data_SMR-23421d290157d0a8dcb5d35c5e8f87be_2 _entry.id SMR-23421d290157d0a8dcb5d35c5e8f87be_2 _struct.entry_id SMR-23421d290157d0a8dcb5d35c5e8f87be_2 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - P08121/ CO3A1_MOUSE, Collagen alpha-1(III) chain - Q3TVI5/ Q3TVI5_MOUSE, Collagen alpha-1(III) chain Estimated model accuracy of this model is 0.033, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries P08121, Q3TVI5' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-12.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 5 . 2 2 1 . 3 2 2 . 4 2 4 . 5 2 5 . 6 2 6 . 7 3 1 . 8 3 4 . 9 4 1 . 10 4 2 . 11 4 4 . 12 5 3 . 13 6 1 . 14 6 3 . 15 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 165438.690 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP CO3A1_MOUSE P08121 1 ;MMSFVQSGTWFLLTLLHPTLILAQQSNVDELGCSHLGQSYESRDVWKPEPCQICVCDSGSVLCDDIICDE EPLDCPNPEIPFGECCAICPQPSTPAPVLPDGHGPQGPKGDPGPPGIPGRNGDPGLPGQPGLPGPPGSPG ICESCPTGGQNYSPQFDSYDVKSGVGGMGGYPGPAGPPGPPGPPGSSGHPGSPGSPGYQGPPGEPGQAGP AGPPGPPGALGPAGPAGKDGESGRPGRPGERGLPGPPGIKGPAGMPGFPGMKGHRGFDGRNGEKGETGAP GLKGENGLPGDNGAPGPMGPRGAPGERGRPGLPGAAGARGNDGARGSDGQPGPPGPPGTAGFPGSPGAKG EVGPAGSPGSNGSPGQRGEPGPQGHAGAQGPPGPPGNNGSPGGKGEMGPAGIPGAPGLIGARGPPGPAGT NGIPGTRGPSGEPGKNGAKGEPGARGERGEAGSPGIPGPKGEDGKDGSPGEPGANGLPGAAGERGPSGFR GPAGPNGIPGEKGPPGERGGPGPAGPRGVAGEPGRDGTPGGPGIRGMPGSPGGPGNDGKPGPPGSQGESG RPGPPGPSGPRGQPGVMGFPGPKGNDGAPGKNGERGGPGGPGLPGPAGKNGETGPQGPPGPTGPAGDKGD SGPPGPQGLQGIPGTGGPPGENGKPGEPGPKGEVGAPGAPGGKGDSGAPGERGPPGTAGIPGARGGAGPP GPEGGKGPAGPPGPPGASGSPGLQGMPGERGGPGSPGPKGEKGEPGGAGADGVPGKDGPRGPAGPIGPPG PAGQPGDKGEGGSPGLPGIAGPRGGPGERGEHGPPGPAGFPGAPGQNGEPGAKGERGAPGEKGEGGPPGP AGPTGSSGPAGPPGPQGVKGERGSPGGPGTAGFPGGRGLPGPPGNNGNPGPPGPSGAPGKDGPPGPAGNS GSPGNPGIAGPKGDAGQPGEKGPPGAQGPPGSPGPLGIAGLTGARGLAGPPGMPGPRGSPGPQGIKGESG KPGASGHNGERGPPGPQGLPGQPGTAGEPGRDGNPGSDGQPGRDGSPGGKGDRGENGSPGAPGAPGHPGP PGPVGPSGKSGDRGETGPAGPSGAPGPAGARGAPGPQGPRGDKGETGERGSNGIKGHRGFPGNPGPPGSP GAAGHQGAIGSPGPAGPRGPVGPHGPPGKDGTSGHPGPIGPPGPRGNRGERGSEGSPGHPGQPGPPGPPG APGPCCGGGAAAIAGVGGEKSGGFSPYYGDDPMDFKINTEEIMSSLKSVNGQIESLISPDGSRKNPARNC RDLKFCHPELKSGEYWVDPNQGCKMDAIKVFCNMETGETCINASPMTVPRKHWWTDSGAEKKHVWFGESM NGGFQFSYGPPDLPEDVVDVQLAFLRLLSSRASQNITYHCKNSIAYMDQASGNVKKSLKLMGSNEGEFKA EGNSKFTYTVLEDGCTKHTGEWSKTVFEYQTRKAMRLPIIDIAPYDIGGPDQEFGVDIGPVCFL ; 'Collagen alpha-1(III) chain' 2 1 UNP Q3TVI5_MOUSE Q3TVI5 1 ;MMSFVQSGTWFLLTLLHPTLILAQQSNVDELGCSHLGQSYESRDVWKPEPCQICVCDSGSVLCDDIICDE EPLDCPNPEIPFGECCAICPQPSTPAPVLPDGHGPQGPKGDPGPPGIPGRNGDPGLPGQPGLPGPPGSPG ICESCPTGGQNYSPQFDSYDVKSGVGGMGGYPGPAGPPGPPGPPGSSGHPGSPGSPGYQGPPGEPGQAGP AGPPGPPGALGPAGPAGKDGESGRPGRPGERGLPGPPGIKGPAGMPGFPGMKGHRGFDGRNGEKGETGAP GLKGENGLPGDNGAPGPMGPRGAPGERGRPGLPGAAGARGNDGARGSDGQPGPPGPPGTAGFPGSPGAKG EVGPAGSPGSNGSPGQRGEPGPQGHAGAQGPPGPPGNNGSPGGKGEMGPAGIPGAPGLIGARGPPGPAGT NGIPGTRGPSGEPGKNGAKGEPGARGERGEAGSPGIPGPKGEDGKDGSPGEPGANGLPGAAGERGPSGFR GPAGPNGIPGEKGPPGERGGPGPAGPRGVAGEPGRDGTPGGPGIRGMPGSPGGPGNDGKPGPPGSQGESG RPGPPGPSGPRGQPGVMGFPGPKGNDGAPGKNGERGGPGGPGLPGPAGKNGETGPQGPPGPTGPAGDKGD SGPPGPQGLQGIPGTGGPPGENGKPGEPGPKGEVGAPGAPGGKGDSGAPGERGPPGTAGIPGARGGAGPP GPEGGKGPAGPPGPPGASGSPGLQGMPGERGGPGSPGPKGEKGEPGGAGADGVPGKDGPRGPAGPIGPPG PAGQPGDKGEGGSPGLPGIAGPRGGPGERGEHGPPGPAGFPGAPGQNGEPGAKGERGAPGEKGEGGPPGP AGPTGSSGPAGPPGPQGVKGERGSPGGPGTAGFPGGRGLPGPPGNNGNPGPPGPSGAPGKDGPPGPAGNS GSPGNPGIAGPKGDAGQPGEKGPPGAQGPPGSPGPLGIAGLTGARGLAGPPGMPGPRGSPGPQGIKGESG KPGASGHNGERGPPGPQGLPGQPGTAGEPGRDGNPGSDGQPGRDGSPGGKGDRGENGSPGAPGAPGHPGP PGPVGPSGKSGDRGETGPAGPSGAPGPAGARGAPGPQGPRGDKGETGERGSNGIKGHRGFPGNPGPPGSP GAAGHQGAIGSPGPAGPRGPVGPHGPPGKDGTSGHPGPIGPPGPRGNRGERGSEGSPGHPGQPGPPGPPG APGPCCGGGAAAIAGVGGEKSGGFSPYYGDDPMDFKINTEEIMSSLKSVNGQIESLISPDGSRKNPARNC RDLKFCHPELKSGEYWVDPNQGCKMDAIKVFCNMETGETCINASPMTVPRKHWWTDSGAEKKHVWFGESM NGGFQFSYGPPDLPEDVVDVQLAFLRLLSSRASQNITYHCKNSIAYMDQASGNVKKSLKLMGSNEGEFKA EGNSKFTYTVLEDGCTKHTGEWSKTVFEYQTRKAMRLPIIDIAPYDIGGPDQEFGVDIGPVCFL ; 'Collagen alpha-1(III) chain' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 1464 1 1464 2 2 1 1464 1 1464 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . CO3A1_MOUSE P08121 . 1 1464 10090 'Mus musculus (Mouse)' 1999-07-15 2104EC27A886090B 1 UNP . Q3TVI5_MOUSE Q3TVI5 . 1 1464 10090 'Mus musculus (Mouse)' 2005-10-11 2104EC27A886090B # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no A ;MMSFVQSGTWFLLTLLHPTLILAQQSNVDELGCSHLGQSYESRDVWKPEPCQICVCDSGSVLCDDIICDE EPLDCPNPEIPFGECCAICPQPSTPAPVLPDGHGPQGPKGDPGPPGIPGRNGDPGLPGQPGLPGPPGSPG ICESCPTGGQNYSPQFDSYDVKSGVGGMGGYPGPAGPPGPPGPPGSSGHPGSPGSPGYQGPPGEPGQAGP AGPPGPPGALGPAGPAGKDGESGRPGRPGERGLPGPPGIKGPAGMPGFPGMKGHRGFDGRNGEKGETGAP GLKGENGLPGDNGAPGPMGPRGAPGERGRPGLPGAAGARGNDGARGSDGQPGPPGPPGTAGFPGSPGAKG EVGPAGSPGSNGSPGQRGEPGPQGHAGAQGPPGPPGNNGSPGGKGEMGPAGIPGAPGLIGARGPPGPAGT NGIPGTRGPSGEPGKNGAKGEPGARGERGEAGSPGIPGPKGEDGKDGSPGEPGANGLPGAAGERGPSGFR GPAGPNGIPGEKGPPGERGGPGPAGPRGVAGEPGRDGTPGGPGIRGMPGSPGGPGNDGKPGPPGSQGESG RPGPPGPSGPRGQPGVMGFPGPKGNDGAPGKNGERGGPGGPGLPGPAGKNGETGPQGPPGPTGPAGDKGD 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A . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'alpha 1 type II collagen isoform 1 {PDB ID=1u5m, label_asym_id=A, auth_asym_id=A, SMTL ID=1u5m.1.A}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by BLAST to 1u5m, label_asym_id=A' 'target-template alignment' . 4 'model 2' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'AlphaFold DB' 'reference database' . 8 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 1 7 5 2 8 6 3 2 7 3 1 8 3 3 9 4 1 10 4 3 11 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-12-11 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-12-06 7 'AlphaFold DB' https://alphafold.ebi.ac.uk v4 . # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A A 1 1 A # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;YVEFQEAGSCVQDGQRYNDKDVWKPEPCRICVCDTGTVLCDDIICEDVKDCLSPEIPFGECCPICPADLA AAA ; ;YVEFQEAGSCVQDGQRYNDKDVWKPEPCRICVCDTGTVLCDDIICEDVKDCLSPEIPFGECCPICPADLA AAA ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 9 66 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 1u5m 2024-11-06 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 1464 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 1464 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'BLAST e-value' . 3.47e-19 70.690 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MMSFVQSGTWFLLTLLHPTLILAQQSNVDELGCSHLGQSYESRDVWKPEPCQICVCDSGSVLCDDIICDEEPLDCPNPEIPFGECCAICPQPSTPAPVLPDGHGPQGPKGDPGPPGIPGRNGDPGLPGQPGLPGPPGSPGICESCPTGGQNYSPQFDSYDVKSGVGGMGGYPGPAGPPGPPGPPGSSGHPGSPGSPGYQGPPGEPGQAGPAGPPGPPGALGPAGPAGKDGESGRPGRPGERGLPGPPGIKGPAGMPGFPGMKGHRGFDGRNGEKGETGAPGLKGENGLPGDNGAPGPMGPRGAPGERGRPGLPGAAGARGNDGARGSDGQPGPPGPPGTAGFPGSPGAKGEVGPAGSPGSNGSPGQRGEPGPQGHAGAQGPPGPPGNNGSPGGKGEMGPAGIPGAPGLIGARGPPGPAGTNGIPGTRGPSGEPGKNGAKGEPGARGERGEAGSPGIPGPKGEDGKDGSPGEPGANGLPGAAGERGPSGFRGPAGPNGIPGEKGPPGERGGPGPAGPRGVAGEPGRDGTPGGPGIRGMPGSPGGPGNDGKPGPPGSQGESGRPGPPGPSGPRGQPGVMGFPGPKGNDGAPGKNGERGGPGGPGLPGPAGKNGETGPQGPPGPTGPAGDKGDSGPPGPQGLQGIPGTGGPPGENGKPGEPGPKGEVGAPGAPGGKGDSGAPGERGPPGTAGIPGARGGAGPPGPEGGKGPAGPPGPPGASGSPGLQGMPGERGGPGSPGPKGEKGEPGGAGADGVPGKDGPRGPAGPIGPPGPAGQPGDKGEGGSPGLPGIAGPRGGPGERGEHGPPGPAGFPGAPGQNGEPGAKGERGAPGEKGEGGPPGPAGPTGSSGPAGPPGPQGVKGERGSPGGPGTAGFPGGRGLPGPPGNNGNPGPPGPSGAPGKDGPPGPAGNSGSPGNPGIAGPKGDAGQPGEKGPPGAQGPPGSPGPLGIAGLTGARGLAGPPGMPGPRGSPGPQGIKGESGKPGASGHNGERGPPGPQGLPGQPGTAGEPGRDGNPGSDGQPGRDGSPGGKGDRGENGSPGAPGAPGHPGPPGPVGPSGKSGDRGETGPAGPSGAPGPAGARGAPGPQGPRGDKGETGERGSNGIKGHRGFPGNPGPPGSPGAAGHQGAIGSPGPAGPRGPVGPHGPPGKDGTSGHPGPIGPPGPRGNRGERGSEGSPGHPGQPGPPGPPGAPGPCCGGGAAAIAGVGGEKSGGFSPYYGDDPMDFKINTEEIMSSLKSVNGQIESLISPDGSRKNPARNCRDLKFCHPELKSGEYWVDPNQGCKMDAIKVFCNMETGETCINASPMTVPRKHWWTDSGAEKKHVWFGESMNGGFQFSYGPPDLPEDVVDVQLAFLRLLSSRASQNITYHCKNSIAYMDQASGNVKKSLKLMGSNEGEFKAEGNSKFTYTVLEDGCTKHTGEWSKTVFEYQTRKAMRLPIIDIAPYDIGGPDQEFGVDIGPVCFL 2 1 2 -------------------------------SCVQDGQRYNDKDVWKPEPCRICVCDTGTVLCDDIIC-EDVKDCLSPEIPFGECCPICP------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB & AlphaFold DB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 1u5m.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 2' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . GLY 32 32 ? A 2.066 18.994 -4.086 1 1 A GLY 0.530 1 ATOM 2 C CA . GLY 32 32 ? A 3.406 18.347 -3.854 1 1 A GLY 0.530 1 ATOM 3 C C . GLY 32 32 ? A 3.393 17.645 -2.525 1 1 A GLY 0.530 1 ATOM 4 O O . GLY 32 32 ? A 2.769 18.138 -1.593 1 1 A GLY 0.530 1 ATOM 5 N N . CYS 33 33 ? A 4.072 16.497 -2.403 1 1 A CYS 0.530 1 ATOM 6 C CA . CYS 33 33 ? A 4.152 15.743 -1.167 1 1 A CYS 0.530 1 ATOM 7 C C . CYS 33 33 ? A 5.594 15.743 -0.734 1 1 A CYS 0.530 1 ATOM 8 O O . CYS 33 33 ? A 6.490 15.570 -1.554 1 1 A CYS 0.530 1 ATOM 9 C CB . CYS 33 33 ? A 3.716 14.275 -1.354 1 1 A CYS 0.530 1 ATOM 10 S SG . CYS 33 33 ? A 1.908 14.096 -1.306 1 1 A CYS 0.530 1 ATOM 11 N N . SER 34 34 ? A 5.839 15.947 0.574 1 1 A SER 0.590 1 ATOM 12 C CA . SER 34 34 ? A 7.175 15.946 1.143 1 1 A SER 0.590 1 ATOM 13 C C . SER 34 34 ? A 7.391 14.588 1.769 1 1 A SER 0.590 1 ATOM 14 O O . SER 34 34 ? A 6.800 14.267 2.797 1 1 A SER 0.590 1 ATOM 15 C CB . SER 34 34 ? A 7.357 17.033 2.241 1 1 A SER 0.590 1 ATOM 16 O OG . SER 34 34 ? A 8.687 17.068 2.773 1 1 A SER 0.590 1 ATOM 17 N N . HIS 35 35 ? A 8.239 13.750 1.145 1 1 A HIS 0.530 1 ATOM 18 C CA . HIS 35 35 ? A 8.590 12.441 1.647 1 1 A HIS 0.530 1 ATOM 19 C C . HIS 35 35 ? A 10.078 12.493 1.939 1 1 A HIS 0.530 1 ATOM 20 O O . HIS 35 35 ? A 10.879 12.562 1.015 1 1 A HIS 0.530 1 ATOM 21 C CB . HIS 35 35 ? A 8.311 11.368 0.566 1 1 A HIS 0.530 1 ATOM 22 C CG . HIS 35 35 ? A 8.612 9.970 0.994 1 1 A HIS 0.530 1 ATOM 23 N ND1 . HIS 35 35 ? A 7.799 9.380 1.938 1 1 A HIS 0.530 1 ATOM 24 C CD2 . HIS 35 35 ? A 9.640 9.142 0.668 1 1 A HIS 0.530 1 ATOM 25 C CE1 . HIS 35 35 ? A 8.345 8.207 2.177 1 1 A HIS 0.530 1 ATOM 26 N NE2 . HIS 35 35 ? A 9.459 8.010 1.433 1 1 A HIS 0.530 1 ATOM 27 N N . LEU 36 36 ? A 10.493 12.533 3.227 1 1 A LEU 0.550 1 ATOM 28 C CA . LEU 36 36 ? A 11.895 12.585 3.655 1 1 A LEU 0.550 1 ATOM 29 C C . LEU 36 36 ? A 12.623 13.893 3.309 1 1 A LEU 0.550 1 ATOM 30 O O . LEU 36 36 ? A 13.834 14.021 3.476 1 1 A LEU 0.550 1 ATOM 31 C CB . LEU 36 36 ? A 12.730 11.353 3.208 1 1 A LEU 0.550 1 ATOM 32 C CG . LEU 36 36 ? A 12.107 9.975 3.513 1 1 A LEU 0.550 1 ATOM 33 C CD1 . LEU 36 36 ? A 12.919 8.873 2.815 1 1 A LEU 0.550 1 ATOM 34 C CD2 . LEU 36 36 ? A 11.984 9.708 5.021 1 1 A LEU 0.550 1 ATOM 35 N N . GLY 37 37 ? A 11.871 14.928 2.868 1 1 A GLY 0.530 1 ATOM 36 C CA . GLY 37 37 ? A 12.426 16.154 2.302 1 1 A GLY 0.530 1 ATOM 37 C C . GLY 37 37 ? A 12.514 16.147 0.796 1 1 A GLY 0.530 1 ATOM 38 O O . GLY 37 37 ? A 13.153 17.007 0.199 1 1 A GLY 0.530 1 ATOM 39 N N . GLN 38 38 ? A 11.854 15.190 0.121 1 1 A GLN 0.530 1 ATOM 40 C CA . GLN 38 38 ? A 11.796 15.150 -1.321 1 1 A GLN 0.530 1 ATOM 41 C C . GLN 38 38 ? A 10.409 15.542 -1.793 1 1 A GLN 0.530 1 ATOM 42 O O . GLN 38 38 ? A 9.398 15.022 -1.324 1 1 A GLN 0.530 1 ATOM 43 C CB . GLN 38 38 ? A 12.159 13.739 -1.831 1 1 A GLN 0.530 1 ATOM 44 C CG . GLN 38 38 ? A 13.669 13.434 -1.727 1 1 A GLN 0.530 1 ATOM 45 C CD . GLN 38 38 ? A 13.927 11.942 -1.923 1 1 A GLN 0.530 1 ATOM 46 O OE1 . GLN 38 38 ? A 13.418 11.089 -1.196 1 1 A GLN 0.530 1 ATOM 47 N NE2 . GLN 38 38 ? A 14.716 11.577 -2.960 1 1 A GLN 0.530 1 ATOM 48 N N . SER 39 39 ? A 10.361 16.502 -2.741 1 1 A SER 0.590 1 ATOM 49 C CA . SER 39 39 ? A 9.149 16.996 -3.371 1 1 A SER 0.590 1 ATOM 50 C C . SER 39 39 ? A 8.818 16.085 -4.535 1 1 A SER 0.590 1 ATOM 51 O O . SER 39 39 ? A 9.569 15.997 -5.503 1 1 A SER 0.590 1 ATOM 52 C CB . SER 39 39 ? A 9.322 18.463 -3.873 1 1 A SER 0.590 1 ATOM 53 O OG . SER 39 39 ? A 8.092 19.054 -4.317 1 1 A SER 0.590 1 ATOM 54 N N . TYR 40 40 ? A 7.692 15.362 -4.419 1 1 A TYR 0.580 1 ATOM 55 C CA . TYR 40 40 ? A 7.178 14.440 -5.414 1 1 A TYR 0.580 1 ATOM 56 C C . TYR 40 40 ? A 5.808 14.919 -5.861 1 1 A TYR 0.580 1 ATOM 57 O O . TYR 40 40 ? A 5.084 15.589 -5.113 1 1 A TYR 0.580 1 ATOM 58 C CB . TYR 40 40 ? A 7.017 13.007 -4.844 1 1 A TYR 0.580 1 ATOM 59 C CG . TYR 40 40 ? A 8.347 12.341 -4.688 1 1 A TYR 0.580 1 ATOM 60 C CD1 . TYR 40 40 ? A 9.018 11.843 -5.814 1 1 A TYR 0.580 1 ATOM 61 C CD2 . TYR 40 40 ? A 8.917 12.168 -3.419 1 1 A TYR 0.580 1 ATOM 62 C CE1 . TYR 40 40 ? A 10.249 11.187 -5.674 1 1 A TYR 0.580 1 ATOM 63 C CE2 . TYR 40 40 ? A 10.119 11.460 -3.274 1 1 A TYR 0.580 1 ATOM 64 C CZ . TYR 40 40 ? A 10.796 10.992 -4.404 1 1 A TYR 0.580 1 ATOM 65 O OH . TYR 40 40 ? A 12.033 10.340 -4.252 1 1 A TYR 0.580 1 ATOM 66 N N . GLU 41 41 ? A 5.430 14.573 -7.113 1 1 A GLU 0.620 1 ATOM 67 C CA . GLU 41 41 ? A 4.134 14.878 -7.692 1 1 A GLU 0.620 1 ATOM 68 C C . GLU 41 41 ? A 3.016 14.094 -7.032 1 1 A GLU 0.620 1 ATOM 69 O O . GLU 41 41 ? A 3.242 13.154 -6.278 1 1 A GLU 0.620 1 ATOM 70 C CB . GLU 41 41 ? A 4.086 14.614 -9.219 1 1 A GLU 0.620 1 ATOM 71 C CG . GLU 41 41 ? A 5.040 15.518 -10.024 1 1 A GLU 0.620 1 ATOM 72 C CD . GLU 41 41 ? A 4.587 16.968 -9.893 1 1 A GLU 0.620 1 ATOM 73 O OE1 . GLU 41 41 ? A 3.346 17.197 -9.817 1 1 A GLU 0.620 1 ATOM 74 O OE2 . GLU 41 41 ? A 5.470 17.856 -9.812 1 1 A GLU 0.620 1 ATOM 75 N N . SER 42 42 ? A 1.749 14.486 -7.276 1 1 A SER 0.670 1 ATOM 76 C CA . SER 42 42 ? A 0.597 13.746 -6.769 1 1 A SER 0.670 1 ATOM 77 C C . SER 42 42 ? A 0.339 12.420 -7.451 1 1 A SER 0.670 1 ATOM 78 O O . SER 42 42 ? A 0.125 11.391 -6.825 1 1 A SER 0.670 1 ATOM 79 C CB . SER 42 42 ? A -0.716 14.552 -6.844 1 1 A SER 0.670 1 ATOM 80 O OG . SER 42 42 ? A -0.601 15.792 -6.139 1 1 A SER 0.670 1 ATOM 81 N N . ARG 43 43 ? A 0.375 12.412 -8.793 1 1 A ARG 0.570 1 ATOM 82 C CA . ARG 43 43 ? A 0.183 11.222 -9.594 1 1 A ARG 0.570 1 ATOM 83 C C . ARG 43 43 ? A 1.434 10.344 -9.657 1 1 A ARG 0.570 1 ATOM 84 O O . ARG 43 43 ? A 1.370 9.200 -10.102 1 1 A ARG 0.570 1 ATOM 85 C CB . ARG 43 43 ? A -0.208 11.642 -11.026 1 1 A ARG 0.570 1 ATOM 86 C CG . ARG 43 43 ? A -1.598 12.298 -11.180 1 1 A ARG 0.570 1 ATOM 87 C CD . ARG 43 43 ? A -1.837 12.738 -12.627 1 1 A ARG 0.570 1 ATOM 88 N NE . ARG 43 43 ? A -3.205 13.350 -12.708 1 1 A ARG 0.570 1 ATOM 89 C CZ . ARG 43 43 ? 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PRO 48 48 ? A 11.099 1.628 0.944 1 1 A PRO 0.660 1 ATOM 134 C CB . PRO 48 48 ? A 8.877 4.053 1.211 1 1 A PRO 0.660 1 ATOM 135 C CG . PRO 48 48 ? A 7.371 3.980 0.936 1 1 A PRO 0.660 1 ATOM 136 C CD . PRO 48 48 ? A 7.243 3.484 -0.513 1 1 A PRO 0.660 1 ATOM 137 N N . GLU 49 49 ? A 8.994 0.881 0.663 1 1 A GLU 0.620 1 ATOM 138 C CA . GLU 49 49 ? A 9.251 -0.439 1.182 1 1 A GLU 0.620 1 ATOM 139 C C . GLU 49 49 ? A 8.816 -1.491 0.188 1 1 A GLU 0.620 1 ATOM 140 O O . GLU 49 49 ? A 7.795 -1.330 -0.479 1 1 A GLU 0.620 1 ATOM 141 C CB . GLU 49 49 ? A 8.521 -0.645 2.511 1 1 A GLU 0.620 1 ATOM 142 C CG . GLU 49 49 ? A 9.276 0.071 3.642 1 1 A GLU 0.620 1 ATOM 143 C CD . GLU 49 49 ? A 8.593 -0.158 4.978 1 1 A GLU 0.620 1 ATOM 144 O OE1 . GLU 49 49 ? A 7.708 0.659 5.326 1 1 A GLU 0.620 1 ATOM 145 O OE2 . GLU 49 49 ? A 8.964 -1.157 5.648 1 1 A GLU 0.620 1 ATOM 146 N N . PRO 50 50 ? A 9.526 -2.601 -0.007 1 1 A PRO 0.640 1 ATOM 147 C CA . PRO 50 50 ? A 9.096 -3.656 -0.919 1 1 A PRO 0.640 1 ATOM 148 C C . 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'normalized score' global . 6 # # loop_ _ma_qa_metric_global.ordinal_id _ma_qa_metric_global.model_id _ma_qa_metric_global.metric_id _ma_qa_metric_global.metric_value 1 1 2 0.563 2 1 3 0.033 # # loop_ _ma_qa_metric_local.ordinal_id _ma_qa_metric_local.model_id _ma_qa_metric_local.label_asym_id _ma_qa_metric_local.label_seq_id _ma_qa_metric_local.label_comp_id _ma_qa_metric_local.metric_id _ma_qa_metric_local.metric_value 1 1 A 32 GLY 1 0.530 2 1 A 33 CYS 1 0.530 3 1 A 34 SER 1 0.590 4 1 A 35 HIS 1 0.530 5 1 A 36 LEU 1 0.550 6 1 A 37 GLY 1 0.530 7 1 A 38 GLN 1 0.530 8 1 A 39 SER 1 0.590 9 1 A 40 TYR 1 0.580 10 1 A 41 GLU 1 0.620 11 1 A 42 SER 1 0.670 12 1 A 43 ARG 1 0.570 13 1 A 44 ASP 1 0.650 14 1 A 45 VAL 1 0.700 15 1 A 46 TRP 1 0.600 16 1 A 47 LYS 1 0.640 17 1 A 48 PRO 1 0.660 18 1 A 49 GLU 1 0.620 19 1 A 50 PRO 1 0.640 20 1 A 51 CYS 1 0.630 21 1 A 52 GLN 1 0.630 22 1 A 53 ILE 1 0.650 23 1 A 54 CYS 1 0.720 24 1 A 55 VAL 1 0.730 25 1 A 56 CYS 1 0.730 26 1 A 57 ASP 1 0.660 27 1 A 58 SER 1 0.630 28 1 A 59 GLY 1 0.670 29 1 A 60 SER 1 0.680 30 1 A 61 VAL 1 0.710 31 1 A 62 LEU 1 0.670 32 1 A 63 CYS 1 0.710 33 1 A 64 ASP 1 0.640 34 1 A 65 ASP 1 0.610 35 1 A 66 ILE 1 0.570 36 1 A 67 ILE 1 0.530 37 1 A 68 CYS 1 0.540 38 1 A 69 ASP 1 0.530 39 1 A 70 GLU 1 0.470 40 1 A 71 GLU 1 0.320 41 1 A 72 PRO 1 0.450 42 1 A 73 LEU 1 0.390 43 1 A 74 ASP 1 0.420 44 1 A 75 CYS 1 0.410 45 1 A 76 PRO 1 0.460 46 1 A 77 ASN 1 0.490 47 1 A 78 PRO 1 0.470 48 1 A 79 GLU 1 0.480 49 1 A 80 ILE 1 0.460 50 1 A 81 PRO 1 0.470 51 1 A 82 PHE 1 0.430 52 1 A 83 GLY 1 0.440 53 1 A 84 GLU 1 0.480 54 1 A 85 CYS 1 0.560 55 1 A 86 CYS 1 0.520 56 1 A 87 ALA 1 0.500 57 1 A 88 ILE 1 0.460 58 1 A 89 CYS 1 0.450 59 1 A 90 PRO 1 0.490 # # loop_ _pdbx_data_usage.id _pdbx_data_usage.type _pdbx_data_usage.details _pdbx_data_usage.url 1 license ;This SWISS-MODEL protein model is copyright. It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. 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All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #