data_SMR-d83eeaa61ee959f18ab97dbc6f399b5e_10 _entry.id SMR-d83eeaa61ee959f18ab97dbc6f399b5e_10 _struct.entry_id SMR-d83eeaa61ee959f18ab97dbc6f399b5e_10 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - O15018 (isoform 2)/ PDZD2_HUMAN, PDZ domain-containing protein 2 Estimated model accuracy of this model is 0.0, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries O15018 (isoform 2)' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 328008.329 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP PDZD2_HUMAN O15018 1 ;MPITQDNAVLHLPLLYQWLQNSLQEGGDGPEQRLCQAAIQKLQEYIQLNFAVDESTVPPDHSPPEMEICT VYLTKELGDTETVGLSFGNIPVFGDYGEKRRGGKKRKTHQGPVLDVGCIWVTELRKNSPAGKSGKVRLRD EILSLNGQLMVGVDVSGASYLAEQCWNGGFIYLIMLRRFKHKAHSTYNGNSSNSSEPGETPTLELGDRTA KKGKRTRKFGVISRPPANKAPEESKGSAGCEVSSDPSTELENGPDPELGNGHVFQLENGPDSLKEVAGPH LERSEVDRGTEHRIPKTDAPLTTSNDKRRFSKGGKTDFQSSDCLAREEVGRIWKMELLKESDGLGIQVSG GRGSKRSPHAIVVTQVKEGGAAHREYHIVKKSTRSLSTTQVESPWRLIRPSVISIIGLYKEKGKGLGFSI AGGRDCIRGQMGIFVKTIFPNGSAAEDGRLKEGDEILDVNGIPIKGLTFQEAIHTFKQIRSGLFVLTVRT KLVSPSLTPCSTPTHMSRSASPNFNTSGGASAGGSDEGSSSSLGRKTPGPKDRIVMEVTLNKEPRVGLGI GACCLALENSPPGIYIHSLAPGSVAKMESNLSRGDQILEVNSVNVRHAALSKVHAILSKCPVSEQEMDEV IARSTYQESKEANSSPGLGTPLKSPSLAKKDSLISESELSQYFAHDVPGPLSDFMVAGSEDEDHPGSGCS TSEEGSLPPSTSSEPGKPRANSLVTLGSHRASGLFHKQVTVARQASLPGSPQALRNPLLRQRKVGCYDAN DASDEEEFDREGDCISLPGALPGPIRPLSEDDPRRVSISSSKGMDVHNQEERPRKTLVSKAISAPLLGSS VDLEESIPEGMVDAASYAANLTDSAEAPKGSPGSWWKKELSGSSSAPKLEYTVRTDTQSPTNTGSPSSPQ QKSEGLGSRHRPVARVSPHCKRSEAEAKPSGSQTVNLTGRANDPCDLDSRVQATSVKVTVAGFQPGGAVE KLCQESLGKLTTGDACVSTSCELASALSHLDASHLTENLPKAASELGQQPMTSSDLISSPGKKGAAHPDP SKTSVDTGQVSRPENPSQPASPRVTKCKARSPVRLPHEGSPSPGEKAAAPPDYSKTRSASETSTPHNTRR VAALRGAGPGAEGMTPAGAVLPGDPLTSQEQRQGAPGNHSKALEMTGIHAPESSQEPSLLEGADSVSSRA PQASLSMLPSTDNTKEACGHVSGHCCPGGSRESPVTDIDSFIKELDASAARSPSSQTGDSGSQEGSAQGH PPAGAGGGSSCRAEPVPGGQTSSPRRAWAAGAPAYPQWASQPSVLDSINPDKHFTVNKNFLSNYSRNFSS FHEDSTSLSGLGDSTEPSLSSMYGDAEDSSSDPESLTEAPRASARDGWSPPRSRVSLHKEDPSESEEEQI EICSTRGCPNPPSSPAHLPTQAAICPASAKVLSLKYSTPRESVASPREKAACLPGSYTSGPDSSQPSSLL EMSSQEHETHADISTSQNHRPSCAEETTEVTSASSAMENSPLSKVARHFHSPPIILSSPNMVNGLEHDLL DDETLNQYETSINAAASLSSFSVDVPKNGESVLENLHISESQDLDDLLQKPKMIARRPIMAWFKEINKHN QGTHLRSKTEKEQPLMPARSPDSKIQMVSSSQKKGVTVPHSPPQPKTNLENKDLSKKSPAEMLLTNGQKA KCGPKLKRLSLKGKAKVNSEAPAANAVKAGGTDHRKPLISPQTSHKTLSKAVSQRLHVADHEDPDRNTTA APRSPQCVLESKPPLATSGPLKPSVSDTSIRTFVSPLTSPKPVPEQGMWSRFHMAVLSEPDRGCPTTPKS PKCRAEGRAPRADSGPVSPAASRNGMSVAGNRQSEPRLASHVAADTAQPRPTGEKGGNIMASDRLERTNQ LKIVEISAEAVSETVCGNKPAESDRRGGCLAQGNCQEKSEIRLYRQVAESSTSHPSSLPSHASQAEQEMS RSFSMAKLASSSSSLQTAIRKAEYSQGKSSLMSDSRGVPRNSIPGGPSGEDHLYFTPRPATRTYSMPAQF SSHFGREGHPPHSLGRSRDSQVPVTSSVVPEAKASRGGLPSLANGQGIYSVKPLLDTSRNLPATDEGDII SVQETSCLVTDKIKVTRRHYCYEQNWPHESTSFFSVKQRIKSFENLANADRPVAKSGASPFLSVSSKPPI GRRSSGSIVSGSLGHPGDAAARLLRRSLSSCSENQSEAGTLLPQMAKSPSIMTLTISRQNPPETSSKGSD SELKKSLGPLGIPTPTMTLASPVKRNKSSVRHTQPSPVSRSKLQELRALSMPDLDKLCSEDYSAGPSAVL FKTELEITPRRSPGPPAGGVSCPEKGGNRACPGGSGPKTSAAETPSSASDTGEAAQDLPFRRSWSVNLDQ LLVSAGDQQRLQSVLSSVGSKSTILTLIQEAKAQSENEEDVCFIVLNRKEGSGLGFSVAGGTDVEPKSIT VHRVFSQGAASQEGTMNRGDFLLSVNGASLAGLAHGNVLKVLHQAQLHKDALVVIKKGMDQPRPSARQEP PTANGKGLLSRKTIPLEPGIGRSVAVHDALCVEVLKTSAGLGLSLDGGKSSVTGDGPLVIKRVYKGGAAE QAGIIEAGDEILAINGKPLVGLMHFDAWNIMKSVPEGPVQLLIRKHRNSS ; 'PDZ domain-containing protein 2' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 2640 1 2640 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . PDZD2_HUMAN O15018 O15018-2 1 2640 9606 'Homo sapiens (Human)' 2007-04-17 478AF0A0876DE2BE # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no A ;MPITQDNAVLHLPLLYQWLQNSLQEGGDGPEQRLCQAAIQKLQEYIQLNFAVDESTVPPDHSPPEMEICT VYLTKELGDTETVGLSFGNIPVFGDYGEKRRGGKKRKTHQGPVLDVGCIWVTELRKNSPAGKSGKVRLRD EILSLNGQLMVGVDVSGASYLAEQCWNGGFIYLIMLRRFKHKAHSTYNGNSSNSSEPGETPTLELGDRTA KKGKRTRKFGVISRPPANKAPEESKGSAGCEVSSDPSTELENGPDPELGNGHVFQLENGPDSLKEVAGPH LERSEVDRGTEHRIPKTDAPLTTSNDKRRFSKGGKTDFQSSDCLAREEVGRIWKMELLKESDGLGIQVSG GRGSKRSPHAIVVTQVKEGGAAHREYHIVKKSTRSLSTTQVESPWRLIRPSVISIIGLYKEKGKGLGFSI AGGRDCIRGQMGIFVKTIFPNGSAAEDGRLKEGDEILDVNGIPIKGLTFQEAIHTFKQIRSGLFVLTVRT KLVSPSLTPCSTPTHMSRSASPNFNTSGGASAGGSDEGSSSSLGRKTPGPKDRIVMEVTLNKEPRVGLGI GACCLALENSPPGIYIHSLAPGSVAKMESNLSRGDQILEVNSVNVRHAALSKVHAILSKCPVSEQEMDEV 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A . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'Disks large homolog 4 {PDB ID=6spv, label_asym_id=A, auth_asym_id=A, SMTL ID=6spv.1.A}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 6spv, label_asym_id=A' 'target-template alignment' . 4 'model 10' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-12-04 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-11-29 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A A 1 1 A # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;GPNGTEGEMEYEEITLERGNSGLGFSIAGGTDNPHIGDDPSIFITKIIPGGAAAQDGRLRVNDSILFVNE VDVREVTHSAAVEALKEAGSIVRLYVMRRKPPAEKVMEIKLIKGPKGLGFSIAGGVGNQHIPGDNSIYVT KIIEGGAAHKDGRLQIGDKILAVNSVGLEDVMHEDAVAALKNTYDVVYLKVAKPSNA ; ;GPNGTEGEMEYEEITLERGNSGLGFSIAGGTDNPHIGDDPSIFITKIIPGGAAAQDGRLRVNDSILFVNE VDVREVTHSAAVEALKEAGSIVRLYVMRRKPPAEKVMEIKLIKGPKGLGFSIAGGVGNQHIPGDNSIYVT KIIEGGAAHKDGRLQIGDKILAVNSVGLEDVMHEDAVAALKNTYDVVYLKVAKPSNA ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 9 192 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 6spv 2024-01-24 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 2640 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 2666 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 4.2e-08 29.114 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MPITQDNAVLHLPLLYQWLQNSLQEGGDGPEQRLCQAAIQKLQEYIQLNFAVDESTVPPDHSPPEMEICTVYLTKELGDTETVGLSFGNIPVFGDYGEKRRGGKKRKTHQGPVLDVGCIWVTELRKNSPAGKSGKVRLRDEILSLNGQLMVGVDVSGASYLAEQCWNGGFIYLIMLRRFKHKAHSTYNGNSSNSSEPGETPTLELGDRTAKKGKRTRKFGVISRPPANKAPEESKGSAGCEVSSDPSTELENGPDPELGNGHVFQLENGPDSLKEVAGPHLERSEVDRGTEHRIPKTDAPLTTSNDKRRFSKGGKTDFQSSDCLAREEVGRIWKMELLKESDGLGIQVSGGRGSKR--SPHAIVVTQVKEGGAAHREYH------IVKKSTRSLSTT---QVE-------S-----PWRLIR-PSVISIIGLYKEKGKGLGFSIAGGRDCI--RGQMGIFVKTIFPNGSAAEDGRLKEGDEILDVNGIPIKGLTFQEAIHTFKQIRSGLFVLTVRTKLVSPSLTPCSTPTHMSRSASPNFNTSGGASAGGSDEGSSSSLGRKTPGPKDRIVMEVTLNKEPRVGLGIGACCLALENSPPGIYIHSLAPGSVAKMESNLSRGDQILEVNSVNVRHAALSKVHAILSKCPVSEQEMDEVIARSTYQESKEANSSPGLGTPLKSPSLAKKDSLISESELSQYFAHDVPGPLSDFMVAGSEDEDHPGSGCSTSEEGSLPPSTSSEPGKPRANSLVTLGSHRASGLFHKQVTVARQASLPGSPQALRNPLLRQRKVGCYDANDASDEEEFDREGDCISLPGALPGPIRPLSEDDPRRVSISSSKGMDVHNQEERPRKTLVSKAISAPLLGSSVDLEESIPEGMVDAASYAANLTDSAEAPKGSPGSWWKKELSGSSSAPKLEYTVRTDTQSPTNTGSPSSPQQKSEGLGSRHRPVARVSPHCKRSEAEAKPSGSQTVNLTGRANDPCDLDSRVQATSVKVTVAGFQPGGAVEKLCQESLGKLTTGDACVSTSCELASALSHLDASHLTENLPKAASELGQQPMTSSDLISSPGKKGAAHPDPSKTSVDTGQVSRPENPSQPASPRVTKCKARSPVRLPHEGSPSPGEKAAAPPDYSKTRSASETSTPHNTRRVAALRGAGPGAEGMTPAGAVLPGDPLTSQEQRQGAPGNHSKALEMTGIHAPESSQEPSLLEGADSVSSRAPQASLSMLPSTDNTKEACGHVSGHCCPGGSRESPVTDIDSFIKELDASAARSPSSQTGDSGSQEGSAQGHPPAGAGGGSSCRAEPVPGGQTSSPRRAWAAGAPAYPQWASQPSVLDSINPDKHFTVNKNFLSNYSRNFSSFHEDSTSLSGLGDSTEPSLSSMYGDAEDSSSDPESLTEAPRASARDGWSPPRSRVSLHKEDPSESEEEQIEICSTRGCPNPPSSPAHLPTQAAICPASAKVLSLKYSTPRESVASPREKAACLPGSYTSGPDSSQPSSLLEMSSQEHETHADISTSQNHRPSCAEETTEVTSASSAMENSPLSKVARHFHSPPIILSSPNMVNGLEHDLLDDETLNQYETSINAAASLSSFSVDVPKNGESVLENLHISESQDLDDLLQKPKMIARRPIMAWFKEINKHNQGTHLRSKTEKEQPLMPARSPDSKIQMVSSSQKKGVTVPHSPPQPKTNLENKDLSKKSPAEMLLTNGQKAKCGPKLKRLSLKGKAKVNSEAPAANAVKAGGTDHRKPLISPQTSHKTLSKAVSQRLHVADHEDPDRNTTAAPRSPQCVLESKPPLATSGPLKPSVSDTSIRTFVSPLTSPKPVPEQGMWSRFHMAVLSEPDRGCPTTPKSPKCRAEGRAPRADSGPVSPAASRNGMSVAGNRQSEPRLASHVAADTAQPRPTGEKGGNIMASDRLERTNQLKIVEISAEAVSETVCGNKPAESDRRGGCLAQGNCQEKSEIRLYRQVAESSTSHPSSLPSHASQAEQEMSRSFSMAKLASSSSSLQTAIRKAEYSQGKSSLMSDSRGVPRNSIPGGPSGEDHLYFTPRPATRTYSMPAQFSSHFGREGHPPHSLGRSRDSQVPVTSSVVPEAKASRGGLPSLANGQGIYSVKPLLDTSRNLPATDEGDIISVQETSCLVTDKIKVTRRHYCYEQNWPHESTSFFSVKQRIKSFENLANADRPVAKSGASPFLSVSSKPPIGRRSSGSIVSGSLGHPGDAAARLLRRSLSSCSENQSEAGTLLPQMAKSPSIMTLTISRQNPPETSSKGSDSELKKSLGPLGIPTPTMTLASPVKRNKSSVRHTQPSPVSRSKLQELRALSMPDLDKLCSEDYSAGPSAVLFKTELEITPRRSPGPPAGGVSCPEKGGNRACPGGSGPKTSAAETPSSASDTGEAAQDLPFRRSWSVNLDQLLVSAGDQQRLQSVLSSVGSKSTILTLIQEAKAQSENEEDVCFIVLNRKEGSGLGFSVAGGTDVEPKSITVHRVFSQGAASQEGTMNRGDFLLSVNGASLAGLAHGNVLKVLHQAQLHKDALVVIKKGMDQPRPSARQEPPTANGKGLLSRKTIPLEPGIGRSVAVHDALCVEVLKTSAGLGLSLDGGKSSVTGDGPLVIKRVYKGGAAEQAGIIEAGDEILAINGKPLVGLMHFDAWNIMKSVPEGPVQLLIRKHRNSS 2 1 2 -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------MEYEEITLERGNSGLGFSIAGGTDNPHIGDDPSIFITKIIPGGAAAQDGRLRVNDSILFVNEVDVREVTHSAAVEALKEAGSIVRLYVMRRKPPAEKVMEIKLIK-GPKGLGFSIAGGVGNQHIPGDNSIYVTKIIEGGAAHKDGRLQIGDKILAVNSVGLEDVMHEDAVAALKNTYDVVYLKVA---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 6spv.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 10' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . GLY 330 330 ? A 27.148 35.673 12.717 1 1 A GLY 0.210 1 ATOM 2 C CA . GLY 330 330 ? A 26.587 35.502 11.326 1 1 A GLY 0.210 1 ATOM 3 C C . GLY 330 330 ? A 27.214 34.363 10.578 1 1 A GLY 0.210 1 ATOM 4 O O . GLY 330 330 ? A 28.403 34.104 10.761 1 1 A GLY 0.210 1 ATOM 5 N N . ARG 331 331 ? A 26.443 33.648 9.743 1 1 A ARG 0.140 1 ATOM 6 C CA . ARG 331 331 ? A 26.923 32.524 8.962 1 1 A ARG 0.140 1 ATOM 7 C C . ARG 331 331 ? A 26.186 32.456 7.639 1 1 A ARG 0.140 1 ATOM 8 O O . ARG 331 331 ? A 25.040 32.884 7.536 1 1 A ARG 0.140 1 ATOM 9 C CB . ARG 331 331 ? A 26.702 31.161 9.678 1 1 A ARG 0.140 1 ATOM 10 C CG . ARG 331 331 ? A 27.593 30.911 10.914 1 1 A ARG 0.140 1 ATOM 11 C CD . ARG 331 331 ? A 29.093 30.824 10.601 1 1 A ARG 0.140 1 ATOM 12 N NE . ARG 331 331 ? A 29.809 30.622 11.907 1 1 A ARG 0.140 1 ATOM 13 C CZ . ARG 331 331 ? A 30.463 31.578 12.581 1 1 A ARG 0.140 1 ATOM 14 N NH1 . ARG 331 331 ? A 30.413 32.857 12.228 1 1 A ARG 0.140 1 ATOM 15 N NH2 . ARG 331 331 ? A 31.181 31.244 13.651 1 1 A ARG 0.140 1 ATOM 16 N N . ILE 332 332 ? A 26.867 31.908 6.612 1 1 A ILE 0.330 1 ATOM 17 C CA . ILE 332 332 ? A 26.403 31.835 5.238 1 1 A ILE 0.330 1 ATOM 18 C C . ILE 332 332 ? A 26.198 30.377 4.834 1 1 A ILE 0.330 1 ATOM 19 O O . ILE 332 332 ? A 26.768 29.475 5.431 1 1 A ILE 0.330 1 ATOM 20 C CB . ILE 332 332 ? A 27.366 32.543 4.283 1 1 A ILE 0.330 1 ATOM 21 C CG1 . ILE 332 332 ? A 28.786 31.925 4.288 1 1 A ILE 0.330 1 ATOM 22 C CG2 . ILE 332 332 ? A 27.414 34.039 4.661 1 1 A ILE 0.330 1 ATOM 23 C CD1 . ILE 332 332 ? A 29.719 32.523 3.225 1 1 A ILE 0.330 1 ATOM 24 N N . TRP 333 333 ? A 25.345 30.096 3.816 1 1 A TRP 0.290 1 ATOM 25 C CA . TRP 333 333 ? A 24.959 28.715 3.527 1 1 A TRP 0.290 1 ATOM 26 C C . TRP 333 333 ? A 24.341 28.480 2.139 1 1 A TRP 0.290 1 ATOM 27 O O . TRP 333 333 ? A 23.209 28.769 1.889 1 1 A TRP 0.290 1 ATOM 28 C CB . TRP 333 333 ? A 23.924 28.181 4.581 1 1 A TRP 0.290 1 ATOM 29 C CG . TRP 333 333 ? A 23.450 26.754 4.338 1 1 A TRP 0.290 1 ATOM 30 C CD1 . TRP 333 333 ? A 22.336 26.343 3.660 1 1 A TRP 0.290 1 ATOM 31 C CD2 . TRP 333 333 ? A 24.273 25.585 4.498 1 1 A TRP 0.290 1 ATOM 32 N NE1 . TRP 333 333 ? A 22.377 24.986 3.432 1 1 A TRP 0.290 1 ATOM 33 C CE2 . TRP 333 333 ? A 23.566 24.507 3.941 1 1 A TRP 0.290 1 ATOM 34 C CE3 . TRP 333 333 ? A 25.554 25.421 5.019 1 1 A TRP 0.290 1 ATOM 35 C CZ2 . TRP 333 333 ? A 24.120 23.234 3.901 1 1 A TRP 0.290 1 ATOM 36 C CZ3 . TRP 333 333 ? A 26.132 24.145 4.932 1 1 A TRP 0.290 1 ATOM 37 C CH2 . TRP 333 333 ? A 25.424 23.066 4.391 1 1 A TRP 0.290 1 ATOM 38 N N . LYS 334 334 ? A 25.054 27.849 1.172 1 1 A LYS 0.370 1 ATOM 39 C CA . LYS 334 334 ? A 24.370 27.523 -0.081 1 1 A LYS 0.370 1 ATOM 40 C C . LYS 334 334 ? A 23.256 26.477 0.019 1 1 A LYS 0.370 1 ATOM 41 O O . LYS 334 334 ? A 23.483 25.336 0.406 1 1 A LYS 0.370 1 ATOM 42 C CB . LYS 334 334 ? A 25.360 27.101 -1.184 1 1 A LYS 0.370 1 ATOM 43 C CG . LYS 334 334 ? A 24.735 26.972 -2.594 1 1 A LYS 0.370 1 ATOM 44 C CD . LYS 334 334 ? A 25.746 26.490 -3.650 1 1 A LYS 0.370 1 ATOM 45 C CE . LYS 334 334 ? A 25.124 26.236 -5.032 1 1 A LYS 0.370 1 ATOM 46 N NZ . LYS 334 334 ? A 26.159 25.697 -5.943 1 1 A LYS 0.370 1 ATOM 47 N N . MET 335 335 ? A 22.018 26.858 -0.366 1 1 A MET 0.350 1 ATOM 48 C CA . MET 335 335 ? A 20.917 25.931 -0.534 1 1 A MET 0.350 1 ATOM 49 C C . MET 335 335 ? A 20.400 26.002 -1.947 1 1 A MET 0.350 1 ATOM 50 O O . MET 335 335 ? A 20.209 27.092 -2.502 1 1 A MET 0.350 1 ATOM 51 C CB . MET 335 335 ? A 19.758 26.212 0.450 1 1 A MET 0.350 1 ATOM 52 C CG . MET 335 335 ? A 18.688 25.097 0.530 1 1 A MET 0.350 1 ATOM 53 S SD . MET 335 335 ? A 19.133 23.636 1.521 1 1 A MET 0.350 1 ATOM 54 C CE . MET 335 335 ? A 17.442 23.120 1.970 1 1 A MET 0.350 1 ATOM 55 N N . GLU 336 336 ? A 20.151 24.834 -2.552 1 1 A GLU 0.380 1 ATOM 56 C CA . GLU 336 336 ? A 19.504 24.664 -3.835 1 1 A GLU 0.380 1 ATOM 57 C C . GLU 336 336 ? 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THR 468 468 ? A 8.701 7.833 13.577 1 1 A THR 0.640 1 ATOM 1052 C CB . THR 468 468 ? A 7.826 6.958 10.450 1 1 A THR 0.640 1 ATOM 1053 O OG1 . THR 468 468 ? A 7.724 5.709 11.111 1 1 A THR 0.640 1 ATOM 1054 C CG2 . THR 468 468 ? A 8.446 6.613 9.095 1 1 A THR 0.640 1 ATOM 1055 N N . PHE 469 469 ? A 6.909 8.844 12.696 1 1 A PHE 0.640 1 ATOM 1056 C CA . PHE 469 469 ? A 6.195 8.969 13.949 1 1 A PHE 0.640 1 ATOM 1057 C C . PHE 469 469 ? A 5.870 7.599 14.561 1 1 A PHE 0.640 1 ATOM 1058 O O . PHE 469 469 ? A 6.012 7.367 15.764 1 1 A PHE 0.640 1 ATOM 1059 C CB . PHE 469 469 ? A 4.917 9.809 13.681 1 1 A PHE 0.640 1 ATOM 1060 C CG . PHE 469 469 ? A 4.113 10.056 14.925 1 1 A PHE 0.640 1 ATOM 1061 C CD1 . PHE 469 469 ? A 4.700 10.664 16.044 1 1 A PHE 0.640 1 ATOM 1062 C CD2 . PHE 469 469 ? A 2.774 9.644 14.994 1 1 A PHE 0.640 1 ATOM 1063 C CE1 . PHE 469 469 ? A 3.971 10.830 17.224 1 1 A PHE 0.640 1 ATOM 1064 C CE2 . PHE 469 469 ? A 2.034 9.830 16.168 1 1 A PHE 0.640 1 ATOM 1065 C CZ . PHE 469 469 ? 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It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #