data_SMR-f8c0aded714e329dbc388a1dc0eba459_6 _entry.id SMR-f8c0aded714e329dbc388a1dc0eba459_6 _struct.entry_id SMR-f8c0aded714e329dbc388a1dc0eba459_6 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - F6ZDS4/ TPR_MOUSE, Nucleoprotein TPR Estimated model accuracy of this model is 0.0, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries F6ZDS4' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 318135.074 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP TPR_MOUSE F6ZDS4 1 ;MTSGGSASRSGHRGVPMTSRGFDGSRRGSLRRAGARETASEAADGAAPAAGLRASPCSLASPSAAAAVAA IPADMAAVLQQVLERPELNKLPKSTQNKLEKFLAEQQSEIDCLKGRHEKFKVESEQQYFEIEKRLSQSQE RLVTETRECQNLRLELEKLNNQVKVLTEKTKELETAQDRNLGIQSQFTRAKEELEAEKRDLIRTNERLSQ EVEYLTEDVKRLNEKLKESNTTKGELQLKLDELQASDVAVKYREKRLEQEKELLHNQNSWLNTELKTKTD ELLALGREKGNEILELKCNLENKKEEVLRLEEQMNGLKTSNEHLQKHVEDLLTKLKEAKEQQASMEEKFH NELNAHIKLSNLYKSAADDSEAKSNELTRAVDELHKLLKEAGEANKTIQDHLLQVEESKDQMEKEMLEKI GKLEKELENANDLLSATKRKGAILSEEELAAMSPTAAAVAKIVKPGMKLTELYNAYVETQDQLLLEKQEN KRINKYLDEIVKEVEAKAPILKRQREEYERAQKAVASLSAKLEQAMKEIQRLQEDTDKANKHSSVLERDN QRMEIQIKDLSQQIRVLLMELEEARGNHVIRDEEVSSADISSSSEVISQHLVSYRNIEELQQQNQRLLFA LRELGETREREEQETTSSKIAELQHKLENSLAELEQLRESRQHQMQLVDSIVRQRDMYRILLSQTTGMAI PLQASSLDDISLLSTPKRSSTSQTVSTPAPEPVIDSTEAIEAKAALKQLQEIFENYKKEKIDSEKLQNEQ LEKLQEQVTDLRSQNTKISTQLDFASKRYEMLQDNVEGYRREITSLQERNQKLTATTQKQEQIINTMTQD LRGANEKLAVAEVRAENLKKEKEMLKLSEVRLSQQRESLLAEQRGQNLLLTNLQTIQGILERSETETKQR LNSQIEKLEHEISHLKKKLENEVEQRHTLTRNLDVQLLDTKRQLDTEINLHLNTKELLKNAQKDIATLKQ HLNNMEAQLASQSTQRTGKGQPGDRDDVDDLKSQLRQAEEQVNDLKERLKTSTSNVEQYRAMVTSLEDSL NKEKQVTEEVHKNIEVRLKESAEFQTQLEKKLMEVEKEKQELQDDKRKAIESMEQQLSELKKTLSTVQNE VQEALQRASTALSNEQQARRDCQEQAKIAVEAQNKYERELMLHAADVEALQAAKEQVSKMTSIRQHLEET TQKAESQLLECKASWEERERVLKDEVSKSVSRCEDLEKQNRLLHDQIEKLSDKVVTSMKDAVQAPLNVSL NEEGKSQEQILEILRFIRREKEIAETRFEVAQVESLRYRQRVELLERELQELQDSLNVEREKVQVTAKTM AQHEELMKKTETMNVVMETNKMLREEKERLEQNLQQMQAKVRKLELDILPLQEANAELSEKSGMLQAEKK LLEEDVKRWKARNQQLINQQKDPDTEEYRKLLSEKEIHTKRIQQLNEEVGRLKAEIARSNASLTNNQNLI QSLREDLSKARTEKEGIQKDLDAKIIDIQEKVKTITQVKKIGRRYKTQFEELKAQQNKAMETSTQSSGDH QEQHISVQEMQELKDTLSQSETKTKSLEGQVENLQKTLSEKETEARSLQEQTVQLQSELSRLRQDLQDKT TEEQLRQQMNEKTWKTLALAKSKITHLSGVKDQLTKEIEELKQRNGALDQQKDELDVRMTALKSQYEGRI SRLERELREHQERHLEQRDEPQEPTNKAPEQQRQITLKTTPASGERGIASTSDPPTANIKPTPVVSTPSK VTAAAMAGNKSTPRASIRPMVTPATVTNPTTTPTATVMPTTQVESQEAMQSEGPVEHVPVFGNASGSVRS TSPNVQPSISQPILTVQQQTQATAFVQPTQQSHPQIEPTNQELSPNIVEVVQSSPVERPSTSTAVFGTVS ATPSSSLPKRTREEEEDSTMEAGDQVSEDTVEMPLPKKLKMVTPVGTEEEVMAEESTDGEAETQAYNQDS QDSIGEGVTQGDYTPMEDSEETSQSLQIDLGPLQSDQQTTSSQDGQGKGDDVIVIDSDDEDDDEENDGEH EDYEEDEDDDDDEEDDTGMGDEGEDSNEGTGSADGNDGYEADDAEGGDGTDPGTETEESMGGAESHQRAA DSQNSGEGNTSAAESSFSQEVAREQQPTSASERQTPQAPQSPRRPPHPLPPRLTIHAPPQELGPPVQRIQ MTRRQSVGRGLQLTPGIGGMQQHFFDDEDRTVPSTPTLVVPHRTDGFAEAIHSPQVAGVPRFRFGPPEDM PQTSSSHSDLGQLASQGGLGMYETPLFLAHEEESGGRSVPTTPLQVAAPVTVFTESTTSDASEHASQSVP MVTTSTGTLSTTNETAAGDDGDEVFVEAESEGISSEAGLEIDSQQEEEPVQASDESDLPSTSQDPPSSSS VDTSSSQPKPFRRVRLQTTLRQGVRGRQFNRQRGISHAMGGRGGINRGNIN ; 'Nucleoprotein TPR' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 2431 1 2431 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . TPR_MOUSE F6ZDS4 . 1 2431 10090 'Mus musculus (Mouse)' 2012-04-18 D21CEA4F9C2C27C5 # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no g ;MTSGGSASRSGHRGVPMTSRGFDGSRRGSLRRAGARETASEAADGAAPAAGLRASPCSLASPSAAAAVAA IPADMAAVLQQVLERPELNKLPKSTQNKLEKFLAEQQSEIDCLKGRHEKFKVESEQQYFEIEKRLSQSQE RLVTETRECQNLRLELEKLNNQVKVLTEKTKELETAQDRNLGIQSQFTRAKEELEAEKRDLIRTNERLSQ EVEYLTEDVKRLNEKLKESNTTKGELQLKLDELQASDVAVKYREKRLEQEKELLHNQNSWLNTELKTKTD ELLALGREKGNEILELKCNLENKKEEVLRLEEQMNGLKTSNEHLQKHVEDLLTKLKEAKEQQASMEEKFH NELNAHIKLSNLYKSAADDSEAKSNELTRAVDELHKLLKEAGEANKTIQDHLLQVEESKDQMEKEMLEKI GKLEKELENANDLLSATKRKGAILSEEELAAMSPTAAAVAKIVKPGMKLTELYNAYVETQDQLLLEKQEN KRINKYLDEIVKEVEAKAPILKRQREEYERAQKAVASLSAKLEQAMKEIQRLQEDTDKANKHSSVLERDN QRMEIQIKDLSQQIRVLLMELEEARGNHVIRDEEVSSADISSSSEVISQHLVSYRNIEELQQQNQRLLFA LRELGETREREEQETTSSKIAELQHKLENSLAELEQLRESRQHQMQLVDSIVRQRDMYRILLSQTTGMAI PLQASSLDDISLLSTPKRSSTSQTVSTPAPEPVIDSTEAIEAKAALKQLQEIFENYKKEKIDSEKLQNEQ LEKLQEQVTDLRSQNTKISTQLDFASKRYEMLQDNVEGYRREITSLQERNQKLTATTQKQEQIINTMTQD LRGANEKLAVAEVRAENLKKEKEMLKLSEVRLSQQRESLLAEQRGQNLLLTNLQTIQGILERSETETKQR LNSQIEKLEHEISHLKKKLENEVEQRHTLTRNLDVQLLDTKRQLDTEINLHLNTKELLKNAQKDIATLKQ HLNNMEAQLASQSTQRTGKGQPGDRDDVDDLKSQLRQAEEQVNDLKERLKTSTSNVEQYRAMVTSLEDSL NKEKQVTEEVHKNIEVRLKESAEFQTQLEKKLMEVEKEKQELQDDKRKAIESMEQQLSELKKTLSTVQNE VQEALQRASTALSNEQQARRDCQEQAKIAVEAQNKYERELMLHAADVEALQAAKEQVSKMTSIRQHLEET TQKAESQLLECKASWEERERVLKDEVSKSVSRCEDLEKQNRLLHDQIEKLSDKVVTSMKDAVQAPLNVSL NEEGKSQEQILEILRFIRREKEIAETRFEVAQVESLRYRQRVELLERELQELQDSLNVEREKVQVTAKTM AQHEELMKKTETMNVVMETNKMLREEKERLEQNLQQMQAKVRKLELDILPLQEANAELSEKSGMLQAEKK LLEEDVKRWKARNQQLINQQKDPDTEEYRKLLSEKEIHTKRIQQLNEEVGRLKAEIARSNASLTNNQNLI QSLREDLSKARTEKEGIQKDLDAKIIDIQEKVKTITQVKKIGRRYKTQFEELKAQQNKAMETSTQSSGDH QEQHISVQEMQELKDTLSQSETKTKSLEGQVENLQKTLSEKETEARSLQEQTVQLQSELSRLRQDLQDKT 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A 1 2302 SER 2302 ? ? ? g . A 1 2303 GLU 2303 ? ? ? g . A 1 2304 HIS 2304 ? ? ? g . A 1 2305 ALA 2305 ? ? ? g . A 1 2306 SER 2306 ? ? ? g . A 1 2307 GLN 2307 ? ? ? g . A 1 2308 SER 2308 ? ? ? g . A 1 2309 VAL 2309 ? ? ? g . A 1 2310 PRO 2310 ? ? ? g . A 1 2311 MET 2311 ? ? ? g . A 1 2312 VAL 2312 ? ? ? g . A 1 2313 THR 2313 ? ? ? g . A 1 2314 THR 2314 ? ? ? g . A 1 2315 SER 2315 ? ? ? g . A 1 2316 THR 2316 ? ? ? g . A 1 2317 GLY 2317 ? ? ? g . A 1 2318 THR 2318 ? ? ? g . A 1 2319 LEU 2319 ? ? ? g . A 1 2320 SER 2320 ? ? ? g . A 1 2321 THR 2321 ? ? ? g . A 1 2322 THR 2322 ? ? ? g . A 1 2323 ASN 2323 ? ? ? g . A 1 2324 GLU 2324 ? ? ? g . A 1 2325 THR 2325 ? ? ? g . A 1 2326 ALA 2326 ? ? ? g . A 1 2327 ALA 2327 ? ? ? g . A 1 2328 GLY 2328 ? ? ? g . A 1 2329 ASP 2329 ? ? ? g . A 1 2330 ASP 2330 ? ? ? g . A 1 2331 GLY 2331 ? ? ? g . A 1 2332 ASP 2332 ? ? ? g . A 1 2333 GLU 2333 ? ? ? g . A 1 2334 VAL 2334 ? ? ? g . A 1 2335 PHE 2335 ? ? ? g . A 1 2336 VAL 2336 ? ? ? g . A 1 2337 GLU 2337 ? ? ? g . A 1 2338 ALA 2338 ? ? ? g . A 1 2339 GLU 2339 ? ? ? g . A 1 2340 SER 2340 ? ? ? g . A 1 2341 GLU 2341 ? ? ? g . A 1 2342 GLY 2342 ? ? ? g . A 1 2343 ILE 2343 ? ? ? g . A 1 2344 SER 2344 ? ? ? g . A 1 2345 SER 2345 ? ? ? g . A 1 2346 GLU 2346 ? ? ? g . A 1 2347 ALA 2347 ? ? ? g . A 1 2348 GLY 2348 ? ? ? g . A 1 2349 LEU 2349 ? ? ? g . A 1 2350 GLU 2350 ? ? ? g . A 1 2351 ILE 2351 ? ? ? g . A 1 2352 ASP 2352 ? ? ? g . A 1 2353 SER 2353 ? ? ? g . A 1 2354 GLN 2354 ? ? ? g . A 1 2355 GLN 2355 ? ? ? g . A 1 2356 GLU 2356 ? ? ? g . A 1 2357 GLU 2357 ? ? ? g . A 1 2358 GLU 2358 ? ? ? g . A 1 2359 PRO 2359 ? ? ? g . A 1 2360 VAL 2360 ? ? ? g . A 1 2361 GLN 2361 ? ? ? g . A 1 2362 ALA 2362 ? ? ? g . A 1 2363 SER 2363 ? ? ? g . A 1 2364 ASP 2364 ? ? ? g . A 1 2365 GLU 2365 ? ? ? g . A 1 2366 SER 2366 ? ? ? g . A 1 2367 ASP 2367 ? ? ? g . A 1 2368 LEU 2368 ? ? ? g . A 1 2369 PRO 2369 ? ? ? g . A 1 2370 SER 2370 ? ? ? g . A 1 2371 THR 2371 ? ? ? g . A 1 2372 SER 2372 ? ? ? g . A 1 2373 GLN 2373 ? ? ? g . A 1 2374 ASP 2374 ? ? ? g . A 1 2375 PRO 2375 ? ? ? g . A 1 2376 PRO 2376 ? ? ? g . A 1 2377 SER 2377 ? ? ? g . A 1 2378 SER 2378 ? ? ? g . A 1 2379 SER 2379 ? ? ? g . A 1 2380 SER 2380 ? ? ? g . A 1 2381 VAL 2381 ? ? ? g . A 1 2382 ASP 2382 ? ? ? g . A 1 2383 THR 2383 ? ? ? g . A 1 2384 SER 2384 ? ? ? g . A 1 2385 SER 2385 ? ? ? g . A 1 2386 SER 2386 ? ? ? g . A 1 2387 GLN 2387 ? ? ? g . A 1 2388 PRO 2388 ? ? ? g . A 1 2389 LYS 2389 ? ? ? g . A 1 2390 PRO 2390 ? ? ? g . A 1 2391 PHE 2391 ? ? ? g . A 1 2392 ARG 2392 ? ? ? g . A 1 2393 ARG 2393 ? ? ? g . A 1 2394 VAL 2394 ? ? ? g . A 1 2395 ARG 2395 ? ? ? g . A 1 2396 LEU 2396 ? ? ? g . A 1 2397 GLN 2397 ? ? ? g . A 1 2398 THR 2398 ? ? ? g . A 1 2399 THR 2399 ? ? ? g . A 1 2400 LEU 2400 ? ? ? g . A 1 2401 ARG 2401 ? ? ? g . A 1 2402 GLN 2402 ? ? ? g . A 1 2403 GLY 2403 ? ? ? g . A 1 2404 VAL 2404 ? ? ? g . A 1 2405 ARG 2405 ? ? ? g . A 1 2406 GLY 2406 ? ? ? g . A 1 2407 ARG 2407 ? ? ? g . A 1 2408 GLN 2408 ? ? ? g . A 1 2409 PHE 2409 ? ? ? g . A 1 2410 ASN 2410 ? ? ? g . A 1 2411 ARG 2411 ? ? ? g . A 1 2412 GLN 2412 ? ? ? g . A 1 2413 ARG 2413 ? ? ? g . A 1 2414 GLY 2414 ? ? ? g . A 1 2415 ILE 2415 ? ? ? g . A 1 2416 SER 2416 ? ? ? g . A 1 2417 HIS 2417 ? ? ? g . A 1 2418 ALA 2418 ? ? ? g . A 1 2419 MET 2419 ? ? ? g . A 1 2420 GLY 2420 ? ? ? g . A 1 2421 GLY 2421 ? ? ? g . A 1 2422 ARG 2422 ? ? ? g . A 1 2423 GLY 2423 ? ? ? g . A 1 2424 GLY 2424 ? ? ? g . A 1 2425 ILE 2425 ? ? ? g . A 1 2426 ASN 2426 ? ? ? g . A 1 2427 ARG 2427 ? ? ? g . A 1 2428 GLY 2428 ? ? ? g . A 1 2429 ASN 2429 ? ? ? g . A 1 2430 ILE 2430 ? ? ? g . A 1 2431 ASN 2431 ? ? ? g . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'BICD family-like cargo adapter 1 {PDB ID=7z8f, label_asym_id=QA, auth_asym_id=x, SMTL ID=7z8f.1.g}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 7z8f, label_asym_id=QA' 'target-template alignment' . 4 'model 6' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-12-04 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-11-29 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A QA 11 1 x # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;MSAFCLGLAGRASAPAEPDSACCMELPAGAGDAVRSPATAAALVSFPGGPGELELALEEELALLAAGERS SEPGEHPQAEPESPVEGHGPPLPPPPTQDPELLSVIRQKEKDLVLAARLGKALLERNQDMSRQYEQMHKE LTDKLEHLEQEKHELRRRFENREGEWEGRVSELETDVKQLQDELERQQLHLREADREKTRAVQELSEQNQ RLLDQLSRASEVERQLSMQVHALKEDFREKNSSTNQHIIRLESLQAEIKMLSDRKRELEHRLSATLEEND LLQGTVEELQDRVLILERQGHDKDLQLHQSQLELQEVRLSYRQLQGKVEELTEERSLQSSAATSTSLLSE IEQSMEAEELEQEREQLRLQLWEAYCQVRYLCSHLRGNDSADSAVSTDSSMDESSETSSAKDVPAGSLRT ALNDLKRLIQSIVDGVEPTVTLLSVEMTALKEERDRLRVTSEDKEPKEQLQKAIRDRDEAIAKKNAVELE LAKCKMDMMSLNSQLLDAIQQKLNLSQQLEAWQDDMHRVIDRQLMDTHLKEQSRPAAAAFPRGHGVGRGQ EPSTADGKRLFSFFRKI ; ;MSAFCLGLAGRASAPAEPDSACCMELPAGAGDAVRSPATAAALVSFPGGPGELELALEEELALLAAGERS SEPGEHPQAEPESPVEGHGPPLPPPPTQDPELLSVIRQKEKDLVLAARLGKALLERNQDMSRQYEQMHKE LTDKLEHLEQEKHELRRRFENREGEWEGRVSELETDVKQLQDELERQQLHLREADREKTRAVQELSEQNQ RLLDQLSRASEVERQLSMQVHALKEDFREKNSSTNQHIIRLESLQAEIKMLSDRKRELEHRLSATLEEND LLQGTVEELQDRVLILERQGHDKDLQLHQSQLELQEVRLSYRQLQGKVEELTEERSLQSSAATSTSLLSE IEQSMEAEELEQEREQLRLQLWEAYCQVRYLCSHLRGNDSADSAVSTDSSMDESSETSSAKDVPAGSLRT ALNDLKRLIQSIVDGVEPTVTLLSVEMTALKEERDRLRVTSEDKEPKEQLQKAIRDRDEAIAKKNAVELE LAKCKMDMMSLNSQLLDAIQQKLNLSQQLEAWQDDMHRVIDRQLMDTHLKEQSRPAAAAFPRGHGVGRGQ EPSTADGKRLFSFFRKI ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 245 505 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 7z8f 2024-07-24 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 2431 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 2469 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 0.022 14.798 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MTSGGSASRSGHRGVPMTSRGFDGSRRGSLRRAGARETASEAADGAAPAAGLRASPCSLASPSAAAAVAAIPADMAAVLQQVLERPELNKLPKSTQNKLEKFLAEQQSEIDCLKGRHEKFKVESEQQYFEIEKRLSQSQERLVTETRECQNLRLELEKLNNQVKVLTEKTKELETAQDRNLGIQSQFTRAKEELEAEKRDLIRTNERLSQEVEYLTEDVKRLNEKLKESNTTKGELQLKLDELQASDVAVKYREKRLEQEKELLHNQNSWLNTELKTKTDELLALGREKGNEILELKCNLENKKEEVLRLEEQMNGLKTSNEHLQKHVEDLLTKLKEAKEQQASMEEKFHNELNAHIKLSNLYKSAADDSEAKSNELTRAVDELHKLLKEAGEANKTIQDHLLQVEESKDQMEKEMLEKIGKLEKELENANDLLSATKRKGAILSEEELAAMSPTAAAVAKIVKPGMKLTELYNAYVETQDQLLLEKQENKRINKYLDEIVKEVEAKAPILKRQREEYERAQKAVASLSAKLEQAMKEIQRLQEDTDKANKHSSVLERDNQRMEIQIKDLSQQIRVLLMELEEARGNHVIRDEEVSSADISSSSEVISQHLVSYRNIEELQQQNQRLLFALRELGETREREEQETTSSKIAELQHKLENSLAELEQLRESRQHQMQLVDSIVRQRDMYRILLSQTTGMAIPLQASSLDDISLLSTPKRSSTSQTVSTPAPEPVIDSTEAIEAKAALKQLQEIFENYKKEKIDSEKLQNEQLEKLQEQVTDLRSQNTKISTQLDFASKRYEMLQDNVEGYRREITSLQERNQKLTATTQKQEQIINTMTQDLRGANEKLAVAEVRAENLKKEKEMLKLSEVRLSQQRESLLAEQRGQNLLLTNLQTIQGILERSETETKQRLNSQIEKLEHEISHLKKKLENEVEQRHTLTRNLDVQLLDTKRQLDTEINLHLNTKELLKNAQKDIATLKQHLNNMEAQLASQSTQRTGKGQPGDRDDVDDLKSQLRQAEEQVNDLKERLKTSTSNVEQYRAMVTSLEDSLNKEKQVTEEVHKNIEVRLKESAEFQTQLEKKLMEVEKEKQELQDDKRKAIESMEQQLSELKKTLSTVQNEVQEALQRASTALSNEQQARRDCQEQAKIAVEAQNKYERELMLHAADVEALQAAKEQVSKMTSIRQHLEETTQKAESQLLECKASWEERERVLKDEVSKSVSRCEDLEKQNRLLHDQIEKLSDKVVTSMKDAVQAPLNVSLNEE-GKSQEQILEILRFIRREKEIAETRFEVAQVESLRYRQRVELLERELQELQDSLNVEREKVQVTAKTMAQHEELMKKTETM-N--VVMETNKMLREEKERLEQNLQQMQAKVRKLE------------------------------LDILPLQEA----NAELSEKSGMLQAEKKLLEEDVKRWKARNQQLINQQKDPDTEEYRKLLSEKEIHTKRIQQLNEEVGRLKAEIARSNASLTNNQNLIQSLREDLSKARTEKEGIQKDLDAKIIDIQEKVKTITQVKKIGRRYKTQFEELKAQQNKAMETSTQSSGDHQEQHISVQEMQELKDTLSQSETKTKSLEGQVENLQKTLSEKETEARSLQEQTVQLQSELSRLRQDLQDKTTEEQLRQQMNEKTWKTLALAKSKITHLSGVKDQLTKEIEELKQRNGALDQQKDELDVRMTALKSQYEGRISRLERELREHQERHLEQRDEPQEPTNKAPEQQRQITLKTTPASGERGIASTSDPPTANIKPTPVVSTPSKVTAAAMAGNKSTPRASIRPMVTPATVTNPTTTPTATVMPTTQVESQEAMQSEGPVEHVPVFGNASGSVRSTSPNVQPSISQPILTVQQQTQATAFVQPTQQSHPQIEPTNQELSPNIVEVVQSSPVERPSTSTAVFGTVSATPSSSLPKRTREEEEDSTMEAGDQVSEDTVEMPLPKKLKMVTPVGTEEEVMAEESTDGEAETQAYNQDSQDSIGEGVTQGDYTPMEDSEETSQSLQIDLGPLQSDQQTTSSQDGQGKGDDVIVIDSDDEDDDEENDGEHEDYEEDEDDDDDEEDDTGMGDEGEDSNEGTGSADGNDGYEADDAEGGDGTDPGTETEESMGGAESHQRAADSQNSGEGNTSAAESSFSQEVAREQQPTSASERQTPQAPQSPRRPPHPLPPRLTIHAPPQELGPPVQRIQMTRRQSVGRGLQLTPGIGGMQQHFFDDEDRTVPSTPTLVVPHRTDGFAEAIHSPQVAGVPRFRFGPPEDMPQTSSSHSDLGQLASQGGLGMYETPLFLAHEEESGGRSVPTTPLQVAAPVTVFTESTTSDASEHASQSVPMVTTSTGTLSTTNETAAGDDGDEVFVEAESEGISSEAGLEIDSQQEEEPVQASDESDLPSTSQDPPSSSSVDTSSSQPKPFRRVRLQTTLRQGVRGRQFNRQRGISHAMGGRGGINRGNIN 2 1 2 ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------NQHIIRLESLQAEIKMLSDRKRELEHRLSATLEE----------NDLLQGTVEELQDRVLILERQGHDKDLQLHQSQLELQEVRLSYRQLQGKVEELTEERSLQS----S----AATSTSLLSEIEQSMEAEELEQEREQLRLQLWEAYCQVRYLCSHLRGNDSADSAVSTDSSMDESSETSSAKDVPAGSLRTALNDLKRLIQSIVDGVEPTVTLLSVEMTALKEERDRLRVTSED------KEPKEQLQKAIRDRDEAIAKKNAVELELAKCKMDMMSLNSQL-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL {QSQE=0.000}' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 7z8f.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 6' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . 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'normalized score' global . 6 # # loop_ _ma_qa_metric_global.ordinal_id _ma_qa_metric_global.model_id _ma_qa_metric_global.metric_id _ma_qa_metric_global.metric_value 1 1 2 0.629 2 1 3 0 # # loop_ _ma_qa_metric_local.ordinal_id _ma_qa_metric_local.model_id _ma_qa_metric_local.label_asym_id _ma_qa_metric_local.label_seq_id _ma_qa_metric_local.label_comp_id _ma_qa_metric_local.metric_id _ma_qa_metric_local.metric_value 1 1 A 1217 SER 1 0.330 2 1 A 1218 LYS 1 0.380 3 1 A 1219 SER 1 0.500 4 1 A 1220 VAL 1 0.550 5 1 A 1221 SER 1 0.560 6 1 A 1222 ARG 1 0.450 7 1 A 1223 CYS 1 0.570 8 1 A 1224 GLU 1 0.580 9 1 A 1225 ASP 1 0.580 10 1 A 1226 LEU 1 0.610 11 1 A 1227 GLU 1 0.650 12 1 A 1228 LYS 1 0.640 13 1 A 1229 GLN 1 0.660 14 1 A 1230 ASN 1 0.670 15 1 A 1231 ARG 1 0.600 16 1 A 1232 LEU 1 0.650 17 1 A 1233 LEU 1 0.670 18 1 A 1234 HIS 1 0.630 19 1 A 1235 ASP 1 0.680 20 1 A 1236 GLN 1 0.700 21 1 A 1237 ILE 1 0.720 22 1 A 1238 GLU 1 0.670 23 1 A 1239 LYS 1 0.630 24 1 A 1240 LEU 1 0.620 25 1 A 1241 SER 1 0.650 26 1 A 1242 ASP 1 0.620 27 1 A 1243 LYS 1 0.610 28 1 A 1244 VAL 1 0.700 29 1 A 1245 VAL 1 0.670 30 1 A 1246 THR 1 0.690 31 1 A 1247 SER 1 0.690 32 1 A 1248 MET 1 0.640 33 1 A 1249 LYS 1 0.670 34 1 A 1250 ASP 1 0.690 35 1 A 1251 ALA 1 0.520 36 1 A 1252 VAL 1 0.580 37 1 A 1253 GLN 1 0.580 38 1 A 1254 ALA 1 0.620 39 1 A 1255 PRO 1 0.540 40 1 A 1256 LEU 1 0.330 41 1 A 1257 ASN 1 0.570 42 1 A 1258 VAL 1 0.600 43 1 A 1259 SER 1 0.580 44 1 A 1260 LEU 1 0.560 45 1 A 1261 ASN 1 0.520 46 1 A 1262 GLU 1 0.580 47 1 A 1263 GLU 1 0.550 48 1 A 1264 GLY 1 0.670 49 1 A 1265 LYS 1 0.610 50 1 A 1266 SER 1 0.670 51 1 A 1267 GLN 1 0.600 52 1 A 1268 GLU 1 0.620 53 1 A 1269 GLN 1 0.650 54 1 A 1270 ILE 1 0.610 55 1 A 1271 LEU 1 0.670 56 1 A 1272 GLU 1 0.640 57 1 A 1273 ILE 1 0.630 58 1 A 1274 LEU 1 0.670 59 1 A 1275 ARG 1 0.600 60 1 A 1276 PHE 1 0.590 61 1 A 1277 ILE 1 0.640 62 1 A 1278 ARG 1 0.570 63 1 A 1279 ARG 1 0.540 64 1 A 1280 GLU 1 0.580 65 1 A 1281 LYS 1 0.600 66 1 A 1282 GLU 1 0.630 67 1 A 1283 ILE 1 0.630 68 1 A 1284 ALA 1 0.720 69 1 A 1285 GLU 1 0.630 70 1 A 1286 THR 1 0.660 71 1 A 1287 ARG 1 0.580 72 1 A 1288 PHE 1 0.610 73 1 A 1289 GLU 1 0.620 74 1 A 1290 VAL 1 0.680 75 1 A 1291 ALA 1 0.720 76 1 A 1292 GLN 1 0.650 77 1 A 1293 VAL 1 0.680 78 1 A 1294 GLU 1 0.640 79 1 A 1295 SER 1 0.680 80 1 A 1296 LEU 1 0.660 81 1 A 1297 ARG 1 0.620 82 1 A 1298 TYR 1 0.630 83 1 A 1299 ARG 1 0.630 84 1 A 1300 GLN 1 0.670 85 1 A 1301 ARG 1 0.630 86 1 A 1302 VAL 1 0.710 87 1 A 1303 GLU 1 0.700 88 1 A 1304 LEU 1 0.700 89 1 A 1305 LEU 1 0.700 90 1 A 1306 GLU 1 0.730 91 1 A 1307 ARG 1 0.700 92 1 A 1308 GLU 1 0.740 93 1 A 1309 LEU 1 0.740 94 1 A 1310 GLN 1 0.790 95 1 A 1311 GLU 1 0.760 96 1 A 1312 LEU 1 0.750 97 1 A 1313 GLN 1 0.740 98 1 A 1314 ASP 1 0.750 99 1 A 1315 SER 1 0.730 100 1 A 1316 LEU 1 0.640 101 1 A 1317 ASN 1 0.640 102 1 A 1318 VAL 1 0.610 103 1 A 1319 GLU 1 0.560 104 1 A 1320 ARG 1 0.530 # # loop_ _pdbx_data_usage.id _pdbx_data_usage.type _pdbx_data_usage.details _pdbx_data_usage.url 1 license ;This SWISS-MODEL protein model is copyright. It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #