data_SMR-d1df0877fb59deeafdc2fb393e54a1ef_1 _entry.id SMR-d1df0877fb59deeafdc2fb393e54a1ef_1 _struct.entry_id SMR-d1df0877fb59deeafdc2fb393e54a1ef_1 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - P16112 (isoform 2)/ PGCA_HUMAN, Aggrecan core protein Estimated model accuracy of this model is 0.053, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries P16112 (isoform 2)' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CA non-polymer 'CALCIUM ION' Ca 40.078 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 294275.950 1 . 2 non-polymer man 'CALCIUM ION' 40.078 2 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP PGCA_HUMAN P16112 1 ;MTTLLWVFVTLRVITAAVTVETSDHDNSLSVSIPQPSPLRVLLGTSLTIPCYFIDPMHPVTTAPSTAPLA PRIKWSRVSKEKEVVLLVATEGRVRVNSAYQDKVSLPNYPAIPSDATLEVQSLRSNDSGVYRCEVMHGIE DSEATLEVVVKGIVFHYRAISTRYTLDFDRAQRACLQNSAIIATPEQLQAAYEDGFHQCDAGWLADQTVR YPIHTPREGCYGDKDEFPGVRTYGIRDTNETYDVYCFAEEMEGEVFYATSPEKFTFQEAANECRRLGARL ATTGQLYLAWQAGMDMCSAGWLADRSVRYPISKARPNCGGNLLGVRTVYVHANQTGYPDPSSRYDAICYT GEDFVDIPENFFGVGGEEDITVQTVTWPDMELPLPRNITEGEARGSVILTVKPIFEVSPSPLEPEEPFTF APEIGATAFAEVENETGEATRPWGFPTPGLGPATAFTSEDLVVQVTAVPGQPHLPGGVVFHYRPGPTRYS LTFEEAQQACLRTGAVIASPEQLQAAYEAGYEQCDAGWLRDQTVRYPIVSPRTPCVGDKDSSPGVRTYGV RPSTETYDVYCFVDRLEGEVFFATRLEQFTFQEALEFCESHNATLATTGQLYAAWSRGLDKCYAGWLADG SLRYPIVTPRPACGGDKPGVRTVYLYPNQTGLPDPLSRHHAFCFRGISAVPSPGEEEGGTPTSPSGVEEW IVTQVVPGVAAVPVEEETTAVPSGETTAILEFTTEPENQTEWEPAYTPVGTSPLPGILPTWPPTGAATEE STEGPSATEVPSASEEPSPSEVPFPSEEPSPSEEPFPSVRPFPSVELFPSEEPFPSKEPSPSEEPSASEE PYTPSPPVPSWTELPSSGEESGAPDVSGDFTGSGDVSGHLDFSGQLSGDRASGLPSGDLDSSGLTSTVGS GLPVESGLPSGDEERIEWPSTPTVGELPSGAEILEGSASGVGDLSGLPSGEVLETSASGVGDLSGLPSGE VLETTAPGVEDISGLPSGEVLETTAPGVEDISGLPSGEVLETTAPGVEDISGLPSGEVLETTAPGVEDIS GLPSGEVLETTAPGVEDISGLPSGEVLETTAPGVEDISGLPSGEVLETAAPGVEDISGLPSGEVLETAAP GVEDISGLPSGEVLETAAPGVEDISGLPSGEVLETAAPGVEDISGLPSGEVLETAAPGVEDISGLPSGEV LETAAPGVEDISGLPSGEVLETAAPGVEDISGLPSGEVLETAAPGVEDISGLPSGEVLETAAPGVEDISG LPSGEVLETAAPGVEDISGLPSGEVLETAAPGVEDISGLPSGEVLETAAPGVEDISGLPSGEVLETAAPG VEDISGLPSGEVLETAAPGVEDISGLPSGEVLETAAPGVEDISGLPSGEVLETAAPGVEDISGLPSGEVL ETTAPGVEEISGLPSGEVLETTAPGVDEISGLPSGEVLETTAPGVEEISGLPSGEVLETSTSAVGDLSGL PSGGEVLEISVSGVEDISGLPSGEVVETSASGIEDVSELPSGEGLETSASGVEDLSRLPSGEEVLEISAS GFGDLSGLPSGGEGLETSASEVGTDLSGLPSGREGLETSASGAEDLSGLPSGKEDLVGSASGDLDLGKLP SGTLGSGQAPETSGLPSGFSGEYSGVDLGSGPPSGLPDFSGLPSGFPTVSLVDSTLVEVVTASTASELEG RGTIGISGAGEISGLPSSELDISGRASGLPSGTELSGQASGSPDVSGEIPGLFGVSGQPSGFPDTSGETS GVTELSGLSSGQPGISGEASGVLYGTSQPFGITDLSGETSGVPDLSGQPSGLPGFSGATSGVPDLVSGTT SGSGESSGITFVDTSLVEVAPTTFKEEEGLGSVELSGLPSGEADLSGKSGMVDVSGQFSGTVDSSGFTSQ TPEFSGLPSGIAEVSGESSRAEIGSSLPSGAYYGSGTPSSFPTVSLVDRTLVESVTQAPTAQEAGEGPSG ILELSGAHSGAPDMSGEHSGFLDLSGLQSGLIEPSGEPPGTPYFSGDFASTTNVSGESSVAMGTSGEASG LPEVTLITSEFVEGVTEPTISQELGQRPPVTHTPQLFESSGKVSTAGDISGATPVLPGSGVEVSSVPESS SETSAYPEAGFGASAAPEASREDSGSPDLSETTSAFHEANLERSSGLGVSGSTLTFQEGEASAAPEVSGE STTTSDVGTEAPGLPSATPTASGDRTEISGDLSGHTSQLGVVISTSIPESEWTQQTQRPAETHLEIESSS LLYSGEETHTVETATSPTDASIPASPEWKRESESTAADQEVCEEGWNKYQGHCYRHFPDRETWVDAERRC REQQSHLSSIVTPEEQEFVNNNAQDYQWIGLNDRTIEGDFRWSDGHPMQFENWRPNQPDNFFAAGEDCVV MIWHEKGEWNDVPCNYHLPFTCKKGTATTYKRRLQKRSSRHPRRSRPSTAH ; 'Aggrecan core protein' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 2431 1 2431 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . PGCA_HUMAN P16112 P16112-2 1 2431 9606 'Homo sapiens (Human)' 2018-03-28 E9A15851313D2B30 # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no B ;MTTLLWVFVTLRVITAAVTVETSDHDNSLSVSIPQPSPLRVLLGTSLTIPCYFIDPMHPVTTAPSTAPLA PRIKWSRVSKEKEVVLLVATEGRVRVNSAYQDKVSLPNYPAIPSDATLEVQSLRSNDSGVYRCEVMHGIE DSEATLEVVVKGIVFHYRAISTRYTLDFDRAQRACLQNSAIIATPEQLQAAYEDGFHQCDAGWLADQTVR YPIHTPREGCYGDKDEFPGVRTYGIRDTNETYDVYCFAEEMEGEVFYATSPEKFTFQEAANECRRLGARL ATTGQLYLAWQAGMDMCSAGWLADRSVRYPISKARPNCGGNLLGVRTVYVHANQTGYPDPSSRYDAICYT GEDFVDIPENFFGVGGEEDITVQTVTWPDMELPLPRNITEGEARGSVILTVKPIFEVSPSPLEPEEPFTF APEIGATAFAEVENETGEATRPWGFPTPGLGPATAFTSEDLVVQVTAVPGQPHLPGGVVFHYRPGPTRYS LTFEEAQQACLRTGAVIASPEQLQAAYEAGYEQCDAGWLRDQTVRYPIVSPRTPCVGDKDSSPGVRTYGV RPSTETYDVYCFVDRLEGEVFFATRLEQFTFQEALEFCESHNATLATTGQLYAAWSRGLDKCYAGWLADG 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A 1 2365 PRO 2365 2365 PRO PRO B . A 1 2366 ASN 2366 2366 ASN ASN B . A 1 2367 GLN 2367 2367 GLN GLN B . A 1 2368 PRO 2368 2368 PRO PRO B . A 1 2369 ASP 2369 2369 ASP ASP B . A 1 2370 ASN 2370 2370 ASN ASN B . A 1 2371 PHE 2371 2371 PHE PHE B . A 1 2372 PHE 2372 2372 PHE PHE B . A 1 2373 ALA 2373 2373 ALA ALA B . A 1 2374 ALA 2374 2374 ALA ALA B . A 1 2375 GLY 2375 2375 GLY GLY B . A 1 2376 GLU 2376 2376 GLU GLU B . A 1 2377 ASP 2377 2377 ASP ASP B . A 1 2378 CYS 2378 2378 CYS CYS B . A 1 2379 VAL 2379 2379 VAL VAL B . A 1 2380 VAL 2380 2380 VAL VAL B . A 1 2381 MET 2381 2381 MET MET B . A 1 2382 ILE 2382 2382 ILE ILE B . A 1 2383 TRP 2383 2383 TRP TRP B . A 1 2384 HIS 2384 2384 HIS HIS B . A 1 2385 GLU 2385 2385 GLU GLU B . A 1 2386 LYS 2386 2386 LYS LYS B . A 1 2387 GLY 2387 2387 GLY GLY B . A 1 2388 GLU 2388 2388 GLU GLU B . A 1 2389 TRP 2389 2389 TRP TRP B . A 1 2390 ASN 2390 2390 ASN ASN B . A 1 2391 ASP 2391 2391 ASP ASP B . A 1 2392 VAL 2392 2392 VAL VAL B . A 1 2393 PRO 2393 2393 PRO PRO B . A 1 2394 CYS 2394 2394 CYS CYS B . A 1 2395 ASN 2395 2395 ASN ASN B . A 1 2396 TYR 2396 2396 TYR TYR B . A 1 2397 HIS 2397 2397 HIS HIS B . A 1 2398 LEU 2398 2398 LEU LEU B . A 1 2399 PRO 2399 2399 PRO PRO B . A 1 2400 PHE 2400 2400 PHE PHE B . A 1 2401 THR 2401 2401 THR THR B . A 1 2402 CYS 2402 2402 CYS CYS B . A 1 2403 LYS 2403 2403 LYS LYS B . A 1 2404 LYS 2404 2404 LYS LYS B . A 1 2405 GLY 2405 2405 GLY GLY B . A 1 2406 THR 2406 ? ? ? B . A 1 2407 ALA 2407 ? ? ? B . A 1 2408 THR 2408 ? ? ? B . A 1 2409 THR 2409 ? ? ? B . A 1 2410 TYR 2410 ? ? ? B . A 1 2411 LYS 2411 ? ? ? B . A 1 2412 ARG 2412 ? ? ? B . A 1 2413 ARG 2413 ? ? ? B . A 1 2414 LEU 2414 ? ? ? B . A 1 2415 GLN 2415 ? ? ? B . A 1 2416 LYS 2416 ? ? ? B . A 1 2417 ARG 2417 ? ? ? B . A 1 2418 SER 2418 ? ? ? B . A 1 2419 SER 2419 ? ? ? B . A 1 2420 ARG 2420 ? ? ? B . A 1 2421 HIS 2421 ? ? ? B . A 1 2422 PRO 2422 ? ? ? B . A 1 2423 ARG 2423 ? ? ? B . A 1 2424 ARG 2424 ? ? ? B . A 1 2425 SER 2425 ? ? ? B . A 1 2426 ARG 2426 ? ? ? B . A 1 2427 PRO 2427 ? ? ? B . A 1 2428 SER 2428 ? ? ? B . A 1 2429 THR 2429 ? ? ? B . A 1 2430 ALA 2430 ? ? ? B . A 1 2431 HIS 2431 ? ? ? B . # # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code B 2 CA 1 1 1 CA '_' . C 2 CA 1 2 2 CA '_' . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'Aggrecan core protein {PDB ID=1tdq, label_asym_id=B, auth_asym_id=B, SMTL ID=1tdq.1.B}' 'template structure' . 2 'CALCIUM ION {PDB ID=1tdq, label_asym_id=C, auth_asym_id=B, SMTL ID=1tdq.1._.1}' 'template structure' . 3 'CALCIUM ION {PDB ID=1tdq, label_asym_id=D, auth_asym_id=B, SMTL ID=1tdq.1._.2}' 'template structure' . 4 . target . 5 'CALCIUM ION' target . 6 'Target-template alignment by HHblits to 1tdq, label_asym_id=B' 'target-template alignment' . 7 'model 1' 'model coordinates' . 8 SMTL 'reference database' . 9 PDB 'reference database' . 10 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 4 2 1 8 3 1 9 4 2 10 5 3 4 6 3 5 7 3 1 8 3 2 9 3 3 10 3 6 11 4 1 12 4 2 13 4 3 14 4 6 15 4 5 16 5 7 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 8 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-12-04 9 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-11-29 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 4 'reference database' 2 5 . # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . B 2 . C 2 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A B 2 1 B 2 2 'reference database' non-polymer 1 2 B C 3 1 B 3 3 'reference database' non-polymer 1 3 C D 3 1 B # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;RADQEQCEEGWTKFQGHCYRHFPDRETWVDAERRCREQQSHLSSIVTPEEQEFVNKNAQDYQWIGLNDRT IEGDFRWSDGHSLQFEKWRPNQPDNFFATGEDCVVMIWHERGEWNDVPCNYQLPFTCKKG ; ;RADQEQCEEGWTKFQGHCYRHFPDRETWVDAERRCREQQSHLSSIVTPEEQEFVNKNAQDYQWIGLNDRT IEGDFRWSDGHSLQFEKWRPNQPDNFFATGEDCVVMIWHERGEWNDVPCNYQLPFTCKKG ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 4 130 # # loop_ _ma_template_non_poly.template_id _ma_template_non_poly.comp_id _ma_template_non_poly.details 2 CA 'CALCIUM ION' 3 CA 'CALCIUM ION' # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 1tdq 2024-10-30 2 PDB . 1tdq 2024-10-30 3 PDB . 1tdq 2024-10-30 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 2431 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 6 1 2431 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 5.5e-18 92.126 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MTTLLWVFVTLRVITAAVTVETSDHDNSLSVSIPQPSPLRVLLGTSLTIPCYFIDPMHPVTTAPSTAPLAPRIKWSRVSKEKEVVLLVATEGRVRVNSAYQDKVSLPNYPAIPSDATLEVQSLRSNDSGVYRCEVMHGIEDSEATLEVVVKGIVFHYRAISTRYTLDFDRAQRACLQNSAIIATPEQLQAAYEDGFHQCDAGWLADQTVRYPIHTPREGCYGDKDEFPGVRTYGIRDTNETYDVYCFAEEMEGEVFYATSPEKFTFQEAANECRRLGARLATTGQLYLAWQAGMDMCSAGWLADRSVRYPISKARPNCGGNLLGVRTVYVHANQTGYPDPSSRYDAICYTGEDFVDIPENFFGVGGEEDITVQTVTWPDMELPLPRNITEGEARGSVILTVKPIFEVSPSPLEPEEPFTFAPEIGATAFAEVENETGEATRPWGFPTPGLGPATAFTSEDLVVQVTAVPGQPHLPGGVVFHYRPGPTRYSLTFEEAQQACLRTGAVIASPEQLQAAYEAGYEQCDAGWLRDQTVRYPIVSPRTPCVGDKDSSPGVRTYGVRPSTETYDVYCFVDRLEGEVFFATRLEQFTFQEALEFCESHNATLATTGQLYAAWSRGLDKCYAGWLADGSLRYPIVTPRPACGGDKPGVRTVYLYPNQTGLPDPLSRHHAFCFRGISAVPSPGEEEGGTPTSPSGVEEWIVTQVVPGVAAVPVEEETTAVPSGETTAILEFTTEPENQTEWEPAYTPVGTSPLPGILPTWPPTGAATEESTEGPSATEVPSASEEPSPSEVPFPSEEPSPSEEPFPSVRPFPSVELFPSEEPFPSKEPSPSEEPSASEEPYTPSPPVPSWTELPSSGEESGAPDVSGDFTGSGDVSGHLDFSGQLSGDRASGLPSGDLDSSGLTSTVGSGLPVESGLPSGDEERIEWPSTPTVGELPSGAEILEGSASGVGDLSGLPSGEVLETSASGVGDLSGLPSGEVLETTAPGVEDISGLPSGEVLETTAPGVEDISGLPSGEVLETTAPGVEDISGLPSGEVLETTAPGVEDISGLPSGEVLETTAPGVEDISGLPSGEVLETTAPGVEDISGLPSGEVLETAAPGVEDISGLPSGEVLETAAPGVEDISGLPSGEVLETAAPGVEDISGLPSGEVLETAAPGVEDISGLPSGEVLETAAPGVEDISGLPSGEVLETAAPGVEDISGLPSGEVLETAAPGVEDISGLPSGEVLETAAPGVEDISGLPSGEVLETAAPGVEDISGLPSGEVLETAAPGVEDISGLPSGEVLETAAPGVEDISGLPSGEVLETAAPGVEDISGLPSGEVLETAAPGVEDISGLPSGEVLETAAPGVEDISGLPSGEVLETAAPGVEDISGLPSGEVLETAAPGVEDISGLPSGEVLETTAPGVEEISGLPSGEVLETTAPGVDEISGLPSGEVLETTAPGVEEISGLPSGEVLETSTSAVGDLSGLPSGGEVLEISVSGVEDISGLPSGEVVETSASGIEDVSELPSGEGLETSASGVEDLSRLPSGEEVLEISASGFGDLSGLPSGGEGLETSASEVGTDLSGLPSGREGLETSASGAEDLSGLPSGKEDLVGSASGDLDLGKLPSGTLGSGQAPETSGLPSGFSGEYSGVDLGSGPPSGLPDFSGLPSGFPTVSLVDSTLVEVVTASTASELEGRGTIGISGAGEISGLPSSELDISGRASGLPSGTELSGQASGSPDVSGEIPGLFGVSGQPSGFPDTSGETSGVTELSGLSSGQPGISGEASGVLYGTSQPFGITDLSGETSGVPDLSGQPSGLPGFSGATSGVPDLVSGTTSGSGESSGITFVDTSLVEVAPTTFKEEEGLGSVELSGLPSGEADLSGKSGMVDVSGQFSGTVDSSGFTSQTPEFSGLPSGIAEVSGESSRAEIGSSLPSGAYYGSGTPSSFPTVSLVDRTLVESVTQAPTAQEAGEGPSGILELSGAHSGAPDMSGEHSGFLDLSGLQSGLIEPSGEPPGTPYFSGDFASTTNVSGESSVAMGTSGEASGLPEVTLITSEFVEGVTEPTISQELGQRPPVTHTPQLFESSGKVSTAGDISGATPVLPGSGVEVSSVPESSSETSAYPEAGFGASAAPEASREDSGSPDLSETTSAFHEANLERSSGLGVSGSTLTFQEGEASAAPEVSGESTTTSDVGTEAPGLPSATPTASGDRTEISGDLSGHTSQLGVVISTSIPESEWTQQTQRPAETHLEIESSSLLYSGEETHTVETATSPTDASIPASPEWKRESESTAADQEVCEEGWNKYQGHCYRHFPDRETWVDAERRCREQQSHLSSIVTPEEQEFVNNNAQDYQWIGLNDRTIEGDFRWSDGHPMQFENWRPNQPDNFFAAGEDCVVMIWHEKGEWNDVPCNYHLPFTCKKGTATTYKRRLQKRSSRHPRRSRPSTAH 2 1 2 ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------QEQCEEGWTKFQGHCYRHFPDRETWVDAERRCREQQSHLSSIVTPEEQEFVNKNAQDYQWIGLNDRTIEGDFRWSDGHSLQFEKWRPNQPDNFFATGEDCVVMIWHERGEWNDVPCNYQLPFTCKKG-------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL {QSQE=0.000}' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 1tdq.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 1' . 7 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . GLU 2280 2280 ? A 41.132 20.297 119.978 1 1 B GLU 0.430 1 ATOM 2 C CA . GLU 2280 2280 ? A 41.738 21.364 120.870 1 1 B GLU 0.430 1 ATOM 3 C C . GLU 2280 2280 ? A 40.870 21.940 121.999 1 1 B GLU 0.430 1 ATOM 4 O O . GLU 2280 2280 ? A 41.228 21.888 123.173 1 1 B GLU 0.430 1 ATOM 5 C CB . GLU 2280 2280 ? A 42.311 22.499 119.960 1 1 B GLU 0.430 1 ATOM 6 C CG . GLU 2280 2280 ? A 43.293 22.009 118.863 1 1 B GLU 0.430 1 ATOM 7 C CD . GLU 2280 2280 ? A 44.579 21.551 119.538 1 1 B GLU 0.430 1 ATOM 8 O OE1 . GLU 2280 2280 ? A 45.624 22.207 119.335 1 1 B GLU 0.430 1 ATOM 9 O OE2 . GLU 2280 2280 ? A 44.486 20.562 120.306 1 1 B GLU 0.430 1 ATOM 10 N N . VAL 2281 2281 ? A 39.658 22.460 121.709 1 1 B VAL 0.560 1 ATOM 11 C CA . VAL 2281 2281 ? A 38.744 22.975 122.721 1 1 B VAL 0.560 1 ATOM 12 C C . VAL 2281 2281 ? A 37.387 22.390 122.357 1 1 B VAL 0.560 1 ATOM 13 O O . VAL 2281 2281 ? A 36.942 21.474 123.049 1 1 B VAL 0.560 1 ATOM 14 C CB . VAL 2281 2281 ? 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C 31.009 -6.608 101.792 1 2 '_' CA . 1 # # loop_ _atom_type.symbol C CA N O S # # loop_ _ma_qa_metric.id _ma_qa_metric.name _ma_qa_metric.description _ma_qa_metric.type _ma_qa_metric.mode _ma_qa_metric.type_other_details _ma_qa_metric.software_group_id 1 QMEANDisCo 'Predicted accuracy according to all-atom lDDT in [0,1].' 'pLDDT all-atom in [0,1]' local . 5 2 QMEANDisCo 'Predicted accuracy according to all-atom lDDT in [0,1].' 'pLDDT all-atom in [0,1]' global . 5 3 GMQE 'Global Model Quality Estimate of the model accuracy, calculated by SWISS-MODEL.' 'normalized score' global . 6 # # loop_ _ma_qa_metric_global.ordinal_id _ma_qa_metric_global.model_id _ma_qa_metric_global.metric_id _ma_qa_metric_global.metric_value 1 1 2 0.780 2 1 3 0.053 # # loop_ _ma_qa_metric_local.ordinal_id _ma_qa_metric_local.model_id _ma_qa_metric_local.label_asym_id _ma_qa_metric_local.label_seq_id _ma_qa_metric_local.label_comp_id _ma_qa_metric_local.metric_id _ma_qa_metric_local.metric_value 1 1 A 2280 GLU 1 0.430 2 1 A 2281 VAL 1 0.560 3 1 A 2282 CYS 1 0.490 4 1 A 2283 GLU 1 0.640 5 1 A 2284 GLU 1 0.660 6 1 A 2285 GLY 1 0.810 7 1 A 2286 TRP 1 0.720 8 1 A 2287 ASN 1 0.760 9 1 A 2288 LYS 1 0.690 10 1 A 2289 TYR 1 0.710 11 1 A 2290 GLN 1 0.690 12 1 A 2291 GLY 1 0.690 13 1 A 2292 HIS 1 0.750 14 1 A 2293 CYS 1 0.760 15 1 A 2294 TYR 1 0.820 16 1 A 2295 ARG 1 0.820 17 1 A 2296 HIS 1 0.860 18 1 A 2297 PHE 1 0.860 19 1 A 2298 PRO 1 0.820 20 1 A 2299 ASP 1 0.700 21 1 A 2300 ARG 1 0.670 22 1 A 2301 GLU 1 0.750 23 1 A 2302 THR 1 0.810 24 1 A 2303 TRP 1 0.820 25 1 A 2304 VAL 1 0.850 26 1 A 2305 ASP 1 0.810 27 1 A 2306 ALA 1 0.890 28 1 A 2307 GLU 1 0.840 29 1 A 2308 ARG 1 0.800 30 1 A 2309 ARG 1 0.800 31 1 A 2310 CYS 1 0.870 32 1 A 2311 ARG 1 0.790 33 1 A 2312 GLU 1 0.800 34 1 A 2313 GLN 1 0.810 35 1 A 2314 GLN 1 0.780 36 1 A 2315 SER 1 0.850 37 1 A 2316 HIS 1 0.850 38 1 A 2317 LEU 1 0.900 39 1 A 2318 SER 1 0.930 40 1 A 2319 SER 1 0.920 41 1 A 2320 ILE 1 0.900 42 1 A 2321 VAL 1 0.880 43 1 A 2322 THR 1 0.870 44 1 A 2323 PRO 1 0.900 45 1 A 2324 GLU 1 0.830 46 1 A 2325 GLU 1 0.850 47 1 A 2326 GLN 1 0.850 48 1 A 2327 GLU 1 0.840 49 1 A 2328 PHE 1 0.850 50 1 A 2329 VAL 1 0.890 51 1 A 2330 ASN 1 0.880 52 1 A 2331 ASN 1 0.860 53 1 A 2332 ASN 1 0.890 54 1 A 2333 ALA 1 0.920 55 1 A 2334 GLN 1 0.840 56 1 A 2335 ASP 1 0.800 57 1 A 2336 TYR 1 0.820 58 1 A 2337 GLN 1 0.850 59 1 A 2338 TRP 1 0.880 60 1 A 2339 ILE 1 0.920 61 1 A 2340 GLY 1 0.930 62 1 A 2341 LEU 1 0.900 63 1 A 2342 ASN 1 0.890 64 1 A 2343 ASP 1 0.760 65 1 A 2344 ARG 1 0.730 66 1 A 2345 THR 1 0.610 67 1 A 2346 ILE 1 0.520 68 1 A 2347 GLU 1 0.620 69 1 A 2348 GLY 1 0.720 70 1 A 2349 ASP 1 0.680 71 1 A 2350 PHE 1 0.780 72 1 A 2351 ARG 1 0.790 73 1 A 2352 TRP 1 0.820 74 1 A 2353 SER 1 0.900 75 1 A 2354 ASP 1 0.850 76 1 A 2355 GLY 1 0.830 77 1 A 2356 HIS 1 0.780 78 1 A 2357 PRO 1 0.730 79 1 A 2358 MET 1 0.710 80 1 A 2359 GLN 1 0.690 81 1 A 2360 PHE 1 0.790 82 1 A 2361 GLU 1 0.830 83 1 A 2362 ASN 1 0.860 84 1 A 2363 TRP 1 0.800 85 1 A 2364 ARG 1 0.760 86 1 A 2365 PRO 1 0.730 87 1 A 2366 ASN 1 0.680 88 1 A 2367 GLN 1 0.750 89 1 A 2368 PRO 1 0.830 90 1 A 2369 ASP 1 0.660 91 1 A 2370 ASN 1 0.610 92 1 A 2371 PHE 1 0.380 93 1 A 2372 PHE 1 0.270 94 1 A 2373 ALA 1 0.340 95 1 A 2374 ALA 1 0.400 96 1 A 2375 GLY 1 0.670 97 1 A 2376 GLU 1 0.740 98 1 A 2377 ASP 1 0.780 99 1 A 2378 CYS 1 0.910 100 1 A 2379 VAL 1 0.910 101 1 A 2380 VAL 1 0.900 102 1 A 2381 MET 1 0.850 103 1 A 2382 ILE 1 0.820 104 1 A 2383 TRP 1 0.740 105 1 A 2384 HIS 1 0.700 106 1 A 2385 GLU 1 0.760 107 1 A 2386 LYS 1 0.780 108 1 A 2387 GLY 1 0.870 109 1 A 2388 GLU 1 0.820 110 1 A 2389 TRP 1 0.830 111 1 A 2390 ASN 1 0.870 112 1 A 2391 ASP 1 0.850 113 1 A 2392 VAL 1 0.810 114 1 A 2393 PRO 1 0.790 115 1 A 2394 CYS 1 0.830 116 1 A 2395 ASN 1 0.760 117 1 A 2396 TYR 1 0.720 118 1 A 2397 HIS 1 0.730 119 1 A 2398 LEU 1 0.810 120 1 A 2399 PRO 1 0.870 121 1 A 2400 PHE 1 0.880 122 1 A 2401 THR 1 0.900 123 1 A 2402 CYS 1 0.910 124 1 A 2403 LYS 1 0.840 125 1 A 2404 LYS 1 0.870 126 1 A 2405 GLY 1 0.780 # # loop_ _pdbx_data_usage.id _pdbx_data_usage.type _pdbx_data_usage.details _pdbx_data_usage.url 1 license ;This SWISS-MODEL protein model is copyright. It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. 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All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #