data_SMR-3100bf2025f943aa6e52e8727eebf199_1 _entry.id SMR-3100bf2025f943aa6e52e8727eebf199_1 _struct.entry_id SMR-3100bf2025f943aa6e52e8727eebf199_1 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - Q62059 (isoform 2)/ CSPG2_MOUSE, Versican core protein Estimated model accuracy of this model is 0.055, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries Q62059 (isoform 2)' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CA non-polymer 'CALCIUM ION' Ca 40.078 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 306118.637 1 . 2 non-polymer man 'CALCIUM ION' 40.078 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP CSPG2_MOUSE Q62059 1 ;MLINMKGILWMCSTLLLTHALHQAKMETSPPVKGSLSGKVVLPCHFSTLPTLPPNYNTSEFLRIKWSKME VDKNGKDIKETTVLVAQNGNIKIGQDYKGRVSVPTHPDDVGDASLTMVKLRASDAAVYRCDVMYGIEDTQ DTMSLAVDGVVFHYRAATSRYTLNFAAAQQACLDIGAVIASPEQLFAAYEDGFEQCDAGWLSDQTVRYPI RAPREGCYGDMMGKEGVRTYGFRSPQETYDVYCYVDHLDGDVFHITAPSKFTFEEAEAECTSRDARLATV GELQAAWRNGFDQCDYGWLSDASVRHPVTVARAQCGGGLLGVRTLYRFENQTCFPLPDSRFDAYCFKRRL SDMIVSGHPIDSESKEEEPCSEETDPLHDLFAEILPELPDSFEIDIYHSEEDEDGEEDCVNATDVTTTPS VQYINGKQLVTTVPKDPEAAEARRGQYESVAPSQNFPDSSATDTHQFILAETESSTTMQFKKSKEGTELL EITWKPETYPETPDHVSSGEPDVFPTLSSHDGKTTRWSESITESSPNLENPVHKQPKPVPLFPEESSGEG AIEQASQETILSRATEVALGKETDQSPTLSTSSILSSSVSVNVLEEEPLTLTGISQTDESMSTIESWVEI TPSQTVKFSESSSAPIIEGSGEVEENKNKIFNMVTDLPQRDPTDTLSPLDMSKIMITNHHIYIPATIAPL DSKLPSPDARPTTVWNSNSTSEWVSDKSFEGRKKKENEDEEGAVNAAHQGEVRAATERSDHLLLTPELES SNVDASSDLATWEGFILETTPTESEKEMANSTPVFRETIGVANVEAQPFEHSSSSHPRVQEELTTLSGNP PSLFTDLGSGDASTGMELITASLFTLDLESETKVKKELPSTPSPSVEISSSFEPTGLTPSTVLDIEIAGV MSQTSQKTLISEISGKPTSQSGVRDLYTGFPMGEDFSGDFSEYPTVSYPTMKEETVGMGGSDDERVRDTQ TSSSIPTTSDNIYPVPDSKGPDSTVASTTAFPWEEVMSSAEGSGEQLASVRSSVGPVLPLAVDIFSGTES PYFDEEFEEVAAVTEANERPTVLPTAASGNTVDLTENGYIEVNSTMSLDFPQTMEPSKLWSKPEVNLDKQ EIGRETVTKEKAQGQKTFESLHSSFAPEQTILETQSLIETEFQTSDYSMLTTLKTYITNKEVEEEGMSIA HMSTPGPGIKDLESYTTHPEAPGKSHSFSATALVTESGAARSVLMDSSTQEEESIKLFQKGVKLTNKESN ADLSFSGLGSGGALPPLPTTSVNLTDMKQIISTLYAETSHMESLGTSILGDKMEDHERMEDVSSNEVRML ISKIGSISQDSTEALDTTLSHTGTEEPTTSTLPFVKLMDLERSPKQDPSGGKRKPKTHRPQTMSGLISNE NSSASEAEEGATSPTAFLPQTYSVEMTKHFAPSESQPSDLFNVNSGEGSGEVDTLDLVYTSGTTQASSQG DSMLASHGFLEKHPEVSKTEAGATDVSPTASAMFLHHSEYKSSLYPTSTLPSTEPYKSPSEGIEDGLQDN IQFEGSTLKPSRRKTTESIIIDLDKEDSKDLGLTITESAIVKSLPELTSDKNIIIDIDHTKPVYEYIPGI QTDLDPEIKLESHGSSEESLQVQEKYEGAVTLSPTEESFEGSGDALLAGYTQAIYNESVTPNDGKQAEDI SFSFATGIPVSSTETELHTFFPTASTLHIPSKLTTASPEIDKPNIEAISLDDIFESSTLSDGQAIADQSE VISTLGHLEKTQEEYEEKKYGGPSFQPEFFSGVGEVLTDPPAYVSIGSTYLIAQTLTELPNVVRPSDSTH YTEATPEVSSLAELSPQIPSSPFPVYVDNGVSKFPEVPHTSAQPVSTVTSSQKSIESPFKEVHANIEETI KPLGGNVHRTEPPSMSRDPALDVSEDESKHKLLEELETSPTKPETSQDFPNKAKDHIPGETVGMLAGIRT TESEPVITADDMELGGATQQPHSASAAFRVETGMVPQPIQQEPERPTFPSLEINHETHTSLFGESILATS EKQVSQKILDNSNQATVSSTLDLHTAHALSPFSILDNSNETAFLIGISEESVEGTAVYLPGPDLCKTNPC LNGGTCYPTETSYVCTCAPGYSGDQCELDFDECHSNPCRNGATCVDGFNTFRCLCLPSYVGALCEQDTET CDYGWHKFQGQCYKYFAHRRTWDAAERECRLQGAHLTSILSHEEQMFVNRVGHDYQWIGLNDKMFEHDFR WTDGSALQYENWRPNQPDSFFSAGEDCVVIIWHENGQWNDVPCNYHLTYTCKKGTVACGQPPVVENAKTF GKMKPRYEINSLIRYHCKDGFIQRHLPTIRCLGNGRWAMPKITCMNPSAYQRTYSKKYLKNSSSAKDNSI NTSKHEHRWSRRQETRR ; 'Versican core protein' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 2397 1 2397 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . CSPG2_MOUSE Q62059 Q62059-2 1 2397 10090 'Mus musculus (Mouse)' 2006-06-13 07CB2047C10A2226 # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no B ;MLINMKGILWMCSTLLLTHALHQAKMETSPPVKGSLSGKVVLPCHFSTLPTLPPNYNTSEFLRIKWSKME VDKNGKDIKETTVLVAQNGNIKIGQDYKGRVSVPTHPDDVGDASLTMVKLRASDAAVYRCDVMYGIEDTQ DTMSLAVDGVVFHYRAATSRYTLNFAAAQQACLDIGAVIASPEQLFAAYEDGFEQCDAGWLSDQTVRYPI RAPREGCYGDMMGKEGVRTYGFRSPQETYDVYCYVDHLDGDVFHITAPSKFTFEEAEAECTSRDARLATV GELQAAWRNGFDQCDYGWLSDASVRHPVTVARAQCGGGLLGVRTLYRFENQTCFPLPDSRFDAYCFKRRL SDMIVSGHPIDSESKEEEPCSEETDPLHDLFAEILPELPDSFEIDIYHSEEDEDGEEDCVNATDVTTTPS VQYINGKQLVTTVPKDPEAAEARRGQYESVAPSQNFPDSSATDTHQFILAETESSTTMQFKKSKEGTELL EITWKPETYPETPDHVSSGEPDVFPTLSSHDGKTTRWSESITESSPNLENPVHKQPKPVPLFPEESSGEG AIEQASQETILSRATEVALGKETDQSPTLSTSSILSSSVSVNVLEEEPLTLTGISQTDESMSTIESWVEI 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A 1 2390 SER 2390 ? ? ? B . A 1 2391 ARG 2391 ? ? ? B . A 1 2392 ARG 2392 ? ? ? B . A 1 2393 GLN 2393 ? ? ? B . A 1 2394 GLU 2394 ? ? ? B . A 1 2395 THR 2395 ? ? ? B . A 1 2396 ARG 2396 ? ? ? B . A 1 2397 ARG 2397 ? ? ? B . # # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code B 2 CA 1 1 1 CA '_' . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'Aggrecan core protein {PDB ID=1tdq, label_asym_id=B, auth_asym_id=B, SMTL ID=1tdq.1.B}' 'template structure' . 2 'CALCIUM ION {PDB ID=1tdq, label_asym_id=C, auth_asym_id=B, SMTL ID=1tdq.1._.1}' 'template structure' . 3 . target . 4 'CALCIUM ION' target . 5 'Target-template alignment by HHblits to 1tdq, label_asym_id=B' 'target-template alignment' . 6 'model 1' 'model coordinates' . 7 SMTL 'reference database' . 8 PDB 'reference database' . 9 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 3 2 1 7 3 1 8 4 2 9 5 3 3 6 3 4 7 3 1 8 3 2 9 3 5 10 4 1 11 4 2 12 4 5 13 4 4 14 5 6 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 7 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-12-04 8 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-11-29 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 3 'reference database' 2 4 . # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . B 2 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A B 2 1 B 2 2 'reference database' non-polymer 1 2 B C 3 1 B # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;RADQEQCEEGWTKFQGHCYRHFPDRETWVDAERRCREQQSHLSSIVTPEEQEFVNKNAQDYQWIGLNDRT IEGDFRWSDGHSLQFEKWRPNQPDNFFATGEDCVVMIWHERGEWNDVPCNYQLPFTCKKG ; ;RADQEQCEEGWTKFQGHCYRHFPDRETWVDAERRCREQQSHLSSIVTPEEQEFVNKNAQDYQWIGLNDRT IEGDFRWSDGHSLQFEKWRPNQPDNFFATGEDCVVMIWHERGEWNDVPCNYQLPFTCKKG ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 5 130 # # loop_ _ma_template_non_poly.template_id _ma_template_non_poly.comp_id _ma_template_non_poly.details 2 CA 'CALCIUM ION' # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 1tdq 2024-10-30 2 PDB . 1tdq 2024-10-30 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 2397 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 5 1 2397 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 2.4e-14 65.873 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MLINMKGILWMCSTLLLTHALHQAKMETSPPVKGSLSGKVVLPCHFSTLPTLPPNYNTSEFLRIKWSKMEVDKNGKDIKETTVLVAQNGNIKIGQDYKGRVSVPTHPDDVGDASLTMVKLRASDAAVYRCDVMYGIEDTQDTMSLAVDGVVFHYRAATSRYTLNFAAAQQACLDIGAVIASPEQLFAAYEDGFEQCDAGWLSDQTVRYPIRAPREGCYGDMMGKEGVRTYGFRSPQETYDVYCYVDHLDGDVFHITAPSKFTFEEAEAECTSRDARLATVGELQAAWRNGFDQCDYGWLSDASVRHPVTVARAQCGGGLLGVRTLYRFENQTCFPLPDSRFDAYCFKRRLSDMIVSGHPIDSESKEEEPCSEETDPLHDLFAEILPELPDSFEIDIYHSEEDEDGEEDCVNATDVTTTPSVQYINGKQLVTTVPKDPEAAEARRGQYESVAPSQNFPDSSATDTHQFILAETESSTTMQFKKSKEGTELLEITWKPETYPETPDHVSSGEPDVFPTLSSHDGKTTRWSESITESSPNLENPVHKQPKPVPLFPEESSGEGAIEQASQETILSRATEVALGKETDQSPTLSTSSILSSSVSVNVLEEEPLTLTGISQTDESMSTIESWVEITPSQTVKFSESSSAPIIEGSGEVEENKNKIFNMVTDLPQRDPTDTLSPLDMSKIMITNHHIYIPATIAPLDSKLPSPDARPTTVWNSNSTSEWVSDKSFEGRKKKENEDEEGAVNAAHQGEVRAATERSDHLLLTPELESSNVDASSDLATWEGFILETTPTESEKEMANSTPVFRETIGVANVEAQPFEHSSSSHPRVQEELTTLSGNPPSLFTDLGSGDASTGMELITASLFTLDLESETKVKKELPSTPSPSVEISSSFEPTGLTPSTVLDIEIAGVMSQTSQKTLISEISGKPTSQSGVRDLYTGFPMGEDFSGDFSEYPTVSYPTMKEETVGMGGSDDERVRDTQTSSSIPTTSDNIYPVPDSKGPDSTVASTTAFPWEEVMSSAEGSGEQLASVRSSVGPVLPLAVDIFSGTESPYFDEEFEEVAAVTEANERPTVLPTAASGNTVDLTENGYIEVNSTMSLDFPQTMEPSKLWSKPEVNLDKQEIGRETVTKEKAQGQKTFESLHSSFAPEQTILETQSLIETEFQTSDYSMLTTLKTYITNKEVEEEGMSIAHMSTPGPGIKDLESYTTHPEAPGKSHSFSATALVTESGAARSVLMDSSTQEEESIKLFQKGVKLTNKESNADLSFSGLGSGGALPPLPTTSVNLTDMKQIISTLYAETSHMESLGTSILGDKMEDHERMEDVSSNEVRMLISKIGSISQDSTEALDTTLSHTGTEEPTTSTLPFVKLMDLERSPKQDPSGGKRKPKTHRPQTMSGLISNENSSASEAEEGATSPTAFLPQTYSVEMTKHFAPSESQPSDLFNVNSGEGSGEVDTLDLVYTSGTTQASSQGDSMLASHGFLEKHPEVSKTEAGATDVSPTASAMFLHHSEYKSSLYPTSTLPSTEPYKSPSEGIEDGLQDNIQFEGSTLKPSRRKTTESIIIDLDKEDSKDLGLTITESAIVKSLPELTSDKNIIIDIDHTKPVYEYIPGIQTDLDPEIKLESHGSSEESLQVQEKYEGAVTLSPTEESFEGSGDALLAGYTQAIYNESVTPNDGKQAEDISFSFATGIPVSSTETELHTFFPTASTLHIPSKLTTASPEIDKPNIEAISLDDIFESSTLSDGQAIADQSEVISTLGHLEKTQEEYEEKKYGGPSFQPEFFSGVGEVLTDPPAYVSIGSTYLIAQTLTELPNVVRPSDSTHYTEATPEVSSLAELSPQIPSSPFPVYVDNGVSKFPEVPHTSAQPVSTVTSSQKSIESPFKEVHANIEETIKPLGGNVHRTEPPSMSRDPALDVSEDESKHKLLEELETSPTKPETSQDFPNKAKDHIPGETVGMLAGIRTTESEPVITADDMELGGATQQPHSASAAFRVETGMVPQPIQQEPERPTFPSLEINHETHTSLFGESILATSEKQVSQKILDNSNQATVSSTLDLHTAHALSPFSILDNSNETAFLIGISEESVEGTAVYLPGPDLCKTNPCLNGGTCYPTETSYVCTCAPGYSGDQCELDFDECHSNPCRNGATCVDGFNTFRCLCLPSYVGALCEQDTETCDYGWHKFQGQCYKYFAHRRTWDAAERECRLQGAHLTSILSHEEQMFVNRVGHDYQWIGLNDKMFEHDFRWTDGSALQYENWRPNQPDSFFSAGEDCVVIIWHENGQWNDVPCNYHLTYTCKKGTVACGQPPVVENAKTFGKMKPRYEINSLIRYHCKDGFIQRHLPTIRCLGNGRWAMPKITCMNPSAYQRTYSKKYLKNSSSAKDNSINTSKHEHRWSRRQETRR 2 1 2 --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------EQCEEGWTKFQGHCYRHFPDRETWVDAERRCREQQSHLSSIVTPEEQEFVNKNAQDYQWIGLNDRTIEGDFRWSDGHSLQFEKWRPNQPDNFFATGEDCVVMIWHERGEWNDVPCNYQLPFTCKKG------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL {QSQE=0.000}' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 1tdq.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 1' . 6 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . GLU 2169 2169 ? A 41.087 20.328 119.962 1 1 B GLU 0.550 1 ATOM 2 C CA . GLU 2169 2169 ? A 41.740 21.358 120.850 1 1 B GLU 0.550 1 ATOM 3 C C . GLU 2169 2169 ? A 40.879 21.901 121.999 1 1 B GLU 0.550 1 ATOM 4 O O . GLU 2169 2169 ? A 41.199 21.736 123.162 1 1 B GLU 0.550 1 ATOM 5 C CB . GLU 2169 2169 ? A 42.320 22.499 119.965 1 1 B GLU 0.550 1 ATOM 6 C CG . GLU 2169 2169 ? A 43.303 22.008 118.870 1 1 B GLU 0.550 1 ATOM 7 C CD . GLU 2169 2169 ? A 44.605 21.553 119.524 1 1 B GLU 0.550 1 ATOM 8 O OE1 . GLU 2169 2169 ? A 45.640 22.228 119.317 1 1 B GLU 0.550 1 ATOM 9 O OE2 . GLU 2169 2169 ? A 44.534 20.542 120.266 1 1 B GLU 0.550 1 ATOM 10 N N . THR 2170 2170 ? A 39.687 22.479 121.701 1 1 B THR 0.730 1 ATOM 11 C CA . THR 2170 2170 ? A 38.782 23.008 122.727 1 1 B THR 0.730 1 ATOM 12 C C . THR 2170 2170 ? A 37.401 22.502 122.370 1 1 B THR 0.730 1 ATOM 13 O O . THR 2170 2170 ? A 36.911 21.639 123.083 1 1 B THR 0.730 1 ATOM 14 C CB . THR 2170 2170 ? A 38.808 24.523 122.945 1 1 B THR 0.730 1 ATOM 15 O OG1 . THR 2170 2170 ? A 40.088 24.897 123.424 1 1 B THR 0.730 1 ATOM 16 C CG2 . THR 2170 2170 ? A 37.819 24.950 124.041 1 1 B THR 0.730 1 ATOM 17 N N . CYS 2171 2171 ? A 36.847 22.974 121.214 1 1 B CYS 0.630 1 ATOM 18 C CA . CYS 2171 2171 ? A 35.704 22.471 120.445 1 1 B CYS 0.630 1 ATOM 19 C C . CYS 2171 2171 ? A 35.099 23.617 119.619 1 1 B CYS 0.630 1 ATOM 20 O O . CYS 2171 2171 ? A 34.843 24.690 120.153 1 1 B CYS 0.630 1 ATOM 21 C CB . CYS 2171 2171 ? A 34.575 21.731 121.220 1 1 B CYS 0.630 1 ATOM 22 S SG . CYS 2171 2171 ? A 33.587 20.676 120.141 1 1 B CYS 0.630 1 ATOM 23 N N . ASP 2172 2172 ? A 34.909 23.415 118.292 1 1 B ASP 0.560 1 ATOM 24 C CA . ASP 2172 2172 ? A 34.368 24.386 117.356 1 1 B ASP 0.560 1 ATOM 25 C C . ASP 2172 2172 ? A 32.851 24.546 117.431 1 1 B ASP 0.560 1 ATOM 26 O O . ASP 2172 2172 ? A 32.117 23.727 117.983 1 1 B ASP 0.560 1 ATOM 27 C CB . ASP 2172 2172 ? A 34.707 23.992 115.888 1 1 B ASP 0.560 1 ATOM 28 C CG . ASP 2172 2172 ? A 36.198 24.028 115.592 1 1 B ASP 0.560 1 ATOM 29 O OD1 . ASP 2172 2172 ? A 36.953 24.631 116.393 1 1 B ASP 0.560 1 ATOM 30 O OD2 . ASP 2172 2172 ? A 36.591 23.422 114.557 1 1 B ASP 0.560 1 ATOM 31 N N . TYR 2173 2173 ? A 32.328 25.633 116.824 1 1 B TYR 0.490 1 ATOM 32 C CA . TYR 2173 2173 ? A 30.904 25.888 116.706 1 1 B TYR 0.490 1 ATOM 33 C C . TYR 2173 2173 ? A 30.170 24.794 115.920 1 1 B TYR 0.490 1 ATOM 34 O O . TYR 2173 2173 ? A 30.433 24.534 114.743 1 1 B TYR 0.490 1 ATOM 35 C CB . TYR 2173 2173 ? A 30.661 27.295 116.089 1 1 B TYR 0.490 1 ATOM 36 C CG . TYR 2173 2173 ? A 29.204 27.683 116.051 1 1 B TYR 0.490 1 ATOM 37 C CD1 . TYR 2173 2173 ? A 28.510 27.718 114.832 1 1 B TYR 0.490 1 ATOM 38 C CD2 . TYR 2173 2173 ? A 28.516 28.013 117.229 1 1 B TYR 0.490 1 ATOM 39 C CE1 . TYR 2173 2173 ? A 27.157 28.077 114.791 1 1 B TYR 0.490 1 ATOM 40 C CE2 . TYR 2173 2173 ? A 27.160 28.373 117.188 1 1 B TYR 0.490 1 ATOM 41 C CZ . TYR 2173 2173 ? A 26.480 28.404 115.966 1 1 B TYR 0.490 1 ATOM 42 O OH . TYR 2173 2173 ? A 25.122 28.768 115.897 1 1 B TYR 0.490 1 ATOM 43 N N . GLY 2174 2174 ? A 29.216 24.112 116.586 1 1 B GLY 0.770 1 ATOM 44 C CA . GLY 2174 2174 ? A 28.432 23.033 116.005 1 1 B GLY 0.770 1 ATOM 45 C C . GLY 2174 2174 ? A 28.984 21.663 116.266 1 1 B GLY 0.770 1 ATOM 46 O O . GLY 2174 2174 ? A 28.361 20.683 115.876 1 1 B GLY 0.770 1 ATOM 47 N N . TRP 2175 2175 ? A 30.145 21.546 116.930 1 1 B TRP 0.690 1 ATOM 48 C CA . TRP 2175 2175 ? A 30.745 20.272 117.268 1 1 B TRP 0.690 1 ATOM 49 C C . TRP 2175 2175 ? A 30.608 20.107 118.772 1 1 B TRP 0.690 1 ATOM 50 O O . TRP 2175 2175 ? A 30.390 21.078 119.492 1 1 B TRP 0.690 1 ATOM 51 C CB . TRP 2175 2175 ? A 32.238 20.181 116.810 1 1 B TRP 0.690 1 ATOM 52 C CG . TRP 2175 2175 ? A 32.464 20.304 115.306 1 1 B TRP 0.690 1 ATOM 53 C CD1 . TRP 2175 2175 ? 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B 24.157 -6.852 106.202 1 2 '_' CA . 1 # # loop_ _atom_type.symbol C CA N O S # # loop_ _ma_qa_metric.id _ma_qa_metric.name _ma_qa_metric.description _ma_qa_metric.type _ma_qa_metric.mode _ma_qa_metric.type_other_details _ma_qa_metric.software_group_id 1 QMEANDisCo 'Predicted accuracy according to all-atom lDDT in [0,1].' 'pLDDT all-atom in [0,1]' local . 5 2 QMEANDisCo 'Predicted accuracy according to all-atom lDDT in [0,1].' 'pLDDT all-atom in [0,1]' global . 5 3 GMQE 'Global Model Quality Estimate of the model accuracy, calculated by SWISS-MODEL.' 'normalized score' global . 6 # # loop_ _ma_qa_metric_global.ordinal_id _ma_qa_metric_global.model_id _ma_qa_metric_global.metric_id _ma_qa_metric_global.metric_value 1 1 2 0.793 2 1 3 0.055 # # loop_ _ma_qa_metric_local.ordinal_id _ma_qa_metric_local.model_id _ma_qa_metric_local.label_asym_id _ma_qa_metric_local.label_seq_id _ma_qa_metric_local.label_comp_id _ma_qa_metric_local.metric_id _ma_qa_metric_local.metric_value 1 1 A 2169 GLU 1 0.550 2 1 A 2170 THR 1 0.730 3 1 A 2171 CYS 1 0.630 4 1 A 2172 ASP 1 0.560 5 1 A 2173 TYR 1 0.490 6 1 A 2174 GLY 1 0.770 7 1 A 2175 TRP 1 0.690 8 1 A 2176 HIS 1 0.730 9 1 A 2177 LYS 1 0.740 10 1 A 2178 PHE 1 0.790 11 1 A 2179 GLN 1 0.790 12 1 A 2180 GLY 1 0.840 13 1 A 2181 GLN 1 0.780 14 1 A 2182 CYS 1 0.830 15 1 A 2183 TYR 1 0.820 16 1 A 2184 LYS 1 0.850 17 1 A 2185 TYR 1 0.850 18 1 A 2186 PHE 1 0.860 19 1 A 2187 ALA 1 0.840 20 1 A 2188 HIS 1 0.760 21 1 A 2189 ARG 1 0.730 22 1 A 2190 ARG 1 0.750 23 1 A 2191 THR 1 0.830 24 1 A 2192 TRP 1 0.850 25 1 A 2193 ASP 1 0.850 26 1 A 2194 ALA 1 0.870 27 1 A 2195 ALA 1 0.880 28 1 A 2196 GLU 1 0.840 29 1 A 2197 ARG 1 0.790 30 1 A 2198 GLU 1 0.830 31 1 A 2199 CYS 1 0.880 32 1 A 2200 ARG 1 0.770 33 1 A 2201 LEU 1 0.810 34 1 A 2202 GLN 1 0.810 35 1 A 2203 GLY 1 0.870 36 1 A 2204 ALA 1 0.890 37 1 A 2205 HIS 1 0.850 38 1 A 2206 LEU 1 0.880 39 1 A 2207 THR 1 0.910 40 1 A 2208 SER 1 0.890 41 1 A 2209 ILE 1 0.870 42 1 A 2210 LEU 1 0.830 43 1 A 2211 SER 1 0.840 44 1 A 2212 HIS 1 0.820 45 1 A 2213 GLU 1 0.810 46 1 A 2214 GLU 1 0.840 47 1 A 2215 GLN 1 0.850 48 1 A 2216 MET 1 0.820 49 1 A 2217 PHE 1 0.840 50 1 A 2218 VAL 1 0.880 51 1 A 2219 ASN 1 0.850 52 1 A 2220 ARG 1 0.760 53 1 A 2221 VAL 1 0.860 54 1 A 2222 GLY 1 0.880 55 1 A 2223 HIS 1 0.780 56 1 A 2224 ASP 1 0.810 57 1 A 2225 TYR 1 0.820 58 1 A 2226 GLN 1 0.840 59 1 A 2227 TRP 1 0.880 60 1 A 2228 ILE 1 0.900 61 1 A 2229 GLY 1 0.900 62 1 A 2230 LEU 1 0.880 63 1 A 2231 ASN 1 0.840 64 1 A 2232 ASP 1 0.740 65 1 A 2233 LYS 1 0.700 66 1 A 2234 MET 1 0.500 67 1 A 2235 PHE 1 0.440 68 1 A 2236 GLU 1 0.520 69 1 A 2237 HIS 1 0.520 70 1 A 2238 ASP 1 0.630 71 1 A 2239 PHE 1 0.760 72 1 A 2240 ARG 1 0.720 73 1 A 2241 TRP 1 0.820 74 1 A 2242 THR 1 0.840 75 1 A 2243 ASP 1 0.860 76 1 A 2244 GLY 1 0.860 77 1 A 2245 SER 1 0.830 78 1 A 2246 ALA 1 0.800 79 1 A 2247 LEU 1 0.760 80 1 A 2248 GLN 1 0.710 81 1 A 2249 TYR 1 0.780 82 1 A 2250 GLU 1 0.820 83 1 A 2251 ASN 1 0.860 84 1 A 2252 TRP 1 0.840 85 1 A 2253 ARG 1 0.770 86 1 A 2254 PRO 1 0.820 87 1 A 2255 ASN 1 0.770 88 1 A 2256 GLN 1 0.760 89 1 A 2257 PRO 1 0.840 90 1 A 2258 ASP 1 0.720 91 1 A 2259 SER 1 0.680 92 1 A 2260 PHE 1 0.520 93 1 A 2261 PHE 1 0.530 94 1 A 2262 SER 1 0.460 95 1 A 2263 ALA 1 0.620 96 1 A 2264 GLY 1 0.790 97 1 A 2265 GLU 1 0.770 98 1 A 2266 ASP 1 0.800 99 1 A 2267 CYS 1 0.870 100 1 A 2268 VAL 1 0.910 101 1 A 2269 VAL 1 0.910 102 1 A 2270 ILE 1 0.880 103 1 A 2271 ILE 1 0.840 104 1 A 2272 TRP 1 0.820 105 1 A 2273 HIS 1 0.780 106 1 A 2274 GLU 1 0.810 107 1 A 2275 ASN 1 0.860 108 1 A 2276 GLY 1 0.890 109 1 A 2277 GLN 1 0.830 110 1 A 2278 TRP 1 0.850 111 1 A 2279 ASN 1 0.870 112 1 A 2280 ASP 1 0.840 113 1 A 2281 VAL 1 0.840 114 1 A 2282 PRO 1 0.850 115 1 A 2283 CYS 1 0.870 116 1 A 2284 ASN 1 0.820 117 1 A 2285 TYR 1 0.780 118 1 A 2286 HIS 1 0.770 119 1 A 2287 LEU 1 0.820 120 1 A 2288 THR 1 0.840 121 1 A 2289 TYR 1 0.870 122 1 A 2290 THR 1 0.900 123 1 A 2291 CYS 1 0.900 124 1 A 2292 LYS 1 0.860 125 1 A 2293 LYS 1 0.810 126 1 A 2294 GLY 1 0.790 # # loop_ _pdbx_data_usage.id _pdbx_data_usage.type _pdbx_data_usage.details _pdbx_data_usage.url 1 license ;This SWISS-MODEL protein model is copyright. It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #