data_SMR-9255a6d0212f3baeed9e877cd5955ee7_3 _entry.id SMR-9255a6d0212f3baeed9e877cd5955ee7_3 _struct.entry_id SMR-9255a6d0212f3baeed9e877cd5955ee7_3 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - Q14789 (isoform 2)/ GOGB1_HUMAN, Golgin subfamily B member 1 Estimated model accuracy of this model is 0.0, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries Q14789 (isoform 2)' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 436543.509 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP GOGB1_HUMAN Q14789 1 ;MLSRLSGLANVVLHELSGDDDTDQNMRAPLDPELHQESDMEFNNTTQEDVQERLAYAEQLVVELKDIIRQ KDVQLQQKDEALQEERKAADNKIKKLKLHAKAKLTSLNKYIEEMKAQGGTVLPTEPQSEEQLSKHDKSST EEEMEIEKIKHKLQEKEELISTLQAQLTQAQAEQPAQSSTEMEEFVMMKQQLQEKEEFISTLQAQLSQTQ AEQAAQLSSMQQVVREKDARFETQVRLHEDELLQLVTQADVETEMQQKLRVLQRKLEEHEESLVGRAQVV DLLQQELTAAEQRNQILSQQLQQMEAEHNTLRNTVETEREESKILLEKMELEVAERKLSFHNLQEEMHHL LEQFEQAGQAQAELESRYSALEQKHKAEMEEKTSHILSLQKTGQELQSACDALKDQNSKLLQDKNEQAVQ SAQTIQQLEDQLQQKSKEISQFLNRLPLQQHETASQTSFPDVYNEGTQAVTEENIASLQKRVVELENEKG ALLLSSIELEELKAENEKLSSQITLLEAQNRTGEADREVSEISIVDIANKRSSSAEESGQDVLENTFSQK HKELSVLLLEMKEAQEEIAFLKLQLQGKRAEEADHEVLDQKEMKQMEGEGIAPIKMKVFLEDTGQDFPLM PNEESSLPAVEKEQASTEHQSRTSEEISLNDAGVELKSTKQDGDKSLSAVPDIGQCHQDELERLKSQILE LELNFHKAQEIYEKNLDEKAKEISNLNQLIEEFKKNADNNSSAFTALSEERDQLLSQVKELSMVTELRAQ VKQLEMNLAEAERQRRLDYESQTAHDNLLTEQIHSLSIEAKSKDVKIEVLQNELDDVQLQFSEQSTLIRS LQSQLQNKESEVLEGAERVRHISSKVEELSQALSQKELEITKMDQLLLEKKRDVETLQQTIEEKDQQVTE ISFSMTEKMVQLNEEKFSLGVEIKTLKEQLNLLSRAEEAKKEQVEEDNEVSSGLKQNYDEMSPAGQISKE ELQHEFDLLKKENEQRKRKLQAALINRKELLQRVSRLEEELANLKDESKKEIPLSETERGEVEEDKENKE YSEKCVTSKCQEIEIYLKQTISEKEVELQHIRKDLEEKLAAEEQFQALVKQMNQTLQDKTNQIDLLQAEI SENQAIIQKLITSNTDASDGDSVALVKETVVISPPCTGSSEHWKPELEEKILALEKEKEQLQKKLQEALT SRKAILKKAQEKERHLREELKQQKDDYNRLQEQFDEQSKENENIGDQLRQLQIQVRESIDGKLPSTDQQE SCSSTPGLEEPLFKATEQHHTQPVLESNLCPDWPSHSEDASALQGGTSVAQIKAQLKEIEAEKVELELKV SSTTSELTKKSEEVFQLQEQINKQGLEIESLKTVSHEAEVHAESLQQKLESSQLQIAGLEHLRELQPKLD ELQKLISKKEEDVSYLSGQLSEKEAALTKIQTEIIEQEDLIKALHTQLEMQAKEHDERIKQLQVELCEMK QKPEEIGEESRAKQQIQRKLQAALISRKEALKENKSLQEELSLARGTIERLTKSLADVESQVSAQNKEKD TVLGRLALLQEERDKLITEMDRSLLENQSLSSSCESLKLALEGLTEDKEKLVKEIESLKSSKIAESTEWQ EKHKELQKEYEILLQSYENVSNEAERIQHVVEAVRQEKQELYGKLRSTEANKKETEKQLQEAEQEMEEMK EKMRKFAKSKQQKILELEEENDRLRAEVHPAGDTAKECMETLLSSNASMKEELERVKMEYETLSKKFQSL MSEKDSLSEEVQDLKHQIEGNVSKQANLEATEKHDNQTNVTEEGTQSIPGETEEQDSLSMSTRPTCSESV PSAKSANPAVSKDFSSHDEINNYLQQIDQLKERIAGLEEEKQKNKEFSQTLENEKNTLLSQISTKDGELK MLQEEVTKMNLLNQQIQEELSRVTKLKETAEEEKDDLEERLMNQLAELNGSIGNYCQDVTDAQIKNELLE SEMKNLKKCVSELEEEKQQLVKEKTKVESEIRKEYLEKIQGAQKEPGNKSHAKELQELLKEKQQEVKQLQ KDCIRYQEKISALERTVKALEFVQTESQKDLEITKENLAQAVEHRKKAQAELASFKVLLDDTQSEAARVL ADNLKLKKELQSNKESVKSQMKQKDEDLERRLEQAEEKHLKEKKNMQEKLDALRREKVHLEETIGEIQVT LNKKDKEVQQLQENLDSTVTQLAAFTKSMSSLQDDRDRVIDEAKKWERKFSDAIQSKEEEIRLKEDNCSV LKDQLRQMSIHMEELKINISRLEHDKQIWESKAQTEVQLQQKVCDTLQGENKELLSQLEETRHLYHSSQN ELAKLESELKSLKDQLTDLSNSLEKCKEQKGNLEGIIRQQEADIQNSKFSYEQLETDLQASRELTSRLHE EINMKEQKIISLLSGKEEAIQVAIAELRQQHDKEIKELENLLSQEEEENIVLEEENKKAVDKTNQLMETL KTIKKENIQQKAQLDSFVKSMSSLQNDRDRIVGDYQQLEERHLSIILEKDQLIQEAAAENNKLKEEIRGL RSHMDDLNSENAKLDAELIQYREDLNQVITIKDSQQKQLLEVQLQQNKELENKYAKLEEKLKESEEANED LRRSFNALQEEKQDLSKEIESLKVSISQLTRQVTALQEEGTLGLYHAQLKVKEEEVHRLSALFSSSQKRI AELEEELVCVQKEAAKKVGEIEDKLKKELKHLHHDAGIMRNETETAEERVAELARDLVEMEQKLLMVTKE NKGLTAQIQSFGRSMSSLQNSRDHANEELDELKRKYDASLKELAQLKEQGLLNRERDALLSETAFSMNST EENSLSHLEKLNQQLLSKDEQLLHLSSQLEDSYNQVQSFSKAMASLQNERDHLWNELEKFRKSEEGKQRS AAQPSTSPAEVQSLKKAMSSLQNDRDRLLKELKNLQQQYLQINQEITELHPLKAQLQEYQDKTKAFQIMQ EELRQENLSWQHELHQLRMEKSSWEIHERRMKEQYLMAISDKDQQLSHLQNLIRELRSSSSQTQPLKVQY QRQASPETSASPDGSQNLVYETELLRTQLNDSLKEIHQKELRIQQLNSNFSQLLEEKNTLSIQLCDTSQS LRENQQHYGDLLNHCAVLEKQVQELQAVSKEKGPLNIDVAPGAPQEKNGVHRKSDPEELREPQQSFSEAQ QQLCNTRQEVNELRKLLEEERDQRVAAENALSVAEEQIRRLEHSEWDSSRTPIIGSCGTQEQALLIDLTS NSCRRTRSGVGWKRVLRSLCHSRTRVPLLAAIYFLMIHVLLILCFTGHL ; 'Golgin subfamily B member 1' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 3269 1 3269 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . 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A 1 3113 GLY 3113 ? ? ? L . A 1 3114 PRO 3114 ? ? ? L . A 1 3115 LEU 3115 ? ? ? L . A 1 3116 ASN 3116 ? ? ? L . A 1 3117 ILE 3117 ? ? ? L . A 1 3118 ASP 3118 ? ? ? L . A 1 3119 VAL 3119 ? ? ? L . A 1 3120 ALA 3120 ? ? ? L . A 1 3121 PRO 3121 ? ? ? L . A 1 3122 GLY 3122 ? ? ? L . A 1 3123 ALA 3123 ? ? ? L . A 1 3124 PRO 3124 ? ? ? L . A 1 3125 GLN 3125 ? ? ? L . A 1 3126 GLU 3126 ? ? ? L . A 1 3127 LYS 3127 ? ? ? L . A 1 3128 ASN 3128 ? ? ? L . A 1 3129 GLY 3129 ? ? ? L . A 1 3130 VAL 3130 ? ? ? L . A 1 3131 HIS 3131 ? ? ? L . A 1 3132 ARG 3132 ? ? ? L . A 1 3133 LYS 3133 ? ? ? L . A 1 3134 SER 3134 ? ? ? L . A 1 3135 ASP 3135 ? ? ? L . A 1 3136 PRO 3136 ? ? ? L . A 1 3137 GLU 3137 ? ? ? L . A 1 3138 GLU 3138 ? ? ? L . A 1 3139 LEU 3139 ? ? ? L . A 1 3140 ARG 3140 ? ? ? L . A 1 3141 GLU 3141 ? ? ? L . A 1 3142 PRO 3142 ? ? ? L . A 1 3143 GLN 3143 ? ? ? L . A 1 3144 GLN 3144 ? ? ? L . A 1 3145 SER 3145 ? ? ? L . A 1 3146 PHE 3146 ? ? ? L . A 1 3147 SER 3147 ? ? ? L . 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L . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'IFT54 {PDB ID=8bd7, label_asym_id=L, auth_asym_id=X, SMTL ID=8bd7.1.L}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 8bd7, label_asym_id=L' 'target-template alignment' . 4 'model 3' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-12-04 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-11-29 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A L 12 1 X # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;MCDNWQATIDTLQGASPVFDKPKLSQKLLEKPPFRFLHDVVTAVQQATGFAPGLYQGDELDGKAIQEKDA KVAYLKKIIEVVSMVLGEQCPARPNKIVAGLEPENTNIFLQMLGRACQKGNGAKAVQKVLGGGGAEPAPA KEEAPPPEKKPEKKEKKEEKPAEKSRAEASPARKKAAEPEAEKKSSSKSSSRTKEEPPAKAPAKKKEEPA PEKPSKSKAAPAAEEAPPPPPPPAAEPPARSASPGGEDPLNKSGSAAPKFQRPTSARKAPPRVPQPQQPT MLAGTGIRPGTATRRPNEPKPTDSKVTKPVAVFTDNAKDNSDDEVEVVHEQTPVLSGGANMTGEQGVLVK DILAAEKGLKKAGVDATADNADTSDQGSTGIILKRLGGKAAGAGAAAAGPRAHDPSSVRELVQKLCHSST PLAKSMDYLQEDIENMRKEYKFWLTEKRMYQDELARELRLQGEAANVDAQLADLDGQIKQARDRIIGMKG QILRNDETLGKLLAMATAGR ; ;MCDNWQATIDTLQGASPVFDKPKLSQKLLEKPPFRFLHDVVTAVQQATGFAPGLYQGDELDGKAIQEKDA KVAYLKKIIEVVSMVLGEQCPARPNKIVAGLEPENTNIFLQMLGRACQKGNGAKAVQKVLGGGGAEPAPA KEEAPPPEKKPEKKEKKEEKPAEKSRAEASPARKKAAEPEAEKKSSSKSSSRTKEEPPAKAPAKKKEEPA PEKPSKSKAAPAAEEAPPPPPPPAAEPPARSASPGGEDPLNKSGSAAPKFQRPTSARKAPPRVPQPQQPT MLAGTGIRPGTATRRPNEPKPTDSKVTKPVAVFTDNAKDNSDDEVEVVHEQTPVLSGGANMTGEQGVLVK DILAAEKGLKKAGVDATADNADTSDQGSTGIILKRLGGKAAGAGAAAAGPRAHDPSSVRELVQKLCHSST PLAKSMDYLQEDIENMRKEYKFWLTEKRMYQDELARELRLQGEAANVDAQLADLDGQIKQARDRIIGMKG QILRNDETLGKLLAMATAGR ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 403 488 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 8bd7 2024-11-13 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 3269 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 3269 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 33.000 18.605 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MLSRLSGLANVVLHELSGDDDTDQNMRAPLDPELHQESDMEFNNTTQEDVQERLAYAEQLVVELKDIIRQKDVQLQQKDEALQEERKAADNKIKKLKLHAKAKLTSLNKYIEEMKAQGGTVLPTEPQSEEQLSKHDKSSTEEEMEIEKIKHKLQEKEELISTLQAQLTQAQAEQPAQSSTEMEEFVMMKQQLQEKEEFISTLQAQLSQTQAEQAAQLSSMQQVVREKDARFETQVRLHEDELLQLVTQADVETEMQQKLRVLQRKLEEHEESLVGRAQVVDLLQQELTAAEQRNQILSQQLQQMEAEHNTLRNTVETEREESKILLEKMELEVAERKLSFHNLQEEMHHLLEQFEQAGQAQAELESRYSALEQKHKAEMEEKTSHILSLQKTGQELQSACDALKDQNSKLLQDKNEQAVQSAQTIQQLEDQLQQKSKEISQFLNRLPLQQHETASQTSFPDVYNEGTQAVTEENIASLQKRVVELENEKGALLLSSIELEELKAENEKLSSQITLLEAQNRTGEADREVSEISIVDIANKRSSSAEESGQDVLENTFSQKHKELSVLLLEMKEAQEEIAFLKLQLQGKRAEEADHEVLDQKEMKQMEGEGIAPIKMKVFLEDTGQDFPLMPNEESSLPAVEKEQASTEHQSRTSEEISLNDAGVELKSTKQDGDKSLSAVPDIGQCHQDELERLKSQILELELNFHKAQEIYEKNLDEKAKEISNLNQLIEEFKKNADNNSSAFTALSEERDQLLSQVKELSMVTELRAQVKQLEMNLAEAERQRRLDYESQTAHDNLLTEQIHSLSIEAKSKDVKIEVLQNELDDVQLQFSEQSTLIRSLQSQLQNKESEVLEGAERVRHISSKVEELSQALSQKELEITKMDQLLLEKKRDVETLQQTIEEKDQQVTEISFSMTEKMVQLNEEKFSLGVEIKTLKEQLNLLSRAEEAKKEQVEEDNEVSSGLKQNYDEMSPAGQISKEELQHEFDLLKKENEQRKRKLQAALINRKELLQRVSRLEEELANLKDESKKEIPLSETERGEVEEDKENKEYSEKCVTSKCQEIEIYLKQTISEKEVELQHIRKDLEEKLAAEEQFQALVKQMNQTLQDKTNQIDLLQAEISENQAIIQKLITSNTDASDGDSVALVKETVVISPPCTGSSEHWKPELEEKILALEKEKEQLQKKLQEALTSRKAILKKAQEKERHLREELKQQKDDYNRLQEQFDEQSKENENIGDQLRQLQIQVRESIDGKLPSTDQQESCSSTPGLEEPLFKATEQHHTQPVLESNLCPDWPSHSEDASALQGGTSVAQIKAQLKEIEAEKVELELKVSSTTSELTKKSEEVFQLQEQINKQGLEIESLKTVSHEAEVHAESLQQKLESSQLQIAGLEHLRELQPKLDELQKLISKKEEDVSYLSGQLSEKEAALTKIQTEIIEQEDLIKALHTQLEMQAKEHDERIKQLQVELCEMKQKPEEIGEESRAKQQIQRKLQAALISRKEALKENKSLQEELSLARGTIERLTKSLADVESQVSAQNKEKDTVLGRLALLQEERDKLITEMDRSLLENQSLSSSCESLKLALEGLTEDKEKLVKEIESLKSSKIAESTEWQEKHKELQKEYEILLQSYENVSNEAERIQHVVEAVRQEKQELYGKLRSTEANKKETEKQLQEAEQEMEEMKEKMRKFAKSKQQKILELEEENDRLRAEVHPAGDTAKECMETLLSSNASMKEELERVKMEYETLSKKFQSLMSEKDSLSEEVQDLKHQIEGNVSKQANLEATEKHDNQTNVTEEGTQSIPGETEEQDSLSMSTRPTCSESVPSAKSANPAVSKDFSSHDEINNYLQQIDQLKERIAGLEEEKQKNKEFSQTLENEKNTLLSQISTKDGELKMLQEEVTKMNLLNQQIQEELSRVTKLKETAEEEKDDLEERLMNQLAELNGSIGNYCQDVTDAQIKNELLESEMKNLKKCVSELEEEKQQLVKEKTKVESEIRKEYLEKIQGAQKEPGNKSHAKELQELLKEKQQEVKQLQKDCIRYQEKISALERTVKALEFVQTESQKDLEITKENLAQAVEHRKKAQAELASFKVLLDDTQSEAARVLADNLKLKKELQSNKESVKSQMKQKDEDLERRLEQAEEKHLKEKKNMQEKLDALRREKVHLEETIGEIQVTLNKKDKEVQQLQENLDSTVTQLAAFTKSMSSLQDDRDRVIDEAKKWERKFSDAIQSKEEEIRLKEDNCSVLKDQLRQMSIHMEELKINISRLEHDKQIWESKAQTEVQLQQKVCDTLQGENKELLSQLEETRHLYHSSQNELAKLESELKSLKDQLTDLSNSLEKCKEQKGNLEGIIRQQEADIQNSKFSYEQLETDLQASRELTSRLHEEINMKEQKIISLLSGKEEAIQVAIAELRQQHDKEIKELENLLSQEEEENIVLEEENKKAVDKTNQLMETLKTIKKENIQQKAQLDSFVKSMSSLQNDRDRIVGDYQQLEERHLSIILEKDQLIQEAAAENNKLKEEIRGLRSHMDDLNSENAKLDAELIQYREDLNQVITIKDSQQKQLLEVQLQQNKELENKYAKLEEKLKESEEANEDLRRSFNALQEEKQDLSKEIESLKVSISQLTRQVTALQEEGTLGLYHAQLKVKEEEVHRLSALFSSSQKRIAELEEELVCVQKEAAKKVGEIEDKLKKELKHLHHDAGIMRNETETAEERVAELARDLVEMEQKLLMVTKENKGLTAQIQSFGRSMSSLQNSRDHANEELDELKRKYDASLKELAQLKEQGLLNRERDALLSETAFSMNSTEENSLSHLEKLNQQLLSKDEQLLHLSSQLEDSYNQVQSFSKAMASLQNERDHLWNELEKFRKSEEGKQRSAAQPSTSPAEVQSLKKAMSSLQNDRDRLLKELKNLQQQYLQINQEITELHPLKAQLQEYQDKTKAFQIMQEELRQENLSWQHELHQLRMEKSSWEIHERRMKEQYLMAISDKDQQLSHLQNLIRELRSSSSQTQPLKVQYQRQASPETSASPDGSQNLVYETELLRTQLNDSLKEIHQKELRIQQLNSNFSQLLEEKNTLSIQLCDTSQSLRENQQHYGDLLNHCAVLEKQVQELQAVSKEKGPLNIDVAPGAPQEKNGVHRKSDPEELREPQQSFSEAQQQLCNTRQEVNELRKLLEEERDQRVAAENALSVAEEQIRRLEHSEWDSSRTPIIGSCGTQEQALLIDLTSNSCRRTRSGVGWKRVLRSLCHSRTRVPLLAAIYFLMIHVLLILCFTGHL 2 1 2 ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------HDPSSVRELVQKLCHSSTPLAKSMDYLQEDIENMRKEYKFWLTEKRMYQDELARELRLQ-GEAANVDAQLADLDGQIKQARDRIIGM----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL {QSQE=0.000}' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 8bd7.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 3' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . VAL 2178 2178 ? A 433.537 414.949 382.379 1 1 L VAL 0.500 1 ATOM 2 C CA . VAL 2178 2178 ? A 433.978 416.215 383.059 1 1 L VAL 0.500 1 ATOM 3 C C . VAL 2178 2178 ? A 433.010 416.618 384.160 1 1 L VAL 0.500 1 ATOM 4 O O . VAL 2178 2178 ? A 432.351 415.740 384.707 1 1 L VAL 0.500 1 ATOM 5 C CB . VAL 2178 2178 ? A 434.152 417.322 382.021 1 1 L VAL 0.500 1 ATOM 6 C CG1 . VAL 2178 2178 ? A 435.254 416.935 381.019 1 1 L VAL 0.500 1 ATOM 7 C CG2 . VAL 2178 2178 ? A 432.844 417.677 381.283 1 1 L VAL 0.500 1 ATOM 8 N N . GLN 2179 2179 ? A 432.857 417.929 384.475 1 1 L GLN 0.480 1 ATOM 9 C CA . GLN 2179 2179 ? A 431.856 418.471 385.388 1 1 L GLN 0.480 1 ATOM 10 C C . GLN 2179 2179 ? A 430.424 418.125 385.014 1 1 L GLN 0.480 1 ATOM 11 O O . GLN 2179 2179 ? A 429.626 417.831 385.885 1 1 L GLN 0.480 1 ATOM 12 C CB . GLN 2179 2179 ? A 432.025 419.993 385.541 1 1 L GLN 0.480 1 ATOM 13 C CG . GLN 2179 2179 ? A 433.347 420.356 386.252 1 1 L GLN 0.480 1 ATOM 14 C CD . GLN 2179 2179 ? A 433.509 421.872 386.355 1 1 L GLN 0.480 1 ATOM 15 O OE1 . GLN 2179 2179 ? A 432.985 422.635 385.543 1 1 L GLN 0.480 1 ATOM 16 N NE2 . GLN 2179 2179 ? A 434.282 422.332 387.364 1 1 L GLN 0.480 1 ATOM 17 N N . GLN 2180 2180 ? A 430.074 418.057 383.715 1 1 L GLN 0.630 1 ATOM 18 C CA . GLN 2180 2180 ? A 428.789 417.551 383.241 1 1 L GLN 0.630 1 ATOM 19 C C . GLN 2180 2180 ? A 428.480 416.134 383.713 1 1 L GLN 0.630 1 ATOM 20 O O . GLN 2180 2180 ? A 427.364 415.808 384.099 1 1 L GLN 0.630 1 ATOM 21 C CB . GLN 2180 2180 ? A 428.783 417.553 381.689 1 1 L GLN 0.630 1 ATOM 22 C CG . GLN 2180 2180 ? A 427.462 417.102 381.013 1 1 L GLN 0.630 1 ATOM 23 C CD . GLN 2180 2180 ? A 426.361 418.130 381.283 1 1 L GLN 0.630 1 ATOM 24 O OE1 . GLN 2180 2180 ? A 426.546 419.302 380.948 1 1 L GLN 0.630 1 ATOM 25 N NE2 . GLN 2180 2180 ? A 425.214 417.705 381.862 1 1 L GLN 0.630 1 ATOM 26 N N . LEU 2181 2181 ? A 429.487 415.232 383.694 1 1 L LEU 0.610 1 ATOM 27 C CA . LEU 2181 2181 ? A 429.337 413.879 384.212 1 1 L LEU 0.610 1 ATOM 28 C C . LEU 2181 2181 ? A 429.277 413.834 385.727 1 1 L LEU 0.610 1 ATOM 29 O O . LEU 2181 2181 ? A 428.479 413.098 386.304 1 1 L LEU 0.610 1 ATOM 30 C CB . LEU 2181 2181 ? A 430.460 412.936 383.734 1 1 L LEU 0.610 1 ATOM 31 C CG . LEU 2181 2181 ? A 430.492 412.676 382.217 1 1 L LEU 0.610 1 ATOM 32 C CD1 . LEU 2181 2181 ? A 431.737 411.854 381.852 1 1 L LEU 0.610 1 ATOM 33 C CD2 . LEU 2181 2181 ? A 429.234 411.929 381.750 1 1 L LEU 0.610 1 ATOM 34 N N . GLN 2182 2182 ? A 430.123 414.642 386.401 1 1 L GLN 0.640 1 ATOM 35 C CA . GLN 2182 2182 ? A 430.097 414.810 387.844 1 1 L GLN 0.640 1 ATOM 36 C C . GLN 2182 2182 ? A 428.776 415.378 388.326 1 1 L GLN 0.640 1 ATOM 37 O O . GLN 2182 2182 ? A 428.175 414.849 389.246 1 1 L GLN 0.640 1 ATOM 38 C CB . GLN 2182 2182 ? A 431.244 415.724 388.327 1 1 L GLN 0.640 1 ATOM 39 C CG . GLN 2182 2182 ? A 432.641 415.089 388.149 1 1 L GLN 0.640 1 ATOM 40 C CD . GLN 2182 2182 ? A 433.766 416.071 388.479 1 1 L GLN 0.640 1 ATOM 41 O OE1 . GLN 2182 2182 ? A 433.686 417.279 388.242 1 1 L GLN 0.640 1 ATOM 42 N NE2 . GLN 2182 2182 ? A 434.900 415.526 388.981 1 1 L GLN 0.640 1 ATOM 43 N N . GLU 2183 2183 ? A 428.243 416.405 387.636 1 1 L GLU 0.630 1 ATOM 44 C CA . GLU 2183 2183 ? A 426.936 416.990 387.878 1 1 L GLU 0.630 1 ATOM 45 C C . GLU 2183 2183 ? A 425.855 415.945 387.817 1 1 L GLU 0.630 1 ATOM 46 O O . GLU 2183 2183 ? A 425.042 415.838 388.726 1 1 L GLU 0.630 1 ATOM 47 C CB . GLU 2183 2183 ? A 426.594 418.061 386.808 1 1 L GLU 0.630 1 ATOM 48 C CG . GLU 2183 2183 ? A 425.145 418.619 386.861 1 1 L GLU 0.630 1 ATOM 49 C CD . GLU 2183 2183 ? A 424.773 419.505 385.666 1 1 L GLU 0.630 1 ATOM 50 O OE1 . GLU 2183 2183 ? A 425.614 419.688 384.751 1 1 L GLU 0.630 1 ATOM 51 O OE2 . GLU 2183 2183 ? A 423.609 419.985 385.666 1 1 L GLU 0.630 1 ATOM 52 N N . ASN 2184 2184 ? A 425.844 415.092 386.777 1 1 L ASN 0.660 1 ATOM 53 C CA . ASN 2184 2184 ? 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A 327.323 400.794 435.622 1 1 L LEU 0.430 1 # # loop_ _atom_type.symbol C N O S # # loop_ _ma_qa_metric.id _ma_qa_metric.name _ma_qa_metric.description _ma_qa_metric.type _ma_qa_metric.mode _ma_qa_metric.type_other_details _ma_qa_metric.software_group_id 1 QMEANDisCo 'Predicted accuracy according to all-atom lDDT in [0,1].' 'pLDDT all-atom in [0,1]' local . 5 2 QMEANDisCo 'Predicted accuracy according to all-atom lDDT in [0,1].' 'pLDDT all-atom in [0,1]' global . 5 3 GMQE 'Global Model Quality Estimate of the model accuracy, calculated by SWISS-MODEL.' 'normalized score' global . 6 # # loop_ _ma_qa_metric_global.ordinal_id _ma_qa_metric_global.model_id _ma_qa_metric_global.metric_id _ma_qa_metric_global.metric_value 1 1 2 0.677 2 1 3 0 # # loop_ _ma_qa_metric_local.ordinal_id _ma_qa_metric_local.model_id _ma_qa_metric_local.label_asym_id _ma_qa_metric_local.label_seq_id _ma_qa_metric_local.label_comp_id _ma_qa_metric_local.metric_id _ma_qa_metric_local.metric_value 1 1 A 2178 VAL 1 0.500 2 1 A 2179 GLN 1 0.480 3 1 A 2180 GLN 1 0.630 4 1 A 2181 LEU 1 0.610 5 1 A 2182 GLN 1 0.640 6 1 A 2183 GLU 1 0.630 7 1 A 2184 ASN 1 0.660 8 1 A 2185 LEU 1 0.660 9 1 A 2186 ASP 1 0.690 10 1 A 2187 SER 1 0.680 11 1 A 2188 THR 1 0.670 12 1 A 2189 VAL 1 0.720 13 1 A 2190 THR 1 0.680 14 1 A 2191 GLN 1 0.680 15 1 A 2192 LEU 1 0.660 16 1 A 2193 ALA 1 0.720 17 1 A 2194 ALA 1 0.720 18 1 A 2195 PHE 1 0.610 19 1 A 2196 THR 1 0.660 20 1 A 2197 LYS 1 0.650 21 1 A 2198 SER 1 0.670 22 1 A 2199 MET 1 0.630 23 1 A 2200 SER 1 0.660 24 1 A 2201 SER 1 0.670 25 1 A 2202 LEU 1 0.660 26 1 A 2203 GLN 1 0.680 27 1 A 2204 ASP 1 0.690 28 1 A 2205 ASP 1 0.700 29 1 A 2206 ARG 1 0.660 30 1 A 2207 ASP 1 0.730 31 1 A 2208 ARG 1 0.660 32 1 A 2209 VAL 1 0.770 33 1 A 2210 ILE 1 0.700 34 1 A 2211 ASP 1 0.730 35 1 A 2212 GLU 1 0.720 36 1 A 2213 ALA 1 0.760 37 1 A 2214 LYS 1 0.720 38 1 A 2215 LYS 1 0.710 39 1 A 2216 TRP 1 0.600 40 1 A 2217 GLU 1 0.700 41 1 A 2218 ARG 1 0.650 42 1 A 2219 LYS 1 0.700 43 1 A 2220 PHE 1 0.640 44 1 A 2221 SER 1 0.710 45 1 A 2222 ASP 1 0.710 46 1 A 2223 ALA 1 0.740 47 1 A 2224 ILE 1 0.680 48 1 A 2225 GLN 1 0.700 49 1 A 2226 SER 1 0.690 50 1 A 2227 LYS 1 0.730 51 1 A 2228 GLU 1 0.710 52 1 A 2229 GLU 1 0.690 53 1 A 2230 GLU 1 0.700 54 1 A 2231 ILE 1 0.710 55 1 A 2232 ARG 1 0.650 56 1 A 2233 LEU 1 0.680 57 1 A 2234 LYS 1 0.690 58 1 A 2235 GLU 1 0.620 59 1 A 2236 ASP 1 0.620 60 1 A 2237 ASN 1 0.650 61 1 A 2238 CYS 1 0.700 62 1 A 2239 SER 1 0.690 63 1 A 2240 VAL 1 0.700 64 1 A 2241 LEU 1 0.660 65 1 A 2242 LYS 1 0.710 66 1 A 2243 ASP 1 0.710 67 1 A 2244 GLN 1 0.720 68 1 A 2245 LEU 1 0.690 69 1 A 2246 ARG 1 0.670 70 1 A 2247 GLN 1 0.740 71 1 A 2248 MET 1 0.700 72 1 A 2249 SER 1 0.750 73 1 A 2250 ILE 1 0.710 74 1 A 2251 HIS 1 0.680 75 1 A 2252 MET 1 0.730 76 1 A 2253 GLU 1 0.740 77 1 A 2254 GLU 1 0.730 78 1 A 2255 LEU 1 0.730 79 1 A 2256 LYS 1 0.740 80 1 A 2257 ILE 1 0.690 81 1 A 2258 ASN 1 0.710 82 1 A 2259 ILE 1 0.670 83 1 A 2260 SER 1 0.690 84 1 A 2261 ARG 1 0.420 85 1 A 2262 LEU 1 0.430 # # loop_ _pdbx_data_usage.id _pdbx_data_usage.type _pdbx_data_usage.details _pdbx_data_usage.url 1 license ;This SWISS-MODEL protein model is copyright. It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. 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All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #