data_SMR-73d347bd69aaa3ea7ac761a8ed424458_3 _entry.id SMR-73d347bd69aaa3ea7ac761a8ed424458_3 _struct.entry_id SMR-73d347bd69aaa3ea7ac761a8ed424458_3 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - Q9Y618 (isoform 2)/ NCOR2_HUMAN, Nuclear receptor corepressor 2 Estimated model accuracy of this model is 0.0, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries Q9Y618 (isoform 2)' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 311746.318 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP NCOR2_HUMAN Q9Y618 1 ;MSGSTQPVAQTWRATEPRYPPHSLSYPVQIARTHTDVGLLEYQHHSRDYASHLSPGSIIQPQRRRPSLLS EFQPGNERSQELHLRPESHSYLPELGKSEMEFIESKRPRLELLPDPLLRPSPLLATGQPAGSEDLTKDRS LTGKLEPVSPPSPPHTDPELELVPPRLSKEELIQNMDRVDREITMVEQQISKLKKKQQQLEEEAAKPPEP EKPVSPPPIESKHRSLVQIIYDENRKKAEAAHRILEGLGPQVELPLYNQPSDTRQYHENIKINQAMRKKL ILYFKRRNHARKQWEQKFCQRYDQLMEAWEKKVERIENNPRRRAKESKVREYYEKQFPEIRKQRELQERM QSRVGQRGSGLSMSAARSEHEVSEIIDGLSEQENLEKQMRQLAVIPPMLYDADQQRIKFINMNGLMADPM KVYKDRQVMNMWSEQEKETFREKFMQHPKNFGLIASFLERKTVAECVLYYYLTKKNENYKSLVRRSYRRR GKSQQQQQQQQQQQQQQQQQPMPRSSQEEKDEKEKEKEAEKEEEKPEVENDKEDLLKEKTDDTSGEDNDE KEAVASKGRKTANSQGRRKGRITRSMANEANSEEAITPQQSAELASMELNESSRWTEEEMETAKKGLLEH GRNWSAIARMVGSKTVSQCKNFYFNYKKRQNLDEILQQHKLKMEKERNARRKKKKAPAAASEEAAFPPVV EDEEMEASGVSGNEEEMVEEAEATVNNSSDTESIPSPHTEAAKDTGQNGPKPPATLGADGPPPGPPTPPP EDIPAPTEPTPASEATGAPTPPPAPPSPSAPPPVVPKEEKEEETAAAPPVEEGEEQKPPAAEELAVDTGK AEEPVKSECTEEAEEGPAKGKDAEAAEATAEGALKAEKKEGGSGRATTAKSSGAPQDSDSSATCSADEVD EAEGGDKNRLLSPRPSLLTPTGDPRANASPQKPLDLKQLKQRAAAIPPIQVTKVHEPPREDAAPTKPAPP APPPPQNLQPESDAPQQPGSSPRGKSRSPAPPADKEAFAAEAQKLPGDPPCWTSGLPFPVPPREVIKASP HAPDPSAFSYAPPGHPLPLGLHDTARPVLPRPPTISNPPPLISSAKHPSVLERQIGAISQGMSVQLHVPY SEHAKAPVGPVTMGLPLPMDPKKLAPFSGVKQEQLSPRGQAGPPESLGVPTAQEASVLRGTALGSVPGGS ITKGIPSTRVPSDSAITYRGSITHGTPADVLYKGTITRIIGEDSPSRLDRGREDSLPKGHVIYEGKKGHV LSYEGGMSVTQCSKEDGRSSSGPPHETAAPKRTYDMMEGRVGRAISSASIEGLMGRAIPPERHSPHHLKE QHHIRGSITQGIPRSYVEAQEDYLRREAKLLKREGTPPPPPPSRDLTEAYKTQALGPLKLKPAHEGLVAT VKEAGRSIHEIPREELRHTPELPLAPRPLKEGSITQGTPLKYDTGASTTGSKKHDVRSLIGSPGRTFPPV HPLDVMADARALERACYEESLKSRPGTASSSGGSIARGAPVIVPELGKPRQSPLTYEDHGAPFAGHLPRG SPVTTREPTPRLQEGSLSSSKASQDRKLTSTPREIAKSPHSTVPEHHPHPISPYEHLLRGVSGVDLYRSH IPLAFDPTSIPRGIPLDAAAAYYLPRHLAPNPTYPHLYPPYLIRGYPDTAALENRQTIINDYITSQQMHH NAATAMAQRADMLRGLSPRESSLALNYAAGPRGIIDLSQVPHLPVLVPPTPGTPATAMDRLAYLPTAPQP FSSRHSSSPLSPGGPTHLTKPTTTSSSERERDRDRERDRDREREKSILTSTTTVEHAPIWRPGTEQSSGS SGGGGGSSSRPASHSHAHQHSPISPRTQDALQQRPSVLHNTGMKGIITAVEPSTPTVLRSTSTSSPVRPA ATFPPATHCPLGGTLDGVYPTLMEPVLLPKEAPRVARPERPRADTGHAFLAKPPARSGLEPASSPSKGSE PRPLVPPVSGHATIARTPAKNLAPHHASPDPPAPPASASDPHREKTQSKPFSIQELELRSLGYHGSSYSP EGVEPVSPVSSPSLTHDKGLPKHLEELDKSHLEGELRPKQPGPVKLGGEAAHLPHLRPLPESQPSSSPLL QTAPGVKGHQRVVTLAQHISEVITQDYTRHHPQQLSAPLPAPLYSFPGASCPVLDLRRPPSDLYLPPPDH GAPARGSPHSEGGKRSPEPNKTSVLGGGEDGIEPVSPPEGMTEPGHSRSAVYPLLYRDGEQTEPSRMGSK SPGNTSQPPAFFSKLTESNSAMVKSKKQEINKKLNTHNRNEPEYNISQPGTEIFNMPAITGTGLMTYRSQ AVQEHASTNMGLEAIIRKALMGGGGKAKVSGRPSSRKAKSPAPGLASGDRPPSVSSVHSEGDCNRRTPLT NRVWEDRPSSAGSTPFPYNPLIMRLQAGVMASPPPPGLPAGSGPLAGPHHAWDEEPKPLLCSQYETLSDS E ; 'Nuclear receptor corepressor 2' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 2451 1 2451 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . NCOR2_HUMAN Q9Y618 Q9Y618-2 1 2451 9606 'Homo sapiens (Human)' 2018-09-12 24299917E937ED2A # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no A ;MSGSTQPVAQTWRATEPRYPPHSLSYPVQIARTHTDVGLLEYQHHSRDYASHLSPGSIIQPQRRRPSLLS EFQPGNERSQELHLRPESHSYLPELGKSEMEFIESKRPRLELLPDPLLRPSPLLATGQPAGSEDLTKDRS LTGKLEPVSPPSPPHTDPELELVPPRLSKEELIQNMDRVDREITMVEQQISKLKKKQQQLEEEAAKPPEP EKPVSPPPIESKHRSLVQIIYDENRKKAEAAHRILEGLGPQVELPLYNQPSDTRQYHENIKINQAMRKKL ILYFKRRNHARKQWEQKFCQRYDQLMEAWEKKVERIENNPRRRAKESKVREYYEKQFPEIRKQRELQERM QSRVGQRGSGLSMSAARSEHEVSEIIDGLSEQENLEKQMRQLAVIPPMLYDADQQRIKFINMNGLMADPM KVYKDRQVMNMWSEQEKETFREKFMQHPKNFGLIASFLERKTVAECVLYYYLTKKNENYKSLVRRSYRRR GKSQQQQQQQQQQQQQQQQQPMPRSSQEEKDEKEKEKEAEKEEEKPEVENDKEDLLKEKTDDTSGEDNDE KEAVASKGRKTANSQGRRKGRITRSMANEANSEEAITPQQSAELASMELNESSRWTEEEMETAKKGLLEH 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A 1 2419 PRO 2419 ? ? ? A . A 1 2420 ALA 2420 ? ? ? A . A 1 2421 GLY 2421 ? ? ? A . A 1 2422 SER 2422 ? ? ? A . A 1 2423 GLY 2423 ? ? ? A . A 1 2424 PRO 2424 ? ? ? A . A 1 2425 LEU 2425 ? ? ? A . A 1 2426 ALA 2426 ? ? ? A . A 1 2427 GLY 2427 ? ? ? A . A 1 2428 PRO 2428 ? ? ? A . A 1 2429 HIS 2429 ? ? ? A . A 1 2430 HIS 2430 ? ? ? A . A 1 2431 ALA 2431 ? ? ? A . A 1 2432 TRP 2432 ? ? ? A . A 1 2433 ASP 2433 ? ? ? A . A 1 2434 GLU 2434 ? ? ? A . A 1 2435 GLU 2435 ? ? ? A . A 1 2436 PRO 2436 ? ? ? A . A 1 2437 LYS 2437 ? ? ? A . A 1 2438 PRO 2438 ? ? ? A . A 1 2439 LEU 2439 ? ? ? A . A 1 2440 LEU 2440 ? ? ? A . A 1 2441 CYS 2441 ? ? ? A . A 1 2442 SER 2442 ? ? ? A . A 1 2443 GLN 2443 ? ? ? A . A 1 2444 TYR 2444 ? ? ? A . A 1 2445 GLU 2445 ? ? ? A . A 1 2446 THR 2446 ? ? ? A . A 1 2447 LEU 2447 ? ? ? A . A 1 2448 SER 2448 ? ? ? A . A 1 2449 ASP 2449 ? ? ? A . A 1 2450 SER 2450 ? ? ? A . A 1 2451 GLU 2451 ? ? ? A . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'Nuclear receptor corepressor 2 {PDB ID=1xc5, label_asym_id=A, auth_asym_id=A, SMTL ID=1xc5.1.A}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 1xc5, label_asym_id=A' 'target-template alignment' . 4 'model 3' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-12-04 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-11-29 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A A 1 1 A # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;GSMNGLMADPMKVYKDRQVMNMWSEQEKETFREKFMQHPKNFGLIASFLERKTVAECVLYYYLTKKNENY K ; ;GSMNGLMADPMKVYKDRQVMNMWSEQEKETFREKFMQHPKNFGLIASFLERKTVAECVLYYYLTKKNENY K ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 3 71 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 1xc5 2024-05-29 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 2451 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 2451 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 1.4e-14 100.000 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MSGSTQPVAQTWRATEPRYPPHSLSYPVQIARTHTDVGLLEYQHHSRDYASHLSPGSIIQPQRRRPSLLSEFQPGNERSQELHLRPESHSYLPELGKSEMEFIESKRPRLELLPDPLLRPSPLLATGQPAGSEDLTKDRSLTGKLEPVSPPSPPHTDPELELVPPRLSKEELIQNMDRVDREITMVEQQISKLKKKQQQLEEEAAKPPEPEKPVSPPPIESKHRSLVQIIYDENRKKAEAAHRILEGLGPQVELPLYNQPSDTRQYHENIKINQAMRKKLILYFKRRNHARKQWEQKFCQRYDQLMEAWEKKVERIENNPRRRAKESKVREYYEKQFPEIRKQRELQERMQSRVGQRGSGLSMSAARSEHEVSEIIDGLSEQENLEKQMRQLAVIPPMLYDADQQRIKFINMNGLMADPMKVYKDRQVMNMWSEQEKETFREKFMQHPKNFGLIASFLERKTVAECVLYYYLTKKNENYKSLVRRSYRRRGKSQQQQQQQQQQQQQQQQQPMPRSSQEEKDEKEKEKEAEKEEEKPEVENDKEDLLKEKTDDTSGEDNDEKEAVASKGRKTANSQGRRKGRITRSMANEANSEEAITPQQSAELASMELNESSRWTEEEMETAKKGLLEHGRNWSAIARMVGSKTVSQCKNFYFNYKKRQNLDEILQQHKLKMEKERNARRKKKKAPAAASEEAAFPPVVEDEEMEASGVSGNEEEMVEEAEATVNNSSDTESIPSPHTEAAKDTGQNGPKPPATLGADGPPPGPPTPPPEDIPAPTEPTPASEATGAPTPPPAPPSPSAPPPVVPKEEKEEETAAAPPVEEGEEQKPPAAEELAVDTGKAEEPVKSECTEEAEEGPAKGKDAEAAEATAEGALKAEKKEGGSGRATTAKSSGAPQDSDSSATCSADEVDEAEGGDKNRLLSPRPSLLTPTGDPRANASPQKPLDLKQLKQRAAAIPPIQVTKVHEPPREDAAPTKPAPPAPPPPQNLQPESDAPQQPGSSPRGKSRSPAPPADKEAFAAEAQKLPGDPPCWTSGLPFPVPPREVIKASPHAPDPSAFSYAPPGHPLPLGLHDTARPVLPRPPTISNPPPLISSAKHPSVLERQIGAISQGMSVQLHVPYSEHAKAPVGPVTMGLPLPMDPKKLAPFSGVKQEQLSPRGQAGPPESLGVPTAQEASVLRGTALGSVPGGSITKGIPSTRVPSDSAITYRGSITHGTPADVLYKGTITRIIGEDSPSRLDRGREDSLPKGHVIYEGKKGHVLSYEGGMSVTQCSKEDGRSSSGPPHETAAPKRTYDMMEGRVGRAISSASIEGLMGRAIPPERHSPHHLKEQHHIRGSITQGIPRSYVEAQEDYLRREAKLLKREGTPPPPPPSRDLTEAYKTQALGPLKLKPAHEGLVATVKEAGRSIHEIPREELRHTPELPLAPRPLKEGSITQGTPLKYDTGASTTGSKKHDVRSLIGSPGRTFPPVHPLDVMADARALERACYEESLKSRPGTASSSGGSIARGAPVIVPELGKPRQSPLTYEDHGAPFAGHLPRGSPVTTREPTPRLQEGSLSSSKASQDRKLTSTPREIAKSPHSTVPEHHPHPISPYEHLLRGVSGVDLYRSHIPLAFDPTSIPRGIPLDAAAAYYLPRHLAPNPTYPHLYPPYLIRGYPDTAALENRQTIINDYITSQQMHHNAATAMAQRADMLRGLSPRESSLALNYAAGPRGIIDLSQVPHLPVLVPPTPGTPATAMDRLAYLPTAPQPFSSRHSSSPLSPGGPTHLTKPTTTSSSERERDRDRERDRDREREKSILTSTTTVEHAPIWRPGTEQSSGSSGGGGGSSSRPASHSHAHQHSPISPRTQDALQQRPSVLHNTGMKGIITAVEPSTPTVLRSTSTSSPVRPAATFPPATHCPLGGTLDGVYPTLMEPVLLPKEAPRVARPERPRADTGHAFLAKPPARSGLEPASSPSKGSEPRPLVPPVSGHATIARTPAKNLAPHHASPDPPAPPASASDPHREKTQSKPFSIQELELRSLGYHGSSYSPEGVEPVSPVSSPSLTHDKGLPKHLEELDKSHLEGELRPKQPGPVKLGGEAAHLPHLRPLPESQPSSSPLLQTAPGVKGHQRVVTLAQHISEVITQDYTRHHPQQLSAPLPAPLYSFPGASCPVLDLRRPPSDLYLPPPDHGAPARGSPHSEGGKRSPEPNKTSVLGGGEDGIEPVSPPEGMTEPGHSRSAVYPLLYRDGEQTEPSRMGSKSPGNTSQPPAFFSKLTESNSAMVKSKKQEINKKLNTHNRNEPEYNISQPGTEIFNMPAITGTGLMTYRSQAVQEHASTNMGLEAIIRKALMGGGGKAKVSGRPSSRKAKSPAPGLASGDRPPSVSSVHSEGDCNRRTPLTNRVWEDRPSSAGSTPFPYNPLIMRLQAGVMASPPPPGLPAGSGPLAGPHHAWDEEPKPLLCSQYETLSDSE 2 1 2 ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------MNGLMADPMKVYKDRQVMNMWSEQEKETFREKFMQHPKNFGLIASFLERKTVAECVLYYYLTKKNENYK--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 1xc5.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 3' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . ASN 413 413 ? A 13.545 6.467 13.589 1 1 A ASN 0.370 1 ATOM 2 C CA . ASN 413 413 ? A 13.333 5.480 14.696 1 1 A ASN 0.370 1 ATOM 3 C C . ASN 413 413 ? A 13.614 4.051 14.310 1 1 A ASN 0.370 1 ATOM 4 O O . ASN 413 413 ? A 13.926 3.768 13.162 1 1 A ASN 0.370 1 ATOM 5 C CB . ASN 413 413 ? A 11.879 5.607 15.220 1 1 A ASN 0.370 1 ATOM 6 C CG . ASN 413 413 ? A 11.862 6.814 16.143 1 1 A ASN 0.370 1 ATOM 7 O OD1 . ASN 413 413 ? A 12.165 7.904 15.676 1 1 A ASN 0.370 1 ATOM 8 N ND2 . ASN 413 413 ? A 11.619 6.584 17.450 1 1 A ASN 0.370 1 ATOM 9 N N . GLY 414 414 ? A 13.535 3.142 15.299 1 1 A GLY 0.380 1 ATOM 10 C CA . GLY 414 414 ? A 13.853 1.738 15.093 1 1 A GLY 0.380 1 ATOM 11 C C . GLY 414 414 ? A 13.795 0.964 16.379 1 1 A GLY 0.380 1 ATOM 12 O O . GLY 414 414 ? A 14.772 0.335 16.759 1 1 A GLY 0.380 1 ATOM 13 N N . LEU 415 415 ? A 12.672 1.046 17.122 1 1 A LEU 0.510 1 ATOM 14 C CA . LEU 415 415 ? A 12.595 0.416 18.436 1 1 A LEU 0.510 1 ATOM 15 C C . LEU 415 415 ? A 11.255 -0.253 18.677 1 1 A LEU 0.510 1 ATOM 16 O O . LEU 415 415 ? A 11.169 -1.461 18.844 1 1 A LEU 0.510 1 ATOM 17 C CB . LEU 415 415 ? A 12.850 1.448 19.565 1 1 A LEU 0.510 1 ATOM 18 C CG . LEU 415 415 ? A 13.392 0.804 20.856 1 1 A LEU 0.510 1 ATOM 19 C CD1 . LEU 415 415 ? A 14.915 0.656 20.788 1 1 A LEU 0.510 1 ATOM 20 C CD2 . LEU 415 415 ? A 13.003 1.598 22.108 1 1 A LEU 0.510 1 ATOM 21 N N . MET 416 416 ? A 10.163 0.532 18.699 1 1 A MET 0.410 1 ATOM 22 C CA . MET 416 416 ? A 8.819 -0.003 18.805 1 1 A MET 0.410 1 ATOM 23 C C . MET 416 416 ? A 8.022 0.483 17.614 1 1 A MET 0.410 1 ATOM 24 O O . MET 416 416 ? A 7.446 1.569 17.661 1 1 A MET 0.410 1 ATOM 25 C CB . MET 416 416 ? A 8.137 0.496 20.106 1 1 A MET 0.410 1 ATOM 26 C CG . MET 416 416 ? A 8.571 -0.259 21.375 1 1 A MET 0.410 1 ATOM 27 S SD . MET 416 416 ? A 7.856 0.444 22.893 1 1 A MET 0.410 1 ATOM 28 C CE . MET 416 416 ? A 9.421 1.029 23.600 1 1 A MET 0.410 1 ATOM 29 N N . ALA 417 417 ? A 7.977 -0.326 16.534 1 1 A ALA 0.510 1 ATOM 30 C CA . ALA 417 417 ? A 7.310 0.016 15.289 1 1 A ALA 0.510 1 ATOM 31 C C . ALA 417 417 ? A 7.568 -1.029 14.227 1 1 A ALA 0.510 1 ATOM 32 O O . ALA 417 417 ? A 8.391 -0.860 13.329 1 1 A ALA 0.510 1 ATOM 33 C CB . ALA 417 417 ? A 7.739 1.379 14.704 1 1 A ALA 0.510 1 ATOM 34 N N . ASP 418 418 ? A 6.826 -2.135 14.310 1 1 A ASP 0.550 1 ATOM 35 C CA . ASP 418 418 ? A 6.992 -3.261 13.431 1 1 A ASP 0.550 1 ATOM 36 C C . ASP 418 418 ? A 5.872 -3.266 12.389 1 1 A ASP 0.550 1 ATOM 37 O O . ASP 418 418 ? A 4.780 -2.751 12.652 1 1 A ASP 0.550 1 ATOM 38 C CB . ASP 418 418 ? A 6.967 -4.565 14.262 1 1 A ASP 0.550 1 ATOM 39 C CG . ASP 418 418 ? A 8.158 -4.622 15.207 1 1 A ASP 0.550 1 ATOM 40 O OD1 . ASP 418 418 ? A 8.167 -3.848 16.203 1 1 A ASP 0.550 1 ATOM 41 O OD2 . ASP 418 418 ? A 9.059 -5.456 14.943 1 1 A ASP 0.550 1 ATOM 42 N N . PRO 419 419 ? A 6.070 -3.800 11.188 1 1 A PRO 0.600 1 ATOM 43 C CA . PRO 419 419 ? 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A -1.786 -10.163 4.992 1 1 A LYS 0.680 1 ATOM 86 C CA . LYS 424 424 ? A -2.881 -10.431 4.086 1 1 A LYS 0.680 1 ATOM 87 C C . LYS 424 424 ? A -2.662 -9.855 2.714 1 1 A LYS 0.680 1 ATOM 88 O O . LYS 424 424 ? A -2.927 -10.493 1.702 1 1 A LYS 0.680 1 ATOM 89 C CB . LYS 424 424 ? A -4.193 -9.880 4.670 1 1 A LYS 0.680 1 ATOM 90 C CG . LYS 424 424 ? A -4.499 -10.552 6.008 1 1 A LYS 0.680 1 ATOM 91 C CD . LYS 424 424 ? A -5.951 -10.401 6.463 1 1 A LYS 0.680 1 ATOM 92 C CE . LYS 424 424 ? A -6.435 -11.645 7.205 1 1 A LYS 0.680 1 ATOM 93 N NZ . LYS 424 424 ? A -6.813 -12.701 6.237 1 1 A LYS 0.680 1 ATOM 94 N N . ASP 425 425 ? A -2.100 -8.647 2.652 1 1 A ASP 0.710 1 ATOM 95 C CA . ASP 425 425 ? A -1.812 -7.981 1.411 1 1 A ASP 0.710 1 ATOM 96 C C . ASP 425 425 ? A -0.432 -8.346 0.843 1 1 A ASP 0.710 1 ATOM 97 O O . ASP 425 425 ? A 0.250 -7.540 0.208 1 1 A ASP 0.710 1 ATOM 98 C CB . ASP 425 425 ? A -1.835 -6.467 1.664 1 1 A ASP 0.710 1 ATOM 99 C CG . ASP 425 425 ? 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It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #