data_SMR-a1be9d10dbddf9849b810537c2012311_2 _entry.id SMR-a1be9d10dbddf9849b810537c2012311_2 _struct.entry_id SMR-a1be9d10dbddf9849b810537c2012311_2 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled homo-dimer covers following UniProtKB entries: - Q08874 (isoform 2)/ MITF_MOUSE, Microphthalmia-associated transcription factor Estimated model accuracy of this model is 0.012, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries Q08874 (isoform 2)' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 66053.829 2 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP MITF_MOUSE Q08874 1 ;MEALRFEMLIPCSFESLCLSSAEHSGASKPPLSSSTMTSRILLRQQLMREQMQEQERREQQQKLQAAQFM QQRVAVSQTPAINVSVPTTLPSATQVPMEVLKVQTHLENPTKYHIQQAQRHQVKQYLSTTLANKHASQVL SSPCPNQPGDHAMPPVPGSSAPNSPMAMLTLNSNCEKEAFYKFEEQSRAESECPGMNTHSRASCMQMDDV IDDIISLESSYNEEILGLMDPALQMANTLPVSGNLIDLYSNQGLPPPGLTISNSCPANLPNIKRELTACI FPTESEARALAKERQKKDNHNLIERRRRFNINDRIKELGTLIPKSNDPDMRWNKGTILKASVDYIRKLQR EQQRAKDLENRQKKLEHANRHLLLRVQELEMQARAHGLSLIPSTGLCSPDLVNRIIKQEPVLENCSQELV QHQADLTCTTTLDLTDGTITFTNNLGTMPESSPAYSIPRKMGSNLEDILMDDALSPVGVTDPLLSSVSPG ASKTSSRRSSMSAEETEHAC ; 'Microphthalmia-associated transcription factor' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 510 1 510 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . MITF_MOUSE Q08874 Q08874-2 1 510 10090 'Mus musculus (Mouse)' 2017-07-05 47CD5802DDA9686D # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no A,B ;MEALRFEMLIPCSFESLCLSSAEHSGASKPPLSSSTMTSRILLRQQLMREQMQEQERREQQQKLQAAQFM QQRVAVSQTPAINVSVPTTLPSATQVPMEVLKVQTHLENPTKYHIQQAQRHQVKQYLSTTLANKHASQVL SSPCPNQPGDHAMPPVPGSSAPNSPMAMLTLNSNCEKEAFYKFEEQSRAESECPGMNTHSRASCMQMDDV IDDIISLESSYNEEILGLMDPALQMANTLPVSGNLIDLYSNQGLPPPGLTISNSCPANLPNIKRELTACI FPTESEARALAKERQKKDNHNLIERRRRFNINDRIKELGTLIPKSNDPDMRWNKGTILKASVDYIRKLQR EQQRAKDLENRQKKLEHANRHLLLRVQELEMQARAHGLSLIPSTGLCSPDLVNRIIKQEPVLENCSQELV QHQADLTCTTTLDLTDGTITFTNNLGTMPESSPAYSIPRKMGSNLEDILMDDALSPVGVTDPLLSSVSPG ASKTSSRRSSMSAEETEHAC ; ;MEALRFEMLIPCSFESLCLSSAEHSGASKPPLSSSTMTSRILLRQQLMREQMQEQERREQQQKLQAAQFM QQRVAVSQTPAINVSVPTTLPSATQVPMEVLKVQTHLENPTKYHIQQAQRHQVKQYLSTTLANKHASQVL SSPCPNQPGDHAMPPVPGSSAPNSPMAMLTLNSNCEKEAFYKFEEQSRAESECPGMNTHSRASCMQMDDV IDDIISLESSYNEEILGLMDPALQMANTLPVSGNLIDLYSNQGLPPPGLTISNSCPANLPNIKRELTACI FPTESEARALAKERQKKDNHNLIERRRRFNINDRIKELGTLIPKSNDPDMRWNKGTILKASVDYIRKLQR EQQRAKDLENRQKKLEHANRHLLLRVQELEMQARAHGLSLIPSTGLCSPDLVNRIIKQEPVLENCSQELV QHQADLTCTTTLDLTDGTITFTNNLGTMPESSPAYSIPRKMGSNLEDILMDDALSPVGVTDPLLSSVSPG ASKTSSRRSSMSAEETEHAC ; # # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET . 1 2 GLU . 1 3 ALA . 1 4 LEU . 1 5 ARG . 1 6 PHE . 1 7 GLU . 1 8 MET . 1 9 LEU . 1 10 ILE . 1 11 PRO . 1 12 CYS . 1 13 SER . 1 14 PHE . 1 15 GLU . 1 16 SER . 1 17 LEU . 1 18 CYS . 1 19 LEU . 1 20 SER . 1 21 SER . 1 22 ALA . 1 23 GLU . 1 24 HIS . 1 25 SER . 1 26 GLY . 1 27 ALA . 1 28 SER . 1 29 LYS . 1 30 PRO . 1 31 PRO . 1 32 LEU . 1 33 SER . 1 34 SER . 1 35 SER . 1 36 THR . 1 37 MET . 1 38 THR . 1 39 SER . 1 40 ARG . 1 41 ILE . 1 42 LEU . 1 43 LEU . 1 44 ARG . 1 45 GLN . 1 46 GLN . 1 47 LEU . 1 48 MET . 1 49 ARG . 1 50 GLU . 1 51 GLN . 1 52 MET . 1 53 GLN . 1 54 GLU . 1 55 GLN . 1 56 GLU . 1 57 ARG . 1 58 ARG . 1 59 GLU . 1 60 GLN . 1 61 GLN . 1 62 GLN . 1 63 LYS . 1 64 LEU . 1 65 GLN . 1 66 ALA . 1 67 ALA . 1 68 GLN . 1 69 PHE . 1 70 MET . 1 71 GLN . 1 72 GLN . 1 73 ARG . 1 74 VAL . 1 75 ALA . 1 76 VAL . 1 77 SER . 1 78 GLN . 1 79 THR . 1 80 PRO . 1 81 ALA . 1 82 ILE . 1 83 ASN . 1 84 VAL . 1 85 SER . 1 86 VAL . 1 87 PRO . 1 88 THR . 1 89 THR . 1 90 LEU . 1 91 PRO . 1 92 SER . 1 93 ALA . 1 94 THR . 1 95 GLN . 1 96 VAL . 1 97 PRO . 1 98 MET . 1 99 GLU . 1 100 VAL . 1 101 LEU . 1 102 LYS . 1 103 VAL . 1 104 GLN . 1 105 THR . 1 106 HIS . 1 107 LEU . 1 108 GLU . 1 109 ASN . 1 110 PRO . 1 111 THR . 1 112 LYS . 1 113 TYR . 1 114 HIS . 1 115 ILE . 1 116 GLN . 1 117 GLN . 1 118 ALA . 1 119 GLN . 1 120 ARG . 1 121 HIS . 1 122 GLN . 1 123 VAL . 1 124 LYS . 1 125 GLN . 1 126 TYR . 1 127 LEU . 1 128 SER . 1 129 THR . 1 130 THR . 1 131 LEU . 1 132 ALA . 1 133 ASN . 1 134 LYS . 1 135 HIS . 1 136 ALA . 1 137 SER . 1 138 GLN . 1 139 VAL . 1 140 LEU . 1 141 SER . 1 142 SER . 1 143 PRO . 1 144 CYS . 1 145 PRO . 1 146 ASN . 1 147 GLN . 1 148 PRO . 1 149 GLY . 1 150 ASP . 1 151 HIS . 1 152 ALA . 1 153 MET . 1 154 PRO . 1 155 PRO . 1 156 VAL . 1 157 PRO . 1 158 GLY . 1 159 SER . 1 160 SER . 1 161 ALA . 1 162 PRO . 1 163 ASN . 1 164 SER . 1 165 PRO . 1 166 MET . 1 167 ALA . 1 168 MET . 1 169 LEU . 1 170 THR . 1 171 LEU . 1 172 ASN . 1 173 SER . 1 174 ASN . 1 175 CYS . 1 176 GLU . 1 177 LYS . 1 178 GLU . 1 179 ALA . 1 180 PHE . 1 181 TYR . 1 182 LYS . 1 183 PHE . 1 184 GLU . 1 185 GLU . 1 186 GLN . 1 187 SER . 1 188 ARG . 1 189 ALA . 1 190 GLU . 1 191 SER . 1 192 GLU . 1 193 CYS . 1 194 PRO . 1 195 GLY . 1 196 MET . 1 197 ASN . 1 198 THR . 1 199 HIS . 1 200 SER . 1 201 ARG . 1 202 ALA . 1 203 SER . 1 204 CYS . 1 205 MET . 1 206 GLN . 1 207 MET . 1 208 ASP . 1 209 ASP . 1 210 VAL . 1 211 ILE . 1 212 ASP . 1 213 ASP . 1 214 ILE . 1 215 ILE . 1 216 SER . 1 217 LEU . 1 218 GLU . 1 219 SER . 1 220 SER . 1 221 TYR . 1 222 ASN . 1 223 GLU . 1 224 GLU . 1 225 ILE . 1 226 LEU . 1 227 GLY . 1 228 LEU . 1 229 MET . 1 230 ASP . 1 231 PRO . 1 232 ALA . 1 233 LEU . 1 234 GLN . 1 235 MET . 1 236 ALA . 1 237 ASN . 1 238 THR . 1 239 LEU . 1 240 PRO . 1 241 VAL . 1 242 SER . 1 243 GLY . 1 244 ASN . 1 245 LEU . 1 246 ILE . 1 247 ASP . 1 248 LEU . 1 249 TYR . 1 250 SER . 1 251 ASN . 1 252 GLN . 1 253 GLY . 1 254 LEU . 1 255 PRO . 1 256 PRO . 1 257 PRO . 1 258 GLY . 1 259 LEU . 1 260 THR . 1 261 ILE . 1 262 SER . 1 263 ASN . 1 264 SER . 1 265 CYS . 1 266 PRO . 1 267 ALA . 1 268 ASN . 1 269 LEU . 1 270 PRO . 1 271 ASN . 1 272 ILE . 1 273 LYS . 1 274 ARG . 1 275 GLU . 1 276 LEU . 1 277 THR . 1 278 ALA . 1 279 CYS . 1 280 ILE . 1 281 PHE . 1 282 PRO . 1 283 THR . 1 284 GLU . 1 285 SER . 1 286 GLU . 1 287 ALA . 1 288 ARG . 1 289 ALA . 1 290 LEU . 1 291 ALA . 1 292 LYS . 1 293 GLU . 1 294 ARG . 1 295 GLN . 1 296 LYS . 1 297 LYS . 1 298 ASP . 1 299 ASN . 1 300 HIS . 1 301 ASN . 1 302 LEU . 1 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B . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'Microphthalmia-associated transcription factor,Methionyl-tRNA synthetase beta subunit {PDB ID=7d8r, label_asym_id=A, auth_asym_id=A, SMTL ID=7d8r.1.A}' 'template structure' . 2 'Microphthalmia-associated transcription factor,Methionyl-tRNA synthetase beta subunit {PDB ID=7d8r, label_asym_id=B, auth_asym_id=B, SMTL ID=7d8r.1.B}' 'template structure' . 3 . target . 4 'Target-template alignment by HHblits to 7d8r, label_asym_id=A' 'target-template alignment' . 5 'Target-template alignment by HHblits to 7d8r, label_asym_id=B' 'target-template alignment' . 6 'model 2' 'model coordinates' . 7 SMTL 'reference database' . 8 PDB 'reference database' . 9 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 3 2 1 7 3 1 8 4 2 9 5 3 3 6 3 1 7 3 2 8 3 4 9 3 5 10 4 1 11 4 2 12 4 4 13 4 5 14 5 6 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 7 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-12-18 8 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-12-13 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 3 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . B 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A A 1 1 A 2 2 'reference database' polymer 1 2 B B 1 1 B # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;SLRFNINDRIKELGTLIPKSNDPDMRWNKGTILKASVDYIRKLQREQQRAKELENRQKKLEHANRHLLLR IQELGIEDFLKVDLRVAKVLSAERVEGSEKLLKLTLSLGDEERTVVAGIAKYYTPEELVGKKIVIVANLK PRKIFGIESQGMILAASDGENLSVIVPDRDVKEGAKLSAALE ; ;SLRFNINDRIKELGTLIPKSNDPDMRWNKGTILKASVDYIRKLQREQQRAKELENRQKKLEHANRHLLLR IQELGIEDFLKVDLRVAKVLSAERVEGSEKLLKLTLSLGDEERTVVAGIAKYYTPEELVGKKIVIVANLK PRKIFGIESQGMILAASDGENLSVIVPDRDVKEGAKLSAALE ; 2 ;SLRFNINDRIKELGTLIPKSNDPDMRWNKGTILKASVDYIRKLQREQQRAKELENRQKKLEHANRHLLLR IQELGIEDFLKVDLRVAKVLSAERVEGSEKLLKLTLSLGDEERTVVAGIAKYYTPEELVGKKIVIVANLK PRKIFGIESQGMILAASDGENLSVIVPDRDVKEGAKLSAALE ; ;SLRFNINDRIKELGTLIPKSNDPDMRWNKGTILKASVDYIRKLQREQQRAKELENRQKKLEHANRHLLLR IQELGIEDFLKVDLRVAKVLSAERVEGSEKLLKLTLSLGDEERTVVAGIAKYYTPEELVGKKIVIVANLK PRKIFGIESQGMILAASDGENLSVIVPDRDVKEGAKLSAALE ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 29 58 2 2 29 58 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 7d8r 2023-09-27 2 PDB . 7d8r 2023-09-27 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 510 2 2 B 1 510 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 4 1 510 'target-template pairwise alignment' local 2 5 1 510 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 90.000 20.000 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . 2 2 2 B 'HHblits e-value' . 90.000 20.000 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MEALRFEMLIPCSFESLCLSSAEHSGASKPPLSSSTMTSRILLRQQLMREQMQEQERREQQQKLQAAQFMQQRVAVSQTPAINVSVPTTLPSATQVPMEVLKVQTHLENPTKYHIQQAQRHQVKQYLSTTLANKHASQVLSSPCPNQPGDHAMPPVPGSSAPNSPMAMLTLNSNCEKEAFYKFEEQSRAESECPGMNTHSRASCMQMDDVIDDIISLESSYNEEILGLMDPALQMANTLPVSGNLIDLYSNQGLPPPGLTISNSCPANLPNIKRELTACIFPTESEARALAKERQKKDNHNLIERRRRFNINDRIKELGTLIPKSNDPDMRWNKGTILKASVDYIRKLQREQQRAKDLENRQKKLEHANRHLLLRVQELEMQARAHGLSLIPSTGLCSPDLVNRIIKQEPVLENCSQELVQHQADLTCTTTLDLTDGTITFTNNLGTMPESSPAYSIPRKMGSNLEDILMDDALSPVGVTDPLLSSVSPGASKTSSRRSSMSAEETEHAC 2 1 2 --------------------------------KGTILKASVDYIRKLQREQQRAKELENRQK---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 3 2 1 MEALRFEMLIPCSFESLCLSSAEHSGASKPPLSSSTMTSRILLRQQLMREQMQEQERREQQQKLQAAQFMQQRVAVSQTPAINVSVPTTLPSATQVPMEVLKVQTHLENPTKYHIQQAQRHQVKQYLSTTLANKHASQVLSSPCPNQPGDHAMPPVPGSSAPNSPMAMLTLNSNCEKEAFYKFEEQSRAESECPGMNTHSRASCMQMDDVIDDIISLESSYNEEILGLMDPALQMANTLPVSGNLIDLYSNQGLPPPGLTISNSCPANLPNIKRELTACIFPTESEARALAKERQKKDNHNLIERRRRFNINDRIKELGTLIPKSNDPDMRWNKGTILKASVDYIRKLQREQQRAKDLENRQKKLEHANRHLLLRVQELEMQARAHGLSLIPSTGLCSPDLVNRIIKQEPVLENCSQELVQHQADLTCTTTLDLTDGTITFTNNLGTMPESSPAYSIPRKMGSNLEDILMDDALSPVGVTDPLLSSVSPGASKTSSRRSSMSAEETEHAC 4 2 2 --------------------------------KGTILKASVDYIRKLQREQQRAKELENRQK---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL {QSQE=0.172}' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 7d8r.1, oligomeric state (homo-dimer) as predicted' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 2' . 6 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . SER 33 33 ? A 24.716 57.596 42.330 1 1 A SER 0.200 1 ATOM 2 C CA . SER 33 33 ? A 23.435 56.823 42.561 1 1 A SER 0.200 1 ATOM 3 C C . SER 33 33 ? A 22.515 56.657 41.376 1 1 A SER 0.200 1 ATOM 4 O O . SER 33 33 ? A 22.152 55.546 41.033 1 1 A SER 0.200 1 ATOM 5 C CB . SER 33 33 ? A 22.639 57.407 43.754 1 1 A SER 0.200 1 ATOM 6 O OG . SER 33 33 ? A 23.512 57.573 44.874 1 1 A SER 0.200 1 ATOM 7 N N . SER 34 34 ? A 22.125 57.742 40.680 1 1 A SER 0.240 1 ATOM 8 C CA . SER 34 34 ? A 21.293 57.631 39.485 1 1 A SER 0.240 1 ATOM 9 C C . SER 34 34 ? A 21.857 56.755 38.366 1 1 A SER 0.240 1 ATOM 10 O O . SER 34 34 ? A 21.167 55.890 37.852 1 1 A SER 0.240 1 ATOM 11 C CB . SER 34 34 ? A 20.964 59.033 38.918 1 1 A SER 0.240 1 ATOM 12 O OG . SER 34 34 ? A 20.527 59.888 39.976 1 1 A SER 0.240 1 ATOM 13 N N . SER 35 35 ? A 23.151 56.876 38.013 1 1 A SER 0.400 1 ATOM 14 C CA . SER 35 35 ? A 23.794 56.098 36.955 1 1 A SER 0.400 1 ATOM 15 C C . SER 35 35 ? A 23.754 54.579 37.097 1 1 A SER 0.400 1 ATOM 16 O O . SER 35 35 ? A 23.608 53.856 36.117 1 1 A SER 0.400 1 ATOM 17 C CB . SER 35 35 ? A 25.288 56.480 36.818 1 1 A SER 0.400 1 ATOM 18 O OG . SER 35 35 ? A 25.438 57.894 36.706 1 1 A SER 0.400 1 ATOM 19 N N . THR 36 36 ? A 23.882 54.082 38.345 1 1 A THR 0.420 1 ATOM 20 C CA . THR 36 36 ? A 23.806 52.677 38.731 1 1 A THR 0.420 1 ATOM 21 C C . THR 36 36 ? A 22.366 52.162 38.760 1 1 A THR 0.420 1 ATOM 22 O O . THR 36 36 ? A 22.114 50.957 38.756 1 1 A THR 0.420 1 ATOM 23 C CB . THR 36 36 ? A 24.456 52.410 40.099 1 1 A THR 0.420 1 ATOM 24 O OG1 . THR 36 36 ? A 23.955 53.254 41.125 1 1 A THR 0.420 1 ATOM 25 C CG2 . THR 36 36 ? A 25.971 52.680 40.061 1 1 A THR 0.420 1 ATOM 26 N N . MET 37 37 ? A 21.372 53.079 38.769 1 1 A MET 0.380 1 ATOM 27 C CA . MET 37 37 ? A 19.960 52.783 38.602 1 1 A MET 0.380 1 ATOM 28 C C . MET 37 37 ? A 19.462 52.958 37.161 1 1 A MET 0.380 1 ATOM 29 O O . MET 37 37 ? A 18.515 52.294 36.746 1 1 A MET 0.380 1 ATOM 30 C CB . MET 37 37 ? A 19.129 53.709 39.526 1 1 A MET 0.380 1 ATOM 31 C CG . MET 37 37 ? A 19.371 53.470 41.032 1 1 A MET 0.380 1 ATOM 32 S SD . MET 37 37 ? A 19.083 51.762 41.606 1 1 A MET 0.380 1 ATOM 33 C CE . MET 37 37 ? A 17.289 51.791 41.353 1 1 A MET 0.380 1 ATOM 34 N N . THR 38 38 ? A 20.110 53.818 36.342 1 1 A THR 0.530 1 ATOM 35 C CA . THR 38 38 ? A 19.836 54.012 34.905 1 1 A THR 0.530 1 ATOM 36 C C . THR 38 38 ? A 20.135 52.762 34.098 1 1 A THR 0.530 1 ATOM 37 O O . THR 38 38 ? A 19.380 52.332 33.226 1 1 A THR 0.530 1 ATOM 38 C CB . THR 38 38 ? A 20.656 55.143 34.271 1 1 A THR 0.530 1 ATOM 39 O OG1 . THR 38 38 ? A 20.350 56.389 34.875 1 1 A THR 0.530 1 ATOM 40 C CG2 . THR 38 38 ? A 20.380 55.333 32.767 1 1 A THR 0.530 1 ATOM 41 N N . SER 39 39 ? A 21.272 52.112 34.419 1 1 A SER 0.620 1 ATOM 42 C CA . SER 39 39 ? A 21.726 50.868 33.813 1 1 A SER 0.620 1 ATOM 43 C C . SER 39 39 ? A 20.808 49.702 34.120 1 1 A SER 0.620 1 ATOM 44 O O . SER 39 39 ? A 20.700 48.756 33.345 1 1 A SER 0.620 1 ATOM 45 C CB . SER 39 39 ? A 23.164 50.469 34.246 1 1 A SER 0.620 1 ATOM 46 O OG . SER 39 39 ? A 23.274 50.401 35.668 1 1 A SER 0.620 1 ATOM 47 N N . ARG 40 40 ? A 20.106 49.736 35.262 1 1 A ARG 0.520 1 ATOM 48 C CA . ARG 40 40 ? A 19.117 48.759 35.652 1 1 A ARG 0.520 1 ATOM 49 C C . ARG 40 40 ? A 17.863 48.697 34.793 1 1 A ARG 0.520 1 ATOM 50 O O . ARG 40 40 ? A 17.341 47.620 34.519 1 1 A ARG 0.520 1 ATOM 51 C CB . ARG 40 40 ? A 18.638 49.054 37.078 1 1 A ARG 0.520 1 ATOM 52 C CG . ARG 40 40 ? A 17.649 48.018 37.639 1 1 A ARG 0.520 1 ATOM 53 C CD . ARG 40 40 ? A 17.058 48.454 38.967 1 1 A ARG 0.520 1 ATOM 54 N NE . ARG 40 40 ? A 18.175 48.540 39.947 1 1 A ARG 0.520 1 ATOM 55 C CZ . ARG 40 40 ? A 18.701 47.491 40.590 1 1 A ARG 0.520 1 ATOM 56 N NH1 . ARG 40 40 ? A 18.252 46.255 40.388 1 1 A ARG 0.520 1 ATOM 57 N NH2 . ARG 40 40 ? A 19.693 47.686 41.454 1 1 A ARG 0.520 1 ATOM 58 N N . ILE 41 41 ? A 17.309 49.866 34.393 1 1 A ILE 0.600 1 ATOM 59 C CA . ILE 41 41 ? A 16.185 49.922 33.461 1 1 A ILE 0.600 1 ATOM 60 C C . ILE 41 41 ? A 16.661 49.465 32.096 1 1 A ILE 0.600 1 ATOM 61 O O . ILE 41 41 ? A 16.012 48.624 31.480 1 1 A ILE 0.600 1 ATOM 62 C CB . ILE 41 41 ? A 15.436 51.263 33.463 1 1 A ILE 0.600 1 ATOM 63 C CG1 . ILE 41 41 ? A 14.704 51.409 34.821 1 1 A ILE 0.600 1 ATOM 64 C CG2 . ILE 41 41 ? A 14.432 51.365 32.286 1 1 A ILE 0.600 1 ATOM 65 C CD1 . ILE 41 41 ? A 14.111 52.800 35.072 1 1 A ILE 0.600 1 ATOM 66 N N . LEU 42 42 ? A 17.856 49.922 31.647 1 1 A LEU 0.630 1 ATOM 67 C CA . LEU 42 42 ? A 18.473 49.510 30.395 1 1 A LEU 0.630 1 ATOM 68 C C . LEU 42 42 ? A 18.697 47.999 30.302 1 1 A LEU 0.630 1 ATOM 69 O O . LEU 42 42 ? A 18.334 47.357 29.320 1 1 A LEU 0.630 1 ATOM 70 C CB . LEU 42 42 ? A 19.843 50.217 30.236 1 1 A LEU 0.630 1 ATOM 71 C CG . LEU 42 42 ? A 20.649 49.852 28.970 1 1 A LEU 0.630 1 ATOM 72 C CD1 . LEU 42 42 ? A 19.885 50.206 27.684 1 1 A LEU 0.630 1 ATOM 73 C CD2 . LEU 42 42 ? A 22.038 50.511 29.002 1 1 A LEU 0.630 1 ATOM 74 N N . LEU 43 43 ? A 19.252 47.397 31.383 1 1 A LEU 0.600 1 ATOM 75 C CA . LEU 43 43 ? A 19.451 45.964 31.526 1 1 A LEU 0.600 1 ATOM 76 C C . LEU 43 43 ? A 18.142 45.216 31.491 1 1 A LEU 0.600 1 ATOM 77 O O . LEU 43 43 ? A 17.967 44.267 30.735 1 1 A LEU 0.600 1 ATOM 78 C CB . LEU 43 43 ? A 20.134 45.652 32.887 1 1 A LEU 0.600 1 ATOM 79 C CG . LEU 43 43 ? A 20.354 44.159 33.229 1 1 A LEU 0.600 1 ATOM 80 C CD1 . LEU 43 43 ? A 21.285 43.461 32.228 1 1 A LEU 0.600 1 ATOM 81 C CD2 . LEU 43 43 ? A 20.875 43.988 34.666 1 1 A LEU 0.600 1 ATOM 82 N N . ARG 44 44 ? A 17.146 45.671 32.275 1 1 A ARG 0.540 1 ATOM 83 C CA . ARG 44 44 ? A 15.836 45.062 32.282 1 1 A ARG 0.540 1 ATOM 84 C C . ARG 44 44 ? A 15.141 45.121 30.923 1 1 A ARG 0.540 1 ATOM 85 O O . ARG 44 44 ? A 14.620 44.123 30.444 1 1 A ARG 0.540 1 ATOM 86 C CB . ARG 44 44 ? A 14.941 45.734 33.350 1 1 A ARG 0.540 1 ATOM 87 C CG . ARG 44 44 ? A 13.541 45.099 33.470 1 1 A ARG 0.540 1 ATOM 88 C CD . ARG 44 44 ? A 12.595 45.779 34.460 1 1 A ARG 0.540 1 ATOM 89 N NE . ARG 44 44 ? A 12.329 47.151 33.903 1 1 A ARG 0.540 1 ATOM 90 C CZ . ARG 44 44 ? A 11.852 48.185 34.607 1 1 A ARG 0.540 1 ATOM 91 N NH1 . ARG 44 44 ? A 11.581 48.050 35.901 1 1 A ARG 0.540 1 ATOM 92 N NH2 . ARG 44 44 ? A 11.586 49.349 34.018 1 1 A ARG 0.540 1 ATOM 93 N N . GLN 45 45 ? A 15.150 46.283 30.243 1 1 A GLN 0.640 1 ATOM 94 C CA . GLN 45 45 ? A 14.547 46.458 28.934 1 1 A GLN 0.640 1 ATOM 95 C C . GLN 45 45 ? A 15.185 45.607 27.855 1 1 A GLN 0.640 1 ATOM 96 O O . GLN 45 45 ? A 14.489 45.057 27.006 1 1 A GLN 0.640 1 ATOM 97 C CB . GLN 45 45 ? A 14.588 47.934 28.489 1 1 A GLN 0.640 1 ATOM 98 C CG . GLN 45 45 ? A 13.601 48.849 29.244 1 1 A GLN 0.640 1 ATOM 99 C CD . GLN 45 45 ? 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'normalized score' global . 3 # # loop_ _ma_qa_metric_global.ordinal_id _ma_qa_metric_global.model_id _ma_qa_metric_global.metric_id _ma_qa_metric_global.metric_value 1 1 2 0.547 2 1 3 0.012 3 1 4 0.172 # # loop_ _ma_qa_metric_local.ordinal_id _ma_qa_metric_local.model_id _ma_qa_metric_local.label_asym_id _ma_qa_metric_local.label_seq_id _ma_qa_metric_local.label_comp_id _ma_qa_metric_local.metric_id _ma_qa_metric_local.metric_value 1 1 A 33 SER 1 0.200 2 1 A 34 SER 1 0.240 3 1 A 35 SER 1 0.400 4 1 A 36 THR 1 0.420 5 1 A 37 MET 1 0.380 6 1 A 38 THR 1 0.530 7 1 A 39 SER 1 0.620 8 1 A 40 ARG 1 0.520 9 1 A 41 ILE 1 0.600 10 1 A 42 LEU 1 0.630 11 1 A 43 LEU 1 0.600 12 1 A 44 ARG 1 0.540 13 1 A 45 GLN 1 0.640 14 1 A 46 GLN 1 0.620 15 1 A 47 LEU 1 0.600 16 1 A 48 MET 1 0.610 17 1 A 49 ARG 1 0.580 18 1 A 50 GLU 1 0.600 19 1 A 51 GLN 1 0.610 20 1 A 52 MET 1 0.620 21 1 A 53 GLN 1 0.640 22 1 A 54 GLU 1 0.620 23 1 A 55 GLN 1 0.630 24 1 A 56 GLU 1 0.650 25 1 A 57 ARG 1 0.570 26 1 A 58 ARG 1 0.550 27 1 A 59 GLU 1 0.610 28 1 A 60 GLN 1 0.540 29 1 A 61 GLN 1 0.520 30 1 A 62 GLN 1 0.460 31 1 B 33 SER 1 0.210 32 1 B 34 SER 1 0.240 33 1 B 35 SER 1 0.410 34 1 B 36 THR 1 0.440 35 1 B 37 MET 1 0.380 36 1 B 38 THR 1 0.520 37 1 B 39 SER 1 0.640 38 1 B 40 ARG 1 0.520 39 1 B 41 ILE 1 0.600 40 1 B 42 LEU 1 0.640 41 1 B 43 LEU 1 0.600 42 1 B 44 ARG 1 0.540 43 1 B 45 GLN 1 0.620 44 1 B 46 GLN 1 0.610 45 1 B 47 LEU 1 0.600 46 1 B 48 MET 1 0.570 47 1 B 49 ARG 1 0.550 48 1 B 50 GLU 1 0.590 49 1 B 51 GLN 1 0.600 50 1 B 52 MET 1 0.580 51 1 B 53 GLN 1 0.630 52 1 B 54 GLU 1 0.600 53 1 B 55 GLN 1 0.610 54 1 B 56 GLU 1 0.600 55 1 B 57 ARG 1 0.560 56 1 B 58 ARG 1 0.560 57 1 B 59 GLU 1 0.610 58 1 B 60 GLN 1 0.600 59 1 B 61 GLN 1 0.620 60 1 B 62 GLN 1 0.630 # # loop_ _pdbx_data_usage.id _pdbx_data_usage.type _pdbx_data_usage.details _pdbx_data_usage.url 1 license ;This SWISS-MODEL protein model is copyright. It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #