data_SMR-f9767b65de7cefadc785010f7290e116_1 _entry.id SMR-f9767b65de7cefadc785010f7290e116_1 _struct.entry_id SMR-f9767b65de7cefadc785010f7290e116_1 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - P13611 (isoform 2)/ CSPG2_HUMAN, Versican core protein Estimated model accuracy of this model is 0.054, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries P13611 (isoform 2)' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CA non-polymer 'CALCIUM ION' Ca 40.078 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 308664.810 1 . 2 non-polymer man 'CALCIUM ION' 40.078 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP CSPG2_HUMAN P13611 1 ;MFINIKSILWMCSTLIVTHALHKVKVGKSPPVRGSLSGKVSLPCHFSTMPTLPPSYNTSEFLRIKWSKIE VDKNGKDLKETTVLVAQNGNIKIGQDYKGRVSVPTHPEAVGDASLTVVKLLASDAGLYRCDVMYGIEDTQ DTVSLTVDGVVFHYRAATSRYTLNFEAAQKACLDVGAVIATPEQLFAAYEDGFEQCDAGWLADQTVRYPI RAPRVGCYGDKMGKAGVRTYGFRSPQETYDVYCYVDHLDGDVFHLTVPSKFTFEEAAKECENQDARLATV GELQAAWRNGFDQCDYGWLSDASVRHPVTVARAQCGGGLLGVRTLYRFENQTGFPPPDSRFDAYCFKRRM SDLSVIGHPIDSESKEDEPCSEETDPVHDLMAEILPEFPDIIEIDLYHSEENEEEEEECANATDVTTTPS VQYINGKHLVTTVPKDPEAAEARRGQFESVAPSQNFSDSSESDTHPFVIAKTELSTAVQPNESTETTESL EVTWKPETYPETSEHFSGGEPDVFPTVPFHEEFESGTAKKGAESVTERDTEVGHQAHEHTEPVSLFPEES SGEIAIDQESQKIAFARATEVTFGEEVEKSTSVTYTPTIVPSSASAYVSEEEAVTLIGNPWPDDLLSTKE SWVEATPRQVVELSGSSSIPITEGSGEAEEDEDTMFTMVTDLSQRNTTDTLITLDTSRIITESFFEVPAT TIYPVSEQPSAKVVPTKFVSETDTSEWISSTTVEEKKRKEEEGTTGTASTFEVYSSTQRSDQLILPFELE SPNVATSSDSGTRKSFMSLTTPTQSEREMTDSTPVFTETNTLENLGAQTTEHSSIHQPGVQEGLTTLPRS PASVFMEQGSGEAAADPETTTVSSFSLNVEYAIQAEKEVAGTLSPHVETTFSTEPTGLVLSTVMDRVVAE NITQTSREIVISERLGEPNYGAEIRGFSTGFPLEEDFSGDFREYSTVSHPIAKEETVMMEGSGDAAFRDT QTSPSTVPTSVHISHISDSEGPSSTMVSTSAFPWEEFTSSAEGSGEQLVTVSSSVVPVLPSAVQKFSGTA SSIIDEGLGEVGTVNEIDRRSTILPTAEVEGTKAPVEKEEVKVSGTVSTNFPQTIEPAKLWSRQEVNPVR QEIESETTSEEQIQEEKSFESPQNSPATEQTIFDSQTFTETELKTTDYSVLTTKKTYSDDKEMKEEDTSL VNMSTPDPDANGLESYTTLPEATEKSHFFLATALVTESIPAEHVVTDSPIKKEESTKHFPKGMRPTIQES DTELLFSGLGSGEEVLPTLPTESVNFTEVEQINNTLYPHTSQVESTSSDKIEDFNRMENVAKEVGPLVSQ TDIFEGSGSVTSTTLIEILSDTGAEGPTVAPLPFSTDIGHPQNQTVRWAEEIQTSRPQTITEQDSNKNSS TAEINETTTSSTDFLARAYGFEMAKEFVTSAPKPSDLYYEPSGEGSGEVDIVDSFHTSATTQATRQESST TFVSDGSLEKHPEVPSAKAVTADGFPTVSVMLPLHSEQNKSSPDPTSTLSNTVSYERSTDGSFQDRFREF EDSTLKPNRKKPTENIIIDLDKEDKDLILTITESTILEILPELTSDKNTIIDIDHTKPVYEDILGMQTDI DTEVPSEPHDSNDESNDDSTQVQEIYEAAVNLSLTEETFEGSADVLASYTQATHDESMTYEDRSQLDHMG FHFTTGIPAPSTETELDVLLPTATSLPIPRKSATVIPEIEGIKAEAKALDDMFESSTLSDGQAIADQSEI IPTLGQFERTQEEYEDKKHAGPSFQPEFSSGAEEALVDHTPYLSIATTHLMDQSVTEVPDVMEGSNPPYY TDTTLAVSTFAKLSSQTPSSPLTIYSGSEASGHTEIPQPSALPGIDVGSSVMSPQDSFKEIHVNIEATFK PSSEEYLHITEPPSLSPDTKLEPSEDDGKPELLEEMEASPTELIAVEGTEILQDFQNKTDGQVSGEAIKM FPTIKTPEAGTVITTADEIELEGATQWPHSTSASATYGVEAGVVPWLSPQTSERPTLSSSPEINPETQAA LIRGQDSTIAASEQQVAARILDSNDQATVNPVEFNTEVATPPFSLLETSNETDFLIGINEESVEGTAIYL PGPDRCKMNPCLNGGTCYPTETSYVCTCVPGYSGDQCELDFDECHSNPCRNGATCVDGFNTFRCLCLPSY VGALCEQDTETCDYGWHKFQGQCYKYFAHRRTWDAAERECRLQGAHLTSILSHEEQMFVNRVGHDYQWIG LNDKMFEHDFRWTDGSTLQYENWRPNQPDSFFSAGEDCVVIIWHENGQWNDVPCNYHLTYTCKKGTVACG QPPVVENAKTFGKMKPRYEINSLIRYHCKDGFIQRHLPTIRCLGNGRWAIPKITCMNPSAYQRTYSMKYF KNSSSAKDNSINTSKHDHRWSRRWQESRR ; 'Versican core protein' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 2409 1 2409 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . CSPG2_HUMAN P13611 P13611-2 1 2409 9606 'Homo sapiens (Human)' 1997-11-01 4D290F9BF5A3F704 # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no B ;MFINIKSILWMCSTLIVTHALHKVKVGKSPPVRGSLSGKVSLPCHFSTMPTLPPSYNTSEFLRIKWSKIE VDKNGKDLKETTVLVAQNGNIKIGQDYKGRVSVPTHPEAVGDASLTVVKLLASDAGLYRCDVMYGIEDTQ DTVSLTVDGVVFHYRAATSRYTLNFEAAQKACLDVGAVIATPEQLFAAYEDGFEQCDAGWLADQTVRYPI RAPRVGCYGDKMGKAGVRTYGFRSPQETYDVYCYVDHLDGDVFHLTVPSKFTFEEAAKECENQDARLATV GELQAAWRNGFDQCDYGWLSDASVRHPVTVARAQCGGGLLGVRTLYRFENQTGFPPPDSRFDAYCFKRRM SDLSVIGHPIDSESKEDEPCSEETDPVHDLMAEILPEFPDIIEIDLYHSEENEEEEEECANATDVTTTPS VQYINGKHLVTTVPKDPEAAEARRGQFESVAPSQNFSDSSESDTHPFVIAKTELSTAVQPNESTETTESL EVTWKPETYPETSEHFSGGEPDVFPTVPFHEEFESGTAKKGAESVTERDTEVGHQAHEHTEPVSLFPEES SGEIAIDQESQKIAFARATEVTFGEEVEKSTSVTYTPTIVPSSASAYVSEEEAVTLIGNPWPDDLLSTKE SWVEATPRQVVELSGSSSIPITEGSGEAEEDEDTMFTMVTDLSQRNTTDTLITLDTSRIITESFFEVPAT TIYPVSEQPSAKVVPTKFVSETDTSEWISSTTVEEKKRKEEEGTTGTASTFEVYSSTQRSDQLILPFELE SPNVATSSDSGTRKSFMSLTTPTQSEREMTDSTPVFTETNTLENLGAQTTEHSSIHQPGVQEGLTTLPRS PASVFMEQGSGEAAADPETTTVSSFSLNVEYAIQAEKEVAGTLSPHVETTFSTEPTGLVLSTVMDRVVAE NITQTSREIVISERLGEPNYGAEIRGFSTGFPLEEDFSGDFREYSTVSHPIAKEETVMMEGSGDAAFRDT QTSPSTVPTSVHISHISDSEGPSSTMVSTSAFPWEEFTSSAEGSGEQLVTVSSSVVPVLPSAVQKFSGTA SSIIDEGLGEVGTVNEIDRRSTILPTAEVEGTKAPVEKEEVKVSGTVSTNFPQTIEPAKLWSRQEVNPVR QEIESETTSEEQIQEEKSFESPQNSPATEQTIFDSQTFTETELKTTDYSVLTTKKTYSDDKEMKEEDTSL VNMSTPDPDANGLESYTTLPEATEKSHFFLATALVTESIPAEHVVTDSPIKKEESTKHFPKGMRPTIQES DTELLFSGLGSGEEVLPTLPTESVNFTEVEQINNTLYPHTSQVESTSSDKIEDFNRMENVAKEVGPLVSQ TDIFEGSGSVTSTTLIEILSDTGAEGPTVAPLPFSTDIGHPQNQTVRWAEEIQTSRPQTITEQDSNKNSS TAEINETTTSSTDFLARAYGFEMAKEFVTSAPKPSDLYYEPSGEGSGEVDIVDSFHTSATTQATRQESST TFVSDGSLEKHPEVPSAKAVTADGFPTVSVMLPLHSEQNKSSPDPTSTLSNTVSYERSTDGSFQDRFREF EDSTLKPNRKKPTENIIIDLDKEDKDLILTITESTILEILPELTSDKNTIIDIDHTKPVYEDILGMQTDI 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B . # # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code B 2 CA 1 1 1 CA '_' . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'Aggrecan core protein {PDB ID=1tdq, label_asym_id=B, auth_asym_id=B, SMTL ID=1tdq.1.B}' 'template structure' . 2 'CALCIUM ION {PDB ID=1tdq, label_asym_id=C, auth_asym_id=B, SMTL ID=1tdq.1._.1}' 'template structure' . 3 . target . 4 'CALCIUM ION' target . 5 'Target-template alignment by HHblits to 1tdq, label_asym_id=B' 'target-template alignment' . 6 'model 1' 'model coordinates' . 7 SMTL 'reference database' . 8 PDB 'reference database' . 9 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 3 2 1 7 3 1 8 4 2 9 5 3 3 6 3 4 7 3 1 8 3 2 9 3 5 10 4 1 11 4 2 12 4 5 13 4 4 14 5 6 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 7 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-12-04 8 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-11-29 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 3 'reference database' 2 4 . # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . B 2 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A B 2 1 B 2 2 'reference database' non-polymer 1 2 B C 3 1 B # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;RADQEQCEEGWTKFQGHCYRHFPDRETWVDAERRCREQQSHLSSIVTPEEQEFVNKNAQDYQWIGLNDRT IEGDFRWSDGHSLQFEKWRPNQPDNFFATGEDCVVMIWHERGEWNDVPCNYQLPFTCKKG ; ;RADQEQCEEGWTKFQGHCYRHFPDRETWVDAERRCREQQSHLSSIVTPEEQEFVNKNAQDYQWIGLNDRT IEGDFRWSDGHSLQFEKWRPNQPDNFFATGEDCVVMIWHERGEWNDVPCNYQLPFTCKKG ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 5 130 # # loop_ _ma_template_non_poly.template_id _ma_template_non_poly.comp_id _ma_template_non_poly.details 2 CA 'CALCIUM ION' # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 1tdq 2024-10-30 2 PDB . 1tdq 2024-10-30 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 2409 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 5 1 2409 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 1.5e-14 65.873 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MFINIKSILWMCSTLIVTHALHKVKVGKSPPVRGSLSGKVSLPCHFSTMPTLPPSYNTSEFLRIKWSKIEVDKNGKDLKETTVLVAQNGNIKIGQDYKGRVSVPTHPEAVGDASLTVVKLLASDAGLYRCDVMYGIEDTQDTVSLTVDGVVFHYRAATSRYTLNFEAAQKACLDVGAVIATPEQLFAAYEDGFEQCDAGWLADQTVRYPIRAPRVGCYGDKMGKAGVRTYGFRSPQETYDVYCYVDHLDGDVFHLTVPSKFTFEEAAKECENQDARLATVGELQAAWRNGFDQCDYGWLSDASVRHPVTVARAQCGGGLLGVRTLYRFENQTGFPPPDSRFDAYCFKRRMSDLSVIGHPIDSESKEDEPCSEETDPVHDLMAEILPEFPDIIEIDLYHSEENEEEEEECANATDVTTTPSVQYINGKHLVTTVPKDPEAAEARRGQFESVAPSQNFSDSSESDTHPFVIAKTELSTAVQPNESTETTESLEVTWKPETYPETSEHFSGGEPDVFPTVPFHEEFESGTAKKGAESVTERDTEVGHQAHEHTEPVSLFPEESSGEIAIDQESQKIAFARATEVTFGEEVEKSTSVTYTPTIVPSSASAYVSEEEAVTLIGNPWPDDLLSTKESWVEATPRQVVELSGSSSIPITEGSGEAEEDEDTMFTMVTDLSQRNTTDTLITLDTSRIITESFFEVPATTIYPVSEQPSAKVVPTKFVSETDTSEWISSTTVEEKKRKEEEGTTGTASTFEVYSSTQRSDQLILPFELESPNVATSSDSGTRKSFMSLTTPTQSEREMTDSTPVFTETNTLENLGAQTTEHSSIHQPGVQEGLTTLPRSPASVFMEQGSGEAAADPETTTVSSFSLNVEYAIQAEKEVAGTLSPHVETTFSTEPTGLVLSTVMDRVVAENITQTSREIVISERLGEPNYGAEIRGFSTGFPLEEDFSGDFREYSTVSHPIAKEETVMMEGSGDAAFRDTQTSPSTVPTSVHISHISDSEGPSSTMVSTSAFPWEEFTSSAEGSGEQLVTVSSSVVPVLPSAVQKFSGTASSIIDEGLGEVGTVNEIDRRSTILPTAEVEGTKAPVEKEEVKVSGTVSTNFPQTIEPAKLWSRQEVNPVRQEIESETTSEEQIQEEKSFESPQNSPATEQTIFDSQTFTETELKTTDYSVLTTKKTYSDDKEMKEEDTSLVNMSTPDPDANGLESYTTLPEATEKSHFFLATALVTESIPAEHVVTDSPIKKEESTKHFPKGMRPTIQESDTELLFSGLGSGEEVLPTLPTESVNFTEVEQINNTLYPHTSQVESTSSDKIEDFNRMENVAKEVGPLVSQTDIFEGSGSVTSTTLIEILSDTGAEGPTVAPLPFSTDIGHPQNQTVRWAEEIQTSRPQTITEQDSNKNSSTAEINETTTSSTDFLARAYGFEMAKEFVTSAPKPSDLYYEPSGEGSGEVDIVDSFHTSATTQATRQESSTTFVSDGSLEKHPEVPSAKAVTADGFPTVSVMLPLHSEQNKSSPDPTSTLSNTVSYERSTDGSFQDRFREFEDSTLKPNRKKPTENIIIDLDKEDKDLILTITESTILEILPELTSDKNTIIDIDHTKPVYEDILGMQTDIDTEVPSEPHDSNDESNDDSTQVQEIYEAAVNLSLTEETFEGSADVLASYTQATHDESMTYEDRSQLDHMGFHFTTGIPAPSTETELDVLLPTATSLPIPRKSATVIPEIEGIKAEAKALDDMFESSTLSDGQAIADQSEIIPTLGQFERTQEEYEDKKHAGPSFQPEFSSGAEEALVDHTPYLSIATTHLMDQSVTEVPDVMEGSNPPYYTDTTLAVSTFAKLSSQTPSSPLTIYSGSEASGHTEIPQPSALPGIDVGSSVMSPQDSFKEIHVNIEATFKPSSEEYLHITEPPSLSPDTKLEPSEDDGKPELLEEMEASPTELIAVEGTEILQDFQNKTDGQVSGEAIKMFPTIKTPEAGTVITTADEIELEGATQWPHSTSASATYGVEAGVVPWLSPQTSERPTLSSSPEINPETQAALIRGQDSTIAASEQQVAARILDSNDQATVNPVEFNTEVATPPFSLLETSNETDFLIGINEESVEGTAIYLPGPDRCKMNPCLNGGTCYPTETSYVCTCVPGYSGDQCELDFDECHSNPCRNGATCVDGFNTFRCLCLPSYVGALCEQDTETCDYGWHKFQGQCYKYFAHRRTWDAAERECRLQGAHLTSILSHEEQMFVNRVGHDYQWIGLNDKMFEHDFRWTDGSTLQYENWRPNQPDSFFSAGEDCVVIIWHENGQWNDVPCNYHLTYTCKKGTVACGQPPVVENAKTFGKMKPRYEINSLIRYHCKDGFIQRHLPTIRCLGNGRWAIPKITCMNPSAYQRTYSMKYFKNSSSAKDNSINTSKHDHRWSRRWQESRR 2 1 2 -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------EQCEEGWTKFQGHCYRHFPDRETWVDAERRCREQQSHLSSIVTPEEQEFVNKNAQDYQWIGLNDRTIEGDFRWSDGHSLQFEKWRPNQPDNFFATGEDCVVMIWHERGEWNDVPCNYQLPFTCKKG-------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL {QSQE=0.000}' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 1tdq.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 1' . 6 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . GLU 2180 2180 ? A 41.087 20.328 119.962 1 1 B GLU 0.570 1 ATOM 2 C CA . GLU 2180 2180 ? A 41.740 21.358 120.850 1 1 B GLU 0.570 1 ATOM 3 C C . GLU 2180 2180 ? A 40.879 21.901 121.999 1 1 B GLU 0.570 1 ATOM 4 O O . GLU 2180 2180 ? A 41.199 21.737 123.162 1 1 B GLU 0.570 1 ATOM 5 C CB . GLU 2180 2180 ? A 42.320 22.499 119.965 1 1 B GLU 0.570 1 ATOM 6 C CG . GLU 2180 2180 ? A 43.303 22.008 118.870 1 1 B GLU 0.570 1 ATOM 7 C CD . GLU 2180 2180 ? A 44.605 21.553 119.524 1 1 B GLU 0.570 1 ATOM 8 O OE1 . GLU 2180 2180 ? A 45.640 22.228 119.317 1 1 B GLU 0.570 1 ATOM 9 O OE2 . GLU 2180 2180 ? A 44.534 20.542 120.266 1 1 B GLU 0.570 1 ATOM 10 N N . THR 2181 2181 ? A 39.687 22.479 121.701 1 1 B THR 0.720 1 ATOM 11 C CA . THR 2181 2181 ? A 38.782 23.008 122.727 1 1 B THR 0.720 1 ATOM 12 C C . THR 2181 2181 ? A 37.401 22.502 122.370 1 1 B THR 0.720 1 ATOM 13 O O . THR 2181 2181 ? A 36.911 21.639 123.083 1 1 B THR 0.720 1 ATOM 14 C CB . THR 2181 2181 ? A 38.808 24.523 122.945 1 1 B THR 0.720 1 ATOM 15 O OG1 . THR 2181 2181 ? A 40.088 24.896 123.424 1 1 B THR 0.720 1 ATOM 16 C CG2 . THR 2181 2181 ? A 37.819 24.950 124.041 1 1 B THR 0.720 1 ATOM 17 N N . CYS 2182 2182 ? A 36.847 22.974 121.214 1 1 B CYS 0.610 1 ATOM 18 C CA . CYS 2182 2182 ? A 35.704 22.471 120.445 1 1 B CYS 0.610 1 ATOM 19 C C . CYS 2182 2182 ? A 35.099 23.617 119.619 1 1 B CYS 0.610 1 ATOM 20 O O . CYS 2182 2182 ? A 34.842 24.690 120.153 1 1 B CYS 0.610 1 ATOM 21 C CB . CYS 2182 2182 ? A 34.575 21.731 121.220 1 1 B CYS 0.610 1 ATOM 22 S SG . CYS 2182 2182 ? A 33.587 20.676 120.141 1 1 B CYS 0.610 1 ATOM 23 N N . ASP 2183 2183 ? A 34.909 23.415 118.292 1 1 B ASP 0.530 1 ATOM 24 C CA . ASP 2183 2183 ? A 34.368 24.386 117.356 1 1 B ASP 0.530 1 ATOM 25 C C . ASP 2183 2183 ? A 32.851 24.546 117.431 1 1 B ASP 0.530 1 ATOM 26 O O . ASP 2183 2183 ? A 32.117 23.727 117.984 1 1 B ASP 0.530 1 ATOM 27 C CB . ASP 2183 2183 ? 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A 27.160 28.373 117.188 1 1 B TYR 0.460 1 ATOM 41 C CZ . TYR 2184 2184 ? A 26.480 28.404 115.966 1 1 B TYR 0.460 1 ATOM 42 O OH . TYR 2184 2184 ? A 25.122 28.768 115.897 1 1 B TYR 0.460 1 ATOM 43 N N . GLY 2185 2185 ? A 29.216 24.112 116.586 1 1 B GLY 0.750 1 ATOM 44 C CA . GLY 2185 2185 ? A 28.432 23.033 116.005 1 1 B GLY 0.750 1 ATOM 45 C C . GLY 2185 2185 ? A 28.984 21.663 116.266 1 1 B GLY 0.750 1 ATOM 46 O O . GLY 2185 2185 ? A 28.361 20.683 115.876 1 1 B GLY 0.750 1 ATOM 47 N N . TRP 2186 2186 ? A 30.146 21.546 116.930 1 1 B TRP 0.680 1 ATOM 48 C CA . TRP 2186 2186 ? A 30.745 20.272 117.268 1 1 B TRP 0.680 1 ATOM 49 C C . TRP 2186 2186 ? A 30.608 20.107 118.772 1 1 B TRP 0.680 1 ATOM 50 O O . TRP 2186 2186 ? A 30.390 21.078 119.492 1 1 B TRP 0.680 1 ATOM 51 C CB . TRP 2186 2186 ? A 32.238 20.181 116.810 1 1 B TRP 0.680 1 ATOM 52 C CG . TRP 2186 2186 ? A 32.464 20.304 115.306 1 1 B TRP 0.680 1 ATOM 53 C CD1 . TRP 2186 2186 ? 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A 41.117 17.602 118.815 1 1 B GLY 0.800 1 HETATM 1072 CA CA . CA . 1 ? B 24.157 -6.852 106.202 1 2 '_' CA . 1 # # loop_ _atom_type.symbol C CA N O S # # loop_ _ma_qa_metric.id _ma_qa_metric.name _ma_qa_metric.description _ma_qa_metric.type _ma_qa_metric.mode _ma_qa_metric.type_other_details _ma_qa_metric.software_group_id 1 QMEANDisCo 'Predicted accuracy according to all-atom lDDT in [0,1].' 'pLDDT all-atom in [0,1]' local . 5 2 QMEANDisCo 'Predicted accuracy according to all-atom lDDT in [0,1].' 'pLDDT all-atom in [0,1]' global . 5 3 GMQE 'Global Model Quality Estimate of the model accuracy, calculated by SWISS-MODEL.' 'normalized score' global . 6 # # loop_ _ma_qa_metric_global.ordinal_id _ma_qa_metric_global.model_id _ma_qa_metric_global.metric_id _ma_qa_metric_global.metric_value 1 1 2 0.790 2 1 3 0.054 # # loop_ _ma_qa_metric_local.ordinal_id _ma_qa_metric_local.model_id _ma_qa_metric_local.label_asym_id _ma_qa_metric_local.label_seq_id _ma_qa_metric_local.label_comp_id _ma_qa_metric_local.metric_id _ma_qa_metric_local.metric_value 1 1 A 2180 GLU 1 0.570 2 1 A 2181 THR 1 0.720 3 1 A 2182 CYS 1 0.610 4 1 A 2183 ASP 1 0.530 5 1 A 2184 TYR 1 0.460 6 1 A 2185 GLY 1 0.750 7 1 A 2186 TRP 1 0.680 8 1 A 2187 HIS 1 0.730 9 1 A 2188 LYS 1 0.740 10 1 A 2189 PHE 1 0.790 11 1 A 2190 GLN 1 0.790 12 1 A 2191 GLY 1 0.840 13 1 A 2192 GLN 1 0.770 14 1 A 2193 CYS 1 0.830 15 1 A 2194 TYR 1 0.820 16 1 A 2195 LYS 1 0.850 17 1 A 2196 TYR 1 0.850 18 1 A 2197 PHE 1 0.860 19 1 A 2198 ALA 1 0.850 20 1 A 2199 HIS 1 0.770 21 1 A 2200 ARG 1 0.730 22 1 A 2201 ARG 1 0.750 23 1 A 2202 THR 1 0.830 24 1 A 2203 TRP 1 0.850 25 1 A 2204 ASP 1 0.840 26 1 A 2205 ALA 1 0.870 27 1 A 2206 ALA 1 0.880 28 1 A 2207 GLU 1 0.840 29 1 A 2208 ARG 1 0.780 30 1 A 2209 GLU 1 0.830 31 1 A 2210 CYS 1 0.880 32 1 A 2211 ARG 1 0.770 33 1 A 2212 LEU 1 0.800 34 1 A 2213 GLN 1 0.800 35 1 A 2214 GLY 1 0.870 36 1 A 2215 ALA 1 0.890 37 1 A 2216 HIS 1 0.850 38 1 A 2217 LEU 1 0.880 39 1 A 2218 THR 1 0.900 40 1 A 2219 SER 1 0.890 41 1 A 2220 ILE 1 0.860 42 1 A 2221 LEU 1 0.820 43 1 A 2222 SER 1 0.830 44 1 A 2223 HIS 1 0.810 45 1 A 2224 GLU 1 0.810 46 1 A 2225 GLU 1 0.840 47 1 A 2226 GLN 1 0.840 48 1 A 2227 MET 1 0.820 49 1 A 2228 PHE 1 0.840 50 1 A 2229 VAL 1 0.870 51 1 A 2230 ASN 1 0.850 52 1 A 2231 ARG 1 0.760 53 1 A 2232 VAL 1 0.860 54 1 A 2233 GLY 1 0.880 55 1 A 2234 HIS 1 0.780 56 1 A 2235 ASP 1 0.820 57 1 A 2236 TYR 1 0.820 58 1 A 2237 GLN 1 0.840 59 1 A 2238 TRP 1 0.880 60 1 A 2239 ILE 1 0.900 61 1 A 2240 GLY 1 0.900 62 1 A 2241 LEU 1 0.880 63 1 A 2242 ASN 1 0.830 64 1 A 2243 ASP 1 0.730 65 1 A 2244 LYS 1 0.700 66 1 A 2245 MET 1 0.490 67 1 A 2246 PHE 1 0.430 68 1 A 2247 GLU 1 0.520 69 1 A 2248 HIS 1 0.510 70 1 A 2249 ASP 1 0.620 71 1 A 2250 PHE 1 0.760 72 1 A 2251 ARG 1 0.720 73 1 A 2252 TRP 1 0.820 74 1 A 2253 THR 1 0.840 75 1 A 2254 ASP 1 0.850 76 1 A 2255 GLY 1 0.860 77 1 A 2256 SER 1 0.830 78 1 A 2257 THR 1 0.750 79 1 A 2258 LEU 1 0.760 80 1 A 2259 GLN 1 0.700 81 1 A 2260 TYR 1 0.780 82 1 A 2261 GLU 1 0.810 83 1 A 2262 ASN 1 0.860 84 1 A 2263 TRP 1 0.840 85 1 A 2264 ARG 1 0.760 86 1 A 2265 PRO 1 0.820 87 1 A 2266 ASN 1 0.760 88 1 A 2267 GLN 1 0.760 89 1 A 2268 PRO 1 0.840 90 1 A 2269 ASP 1 0.720 91 1 A 2270 SER 1 0.670 92 1 A 2271 PHE 1 0.500 93 1 A 2272 PHE 1 0.510 94 1 A 2273 SER 1 0.470 95 1 A 2274 ALA 1 0.610 96 1 A 2275 GLY 1 0.780 97 1 A 2276 GLU 1 0.770 98 1 A 2277 ASP 1 0.800 99 1 A 2278 CYS 1 0.870 100 1 A 2279 VAL 1 0.910 101 1 A 2280 VAL 1 0.900 102 1 A 2281 ILE 1 0.870 103 1 A 2282 ILE 1 0.840 104 1 A 2283 TRP 1 0.810 105 1 A 2284 HIS 1 0.780 106 1 A 2285 GLU 1 0.810 107 1 A 2286 ASN 1 0.850 108 1 A 2287 GLY 1 0.880 109 1 A 2288 GLN 1 0.820 110 1 A 2289 TRP 1 0.840 111 1 A 2290 ASN 1 0.870 112 1 A 2291 ASP 1 0.840 113 1 A 2292 VAL 1 0.840 114 1 A 2293 PRO 1 0.850 115 1 A 2294 CYS 1 0.880 116 1 A 2295 ASN 1 0.830 117 1 A 2296 TYR 1 0.780 118 1 A 2297 HIS 1 0.780 119 1 A 2298 LEU 1 0.830 120 1 A 2299 THR 1 0.840 121 1 A 2300 TYR 1 0.870 122 1 A 2301 THR 1 0.900 123 1 A 2302 CYS 1 0.900 124 1 A 2303 LYS 1 0.850 125 1 A 2304 LYS 1 0.810 126 1 A 2305 GLY 1 0.800 # # loop_ _pdbx_data_usage.id _pdbx_data_usage.type _pdbx_data_usage.details _pdbx_data_usage.url 1 license ;This SWISS-MODEL protein model is copyright. It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #