data_SMR-876ea08d879805c936a52e6dd609c9c1_4 _entry.id SMR-876ea08d879805c936a52e6dd609c9c1_4 _struct.entry_id SMR-876ea08d879805c936a52e6dd609c9c1_4 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - A6INT2/ A6INT2_RAT, Procollagen, type III, alpha 1 - P13941/ CO3A1_RAT, Collagen alpha-1(III) chain Estimated model accuracy of this model is 0.028, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries A6INT2, P13941' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-12.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 2 . 4 2 4 . 5 2 5 . 6 2 6 . 7 3 1 . 8 3 4 . 9 4 1 . 10 4 2 . 11 4 4 . 12 5 3 . 13 6 1 . 14 6 3 . 15 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 165412.617 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP CO3A1_RAT P13941 1 ;MMSFVQCGTWFLLTLLHPSLILAQQSNVDELGCNYLGQSYESRDVWKPEPCQICVCDSGSVLCDDIMCDD EPLDCPNPEIPFGECCAICPQPSTPAPVIPDGNRPQGPKGDPGPPGIPGRNGDPGLPGQPGLPGPPGSPG ICESCPTGGQNYSPQFDSYDVKSGVGGMGGYPGPAGPPGPPGPPGSSGHPGSPGSPGYQGPPGEPGQAGP AGPPGPPGAIGPSGPAGKDGESGRPGRPGERGLPGPPGIKGPAGIPGFPGMKGHRGFDGRNGEKGETGAP GLKGENGLPGDNGAPGPMGPRGAPGERGRPGLPGAAGARGNDGARGSDGQPGPPGPPGTAGFPGSPGAKG EVGPAGSPGSNGSPGQRGEPGPQGHAGAQGPPGPPGNNGSPGGKGEMGPAGIPGAPGLLGARGPPGPAGA NGAPGQRGPSGEPGKNGAKGEPGARGERGEAGSPGIPGPKGEDGKDGSPGEPGANGVPGNPGERGAPGFR GPAGPNGAPGEKGPAGERGGPGPAGPRGVAGEPGRDGTPGGPGIRGMPGSPGGPGNDGKPGPPGSQGESG RPGPPGPSGPRGQPGVMGFPGPKGNDGAPGKNGERGGPGGPGLPGPAGKNGETGPQGPPGPTGAPGDKGD AGPPGPQGLQGIPGTSGPPGENGKPGEPGPKGEAGAPGVPGGKGDSGAPGERGPPGTAGTPGLRGGAGPP GPEGGKGPAGPPGPPGTSGPPGLQGMPGERGGPGSPGPKGEKGEPGGAGADGVPGKDGPRGPAGPIGPPG PAGQPGDKGEGGAPGLPGIAGPRGGPGERGEHGPPGPAGFPGAPGQNGEPGAKGERGAPGEKGEGGPPGA AGPPGGSGPAGPPGPQGVKGERGSPGGPGAAGFPGGRGLPGPPGNNGNPGPPGPSGAPGKDGPPGPAGNS GSPGNPGVAGPKGDAGQPGEKGPPGAQGPPGSPGPLGIAGLTGARGLAGPPGMPGPRGSPGPQGIKGESG KPGASGHNGERGPPGPQGLPGQPGTAGEPGRDGNPGSDGQPGRDGSPGGKGDRGENGSPGAPGAPGHPGP PGPVGPSGKNGDRGETGPAGPSGAPGPAGARGAPGPQGPRGDKGETGERGSNGIKGHRGFPGNPGPPGSP GAAGHQGAVGSPGPAGPRGPVGPHGPPGKDGSSGHPGPIGPPGPRGNRGERGSEGSPGHPGQPGPPGPPG APGPCCGGGAAIAGVGGEKSGGFSPYYGDDPMDFKINTEEIMSSLKSVNGQIESLISPDGSRKNPARNCR DLKFCHPELKSGEYWVDPNQGCKMDAIKVFCNMETGETCINASPMTVPRKHWWTDAGAEKKHVWFGESMN GGFQFSYGNPDLPEDVLDVQLAFLRLLSSRASQNITYHCKNSIAYMDQANGNVKKSLKLMGSNEGEFKAE GNSKFTYTVLEDGCTKHTGEWSKTVFEYQTRKAMRLPIIDIAPYDIGGPDQEFGVDIGPVCFL ; 'Collagen alpha-1(III) chain' 2 1 UNP A6INT2_RAT A6INT2 1 ;MMSFVQCGTWFLLTLLHPSLILAQQSNVDELGCNYLGQSYESRDVWKPEPCQICVCDSGSVLCDDIMCDD EPLDCPNPEIPFGECCAICPQPSTPAPVIPDGNRPQGPKGDPGPPGIPGRNGDPGLPGQPGLPGPPGSPG ICESCPTGGQNYSPQFDSYDVKSGVGGMGGYPGPAGPPGPPGPPGSSGHPGSPGSPGYQGPPGEPGQAGP AGPPGPPGAIGPSGPAGKDGESGRPGRPGERGLPGPPGIKGPAGIPGFPGMKGHRGFDGRNGEKGETGAP GLKGENGLPGDNGAPGPMGPRGAPGERGRPGLPGAAGARGNDGARGSDGQPGPPGPPGTAGFPGSPGAKG EVGPAGSPGSNGSPGQRGEPGPQGHAGAQGPPGPPGNNGSPGGKGEMGPAGIPGAPGLLGARGPPGPAGA NGAPGQRGPSGEPGKNGAKGEPGARGERGEAGSPGIPGPKGEDGKDGSPGEPGANGVPGNPGERGAPGFR GPAGPNGAPGEKGPAGERGGPGPAGPRGVAGEPGRDGTPGGPGIRGMPGSPGGPGNDGKPGPPGSQGESG RPGPPGPSGPRGQPGVMGFPGPKGNDGAPGKNGERGGPGGPGLPGPAGKNGETGPQGPPGPTGAPGDKGD AGPPGPQGLQGIPGTSGPPGENGKPGEPGPKGEAGAPGVPGGKGDSGAPGERGPPGTAGTPGLRGGAGPP GPEGGKGPAGPPGPPGTSGPPGLQGMPGERGGPGSPGPKGEKGEPGGAGADGVPGKDGPRGPAGPIGPPG PAGQPGDKGEGGAPGLPGIAGPRGGPGERGEHGPPGPAGFPGAPGQNGEPGAKGERGAPGEKGEGGPPGA AGPPGGSGPAGPPGPQGVKGERGSPGGPGAAGFPGGRGLPGPPGNNGNPGPPGPSGAPGKDGPPGPAGNS GSPGNPGVAGPKGDAGQPGEKGPPGAQGPPGSPGPLGIAGLTGARGLAGPPGMPGPRGSPGPQGIKGESG KPGASGHNGERGPPGPQGLPGQPGTAGEPGRDGNPGSDGQPGRDGSPGGKGDRGENGSPGAPGAPGHPGP PGPVGPSGKNGDRGETGPAGPSGAPGPAGARGAPGPQGPRGDKGETGERGSNGIKGHRGFPGNPGPPGSP GAAGHQGAVGSPGPAGPRGPVGPHGPPGKDGSSGHPGPIGPPGPRGNRGERGSEGSPGHPGQPGPPGPPG APGPCCGGGAAIAGVGGEKSGGFSPYYGDDPMDFKINTEEIMSSLKSVNGQIESLISPDGSRKNPARNCR DLKFCHPELKSGEYWVDPNQGCKMDAIKVFCNMETGETCINASPMTVPRKHWWTDAGAEKKHVWFGESMN GGFQFSYGNPDLPEDVLDVQLAFLRLLSSRASQNITYHCKNSIAYMDQANGNVKKSLKLMGSNEGEFKAE GNSKFTYTVLEDGCTKHTGEWSKTVFEYQTRKAMRLPIIDIAPYDIGGPDQEFGVDIGPVCFL ; 'Procollagen, type III, alpha 1' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 1463 1 1463 2 2 1 1463 1 1463 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . CO3A1_RAT P13941 . 1 1463 10116 'Rattus norvegicus (Rat)' 2005-12-06 63C218CD2BCA47B6 1 UNP . A6INT2_RAT A6INT2 . 1 1463 10116 'Rattus norvegicus (Rat)' 2023-06-28 63C218CD2BCA47B6 # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no A ;MMSFVQCGTWFLLTLLHPSLILAQQSNVDELGCNYLGQSYESRDVWKPEPCQICVCDSGSVLCDDIMCDD EPLDCPNPEIPFGECCAICPQPSTPAPVIPDGNRPQGPKGDPGPPGIPGRNGDPGLPGQPGLPGPPGSPG ICESCPTGGQNYSPQFDSYDVKSGVGGMGGYPGPAGPPGPPGPPGSSGHPGSPGSPGYQGPPGEPGQAGP AGPPGPPGAIGPSGPAGKDGESGRPGRPGERGLPGPPGIKGPAGIPGFPGMKGHRGFDGRNGEKGETGAP GLKGENGLPGDNGAPGPMGPRGAPGERGRPGLPGAAGARGNDGARGSDGQPGPPGPPGTAGFPGSPGAKG EVGPAGSPGSNGSPGQRGEPGPQGHAGAQGPPGPPGNNGSPGGKGEMGPAGIPGAPGLLGARGPPGPAGA NGAPGQRGPSGEPGKNGAKGEPGARGERGEAGSPGIPGPKGEDGKDGSPGEPGANGVPGNPGERGAPGFR GPAGPNGAPGEKGPAGERGGPGPAGPRGVAGEPGRDGTPGGPGIRGMPGSPGGPGNDGKPGPPGSQGESG RPGPPGPSGPRGQPGVMGFPGPKGNDGAPGKNGERGGPGGPGLPGPAGKNGETGPQGPPGPTGAPGDKGD 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ICESCPTGGQNYSPQFDSYDVKSGVGGMGGYPGPAGPPGPPGPPGSSGHPGSPGSPGYQGPPGEPGQAGP AGPPGPPGAIGPSGPAGKDGESGRPGRPGERGLPGPPGIKGPAGIPGFPGMKGHRGFDGRNGEKGETGAP GLKGENGLPGDNGAPGPMGPRGAPGERGRPGLPGAAGARGNDGARGSDGQPGPPGPPGTAGFPGSPGAKG EVGPAGSPGSNGSPGQRGEPGPQGHAGAQGPPGPPGNNGSPGGKGEMGPAGIPGAPGLLGARGPPGPAGA NGAPGQRGPSGEPGKNGAKGEPGARGERGEAGSPGIPGPKGEDGKDGSPGEPGANGVPGNPGERGAPGFR GPAGPNGAPGEKGPAGERGGPGPAGPRGVAGEPGRDGTPGGPGIRGMPGSPGGPGNDGKPGPPGSQGESG RPGPPGPSGPRGQPGVMGFPGPKGNDGAPGKNGERGGPGGPGLPGPAGKNGETGPQGPPGPTGAPGDKGD AGPPGPQGLQGIPGTSGPPGENGKPGEPGPKGEAGAPGVPGGKGDSGAPGERGPPGTAGTPGLRGGAGPP GPEGGKGPAGPPGPPGTSGPPGLQGMPGERGGPGSPGPKGEKGEPGGAGADGVPGKDGPRGPAGPIGPPG PAGQPGDKGEGGAPGLPGIAGPRGGPGERGEHGPPGPAGFPGAPGQNGEPGAKGERGAPGEKGEGGPPGA AGPPGGSGPAGPPGPQGVKGERGSPGGPGAAGFPGGRGLPGPPGNNGNPGPPGPSGAPGKDGPPGPAGNS GSPGNPGVAGPKGDAGQPGEKGPPGAQGPPGSPGPLGIAGLTGARGLAGPPGMPGPRGSPGPQGIKGESG KPGASGHNGERGPPGPQGLPGQPGTAGEPGRDGNPGSDGQPGRDGSPGGKGDRGENGSPGAPGAPGHPGP PGPVGPSGKNGDRGETGPAGPSGAPGPAGARGAPGPQGPRGDKGETGERGSNGIKGHRGFPGNPGPPGSP 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# loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A A 1 1 A # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;GSMAQEAGSCVQDGQRYNDKDVWKPEPCRICVCDTGTVLCDDIICEDVKDCLSPEIPFGECCPICPTDLA TASG ; ;GSMAQEAGSCVQDGQRYNDKDVWKPEPCRICVCDTGTVLCDDIICEDVKDCLSPEIPFGECCPICPTDLA TASG ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 6 71 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 5nir 2024-11-06 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 1463 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 1463 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 8.7e-10 60.606 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MMSFVQCGTWFLLTLLHPSLILAQQSNVDELGCNYLGQSYESRDVWKPEPCQICVCDSGSVLCDDIMCDDEPLDCPNPEIPFGECCAICPQPSTPAPVIPDGNRPQGPKGDPGPPGIPGRNGDPGLPGQPGLPGPPGSPGICESCPTGGQNYSPQFDSYDVKSGVGGMGGYPGPAGPPGPPGPPGSSGHPGSPGSPGYQGPPGEPGQAGPAGPPGPPGAIGPSGPAGKDGESGRPGRPGERGLPGPPGIKGPAGIPGFPGMKGHRGFDGRNGEKGETGAPGLKGENGLPGDNGAPGPMGPRGAPGERGRPGLPGAAGARGNDGARGSDGQPGPPGPPGTAGFPGSPGAKGEVGPAGSPGSNGSPGQRGEPGPQGHAGAQGPPGPPGNNGSPGGKGEMGPAGIPGAPGLLGARGPPGPAGANGAPGQRGPSGEPGKNGAKGEPGARGERGEAGSPGIPGPKGEDGKDGSPGEPGANGVPGNPGERGAPGFRGPAGPNGAPGEKGPAGERGGPGPAGPRGVAGEPGRDGTPGGPGIRGMPGSPGGPGNDGKPGPPGSQGESGRPGPPGPSGPRGQPGVMGFPGPKGNDGAPGKNGERGGPGGPGLPGPAGKNGETGPQGPPGPTGAPGDKGDAGPPGPQGLQGIPGTSGPPGENGKPGEPGPKGEAGAPGVPGGKGDSGAPGERGPPGTAGTPGLRGGAGPPGPEGGKGPAGPPGPPGTSGPPGLQGMPGERGGPGSPGPKGEKGEPGGAGADGVPGKDGPRGPAGPIGPPGPAGQPGDKGEGGAPGLPGIAGPRGGPGERGEHGPPGPAGFPGAPGQNGEPGAKGERGAPGEKGEGGPPGAAGPPGGSGPAGPPGPQGVKGERGSPGGPGAAGFPGGRGLPGPPGNNGNPGPPGPSGAPGKDGPPGPAGNSGSPGNPGVAGPKGDAGQPGEKGPPGAQGPPGSPGPLGIAGLTGARGLAGPPGMPGPRGSPGPQGIKGESGKPGASGHNGERGPPGPQGLPGQPGTAGEPGRDGNPGSDGQPGRDGSPGGKGDRGENGSPGAPGAPGHPGPPGPVGPSGKNGDRGETGPAGPSGAPGPAGARGAPGPQGPRGDKGETGERGSNGIKGHRGFPGNPGPPGSPGAAGHQGAVGSPGPAGPRGPVGPHGPPGKDGSSGHPGPIGPPGPRGNRGERGSEGSPGHPGQPGPPGPPGAPGPCCGGGAAIAGVGGEKSGGFSPYYGDDPMDFKINTEEIMSSLKSVNGQIESLISPDGSRKNPARNCRDLKFCHPELKSGEYWVDPNQGCKMDAIKVFCNMETGETCINASPMTVPRKHWWTDAGAEKKHVWFGESMNGGFQFSYGNPDLPEDVLDVQLAFLRLLSSRASQNITYHCKNSIAYMDQANGNVKKSLKLMGSNEGEFKAEGNSKFTYTVLEDGCTKHTGEWSKTVFEYQTRKAMRLPIIDIAPYDIGGPDQEFGVDIGPVCFL 2 1 2 ----------------------------EAGSCVQDGQRYNDKDVWKPEPCRICVCDTGTVLCDDIICED-VKDCLSPEIPFGECCPICPTDLAT------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB & AlphaFold DB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 5nir.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 4' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . ASP 29 29 ? A -5.171 2.896 7.185 1 1 A ASP 0.450 1 ATOM 2 C CA . ASP 29 29 ? A -6.495 3.601 7.037 1 1 A ASP 0.450 1 ATOM 3 C C . ASP 29 29 ? A -6.381 5.067 6.852 1 1 A ASP 0.450 1 ATOM 4 O O . ASP 29 29 ? A -5.310 5.636 7.058 1 1 A ASP 0.450 1 ATOM 5 C CB . ASP 29 29 ? A -7.360 3.231 8.260 1 1 A ASP 0.450 1 ATOM 6 C CG . ASP 29 29 ? A -7.619 1.727 8.118 1 1 A ASP 0.450 1 ATOM 7 O OD1 . ASP 29 29 ? A -7.020 1.134 7.187 1 1 A ASP 0.450 1 ATOM 8 O OD2 . ASP 29 29 ? A -8.338 1.179 8.960 1 1 A ASP 0.450 1 ATOM 9 N N . GLU 30 30 ? A -7.489 5.712 6.431 1 1 A GLU 0.450 1 ATOM 10 C CA . GLU 30 30 ? A -7.561 7.146 6.301 1 1 A GLU 0.450 1 ATOM 11 C C . GLU 30 30 ? A -7.272 7.798 7.657 1 1 A GLU 0.450 1 ATOM 12 O O . GLU 30 30 ? A -7.749 7.348 8.692 1 1 A GLU 0.450 1 ATOM 13 C CB . GLU 30 30 ? A -8.946 7.536 5.727 1 1 A GLU 0.450 1 ATOM 14 C CG . GLU 30 30 ? A -9.127 9.024 5.337 1 1 A GLU 0.450 1 ATOM 15 C CD . GLU 30 30 ? A -10.512 9.354 4.770 1 1 A GLU 0.450 1 ATOM 16 O OE1 . GLU 30 30 ? A -10.741 10.563 4.513 1 1 A GLU 0.450 1 ATOM 17 O OE2 . GLU 30 30 ? A -11.327 8.416 4.588 1 1 A GLU 0.450 1 ATOM 18 N N . LEU 31 31 ? A -6.365 8.798 7.661 1 1 A LEU 0.570 1 ATOM 19 C CA . LEU 31 31 ? A -5.990 9.606 8.813 1 1 A LEU 0.570 1 ATOM 20 C C . LEU 31 31 ? A -5.061 8.913 9.809 1 1 A LEU 0.570 1 ATOM 21 O O . LEU 31 31 ? A -4.734 9.472 10.854 1 1 A LEU 0.570 1 ATOM 22 C CB . LEU 31 31 ? A -7.212 10.211 9.558 1 1 A LEU 0.570 1 ATOM 23 C CG . LEU 31 31 ? A -8.228 11.001 8.724 1 1 A LEU 0.570 1 ATOM 24 C CD1 . LEU 31 31 ? A -9.477 11.318 9.571 1 1 A LEU 0.570 1 ATOM 25 C CD2 . LEU 31 31 ? A -7.638 12.226 8.006 1 1 A LEU 0.570 1 ATOM 26 N N . GLY 32 32 ? A -4.586 7.684 9.505 1 1 A GLY 0.650 1 ATOM 27 C CA . GLY 32 32 ? A -3.650 6.960 10.361 1 1 A GLY 0.650 1 ATOM 28 C C . GLY 32 32 ? A -2.271 7.555 10.418 1 1 A GLY 0.650 1 ATOM 29 O O . GLY 32 32 ? A -1.810 8.211 9.487 1 1 A GLY 0.650 1 ATOM 30 N N . CYS 33 33 ? A -1.556 7.299 11.520 1 1 A CYS 0.710 1 ATOM 31 C CA . CYS 33 33 ? A -0.273 7.916 11.788 1 1 A CYS 0.710 1 ATOM 32 C C . CYS 33 33 ? A 0.783 6.850 11.846 1 1 A CYS 0.710 1 ATOM 33 O O . CYS 33 33 ? A 0.491 5.724 12.226 1 1 A CYS 0.710 1 ATOM 34 C CB . CYS 33 33 ? A -0.221 8.631 13.156 1 1 A CYS 0.710 1 ATOM 35 S SG . CYS 33 33 ? A -1.424 9.972 13.309 1 1 A CYS 0.710 1 ATOM 36 N N . ASN 34 34 ? A 2.048 7.175 11.510 1 1 A ASN 0.660 1 ATOM 37 C CA . ASN 34 34 ? A 3.130 6.216 11.618 1 1 A ASN 0.660 1 ATOM 38 C C . ASN 34 34 ? A 4.190 6.770 12.553 1 1 A ASN 0.660 1 ATOM 39 O O . ASN 34 34 ? A 4.650 7.894 12.371 1 1 A ASN 0.660 1 ATOM 40 C CB . ASN 34 34 ? A 3.788 5.921 10.249 1 1 A ASN 0.660 1 ATOM 41 C CG . ASN 34 34 ? A 2.807 5.186 9.346 1 1 A ASN 0.660 1 ATOM 42 O OD1 . ASN 34 34 ? A 2.631 3.972 9.468 1 1 A ASN 0.660 1 ATOM 43 N ND2 . ASN 34 34 ? A 2.165 5.896 8.392 1 1 A ASN 0.660 1 ATOM 44 N N . TYR 35 35 ? A 4.609 6.006 13.580 1 1 A TYR 0.560 1 ATOM 45 C CA . TYR 35 35 ? A 5.656 6.436 14.489 1 1 A TYR 0.560 1 ATOM 46 C C . TYR 35 35 ? A 6.443 5.203 14.908 1 1 A TYR 0.560 1 ATOM 47 O O . TYR 35 35 ? A 5.862 4.184 15.261 1 1 A TYR 0.560 1 ATOM 48 C CB . TYR 35 35 ? A 5.048 7.185 15.711 1 1 A TYR 0.560 1 ATOM 49 C CG . TYR 35 35 ? A 6.059 7.695 16.702 1 1 A TYR 0.560 1 ATOM 50 C CD1 . TYR 35 35 ? A 6.248 7.044 17.932 1 1 A TYR 0.560 1 ATOM 51 C CD2 . TYR 35 35 ? A 6.812 8.844 16.420 1 1 A TYR 0.560 1 ATOM 52 C CE1 . TYR 35 35 ? A 7.188 7.525 18.854 1 1 A TYR 0.560 1 ATOM 53 C CE2 . TYR 35 35 ? A 7.766 9.315 17.334 1 1 A TYR 0.560 1 ATOM 54 C CZ . TYR 35 35 ? A 7.968 8.639 18.542 1 1 A TYR 0.560 1 ATOM 55 O OH . TYR 35 35 ? A 8.985 9.037 19.429 1 1 A TYR 0.560 1 ATOM 56 N N . LEU 36 36 ? A 7.797 5.256 14.823 1 1 A LEU 0.490 1 ATOM 57 C CA . LEU 36 36 ? A 8.715 4.178 15.196 1 1 A LEU 0.490 1 ATOM 58 C C . LEU 36 36 ? A 8.387 2.796 14.634 1 1 A LEU 0.490 1 ATOM 59 O O . LEU 36 36 ? A 8.482 1.771 15.302 1 1 A LEU 0.490 1 ATOM 60 C CB . LEU 36 36 ? A 8.982 4.124 16.718 1 1 A LEU 0.490 1 ATOM 61 C CG . LEU 36 36 ? 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A 5.196 -0.078 18.738 1 1 A GLN 0.570 1 ATOM 77 N N . SER 39 39 ? A 1.927 1.715 13.071 1 1 A SER 0.650 1 ATOM 78 C CA . SER 39 39 ? A 0.822 2.473 12.511 1 1 A SER 0.650 1 ATOM 79 C C . SER 39 39 ? A -0.255 2.513 13.564 1 1 A SER 0.650 1 ATOM 80 O O . SER 39 39 ? A -0.555 1.500 14.189 1 1 A SER 0.650 1 ATOM 81 C CB . SER 39 39 ? A 0.225 1.850 11.217 1 1 A SER 0.650 1 ATOM 82 O OG . SER 39 39 ? A -0.861 2.613 10.676 1 1 A SER 0.650 1 ATOM 83 N N . TYR 40 40 ? A -0.819 3.710 13.779 1 1 A TYR 0.620 1 ATOM 84 C CA . TYR 40 40 ? A -1.831 3.995 14.772 1 1 A TYR 0.620 1 ATOM 85 C C . TYR 40 40 ? A -3.040 4.483 14.010 1 1 A TYR 0.620 1 ATOM 86 O O . TYR 40 40 ? A -2.917 5.279 13.075 1 1 A TYR 0.620 1 ATOM 87 C CB . TYR 40 40 ? A -1.405 5.106 15.775 1 1 A TYR 0.620 1 ATOM 88 C CG . TYR 40 40 ? A -0.151 4.717 16.496 1 1 A TYR 0.620 1 ATOM 89 C CD1 . TYR 40 40 ? A 1.109 5.004 15.946 1 1 A TYR 0.620 1 ATOM 90 C CD2 . TYR 40 40 ? A -0.222 4.026 17.713 1 1 A TYR 0.620 1 ATOM 91 C CE1 . TYR 40 40 ? 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A 0.426 10.761 22.353 1 1 A CYS 0.780 1 ATOM 207 C C . CYS 54 54 ? A -0.970 10.545 21.824 1 1 A CYS 0.780 1 ATOM 208 O O . CYS 54 54 ? A -1.691 9.671 22.297 1 1 A CYS 0.780 1 ATOM 209 C CB . CYS 54 54 ? A 1.354 9.856 21.523 1 1 A CYS 0.780 1 ATOM 210 S SG . CYS 54 54 ? A 3.106 10.039 21.957 1 1 A CYS 0.780 1 ATOM 211 N N . VAL 55 55 ? A -1.364 11.332 20.806 1 1 A VAL 0.760 1 ATOM 212 C CA . VAL 55 55 ? A -2.585 11.150 20.052 1 1 A VAL 0.760 1 ATOM 213 C C . VAL 55 55 ? A -2.258 11.173 18.569 1 1 A VAL 0.760 1 ATOM 214 O O . VAL 55 55 ? A -1.353 11.881 18.126 1 1 A VAL 0.760 1 ATOM 215 C CB . VAL 55 55 ? A -3.659 12.190 20.400 1 1 A VAL 0.760 1 ATOM 216 C CG1 . VAL 55 55 ? A -3.239 13.624 20.015 1 1 A VAL 0.760 1 ATOM 217 C CG2 . VAL 55 55 ? A -5.027 11.835 19.778 1 1 A VAL 0.760 1 ATOM 218 N N . CYS 56 56 ? A -2.975 10.374 17.752 1 1 A CYS 0.730 1 ATOM 219 C CA . CYS 56 56 ? A -2.907 10.446 16.304 1 1 A CYS 0.730 1 ATOM 220 C C . CYS 56 56 ? 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It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. 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All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #