data_SMR-da5aa8bef3b78d48cbec7a7d2ce1729d_3 _entry.id SMR-da5aa8bef3b78d48cbec7a7d2ce1729d_3 _struct.entry_id SMR-da5aa8bef3b78d48cbec7a7d2ce1729d_3 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - Q13439 (isoform 3)/ GOGA4_HUMAN, Golgin subfamily A member 4 Estimated model accuracy of this model is 0.0, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries Q13439 (isoform 3)' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 301495.260 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP GOGA4_HUMAN Q13439 1 ;MFKKLKQKISEEQQQLQQALAPAQASSNSSTPTRMRSRTSSFTEQLDEGTPNRESGDTQSFAQKLQLRVP SVESLFRSPIKESLFRSSSKESLVRTSSRESLNRLDLDSSTASFDPPSDMDSEAEDLVGNSDSLNKEQLI QRLRRMERSLSSYRGKYSELVTAYQMLQREKKKLQGILSQSQDKSLRRIAELREELQMDQQAKKHLQEEF DASLEEKDQYISVLQTQVSLLKQRLRNGPMNVDVLKPLPQLEPQAEVFTKEENPESDGEPVVEDGTSVKT LETLQQRVKRQENLLKRCKETIQSHKEQCTLLTSEKEALQEQLDERLQELEKIKDLHMAEKTKLITQLRD AKNLIEQLEQDKGMVIAETKRQMHETLEMKEEEIAQLRSRIKQMTTQGEELREQKEKSERAAFEELEKAL STAQKTEEARRKLKAEMDEQIKTIEKTSEEERISLQQELSRVKQEVVDVMKKSSEEQIAKLQKLHEKELA RKEQELTKKLQTREREFQEQMKVALEKSQSEYLKISQEKEQQESLALEELELQKKAILTESENKLRDLQQ EAETYRTRILELESSLEKSLQENKNQSKDLAVHLEAEKNKHNKEITVMVEKHKTELESLKHQQDALWTEK LQVLKQQYQTEMEKLREKCEQEKETLLKDKEIIFQAHIEEMNEKTLEKLDVKQTELESLSSELSEVLKAR HKLEEELSVLKDQTDKMKQELEAKMDEQKNHHQQQVDSIIKEHEVSIQRTEKALKDQINQLELLLKERDK HLKEHQAHVENLEADIKRSEGELQQASAKLDVFQSYQSATHEQTKAYEEQLAQLQQKLLDLETERILLTK QVAEVEAQKKDVCTELDAHKIQVQDLMQQLEKQNSEMEQKVKSLTQVYESKLEDGNKEQEQTKQILVEKE NMILQMREGQKKEIEILTQKLSAKEDSIHILNEEYETKFKNQEKKMEKVKQKAKEMQETLKKKLLDQEAK LKKELENTALELSQKEKQFNAKMLEMAQANSAGISDAVSRLETNQKEQIESLTEVHRRELNDVISIWEKK LNQQAEELQEIHEIQLQEKEQEVAELKQKILLFGCEKEEMNKEITWLKEEGVKQDTTLNELQEQLKQKSA HVNSLAQDETKLKAHLEKLEVDLNKSLKENTFLQEQLVELKMLAEEDKRKVSELTSKLKTTDEEFQSLKS SHEKSNKSLEDKSLEFKKLSEELAIQLDICCKKTEALLEAKTNELINISSSKTNAILSRISHCQHRTTKV KEALLIKTCTVSELEAQLRQLTEEQNTLNISFQQATHQLEEKENQIKSMKADIESLVTEKEALQKEGGNQ QQAASEKESCITQLKKELSENINAVTLMKEELKEKKVEISSLSKQLTDLNVQLQNSISLSEKEAAISSLR KQYDEEKCELLDQVQDLSFKVDTLSKEKISALEQVDDWSNKFSEWKKKAQSRFTQHQNTVKELQIQLELK SKEAYEKDEQINLLKEELDQQNKRFDCLKGEMEDDKSKMEKKESNLETELKSQTARIMELEDHITQKTIE IESLNEVLKNYNQQKDIEHKELVQKLQHFQELGEEKDNRVKEAEEKILTLENQVYSMKAELETKKKELEH VNLSVKSKEEELKALEDRLESESAAKLAELKRKAEQKIAAIKKQLLSQMEEKEEQYKKGTESHLSELNTK LQEREREVHILEEKLKSVESSQSETLIVPRSAKNVAAYTEQEEADSQGCVQKTYEEKISVLQRNLTEKEK LLQRVGQEKEETVSSHFEMRCQYQERLIKLEHAEAKQHEDQSMIGHLQEELEEKNKKYSLIVAQHVEKEG GKNNIQAKQNLENVFDDVQKTLQEKELTCQILEQKIKELDSCLVRQKEVHRVEMEELTSKYEKLQALQQM DGRNKPTELLEENTEEKSKSHLVQPKLLSNMEAQHNDLEFKLAGAEREKQKLGKEIVRLQKDLRMLRKEH QQELEILKKEYDQEREEKIKQEQEDLELKHNSTLKQLMREFNTQLAQKEQELEMTIKETINKAQEVEAEL LESHQEETNQLLKKIAEKDDDLKRTAKRYEEILDAREEEMTAKVRDLQTQLEELQKKYQQKLEQEENPGN DNVTIMELQTQLAQKTTLISDSKLKEQEFREQIHNLEDRLKKYEKNVYATTVGTPYKGGNLYHTDVSLFG EPTEFEYLRKVLFEYMMGRETKTMAKVITTVLKFPDDQTQKILEREDARLMSWLRSSS ; 'Golgin subfamily A member 4' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 2228 1 2228 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . GOGA4_HUMAN Q13439 Q13439-3 1 2228 9606 'Homo sapiens (Human)' 1996-11-01 9E1B1F1B13A6A218 # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no B ;MFKKLKQKISEEQQQLQQALAPAQASSNSSTPTRMRSRTSSFTEQLDEGTPNRESGDTQSFAQKLQLRVP SVESLFRSPIKESLFRSSSKESLVRTSSRESLNRLDLDSSTASFDPPSDMDSEAEDLVGNSDSLNKEQLI QRLRRMERSLSSYRGKYSELVTAYQMLQREKKKLQGILSQSQDKSLRRIAELREELQMDQQAKKHLQEEF DASLEEKDQYISVLQTQVSLLKQRLRNGPMNVDVLKPLPQLEPQAEVFTKEENPESDGEPVVEDGTSVKT LETLQQRVKRQENLLKRCKETIQSHKEQCTLLTSEKEALQEQLDERLQELEKIKDLHMAEKTKLITQLRD AKNLIEQLEQDKGMVIAETKRQMHETLEMKEEEIAQLRSRIKQMTTQGEELREQKEKSERAAFEELEKAL STAQKTEEARRKLKAEMDEQIKTIEKTSEEERISLQQELSRVKQEVVDVMKKSSEEQIAKLQKLHEKELA RKEQELTKKLQTREREFQEQMKVALEKSQSEYLKISQEKEQQESLALEELELQKKAILTESENKLRDLQQ EAETYRTRILELESSLEKSLQENKNQSKDLAVHLEAEKNKHNKEITVMVEKHKTELESLKHQQDALWTEK 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A 1 2154 THR 2154 ? ? ? B . A 1 2155 PRO 2155 ? ? ? B . A 1 2156 TYR 2156 ? ? ? B . A 1 2157 LYS 2157 ? ? ? B . A 1 2158 GLY 2158 ? ? ? B . A 1 2159 GLY 2159 ? ? ? B . A 1 2160 ASN 2160 ? ? ? B . A 1 2161 LEU 2161 ? ? ? B . A 1 2162 TYR 2162 ? ? ? B . A 1 2163 HIS 2163 ? ? ? B . A 1 2164 THR 2164 ? ? ? B . A 1 2165 ASP 2165 ? ? ? B . A 1 2166 VAL 2166 ? ? ? B . A 1 2167 SER 2167 ? ? ? B . A 1 2168 LEU 2168 ? ? ? B . A 1 2169 PHE 2169 ? ? ? B . A 1 2170 GLY 2170 ? ? ? B . A 1 2171 GLU 2171 2171 GLU GLU B . A 1 2172 PRO 2172 2172 PRO PRO B . A 1 2173 THR 2173 2173 THR THR B . A 1 2174 GLU 2174 2174 GLU GLU B . A 1 2175 PHE 2175 2175 PHE PHE B . A 1 2176 GLU 2176 2176 GLU GLU B . A 1 2177 TYR 2177 2177 TYR TYR B . A 1 2178 LEU 2178 2178 LEU LEU B . A 1 2179 ARG 2179 2179 ARG ARG B . A 1 2180 LYS 2180 2180 LYS LYS B . A 1 2181 VAL 2181 2181 VAL VAL B . A 1 2182 LEU 2182 2182 LEU LEU B . A 1 2183 PHE 2183 2183 PHE PHE B . A 1 2184 GLU 2184 2184 GLU GLU B . A 1 2185 TYR 2185 2185 TYR TYR B . A 1 2186 MET 2186 2186 MET MET B . A 1 2187 MET 2187 2187 MET MET B . A 1 2188 GLY 2188 2188 GLY GLY B . A 1 2189 ARG 2189 2189 ARG ARG B . A 1 2190 GLU 2190 2190 GLU GLU B . A 1 2191 THR 2191 2191 THR THR B . A 1 2192 LYS 2192 2192 LYS LYS B . A 1 2193 THR 2193 2193 THR THR B . A 1 2194 MET 2194 2194 MET MET B . A 1 2195 ALA 2195 2195 ALA ALA B . A 1 2196 LYS 2196 2196 LYS LYS B . A 1 2197 VAL 2197 2197 VAL VAL B . A 1 2198 ILE 2198 2198 ILE ILE B . A 1 2199 THR 2199 2199 THR THR B . A 1 2200 THR 2200 2200 THR THR B . A 1 2201 VAL 2201 2201 VAL VAL B . A 1 2202 LEU 2202 2202 LEU LEU B . A 1 2203 LYS 2203 2203 LYS LYS B . A 1 2204 PHE 2204 2204 PHE PHE B . A 1 2205 PRO 2205 2205 PRO PRO B . A 1 2206 ASP 2206 2206 ASP ASP B . A 1 2207 ASP 2207 2207 ASP ASP B . A 1 2208 GLN 2208 2208 GLN GLN B . A 1 2209 THR 2209 2209 THR THR B . A 1 2210 GLN 2210 2210 GLN GLN B . A 1 2211 LYS 2211 2211 LYS LYS B . A 1 2212 ILE 2212 2212 ILE ILE B . A 1 2213 LEU 2213 2213 LEU LEU B . A 1 2214 GLU 2214 2214 GLU GLU B . A 1 2215 ARG 2215 2215 ARG ARG B . A 1 2216 GLU 2216 2216 GLU GLU B . A 1 2217 ASP 2217 2217 ASP ASP B . A 1 2218 ALA 2218 2218 ALA ALA B . A 1 2219 ARG 2219 2219 ARG ARG B . A 1 2220 LEU 2220 2220 LEU LEU B . A 1 2221 MET 2221 2221 MET MET B . A 1 2222 SER 2222 2222 SER SER B . A 1 2223 TRP 2223 2223 TRP TRP B . A 1 2224 LEU 2224 2224 LEU LEU B . A 1 2225 ARG 2225 2225 ARG ARG B . A 1 2226 SER 2226 2226 SER SER B . A 1 2227 SER 2227 ? ? ? B . A 1 2228 SER 2228 ? ? ? B . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'GOLGI AUTOANTIGEN, GOLGIN SUBFAMILY A MEMBER 4 {PDB ID=1upt, label_asym_id=F, auth_asym_id=F, SMTL ID=1upt.2.B}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 1upt, label_asym_id=F' 'target-template alignment' . 4 'model 3' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-12-04 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-11-29 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A F 2 1 F # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 MGEPTEFEYLRKVLFEYMMGRETKTMAKVITTVLKFPDDQTQKILEREDARLMSWLRSSS MGEPTEFEYLRKVLFEYMMGRETKTMAKVITTVLKFPDDQTQKILEREDARLMSWLRSSS # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 1 60 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 1upt 2024-10-23 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 2228 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 2228 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 2.8e-18 98.333 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MFKKLKQKISEEQQQLQQALAPAQASSNSSTPTRMRSRTSSFTEQLDEGTPNRESGDTQSFAQKLQLRVPSVESLFRSPIKESLFRSSSKESLVRTSSRESLNRLDLDSSTASFDPPSDMDSEAEDLVGNSDSLNKEQLIQRLRRMERSLSSYRGKYSELVTAYQMLQREKKKLQGILSQSQDKSLRRIAELREELQMDQQAKKHLQEEFDASLEEKDQYISVLQTQVSLLKQRLRNGPMNVDVLKPLPQLEPQAEVFTKEENPESDGEPVVEDGTSVKTLETLQQRVKRQENLLKRCKETIQSHKEQCTLLTSEKEALQEQLDERLQELEKIKDLHMAEKTKLITQLRDAKNLIEQLEQDKGMVIAETKRQMHETLEMKEEEIAQLRSRIKQMTTQGEELREQKEKSERAAFEELEKALSTAQKTEEARRKLKAEMDEQIKTIEKTSEEERISLQQELSRVKQEVVDVMKKSSEEQIAKLQKLHEKELARKEQELTKKLQTREREFQEQMKVALEKSQSEYLKISQEKEQQESLALEELELQKKAILTESENKLRDLQQEAETYRTRILELESSLEKSLQENKNQSKDLAVHLEAEKNKHNKEITVMVEKHKTELESLKHQQDALWTEKLQVLKQQYQTEMEKLREKCEQEKETLLKDKEIIFQAHIEEMNEKTLEKLDVKQTELESLSSELSEVLKARHKLEEELSVLKDQTDKMKQELEAKMDEQKNHHQQQVDSIIKEHEVSIQRTEKALKDQINQLELLLKERDKHLKEHQAHVENLEADIKRSEGELQQASAKLDVFQSYQSATHEQTKAYEEQLAQLQQKLLDLETERILLTKQVAEVEAQKKDVCTELDAHKIQVQDLMQQLEKQNSEMEQKVKSLTQVYESKLEDGNKEQEQTKQILVEKENMILQMREGQKKEIEILTQKLSAKEDSIHILNEEYETKFKNQEKKMEKVKQKAKEMQETLKKKLLDQEAKLKKELENTALELSQKEKQFNAKMLEMAQANSAGISDAVSRLETNQKEQIESLTEVHRRELNDVISIWEKKLNQQAEELQEIHEIQLQEKEQEVAELKQKILLFGCEKEEMNKEITWLKEEGVKQDTTLNELQEQLKQKSAHVNSLAQDETKLKAHLEKLEVDLNKSLKENTFLQEQLVELKMLAEEDKRKVSELTSKLKTTDEEFQSLKSSHEKSNKSLEDKSLEFKKLSEELAIQLDICCKKTEALLEAKTNELINISSSKTNAILSRISHCQHRTTKVKEALLIKTCTVSELEAQLRQLTEEQNTLNISFQQATHQLEEKENQIKSMKADIESLVTEKEALQKEGGNQQQAASEKESCITQLKKELSENINAVTLMKEELKEKKVEISSLSKQLTDLNVQLQNSISLSEKEAAISSLRKQYDEEKCELLDQVQDLSFKVDTLSKEKISALEQVDDWSNKFSEWKKKAQSRFTQHQNTVKELQIQLELKSKEAYEKDEQINLLKEELDQQNKRFDCLKGEMEDDKSKMEKKESNLETELKSQTARIMELEDHITQKTIEIESLNEVLKNYNQQKDIEHKELVQKLQHFQELGEEKDNRVKEAEEKILTLENQVYSMKAELETKKKELEHVNLSVKSKEEELKALEDRLESESAAKLAELKRKAEQKIAAIKKQLLSQMEEKEEQYKKGTESHLSELNTKLQEREREVHILEEKLKSVESSQSETLIVPRSAKNVAAYTEQEEADSQGCVQKTYEEKISVLQRNLTEKEKLLQRVGQEKEETVSSHFEMRCQYQERLIKLEHAEAKQHEDQSMIGHLQEELEEKNKKYSLIVAQHVEKEGGKNNIQAKQNLENVFDDVQKTLQEKELTCQILEQKIKELDSCLVRQKEVHRVEMEELTSKYEKLQALQQMDGRNKPTELLEENTEEKSKSHLVQPKLLSNMEAQHNDLEFKLAGAEREKQKLGKEIVRLQKDLRMLRKEHQQELEILKKEYDQEREEKIKQEQEDLELKHNSTLKQLMREFNTQLAQKEQELEMTIKETINKAQEVEAELLESHQEETNQLLKKIAEKDDDLKRTAKRYEEILDAREEEMTAKVRDLQTQLEELQKKYQQKLEQEENPGNDNVTIMELQTQLAQKTTLISDSKLKEQEFREQIHNLEDRLKKYEKNVYATTVGTPYKGGNLYHTDVSLFGEPTEFEYLRKVLFEYMMGRETKTMAKVITTVLKFPDDQTQKILEREDARLMSWLRSSS 2 1 2 --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------MGEPTEFEYLRKVLFEYMMGRETKTMAKVITTVLKFPDDQTQKILEREDARLMSWLRSSS # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL {QSQE=0.365}' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 1upt.2' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 3' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . 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A -16.850 48.162 67.726 1 1 B PRO 0.410 1 ATOM 15 C CG . PRO 2172 2172 ? A -17.183 49.561 68.252 1 1 B PRO 0.410 1 ATOM 16 C CD . PRO 2172 2172 ? A -17.175 49.383 69.769 1 1 B PRO 0.410 1 ATOM 17 N N . THR 2173 2173 ? A -16.876 44.818 68.218 1 1 B THR 0.680 1 ATOM 18 C CA . THR 2173 2173 ? A -16.030 43.620 68.260 1 1 B THR 0.680 1 ATOM 19 C C . THR 2173 2173 ? A -14.765 43.852 67.448 1 1 B THR 0.680 1 ATOM 20 O O . THR 2173 2173 ? A -13.701 43.307 67.749 1 1 B THR 0.680 1 ATOM 21 C CB . THR 2173 2173 ? A -16.743 42.292 67.916 1 1 B THR 0.680 1 ATOM 22 O OG1 . THR 2173 2173 ? A -16.616 41.867 66.569 1 1 B THR 0.680 1 ATOM 23 C CG2 . THR 2173 2173 ? A -18.254 42.425 68.153 1 1 B THR 0.680 1 ATOM 24 N N . GLU 2174 2174 ? A -14.829 44.784 66.465 1 1 B GLU 0.680 1 ATOM 25 C CA . GLU 2174 2174 ? A -13.697 45.281 65.713 1 1 B GLU 0.680 1 ATOM 26 C C . GLU 2174 2174 ? A -12.607 45.873 66.593 1 1 B GLU 0.680 1 ATOM 27 O O . GLU 2174 2174 ? 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LEU 2178 2178 ? A -6.830 45.554 67.263 1 1 B LEU 0.720 1 ATOM 68 O O . LEU 2178 2178 ? A -5.657 45.663 66.929 1 1 B LEU 0.720 1 ATOM 69 C CB . LEU 2178 2178 ? A -8.457 46.917 65.945 1 1 B LEU 0.720 1 ATOM 70 C CG . LEU 2178 2178 ? A -9.016 47.119 64.522 1 1 B LEU 0.720 1 ATOM 71 C CD1 . LEU 2178 2178 ? A -9.847 48.410 64.452 1 1 B LEU 0.720 1 ATOM 72 C CD2 . LEU 2178 2178 ? A -7.889 47.139 63.468 1 1 B LEU 0.720 1 ATOM 73 N N . ARG 2179 2179 ? A -7.170 45.445 68.567 1 1 B ARG 0.690 1 ATOM 74 C CA . ARG 2179 2179 ? A -6.170 45.388 69.626 1 1 B ARG 0.690 1 ATOM 75 C C . ARG 2179 2179 ? A -5.184 44.244 69.460 1 1 B ARG 0.690 1 ATOM 76 O O . ARG 2179 2179 ? A -3.976 44.440 69.581 1 1 B ARG 0.690 1 ATOM 77 C CB . ARG 2179 2179 ? A -6.808 45.251 71.031 1 1 B ARG 0.690 1 ATOM 78 C CG . ARG 2179 2179 ? A -7.281 46.589 71.629 1 1 B ARG 0.690 1 ATOM 79 C CD . ARG 2179 2179 ? A -7.566 46.493 73.134 1 1 B ARG 0.690 1 ATOM 80 N NE . ARG 2179 2179 ? 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GLU 2184 2184 ? A 2.208 43.323 65.639 1 1 B GLU 0.700 1 ATOM 122 O O . GLU 2184 2184 ? A 3.437 43.336 65.568 1 1 B GLU 0.700 1 ATOM 123 C CB . GLU 2184 2184 ? A 0.806 41.284 65.796 1 1 B GLU 0.700 1 ATOM 124 C CG . GLU 2184 2184 ? A 0.256 40.136 66.675 1 1 B GLU 0.700 1 ATOM 125 C CD . GLU 2184 2184 ? A 1.327 39.647 67.646 1 1 B GLU 0.700 1 ATOM 126 O OE1 . GLU 2184 2184 ? A 2.379 39.137 67.182 1 1 B GLU 0.700 1 ATOM 127 O OE2 . GLU 2184 2184 ? A 1.176 39.837 68.885 1 1 B GLU 0.700 1 ATOM 128 N N . TYR 2185 2185 ? A 1.446 44.173 64.915 1 1 B TYR 0.730 1 ATOM 129 C CA . TYR 2185 2185 ? A 1.974 45.132 63.960 1 1 B TYR 0.730 1 ATOM 130 C C . TYR 2185 2185 ? A 2.908 46.150 64.614 1 1 B TYR 0.730 1 ATOM 131 O O . TYR 2185 2185 ? A 4.016 46.392 64.141 1 1 B TYR 0.730 1 ATOM 132 C CB . TYR 2185 2185 ? A 0.784 45.862 63.261 1 1 B TYR 0.730 1 ATOM 133 C CG . TYR 2185 2185 ? A 1.240 46.853 62.215 1 1 B TYR 0.730 1 ATOM 134 C CD1 . TYR 2185 2185 ? 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MET 2187 2187 ? A 4.556 45.914 67.417 1 1 B MET 0.750 1 ATOM 149 C CA . MET 2187 2187 ? A 5.749 45.263 67.924 1 1 B MET 0.750 1 ATOM 150 C C . MET 2187 2187 ? A 6.586 44.673 66.794 1 1 B MET 0.750 1 ATOM 151 O O . MET 2187 2187 ? A 7.585 43.997 67.039 1 1 B MET 0.750 1 ATOM 152 C CB . MET 2187 2187 ? A 5.385 44.129 68.921 1 1 B MET 0.750 1 ATOM 153 C CG . MET 2187 2187 ? A 4.729 44.633 70.226 1 1 B MET 0.750 1 ATOM 154 S SD . MET 2187 2187 ? A 5.677 45.848 71.183 1 1 B MET 0.750 1 ATOM 155 C CE . MET 2187 2187 ? A 7.087 44.806 71.635 1 1 B MET 0.750 1 ATOM 156 N N . GLY 2188 2188 ? A 6.228 44.929 65.514 1 1 B GLY 0.740 1 ATOM 157 C CA . GLY 2188 2188 ? A 7.048 44.538 64.372 1 1 B GLY 0.740 1 ATOM 158 C C . GLY 2188 2188 ? A 6.888 43.114 63.912 1 1 B GLY 0.740 1 ATOM 159 O O . GLY 2188 2188 ? A 7.702 42.620 63.135 1 1 B GLY 0.740 1 ATOM 160 N N . ARG 2189 2189 ? A 5.840 42.409 64.365 1 1 B ARG 0.720 1 ATOM 161 C CA . ARG 2189 2189 ? 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'pLDDT all-atom in [0,1]' local . 5 2 QMEANDisCo 'Predicted accuracy according to all-atom lDDT in [0,1].' 'pLDDT all-atom in [0,1]' global . 5 3 GMQE 'Global Model Quality Estimate of the model accuracy, calculated by SWISS-MODEL.' 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It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #