data_SMR-c3a39745a17f5f85c0d33d7d44f42ff2_15 _entry.id SMR-c3a39745a17f5f85c0d33d7d44f42ff2_15 _struct.entry_id SMR-c3a39745a17f5f85c0d33d7d44f42ff2_15 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - Q62504 (isoform 2)/ MINT_MOUSE, Msx2-interacting protein Estimated model accuracy of this model is 0.0, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries Q62504 (isoform 2)' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 462023.353 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP MINT_MOUSE Q62504 1 ;MVRETRHLWVGNLPENVREEKIIEHFKRYGRVESVKILPKRGSEGGVAAFVDFVDIKSAQKAHNSVNKMG DRDLRTDYNEPGTIPSAARGLDETVSIASRSREVSGFRGSAGGPAYGPPPSLHAREGRYERRLDGASDNR ERAYEHSAYGHHERGTGAFDRTRHYDQDYYRDPRERTLQHGLYYTSRSRSPNRFDAHDPRYEPRAREQFT LPSVVHRDIYRDDITREVRGRRPERSYQHSRSRSPHSSQSRNQSPQRLASQASRPTRSPSGSGSRSRSSS SDSISSSSSSSNTDSSDSSSTASDDSPARSVQSAAVPAPTSQLLSSLEKDEPRKSFGIKVQNLPVRSIDT SLKDGLFHEFKKFGKVTSVQIHGASEERYGLVFFRQQEDQEKALTASKGKLFFGMQIEVTAWVGPETESE NEFRPLDERIDEFHPKATRTLFIGNLEKTTTYHDLRNIFQRFGEIVDIDIKKVNGVPQYAFLQYCDIASV CKAIKKMDGEYLGNNRLKLGFGKSMPTNCVWLDGLSSNVSDQYLTRHFCRYGPVVKVVFDRLKGMALVLY SEIEDAQAAVKETKGRKIGGNKIKVDFANRESQLAFYHCMEKSGQDMRDFYEMLTERREERRGSYEYSQE RTYYENVRTPGTYPEDSRRDYPARGREFYSEWETYQGEYYDSRYYDEPREYREYRSDPYEQDIREYSYRQ RERERERERFESDRDHERRPIERSQSPVHLRRPQSPGVSPAHSERLPSDSERRLYRRSSERSGSCSSVSP PRYDKLEKARLERYTKNEKADKERTFDPERVERERRIVRKEKGEKDKAERQKRKGKAHSPSSQPSETEQE NDREQSPEKPRGSTKLSRDRADKEGPAKNRLELVPCVVLTRVKEKEGKVIEHPPPEKLKARLGRDTTKAS ALDQKPQAAQGEPAKSDPARGKALREKVLPSHAEVGEKEGRTKLRKHLKAEQTPELSALDLEKLEARKRR FADSGLKIEKQKPEIKKTSPETEDTRILLKKQPDTSRDGVLLREGESERKPVRKEILKRESKKTKLERLN SALSPKDCQDPAAVSAGSGSRPSSDVHAGLGELTHGSVETQETQPKKAIPSKPQPKQLQLLENQGPEKEE VRKNYCRPREEPAEHRAGQEKPHGGNAEEKLGIDIDHTQSYRKQMEQSRRKQRMEMEIAKAEKFGSPKKD VDDYERRSLVHEVGKPPQDVTDDSPPSKKRRTDHVDFDICTKRERNYRSSRQISEDSERTSCSPSVRHGS FHDDDDPRGSPRLVSVKGSPKGDEKGLPYPNAAVRDDPLKCNPYDSGKREQTADTAKIKLSVLNSEGEPS RWDPPMKQDPSRFDVSFPNSVIKRDSLRKRSVRDLEPGEVPSDSDEDAEHRSQSPRASSFYDSPRLSFLL RDRDQKLRERDERLASSLERNKFYSFALDKTITPDTKALLERAKSLSSSREENWSFLDWDSRFANFRNNK DKEKVDSAPRPIPSWYMKKKKIRTDSEGKLDDKKDERREEEQERQELFASRFLHSSIFEQDSKRLQHLER KSEESDFPPGRLYGRQASEGANSTSDSVQEPVVLFHSRFMELTRMQQKEKEKDQKPKEAEKQEEPETHPK TPEPAAETKEPEPKAPVSAGLPAVTITVVTPEPASSAPEKAEEAAEAPSPAGEKPAEPAPVSEETKLVSE PVSVPVEQPRQSDVPPGEDSRDSQDSAALAPSAPQESAATDAVPCVNAEPLTPGTTVSQVESSVDPKPSS PQPLSKLTQRSEEAEEGKVEKPDTTPSTEPDATQNAGVASEAQPPASEDVEANPPVAAKDRKTNKSKRSK TSVQAAAASVVEKPVTRKSERIDREKLKRSSSPRGEAQKLLELKMEAEKITRTASKSSGGDTEHPEPSLP LSRSRRRNVRSVYATMTDHESRSPAKEPVEQPRVTRKRLERELQEAVVPPTTPRRGRPPKTRRRAEEDGE HERKEPAETPRPAEGWRSPRSQKSAAAAGPQGKRGRNEQKVEAAAEAGAQASTREGNPKSRGEREAASEP KRDRRDPSTDKSGPDTFPVEVLERKPPEKTYKSKRGRARSTRSGMDRAAHQRSLEMAARAAGQAADKEAG PAAASPQESESPQKGSGSSPQLANNPADPDREAEEESASASTAPPEGTQLARQIELEQAVQNIAKLPEPS AAAASKGTATATATAASEEPAPEHGHKPAHQASETELAAAIGSIISDASGEPENFSAPPSVPPGSQTHPR EGMEPGLHEAESGILETGTATESSAPQVSALDPPEGSADTKETRGNSGDSVQEAKGSKAEVTPPRKDKGR QKTTRRRKRNANKKVVAITETRASEAEQTQSESPAAEEATAATPEAPQEEKPSEKPPSPPAECTFDPSKT PPAESLSQENSAAEKTPCKAPVLPALPPLSQPALMDDGPQARFKVHSIIESDPVTPPSDSGIPPPTIPLV TIAKLPPPVIPGGVPHQSPPPKVTEWITRQEEPRAQSTPSPALPPDTKASDMDTSSSTLRKILMDPKYVS ATGVTSTSVTTAIAEPVSAPCLQEAPAPPCDPKHPPLEGVSAAAVPNADTQASEVPVAADKEKVAPVIAP KITSVISRMPVSIDLENSQKITLAKPAPQTLTGLVSALTGLVNVSLVPVNALKGPVKGSVATLKGLVSTP AGPVNLLKGPVNVLTGPVNVLTTPVSATVGTVNAAPGPVTAACGVTATTGTAAVTGAVTAPAAKGKQRAS SNENSRFHPGSMSVIDDRPADTGSGAGLRVNTSEGVVLLSYSGQKTEGPQRISAKISQIPPASAMDIEFQ QSVSKSQVKADSITPTQSAPKGPQTPSAFANVAAHSTLVLTAQTYNASPVISSVKTDRPSLEKPEPIHLS VSTPVTQGGTVKVLTQGINTPPVLVHNQLVLTPSIVTTNKKLADPVTLKIETKVLQPANLGPTLTPHHPP ALPSKLPAEVNHVPSGPSTPADRTIAHLATPKPDTHSPRPTGPTPGLFPRPCHPSSTTSTALSTNATVML AAGIPVPQFISSIHPEQSVIMPPHSITQTVSLGHLSQGEVRMSTPTLPSITYSIRPETLHSPRAPLQPQQ IEARAPQRVGTPQPATTGVPALATQHPPEEEVHYHLPVARAAAPVQSEVLVMQSEYRLHPYTVPRDVRIM VHPHVTAVSEQPRATEGVVKVPPANKAPQQLVKEAVKTSDAKAVPAPAPVPVPVPVPTPAPPPHGEARIL TVTPSSQLQGLPLTPPVVVTHGVQIVHSSGELFQEYRYGDVRTYHAPAQQLTHTQFPVASSISLASRTKT SAQVPPEGEPLQSTQSAQPAPSTQATQPIPPAPPCQPSQLSQPAQPPSGKIPQVSQEAKGTQTGGVEQTR LPAIPTNRPSEPHAQLQRAPVETAQPAHPSPVSVSMKPDLPSPLSSQAAPKQPLFVPANSGPSTPPGLAL PHAEVQPAPKQESSPHGTPQRPVDMVQLLKKYPIVWQGLLALKNDTAAVQLHFVSGNNVLAHRSLPLSEG GPPLRIAQRMRLEASQLEGVARRMTVETDYCLLLALPCGRDQEDVVSQTESLKAAFITYLQAKQAAGIIN VPNPGSNQPAYVLQIFPPCEFSESHLSRLAPDLLASISNISPHLMIVIASV ; 'Msx2-interacting protein' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 3621 1 3621 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . 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A 1 3485 SER 3485 ? ? ? F . A 1 3486 GLY 3486 ? ? ? F . A 1 3487 ASN 3487 ? ? ? F . A 1 3488 ASN 3488 ? ? ? F . A 1 3489 VAL 3489 ? ? ? F . A 1 3490 LEU 3490 ? ? ? F . A 1 3491 ALA 3491 ? ? ? F . A 1 3492 HIS 3492 ? ? ? F . A 1 3493 ARG 3493 ? ? ? F . A 1 3494 SER 3494 ? ? ? F . A 1 3495 LEU 3495 ? ? ? F . A 1 3496 PRO 3496 ? ? ? F . A 1 3497 LEU 3497 ? ? ? F . A 1 3498 SER 3498 ? ? ? F . A 1 3499 GLU 3499 ? ? ? F . A 1 3500 GLY 3500 ? ? ? F . A 1 3501 GLY 3501 ? ? ? F . A 1 3502 PRO 3502 ? ? ? F . A 1 3503 PRO 3503 ? ? ? F . A 1 3504 LEU 3504 ? ? ? F . A 1 3505 ARG 3505 ? ? ? F . A 1 3506 ILE 3506 ? ? ? F . A 1 3507 ALA 3507 ? ? ? F . A 1 3508 GLN 3508 ? ? ? F . A 1 3509 ARG 3509 ? ? ? F . A 1 3510 MET 3510 ? ? ? F . A 1 3511 ARG 3511 ? ? ? F . A 1 3512 LEU 3512 ? ? ? F . A 1 3513 GLU 3513 ? ? ? F . A 1 3514 ALA 3514 ? ? ? F . A 1 3515 SER 3515 ? ? ? F . A 1 3516 GLN 3516 ? ? ? F . A 1 3517 LEU 3517 ? ? ? F . A 1 3518 GLU 3518 ? ? ? F . A 1 3519 GLY 3519 ? ? ? F . A 1 3520 VAL 3520 ? ? ? F . A 1 3521 ALA 3521 ? ? ? F . A 1 3522 ARG 3522 ? ? ? F . A 1 3523 ARG 3523 ? ? ? F . A 1 3524 MET 3524 ? ? ? F . A 1 3525 THR 3525 ? ? ? F . A 1 3526 VAL 3526 ? ? ? F . A 1 3527 GLU 3527 ? ? ? F . A 1 3528 THR 3528 ? ? ? F . A 1 3529 ASP 3529 ? ? ? F . A 1 3530 TYR 3530 ? ? ? F . A 1 3531 CYS 3531 ? ? ? F . A 1 3532 LEU 3532 ? ? ? F . A 1 3533 LEU 3533 ? ? ? F . A 1 3534 LEU 3534 ? ? ? F . A 1 3535 ALA 3535 ? ? ? F . A 1 3536 LEU 3536 ? ? ? F . A 1 3537 PRO 3537 ? ? ? F . A 1 3538 CYS 3538 ? ? ? F . A 1 3539 GLY 3539 ? ? ? F . A 1 3540 ARG 3540 ? ? ? F . A 1 3541 ASP 3541 ? ? ? F . A 1 3542 GLN 3542 ? ? ? F . A 1 3543 GLU 3543 ? ? ? F . A 1 3544 ASP 3544 ? ? ? F . A 1 3545 VAL 3545 ? ? ? F . A 1 3546 VAL 3546 ? ? ? F . A 1 3547 SER 3547 ? ? ? F . A 1 3548 GLN 3548 ? ? ? F . A 1 3549 THR 3549 ? ? ? F . A 1 3550 GLU 3550 ? ? ? F . A 1 3551 SER 3551 ? ? ? F . A 1 3552 LEU 3552 ? ? ? F . A 1 3553 LYS 3553 ? ? ? F . A 1 3554 ALA 3554 ? ? ? F . A 1 3555 ALA 3555 ? ? ? F . A 1 3556 PHE 3556 ? ? ? F . A 1 3557 ILE 3557 ? ? ? F . A 1 3558 THR 3558 ? ? ? F . A 1 3559 TYR 3559 ? ? ? F . A 1 3560 LEU 3560 ? ? ? F . A 1 3561 GLN 3561 ? ? ? F . A 1 3562 ALA 3562 ? ? ? F . A 1 3563 LYS 3563 ? ? ? F . A 1 3564 GLN 3564 ? ? ? F . A 1 3565 ALA 3565 ? ? ? F . A 1 3566 ALA 3566 ? ? ? F . A 1 3567 GLY 3567 ? ? ? F . A 1 3568 ILE 3568 ? ? ? F . A 1 3569 ILE 3569 ? ? ? F . A 1 3570 ASN 3570 ? ? ? F . A 1 3571 VAL 3571 ? ? ? F . A 1 3572 PRO 3572 ? ? ? F . A 1 3573 ASN 3573 ? ? ? F . A 1 3574 PRO 3574 ? ? ? F . A 1 3575 GLY 3575 ? ? ? F . A 1 3576 SER 3576 ? ? ? F . A 1 3577 ASN 3577 ? ? ? F . A 1 3578 GLN 3578 ? ? ? F . A 1 3579 PRO 3579 ? ? ? F . A 1 3580 ALA 3580 ? ? ? F . A 1 3581 TYR 3581 ? ? ? F . A 1 3582 VAL 3582 ? ? ? F . A 1 3583 LEU 3583 ? ? ? F . A 1 3584 GLN 3584 ? ? ? F . A 1 3585 ILE 3585 ? ? ? F . A 1 3586 PHE 3586 ? ? ? F . A 1 3587 PRO 3587 ? ? ? F . A 1 3588 PRO 3588 ? ? ? F . A 1 3589 CYS 3589 ? ? ? F . A 1 3590 GLU 3590 ? ? ? F . A 1 3591 PHE 3591 ? ? ? F . A 1 3592 SER 3592 ? ? ? F . A 1 3593 GLU 3593 ? ? ? F . A 1 3594 SER 3594 ? ? ? F . A 1 3595 HIS 3595 ? ? ? F . A 1 3596 LEU 3596 ? ? ? F . A 1 3597 SER 3597 ? ? ? F . A 1 3598 ARG 3598 ? ? ? F . A 1 3599 LEU 3599 ? ? ? F . A 1 3600 ALA 3600 ? ? ? F . A 1 3601 PRO 3601 ? ? ? F . A 1 3602 ASP 3602 ? ? ? F . A 1 3603 LEU 3603 ? ? ? F . A 1 3604 LEU 3604 ? ? ? F . A 1 3605 ALA 3605 ? ? ? F . A 1 3606 SER 3606 ? ? ? F . A 1 3607 ILE 3607 ? ? ? F . A 1 3608 SER 3608 ? ? ? F . A 1 3609 ASN 3609 ? ? ? F . A 1 3610 ILE 3610 ? ? ? F . A 1 3611 SER 3611 ? ? ? F . A 1 3612 PRO 3612 ? ? ? F . A 1 3613 HIS 3613 ? ? ? F . A 1 3614 LEU 3614 ? ? ? F . A 1 3615 MET 3615 ? ? ? F . A 1 3616 ILE 3616 ? ? ? F . A 1 3617 VAL 3617 ? ? ? F . A 1 3618 ILE 3618 ? ? ? F . A 1 3619 ALA 3619 ? ? ? F . A 1 3620 SER 3620 ? ? ? F . A 1 3621 VAL 3621 ? ? ? F . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'Protein NAM8 {PDB ID=6n7p, label_asym_id=F, auth_asym_id=F, SMTL ID=6n7p.1.F}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 6n7p, label_asym_id=F' 'target-template alignment' . 4 'model 15' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-12-04 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-11-29 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A F 6 1 F # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;MSYKQTTYYPSRGNLVRNDSSPYTNTISSETNNSSTSVLSLQGASNVSLGTTGNQLYMGDLDPTWDKNTV RQIWASLGEANINVRMMWNNTLNNGSRSSMGPKNNQGYCFVDFPSSTHAANALLKNGMLIPNFPNKKLKL NWATSSYSNSNNSLNNVKSGNNCSIFVGDLAPNVTESQLFELFINRYASTSHAKIVHDQVTGMSKGYGFV KFTNSDEQQLALSEMQGVFLNGRAIKVGPTSGQQQHVSGNNDYNRSSSSLNNENVDSRFLSKGQSFLSNG NNNMGFKRNHMSQFIYPVQQQPSLNHFTDPNNTTVFIGGLSSLVTEDELRAYFQPFGTIVYVKIPVGKCC GFVQYVDRLSAEAAIAGMQGFPIANSRVRLSWGRSAKQTALLQQAMLSNSLQVQQQQPGLQQPNYGYIPS STCEAPVLPDNNVSSTMLPGCQILNYSNPYANANGLGSNNFSFYSNNNATNTQATSLLADTSSMDLSGTG GQQVIMQGSEAVVNSTNAMLNRLEQGSNGFMFA ; ;MSYKQTTYYPSRGNLVRNDSSPYTNTISSETNNSSTSVLSLQGASNVSLGTTGNQLYMGDLDPTWDKNTV RQIWASLGEANINVRMMWNNTLNNGSRSSMGPKNNQGYCFVDFPSSTHAANALLKNGMLIPNFPNKKLKL NWATSSYSNSNNSLNNVKSGNNCSIFVGDLAPNVTESQLFELFINRYASTSHAKIVHDQVTGMSKGYGFV KFTNSDEQQLALSEMQGVFLNGRAIKVGPTSGQQQHVSGNNDYNRSSSSLNNENVDSRFLSKGQSFLSNG NNNMGFKRNHMSQFIYPVQQQPSLNHFTDPNNTTVFIGGLSSLVTEDELRAYFQPFGTIVYVKIPVGKCC GFVQYVDRLSAEAAIAGMQGFPIANSRVRLSWGRSAKQTALLQQAMLSNSLQVQQQQPGLQQPNYGYIPS STCEAPVLPDNNVSSTMLPGCQILNYSNPYANANGLGSNNFSFYSNNNATNTQATSLLADTSSMDLSGTG GQQVIMQGSEAVVNSTNAMLNRLEQGSNGFMFA ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 52 388 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 6n7p 2024-03-20 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 3621 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 3710 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 1.3e-29 19.355 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 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2 1 2 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# # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL {QSQE=0.000}' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 6n7p.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 15' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . 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A 261.528 207.268 260.496 1 1 F LYS 0.370 1 ATOM 613 C C . LYS 513 513 ? A 262.977 207.638 260.253 1 1 F LYS 0.370 1 ATOM 614 O O . LYS 513 513 ? A 263.341 208.778 259.973 1 1 F LYS 0.370 1 ATOM 615 C CB . LYS 513 513 ? A 260.900 206.771 259.163 1 1 F LYS 0.370 1 ATOM 616 C CG . LYS 513 513 ? A 259.518 206.123 259.350 1 1 F LYS 0.370 1 ATOM 617 C CD . LYS 513 513 ? A 258.933 205.638 258.011 1 1 F LYS 0.370 1 ATOM 618 C CE . LYS 513 513 ? A 257.569 204.952 258.149 1 1 F LYS 0.370 1 ATOM 619 N NZ . LYS 513 513 ? A 257.075 204.555 256.810 1 1 F LYS 0.370 1 ATOM 620 N N . SER 514 514 ? A 263.839 206.617 260.326 1 1 F SER 0.340 1 ATOM 621 C CA . SER 514 514 ? A 265.251 206.739 260.065 1 1 F SER 0.340 1 ATOM 622 C C . SER 514 514 ? A 265.476 205.865 258.852 1 1 F SER 0.340 1 ATOM 623 O O . SER 514 514 ? A 265.051 204.712 258.833 1 1 F SER 0.340 1 ATOM 624 C CB . SER 514 514 ? A 266.094 206.246 261.270 1 1 F SER 0.340 1 ATOM 625 O OG . SER 514 514 ? 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A 259.355 191.913 251.001 1 1 F GLN 0.280 1 # # loop_ _atom_type.symbol C N O S # # loop_ _ma_qa_metric.id _ma_qa_metric.name _ma_qa_metric.description _ma_qa_metric.type _ma_qa_metric.mode _ma_qa_metric.type_other_details _ma_qa_metric.software_group_id 1 QMEANDisCo 'Predicted accuracy according to all-atom lDDT in [0,1].' 'pLDDT all-atom in [0,1]' local . 5 2 QMEANDisCo 'Predicted accuracy according to all-atom lDDT in [0,1].' 'pLDDT all-atom in [0,1]' global . 5 3 GMQE 'Global Model Quality Estimate of the model accuracy, calculated by SWISS-MODEL.' 'normalized score' global . 6 # # loop_ _ma_qa_metric_global.ordinal_id _ma_qa_metric_global.model_id _ma_qa_metric_global.metric_id _ma_qa_metric_global.metric_value 1 1 2 0.626 2 1 3 0 # # loop_ _ma_qa_metric_local.ordinal_id _ma_qa_metric_local.model_id _ma_qa_metric_local.label_asym_id _ma_qa_metric_local.label_seq_id _ma_qa_metric_local.label_comp_id _ma_qa_metric_local.metric_id _ma_qa_metric_local.metric_value 1 1 A 437 ALA 1 0.310 2 1 A 438 THR 1 0.300 3 1 A 439 ARG 1 0.530 4 1 A 440 THR 1 0.680 5 1 A 441 LEU 1 0.680 6 1 A 442 PHE 1 0.700 7 1 A 443 ILE 1 0.730 8 1 A 444 GLY 1 0.720 9 1 A 445 ASN 1 0.660 10 1 A 446 LEU 1 0.670 11 1 A 447 GLU 1 0.620 12 1 A 448 LYS 1 0.620 13 1 A 449 THR 1 0.630 14 1 A 450 THR 1 0.640 15 1 A 451 THR 1 0.660 16 1 A 452 TYR 1 0.640 17 1 A 453 HIS 1 0.630 18 1 A 454 ASP 1 0.690 19 1 A 455 LEU 1 0.670 20 1 A 456 ARG 1 0.620 21 1 A 457 ASN 1 0.670 22 1 A 458 ILE 1 0.670 23 1 A 459 PHE 1 0.700 24 1 A 460 GLN 1 0.690 25 1 A 461 ARG 1 0.610 26 1 A 462 PHE 1 0.510 27 1 A 463 GLY 1 0.690 28 1 A 464 GLU 1 0.560 29 1 A 465 ILE 1 0.660 30 1 A 466 VAL 1 0.650 31 1 A 467 ASP 1 0.660 32 1 A 468 ILE 1 0.670 33 1 A 469 ASP 1 0.670 34 1 A 470 ILE 1 0.650 35 1 A 471 LYS 1 0.640 36 1 A 472 LYS 1 0.520 37 1 A 473 VAL 1 0.420 38 1 A 474 ASN 1 0.400 39 1 A 475 GLY 1 0.530 40 1 A 476 VAL 1 0.510 41 1 A 477 PRO 1 0.530 42 1 A 478 GLN 1 0.630 43 1 A 479 TYR 1 0.670 44 1 A 480 ALA 1 0.730 45 1 A 481 PHE 1 0.690 46 1 A 482 LEU 1 0.710 47 1 A 483 GLN 1 0.660 48 1 A 484 TYR 1 0.620 49 1 A 485 CYS 1 0.610 50 1 A 486 ASP 1 0.580 51 1 A 487 ILE 1 0.560 52 1 A 488 ALA 1 0.650 53 1 A 489 SER 1 0.680 54 1 A 490 VAL 1 0.660 55 1 A 491 CYS 1 0.690 56 1 A 492 LYS 1 0.680 57 1 A 493 ALA 1 0.730 58 1 A 494 ILE 1 0.680 59 1 A 495 LYS 1 0.700 60 1 A 496 LYS 1 0.700 61 1 A 497 MET 1 0.710 62 1 A 498 ASP 1 0.720 63 1 A 499 GLY 1 0.760 64 1 A 500 GLU 1 0.680 65 1 A 501 TYR 1 0.660 66 1 A 502 LEU 1 0.690 67 1 A 503 GLY 1 0.640 68 1 A 504 ASN 1 0.620 69 1 A 505 ASN 1 0.680 70 1 A 506 ARG 1 0.640 71 1 A 507 LEU 1 0.660 72 1 A 508 LYS 1 0.700 73 1 A 509 LEU 1 0.720 74 1 A 510 GLY 1 0.680 75 1 A 511 PHE 1 0.620 76 1 A 512 GLY 1 0.530 77 1 A 513 LYS 1 0.370 78 1 A 514 SER 1 0.340 79 1 A 515 MET 1 0.290 80 1 A 516 PRO 1 0.340 81 1 A 517 THR 1 0.310 82 1 A 518 ASN 1 0.550 83 1 A 519 CYS 1 0.700 84 1 A 520 VAL 1 0.720 85 1 A 521 TRP 1 0.640 86 1 A 522 LEU 1 0.720 87 1 A 523 ASP 1 0.710 88 1 A 524 GLY 1 0.730 89 1 A 525 LEU 1 0.700 90 1 A 526 SER 1 0.660 91 1 A 527 SER 1 0.610 92 1 A 528 ASN 1 0.610 93 1 A 529 VAL 1 0.700 94 1 A 530 SER 1 0.690 95 1 A 531 ASP 1 0.670 96 1 A 532 GLN 1 0.650 97 1 A 533 TYR 1 0.660 98 1 A 534 LEU 1 0.660 99 1 A 535 THR 1 0.670 100 1 A 536 ARG 1 0.550 101 1 A 537 HIS 1 0.610 102 1 A 538 PHE 1 0.680 103 1 A 539 CYS 1 0.670 104 1 A 540 ARG 1 0.520 105 1 A 541 TYR 1 0.670 106 1 A 542 GLY 1 0.710 107 1 A 543 PRO 1 0.650 108 1 A 544 VAL 1 0.630 109 1 A 545 VAL 1 0.640 110 1 A 546 LYS 1 0.640 111 1 A 547 VAL 1 0.700 112 1 A 548 VAL 1 0.600 113 1 A 549 PHE 1 0.640 114 1 A 550 ASP 1 0.540 115 1 A 551 ARG 1 0.270 116 1 A 552 LEU 1 0.430 117 1 A 553 LYS 1 0.580 118 1 A 554 GLY 1 0.680 119 1 A 555 MET 1 0.670 120 1 A 556 ALA 1 0.690 121 1 A 557 LEU 1 0.660 122 1 A 558 VAL 1 0.730 123 1 A 559 LEU 1 0.720 124 1 A 560 TYR 1 0.710 125 1 A 561 SER 1 0.700 126 1 A 562 GLU 1 0.660 127 1 A 563 ILE 1 0.660 128 1 A 564 GLU 1 0.690 129 1 A 565 ASP 1 0.710 130 1 A 566 ALA 1 0.750 131 1 A 567 GLN 1 0.700 132 1 A 568 ALA 1 0.760 133 1 A 569 ALA 1 0.750 134 1 A 570 VAL 1 0.740 135 1 A 571 LYS 1 0.710 136 1 A 572 GLU 1 0.680 137 1 A 573 THR 1 0.690 138 1 A 574 LYS 1 0.700 139 1 A 575 GLY 1 0.570 140 1 A 576 ARG 1 0.620 141 1 A 577 LYS 1 0.650 142 1 A 578 ILE 1 0.650 143 1 A 579 GLY 1 0.630 144 1 A 580 GLY 1 0.650 145 1 A 581 ASN 1 0.680 146 1 A 582 LYS 1 0.670 147 1 A 583 ILE 1 0.700 148 1 A 584 LYS 1 0.720 149 1 A 585 VAL 1 0.750 150 1 A 586 ASP 1 0.720 151 1 A 587 PHE 1 0.530 152 1 A 588 ALA 1 0.590 153 1 A 589 ASN 1 0.380 154 1 A 590 ARG 1 0.330 155 1 A 591 GLU 1 0.300 156 1 A 592 SER 1 0.280 157 1 A 593 GLN 1 0.280 # # loop_ _pdbx_data_usage.id _pdbx_data_usage.type _pdbx_data_usage.details _pdbx_data_usage.url 1 license ;This SWISS-MODEL protein model is copyright. It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #