data_SMR-6830d62ed2d35021eb7b783a8aa3ac83_1 _entry.id SMR-6830d62ed2d35021eb7b783a8aa3ac83_1 _struct.entry_id SMR-6830d62ed2d35021eb7b783a8aa3ac83_1 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - Q60974/ NCOR1_MOUSE, Nuclear receptor corepressor 1 Estimated model accuracy of this model is 0.018, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries Q60974' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 5 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 315197.639 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP NCOR1_MOUSE Q60974 1 ;MSSSGYPPNQGAFSTEQSRYPSHSVQYTFPSARHQQEFAVPDYRSSHLEVSQASQLLQQQQQQQLRRRPS LLSEFHPGSDRPQERRSGYEQFHPGPSPVDHDSLESKRPRLEQVSDSHFQRISAAVLPLVHTLPEGLRSS ANAKKDPAFGVKHEAPSSPLSGQPCGDDQNASPSKLSKEELIQSMDRVDREIAKVEQQILKLKKKQQQLE EEAAKPPEPEKPVSPPPVEQKHRSIVQIIYDENRKKAEEAHKIFEGLGPKVELPLYNQPSDTKVYHENIK TNQVMRKKLILFFKRRNHARKQREQKICQRYDQLMEAWEKKVDRIENNPRRKAKESKTREYYEKQFPEIR KQREQQERFQRVGQRGAGLSATIARSEHEISEIIDGLSEQENNEKQMRQLSVIPPMMFDAEQRRVKFINM NGLMEDPMKVYKDRQFMNVWTDHEKEIFKDKFIQHPKNFGLIASYLERKSVPDCVLYYYLTKKNENYKAL VRRNYGKRRGRNQQIARPSQEEKVEEKEEDKAEKTEKKEEEKKDDEEKDDKEDSKETTKEKDRTEATAEE PEEREQVTPRGRKTANSQGRGKGRVTRSMTSEAAAANAAAAATEEPPPPLPPPPEPISTEPVETSRWTEE EMEVAKKGLVEHGRNWAAIAKMVGTKSEAQCKNFYFNYKRRHNLDNLLQQHKQKASRKPREERDVSQCES VASTVSAQEDEDIEASNEEENPEDSEGAENSSDTESAPSPSPVEAAKSSEDSSENAASRGNTEPVAELEA TTDPAPCASPSSAVPTTKPAERESVEAQVTDSASAETAEPMDVDHEECGAEGSSVLDPPAPTKADSVDPE MQVPENTASKGEGDAKERDLESTSEKTEARDEDVVVAEQIERPEPQSDDDSSATCSADEGVDGEPERQRV FPMDAKPSLLTPPGSILISSPIKPNLLDLPQLQHRAAVIPPMVSCTPCNIPIGTPVSGYALYQRHIKAMH ESALLEEQRQRQEQVDLECRSSTSPCSTSKSPNREWEVLQPAPHQVITNLPEGVRLPTTRPTRPPPPLIP SSKTTVASEKPSFIMGGSISQGTPGTYLSSHNQAYPQEAPKPSVGSISLGLPRQQESTKAAPLTYIKQEE FSPRSQNSQPEGLLVRAQHEGVVRGTAGAVQEGSITRGTPASKISVETISSLRGSITQGTPALPQAGIPT EALVKGPVSRMPIEESSPEKVREEAASKGHVIYEGKSGHILSYDNIKNAREGTRSPRTAHEMSLKRSYEA VEGSIKQGMSMRESPVSAPLEGLICRALPRGSPHSDLKERTVLSGSIMQGTPRATAESFEDGLKYPKQIK RESPPIRAFEGAITKGKPYDGITTIKEMGRSIHEIPRQDILTQESRKTPEVVQSTRPIIEGSISQGTPIK FDNNSGQSAIKHNVKSLITGPSKLPRGMLEIVPENIKVVERGKYEDVKAGEPVRARHTSVVSSGPSVLRS TLHEAPKAQLSPGLYDDSSARRTPVSYQNTISRGSPMMNRTSDVSSSKSASHERKSTLTPTQRESIPAKS PVPGVDPIVSHSPFDPHHRSSAAGEVYRSHLPTHLDPAMPFHRALDPAAAYLLQRQLSPTPGYPSQYQLY AMENTRQTILNDYITSQQMQVNLRPDVTRGLSPREQPLGLPYPATRGIIDLTNMPPTILVPHAGGTSTPP MDRITYIPGTQVTFPPRPYNAASLSPGHPTHLAAAASAEREREREREKERERERERERERERERIAAAPA DLYLRPGSEQPGRPGSHGYVRSPSPSVRTQETILQQRPSVFQGTNGTSVITPLDPTAQLRIMPLPSGGPS ISQGLPASRYNTAADALAALVDAAASAPQMDVSKTKESKHEAARLEENLRSRSAAVSEQQQLEQKNLEVE KRSVQCVCTSSALPSGKAQPHASVVYSEAGKDKGPPPKSRYEEELRTRGKTTITAANFIDVIITRQIASD KDARERGSQSSDSSSSLSSHRYETASDAIEVISPASSPAPPQEKPQAYQPDMVKANQAENESTRQYEGPL HHYRSQQESPSPQQQPPLPPSSQSEGMGQVPRTHRLITLADHICQIITQDFARNQVPSQASTSTFQTSPS ALSSTPVRTKTSSRYSPESQSQTVLHPRPGPRVSPENLVDKSRGSRPGKSPERSHIPSEPYEPISPPQGP AVHEKQDSMLLLSQRGVDPAEQRSDSRSPGSISYLPSFFTKLESTSPMVKSKKQEIFRKLNSSGGGDSDM AAAQPGTEIFNLPAVTTSGAVSSRSHSFADPASNLGLEDIIRKALMGSFDDKVEDHGVVMSHPVGIMPGS ASTSVVTSSEARRDEGEPSPHAGVCKPKLINKSNSRKSKSPIPGQSYLGTERPSSVSSVHSEGDYHRQTP GWAWEDRPSSTGSTQFPYNPLTIRMLSSTPPTQIACAPSAITQAAPHQQNRIWEREPAPLLSAQYETLSD SDD ; 'Nuclear receptor corepressor 1' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 2453 1 2453 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . NCOR1_MOUSE Q60974 . 1 2453 10090 'Mus musculus (Mouse)' 1996-11-01 52208B40382F7E6A # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no A ;MSSSGYPPNQGAFSTEQSRYPSHSVQYTFPSARHQQEFAVPDYRSSHLEVSQASQLLQQQQQQQLRRRPS LLSEFHPGSDRPQERRSGYEQFHPGPSPVDHDSLESKRPRLEQVSDSHFQRISAAVLPLVHTLPEGLRSS ANAKKDPAFGVKHEAPSSPLSGQPCGDDQNASPSKLSKEELIQSMDRVDREIAKVEQQILKLKKKQQQLE EEAAKPPEPEKPVSPPPVEQKHRSIVQIIYDENRKKAEEAHKIFEGLGPKVELPLYNQPSDTKVYHENIK TNQVMRKKLILFFKRRNHARKQREQKICQRYDQLMEAWEKKVDRIENNPRRKAKESKTREYYEKQFPEIR KQREQQERFQRVGQRGAGLSATIARSEHEISEIIDGLSEQENNEKQMRQLSVIPPMMFDAEQRRVKFINM NGLMEDPMKVYKDRQFMNVWTDHEKEIFKDKFIQHPKNFGLIASYLERKSVPDCVLYYYLTKKNENYKAL VRRNYGKRRGRNQQIARPSQEEKVEEKEEDKAEKTEKKEEEKKDDEEKDDKEDSKETTKEKDRTEATAEE PEEREQVTPRGRKTANSQGRGKGRVTRSMTSEAAAANAAAAATEEPPPPLPPPPEPISTEPVETSRWTEE 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A 1 2419 SER 2419 ? ? ? A . A 1 2420 ALA 2420 ? ? ? A . A 1 2421 ILE 2421 ? ? ? A . A 1 2422 THR 2422 ? ? ? A . A 1 2423 GLN 2423 ? ? ? A . A 1 2424 ALA 2424 ? ? ? A . A 1 2425 ALA 2425 ? ? ? A . A 1 2426 PRO 2426 ? ? ? A . A 1 2427 HIS 2427 ? ? ? A . A 1 2428 GLN 2428 ? ? ? A . A 1 2429 GLN 2429 ? ? ? A . A 1 2430 ASN 2430 ? ? ? A . A 1 2431 ARG 2431 ? ? ? A . A 1 2432 ILE 2432 ? ? ? A . A 1 2433 TRP 2433 ? ? ? A . A 1 2434 GLU 2434 ? ? ? A . A 1 2435 ARG 2435 ? ? ? A . A 1 2436 GLU 2436 ? ? ? A . A 1 2437 PRO 2437 ? ? ? A . A 1 2438 ALA 2438 ? ? ? A . A 1 2439 PRO 2439 ? ? ? A . A 1 2440 LEU 2440 ? ? ? A . A 1 2441 LEU 2441 ? ? ? A . A 1 2442 SER 2442 ? ? ? A . A 1 2443 ALA 2443 ? ? ? A . A 1 2444 GLN 2444 ? ? ? A . A 1 2445 TYR 2445 ? ? ? A . A 1 2446 GLU 2446 ? ? ? A . A 1 2447 THR 2447 ? ? ? A . A 1 2448 LEU 2448 ? ? ? A . A 1 2449 SER 2449 ? ? ? A . A 1 2450 ASP 2450 ? ? ? A . A 1 2451 SER 2451 ? ? ? A . A 1 2452 ASP 2452 ? ? ? A . A 1 2453 ASP 2453 ? ? ? A . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'Nuclear receptor corepressor 2 {PDB ID=2ltp, label_asym_id=A, auth_asym_id=A, SMTL ID=2ltp.1.A}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by BLAST to 2ltp, label_asym_id=A' 'target-template alignment' . 4 'model 1' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-12-04 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-11-29 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A A 1 1 A # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;MHHHHHHSSGRENLYFQGWTEEEMGTAKKGLLEHGRNWSAIARMVGSKTVSQCKNFYFNYKKRQNLDEIL QQHKLKMEKERNARRKKKK ; ;MHHHHHHSSGRENLYFQGWTEEEMGTAKKGLLEHGRNWSAIARMVGSKTVSQCKNFYFNYKKRQNLDEIL QQHKLKMEKERNARRKKKK ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 19 85 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 2ltp 2024-05-15 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 2453 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 2453 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'BLAST e-value' . 2.05e-24 67.164 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MSSSGYPPNQGAFSTEQSRYPSHSVQYTFPSARHQQEFAVPDYRSSHLEVSQASQLLQQQQQQQLRRRPSLLSEFHPGSDRPQERRSGYEQFHPGPSPVDHDSLESKRPRLEQVSDSHFQRISAAVLPLVHTLPEGLRSSANAKKDPAFGVKHEAPSSPLSGQPCGDDQNASPSKLSKEELIQSMDRVDREIAKVEQQILKLKKKQQQLEEEAAKPPEPEKPVSPPPVEQKHRSIVQIIYDENRKKAEEAHKIFEGLGPKVELPLYNQPSDTKVYHENIKTNQVMRKKLILFFKRRNHARKQREQKICQRYDQLMEAWEKKVDRIENNPRRKAKESKTREYYEKQFPEIRKQREQQERFQRVGQRGAGLSATIARSEHEISEIIDGLSEQENNEKQMRQLSVIPPMMFDAEQRRVKFINMNGLMEDPMKVYKDRQFMNVWTDHEKEIFKDKFIQHPKNFGLIASYLERKSVPDCVLYYYLTKKNENYKALVRRNYGKRRGRNQQIARPSQEEKVEEKEEDKAEKTEKKEEEKKDDEEKDDKEDSKETTKEKDRTEATAEEPEEREQVTPRGRKTANSQGRGKGRVTRSMTSEAAAANAAAAATEEPPPPLPPPPEPISTEPVETSRWTEEEMEVAKKGLVEHGRNWAAIAKMVGTKSEAQCKNFYFNYKRRHNLDNLLQQHKQKASRKPREERDVSQCESVASTVSAQEDEDIEASNEEENPEDSEGAENSSDTESAPSPSPVEAAKSSEDSSENAASRGNTEPVAELEATTDPAPCASPSSAVPTTKPAERESVEAQVTDSASAETAEPMDVDHEECGAEGSSVLDPPAPTKADSVDPEMQVPENTASKGEGDAKERDLESTSEKTEARDEDVVVAEQIERPEPQSDDDSSATCSADEGVDGEPERQRVFPMDAKPSLLTPPGSILISSPIKPNLLDLPQLQHRAAVIPPMVSCTPCNIPIGTPVSGYALYQRHIKAMHESALLEEQRQRQEQVDLECRSSTSPCSTSKSPNREWEVLQPAPHQVITNLPEGVRLPTTRPTRPPPPLIPSSKTTVASEKPSFIMGGSISQGTPGTYLSSHNQAYPQEAPKPSVGSISLGLPRQQESTKAAPLTYIKQEEFSPRSQNSQPEGLLVRAQHEGVVRGTAGAVQEGSITRGTPASKISVETISSLRGSITQGTPALPQAGIPTEALVKGPVSRMPIEESSPEKVREEAASKGHVIYEGKSGHILSYDNIKNAREGTRSPRTAHEMSLKRSYEAVEGSIKQGMSMRESPVSAPLEGLICRALPRGSPHSDLKERTVLSGSIMQGTPRATAESFEDGLKYPKQIKRESPPIRAFEGAITKGKPYDGITTIKEMGRSIHEIPRQDILTQESRKTPEVVQSTRPIIEGSISQGTPIKFDNNSGQSAIKHNVKSLITGPSKLPRGMLEIVPENIKVVERGKYEDVKAGEPVRARHTSVVSSGPSVLRSTLHEAPKAQLSPGLYDDSSARRTPVSYQNTISRGSPMMNRTSDVSSSKSASHERKSTLTPTQRESIPAKSPVPGVDPIVSHSPFDPHHRSSAAGEVYRSHLPTHLDPAMPFHRALDPAAAYLLQRQLSPTPGYPSQYQLYAMENTRQTILNDYITSQQMQVNLRPDVTRGLSPREQPLGLPYPATRGIIDLTNMPPTILVPHAGGTSTPPMDRITYIPGTQVTFPPRPYNAASLSPGHPTHLAAAASAEREREREREKERERERERERERERERIAAAPADLYLRPGSEQPGRPGSHGYVRSPSPSVRTQETILQQRPSVFQGTNGTSVITPLDPTAQLRIMPLPSGGPSISQGLPASRYNTAADALAALVDAAASAPQMDVSKTKESKHEAARLEENLRSRSAAVSEQQQLEQKNLEVEKRSVQCVCTSSALPSGKAQPHASVVYSEAGKDKGPPPKSRYEEELRTRGKTTITAANFIDVIITRQIASDKDARERGSQSSDSSSSLSSHRYETASDAIEVISPASSPAPPQEKPQAYQPDMVKANQAENESTRQYEGPLHHYRSQQESPSPQQQPPLPPSSQSEGMGQVPRTHRLITLADHICQIITQDFARNQVPSQASTSTFQTSPSALSSTPVRTKTSSRYSPESQSQTVLHPRPGPRVSPENLVDKSRGSRPGKSPERSHIPSEPYEPISPPQGPAVHEKQDSMLLLSQRGVDPAEQRSDSRSPGSISYLPSFFTKLESTSPMVKSKKQEIFRKLNSSGGGDSDMAAAQPGTEIFNLPAVTTSGAVSSRSHSFADPASNLGLEDIIRKALMGSFDDKVEDHGVVMSHPVGIMPGSASTSVVTSSEARRDEGEPSPHAGVCKPKLINKSNSRKSKSPIPGQSYLGTERPSSVSSVHSEGDYHRQTPGWAWEDRPSSTGSTQFPYNPLTIRMLSSTPPTQIACAPSAITQAAPHQQNRIWEREPAPLLSAQYETLSDSDD 2 1 2 --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------WTEEEMGTAKKGLLEHGRNWSAIARMVGSKTVSQCKNFYFNYKKRQNLDEILQQHKLKMEKERNARR-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 2ltp.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 1' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . TRP 627 627 ? A 1.633 0.121 -0.960 1 1 A TRP 0.670 1 ATOM 2 C CA . TRP 627 627 ? A 2.430 0.055 -2.212 1 1 A TRP 0.670 1 ATOM 3 C C . TRP 627 627 ? A 2.422 -1.365 -2.714 1 1 A TRP 0.670 1 ATOM 4 O O . TRP 627 627 ? A 2.884 -2.253 -2.006 1 1 A TRP 0.670 1 ATOM 5 C CB . TRP 627 627 ? A 3.885 0.546 -1.963 1 1 A TRP 0.670 1 ATOM 6 C CG . TRP 627 627 ? A 4.052 2.037 -1.717 1 1 A TRP 0.670 1 ATOM 7 C CD1 . TRP 627 627 ? A 3.439 2.844 -0.798 1 1 A TRP 0.670 1 ATOM 8 C CD2 . TRP 627 627 ? A 4.881 2.900 -2.513 1 1 A TRP 0.670 1 ATOM 9 N NE1 . TRP 627 627 ? A 3.794 4.153 -0.990 1 1 A TRP 0.670 1 ATOM 10 C CE2 . TRP 627 627 ? A 4.675 4.208 -2.038 1 1 A TRP 0.670 1 ATOM 11 C CE3 . TRP 627 627 ? A 5.733 2.653 -3.589 1 1 A TRP 0.670 1 ATOM 12 C CZ2 . TRP 627 627 ? A 5.311 5.283 -2.622 1 1 A TRP 0.670 1 ATOM 13 C CZ3 . TRP 627 627 ? A 6.367 3.748 -4.188 1 1 A TRP 0.670 1 ATOM 14 C CH2 . TRP 627 627 ? A 6.160 5.041 -3.702 1 1 A TRP 0.670 1 ATOM 15 N N . THR 628 628 ? A 1.839 -1.622 -3.895 1 1 A THR 0.600 1 ATOM 16 C CA . THR 628 628 ? A 1.822 -2.922 -4.565 1 1 A THR 0.600 1 ATOM 17 C C . THR 628 628 ? A 3.221 -3.326 -4.983 1 1 A THR 0.600 1 ATOM 18 O O . THR 628 628 ? A 4.060 -2.472 -5.246 1 1 A THR 0.600 1 ATOM 19 C CB . THR 628 628 ? A 0.866 -2.905 -5.748 1 1 A THR 0.600 1 ATOM 20 O OG1 . THR 628 628 ? A -0.439 -2.639 -5.269 1 1 A THR 0.600 1 ATOM 21 C CG2 . THR 628 628 ? A 0.746 -4.240 -6.488 1 1 A THR 0.600 1 ATOM 22 N N . GLU 629 629 ? A 3.552 -4.635 -5.061 1 1 A GLU 0.660 1 ATOM 23 C CA . GLU 629 629 ? A 4.879 -5.090 -5.448 1 1 A GLU 0.660 1 ATOM 24 C C . GLU 629 629 ? A 5.394 -4.540 -6.780 1 1 A GLU 0.660 1 ATOM 25 O O . GLU 629 629 ? A 6.580 -4.325 -6.958 1 1 A GLU 0.660 1 ATOM 26 C CB . GLU 629 629 ? A 4.984 -6.620 -5.391 1 1 A GLU 0.660 1 ATOM 27 C CG . GLU 629 629 ? A 4.850 -7.155 -3.948 1 1 A GLU 0.660 1 ATOM 28 C CD . GLU 629 629 ? A 4.833 -8.677 -3.947 1 1 A GLU 0.660 1 ATOM 29 O OE1 . GLU 629 629 ? A 5.900 -9.276 -4.231 1 1 A GLU 0.660 1 ATOM 30 O OE2 . GLU 629 629 ? A 3.744 -9.239 -3.666 1 1 A GLU 0.660 1 ATOM 31 N N . GLU 630 630 ? A 4.490 -4.212 -7.727 1 1 A GLU 0.680 1 ATOM 32 C CA . GLU 630 630 ? A 4.829 -3.540 -8.961 1 1 A GLU 0.680 1 ATOM 33 C C . GLU 630 630 ? A 5.421 -2.146 -8.783 1 1 A GLU 0.680 1 ATOM 34 O O . GLU 630 630 ? A 6.492 -1.844 -9.296 1 1 A GLU 0.680 1 ATOM 35 C CB . GLU 630 630 ? A 3.548 -3.424 -9.804 1 1 A GLU 0.680 1 ATOM 36 C CG . GLU 630 630 ? A 2.780 -4.756 -9.942 1 1 A GLU 0.680 1 ATOM 37 C CD . GLU 630 630 ? A 1.480 -4.531 -10.702 1 1 A GLU 0.680 1 ATOM 38 O OE1 . GLU 630 630 ? A 1.557 -4.265 -11.925 1 1 A GLU 0.680 1 ATOM 39 O OE2 . GLU 630 630 ? A 0.411 -4.608 -10.043 1 1 A GLU 0.680 1 ATOM 40 N N . GLU 631 631 ? A 4.794 -1.255 -7.983 1 1 A GLU 0.690 1 ATOM 41 C CA . GLU 631 631 ? A 5.353 0.058 -7.720 1 1 A GLU 0.690 1 ATOM 42 C C . GLU 631 631 ? A 6.482 0.004 -6.697 1 1 A GLU 0.690 1 ATOM 43 O O . GLU 631 631 ? A 7.385 0.834 -6.705 1 1 A GLU 0.690 1 ATOM 44 C CB . GLU 631 631 ? A 4.247 1.049 -7.275 1 1 A GLU 0.690 1 ATOM 45 C CG . GLU 631 631 ? A 3.588 0.621 -5.945 1 1 A GLU 0.690 1 ATOM 46 C CD . GLU 631 631 ? A 2.424 1.460 -5.429 1 1 A GLU 0.690 1 ATOM 47 O OE1 . GLU 631 631 ? A 2.572 2.692 -5.277 1 1 A GLU 0.690 1 ATOM 48 O OE2 . GLU 631 631 ? A 1.411 0.813 -5.048 1 1 A GLU 0.690 1 ATOM 49 N N . MET 632 632 ? A 6.519 -1.036 -5.832 1 1 A MET 0.750 1 ATOM 50 C CA . MET 632 632 ? A 7.673 -1.351 -5.010 1 1 A MET 0.750 1 ATOM 51 C C . MET 632 632 ? A 8.887 -1.712 -5.846 1 1 A MET 0.750 1 ATOM 52 O O . MET 632 632 ? A 9.984 -1.280 -5.536 1 1 A MET 0.750 1 ATOM 53 C CB . MET 632 632 ? A 7.397 -2.506 -4.019 1 1 A MET 0.750 1 ATOM 54 C CG . MET 632 632 ? A 6.300 -2.222 -2.973 1 1 A MET 0.750 1 ATOM 55 S SD . MET 632 632 ? A 6.875 -1.853 -1.282 1 1 A MET 0.750 1 ATOM 56 C CE . MET 632 632 ? A 7.752 -0.296 -1.591 1 1 A MET 0.750 1 ATOM 57 N N . GLU 633 633 ? A 8.702 -2.472 -6.951 1 1 A GLU 0.710 1 ATOM 58 C CA . GLU 633 633 ? A 9.712 -2.785 -7.942 1 1 A GLU 0.710 1 ATOM 59 C C . GLU 633 633 ? A 10.199 -1.541 -8.671 1 1 A GLU 0.710 1 ATOM 60 O O . GLU 633 633 ? A 11.379 -1.332 -8.886 1 1 A GLU 0.710 1 ATOM 61 C CB . GLU 633 633 ? A 9.193 -3.852 -8.938 1 1 A GLU 0.710 1 ATOM 62 C CG . GLU 633 633 ? A 10.249 -4.416 -9.929 1 1 A GLU 0.710 1 ATOM 63 C CD . GLU 633 633 ? A 11.452 -5.094 -9.267 1 1 A GLU 0.710 1 ATOM 64 O OE1 . GLU 633 633 ? A 12.520 -5.151 -9.938 1 1 A GLU 0.710 1 ATOM 65 O OE2 . GLU 633 633 ? A 11.348 -5.516 -8.089 1 1 A GLU 0.710 1 ATOM 66 N N . VAL 634 634 ? A 9.279 -0.614 -9.013 1 1 A VAL 0.750 1 ATOM 67 C CA . VAL 634 634 ? A 9.628 0.692 -9.559 1 1 A VAL 0.750 1 ATOM 68 C C . VAL 634 634 ? A 10.411 1.542 -8.555 1 1 A VAL 0.750 1 ATOM 69 O O . VAL 634 634 ? A 11.388 2.192 -8.903 1 1 A VAL 0.750 1 ATOM 70 C CB . VAL 634 634 ? A 8.403 1.417 -10.101 1 1 A VAL 0.750 1 ATOM 71 C CG1 . VAL 634 634 ? 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A 15.832 -4.505 -7.748 1 1 A LYS 0.740 1 ATOM 86 N NZ . LYS 636 636 ? A 16.920 -4.113 -6.855 1 1 A LYS 0.740 1 ATOM 87 N N . LYS 637 637 ? A 13.753 -0.116 -8.426 1 1 A LYS 0.740 1 ATOM 88 C CA . LYS 637 637 ? A 14.450 0.382 -9.584 1 1 A LYS 0.740 1 ATOM 89 C C . LYS 637 637 ? A 14.926 1.803 -9.398 1 1 A LYS 0.740 1 ATOM 90 O O . LYS 637 637 ? A 16.067 2.126 -9.698 1 1 A LYS 0.740 1 ATOM 91 C CB . LYS 637 637 ? A 13.520 0.293 -10.817 1 1 A LYS 0.740 1 ATOM 92 C CG . LYS 637 637 ? A 14.124 0.737 -12.159 1 1 A LYS 0.740 1 ATOM 93 C CD . LYS 637 637 ? A 15.245 -0.165 -12.698 1 1 A LYS 0.740 1 ATOM 94 C CE . LYS 637 637 ? A 14.764 -1.562 -13.090 1 1 A LYS 0.740 1 ATOM 95 N NZ . LYS 637 637 ? A 15.883 -2.330 -13.674 1 1 A LYS 0.740 1 ATOM 96 N N . GLY 638 638 ? A 14.075 2.677 -8.838 1 1 A GLY 0.780 1 ATOM 97 C CA . GLY 638 638 ? A 14.433 4.050 -8.559 1 1 A GLY 0.780 1 ATOM 98 C C . GLY 638 638 ? A 15.552 4.241 -7.590 1 1 A GLY 0.780 1 ATOM 99 O O . GLY 638 638 ? 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A 19.755 -0.311 -8.958 1 1 A VAL 0.760 1 ATOM 114 C CG2 . VAL 640 640 ? A 18.366 -0.966 -7.005 1 1 A VAL 0.760 1 ATOM 115 N N . GLU 641 641 ? A 18.809 2.920 -9.286 1 1 A GLU 0.740 1 ATOM 116 C CA . GLU 641 641 ? A 19.411 3.696 -10.356 1 1 A GLU 0.740 1 ATOM 117 C C . GLU 641 641 ? A 19.774 5.134 -10.005 1 1 A GLU 0.740 1 ATOM 118 O O . GLU 641 641 ? A 20.879 5.614 -10.239 1 1 A GLU 0.740 1 ATOM 119 C CB . GLU 641 641 ? A 18.414 3.765 -11.536 1 1 A GLU 0.740 1 ATOM 120 C CG . GLU 641 641 ? A 18.067 2.406 -12.196 1 1 A GLU 0.740 1 ATOM 121 C CD . GLU 641 641 ? A 19.202 1.745 -12.971 1 1 A GLU 0.740 1 ATOM 122 O OE1 . GLU 641 641 ? A 19.586 2.299 -14.031 1 1 A GLU 0.740 1 ATOM 123 O OE2 . GLU 641 641 ? A 19.593 0.621 -12.561 1 1 A GLU 0.740 1 ATOM 124 N N . HIS 642 642 ? A 18.825 5.862 -9.383 1 1 A HIS 0.770 1 ATOM 125 C CA . HIS 642 642 ? A 19.002 7.267 -9.065 1 1 A HIS 0.770 1 ATOM 126 C C . HIS 642 642 ? A 19.555 7.420 -7.660 1 1 A HIS 0.770 1 ATOM 127 O O . HIS 642 642 ? A 19.858 8.515 -7.192 1 1 A HIS 0.770 1 ATOM 128 C CB . HIS 642 642 ? A 17.651 8.009 -9.073 1 1 A HIS 0.770 1 ATOM 129 C CG . HIS 642 642 ? A 16.896 7.909 -10.351 1 1 A HIS 0.770 1 ATOM 130 N ND1 . HIS 642 642 ? A 17.140 8.802 -11.370 1 1 A HIS 0.770 1 ATOM 131 C CD2 . HIS 642 642 ? A 15.930 7.032 -10.714 1 1 A HIS 0.770 1 ATOM 132 C CE1 . HIS 642 642 ? A 16.319 8.447 -12.336 1 1 A HIS 0.770 1 ATOM 133 N NE2 . HIS 642 642 ? A 15.561 7.379 -11.992 1 1 A HIS 0.770 1 ATOM 134 N N . GLY 643 643 ? A 19.710 6.288 -6.942 1 1 A GLY 0.800 1 ATOM 135 C CA . GLY 643 643 ? A 20.173 6.265 -5.570 1 1 A GLY 0.800 1 ATOM 136 C C . GLY 643 643 ? A 19.173 6.795 -4.582 1 1 A GLY 0.800 1 ATOM 137 O O . GLY 643 643 ? A 17.969 6.709 -4.767 1 1 A GLY 0.800 1 ATOM 138 N N . ARG 644 644 ? A 19.638 7.385 -3.467 1 1 A ARG 0.710 1 ATOM 139 C CA . ARG 644 644 ? A 18.741 7.848 -2.421 1 1 A ARG 0.710 1 ATOM 140 C C . ARG 644 644 ? A 18.370 9.317 -2.599 1 1 A ARG 0.710 1 ATOM 141 O O . ARG 644 644 ? 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It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #