data_SMR-c14d4740af7b4275271c76d3c4c589b4_15 _entry.id SMR-c14d4740af7b4275271c76d3c4c589b4_15 _struct.entry_id SMR-c14d4740af7b4275271c76d3c4c589b4_15 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - Q13439 (isoform 3)/ GOGA4_HUMAN, Golgin subfamily A member 4 Estimated model accuracy of this model is 0.0, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries Q13439 (isoform 3)' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 303144.790 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP GOGA4_HUMAN Q13439 1 ;MFKKLKQKISEEQQQLQQALAPAQASSNSSTPTRMRSRTSSFTEQLDEGTPNRENASTHASKSPDSVNGS EPSIPQSGDTQSFAQKLQLRVPSVESLFRSPIKESLFRSSSKESLVRTSSRESLNRLDLDSSTASFDPPS DMDSEAEDLVGNSDSLNKEQLIQRLRRMERSLSSYRGKYSELVTAYQMLQREKKKLQGILSQSQDKSLRR IAELREELQMDQQAKKHLQEEFDASLEEKDQYISVLQTQVSLLKQRLRNGPMNVDVLKPLPQLEPQAEVF TKEENPESDGEPVVEDGTSVKTLETLQQRVKRQENLLKRCKETIQSHKEQCTLLTSEKEALQEQLDERLQ ELEKIKDLHMAEKTKLITQLRDAKNLIEQLEQDKGMVIAETKRQMHETLEMKEEEIAQLRSRIKQMTTQG EELREQKEKSERAAFEELEKALSTAQKTEEARRKLKAEMDEQIKTIEKTSEEERISLQQELSRVKQEVVD VMKKSSEEQIAKLQKLHEKELARKEQELTKKLQTREREFQEQMKVALEKSQSEYLKISQEKEQQESLALE ELELQKKAILTESENKLRDLQQEAETYRTRILELESSLEKSLQENKNQSKDLAVHLEAEKNKHNKEITVM VEKHKTELESLKHQQDALWTEKLQVLKQQYQTEMEKLREKCEQEKETLLKDKEIIFQAHIEEMNEKTLEK LDVKQTELESLSSELSEVLKARHKLEEELSVLKDQTDKMKQELEAKMDEQKNHHQQQVDSIIKEHEVSIQ RTEKALKDQINQLELLLKERDKHLKEHQAHVENLEADIKRSEGELQQASAKLDVFQSYQSATHEQTKAYE EQLAQLQQKLLDLETERILLTKQVAEVEAQKKDVCTELDAHKIQVQDLMQQLEKQNSEMEQKVKSLTQVY ESKLEDGNKEQEQTKQILVEKENMILQMREGQKKEIEILTQKLSAKEDSIHILNEEYETKFKNQEKKMEK VKQKAKEMQETLKKKLLDQEAKLKKELENTALELSQKEKQFNAKMLEMAQANSAGISDAVSRLETNQKEQ IESLTEVHRRELNDVISIWEKKLNQQAEELQEIHEIQLQEKEQEVAELKQKILLFGCEKEEMNKEITWLK EEGVKQDTTLNELQEQLKQKSAHVNSLAQDETKLKAHLEKLEVDLNKSLKENTFLQEQLVELKMLAEEDK RKVSELTSKLKTTDEEFQSLKSSHEKSNKSLEDKSLEFKKLSEELAIQLDICCKKTEALLEAKTNELINI SSSKTNAILSRISHCQHRTTKVKEALLIKTCTVSELEAQLRQLTEEQNTLNISFQQATHQLEEKENQIKS MKADIESLVTEKEALQKEGGNQQQAASEKESCITQLKKELSENINAVTLMKEELKEKKVEISSLSKQLTD LNVQLQNSISLSEKEAAISSLRKQYDEEKCELLDQVQDLSFKVDTLSKEKISALEQVDDWSNKFSEWKKK AQSRFTQHQNTVKELQIQLELKSKEAYEKDEQINLLKEELDQQNKRFDCLKGEMEDDKSKMEKKESNLET ELKSQTARIMELEDHITQKTIEIESLNEVLKNYNQQKDIEHKELVQKLQHFQELGEEKDNRVKEAEEKIL TLENQVYSMKAELETKKKELEHVNLSVKSKEEELKALEDRLESESAAKLAELKRKAEQKIAAIKKQLLSQ MEEKEEQYKKGTESHLSELNTKLQEREREVHILEEKLKSVESSQSETLIVPRSAKNVAAYTEQEEADSQG CVQKTYEEKISVLQRNLTEKEKLLQRVGQEKEETVSSHFEMRCQYQERLIKLEHAEAKQHEDQSMIGHLQ EELEEKNKKYSLIVAQHVEKEGGKNNIQAKQNLENVFDDVQKTLQEKELTCQILEQKIKELDSCLVRQKE VHRVEMEELTSKYEKLQALQQMDGRNKPTELLEENTEEKSKSHLVQPKLLSNMEAQHNDLEFKLAGAERE KQKLGKEIVRLQKDLRMLRKEHQQELEILKKEYDQEREEKIKQEQEDLELKHNSTLKQLMREFNTQLAQK EQELEMTIKETINKAQEVEAELLESHQEETNQLLKKIAEKDDDLKRTAKRYEEILDAREEEMTAKVRDLQ TQLEELQKKYQQKLEQEENPGNDNTQLAQKTTLISDSKLKEQEFREQIHNLEDRLKKYEKNVYATTVGTP YKGGNLYHTDVSLFGEPTEFEYLRKVLFEYMMGRETKTMAKVITTVLKFPDDQTQKILEREDARLMSWLR SSS ; 'Golgin subfamily A member 4' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 2243 1 2243 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . GOGA4_HUMAN Q13439 Q13439-3 1 2243 9606 'Homo sapiens (Human)' 1996-11-01 EDD8BCB88E02B9A4 # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no P ;MFKKLKQKISEEQQQLQQALAPAQASSNSSTPTRMRSRTSSFTEQLDEGTPNRENASTHASKSPDSVNGS EPSIPQSGDTQSFAQKLQLRVPSVESLFRSPIKESLFRSSSKESLVRTSSRESLNRLDLDSSTASFDPPS DMDSEAEDLVGNSDSLNKEQLIQRLRRMERSLSSYRGKYSELVTAYQMLQREKKKLQGILSQSQDKSLRR IAELREELQMDQQAKKHLQEEFDASLEEKDQYISVLQTQVSLLKQRLRNGPMNVDVLKPLPQLEPQAEVF TKEENPESDGEPVVEDGTSVKTLETLQQRVKRQENLLKRCKETIQSHKEQCTLLTSEKEALQEQLDERLQ ELEKIKDLHMAEKTKLITQLRDAKNLIEQLEQDKGMVIAETKRQMHETLEMKEEEIAQLRSRIKQMTTQG EELREQKEKSERAAFEELEKALSTAQKTEEARRKLKAEMDEQIKTIEKTSEEERISLQQELSRVKQEVVD VMKKSSEEQIAKLQKLHEKELARKEQELTKKLQTREREFQEQMKVALEKSQSEYLKISQEKEQQESLALE ELELQKKAILTESENKLRDLQQEAETYRTRILELESSLEKSLQENKNQSKDLAVHLEAEKNKHNKEITVM 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_entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET . 1 2 PHE . 1 3 LYS . 1 4 LYS . 1 5 LEU . 1 6 LYS . 1 7 GLN . 1 8 LYS . 1 9 ILE . 1 10 SER . 1 11 GLU . 1 12 GLU . 1 13 GLN . 1 14 GLN . 1 15 GLN . 1 16 LEU . 1 17 GLN . 1 18 GLN . 1 19 ALA . 1 20 LEU . 1 21 ALA . 1 22 PRO . 1 23 ALA . 1 24 GLN . 1 25 ALA . 1 26 SER . 1 27 SER . 1 28 ASN . 1 29 SER . 1 30 SER . 1 31 THR . 1 32 PRO . 1 33 THR . 1 34 ARG . 1 35 MET . 1 36 ARG . 1 37 SER . 1 38 ARG . 1 39 THR . 1 40 SER . 1 41 SER . 1 42 PHE . 1 43 THR . 1 44 GLU . 1 45 GLN . 1 46 LEU . 1 47 ASP . 1 48 GLU . 1 49 GLY . 1 50 THR . 1 51 PRO . 1 52 ASN . 1 53 ARG . 1 54 GLU . 1 55 ASN . 1 56 ALA . 1 57 SER . 1 58 THR . 1 59 HIS . 1 60 ALA . 1 61 SER . 1 62 LYS . 1 63 SER . 1 64 PRO . 1 65 ASP . 1 66 SER . 1 67 VAL . 1 68 ASN . 1 69 GLY . 1 70 SER . 1 71 GLU . 1 72 PRO . 1 73 SER . 1 74 ILE . 1 75 PRO . 1 76 GLN . 1 77 SER . 1 78 GLY . 1 79 ASP . 1 80 THR . 1 81 GLN . 1 82 SER . 1 83 PHE . 1 84 ALA . 1 85 GLN . 1 86 LYS . 1 87 LEU . 1 88 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A 1 2053 LEU 2053 ? ? ? P . A 1 2054 GLU 2054 ? ? ? P . A 1 2055 SER 2055 ? ? ? P . A 1 2056 HIS 2056 ? ? ? P . A 1 2057 GLN 2057 ? ? ? P . A 1 2058 GLU 2058 ? ? ? P . A 1 2059 GLU 2059 ? ? ? P . A 1 2060 THR 2060 ? ? ? P . A 1 2061 ASN 2061 ? ? ? P . A 1 2062 GLN 2062 ? ? ? P . A 1 2063 LEU 2063 ? ? ? P . A 1 2064 LEU 2064 ? ? ? P . A 1 2065 LYS 2065 ? ? ? P . A 1 2066 LYS 2066 ? ? ? P . A 1 2067 ILE 2067 ? ? ? P . A 1 2068 ALA 2068 ? ? ? P . A 1 2069 GLU 2069 ? ? ? P . A 1 2070 LYS 2070 ? ? ? P . A 1 2071 ASP 2071 ? ? ? P . A 1 2072 ASP 2072 ? ? ? P . A 1 2073 ASP 2073 ? ? ? P . A 1 2074 LEU 2074 ? ? ? P . A 1 2075 LYS 2075 ? ? ? P . A 1 2076 ARG 2076 ? ? ? P . A 1 2077 THR 2077 ? ? ? P . A 1 2078 ALA 2078 ? ? ? P . A 1 2079 LYS 2079 ? ? ? P . A 1 2080 ARG 2080 ? ? ? P . A 1 2081 TYR 2081 ? ? ? P . A 1 2082 GLU 2082 ? ? ? P . A 1 2083 GLU 2083 ? ? ? P . A 1 2084 ILE 2084 ? ? ? P . A 1 2085 LEU 2085 ? ? ? P . A 1 2086 ASP 2086 ? ? ? P . A 1 2087 ALA 2087 ? ? ? P . A 1 2088 ARG 2088 ? ? ? P . A 1 2089 GLU 2089 ? ? ? P . A 1 2090 GLU 2090 ? ? ? P . A 1 2091 GLU 2091 ? ? ? P . A 1 2092 MET 2092 ? ? ? P . A 1 2093 THR 2093 ? ? ? P . A 1 2094 ALA 2094 ? ? ? P . A 1 2095 LYS 2095 ? ? ? P . A 1 2096 VAL 2096 ? ? ? P . A 1 2097 ARG 2097 ? ? ? P . A 1 2098 ASP 2098 ? ? ? P . A 1 2099 LEU 2099 ? ? ? P . A 1 2100 GLN 2100 ? ? ? P . A 1 2101 THR 2101 ? ? ? P . A 1 2102 GLN 2102 ? ? ? P . A 1 2103 LEU 2103 ? ? ? P . A 1 2104 GLU 2104 ? ? ? P . A 1 2105 GLU 2105 ? ? ? P . A 1 2106 LEU 2106 ? ? ? P . A 1 2107 GLN 2107 ? ? ? P . A 1 2108 LYS 2108 ? ? ? P . A 1 2109 LYS 2109 ? ? ? P . A 1 2110 TYR 2110 ? ? ? P . A 1 2111 GLN 2111 ? ? ? P . A 1 2112 GLN 2112 ? ? ? P . A 1 2113 LYS 2113 ? ? ? P . A 1 2114 LEU 2114 ? ? ? P . A 1 2115 GLU 2115 ? ? ? P . A 1 2116 GLN 2116 ? ? ? P . A 1 2117 GLU 2117 ? ? ? P . A 1 2118 GLU 2118 ? ? ? P . A 1 2119 ASN 2119 ? ? ? P . A 1 2120 PRO 2120 ? ? ? P . A 1 2121 GLY 2121 ? ? ? P . A 1 2122 ASN 2122 ? ? ? P . A 1 2123 ASP 2123 ? ? ? P . A 1 2124 ASN 2124 ? ? ? P . A 1 2125 THR 2125 ? ? ? P . A 1 2126 GLN 2126 ? ? ? P . A 1 2127 LEU 2127 ? ? ? P . A 1 2128 ALA 2128 ? ? ? P . A 1 2129 GLN 2129 ? ? ? P . A 1 2130 LYS 2130 ? ? ? P . A 1 2131 THR 2131 ? ? ? P . A 1 2132 THR 2132 ? ? ? P . A 1 2133 LEU 2133 ? ? ? P . A 1 2134 ILE 2134 ? ? ? P . A 1 2135 SER 2135 ? ? ? P . A 1 2136 ASP 2136 ? ? ? P . A 1 2137 SER 2137 ? ? ? P . A 1 2138 LYS 2138 ? ? ? P . A 1 2139 LEU 2139 ? ? ? P . A 1 2140 LYS 2140 ? ? ? P . A 1 2141 GLU 2141 ? ? ? P . A 1 2142 GLN 2142 ? ? ? P . A 1 2143 GLU 2143 ? ? ? P . A 1 2144 PHE 2144 ? ? ? P . A 1 2145 ARG 2145 ? ? ? P . A 1 2146 GLU 2146 ? ? ? P . A 1 2147 GLN 2147 ? ? ? P . A 1 2148 ILE 2148 ? ? ? P . A 1 2149 HIS 2149 ? ? ? P . A 1 2150 ASN 2150 ? ? ? P . A 1 2151 LEU 2151 ? ? ? P . A 1 2152 GLU 2152 ? ? ? P . A 1 2153 ASP 2153 ? ? ? P . A 1 2154 ARG 2154 ? ? ? P . A 1 2155 LEU 2155 ? ? ? P . A 1 2156 LYS 2156 ? ? ? P . A 1 2157 LYS 2157 ? ? ? P . A 1 2158 TYR 2158 ? ? ? P . A 1 2159 GLU 2159 ? ? ? P . A 1 2160 LYS 2160 ? ? ? P . A 1 2161 ASN 2161 ? ? ? P . A 1 2162 VAL 2162 ? ? ? P . A 1 2163 TYR 2163 ? ? ? P . A 1 2164 ALA 2164 ? ? ? P . A 1 2165 THR 2165 ? ? ? P . A 1 2166 THR 2166 ? ? ? P . A 1 2167 VAL 2167 ? ? ? P . A 1 2168 GLY 2168 ? ? ? P . A 1 2169 THR 2169 ? ? ? P . A 1 2170 PRO 2170 ? ? ? P . A 1 2171 TYR 2171 ? ? ? P . A 1 2172 LYS 2172 ? ? ? P . A 1 2173 GLY 2173 ? ? ? P . A 1 2174 GLY 2174 ? ? ? P . A 1 2175 ASN 2175 ? ? ? P . A 1 2176 LEU 2176 ? ? ? P . A 1 2177 TYR 2177 ? ? ? P . A 1 2178 HIS 2178 ? ? ? P . A 1 2179 THR 2179 ? ? ? P . A 1 2180 ASP 2180 ? ? ? P . A 1 2181 VAL 2181 ? ? ? P . A 1 2182 SER 2182 ? ? ? P . A 1 2183 LEU 2183 ? ? ? P . A 1 2184 PHE 2184 ? ? ? P . A 1 2185 GLY 2185 ? ? ? P . A 1 2186 GLU 2186 ? ? ? P . A 1 2187 PRO 2187 ? ? ? P . A 1 2188 THR 2188 ? ? ? P . A 1 2189 GLU 2189 ? ? ? P . A 1 2190 PHE 2190 ? ? ? P . A 1 2191 GLU 2191 ? ? ? P . A 1 2192 TYR 2192 ? ? ? P . A 1 2193 LEU 2193 ? ? ? P . A 1 2194 ARG 2194 ? ? ? P . A 1 2195 LYS 2195 ? ? ? P . A 1 2196 VAL 2196 ? ? ? P . A 1 2197 LEU 2197 ? ? ? P . A 1 2198 PHE 2198 ? ? ? P . A 1 2199 GLU 2199 ? ? ? P . A 1 2200 TYR 2200 ? ? ? P . A 1 2201 MET 2201 ? ? ? P . A 1 2202 MET 2202 ? ? ? P . A 1 2203 GLY 2203 ? ? ? P . A 1 2204 ARG 2204 ? ? ? P . A 1 2205 GLU 2205 ? ? ? P . A 1 2206 THR 2206 ? ? ? P . A 1 2207 LYS 2207 ? ? ? P . A 1 2208 THR 2208 ? ? ? P . A 1 2209 MET 2209 ? ? ? P . A 1 2210 ALA 2210 ? ? ? P . A 1 2211 LYS 2211 ? ? ? P . A 1 2212 VAL 2212 ? ? ? P . A 1 2213 ILE 2213 ? ? ? P . A 1 2214 THR 2214 ? ? ? P . A 1 2215 THR 2215 ? ? ? P . A 1 2216 VAL 2216 ? ? ? P . A 1 2217 LEU 2217 ? ? ? P . A 1 2218 LYS 2218 ? ? ? P . A 1 2219 PHE 2219 ? ? ? P . A 1 2220 PRO 2220 ? ? ? P . A 1 2221 ASP 2221 ? ? ? P . A 1 2222 ASP 2222 ? ? ? P . A 1 2223 GLN 2223 ? ? ? P . A 1 2224 THR 2224 ? ? ? P . A 1 2225 GLN 2225 ? ? ? P . A 1 2226 LYS 2226 ? ? ? P . A 1 2227 ILE 2227 ? ? ? P . A 1 2228 LEU 2228 ? ? ? P . A 1 2229 GLU 2229 ? ? ? P . A 1 2230 ARG 2230 ? ? ? P . A 1 2231 GLU 2231 ? ? ? P . A 1 2232 ASP 2232 ? ? ? P . A 1 2233 ALA 2233 ? ? ? P . A 1 2234 ARG 2234 ? ? ? P . A 1 2235 LEU 2235 ? ? ? P . A 1 2236 MET 2236 ? ? ? P . A 1 2237 SER 2237 ? ? ? P . A 1 2238 TRP 2238 ? ? ? P . A 1 2239 LEU 2239 ? ? ? P . A 1 2240 ARG 2240 ? ? ? P . A 1 2241 SER 2241 ? ? ? P . A 1 2242 SER 2242 ? ? ? P . A 1 2243 SER 2243 ? ? ? P . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'Coiled-coil domain-containing protein 153 {PDB ID=8th8, label_asym_id=P, auth_asym_id=S, SMTL ID=8th8.1.P}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 8th8, label_asym_id=P' 'target-template alignment' . 4 'model 15' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-12-04 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-11-29 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A P 15 1 S # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;MSKKSGKGKGKNDGDELGAEKEQVLRTKVESLIQRLGHEQERADRAKAAENELRARLFDLDKDFKNEKDR LFSITSDMTRQYKQMQDELLNQVNDLNKTVIEKDEEIKKKDQQIQDMTKDYEYKLKKKDDEIQDLKRKIE EMSAEFAKMLKDTLDKMQERIEMVQWDSDTDPQMMKRLKDMTGLSNN ; ;MSKKSGKGKGKNDGDELGAEKEQVLRTKVESLIQRLGHEQERADRAKAAENELRARLFDLDKDFKNEKDR LFSITSDMTRQYKQMQDELLNQVNDLNKTVIEKDEEIKKKDQQIQDMTKDYEYKLKKKDDEIQDLKRKIE EMSAEFAKMLKDTLDKMQERIEMVQWDSDTDPQMMKRLKDMTGLSNN ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 29 158 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 8th8 2024-10-23 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 2243 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 2246 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 72.000 21.260 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MFKKLKQKISEEQQQLQQALAPAQASSNSSTPTRMRSRTSSFTEQLDEGTPNRENASTHASKSPDSVNGSEPSIPQSGDTQSFAQKLQLRVPSVESLFRSPIKESLFRSSSKESLVRTSSRESLNRLDLDSSTASFDPPSDMDSEAEDLVGNSDSLNKEQLIQRLRRMERSLSSYRGKYSELVTAYQMLQREKKKLQGILSQSQDKSLRRIAELREELQMDQQAKKHLQEEFDASLEEKDQYISVLQTQVSLLKQRLRNGPMNVDVLKPLPQLEPQAEVFTKEENPESDGEPVVEDGTSVKTLETLQQRVKRQENLLKRCKETIQSHKEQCTLLTSEKEALQEQLDERLQELEKIKDLHMAEKTKLITQLRDAKNLIEQLEQDKGMVIAETKRQMHETLEMKEEEIAQLRSRIKQMTTQGEELREQKEKSERAAFEELEKALSTAQKTEEARRKLKAEMDEQIKTIEKTSEEERISLQQELSRVKQEVVDVMKKSSEEQIAKLQKLHEKELARKE---QELTKKLQTREREFQEQMKVALEKSQSEYLKISQEKEQQESLALEELELQKKAILTESENKLRDLQQEAETYRTRILELESSLEKSLQENKNQSKDLAVHLEAEKNKHNKEITVMVEKHKTELESLKHQQDALWTEKLQVLKQQYQTEMEKLREKCEQEKETLLKDKEIIFQAHIEEMNEKTLEKLDVKQTELESLSSELSEVLKARHKLEEELSVLKDQTDKMKQELEAKMDEQKNHHQQQVDSIIKEHEVSIQRTEKALKDQINQLELLLKERDKHLKEHQAHVENLEADIKRSEGELQQASAKLDVFQSYQSATHEQTKAYEEQLAQLQQKLLDLETERILLTKQVAEVEAQKKDVCTELDAHKIQVQDLMQQLEKQNSEMEQKVKSLTQVYESKLEDGNKEQEQTKQILVEKENMILQMREGQKKEIEILTQKLSAKEDSIHILNEEYETKFKNQEKKMEKVKQKAKEMQETLKKKLLDQEAKLKKELENTALELSQKEKQFNAKMLEMAQANSAGISDAVSRLETNQKEQIESLTEVHRRELNDVISIWEKKLNQQAEELQEIHEIQLQEKEQEVAELKQKILLFGCEKEEMNKEITWLKEEGVKQDTTLNELQEQLKQKSAHVNSLAQDETKLKAHLEKLEVDLNKSLKENTFLQEQLVELKMLAEEDKRKVSELTSKLKTTDEEFQSLKSSHEKSNKSLEDKSLEFKKLSEELAIQLDICCKKTEALLEAKTNELINISSSKTNAILSRISHCQHRTTKVKEALLIKTCTVSELEAQLRQLTEEQNTLNISFQQATHQLEEKENQIKSMKADIESLVTEKEALQKEGGNQQQAASEKESCITQLKKELSENINAVTLMKEELKEKKVEISSLSKQLTDLNVQLQNSISLSEKEAAISSLRKQYDEEKCELLDQVQDLSFKVDTLSKEKISALEQVDDWSNKFSEWKKKAQSRFTQHQNTVKELQIQLELKSKEAYEKDEQINLLKEELDQQNKRFDCLKGEMEDDKSKMEKKESNLETELKSQTARIMELEDHITQKTIEIESLNEVLKNYNQQKDIEHKELVQKLQHFQELGEEKDNRVKEAEEKILTLENQVYSMKAELETKKKELEHVNLSVKSKEEELKALEDRLESESAAKLAELKRKAEQKIAAIKKQLLSQMEEKEEQYKKGTESHLSELNTKLQEREREVHILEEKLKSVESSQSETLIVPRSAKNVAAYTEQEEADSQGCVQKTYEEKISVLQRNLTEKEKLLQRVGQEKEETVSSHFEMRCQYQERLIKLEHAEAKQHEDQSMIGHLQEELEEKNKKYSLIVAQHVEKEGGKNNIQAKQNLENVFDDVQKTLQEKELTCQILEQKIKELDSCLVRQKEVHRVEMEELTSKYEKLQALQQMDGRNKPTELLEENTEEKSKSHLVQPKLLSNMEAQHNDLEFKLAGAEREKQKLGKEIVRLQKDLRMLRKEHQQELEILKKEYDQEREEKIKQEQEDLELKHNSTLKQLMREFNTQLAQKEQELEMTIKETINKAQEVEAELLESHQEETNQLLKKIAEKDDDLKRTAKRYEEILDAREEEMTAKVRDLQTQLEELQKKYQQKLEQEENPGNDNTQLAQKTTLISDSKLKEQEFREQIHNLEDRLKKYEKNVYATTVGTPYKGGNLYHTDVSLFGEPTEFEYLRKVLFEYMMGRETKTMAKVITTVLKFPDDQTQKILEREDARLMSWLRSSS 2 1 2 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_atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . 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A 137.948 241.210 191.670 1 1 P GLU 0.620 1 ATOM 41 C CD . GLU 403 403 ? A 136.713 241.421 192.537 1 1 P GLU 0.620 1 ATOM 42 O OE1 . GLU 403 403 ? A 135.601 241.009 192.126 1 1 P GLU 0.620 1 ATOM 43 O OE2 . GLU 403 403 ? A 136.890 242.044 193.615 1 1 P GLU 0.620 1 ATOM 44 N N . GLU 404 404 ? A 138.047 239.423 187.342 1 1 P GLU 0.650 1 ATOM 45 C CA . GLU 404 404 ? A 137.895 238.504 186.224 1 1 P GLU 0.650 1 ATOM 46 C C . GLU 404 404 ? A 139.232 238.057 185.634 1 1 P GLU 0.650 1 ATOM 47 O O . GLU 404 404 ? A 139.503 236.864 185.474 1 1 P GLU 0.650 1 ATOM 48 C CB . GLU 404 404 ? A 137.075 239.185 185.095 1 1 P GLU 0.650 1 ATOM 49 C CG . GLU 404 404 ? A 136.800 238.282 183.862 1 1 P GLU 0.650 1 ATOM 50 C CD . GLU 404 404 ? A 135.965 237.053 184.207 1 1 P GLU 0.650 1 ATOM 51 O OE1 . GLU 404 404 ? A 136.385 235.938 183.796 1 1 P GLU 0.650 1 ATOM 52 O OE2 . GLU 404 404 ? A 134.906 237.211 184.856 1 1 P GLU 0.650 1 ATOM 53 N N . GLU 405 405 ? 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A 182.647 189.170 162.166 1 1 P ALA 0.760 1 ATOM 431 O O . ALA 451 451 ? A 183.377 188.352 161.618 1 1 P ALA 0.760 1 ATOM 432 C CB . ALA 451 451 ? A 180.149 189.110 162.252 1 1 P ALA 0.760 1 ATOM 433 N N . ARG 452 452 ? A 182.940 190.486 162.130 1 1 P ARG 0.630 1 ATOM 434 C CA . ARG 452 452 ? A 184.097 191.024 161.438 1 1 P ARG 0.630 1 ATOM 435 C C . ARG 452 452 ? A 185.437 190.555 161.999 1 1 P ARG 0.630 1 ATOM 436 O O . ARG 452 452 ? A 186.377 190.280 161.250 1 1 P ARG 0.630 1 ATOM 437 C CB . ARG 452 452 ? A 184.087 192.568 161.525 1 1 P ARG 0.630 1 ATOM 438 C CG . ARG 452 452 ? A 185.241 193.263 160.765 1 1 P ARG 0.630 1 ATOM 439 C CD . ARG 452 452 ? A 185.554 194.678 161.279 1 1 P ARG 0.630 1 ATOM 440 N NE . ARG 452 452 ? A 186.048 194.587 162.703 1 1 P ARG 0.630 1 ATOM 441 C CZ . ARG 452 452 ? A 187.300 194.361 163.110 1 1 P ARG 0.630 1 ATOM 442 N NH1 . ARG 452 452 ? A 188.229 193.989 162.241 1 1 P ARG 0.630 1 ATOM 443 N NH2 . ARG 452 452 ? 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It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #