data_SMR-26d1fb369119b5ce09240afd39c79bf2_4 _entry.id SMR-26d1fb369119b5ce09240afd39c79bf2_4 _struct.entry_id SMR-26d1fb369119b5ce09240afd39c79bf2_4 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - P49790/ NU153_HUMAN, Nuclear pore complex protein Nup153 Estimated model accuracy of this model is 0.003, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries P49790' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-12.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 2 . 4 2 4 . 5 2 5 . 6 2 6 . 7 3 1 . 8 3 4 . 9 4 1 . 10 4 2 . 11 4 4 . 12 5 3 . 13 6 1 . 14 6 3 . 15 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' ZN non-polymer 'ZINC ION' Zn 65.380 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 184604.616 1 . 2 non-polymer man 'ZINC ION' 65.380 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP NU153_HUMAN P49790 1 ;MASGAGGVGGGGGGKIRTRRCHQGPIKPYQQGRQQHQGILSRVTESVKNIVPGWLQRYFNKNEDVCSCST DTSEVPRWPENKEDHLVYADEESSNITDGRITPEPAVSNTEEPSTTSTASNYPDVLTRPSLHRSHLNFSM LESPALHCQPSTSSAFPIGSSGFSLVKEIKDSTSQHDDDNISTTSGFSSRASDKDITVSKNTSLPPLWSP EAERSHSLSQHTATSSKKPAFNLSAFGTLSPSLGNSSILKTSQLGDSPFYPGKTTYGGAAAAVRQSKLRN TPYQAPVRRQMKAKQLSAQSYGVTSSTARRILQSLEKMSSPLADAKRIPSIVSSPLNSPLDRSGIDITDF QAKREKVDSQYPPVQRLMTPKPVSIATNRSVYFKPSLTPSGEFRKTNQRIDNKCSTGYEKNMTPGQNREQ RESGFSYPNFSLPAANGLSSGVGGGGGKMRRERTRFVASKPLEEERQGLTVLPKLISSSCAQAIIPSWPL KVLRLQEMEVPVLPKISLPITSSSLPTFNFSSPEITTSSPSPINSSQALTNKVQMTSPSSTGSPMFKFSS PIVKSTEANVLPPSSIGFTFSVPVAKTAELSGSSSTLEPIISSSAHHVTTVNSTNCKKTPPEDCEGPFRP AEILKEGSVLDILKSPGFASPKIDSVAAQPTATSPVVYTRPAISSFSSSGIGFGESLKAGSSWQCDTCLL QNKVTDNKCIACQAAKLSPRDTAKQTGIETPNKSGKTTLSASGTGFGDKFKPVIGTWDCDTCLVQNKPEA IKCVACETPKPGTCVKRALTLTVVSESAETMTASSSSCTVTTGTLGFGDKFKRPIGSWECSVCCVSNNAE DNKCVSCMSEKPGSSVPASSSSTVPVSLPSGGSLGLEKFKKPEGSWDCELCLVQNKADSTKCLACESAKP GTKSGFKGFDTSSSSSNSAASSSFKFGVSSSSSGPSQTLTSTGNFKFGDQGGFKIGVSSDSGSINPMSEG FKFSKPIGDFKFGVSSESKPEEVKKDSKNDNFKFGLSSGLSNPVSLTPFQFGVSNLGQEEKKEELPKSSS AGFSFGTGVINSTPAPANTIVTSENKSSFNLGTIETKSASVAPFTCKTSEAKKEEMPATKGGFSFGNVEP ASLPSASVFVLGRTEEKQQEPVTSTSLVFGKKADNEEPKCQPVFSFGNSEQTKDENSSKSTFSFSMTKPS EKESEQPAKATFAFGAQTSTTADQGAAKPVFSFLNNSSSSSSTPATSAGGGIFGSSTSSSNPPVATFVFG QSSNPVSSSAFGNTAESSTSQSLLFSQDSKLATTSSTGTAVTPFVFGPGASSNNTTTSGFGFGATTTSSS AGSSFVFGTGPSAPSASPAFGANQTPTFGQSQGASQPNPPGFGSISSSTALFPTGSQPAPPTFGTVSSSS QPPVFGQQPSQSAFGSGTTPNSSSAFQFGSSTTNFNFTNNSPSGVFTFGANSSTPAASAQPSGSGGFPFN QSPAAFTVGSNGKNVFSSSGTSFSGRKIKTAVRRRK ; 'Nuclear pore complex protein Nup153' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 1506 1 1506 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . NU153_HUMAN P49790 P49790-2 1 1506 9606 'Homo sapiens (Human)' 2008-09-23 9D997D081B22CCD3 # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no A ;MASGAGGVGGGGGGKIRTRRCHQGPIKPYQQGRQQHQGILSRVTESVKNIVPGWLQRYFNKNEDVCSCST DTSEVPRWPENKEDHLVYADEESSNITDGRITPEPAVSNTEEPSTTSTASNYPDVLTRPSLHRSHLNFSM LESPALHCQPSTSSAFPIGSSGFSLVKEIKDSTSQHDDDNISTTSGFSSRASDKDITVSKNTSLPPLWSP EAERSHSLSQHTATSSKKPAFNLSAFGTLSPSLGNSSILKTSQLGDSPFYPGKTTYGGAAAAVRQSKLRN TPYQAPVRRQMKAKQLSAQSYGVTSSTARRILQSLEKMSSPLADAKRIPSIVSSPLNSPLDRSGIDITDF QAKREKVDSQYPPVQRLMTPKPVSIATNRSVYFKPSLTPSGEFRKTNQRIDNKCSTGYEKNMTPGQNREQ RESGFSYPNFSLPAANGLSSGVGGGGGKMRRERTRFVASKPLEEERQGLTVLPKLISSSCAQAIIPSWPL KVLRLQEMEVPVLPKISLPITSSSLPTFNFSSPEITTSSPSPINSSQALTNKVQMTSPSSTGSPMFKFSS PIVKSTEANVLPPSSIGFTFSVPVAKTAELSGSSSTLEPIISSSAHHVTTVNSTNCKKTPPEDCEGPFRP 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DTSEVPRWPENKEDHLVYADEESSNITDGRITPEPAVSNTEEPSTTSTASNYPDVLTRPSLHRSHLNFSM LESPALHCQPSTSSAFPIGSSGFSLVKEIKDSTSQHDDDNISTTSGFSSRASDKDITVSKNTSLPPLWSP EAERSHSLSQHTATSSKKPAFNLSAFGTLSPSLGNSSILKTSQLGDSPFYPGKTTYGGAAAAVRQSKLRN TPYQAPVRRQMKAKQLSAQSYGVTSSTARRILQSLEKMSSPLADAKRIPSIVSSPLNSPLDRSGIDITDF QAKREKVDSQYPPVQRLMTPKPVSIATNRSVYFKPSLTPSGEFRKTNQRIDNKCSTGYEKNMTPGQNREQ RESGFSYPNFSLPAANGLSSGVGGGGGKMRRERTRFVASKPLEEERQGLTVLPKLISSSCAQAIIPSWPL KVLRLQEMEVPVLPKISLPITSSSLPTFNFSSPEITTSSPSPINSSQALTNKVQMTSPSSTGSPMFKFSS PIVKSTEANVLPPSSIGFTFSVPVAKTAELSGSSSTLEPIISSSAHHVTTVNSTNCKKTPPEDCEGPFRP AEILKEGSVLDILKSPGFASPKIDSVAAQPTATSPVVYTRPAISSFSSSGIGFGESLKAGSSWQCDTCLL QNKVTDNKCIACQAAKLSPRDTAKQTGIETPNKSGKTTLSASGTGFGDKFKPVIGTWDCDTCLVQNKPEA IKCVACETPKPGTCVKRALTLTVVSESAETMTASSSSCTVTTGTLGFGDKFKRPIGSWECSVCCVSNNAE DNKCVSCMSEKPGSSVPASSSSTVPVSLPSGGSLGLEKFKKPEGSWDCELCLVQNKADSTKCLACESAKP GTKSGFKGFDTSSSSSNSAASSSFKFGVSSSSSGPSQTLTSTGNFKFGDQGGFKIGVSSDSGSINPMSEG FKFSKPIGDFKFGVSSESKPEEVKKDSKNDNFKFGLSSGLSNPVSLTPFQFGVSNLGQEEKKEELPKSSS 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ILE . 1 27 LYS . 1 28 PRO . 1 29 TYR . 1 30 GLN . 1 31 GLN . 1 32 GLY . 1 33 ARG . 1 34 GLN . 1 35 GLN . 1 36 HIS . 1 37 GLN . 1 38 GLY . 1 39 ILE . 1 40 LEU . 1 41 SER . 1 42 ARG . 1 43 VAL . 1 44 THR . 1 45 GLU . 1 46 SER . 1 47 VAL . 1 48 LYS . 1 49 ASN . 1 50 ILE . 1 51 VAL . 1 52 PRO . 1 53 GLY . 1 54 TRP . 1 55 LEU . 1 56 GLN . 1 57 ARG . 1 58 TYR . 1 59 PHE . 1 60 ASN . 1 61 LYS . 1 62 ASN . 1 63 GLU . 1 64 ASP . 1 65 VAL . 1 66 CYS . 1 67 SER . 1 68 CYS . 1 69 SER . 1 70 THR . 1 71 ASP . 1 72 THR . 1 73 SER . 1 74 GLU . 1 75 VAL . 1 76 PRO . 1 77 ARG . 1 78 TRP . 1 79 PRO . 1 80 GLU . 1 81 ASN . 1 82 LYS . 1 83 GLU . 1 84 ASP . 1 85 HIS . 1 86 LEU . 1 87 VAL . 1 88 TYR . 1 89 ALA . 1 90 ASP . 1 91 GLU . 1 92 GLU . 1 93 SER . 1 94 SER . 1 95 ASN . 1 96 ILE . 1 97 THR . 1 98 ASP . 1 99 GLY . 1 100 ARG . 1 101 ILE . 1 102 THR . 1 103 PRO . 1 104 GLU . 1 105 PRO . 1 106 ALA . 1 107 VAL . 1 108 SER . 1 109 ASN . 1 110 THR . 1 111 GLU . 1 112 GLU . 1 113 PRO . 1 114 SER . 1 115 THR . 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A . # # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code B 2 ZN 1 1 1 ZN '_' . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'Nuclear pore complex protein Nup153 {PDB ID=2ebr, label_asym_id=A, auth_asym_id=A, SMTL ID=2ebr.1.A}' 'template structure' . 2 'ZINC ION {PDB ID=2ebr, label_asym_id=B, auth_asym_id=A, SMTL ID=2ebr.1._.1}' 'template structure' . 3 . target . 4 'ZINC ION' target . 5 'Target-template alignment by HHblits to 2ebr, label_asym_id=A' 'target-template alignment' . 6 'model 4' 'model coordinates' . 7 SMTL 'reference database' . 8 PDB 'reference database' . 9 'AlphaFold DB' 'reference database' . 10 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 3 2 1 7 3 1 8 4 1 9 5 2 10 6 3 3 7 3 4 8 3 1 9 3 2 10 3 5 11 4 1 12 4 2 13 4 5 14 4 4 15 5 6 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 7 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-12-04 8 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-11-29 9 'AlphaFold DB' https://alphafold.ebi.ac.uk v4 . # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 3 'reference database' 2 4 . # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . B 2 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A A 1 1 A 2 2 'reference database' non-polymer 1 2 B B 2 1 A # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 GSSGSSGPEGSWDCELCLVQNKADSTKCLACESAKPGTKSGFKGFDT GSSGSSGPEGSWDCELCLVQNKADSTKCLACESAKPGTKSGFKGFDT # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 8 44 # # loop_ _ma_template_non_poly.template_id _ma_template_non_poly.comp_id _ma_template_non_poly.details 2 ZN 'ZINC ION' # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 2ebr 2024-05-29 2 PDB . 2ebr 2024-05-29 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 1506 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 5 1 1506 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 2.5e-08 100.000 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MASGAGGVGGGGGGKIRTRRCHQGPIKPYQQGRQQHQGILSRVTESVKNIVPGWLQRYFNKNEDVCSCSTDTSEVPRWPENKEDHLVYADEESSNITDGRITPEPAVSNTEEPSTTSTASNYPDVLTRPSLHRSHLNFSMLESPALHCQPSTSSAFPIGSSGFSLVKEIKDSTSQHDDDNISTTSGFSSRASDKDITVSKNTSLPPLWSPEAERSHSLSQHTATSSKKPAFNLSAFGTLSPSLGNSSILKTSQLGDSPFYPGKTTYGGAAAAVRQSKLRNTPYQAPVRRQMKAKQLSAQSYGVTSSTARRILQSLEKMSSPLADAKRIPSIVSSPLNSPLDRSGIDITDFQAKREKVDSQYPPVQRLMTPKPVSIATNRSVYFKPSLTPSGEFRKTNQRIDNKCSTGYEKNMTPGQNREQRESGFSYPNFSLPAANGLSSGVGGGGGKMRRERTRFVASKPLEEERQGLTVLPKLISSSCAQAIIPSWPLKVLRLQEMEVPVLPKISLPITSSSLPTFNFSSPEITTSSPSPINSSQALTNKVQMTSPSSTGSPMFKFSSPIVKSTEANVLPPSSIGFTFSVPVAKTAELSGSSSTLEPIISSSAHHVTTVNSTNCKKTPPEDCEGPFRPAEILKEGSVLDILKSPGFASPKIDSVAAQPTATSPVVYTRPAISSFSSSGIGFGESLKAGSSWQCDTCLLQNKVTDNKCIACQAAKLSPRDTAKQTGIETPNKSGKTTLSASGTGFGDKFKPVIGTWDCDTCLVQNKPEAIKCVACETPKPGTCVKRALTLTVVSESAETMTASSSSCTVTTGTLGFGDKFKRPIGSWECSVCCVSNNAEDNKCVSCMSEKPGSSVPASSSSTVPVSLPSGGSLGLEKFKKPEGSWDCELCLVQNKADSTKCLACESAKPGTKSGFKGFDTSSSSSNSAASSSFKFGVSSSSSGPSQTLTSTGNFKFGDQGGFKIGVSSDSGSINPMSEGFKFSKPIGDFKFGVSSESKPEEVKKDSKNDNFKFGLSSGLSNPVSLTPFQFGVSNLGQEEKKEELPKSSSAGFSFGTGVINSTPAPANTIVTSENKSSFNLGTIETKSASVAPFTCKTSEAKKEEMPATKGGFSFGNVEPASLPSASVFVLGRTEEKQQEPVTSTSLVFGKKADNEEPKCQPVFSFGNSEQTKDENSSKSTFSFSMTKPSEKESEQPAKATFAFGAQTSTTADQGAAKPVFSFLNNSSSSSSTPATSAGGGIFGSSTSSSNPPVATFVFGQSSNPVSSSAFGNTAESSTSQSLLFSQDSKLATTSSTGTAVTPFVFGPGASSNNTTTSGFGFGATTTSSSAGSSFVFGTGPSAPSASPAFGANQTPTFGQSQGASQPNPPGFGSISSSTALFPTGSQPAPPTFGTVSSSSQPPVFGQQPSQSAFGSGTTPNSSSAFQFGSSTTNFNFTNNSPSGVFTFGANSSTPAASAQPSGSGGFPFNQSPAAFTVGSNGKNVFSSSGTSFSGRKIKTAVRRRK 2 1 2 -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------PEGSWDCELCLVQNKADSTKCLACESAKPGTKSGFKG------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB & AlphaFold DB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 2ebr.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 4' . 6 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . PRO 882 882 ? A -3.903 3.768 18.857 1 1 A PRO 0.470 1 ATOM 2 C CA . PRO 882 882 ? A -2.734 4.009 17.926 1 1 A PRO 0.470 1 ATOM 3 C C . PRO 882 882 ? A -3.294 4.259 16.539 1 1 A PRO 0.470 1 ATOM 4 O O . PRO 882 882 ? A -3.937 3.375 16.001 1 1 A PRO 0.470 1 ATOM 5 C CB . PRO 882 882 ? A -1.925 2.730 18.080 1 1 A PRO 0.470 1 ATOM 6 C CG . PRO 882 882 ? A -2.934 1.608 18.383 1 1 A PRO 0.470 1 ATOM 7 C CD . PRO 882 882 ? A -4.032 2.271 19.175 1 1 A PRO 0.470 1 ATOM 8 N N . GLU 883 883 ? A -3.048 5.453 15.963 1 1 A GLU 0.510 1 ATOM 9 C CA . GLU 883 883 ? A -3.373 5.782 14.590 1 1 A GLU 0.510 1 ATOM 10 C C . GLU 883 883 ? A -2.101 6.204 13.876 1 1 A GLU 0.510 1 ATOM 11 O O . GLU 883 883 ? A -1.150 6.679 14.488 1 1 A GLU 0.510 1 ATOM 12 C CB . GLU 883 883 ? A -4.395 6.935 14.526 1 1 A GLU 0.510 1 ATOM 13 C CG . GLU 883 883 ? A -5.760 6.518 15.111 1 1 A GLU 0.510 1 ATOM 14 C CD . GLU 883 883 ? A -6.778 7.650 15.038 1 1 A GLU 0.510 1 ATOM 15 O OE1 . GLU 883 883 ? A -6.847 8.314 13.975 1 1 A GLU 0.510 1 ATOM 16 O OE2 . GLU 883 883 ? A -7.488 7.840 16.058 1 1 A GLU 0.510 1 ATOM 17 N N . GLY 884 884 ? A -2.055 5.990 12.546 1 1 A GLY 0.730 1 ATOM 18 C CA . GLY 884 884 ? A -0.927 6.337 11.696 1 1 A GLY 0.730 1 ATOM 19 C C . GLY 884 884 ? A -0.123 5.120 11.355 1 1 A GLY 0.730 1 ATOM 20 O O . GLY 884 884 ? A -0.288 4.535 10.290 1 1 A GLY 0.730 1 ATOM 21 N N . SER 885 885 ? A 0.798 4.726 12.253 1 1 A SER 0.740 1 ATOM 22 C CA . SER 885 885 ? A 1.663 3.564 12.083 1 1 A SER 0.740 1 ATOM 23 C C . SER 885 885 ? A 0.886 2.268 11.968 1 1 A SER 0.740 1 ATOM 24 O O . SER 885 885 ? A -0.119 2.067 12.638 1 1 A SER 0.740 1 ATOM 25 C CB . SER 885 885 ? A 2.669 3.377 13.248 1 1 A SER 0.740 1 ATOM 26 O OG . SER 885 885 ? A 3.509 4.524 13.414 1 1 A SER 0.740 1 ATOM 27 N N . TRP 886 886 ? A 1.344 1.345 11.106 1 1 A TRP 0.710 1 ATOM 28 C CA . TRP 886 886 ? A 0.657 0.092 10.899 1 1 A TRP 0.710 1 ATOM 29 C C . TRP 886 886 ? A 1.516 -1.043 11.411 1 1 A TRP 0.710 1 ATOM 30 O O . TRP 886 886 ? A 2.689 -1.188 11.074 1 1 A TRP 0.710 1 ATOM 31 C CB . TRP 886 886 ? A 0.311 -0.113 9.406 1 1 A TRP 0.710 1 ATOM 32 C CG . TRP 886 886 ? A 1.480 0.047 8.466 1 1 A TRP 0.710 1 ATOM 33 C CD1 . TRP 886 886 ? A 1.981 1.205 7.952 1 1 A TRP 0.710 1 ATOM 34 C CD2 . TRP 886 886 ? A 2.300 -1.015 7.937 1 1 A TRP 0.710 1 ATOM 35 N NE1 . TRP 886 886 ? A 3.050 0.941 7.141 1 1 A TRP 0.710 1 ATOM 36 C CE2 . TRP 886 886 ? A 3.257 -0.412 7.113 1 1 A TRP 0.710 1 ATOM 37 C CE3 . TRP 886 886 ? A 2.252 -2.397 8.108 1 1 A TRP 0.710 1 ATOM 38 C CZ2 . TRP 886 886 ? A 4.202 -1.166 6.437 1 1 A TRP 0.710 1 ATOM 39 C CZ3 . TRP 886 886 ? A 3.181 -3.167 7.393 1 1 A TRP 0.710 1 ATOM 40 C CH2 . TRP 886 886 ? A 4.137 -2.560 6.574 1 1 A TRP 0.710 1 ATOM 41 N N . ASP 887 887 ? A 0.921 -1.887 12.266 1 1 A ASP 0.720 1 ATOM 42 C CA . ASP 887 887 ? A 1.568 -3.077 12.752 1 1 A ASP 0.720 1 ATOM 43 C C . ASP 887 887 ? A 1.524 -4.182 11.693 1 1 A ASP 0.720 1 ATOM 44 O O . ASP 887 887 ? A 0.493 -4.474 11.094 1 1 A ASP 0.720 1 ATOM 45 C CB . ASP 887 887 ? A 0.934 -3.502 14.099 1 1 A ASP 0.720 1 ATOM 46 C CG . ASP 887 887 ? A 1.291 -2.474 15.166 1 1 A ASP 0.720 1 ATOM 47 O OD1 . ASP 887 887 ? A 2.453 -1.992 15.143 1 1 A ASP 0.720 1 ATOM 48 O OD2 . ASP 887 887 ? A 0.417 -2.162 16.010 1 1 A ASP 0.720 1 ATOM 49 N N . CYS 888 888 ? A 2.690 -4.796 11.384 1 1 A CYS 0.720 1 ATOM 50 C CA . CYS 888 888 ? A 2.764 -5.956 10.507 1 1 A CYS 0.720 1 ATOM 51 C C . CYS 888 888 ? A 2.262 -7.196 11.229 1 1 A CYS 0.720 1 ATOM 52 O O . CYS 888 888 ? A 2.297 -7.282 12.448 1 1 A CYS 0.720 1 ATOM 53 C CB . CYS 888 888 ? A 4.214 -6.147 9.959 1 1 A CYS 0.720 1 ATOM 54 S SG . CYS 888 888 ? A 4.514 -7.429 8.704 1 1 A CYS 0.720 1 ATOM 55 N N . GLU 889 889 ? A 1.774 -8.191 10.466 1 1 A GLU 0.660 1 ATOM 56 C CA . GLU 889 889 ? A 1.349 -9.472 10.984 1 1 A GLU 0.660 1 ATOM 57 C C . GLU 889 889 ? A 2.343 -10.581 10.673 1 1 A GLU 0.660 1 ATOM 58 O O . GLU 889 889 ? A 2.461 -11.540 11.431 1 1 A GLU 0.660 1 ATOM 59 C CB . GLU 889 889 ? A -0.002 -9.842 10.333 1 1 A GLU 0.660 1 ATOM 60 C CG . GLU 889 889 ? A 0.021 -9.957 8.785 1 1 A GLU 0.660 1 ATOM 61 C CD . GLU 889 889 ? A -1.216 -10.672 8.246 1 1 A GLU 0.660 1 ATOM 62 O OE1 . GLU 889 889 ? A -1.510 -11.784 8.749 1 1 A GLU 0.660 1 ATOM 63 O OE2 . GLU 889 889 ? A -1.832 -10.121 7.301 1 1 A GLU 0.660 1 ATOM 64 N N . LEU 890 890 ? A 3.134 -10.473 9.579 1 1 A LEU 0.640 1 ATOM 65 C CA . LEU 890 890 ? A 4.048 -11.524 9.145 1 1 A LEU 0.640 1 ATOM 66 C C . LEU 890 890 ? A 5.180 -11.758 10.128 1 1 A LEU 0.640 1 ATOM 67 O O . LEU 890 890 ? A 5.454 -12.874 10.571 1 1 A LEU 0.640 1 ATOM 68 C CB . LEU 890 890 ? A 4.660 -11.138 7.764 1 1 A LEU 0.640 1 ATOM 69 C CG . LEU 890 890 ? A 5.167 -12.300 6.870 1 1 A LEU 0.640 1 ATOM 70 C CD1 . LEU 890 890 ? A 6.271 -13.175 7.492 1 1 A LEU 0.640 1 ATOM 71 C CD2 . LEU 890 890 ? A 3.985 -13.149 6.382 1 1 A LEU 0.640 1 ATOM 72 N N . CYS 891 891 ? A 5.844 -10.668 10.526 1 1 A CYS 0.670 1 ATOM 73 C CA . CYS 891 891 ? A 6.925 -10.698 11.487 1 1 A CYS 0.670 1 ATOM 74 C C . CYS 891 891 ? A 6.510 -10.063 12.791 1 1 A CYS 0.670 1 ATOM 75 O O . CYS 891 891 ? A 7.282 -10.075 13.749 1 1 A CYS 0.670 1 ATOM 76 C CB . CYS 891 891 ? A 8.138 -9.919 10.936 1 1 A CYS 0.670 1 ATOM 77 S SG . CYS 891 891 ? A 7.718 -8.216 10.475 1 1 A CYS 0.670 1 ATOM 78 N N . LEU 892 892 ? A 5.289 -9.491 12.852 1 1 A LEU 0.630 1 ATOM 79 C CA . LEU 892 892 ? A 4.737 -8.855 14.033 1 1 A LEU 0.630 1 ATOM 80 C C . LEU 892 892 ? A 5.529 -7.639 14.517 1 1 A LEU 0.630 1 ATOM 81 O O . LEU 892 892 ? A 5.737 -7.420 15.707 1 1 A LEU 0.630 1 ATOM 82 C CB . LEU 892 892 ? A 4.461 -9.862 15.174 1 1 A LEU 0.630 1 ATOM 83 C CG . LEU 892 892 ? A 3.440 -10.975 14.848 1 1 A LEU 0.630 1 ATOM 84 C CD1 . LEU 892 892 ? A 4.025 -12.170 14.072 1 1 A LEU 0.630 1 ATOM 85 C CD2 . LEU 892 892 ? A 2.840 -11.476 16.168 1 1 A LEU 0.630 1 ATOM 86 N N . VAL 893 893 ? A 5.972 -6.788 13.571 1 1 A VAL 0.690 1 ATOM 87 C CA . VAL 893 893 ? A 6.824 -5.646 13.848 1 1 A VAL 0.690 1 ATOM 88 C C . VAL 893 893 ? A 6.076 -4.401 13.407 1 1 A VAL 0.690 1 ATOM 89 O O . VAL 893 893 ? A 5.386 -4.404 12.393 1 1 A VAL 0.690 1 ATOM 90 C CB . VAL 893 893 ? A 8.192 -5.770 13.163 1 1 A VAL 0.690 1 ATOM 91 C CG1 . VAL 893 893 ? A 9.077 -4.526 13.375 1 1 A VAL 0.690 1 ATOM 92 C CG2 . VAL 893 893 ? A 8.920 -6.997 13.747 1 1 A VAL 0.690 1 ATOM 93 N N . GLN 894 894 ? A 6.162 -3.316 14.205 1 1 A GLN 0.700 1 ATOM 94 C CA . GLN 894 894 ? A 5.666 -1.989 13.871 1 1 A GLN 0.700 1 ATOM 95 C C . GLN 894 894 ? A 6.374 -1.357 12.667 1 1 A GLN 0.700 1 ATOM 96 O O . GLN 894 894 ? A 7.563 -1.550 12.456 1 1 A GLN 0.700 1 ATOM 97 C CB . GLN 894 894 ? A 5.816 -1.025 15.072 1 1 A GLN 0.700 1 ATOM 98 C CG . GLN 894 894 ? A 4.886 0.210 14.967 1 1 A GLN 0.700 1 ATOM 99 C CD . GLN 894 894 ? 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A 4.392 5.046 3.006 1 1 A ASP 0.690 1 ATOM 128 C CB . ASP 898 898 ? A 5.267 7.645 4.965 1 1 A ASP 0.690 1 ATOM 129 C CG . ASP 898 898 ? A 6.530 7.299 5.748 1 1 A ASP 0.690 1 ATOM 130 O OD1 . ASP 898 898 ? A 6.391 6.974 6.958 1 1 A ASP 0.690 1 ATOM 131 O OD2 . ASP 898 898 ? A 7.628 7.352 5.146 1 1 A ASP 0.690 1 ATOM 132 N N . SER 899 899 ? A 5.558 4.468 4.854 1 1 A SER 0.700 1 ATOM 133 C CA . SER 899 899 ? A 6.100 3.214 4.357 1 1 A SER 0.700 1 ATOM 134 C C . SER 899 899 ? A 5.039 2.216 3.968 1 1 A SER 0.700 1 ATOM 135 O O . SER 899 899 ? A 4.151 1.865 4.731 1 1 A SER 0.700 1 ATOM 136 C CB . SER 899 899 ? A 7.034 2.463 5.342 1 1 A SER 0.700 1 ATOM 137 O OG . SER 899 899 ? A 8.223 3.210 5.587 1 1 A SER 0.700 1 ATOM 138 N N . THR 900 900 ? A 5.126 1.690 2.738 1 1 A THR 0.700 1 ATOM 139 C CA . THR 900 900 ? A 4.104 0.793 2.218 1 1 A THR 0.700 1 ATOM 140 C C . THR 900 900 ? A 4.409 -0.654 2.481 1 1 A THR 0.700 1 ATOM 141 O O . THR 900 900 ? 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'normalized score' global . 6 # # loop_ _ma_qa_metric_global.ordinal_id _ma_qa_metric_global.model_id _ma_qa_metric_global.metric_id _ma_qa_metric_global.metric_value 1 1 2 0.645 2 1 3 0.003 # # loop_ _ma_qa_metric_local.ordinal_id _ma_qa_metric_local.model_id _ma_qa_metric_local.label_asym_id _ma_qa_metric_local.label_seq_id _ma_qa_metric_local.label_comp_id _ma_qa_metric_local.metric_id _ma_qa_metric_local.metric_value 1 1 A 882 PRO 1 0.470 2 1 A 883 GLU 1 0.510 3 1 A 884 GLY 1 0.730 4 1 A 885 SER 1 0.740 5 1 A 886 TRP 1 0.710 6 1 A 887 ASP 1 0.720 7 1 A 888 CYS 1 0.720 8 1 A 889 GLU 1 0.660 9 1 A 890 LEU 1 0.640 10 1 A 891 CYS 1 0.670 11 1 A 892 LEU 1 0.630 12 1 A 893 VAL 1 0.690 13 1 A 894 GLN 1 0.700 14 1 A 895 ASN 1 0.740 15 1 A 896 LYS 1 0.710 16 1 A 897 ALA 1 0.770 17 1 A 898 ASP 1 0.690 18 1 A 899 SER 1 0.700 19 1 A 900 THR 1 0.700 20 1 A 901 LYS 1 0.690 21 1 A 902 CYS 1 0.720 22 1 A 903 LEU 1 0.670 23 1 A 904 ALA 1 0.700 24 1 A 905 CYS 1 0.690 25 1 A 906 GLU 1 0.690 26 1 A 907 SER 1 0.710 27 1 A 908 ALA 1 0.730 28 1 A 909 LYS 1 0.720 29 1 A 910 PRO 1 0.730 30 1 A 911 GLY 1 0.630 31 1 A 912 THR 1 0.550 32 1 A 913 LYS 1 0.570 33 1 A 914 SER 1 0.600 34 1 A 915 GLY 1 0.600 35 1 A 916 PHE 1 0.400 36 1 A 917 LYS 1 0.390 37 1 A 918 GLY 1 0.190 # # loop_ _pdbx_data_usage.id _pdbx_data_usage.type _pdbx_data_usage.details _pdbx_data_usage.url 1 license ;This SWISS-MODEL protein model is copyright. It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #