQHF YQMPTPDPLVPTKPMEDRIDSLSQSFPPPFQEAVEPTVYVGTAVSLEEDEANVAWKYYKVPKKKDVEFLP PQLPNDKFKDDPVGPFGQESVTSVTELMVQCKKPLKVSDEIVQQYQIKNQYLSAIASDTEQEPKIDPYAF VEGDEEFIFTDKKDRQNSEREAGKKHKVEDGTSAVTVLSHEEDAMSLFSPSKQDAPRPTNHARPPSTSLI YDSDLAVSYTDLDNLFNSDEDELTPGSKKSASGSDDKASSKESKTGNLDPLSCISTADLHKMYPTPPSLE QHIMGFSPMNMNNKEYGSVDTAPGGTVLEGNSSSVGTQFRIEVEEGFCSPKPSEIKDFSYVYKPENCQVL VGCSMFAPLKTLPSHCLPPIKLPEECVYRQSWTVGKLDLLPSGPSMPFIKEGDGSNLDQDYGPAYTPQTH ASFGMPPSSAPPSNGGAGILPSPSTPRFPTPRTPRTPRTPRGAGGPASAQGSVKYENSDLYSPASTPSTC RPLNSVEPATVPSIPEAHSLYVNLILSESVMNLFKDCNFDSCCICVCNMNIKGADVGVYIPDPTQEAQYR CTCGFSAVMNRKFGNNSGLFLEDELDIIGRNTDCGKEAEKRFEALRASSVENVNGGLKESEKVPDELILL LQDQCTNLFSPFGAADQDPFPKVGISSNWVRVEERDCCSDCCLALEHGRQFMDNMSGGKVDEALVRSSCL HPWAKQNDASVQCSQDILRMLLSLQPVLQDAIQKKRTVRPWGVQGPLTWQQFHKMAGRGSYGTDESPEPL PIPTFLLGYDYDFLVLSPFALPYWEKLMLEPYGSQRDIAYVVLCPENEALLNGARSFFRDLTAIYESCRL GQHRPISRLLTDGIMKVGATASKKLSEKFVTEWFSQAADGNNEAFSKLKLYAQVCRYDLGPYLASQPLDS SLLSQPNLVAPPNQSLVTAPQMTNTGNANAPSATLASAASSTMTMTSGVPISTSVATANSTLTTTSSSSS SSLSSGVSSNKLPSFPPFGSMNTSGTGSMSAQASTVQSGQLGGQQSSSLQAAGISGESASLPTQPHPDVS ESTMDRDKVGIPTDGDSHAITYPPAIVVYIIDPFTYENKDESTNSSNVWTLGLLRCFLEMVQTLPPHIKS TVSVQIVPCQYLLQPVKHDDRQIYSQHLKSLAFSVFTQCRRPLPTSTNVKTLTGFGPGLAMETALKSPDR PECIRLYTPPFILAPVKDKQTELGETFGEAGQKYNVLFVGYCLSHDQRWILASCTDLYGELLETCIINID VPNRARRKKGSARRFGLQKLWEWCLGLVQMSSLPWRVVIGRLGRIGHGELKDWSCLLSRRNLQSLSKRLK DMCRMCGISAADSPSILSACLVAMEPQGSFVIMPDSVSTGSVFGRSTTLNMQTPQLNTPQDTSCTHILVF PTSASVQVASATYTTENLDLAFNPNNDGADGMGIFDLLDTGDDLDPDIINILPASPTASPVHSPGSHYPH GGDAGKGQGTDRLLSTESHDEVTNILQQPLALGYFVSTAKAGPLPDWFWSACPQAQYQCPLFLKASLHLH VPSVQSDELLHSKHSHPLDSNQTSDVLRFVLEQYNALSWLTCDPAVQDRRSCLPVHFVVLNQLYNFIMNM L ; ;MSSSFVSNGASLEDCHCNLFCLADLTGIKWKRYVWQGPTSAPILFPVTEEDPILSSFSRCLKADVLGVWR RDQRPGRRELWIFWWGKDPNFADLIHHDLSEEEDGVWENGLSYECRTLLFKAVHNLLERCLMNRNFVRIG KWFVKPYEKDEKPINKSEHLSCSFTFFLHGDSNVCTSVEINQHQPVYLLSEEHVTLAQQSNSPFQVILSP FGLNGTLTGQAFKMSDSATKKLIGEWKQFYPISCGLKEMSEEKQDDMDWEDDSLAAVEVLVAGVRMIYPA CFVLVPQSDIPAPSSVGASHCSASCLGIHQVPASTRDPAMSSVTLTPPTSPEEVQTVDPQSAQKWVKFSS VSDGFSTDSTSHHGGKIPRKLANHVVDRVWQECNMNRLQNKRKYSATSSGLCEEETADKIGCWDFVEATQ RTSCSCLRHKSLKTRNTGQQGQAPSLGQQQQVLPKHKTNEKQDKSEKPQKRPLTPFHHRVSVSDEIGMDT DSASQRLVISAADSQVRFSNIRTNDVAKTPQMHGTELANSPQPPPLSPHPCDVVDEGVTKTPSTPQSQHF YQMPTPDPLVPTKPMEDRIDSLSQSFPPPFQEAVEPTVYVGTAVSLEEDEANVAWKYYKVPKKKDVEFLP PQLPNDKFKDDPVGPFGQESVTSVTELMVQCKKPLKVSDEIVQQYQIKNQYLSAIASDTEQEPKIDPYAF VEGDEEFIFTDKKDRQNSEREAGKKHKVEDGTSAVTVLSHEEDAMSLFSPSKQDAPRPTNHARPPSTSLI YDSDLAVSYTDLDNLFNSDEDELTPGSKKSASGSDDKASSKESKTGNLDPLSCISTADLHKMYPTPPSLE QHIMGFSPMNMNNKEYGSVDTAPGGTVLEGNSSSVGTQFRIEVEEGFCSPKPSEIKDFSYVYKPENCQVL VGCSMFAPLKTLPSHCLPPIKLPEECVYRQSWTVGKLDLLPSGPSMPFIKEGDGSNLDQDYGPAYTPQTH ASFGMPPSSAPPSNGGAGILPSPSTPRFPTPRTPRTPRTPRGAGGPASAQGSVKYENSDLYSPASTPSTC RPLNSVEPATVPSIPEAHSLYVNLILSESVMNLFKDCNFDSCCICVCNMNIKGADVGVYIPDPTQEAQYR CTCGFSAVMNRKFGNNSGLFLEDELDIIGRNTDCGKEAEKRFEALRASSVENVNGGLKESEKVPDELILL LQDQCTNLFSPFGAADQDPFPKVGISSNWVRVEERDCCSDCCLALEHGRQFMDNMSGGKVDEALVRSSCL HPWAKQNDASVQCSQDILRMLLSLQPVLQDAIQKKRTVRPWGVQGPLTWQQFHKMAGRGSYGTDESPEPL PIPTFLLGYDYDFLVLSPFALPYWEKLMLEPYGSQRDIAYVVLCPENEALLNGARSFFRDLTAIYESCRL GQHRPISRLLTDGIMKVGATASKKLSEKFVTEWFSQAADGNNEAFSKLKLYAQVCRYDLGPYLASQPLDS SLLSQPNLVAPPNQSLVTAPQMTNTGNANAPSATLASAASSTMTMTSGVPISTSVATANSTLTTTSSSSS SSLSSGVSSNKLPSFPPFGSMNTSGTGSMSAQASTVQSGQLGGQQSSSLQAAGISGESASLPTQPHPDVS ESTMDRDKVGIPTDGDSHAITYPPAIVVYIIDPFTYENKDESTNSSNVWTLGLLRCFLEMVQTLPPHIKS TVSVQIVPCQYLLQPVKHDDRQIYSQHLKSLAFSVFTQCRRPLPTSTNVKTLTGFGPGLAMETALKSPDR PECIRLYTPPFILAPVKDKQTELGETFGEAGQKYNVLFVGYCLSHDQRWILASCTDLYGELLETCIINID VPNRARRKKGSARRFGLQKLWEWCLGLVQMSSLPWRVVIGRLGRIGHGELKDWSCLLSRRNLQSLSKRLK DMCRMCGISAADSPSILSACLVAMEPQGSFVIMPDSVSTGSVFGRSTTLNMQTPQLNTPQDTSCTHILVF PTSASVQVASATYTTENLDLAFNPNNDGADGMGIFDLLDTGDDLDPDIINILPASPTASPVHSPGSHYPH GGDAGKGQGTDRLLSTESHDEVTNILQQPLALGYFVSTAKAGPLPDWFWSACPQAQYQCPLFLKASLHLH VPSVQSDELLHSKHSHPLDSNQTSDVLRFVLEQYNALSWLTCDPAVQDRRSCLPVHFVVLNQLYNFIMNM L ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 1 2171 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 8t1l 2024-10-16 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 2174 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 2174 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'BLAST e-value' . 0 93.367 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MSASFVPNGASLEDCHCNLFCLADLTGIKWKKYVWQGPTSAPILFPVTEEDPILSSFSRCLKADVLGVWRRDQRPGRRELWIFWWGEDPSFADLIHHDLSEEEDGVWENGLSYECRTLLFKAVHNLLERCLMNRNFVRIGKWFVKPYEKDEKPINKSEHLSCSFTFFLHGDSNVCTSVEINQHQPVYLLSEEHITLAQQSNSPFQVILCPFGLNGTLTGQAFKMSDSATKKLIGEWKQFYPISCCLKEMSEEKQEDMDWEDDSLAAVEVLVAGVRMIYPACFVLVPQSDIPTPSPVGSTHCSSSCLGVHQVPASTRDPAMSSVTLTPPTSPEEVQTVDPQSVQKWVKFSSVSDGFNSDSTSHHGGKIPRKLANHVVDRVWQECNMNRAQNKRKYSASSGGLCEEATAAKVASWDFVEATQRTNCSCLRHKNLKSRNAGQQGQAPSLGQQQQILPKHKTNEKQEKSEKPQKRPLTPFHHRVSVSDDVGMDADSASQRLVISAPDSQVRFSNIRTNDVAKTPQMHGTEMANSPQPPPLSPHPCDVVDEGVTKTPSTPQSQHFYQMPTPDPLVPSKPMEDRIDSLSQSFPPQYQEAVEPTVYVGTAVNLEEDEANIAWKYYKFPKKKDVEFLPPQLPSDKFKDDPVGPFGQESVTSVTELMVQCKKPLKVSDELVQQYQIKNQCLSAIASDAEQEPKIDPYAFVEGDEEFLFPDKKDRQNSEREAGKKHKVEDGTSSVTVLSHEEDAMSLFSPSIKQDAPRPTSHARPPSTSLIYDSDLAVSYTDLDNLFNSDEDELTPGSKKSANGSDDKASCKESKTGNLDPLSCISTADLHKMYPTPPSLEQHIMGFSPMNMNNKEYGSMDTTPGGTVLEGNSSSIGAQFKIEVDEGFCSPKPSEIKDFSYVYKPENCQILVGCSMFAPLKTLPSQYLPPIKLPEECIYRQSWTVGKLELLSSGPSMPFIKEGDGSNMDQEYGTAYTPQTHTSFGMPPSSAPPSNSGAGILPSPSTPRFPTPRTPRTPRTPRGAGGPASAQGSVKYENSDLYSPASTPSTCRPLNSVEPATVPSIPEAHSLYVNLILSESVMNLFKDCNFDSCCICVCNMNIKGADVGVYIPDPTQEAQYRCTCGFSAVMNRKFGNNSGLFLEDELDIIGRNTDCGKEAEKRFEALRATSAEHVNGGLKESEKLSDDLILLLQDQCTNLFSPFGAADQDPFPKSGVISNWVRVEERDCCNDCYLALEHGRQFMDNMSGGKVDEALVKSSCLHPWSKRNDVSMQCSQDILRMLLSLQPVLQDAIQKKRTVRPWGVQGPLTWQQFHKMAGRGSYGTDESPEPLPIPTFLLGYDYDYLVLSPFALPYWERLMLEPYGSQRDIAYVVLCPENEALLNGAKSFFRDLTAIYESCRLGQHRPVSRLLTDGIMRVGSTASKKLSEKLVAEWFSQAADGNNEAFSKLKLYAQVCRYDLGPYLASLPLDSSLLSQPNLVAPTSQSLITPPQMTNTGNANTPSATLASAASSTMTVTSGVAISTSVATANSTLTTASTSSSSSSNLNSGVSSNKLPSFPPFGSMNSNAAGSMSTQANTVQSGQLGGQQTSALQTAGISGESSSLPTQPHPDVSESTMDRDKVGIPTDGDSHAVTYPPAIVVYIIDPFTYENTDESTNSSSVWTLGLLRCFLEMVQTLPPHIKSTVSVQIIPCQYLLQPVKHEDREIYPQHLKSLAFSAFTQCRRPLPTSTNVKTLTGFGPGLAMETALRSPDRPECIRLYAPPFILAPVKDKQTELGETFGEAGQKYNVLFVGYCLSHDQRWILASCTDLYGELLETCIINIDVPNRARRKKSSARKFGLQKLWEWCLGLVQMSSLPWRVVIGRLGRIGHGELKDWSCLLSRRNLQSLSKRLKDMCRMCGISAADSPSILSACLVAMEPQGSFVIMPDSVSTGSVFGRSTTLNMQTSQLNTPQDTSCTHILVFPTSASVQVASATYTTENLDLAFNPNNDGADGMGIFDLLDTGDDLDPDIINILPASPTGSPVHSPGSHYPHGGDAGKGQSTDRLLSTEPHEEVPNILQQPLALGYFVSTAKAGPLPDWFWSACPQAQYQCPLFLKASLHLHVPSVQSDELLHSKHSHPLDSNQTSDVLRFVLEQYNALSWLTCDPATQDRRSCLPIHFVVLNQLYNFIMNML 2 1 2 MSSSFVSNGASLEDCHCNLFCLADLTGIKWKRYVWQGPTSAPILFPVTEEDPILSSFSRCLKADVLGVWRRDQRPGRRELWIFWWGKDPNFADLIHHDLSEEEDGVWENGLSYECRTLLFKAVHNLLERCLMNRNFVRIGKWFVKPYEKDEKPINKSEHLSCSFTFFLHGDSNVCTSVEINQHQPVYLLSEEHVTLAQQSNSPFQVILSPFGLNGTLTGQAFKMSDSATKKLIGEWKQFYPISCGLKEMSEEKQDDMDWEDDSLAAVEVLVAGVRMIYPACFVLVPQSDIPAPSSVGASHCSASCLGIHQVPASTRDPAMSSVTLTPPTSPEEVQTVDPQSAQKWVKFSSVSDGFSTDSTSHHGGKIPRKLANHVVDRVWQECNMNRLQNKRKYSATSSGLCEEETADKIGCWDFVEATQRTSCSCLRHKSLKTRNTGQQGQAPSLGQQQQVLPKHKTNEKQDKSEKPQKRPLTPFHHRVSVSDEIGMDTDSASQRLVISAADSQVRFSNIRTNDVAKTPQMHGTELANSPQPPPLSPHPCDVVDEGVTKTPSTPQSQHFYQMPTPDPLVPTKPMEDRIDSLSQSFPPPFQEAVEPTVYVGTAVSLEEDEANVAWKYYKVPKKKDVEFLPPQLPNDKFKDDPVGPFGQESVTSVTELMVQCKKPLKVSDEIVQQYQIKNQYLSAIASDTEQEPKIDPYAFVEGDEEFIFTDKKDRQNSEREAGKKHKVEDGTSAVTVLSHEEDAMSLFSPS-KQDAPRPTNHARPPSTSLIYDSDLAVSYTDLDNLFNSDEDELTPGSKKSASGSDDKASSKESKTGNLDPLSCISTADLHKMYPTPPSLEQHIMGFSPMNMNNKEYGSVDTAPGGTVLEGNSSSVGTQFRIEVEEGFCSPKPSEIKDFSYVYKPENCQVLVGCSMFAPLKTLPSHCLPPIKLPEECVYRQSWTVGKLDLLPSGPSMPFIKEGDGSNLDQDYGPAYTPQTHASFGMPPSSAPPSNGGAGILPSPSTPRFPTPRTPRTPRTPRGAGGPASAQGSVKYENSDLYSPASTPSTCRPLNSVEPATVPSIPEAHSLYVNLILSESVMNLFKDCNFDSCCICVCNMNIKGADVGVYIPDPTQEAQYRCTCGFSAVMNRKFGNNSGLFLEDELDIIGRNTDCGKEAEKRFEALRASSVENVNGGLKESEKVPDELILLLQDQCTNLFSPFGAADQDPFPKVGISSNWVRVEERDCCSDCCLALEHGRQFMDNMSGGKVDEALVRSSCLHPWAKQNDASVQCSQDILRMLLSLQPVLQDAIQKKRTVRPWGVQGPLTWQQFHKMAGRGSYGTDESPEPLPIPTFLLGYDYDFLVLSPFALPYWEKLMLEPYGSQRDIAYVVLCPENEALLNGARSFFRDLTAIYESCRLGQHRPISRLLTDGIMKVGATASKKLSEKFVTEWFSQAADGNNEAFSKLKLYAQVCRYDLGPYLASQPLDSSLLSQPNLVAPPNQSLVTAPQMTNTGNANAPSATLASAASSTMTMTSGVPI--STSVATANSTLTTTSSSSSSSLSSGVSSNKLPSFPPFGSMNTSGTGSMSAQASTVQSGQLGGQQSSSLQAAGISGESASLPTQPHPDVSESTMDRDKVGIPTDGDSHAITYPPAIVVYIIDPFTYENKDESTNSSNVWTLGLLRCFLEMVQTLPPHIKSTVSVQIVPCQYLLQPVKHDDRQIYSQHLKSLAFSVFTQCRRPLPTSTNVKTLTGFGPGLAMETALKSPDRPECIRLYTPPFILAPVKDKQTELGETFGEAGQKYNVLFVGYCLSHDQRWILASCTDLYGELLETCIINIDVPNRARRKKGSARRFGLQKLWEWCLGLVQMSSLPWRVVIGRLGRIGHGELKDWSCLLSRRNLQSLSKRLKDMCRMCGISAADSPSILSACLVAMEPQGSFVIMPDSVSTGSVFGRSTTLNMQTPQLNTPQDTSCTHILVFPTSASVQVASATYTTENLDLAFNPNNDGADGMGIFDLLDTGDDLDPDIINILPASPTASPVHSPGSHYPHGGDAGKGQGTDRLLSTESHDEVTNILQQPLALGYFVSTAKAGPLPDWFWSACPQAQYQCPLFLKASLHLHVPSVQSDELLHSKHSHPLDSNQTSDVLRFVLEQYNALSWLTCDPAVQDRRSCLPVHFVVLNQLYNFIMNML # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL {QSQE=0.000}' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 8t1l.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 3' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . PRO 621 621 ? A 315.434 352.658 432.487 1 1 Z PRO 0.440 1 ATOM 2 C CA . PRO 621 621 ? A 316.757 351.908 432.606 1 1 Z PRO 0.440 1 ATOM 3 C C . PRO 621 621 ? A 316.749 350.510 432.015 1 1 Z PRO 0.440 1 ATOM 4 O O . PRO 621 621 ? A 316.927 349.597 432.792 1 1 Z PRO 0.440 1 ATOM 5 C CB . PRO 621 621 ? A 317.065 351.932 434.110 1 1 Z PRO 0.440 1 ATOM 6 C CG . PRO 621 621 ? A 316.175 353.029 434.719 1 1 Z PRO 0.440 1 ATOM 7 C CD . PRO 621 621 ? A 314.920 352.934 433.914 1 1 Z PRO 0.440 1 ATOM 8 N N . LYS 622 622 ? A 316.691 350.275 430.685 1 1 Z LYS 0.350 1 ATOM 9 C CA . LYS 622 622 ? A 316.829 348.921 430.152 1 1 Z LYS 0.350 1 ATOM 10 C C . LYS 622 622 ? A 318.271 348.394 430.029 1 1 Z LYS 0.350 1 ATOM 11 O O . LYS 622 622 ? A 318.605 347.356 430.572 1 1 Z LYS 0.350 1 ATOM 12 C CB . LYS 622 622 ? A 316.109 348.878 428.778 1 1 Z LYS 0.350 1 ATOM 13 C CG . LYS 622 622 ? A 316.472 350.013 427.791 1 1 Z LYS 0.350 1 ATOM 14 C CD . LYS 622 622 ? A 315.743 349.882 426.440 1 1 Z LYS 0.350 1 ATOM 15 C CE . LYS 622 622 ? A 316.201 348.710 425.549 1 1 Z LYS 0.350 1 ATOM 16 N NZ . LYS 622 622 ? A 317.608 348.889 425.100 1 1 Z LYS 0.350 1 ATOM 17 N N . LYS 623 623 ? A 319.189 349.140 429.379 1 1 Z LYS 0.630 1 ATOM 18 C CA . LYS 623 623 ? A 320.530 348.682 429.062 1 1 Z LYS 0.630 1 ATOM 19 C C . LYS 623 623 ? A 321.372 349.928 429.035 1 1 Z LYS 0.630 1 ATOM 20 O O . LYS 623 623 ? A 320.793 351.001 428.905 1 1 Z LYS 0.630 1 ATOM 21 C CB . LYS 623 623 ? A 320.556 347.980 427.691 1 1 Z LYS 0.630 1 ATOM 22 C CG . LYS 623 623 ? A 320.288 346.483 427.857 1 1 Z LYS 0.630 1 ATOM 23 C CD . LYS 623 623 ? A 320.457 345.737 426.543 1 1 Z LYS 0.630 1 ATOM 24 C CE . LYS 623 623 ? A 320.818 344.276 426.759 1 1 Z LYS 0.630 1 ATOM 25 N NZ . LYS 623 623 ? A 321.047 343.690 425.435 1 1 Z LYS 0.630 1 ATOM 26 N N . LYS 624 624 ? A 322.706 349.802 429.253 1 1 Z LYS 0.620 1 ATOM 27 C CA . LYS 624 624 ? 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'normalized score' global . 6 # # loop_ _ma_qa_metric_global.ordinal_id _ma_qa_metric_global.model_id _ma_qa_metric_global.metric_id _ma_qa_metric_global.metric_value 1 1 2 0.556 2 1 3 0.361 # # loop_ _ma_qa_metric_local.ordinal_id _ma_qa_metric_local.model_id _ma_qa_metric_local.label_asym_id _ma_qa_metric_local.label_seq_id _ma_qa_metric_local.label_comp_id _ma_qa_metric_local.metric_id _ma_qa_metric_local.metric_value 1 1 A 621 PRO 1 0.440 2 1 A 622 LYS 1 0.350 3 1 A 623 LYS 1 0.630 4 1 A 624 LYS 1 0.620 5 1 A 625 ASP 1 0.680 6 1 A 626 VAL 1 0.730 7 1 A 627 GLU 1 0.590 8 1 A 628 PHE 1 0.450 9 1 A 629 LEU 1 0.440 10 1 A 630 PRO 1 0.700 11 1 A 631 PRO 1 0.510 12 1 A 632 GLN 1 0.430 13 1 A 633 LEU 1 0.490 14 1 A 634 PRO 1 0.700 15 1 A 635 SER 1 0.720 16 1 A 636 ASP 1 0.710 17 1 A 637 LYS 1 0.680 18 1 A 638 PHE 1 0.370 19 1 A 639 LYS 1 0.320 # # loop_ _pdbx_data_usage.id _pdbx_data_usage.type _pdbx_data_usage.details _pdbx_data_usage.url 1 license ;This SWISS-MODEL protein model is copyright. It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #