data_SMR-78dd5bba685c22b586324f4a5db0bed2_2
_entry.id SMR-78dd5bba685c22b586324f4a5db0bed2_2
_struct.entry_id SMR-78dd5bba685c22b586324f4a5db0bed2_2
_struct.pdbx_model_details
;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries:

  - Q9ULW0 (isoform 2)/ TPX2_HUMAN, Targeting protein for Xklp2

Estimated model accuracy of this model is 0.0, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE).
;
_struct.pdbx_structure_determination_methodology computational
_struct.title 'Model for UniProtKB entries Q9ULW0 (isoform 2)'
_audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic
_audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic
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_citation.title
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_citation.year
_citation.pdbx_database_id_PubMed
_citation.pdbx_database_id_DOI
primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality'
'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132
2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes'
'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427
3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1)
1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667
4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation'
Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828
5
'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology'
'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579
10.1107/S0907444913007051
6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500
10.1186/1471-2105-10-421
7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation'
'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7
#
#
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_citation_author.citation_id
_citation_author.name
_citation_author.ordinal
primary 'Bienert, S.' 1
primary 'Waterhouse, A.' 2
primary 'de Beer, T.A.P.' 3
primary 'Tauriello, G.' 4
primary 'Studer, G.' 5
primary 'Bordoli, L.' 6
primary 'Schwede, T.' 7
2 'Waterhouse, A.' 8
2 'Bertoni, M.' 9
2 'Bienert, S.' 10
2 'Studer, G.' 11
2 'Tauriello, G.' 12
2 'Gumienny, R.' 13
2 'Heer, F.T.' 14
2 'de Beer, T.A.P.' 15
2 'Rempfer, C.' 16
2 'Bordoli, L.' 17
2 'Lepore, R.' 18
2 'Schwede, T.' 19
3 'Studer, G.' 20
3 'Tauriello, G.' 21
3 'Bienert, S.' 22
3 'Biasini, M.' 23
3 'Johner, N.' 24
3 'Schwede, T.' 25
4 'Studer, G.' 26
4 'Rempfer, C.' 27
4 'Waterhouse, A.M.' 28
4 'Gumienny, R.' 29
4 'Haas, J.' 30
4 'Schwede, T.' 31
5 'Biasini, M.' 32
5 'Schmidt, T.' 33
5 'Bienert, S.' 34
5 'Mariani, V.' 35
5 'Studer, G.' 36
5 'Haas, J.' 37
5 'Johner, N.' 38
5 'Schenk, A.D.' 39
5 'Philippsen, A.' 40
5 'Schwede, T.' 41
6 'Camacho, C.' 42
6 'Coulouris, G.' 43
6 'Avagyan, V.' 44
6 'Ma, N.' 45
6 'Papadopoulos, J.' 46
6 'Bealer, K.' 47
6 'Madden, T.L.' 48
7 'Steinegger, M.' 49
7 'Meier, M.' 50
7 'Mirdita, M.' 51
7 'Vohringer, H.' 52
7 'Haunsberger, S.J.' 53
7 'Soding, J.' 54
#
#
loop_
_software.pdbx_ordinal
_software.name
_software.classification
_software.description
_software.version
_software.type
_software.location
_software.citation_id
1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3
package https://swissmodel.expasy.org 2
2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library
https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3
3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1
library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4
4 OpenStructure 'data processing'
'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package
https://openstructure.org/ 5
5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6
6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0
package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7
#
#
loop_
_ma_software_group.ordinal_id
_ma_software_group.group_id
_ma_software_group.software_id
_ma_software_group.parameter_group_id
1 1 6 .
2 2 1 .
3 2 4 .
4 2 5 .
5 2 6 .
6 3 1 .
7 3 4 .
8 4 1 .
9 4 2 .
10 4 4 .
11 5 3 .
12 6 1 .
13 6 3 .
14 6 4 .
#
#
loop_
_audit_author.name
_audit_author.pdbx_ordinal
'Bienert, S.' 1
'Waterhouse, A.' 2
'de Beer, T.A.P.' 3
'Tauriello, G.' 4
'Studer, G.' 5
'Bordoli, L.' 6
'Schwede, T.' 7
#
#
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.type
_chem_comp.name
_chem_comp.formula
_chem_comp.formula_weight
_chem_comp.ma_provenance
ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core'
ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core'
ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core'
ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core'
CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core'
GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core'
GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core'
GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core'
HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core'
ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core'
LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core'
LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core'
MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core'
PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core'
PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core'
SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core'
THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core'
TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core'
TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core'
VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core'
#
#
loop_
_entity.id
_entity.type
_entity.src_method
_entity.pdbx_description
_entity.formula_weight
_entity.pdbx_number_of_molecules
_entity.details
1 polymer man . 103644.582 1 .
#
#
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_struct_ref.id
_struct_ref.entity_id
_struct_ref.db_name
_struct_ref.db_code
_struct_ref.pdbx_db_accession
_struct_ref.pdbx_align_begin
_struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code
_struct_ref.details
1 1 UNP TPX2_HUMAN Q9ULW0 1
;MSQVKSSYSYDAPSDFINFSSLDDEGDTQNIDSWFEEKANLENKLLGKNGTGGLFQGKTPLRKANLQQAI
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LETDRRGALKAQTWKHQLEEELRQQKEAACFKARPNTVISQEPFVPKKEKKSVAEGLSGSLVQEPFQLAT
EKRAKERQELEKRMAEVEAQKAQQLEEARLQEEEQKKEELARLRRELVHKANPIRKYQGLEIKSSDQPLT
VPVSPKFSTRFHC
;
'Targeting protein for Xklp2'
#
#
loop_
_struct_ref_seq.align_id
_struct_ref_seq.ref_id
_struct_ref_seq.seq_align_beg
_struct_ref_seq.seq_align_end
_struct_ref_seq.db_align_beg
_struct_ref_seq.db_align_end
1 1 1 783 1 783
#
#
loop_
_ma_target_ref_db_details.target_entity_id
_ma_target_ref_db_details.db_name
_ma_target_ref_db_details.db_name_other_details
_ma_target_ref_db_details.db_code
_ma_target_ref_db_details.db_accession
_ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform
_ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin
_ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end
_ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id
_ma_target_ref_db_details.organism_scientific
_ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date
_ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum
1 UNP . TPX2_HUMAN Q9ULW0 Q9ULW0-2 1 783 9606 'Homo sapiens (Human)' 2001-02-21
10C8E4122A53BF9E
#
#
loop_
_entity_poly.entity_id
_entity_poly.type
_entity_poly.nstd_linkage
_entity_poly.nstd_monomer
_entity_poly.pdbx_strand_id
_entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code
_entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can
1 polypeptide(L) no no B
;MSQVKSSYSYDAPSDFINFSSLDDEGDTQNIDSWFEEKANLENKLLGKNGTGGLFQGKTPLRKANLQQAI
VTPLKPVDNTYYKEAEKENLVEQSIPSNACSSLEVEAAISRKTPAQPQRRSLRLSAQKDLEQKEKHHVKM
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VNFTSELRKHPSSPARVTKGCTIVKPFNLSQGKKRTFDETVSTYVPLAQQVEDFHKRTPNRYHLRSKKDD
IKTGSCSVTQAGVQWRDHGSLQCPTPGLKQSSCLSLPNLLPSKSSVTKICRDPQTPVLQTKHRARAVTCK
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FEFHSRPCPTKILEDVVGVPEKKVLPITVPKSPAFALKNRIRMPTKEDEEEDEPVVIKAQPVPHYGVPFK
PQIPEARTVEICPFSFDSRDKERQLQKEKKIKELQKGEVPKFKALPLPHFDTINLPEKKVKNVTQIEPFC
LETDRRGALKAQTWKHQLEEELRQQKEAACFKARPNTVISQEPFVPKKEKKSVAEGLSGSLVQEPFQLAT
EKRAKERQELEKRMAEVEAQKAQQLEEARLQEEEQKKEELARLRRELVHKANPIRKYQGLEIKSSDQPLT
VPVSPKFSTRFHC
;

;MSQVKSSYSYDAPSDFINFSSLDDEGDTQNIDSWFEEKANLENKLLGKNGTGGLFQGKTPLRKANLQQAI
VTPLKPVDNTYYKEAEKENLVEQSIPSNACSSLEVEAAISRKTPAQPQRRSLRLSAQKDLEQKEKHHVKM
KAKRCATPVIIDEILPSKKMKVSNNKKKPEEEGSAHQDTAEKNASSPEKAKGRHTVPCMPPAKQKFLKST
EEQELEKSMKMQQEVVEMRKKNEEFKKLALAGIGQPVKKSVSQVTKSVDFHFRTDERIKQHPKNQEEYKE
VNFTSELRKHPSSPARVTKGCTIVKPFNLSQGKKRTFDETVSTYVPLAQQVEDFHKRTPNRYHLRSKKDD
IKTGSCSVTQAGVQWRDHGSLQCPTPGLKQSSCLSLPNLLPSKSSVTKICRDPQTPVLQTKHRARAVTCK
STAELEAEELEKLQQYKFKARELDPRILEGGPILPKKPPVKPPTEPIGFDLEIEKRIQERESKKKTEDEH
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EKRAKERQELEKRMAEVEAQKAQQLEEARLQEEEQKKEELARLRRELVHKANPIRKYQGLEIKSSDQPLT
VPVSPKFSTRFHC
;

#
#
loop_
_entity_poly_seq.entity_id
_entity_poly_seq.num
_entity_poly_seq.mon_id
_entity_poly_seq.hetero
1 1 MET .
1 2 SER .
1 3 GLN .
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1 5 LYS .
1 6 SER .
1 7 SER .
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1 9 SER .
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1 14 SER .
1 15 ASP .
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1 18 ASN .
1 19 PHE .
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1 21 SER .
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1 24 ASP .
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1 27 ASP .
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1 32 ASP .
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1 37 GLU .
1 38 LYS .
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1 159 LYS .
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1 161 LYS .
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1 165 ASN .
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1 171 GLU .
1 172 GLU .
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A 1 .
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A 1 157 SER 157 ? ? ? B .
A 1 158 LYS 158 ? ? ? B .
A 1 159 LYS 159 ? ? ? B .
A 1 160 MET 160 ? ? ? B .
A 1 161 LYS 161 ? ? ? B .
A 1 162 VAL 162 ? ? ? B .
A 1 163 SER 163 ? ? ? B .
A 1 164 ASN 164 ? ? ? B .
A 1 165 ASN 165 ? ? ? B .
A 1 166 LYS 166 ? ? ? B .
A 1 167 LYS 167 ? ? ? B .
A 1 168 LYS 168 ? ? ? B .
A 1 169 PRO 169 ? ? ? B .
A 1 170 GLU 170 ? ? ? B .
A 1 171 GLU 171 ? ? ? B .
A 1 172 GLU 172 ? ? ? B .
A 1 173 GLY 173 ? ? ? B .
A 1 174 SER 174 ? ? ? B .
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A 1 176 HIS 176 ? ? ? B .
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A 1 180 ALA 180 ? ? ? B .
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A 1 183 ASN 183 ? ? ? B .
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A 1 191 LYS 191 ? ? ? B .
A 1 192 GLY 192 ? ? ? B .
A 1 193 ARG 193 ? ? ? B .
A 1 194 HIS 194 ? ? ? B .
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A 1 200 PRO 200 ? ? ? B .
A 1 201 PRO 201 ? ? ? B .
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A 1 203 LYS 203 ? ? ? B .
A 1 204 GLN 204 ? ? ? B .
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A 1 210 THR 210 ? ? ? B .
A 1 211 GLU 211 ? ? ? B .
A 1 212 GLU 212 ? ? ? B .
A 1 213 GLN 213 ? ? ? B .
A 1 214 GLU 214 ? ? ? B .
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A 1 216 GLU 216 ? ? ? B .
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A 1 219 MET 219 ? ? ? B .
A 1 220 LYS 220 ? ? ? B .
A 1 221 MET 221 ? ? ? B .
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A 1 223 GLN 223 ? ? ? B .
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A 1 227 GLU 227 ? ? ? B .
A 1 228 MET 228 ? ? ? B .
A 1 229 ARG 229 ? ? ? B .
A 1 230 LYS 230 ? ? ? B .
A 1 231 LYS 231 ? ? ? B .
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A 1 237 LYS 237 ? ? ? B .
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A 1 240 LEU 240 ? ? ? B .
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A 1 242 GLY 242 ? ? ? B .
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A 1 413 ARG 413 ? ? ? B .
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A 1 419 CYS 419 ? ? ? B .
A 1 420 LYS 420 ? ? ? B .
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A 1 513 LYS 513 ? ? ? B .
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A 1 530 ARG 530 ? ? ? B .
A 1 531 ILE 531 ? ? ? B .
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A 1 574 PHE 574 ? ? ? B .
A 1 575 SER 575 ? ? ? B .
A 1 576 PHE 576 ? ? ? B .
A 1 577 ASP 577 ? ? ? B .
A 1 578 SER 578 ? ? ? B .
A 1 579 ARG 579 ? ? ? B .
A 1 580 ASP 580 ? ? ? B .
A 1 581 LYS 581 ? ? ? B .
A 1 582 GLU 582 ? ? ? B .
A 1 583 ARG 583 ? ? ? B .
A 1 584 GLN 584 ? ? ? B .
A 1 585 LEU 585 ? ? ? B .
A 1 586 GLN 586 ? ? ? B .
A 1 587 LYS 587 ? ? ? B .
A 1 588 GLU 588 ? ? ? B .
A 1 589 LYS 589 ? ? ? B .
A 1 590 LYS 590 ? ? ? B .
A 1 591 ILE 591 ? ? ? B .
A 1 592 LYS 592 ? ? ? B .
A 1 593 GLU 593 ? ? ? B .
A 1 594 LEU 594 ? ? ? B .
A 1 595 GLN 595 ? ? ? B .
A 1 596 LYS 596 ? ? ? B .
A 1 597 GLY 597 ? ? ? B .
A 1 598 GLU 598 ? ? ? B .
A 1 599 VAL 599 ? ? ? B .
A 1 600 PRO 600 ? ? ? B .
A 1 601 LYS 601 ? ? ? B .
A 1 602 PHE 602 ? ? ? B .
A 1 603 LYS 603 ? ? ? B .
A 1 604 ALA 604 ? ? ? B .
A 1 605 LEU 605 ? ? ? B .
A 1 606 PRO 606 ? ? ? B .
A 1 607 LEU 607 ? ? ? B .
A 1 608 PRO 608 ? ? ? B .
A 1 609 HIS 609 ? ? ? B .
A 1 610 PHE 610 ? ? ? B .
A 1 611 ASP 611 ? ? ? B .
A 1 612 THR 612 ? ? ? B .
A 1 613 ILE 613 ? ? ? B .
A 1 614 ASN 614 ? ? ? B .
A 1 615 LEU 615 ? ? ? B .
A 1 616 PRO 616 ? ? ? B .
A 1 617 GLU 617 ? ? ? B .
A 1 618 LYS 618 ? ? ? B .
A 1 619 LYS 619 ? ? ? B .
A 1 620 VAL 620 ? ? ? B .
A 1 621 LYS 621 ? ? ? B .
A 1 622 ASN 622 ? ? ? B .
A 1 623 VAL 623 ? ? ? B .
A 1 624 THR 624 ? ? ? B .
A 1 625 GLN 625 ? ? ? B .
A 1 626 ILE 626 ? ? ? B .
A 1 627 GLU 627 ? ? ? B .
A 1 628 PRO 628 ? ? ? B .
A 1 629 PHE 629 ? ? ? B .
A 1 630 CYS 630 ? ? ? B .
A 1 631 LEU 631 ? ? ? B .
A 1 632 GLU 632 ? ? ? B .
A 1 633 THR 633 ? ? ? B .
A 1 634 ASP 634 ? ? ? B .
A 1 635 ARG 635 ? ? ? B .
A 1 636 ARG 636 ? ? ? B .
A 1 637 GLY 637 ? ? ? B .
A 1 638 ALA 638 ? ? ? B .
A 1 639 LEU 639 ? ? ? B .
A 1 640 LYS 640 ? ? ? B .
A 1 641 ALA 641 ? ? ? B .
A 1 642 GLN 642 ? ? ? B .
A 1 643 THR 643 ? ? ? B .
A 1 644 TRP 644 ? ? ? B .
A 1 645 LYS 645 ? ? ? B .
A 1 646 HIS 646 ? ? ? B .
A 1 647 GLN 647 ? ? ? B .
A 1 648 LEU 648 ? ? ? B .
A 1 649 GLU 649 ? ? ? B .
A 1 650 GLU 650 ? ? ? B .
A 1 651 GLU 651 ? ? ? B .
A 1 652 LEU 652 ? ? ? B .
A 1 653 ARG 653 ? ? ? B .
A 1 654 GLN 654 ? ? ? B .
A 1 655 GLN 655 ? ? ? B .
A 1 656 LYS 656 ? ? ? B .
A 1 657 GLU 657 ? ? ? B .
A 1 658 ALA 658 ? ? ? B .
A 1 659 ALA 659 ? ? ? B .
A 1 660 CYS 660 ? ? ? B .
A 1 661 PHE 661 ? ? ? B .
A 1 662 LYS 662 ? ? ? B .
A 1 663 ALA 663 ? ? ? B .
A 1 664 ARG 664 ? ? ? B .
A 1 665 PRO 665 ? ? ? B .
A 1 666 ASN 666 ? ? ? B .
A 1 667 THR 667 ? ? ? B .
A 1 668 VAL 668 ? ? ? B .
A 1 669 ILE 669 ? ? ? B .
A 1 670 SER 670 ? ? ? B .
A 1 671 GLN 671 ? ? ? B .
A 1 672 GLU 672 ? ? ? B .
A 1 673 PRO 673 ? ? ? B .
A 1 674 PHE 674 ? ? ? B .
A 1 675 VAL 675 ? ? ? B .
A 1 676 PRO 676 ? ? ? B .
A 1 677 LYS 677 ? ? ? B .
A 1 678 LYS 678 ? ? ? B .
A 1 679 GLU 679 ? ? ? B .
A 1 680 LYS 680 ? ? ? B .
A 1 681 LYS 681 ? ? ? B .
A 1 682 SER 682 ? ? ? B .
A 1 683 VAL 683 ? ? ? B .
A 1 684 ALA 684 ? ? ? B .
A 1 685 GLU 685 ? ? ? B .
A 1 686 GLY 686 ? ? ? B .
A 1 687 LEU 687 ? ? ? B .
A 1 688 SER 688 ? ? ? B .
A 1 689 GLY 689 ? ? ? B .
A 1 690 SER 690 ? ? ? B .
A 1 691 LEU 691 ? ? ? B .
A 1 692 VAL 692 ? ? ? B .
A 1 693 GLN 693 ? ? ? B .
A 1 694 GLU 694 ? ? ? B .
A 1 695 PRO 695 ? ? ? B .
A 1 696 PHE 696 ? ? ? B .
A 1 697 GLN 697 ? ? ? B .
A 1 698 LEU 698 ? ? ? B .
A 1 699 ALA 699 ? ? ? B .
A 1 700 THR 700 ? ? ? B .
A 1 701 GLU 701 ? ? ? B .
A 1 702 LYS 702 ? ? ? B .
A 1 703 ARG 703 ? ? ? B .
A 1 704 ALA 704 ? ? ? B .
A 1 705 LYS 705 ? ? ? B .
A 1 706 GLU 706 ? ? ? B .
A 1 707 ARG 707 ? ? ? B .
A 1 708 GLN 708 ? ? ? B .
A 1 709 GLU 709 ? ? ? B .
A 1 710 LEU 710 ? ? ? B .
A 1 711 GLU 711 ? ? ? B .
A 1 712 LYS 712 ? ? ? B .
A 1 713 ARG 713 ? ? ? B .
A 1 714 MET 714 ? ? ? B .
A 1 715 ALA 715 ? ? ? B .
A 1 716 GLU 716 ? ? ? B .
A 1 717 VAL 717 ? ? ? B .
A 1 718 GLU 718 ? ? ? B .
A 1 719 ALA 719 ? ? ? B .
A 1 720 GLN 720 ? ? ? B .
A 1 721 LYS 721 ? ? ? B .
A 1 722 ALA 722 ? ? ? B .
A 1 723 GLN 723 ? ? ? B .
A 1 724 GLN 724 ? ? ? B .
A 1 725 LEU 725 ? ? ? B .
A 1 726 GLU 726 ? ? ? B .
A 1 727 GLU 727 ? ? ? B .
A 1 728 ALA 728 ? ? ? B .
A 1 729 ARG 729 ? ? ? B .
A 1 730 LEU 730 ? ? ? B .
A 1 731 GLN 731 ? ? ? B .
A 1 732 GLU 732 ? ? ? B .
A 1 733 GLU 733 ? ? ? B .
A 1 734 GLU 734 ? ? ? B .
A 1 735 GLN 735 ? ? ? B .
A 1 736 LYS 736 ? ? ? B .
A 1 737 LYS 737 ? ? ? B .
A 1 738 GLU 738 ? ? ? B .
A 1 739 GLU 739 ? ? ? B .
A 1 740 LEU 740 ? ? ? B .
A 1 741 ALA 741 ? ? ? B .
A 1 742 ARG 742 ? ? ? B .
A 1 743 LEU 743 ? ? ? B .
A 1 744 ARG 744 ? ? ? B .
A 1 745 ARG 745 ? ? ? B .
A 1 746 GLU 746 ? ? ? B .
A 1 747 LEU 747 ? ? ? B .
A 1 748 VAL 748 ? ? ? B .
A 1 749 HIS 749 ? ? ? B .
A 1 750 LYS 750 ? ? ? B .
A 1 751 ALA 751 ? ? ? B .
A 1 752 ASN 752 ? ? ? B .
A 1 753 PRO 753 ? ? ? B .
A 1 754 ILE 754 ? ? ? B .
A 1 755 ARG 755 ? ? ? B .
A 1 756 LYS 756 ? ? ? B .
A 1 757 TYR 757 ? ? ? B .
A 1 758 GLN 758 ? ? ? B .
A 1 759 GLY 759 ? ? ? B .
A 1 760 LEU 760 ? ? ? B .
A 1 761 GLU 761 ? ? ? B .
A 1 762 ILE 762 ? ? ? B .
A 1 763 LYS 763 ? ? ? B .
A 1 764 SER 764 ? ? ? B .
A 1 765 SER 765 ? ? ? B .
A 1 766 ASP 766 ? ? ? B .
A 1 767 GLN 767 ? ? ? B .
A 1 768 PRO 768 ? ? ? B .
A 1 769 LEU 769 ? ? ? B .
A 1 770 THR 770 ? ? ? B .
A 1 771 VAL 771 ? ? ? B .
A 1 772 PRO 772 ? ? ? B .
A 1 773 VAL 773 ? ? ? B .
A 1 774 SER 774 ? ? ? B .
A 1 775 PRO 775 ? ? ? B .
A 1 776 LYS 776 ? ? ? B .
A 1 777 PHE 777 ? ? ? B .
A 1 778 SER 778 ? ? ? B .
A 1 779 THR 779 ? ? ? B .
A 1 780 ARG 780 ? ? ? B .
A 1 781 PHE 781 ? ? ? B .
A 1 782 HIS 782 ? ? ? B .
A 1 783 CYS 783 ? ? ? B .
#
#
loop_
_ma_data.id
_ma_data.name
_ma_data.content_type
_ma_data.content_type_other_details
1
'TARGETING PROTEIN FOR XKLP2 {PDB ID=4c3p, label_asym_id=B, auth_asym_id=B, SMTL ID=4c3p.1.B}'
'template structure' .
2 . target .
3 'Target-template alignment by HHblits to 4c3p, label_asym_id=B'
'target-template alignment' .
4 'model 2' 'model coordinates' .
5 SMTL 'reference database' .
6 PDB 'reference database' .
7 'Template search output' other 'Results of the sequence search'
#
#
loop_
_ma_data_group.ordinal_id
_ma_data_group.group_id
_ma_data_group.data_id
1 1 2
2 1 5
3 1 6
4 2 7
5 3 2
6 3 1
7 3 3
8 4 1
9 4 3
10 5 4
#
#
loop_
_ma_data_ref_db.data_id
_ma_data_ref_db.name
_ma_data_ref_db.location_url
_ma_data_ref_db.version
_ma_data_ref_db.release_date
5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-12-25
6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-12-20
#
#
loop_
_ma_target_entity.entity_id
_ma_target_entity.data_id
_ma_target_entity.origin
1 2 'reference database'
#
#
loop_
_ma_target_entity_instance.asym_id
_ma_target_entity_instance.entity_id
_ma_target_entity_instance.details
A 1 .
#
#
loop_
_ma_template_trans_matrix.id
_ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1]
_ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1]
_ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1]
_ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2]
_ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2]
_ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2]
_ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3]
_ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3]
_ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3]
_ma_template_trans_matrix.tr_vector[1]
_ma_template_trans_matrix.tr_vector[2]
_ma_template_trans_matrix.tr_vector[3]
1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000
1.000000 0 0 0
#
#
loop_
_ma_template_details.ordinal_id
_ma_template_details.template_id
_ma_template_details.template_origin
_ma_template_details.template_entity_type
_ma_template_details.template_trans_matrix_id
_ma_template_details.template_data_id
_ma_template_details.target_asym_id
_ma_template_details.template_label_asym_id
_ma_template_details.template_label_entity_id
_ma_template_details.template_model_num
_ma_template_details.template_auth_asym_id
1 1 'reference database' polymer 1 1 A B 2 1 B
#
#
loop_
_ma_template_poly.template_id
_ma_template_poly.seq_one_letter_code
_ma_template_poly.seq_one_letter_code_can
1 MSQVKSSYSYDAPSDFINFSSLDDEGDTQNIDSWFEEKANLEN
MSQVKSSYSYDAPSDFINFSSLDDEGDTQNIDSWFEEKANLEN
#
#
loop_
_ma_template_poly_segment.id
_ma_template_poly_segment.template_id
_ma_template_poly_segment.residue_number_begin
_ma_template_poly_segment.residue_number_end
1 1 1 43
#
#
loop_
_ma_template_ref_db_details.template_id
_ma_template_ref_db_details.db_name
_ma_template_ref_db_details.db_name_other_details
_ma_template_ref_db_details.db_accession_code
_ma_template_ref_db_details.db_version_date
1 PDB . 4c3p 2023-12-20
#
#
loop_
_ma_target_template_poly_mapping.id
_ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id
_ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id
_ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin
_ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end
1 1 A 1 783
#
#
loop_
_ma_alignment_info.alignment_id
_ma_alignment_info.data_id
_ma_alignment_info.software_group_id
_ma_alignment_info.alignment_length
_ma_alignment_info.alignment_type
_ma_alignment_info.alignment_mode
1 3 1 783 'target-template pairwise alignment' local
#
#
loop_
_ma_alignment_details.ordinal_id
_ma_alignment_details.alignment_id
_ma_alignment_details.template_segment_id
_ma_alignment_details.target_asym_id
_ma_alignment_details.score_type
_ma_alignment_details.score_type_other_details
_ma_alignment_details.score_value
_ma_alignment_details.percent_sequence_identity
_ma_alignment_details.sequence_identity_denominator
_ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details
1 1 1 A 'HHblits e-value' . 7.9e-19 100.000
'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' .
#
#
loop_
_ma_alignment.ordinal_id
_ma_alignment.alignment_id
_ma_alignment.target_template_flag
_ma_alignment.sequence
1 1 1
MSQVKSSYSYDAPSDFINFSSLDDEGDTQNIDSWFEEKANLENKLLGKNGTGGLFQGKTPLRKANLQQAIVTPLKPVDNTYYKEAEKENLVEQSIPSNACSSLEVEAAISRKTPAQPQRRSLRLSAQKDLEQKEKHHVKMKAKRCATPVIIDEILPSKKMKVSNNKKKPEEEGSAHQDTAEKNASSPEKAKGRHTVPCMPPAKQKFLKSTEEQELEKSMKMQQEVVEMRKKNEEFKKLALAGIGQPVKKSVSQVTKSVDFHFRTDERIKQHPKNQEEYKEVNFTSELRKHPSSPARVTKGCTIVKPFNLSQGKKRTFDETVSTYVPLAQQVEDFHKRTPNRYHLRSKKDDIKTGSCSVTQAGVQWRDHGSLQCPTPGLKQSSCLSLPNLLPSKSSVTKICRDPQTPVLQTKHRARAVTCKSTAELEAEELEKLQQYKFKARELDPRILEGGPILPKKPPVKPPTEPIGFDLEIEKRIQERESKKKTEDEHFEFHSRPCPTKILEDVVGVPEKKVLPITVPKSPAFALKNRIRMPTKEDEEEDEPVVIKAQPVPHYGVPFKPQIPEARTVEICPFSFDSRDKERQLQKEKKIKELQKGEVPKFKALPLPHFDTINLPEKKVKNVTQIEPFCLETDRRGALKAQTWKHQLEEELRQQKEAACFKARPNTVISQEPFVPKKEKKSVAEGLSGSLVQEPFQLATEKRAKERQELEKRMAEVEAQKAQQLEEARLQEEEQKKEELARLRRELVHKANPIRKYQGLEIKSSDQPLTVPVSPKFSTRFHC
2 1 2
MSQVKSSYSYDAPSDFINFSSLDDEGDTQNIDSWFEEKANLEN--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
#
#
loop_
_ma_protocol_step.ordinal_id
_ma_protocol_step.protocol_id
_ma_protocol_step.step_id
_ma_protocol_step.method_type
_ma_protocol_step.step_name
_ma_protocol_step.details
_ma_protocol_step.software_group_id
_ma_protocol_step.input_data_group_id
_ma_protocol_step.output_data_group_id
1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2
1 2
2 1 2 'template selection' 'template selection'
'Automatic template selection by SWISS-MODEL {QSQE=0.000}' 3 2 4
3 1 3 modeling 'homology modeling'
'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 4c3p.1' 4 3 5
#
#
loop_
_ma_model_list.ordinal_id
_ma_model_list.model_id
_ma_model_list.model_group_id
_ma_model_list.model_name
_ma_model_list.model_group_name
_ma_model_list.data_id
_ma_model_list.model_type
_ma_model_list.model_type_other_details
1 1 1 'model 2' . 4 'Homology model' .
#
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
ATOM 1 N N . SER 6 6 ? A 17.750 16.978 -11.981 1 1 B SER 0.540 1
ATOM 2 C CA . SER 6 6 ? A 17.951 17.996 -10.878 1 1 B SER 0.540 1
ATOM 3 C C . SER 6 6 ? A 18.967 19.102 -11.146 1 1 B SER 0.540 1
ATOM 4 O O . SER 6 6 ? A 18.711 20.251 -10.821 1 1 B SER 0.540 1
ATOM 5 C CB . SER 6 6 ? A 18.189 17.322 -9.492 1 1 B SER 0.540 1
ATOM 6 O OG . SER 6 6 ? A 17.604 18.132 -8.475 1 1 B SER 0.540 1
ATOM 7 N N . SER 7 7 ? A 20.120 18.810 -11.798 1 1 B SER 0.690 1
ATOM 8 C CA . SER 7 7 ? A 21.128 19.837 -12.110 1 1 B SER 0.690 1
ATOM 9 C C . SER 7 7 ? A 20.962 20.448 -13.511 1 1 B SER 0.690 1
ATOM 10 O O . SER 7 7 ? A 21.430 21.548 -13.785 1 1 B SER 0.690 1
ATOM 11 C CB . SER 7 7 ? A 22.545 19.194 -11.983 1 1 B SER 0.690 1
ATOM 12 O OG . SER 7 7 ? A 23.590 20.159 -11.915 1 1 B SER 0.690 1
ATOM 13 N N . TYR 8 8 ? A 20.235 19.769 -14.434 1 1 B TYR 0.770 1
ATOM 14 C CA . TYR 8 8 ? A 19.907 20.269 -15.776 1 1 B TYR 0.770 1
ATOM 15 C C . TYR 8 8 ? A 21.103 20.484 -16.701 1 1 B TYR 0.770 1
ATOM 16 O O . TYR 8 8 ? A 21.034 21.219 -17.687 1 1 B TYR 0.770 1
ATOM 17 C CB . TYR 8 8 ? A 18.975 21.510 -15.751 1 1 B TYR 0.770 1
ATOM 18 C CG . TYR 8 8 ? A 17.665 21.157 -15.109 1 1 B TYR 0.770 1
ATOM 19 C CD1 . TYR 8 8 ? A 16.625 20.637 -15.890 1 1 B TYR 0.770 1
ATOM 20 C CD2 . TYR 8 8 ? A 17.466 21.312 -13.726 1 1 B TYR 0.770 1
ATOM 21 C CE1 . TYR 8 8 ? A 15.419 20.241 -15.301 1 1 B TYR 0.770 1
ATOM 22 C CE2 . TYR 8 8 ? A 16.258 20.919 -13.131 1 1 B TYR 0.770 1
ATOM 23 C CZ . TYR 8 8 ? A 15.243 20.366 -13.920 1 1 B TYR 0.770 1
ATOM 24 O OH . TYR 8 8 ? A 14.043 19.927 -13.326 1 1 B TYR 0.770 1
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ATOM 42 O OH . TYR 10 10 ? A 16.570 18.988 -18.972 1 1 B TYR 0.520 1
ATOM 43 N N . ASP 11 11 ? A 24.611 16.810 -21.979 1 1 B ASP 0.810 1
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ATOM 49 O OD1 . ASP 11 11 ? A 27.330 15.779 -21.018 1 1 B ASP 0.810 1
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ATOM 102 O OD1 . ASN 18 18 ? A 26.440 35.582 -36.483 1 1 B ASN 0.580 1
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ATOM 104 N N . PHE 19 19 ? A 23.982 33.217 -35.941 1 1 B PHE 0.810 1
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ATOM 108 C CB . PHE 19 19 ? A 21.631 32.808 -36.593 1 1 B PHE 0.810 1
ATOM 109 C CG . PHE 19 19 ? A 21.217 31.956 -35.438 1 1 B PHE 0.810 1
ATOM 110 C CD1 . PHE 19 19 ? A 21.183 30.562 -35.590 1 1 B PHE 0.810 1
ATOM 111 C CD2 . PHE 19 19 ? A 20.815 32.525 -34.219 1 1 B PHE 0.810 1
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ATOM 123 C C . SER 21 21 ? A 26.947 31.031 -40.563 1 1 B SER 0.540 1
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ATOM 130 O O . LEU 22 22 ? A 26.212 27.825 -39.710 1 1 B LEU 0.500 1
ATOM 131 C CB . LEU 22 22 ? A 29.349 28.216 -40.986 1 1 B LEU 0.500 1
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ATOM 135 O OXT . LEU 22 22 ? A 26.875 26.575 -41.438 1 1 B LEU 0.500 1
#
#
loop_
_atom_type.symbol
C
N
O
#
#
loop_
_ma_qa_metric.id
_ma_qa_metric.name
_ma_qa_metric.description
_ma_qa_metric.type
_ma_qa_metric.mode
_ma_qa_metric.type_other_details
_ma_qa_metric.software_group_id
1 QMEANDisCo 'Predicted accuracy according to all-atom lDDT in [0,1].'
'pLDDT all-atom in [0,1]' local . 5
2 QMEANDisCo 'Predicted accuracy according to all-atom lDDT in [0,1].'
'pLDDT all-atom in [0,1]' global . 5
3 GMQE
'Global Model Quality Estimate of the model accuracy, calculated by SWISS-MODEL.'
'normalized score' global . 6
#
#
loop_
_ma_qa_metric_global.ordinal_id
_ma_qa_metric_global.model_id
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1 1 2 0.667
2 1 3 0
#
#
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_ma_qa_metric_local.ordinal_id
_ma_qa_metric_local.model_id
_ma_qa_metric_local.label_asym_id
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_ma_qa_metric_local.metric_id
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1 1 A 6 SER 1 0.540
2 1 A 7 SER 1 0.690
3 1 A 8 TYR 1 0.770
4 1 A 9 SER 1 0.580
5 1 A 10 TYR 1 0.520
6 1 A 11 ASP 1 0.810
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8 1 A 13 PRO 1 0.590
9 1 A 14 SER 1 0.590
10 1 A 15 ASP 1 0.810
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15 1 A 20 SER 1 0.830
16 1 A 21 SER 1 0.540
17 1 A 22 LEU 1 0.500
#
#
loop_
_pdbx_data_usage.id
_pdbx_data_usage.type
_pdbx_data_usage.details
_pdbx_data_usage.url
1 license
;This SWISS-MODEL protein model is copyright.
It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational
Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the
Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This
model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons
Attribution-ShareAlike 4.0 International License
(https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you
can copy and redistribute the model in any medium or format,
transform and build upon the model for any purpose, even
commercially, under the following terms:
Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to
the license, and indicate if changes were made. You may do so in any
reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor
endorses you or your use. When you publish, patent or distribute
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the corresponding papers mentioned under JRNL.
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you must distribute your contributions under the same license as the
original.
No additional restrictions - you may not apply legal terms or
technological measures that legally restrict others from doing
anything the license permits.
Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the
CC BY-SA 4.0 license at this link:
https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/
;
https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode
2 disclaimer
;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for
proteins. The results of any theoretical modelling procedure is
NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may
contain significant errors. This is especially true for automated
modeling since there is no human intervention during model
building. Please read the header section and the logfile carefully
to know what templates and alignments were used during the model
building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is
provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied.
;
https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer
#