data_SMR-8e08374add06336a07aa40836835a84a_3 _entry.id SMR-8e08374add06336a07aa40836835a84a_3 _struct.entry_id SMR-8e08374add06336a07aa40836835a84a_3 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - Q60974 (isoform 2)/ NCOR1_MOUSE, Nuclear receptor corepressor 1 Estimated model accuracy of this model is 0.0, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries Q60974 (isoform 2)' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 310363.278 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP NCOR1_MOUSE Q60974 1 ;MSSSGYPPNQGAFSTEQSRYPSHSVQYTFPSARHQQEFAVPDYRSSHLEVSQASQLLQQQQQQQLRRRPS LLSEFHPGSDRPQERRSGYEQFHPGPSPVDHDSLESKRPRLEQVSDSHFQRISAAVLPLVHTLPEGLRSS ANAKKDPAFGVKHEAPSSPLSGQPCGDDQNASPSKLSKEELIQSMDRVDREIAKVEQQILKLKKKQQQLE EEAAKPPEPEKPVSPPPVEQKHRSIVQIIYDENRKKAEEAHKIFEGLGPKVELPLYNQPSDTKVYHENIK TNQVMRKKLILFFKRRNHARKQREQKICQRYDQLMEAWEKKVDRIENNPRRKAKESKTREYYEKQFPEIR KQREQQERFQRVGQRGAGLSATIARSEHEISEIIDGLSEQENNEKQMRQLSVIPPMMFDAEQRRVKFINM NGLMEDPMKVYKDRQFMNVWTDHEKEIFKDKFIQHPKNFGLIASYLERKSVPDCVLYYYLTKKNENYKAL VRRNYGKRRGRNQQIARPSQEEKVEEKEEDKAEKTEKKEEEKKDDEEKDDKEDSKETTKEKDRTEATAEE PEEREQVTPRGRKTANSQGRGKGRVTRSMTSEAAAANAAAAATEEPPPPLPPPPEPISTEPVETSRWTEE EMEVAKKGLVEHGRNWAAIAKMVGTKSEAQCKNFYFNYKRRHNLDNLLQQHKQKASRKPREERDVSQCES VASTVSAQEDEDIEASNEEENPEDSEGAENSSDTESAPSPSPVEAAKSSEDSSENAASRGNTEPVAELEA TTDPAPCASPSSAVPTTKPAERESVEAQVTDSASAETAEPMDVDHEECGAEGSSVLDPPAPTKADSVDPE MQVPENTASKGEGDAKERDLESTSEKTEARDEDVVVAEQIERPEPQSDDDSSATCSADEGVDGEPERQRV FPMDAKPSLLTPPGSILISSPIKPNLLDLPQLQHRAAVIPPMVSCTPCNIPIGTPVSGYALYQRHIKAMH ESALLEEQRQRQEQVDLECRSSTSPCSTSKSPNREWEVLQPAPHQVITNLPEGVRLPTTRPTRPPPPLIP SSKTTVASEKPSFIMGGSISQGTPGTYLSSHNQAYPQEAPKPSVGSISLGLPRQQESTKAAPLTYIKQEE FSPRSQNSQPEGLLVRAQHEGVVRGTAGAVQEGSITRGTPASKISVETISSLRGSITQGTPALPQAGIPT EALVKGPVSRMPIEESSPEKVREEAASKGHVIYEGKSGHILSYDNIKNAREGTRSPRTAHEMSLKRSYEA VEGSIKQGMSMRESPVSAPLEGLICRALPRGSPHSDLKERTVLSGSIMQGTPRATAESFEDGLKYPKQIK RESPPIRAFEGAITKGKPYDGITTIKEMGRSIHEIPRQDILTQESRKTPEVVQSTRPIIEGSISQGTPIK FDNNSGQSAIKHNVKSLITGPSKLPRGMLEIVPENIKVVERGKYEDVKAGEPVRARHTSVVSSGPSVLRS TLHEAPKAQLSPGLYDDSSARRTPVSYQNTISRGSPMMNRTSDVSSSKSASHERKSTLTPTQRESIPAKS PVPGVDPIVSHSPFDPHHRSSAAGEVYRSHLPTHLDPAMPFHRALDPAAAYLLQRQLSPTPGYPSQYQLY AMENTRQTILNDYITSQQMQVNLRPDVTRGLSPREQPLGLPYPATRGIIDLTNMPPTILVPHAGGTSTPP MDRITYIPGTQVTFPPRPYNAASLSPGHPTHLAAAASAEREREREREKERERERERERERERERIAAAPA DLYLRPGSEQPGRPGSHGYVRSPSPSVRTQETILQQRPSVFQGTNGTSVITPLDPTAQLRIMPLPSGGPS ISQGLPASRYNTAADALAALVDAAASAPQMDVSKTKESKHEAARLEENLRSRSAAVSEQQQLEQKNLEVE KRSVQCVCTSSALPSGKAQPHASVVYSEAGKDKGPPPKSRYEEELRTRGKTTITAANFIDVIITRQIASD KDARERGSQSSDSSSSLSSHRYETASDAIEVISPASSPAPPQEKPQAYQPDMVKANQAENESTRQYEGPL HHYRSQQESPSPQQQPPLPPSSQSEGMGQVPRTHRLITLADHICQIITQDFARNQVPSQASTSTFQTSPS ALSSTPVRTKTSSRYSPESQSQTVLHPRPGPRVSPENLVDKSRGSRPGKSPERSHIPSEPYEPISPPQGP AVHEKQDSMLLLSQRGVDPAEQRSDSRSPGSISYLPSFFTKLESTSPMVKSKKQEIFRKLNSSGGGDSDM AAAQPGTEIFNLPAVTTSGAVSSRSHSFADPASNLGLEDIIRKALMGSFDDKVEDHGVVMSHPVGIMPGS ASTSVVTSSEARRDEGEPSPHAEGDYHRQTPGWAWEDRPSSTGSTQFPYNPLTIRMLSSTPPTQIACAPS AITQAAPHQQNRIWEREPAPLLSAQYETLSDSDD ; 'Nuclear receptor corepressor 1' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 2414 1 2414 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . NCOR1_MOUSE Q60974 Q60974-2 1 2414 10090 'Mus musculus (Mouse)' 1996-11-01 73D7A3799340A5F8 # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no D ;MSSSGYPPNQGAFSTEQSRYPSHSVQYTFPSARHQQEFAVPDYRSSHLEVSQASQLLQQQQQQQLRRRPS LLSEFHPGSDRPQERRSGYEQFHPGPSPVDHDSLESKRPRLEQVSDSHFQRISAAVLPLVHTLPEGLRSS ANAKKDPAFGVKHEAPSSPLSGQPCGDDQNASPSKLSKEELIQSMDRVDREIAKVEQQILKLKKKQQQLE EEAAKPPEPEKPVSPPPVEQKHRSIVQIIYDENRKKAEEAHKIFEGLGPKVELPLYNQPSDTKVYHENIK TNQVMRKKLILFFKRRNHARKQREQKICQRYDQLMEAWEKKVDRIENNPRRKAKESKTREYYEKQFPEIR KQREQQERFQRVGQRGAGLSATIARSEHEISEIIDGLSEQENNEKQMRQLSVIPPMMFDAEQRRVKFINM NGLMEDPMKVYKDRQFMNVWTDHEKEIFKDKFIQHPKNFGLIASYLERKSVPDCVLYYYLTKKNENYKAL VRRNYGKRRGRNQQIARPSQEEKVEEKEEDKAEKTEKKEEEKKDDEEKDDKEDSKETTKEKDRTEATAEE PEEREQVTPRGRKTANSQGRGKGRVTRSMTSEAAAANAAAAATEEPPPPLPPPPEPISTEPVETSRWTEE 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D . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'REST corepressor 1 {PDB ID=8vrt, label_asym_id=D, auth_asym_id=D, SMTL ID=8vrt.1.D}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 8vrt, label_asym_id=D' 'target-template alignment' . 4 'model 3' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-12-04 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-11-29 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A D 3 1 D # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;MSWEEGSSGSSSDEEHGGGGMRVGPQYQAVVPDFDPAKLARRSQERDNLGMLVWSPNQNLSEAKLDEYIA IAKEKHGYNMEQALGMLFWHKHNIEKSLADLPNFTPFPDEWTVEDKVLFEQAFSFHGKTFHRIQQMLPDK SIASLVKFYYSWKKTRTKTSVMDRHARKQKREREESEDELEEANGNNPIDIEVDQNKESKKEVPPTETVP QVKKEKHSTQAKNRAKRKPPKGMFLSQEDVEAVSANATAATTVLRQLDMELVSVKRQIQNIKQTNSALKE KLDGGIEPYRLPEVIQKCNARWTTEEQLLAVQAIRKYGRDFQAISDVIGNKSVVQVKNFFVNYRRRFNID EVLQEWEAEHGKEETNGPSNQKPVKSPDNSIKMPEEEDEAPVLDVRYASAS ; ;MSWEEGSSGSSSDEEHGGGGMRVGPQYQAVVPDFDPAKLARRSQERDNLGMLVWSPNQNLSEAKLDEYIA IAKEKHGYNMEQALGMLFWHKHNIEKSLADLPNFTPFPDEWTVEDKVLFEQAFSFHGKTFHRIQQMLPDK SIASLVKFYYSWKKTRTKTSVMDRHARKQKREREESEDELEEANGNNPIDIEVDQNKESKKEVPPTETVP QVKKEKHSTQAKNRAKRKPPKGMFLSQEDVEAVSANATAATTVLRQLDMELVSVKRQIQNIKQTNSALKE KLDGGIEPYRLPEVIQKCNARWTTEEQLLAVQAIRKYGRDFQAISDVIGNKSVVQVKNFFVNYRRRFNID EVLQEWEAEHGKEETNGPSNQKPVKSPDNSIKMPEEEDEAPVLDVRYASAS ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 105 365 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 8vrt 2024-11-27 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 2414 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 2449 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 2e-28 28.319 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MSSSGYPPNQGAFSTEQSRYPSHSVQYTFPSARHQQEFAVPDYRSSHLEVSQASQLLQQQQQQQLRRRPSLLSEFHPGSDRPQERRSGYEQFHPGPSPVDHDSLESKRPRLEQVSDSHFQRISAAVLPLVHTLPEGLRSSANAKKDPAFGVKHEAPSSPLSGQPCGDDQNASPSKLSKEELIQSMDRVDREIAKVEQQILKLKKKQQQLEEEAAKPPEPEKPVSPPPVEQKHRSIVQIIYDENRKKAEEAHKIFEGLGPKVELPLYNQPSDTKVYHENIKTNQVMRKKLILFFKRRNHARKQREQKICQRYDQLMEAWEKKVDRIENNPRRKAKESKTREYYEKQFPEIRKQREQQERFQRVGQRGAGLSATIARSEHEISEIIDGLSEQENNEKQMRQLSVIPPMMFDAEQRRVKFINMNGLMEDPMKVYKDRQFMNVWTDHEKEIFKDKFIQHPKNFGLIASYLERKSVPDCVLYYYLTKKNENYKALVRRNYGKRRGRNQQIARPSQEEKVEEKEEDKAEKTEKKEEEKKDDEEKDDKEDSKETTKEKDRTEATAEEPEEREQVTPRGRKTANSQGRGKGRVTRSMTSEAAAA-----NAAAA-----AT-------------------------EEPPPPLPPPPEPISTEPVETSRWTEEEMEVAKKGLVEHGRNWAAIAKMVGTKSEAQCKNFYFNYKRRHNLDNLLQQHKQKASRKPREERDVSQCESVASTVSAQEDEDIEASNEEENPEDSEGAENSSDTESAPSPSPVEAAKSSEDSSENAASRGNTEPVAELEATTDPAPCASPSSAVPTTKPAERESVEAQVTDSASAETAEPMDVDHEECGAEGSSVLDPPAPTKADSVDPEMQVPENTASKGEGDAKERDLESTSEKTEARDEDVVVAEQIERPEPQSDDDSSATCSADEGVDGEPERQRVFPMDAKPSLLTPPGSILISSPIKPNLLDLPQLQHRAAVIPPMVSCTPCNIPIGTPVSGYALYQRHIKAMHESALLEEQRQRQEQVDLECRSSTSPCSTSKSPNREWEVLQPAPHQVITNLPEGVRLPTTRPTRPPPPLIPSSKTTVASEKPSFIMGGSISQGTPGTYLSSHNQAYPQEAPKPSVGSISLGLPRQQESTKAAPLTYIKQEEFSPRSQNSQPEGLLVRAQHEGVVRGTAGAVQEGSITRGTPASKISVETISSLRGSITQGTPALPQAGIPTEALVKGPVSRMPIEESSPEKVREEAASKGHVIYEGKSGHILSYDNIKNAREGTRSPRTAHEMSLKRSYEAVEGSIKQGMSMRESPVSAPLEGLICRALPRGSPHSDLKERTVLSGSIMQGTPRATAESFEDGLKYPKQIKRESPPIRAFEGAITKGKPYDGITTIKEMGRSIHEIPRQDILTQESRKTPEVVQSTRPIIEGSISQGTPIKFDNNSGQSAIKHNVKSLITGPSKLPRGMLEIVPENIKVVERGKYEDVKAGEPVRARHTSVVSSGPSVLRSTLHEAPKAQLSPGLYDDSSARRTPVSYQNTISRGSPMMNRTSDVSSSKSASHERKSTLTPTQRESIPAKSPVPGVDPIVSHSPFDPHHRSSAAGEVYRSHLPTHLDPAMPFHRALDPAAAYLLQRQLSPTPGYPSQYQLYAMENTRQTILNDYITSQQMQVNLRPDVTRGLSPREQPLGLPYPATRGIIDLTNMPPTILVPHAGGTSTPPMDRITYIPGTQVTFPPRPYNAASLSPGHPTHLAAAASAEREREREREKERERERERERERERERIAAAPADLYLRPGSEQPGRPGSHGYVRSPSPSVRTQETILQQRPSVFQGTNGTSVITPLDPTAQLRIMPLPSGGPSISQGLPASRYNTAADALAALVDAAASAPQMDVSKTKESKHEAARLEENLRSRSAAVSEQQQLEQKNLEVEKRSVQCVCTSSALPSGKAQPHASVVYSEAGKDKGPPPKSRYEEELRTRGKTTITAANFIDVIITRQIASDKDARERGSQSSDSSSSLSSHRYETASDAIEVISPASSPAPPQEKPQAYQPDMVKANQAENESTRQYEGPLHHYRSQQESPSPQQQPPLPPSSQSEGMGQVPRTHRLITLADHICQIITQDFARNQVPSQASTSTFQTSPSALSSTPVRTKTSSRYSPESQSQTVLHPRPGPRVSPENLVDKSRGSRPGKSPERSHIPSEPYEPISPPQGPAVHEKQDSMLLLSQRGVDPAEQRSDSRSPGSISYLPSFFTKLESTSPMVKSKKQEIFRKLNSSGGGDSDMAAAQPGTEIFNLPAVTTSGAVSSRSHSFADPASNLGLEDIIRKALMGSFDDKVEDHGVVMSHPVGIMPGSASTSVVTSSEARRDEGEPSPHAEGDYHRQTPGWAWEDRPSSTGSTQFPYNPLTIRMLSSTPPTQIACAPSAITQAAPHQQNRIWEREPAPLLSAQYETLSDSDD 2 1 2 -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TPFPDEWTVEDKVLFEQAFSFHGKTFHRIQQMLPDKSIASLVKFYYSWKKTRTKTSVMDRHARKQKREREES-----EDELEEANG--NNP--------IDIEVDQNK----ESKKEVPP--TE-T----VPQV-KKEKHSTQAKNRAKRKPPKGMFLSQEDVEAVSANATAATTVLRQLDMELVSVKRQIQNIKQTNSALKEKLDGGIEPYR----LPEVIQKCNARWTTEEQLLAVQAIRKYGRDFQAISDVIGNKSVVQVKNFFVNYRRRFNIDEVLQEWEAEHGKEET-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL {QSQE=0.000}' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 8vrt.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 3' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . ARG 434 434 ? A 162.450 159.653 100.159 1 1 D ARG 0.190 1 ATOM 2 C CA . ARG 434 434 ? A 162.494 158.652 101.283 1 1 D ARG 0.190 1 ATOM 3 C C . ARG 434 434 ? A 162.853 159.365 102.559 1 1 D ARG 0.190 1 ATOM 4 O O . ARG 434 434 ? A 163.720 160.230 102.531 1 1 D ARG 0.190 1 ATOM 5 C CB . ARG 434 434 ? A 163.551 157.546 100.972 1 1 D ARG 0.190 1 ATOM 6 C CG . ARG 434 434 ? A 163.664 156.392 102.000 1 1 D ARG 0.190 1 ATOM 7 C CD . ARG 434 434 ? A 164.697 155.339 101.571 1 1 D ARG 0.190 1 ATOM 8 N NE . ARG 434 434 ? A 164.725 154.267 102.618 1 1 D ARG 0.190 1 ATOM 9 C CZ . ARG 434 434 ? A 165.528 153.196 102.545 1 1 D ARG 0.190 1 ATOM 10 N NH1 . ARG 434 434 ? A 166.349 153.025 101.514 1 1 D ARG 0.190 1 ATOM 11 N NH2 . ARG 434 434 ? A 165.512 152.277 103.507 1 1 D ARG 0.190 1 ATOM 12 N N . GLN 435 435 ? A 162.186 159.043 103.685 1 1 D GLN 0.210 1 ATOM 13 C CA . GLN 435 435 ? A 162.466 159.615 104.982 1 1 D GLN 0.210 1 ATOM 14 C C . GLN 435 435 ? A 163.693 158.909 105.547 1 1 D GLN 0.210 1 ATOM 15 O O . GLN 435 435 ? A 163.589 157.857 106.166 1 1 D GLN 0.210 1 ATOM 16 C CB . GLN 435 435 ? A 161.216 159.435 105.879 1 1 D GLN 0.210 1 ATOM 17 C CG . GLN 435 435 ? A 159.991 160.183 105.296 1 1 D GLN 0.210 1 ATOM 18 C CD . GLN 435 435 ? A 158.722 159.936 106.107 1 1 D GLN 0.210 1 ATOM 19 O OE1 . GLN 435 435 ? A 158.753 159.494 107.256 1 1 D GLN 0.210 1 ATOM 20 N NE2 . GLN 435 435 ? A 157.550 160.219 105.496 1 1 D GLN 0.210 1 ATOM 21 N N . PHE 436 436 ? A 164.899 159.430 105.227 1 1 D PHE 0.180 1 ATOM 22 C CA . PHE 436 436 ? A 166.187 158.895 105.634 1 1 D PHE 0.180 1 ATOM 23 C C . PHE 436 436 ? A 166.368 158.751 107.129 1 1 D PHE 0.180 1 ATOM 24 O O . PHE 436 436 ? A 166.511 159.719 107.871 1 1 D PHE 0.180 1 ATOM 25 C CB . PHE 436 436 ? A 167.359 159.756 105.104 1 1 D PHE 0.180 1 ATOM 26 C CG . PHE 436 436 ? A 167.622 159.493 103.653 1 1 D PHE 0.180 1 ATOM 27 C CD1 . PHE 436 436 ? A 168.367 158.367 103.274 1 1 D PHE 0.180 1 ATOM 28 C CD2 . PHE 436 436 ? A 167.221 160.400 102.664 1 1 D PHE 0.180 1 ATOM 29 C CE1 . PHE 436 436 ? A 168.713 158.153 101.936 1 1 D PHE 0.180 1 ATOM 30 C CE2 . PHE 436 436 ? A 167.566 160.191 101.323 1 1 D PHE 0.180 1 ATOM 31 C CZ . PHE 436 436 ? A 168.312 159.067 100.958 1 1 D PHE 0.180 1 ATOM 32 N N . MET 437 437 ? A 166.397 157.487 107.575 1 1 D MET 0.310 1 ATOM 33 C CA . MET 437 437 ? A 166.564 157.122 108.954 1 1 D MET 0.310 1 ATOM 34 C C . MET 437 437 ? A 168.016 156.828 109.226 1 1 D MET 0.310 1 ATOM 35 O O . MET 437 437 ? A 168.811 156.589 108.317 1 1 D MET 0.310 1 ATOM 36 C CB . MET 437 437 ? A 165.730 155.859 109.299 1 1 D MET 0.310 1 ATOM 37 C CG . MET 437 437 ? A 164.224 156.058 109.044 1 1 D MET 0.310 1 ATOM 38 S SD . MET 437 437 ? A 163.481 157.422 109.991 1 1 D MET 0.310 1 ATOM 39 C CE . MET 437 437 ? A 163.443 156.532 111.570 1 1 D MET 0.310 1 ATOM 40 N N . ASN 438 438 ? A 168.405 156.773 110.516 1 1 D ASN 0.370 1 ATOM 41 C CA . ASN 438 438 ? A 169.676 156.199 110.901 1 1 D ASN 0.370 1 ATOM 42 C C . ASN 438 438 ? A 169.691 154.737 110.489 1 1 D ASN 0.370 1 ATOM 43 O O . ASN 438 438 ? A 168.917 153.929 110.998 1 1 D ASN 0.370 1 ATOM 44 C CB . ASN 438 438 ? A 169.928 156.320 112.425 1 1 D ASN 0.370 1 ATOM 45 C CG . ASN 438 438 ? A 170.058 157.791 112.767 1 1 D ASN 0.370 1 ATOM 46 O OD1 . ASN 438 438 ? A 170.692 158.516 111.999 1 1 D ASN 0.370 1 ATOM 47 N ND2 . ASN 438 438 ? A 169.496 158.248 113.903 1 1 D ASN 0.370 1 ATOM 48 N N . VAL 439 439 ? A 170.549 154.374 109.515 1 1 D VAL 0.460 1 ATOM 49 C CA . VAL 439 439 ? A 170.595 153.037 108.948 1 1 D VAL 0.460 1 ATOM 50 C C . VAL 439 439 ? A 171.250 152.083 109.946 1 1 D VAL 0.460 1 ATOM 51 O O . VAL 439 439 ? A 172.464 151.882 109.983 1 1 D VAL 0.460 1 ATOM 52 C CB . VAL 439 439 ? A 171.252 153.016 107.563 1 1 D VAL 0.460 1 ATOM 53 C CG1 . VAL 439 439 ? A 171.127 151.628 106.893 1 1 D VAL 0.460 1 ATOM 54 C CG2 . VAL 439 439 ? A 170.581 154.079 106.661 1 1 D VAL 0.460 1 ATOM 55 N N . TRP 440 440 ? A 170.436 151.534 110.865 1 1 D TRP 0.510 1 ATOM 56 C CA . TRP 440 440 ? A 170.817 150.508 111.811 1 1 D TRP 0.510 1 ATOM 57 C C . TRP 440 440 ? A 170.307 149.179 111.299 1 1 D TRP 0.510 1 ATOM 58 O O . TRP 440 440 ? A 169.116 148.879 111.362 1 1 D TRP 0.510 1 ATOM 59 C CB . TRP 440 440 ? A 170.234 150.798 113.217 1 1 D TRP 0.510 1 ATOM 60 C CG . TRP 440 440 ? A 170.962 151.917 113.948 1 1 D TRP 0.510 1 ATOM 61 C CD1 . TRP 440 440 ? A 170.857 153.264 113.783 1 1 D TRP 0.510 1 ATOM 62 C CD2 . TRP 440 440 ? A 171.930 151.706 114.973 1 1 D TRP 0.510 1 ATOM 63 N NE1 . TRP 440 440 ? A 171.745 153.918 114.612 1 1 D TRP 0.510 1 ATOM 64 C CE2 . TRP 440 440 ? A 172.397 152.986 115.379 1 1 D TRP 0.510 1 ATOM 65 C CE3 . TRP 440 440 ? A 172.422 150.559 115.551 1 1 D TRP 0.510 1 ATOM 66 C CZ2 . TRP 440 440 ? 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A 173.498 147.777 125.685 1 1 D PHE 0.580 1 ATOM 171 C CG . PHE 452 452 ? A 172.627 148.183 126.842 1 1 D PHE 0.580 1 ATOM 172 C CD1 . PHE 452 452 ? A 172.635 149.506 127.292 1 1 D PHE 0.580 1 ATOM 173 C CD2 . PHE 452 452 ? A 171.866 147.236 127.545 1 1 D PHE 0.580 1 ATOM 174 C CE1 . PHE 452 452 ? A 171.872 149.886 128.397 1 1 D PHE 0.580 1 ATOM 175 C CE2 . PHE 452 452 ? A 171.118 147.610 128.668 1 1 D PHE 0.580 1 ATOM 176 C CZ . PHE 452 452 ? A 171.109 148.943 129.087 1 1 D PHE 0.580 1 ATOM 177 N N . ILE 453 453 ? A 175.092 145.230 126.872 1 1 D ILE 0.610 1 ATOM 178 C CA . ILE 453 453 ? A 175.274 144.127 127.815 1 1 D ILE 0.610 1 ATOM 179 C C . ILE 453 453 ? A 176.637 144.173 128.493 1 1 D ILE 0.610 1 ATOM 180 O O . ILE 453 453 ? A 176.754 143.963 129.699 1 1 D ILE 0.610 1 ATOM 181 C CB . ILE 453 453 ? A 175.064 142.762 127.144 1 1 D ILE 0.610 1 ATOM 182 C CG1 . ILE 453 453 ? A 173.584 142.598 126.722 1 1 D ILE 0.610 1 ATOM 183 C CG2 . ILE 453 453 ? A 175.484 141.591 128.072 1 1 D ILE 0.610 1 ATOM 184 C CD1 . ILE 453 453 ? A 173.351 141.419 125.765 1 1 D ILE 0.610 1 ATOM 185 N N . GLN 454 454 ? A 177.709 144.459 127.726 1 1 D GLN 0.580 1 ATOM 186 C CA . GLN 454 454 ? A 179.048 144.560 128.274 1 1 D GLN 0.580 1 ATOM 187 C C . GLN 454 454 ? A 179.409 145.922 128.876 1 1 D GLN 0.580 1 ATOM 188 O O . GLN 454 454 ? A 179.853 146.023 130.015 1 1 D GLN 0.580 1 ATOM 189 C CB . GLN 454 454 ? A 180.084 144.349 127.148 1 1 D GLN 0.580 1 ATOM 190 C CG . GLN 454 454 ? A 180.062 142.948 126.522 1 1 D GLN 0.580 1 ATOM 191 C CD . GLN 454 454 ? A 181.080 142.864 125.388 1 1 D GLN 0.580 1 ATOM 192 O OE1 . GLN 454 454 ? A 181.482 143.848 124.751 1 1 D GLN 0.580 1 ATOM 193 N NE2 . GLN 454 454 ? A 181.531 141.616 125.131 1 1 D GLN 0.580 1 ATOM 194 N N . HIS 455 455 ? A 179.247 147.025 128.098 1 1 D HIS 0.590 1 ATOM 195 C CA . HIS 455 455 ? A 179.689 148.367 128.519 1 1 D HIS 0.590 1 ATOM 196 C C . HIS 455 455 ? 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A 177.883 149.815 132.139 1 1 D PRO 0.580 1 ATOM 210 C CD . PRO 456 456 ? A 178.556 148.786 131.239 1 1 D PRO 0.580 1 ATOM 211 N N . LYS 457 457 ? A 175.527 151.755 129.772 1 1 D LYS 0.600 1 ATOM 212 C CA . LYS 457 457 ? A 175.134 152.984 129.105 1 1 D LYS 0.600 1 ATOM 213 C C . LYS 457 457 ? A 176.352 153.877 128.911 1 1 D LYS 0.600 1 ATOM 214 O O . LYS 457 457 ? A 176.236 155.087 128.721 1 1 D LYS 0.600 1 ATOM 215 C CB . LYS 457 457 ? A 174.101 153.734 129.991 1 1 D LYS 0.600 1 ATOM 216 C CG . LYS 457 457 ? A 172.786 152.954 130.144 1 1 D LYS 0.600 1 ATOM 217 C CD . LYS 457 457 ? A 171.919 153.390 131.336 1 1 D LYS 0.600 1 ATOM 218 C CE . LYS 457 457 ? A 171.107 152.223 131.920 1 1 D LYS 0.600 1 ATOM 219 N NZ . LYS 457 457 ? A 170.740 152.503 133.327 1 1 D LYS 0.600 1 ATOM 220 N N . ASN 458 458 ? A 177.578 153.308 128.960 1 1 D ASN 0.590 1 ATOM 221 C CA . ASN 458 458 ? A 178.779 154.060 128.668 1 1 D ASN 0.590 1 ATOM 222 C C . ASN 458 458 ? 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A 180.711 154.606 112.202 1 1 D ARG 0.520 1 ATOM 301 C C . ARG 468 468 ? A 179.475 155.280 112.770 1 1 D ARG 0.520 1 ATOM 302 O O . ARG 468 468 ? A 178.805 156.032 112.065 1 1 D ARG 0.520 1 ATOM 303 C CB . ARG 468 468 ? A 180.227 153.604 111.128 1 1 D ARG 0.520 1 ATOM 304 C CG . ARG 468 468 ? A 181.365 153.032 110.265 1 1 D ARG 0.520 1 ATOM 305 C CD . ARG 468 468 ? A 180.890 152.024 109.208 1 1 D ARG 0.520 1 ATOM 306 N NE . ARG 468 468 ? A 180.349 150.805 109.920 1 1 D ARG 0.520 1 ATOM 307 C CZ . ARG 468 468 ? A 181.061 149.733 110.295 1 1 D ARG 0.520 1 ATOM 308 N NH1 . ARG 468 468 ? A 182.368 149.657 110.052 1 1 D ARG 0.520 1 ATOM 309 N NH2 . ARG 468 468 ? A 180.445 148.740 110.939 1 1 D ARG 0.520 1 ATOM 310 N N . LYS 469 469 ? A 179.117 155.013 114.038 1 1 D LYS 0.600 1 ATOM 311 C CA . LYS 469 469 ? A 177.952 155.613 114.649 1 1 D LYS 0.600 1 ATOM 312 C C . LYS 469 469 ? A 178.409 156.649 115.638 1 1 D LYS 0.600 1 ATOM 313 O O . LYS 469 469 ? 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It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #