data_SMR-a037c40e0215ec11dd60e1bd025b3974_1 _entry.id SMR-a037c40e0215ec11dd60e1bd025b3974_1 _struct.entry_id SMR-a037c40e0215ec11dd60e1bd025b3974_1 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - Q9H869 (isoform 2)/ YYAP1_HUMAN, YY1-associated protein 1 Estimated model accuracy of this model is 0.004, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries Q9H869 (isoform 2)' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' UNK 'L-peptide linking' UNKNOWN . . 'CCD local' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 111261.348 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP YYAP1_HUMAN Q9H869 1 ;MAGVGRSGGPWGRTRGGRSGRLGVSLGALSSLPLEELPRPLCCRRCRRHFGFALRGETIPVSVAGSASSQ FAPLALHLSLLLSRISASRLTRWPPPDKREGSAVDPGKRRSLAATPSSSLPCTLIALGLRHEKEANELME DLFETFQDEMGFSNMEDDGPEEEERVAEPQANFNTPQALRFEELLANLLNEQHQIAKELFEQLKMKKPSA KQQKEVEKVKPQCKEVHQTLILDPAQRKRLQQQMQQHVQLLTQIHLLATCNPNLNPEASSTRICLKELGT FAQSSIALHHQYNPKFQTLFQPCNLMGAMQLIEDFSTHVSIDCSPHKTVKKTANEFPCLPKQVAWILATS KVFMYPELLPVCSLKAKNPQDKILFTKAEDNKYLLTCKTARQLTVRIKNLNMNRAPDNIIKFYKKTKQLP VLGKCCEEIQPHQWKPPIEREEHRLPFWLKASLPSIQEELRHMADGAREVGNMTGTTEINSDQGLEKDNS ELGSETRYPLLLPKGVVLKLKPVADRFPKKAWRQKRSSVLKPLLIQPSPSLQPSFNPGKTPAQSTHSEAP PSKMVLRIPHPIQPATVLQTVPGVPPLGVSGGESFESPAALPAMPPEARTSFPLSESQTLLSSAPVPKVM MPSPASSMFRKPYVRRRPSKRRGARAFRCIKPAPVIHPASVIFTVPATTVKIVSLGGGCNMIQPVNAAVA QSPQTIPIATLLVNPTSFPCPLNQPLVASSVSPLIVSGNSVNLPIPSTPEDKAHMNVDIACAVADGENAF QGLEPKLEPQELSPLSATVFPKVEHSPGPPPVDKQCQEGLSENSAYRWTVVKTEEGRQALEPLPQGIQES LNNSSPGDLEEVVKMEPEDATEEISGFL ; 'YY1-associated protein 1' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 868 1 868 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . YYAP1_HUMAN Q9H869 Q9H869-2 1 868 9606 'Homo sapiens (Human)' 2007-05-15 07F36903760F9C75 # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no B ;MAGVGRSGGPWGRTRGGRSGRLGVSLGALSSLPLEELPRPLCCRRCRRHFGFALRGETIPVSVAGSASSQ FAPLALHLSLLLSRISASRLTRWPPPDKREGSAVDPGKRRSLAATPSSSLPCTLIALGLRHEKEANELME DLFETFQDEMGFSNMEDDGPEEEERVAEPQANFNTPQALRFEELLANLLNEQHQIAKELFEQLKMKKPSA KQQKEVEKVKPQCKEVHQTLILDPAQRKRLQQQMQQHVQLLTQIHLLATCNPNLNPEASSTRICLKELGT FAQSSIALHHQYNPKFQTLFQPCNLMGAMQLIEDFSTHVSIDCSPHKTVKKTANEFPCLPKQVAWILATS KVFMYPELLPVCSLKAKNPQDKILFTKAEDNKYLLTCKTARQLTVRIKNLNMNRAPDNIIKFYKKTKQLP VLGKCCEEIQPHQWKPPIEREEHRLPFWLKASLPSIQEELRHMADGAREVGNMTGTTEINSDQGLEKDNS ELGSETRYPLLLPKGVVLKLKPVADRFPKKAWRQKRSSVLKPLLIQPSPSLQPSFNPGKTPAQSTHSEAP PSKMVLRIPHPIQPATVLQTVPGVPPLGVSGGESFESPAALPAMPPEARTSFPLSESQTLLSSAPVPKVM MPSPASSMFRKPYVRRRPSKRRGARAFRCIKPAPVIHPASVIFTVPATTVKIVSLGGGCNMIQPVNAAVA QSPQTIPIATLLVNPTSFPCPLNQPLVASSVSPLIVSGNSVNLPIPSTPEDKAHMNVDIACAVADGENAF QGLEPKLEPQELSPLSATVFPKVEHSPGPPPVDKQCQEGLSENSAYRWTVVKTEEGRQALEPLPQGIQES LNNSSPGDLEEVVKMEPEDATEEISGFL ; ;MAGVGRSGGPWGRTRGGRSGRLGVSLGALSSLPLEELPRPLCCRRCRRHFGFALRGETIPVSVAGSASSQ FAPLALHLSLLLSRISASRLTRWPPPDKREGSAVDPGKRRSLAATPSSSLPCTLIALGLRHEKEANELME DLFETFQDEMGFSNMEDDGPEEEERVAEPQANFNTPQALRFEELLANLLNEQHQIAKELFEQLKMKKPSA KQQKEVEKVKPQCKEVHQTLILDPAQRKRLQQQMQQHVQLLTQIHLLATCNPNLNPEASSTRICLKELGT FAQSSIALHHQYNPKFQTLFQPCNLMGAMQLIEDFSTHVSIDCSPHKTVKKTANEFPCLPKQVAWILATS KVFMYPELLPVCSLKAKNPQDKILFTKAEDNKYLLTCKTARQLTVRIKNLNMNRAPDNIIKFYKKTKQLP VLGKCCEEIQPHQWKPPIEREEHRLPFWLKASLPSIQEELRHMADGAREVGNMTGTTEINSDQGLEKDNS ELGSETRYPLLLPKGVVLKLKPVADRFPKKAWRQKRSSVLKPLLIQPSPSLQPSFNPGKTPAQSTHSEAP PSKMVLRIPHPIQPATVLQTVPGVPPLGVSGGESFESPAALPAMPPEARTSFPLSESQTLLSSAPVPKVM MPSPASSMFRKPYVRRRPSKRRGARAFRCIKPAPVIHPASVIFTVPATTVKIVSLGGGCNMIQPVNAAVA QSPQTIPIATLLVNPTSFPCPLNQPLVASSVSPLIVSGNSVNLPIPSTPEDKAHMNVDIACAVADGENAF QGLEPKLEPQELSPLSATVFPKVEHSPGPPPVDKQCQEGLSENSAYRWTVVKTEEGRQALEPLPQGIQES LNNSSPGDLEEVVKMEPEDATEEISGFL ; # # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET . 1 2 ALA . 1 3 GLY . 1 4 VAL . 1 5 GLY . 1 6 ARG . 1 7 SER . 1 8 GLY . 1 9 GLY . 1 10 PRO . 1 11 TRP . 1 12 GLY . 1 13 ARG . 1 14 THR . 1 15 ARG . 1 16 GLY . 1 17 GLY . 1 18 ARG . 1 19 SER . 1 20 GLY . 1 21 ARG . 1 22 LEU . 1 23 GLY . 1 24 VAL . 1 25 SER . 1 26 LEU . 1 27 GLY . 1 28 ALA . 1 29 LEU . 1 30 SER . 1 31 SER . 1 32 LEU . 1 33 PRO . 1 34 LEU . 1 35 GLU . 1 36 GLU . 1 37 LEU . 1 38 PRO . 1 39 ARG . 1 40 PRO . 1 41 LEU . 1 42 CYS . 1 43 CYS . 1 44 ARG . 1 45 ARG . 1 46 CYS . 1 47 ARG . 1 48 ARG . 1 49 HIS . 1 50 PHE . 1 51 GLY . 1 52 PHE . 1 53 ALA . 1 54 LEU . 1 55 ARG . 1 56 GLY . 1 57 GLU . 1 58 THR . 1 59 ILE . 1 60 PRO . 1 61 VAL . 1 62 SER . 1 63 VAL . 1 64 ALA . 1 65 GLY . 1 66 SER . 1 67 ALA . 1 68 SER . 1 69 SER . 1 70 GLN . 1 71 PHE . 1 72 ALA . 1 73 PRO . 1 74 LEU . 1 75 ALA . 1 76 LEU . 1 77 HIS . 1 78 LEU . 1 79 SER . 1 80 LEU . 1 81 LEU . 1 82 LEU . 1 83 SER . 1 84 ARG . 1 85 ILE . 1 86 SER . 1 87 ALA . 1 88 SER . 1 89 ARG . 1 90 LEU . 1 91 THR . 1 92 ARG . 1 93 TRP . 1 94 PRO . 1 95 PRO . 1 96 PRO . 1 97 ASP . 1 98 LYS . 1 99 ARG . 1 100 GLU . 1 101 GLY . 1 102 SER . 1 103 ALA . 1 104 VAL . 1 105 ASP . 1 106 PRO . 1 107 GLY . 1 108 LYS . 1 109 ARG . 1 110 ARG . 1 111 SER . 1 112 LEU . 1 113 ALA . 1 114 ALA . 1 115 THR . 1 116 PRO . 1 117 SER . 1 118 SER . 1 119 SER . 1 120 LEU . 1 121 PRO . 1 122 CYS . 1 123 THR . 1 124 LEU . 1 125 ILE . 1 126 ALA . 1 127 LEU . 1 128 GLY . 1 129 LEU . 1 130 ARG . 1 131 HIS . 1 132 GLU . 1 133 LYS . 1 134 GLU . 1 135 ALA . 1 136 ASN . 1 137 GLU . 1 138 LEU . 1 139 MET . 1 140 GLU . 1 141 ASP . 1 142 LEU . 1 143 PHE . 1 144 GLU . 1 145 THR . 1 146 PHE . 1 147 GLN . 1 148 ASP . 1 149 GLU . 1 150 MET . 1 151 GLY . 1 152 PHE . 1 153 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B . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'Tubulin beta chain {PDB ID=8v4l, label_asym_id=B, auth_asym_id=B, SMTL ID=8v4l.1.B}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 8v4l, label_asym_id=B' 'target-template alignment' . 4 'model 1' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-12-25 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-12-20 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A B 2 1 B # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;MREIVHIQAGQCGNQIGAKFWEVISDEHGIDPTGSYHGDSDLQLERINVYYNEAAGNKYVPRAILVDLEP GTMDSVRSGPFGQIFRPDNFVFGQSGAGNNWAKGHYTEGAELVDSVLDVVRKESESCDCLQGFQLTHSLG GGTGSGMGTLLISKIREEYPDRIMNTFSVVPSPKVSDTVVEPYNATLSVHQLVENTDETYCIDNEALYDI CFRTLKLTTPTYGDLNHLVSATMSGVTTCLRFPGQLNADLRKLAVNMVPFPRLHFFMPGFAPLTSRGSQQ YRALTVPELTQQMFDAKNMMAACDPRHGRYLTVAAVFRGRMSMKEVDEQMLNVQNKNSSYFVEWIPNNVK TAVCDIPPRGLKMSATFIGNSTAIQELFKRISEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNMNDLVS EYQQYQDATADEQGEFEEEGEEDEA(UNK)(UNK)E(UNK)(UNK) ; ;MREIVHIQAGQCGNQIGAKFWEVISDEHGIDPTGSYHGDSDLQLERINVYYNEAAGNKYVPRAILVDLEP GTMDSVRSGPFGQIFRPDNFVFGQSGAGNNWAKGHYTEGAELVDSVLDVVRKESESCDCLQGFQLTHSLG GGTGSGMGTLLISKIREEYPDRIMNTFSVVPSPKVSDTVVEPYNATLSVHQLVENTDETYCIDNEALYDI CFRTLKLTTPTYGDLNHLVSATMSGVTTCLRFPGQLNADLRKLAVNMVPFPRLHFFMPGFAPLTSRGSQQ YRALTVPELTQQMFDAKNMMAACDPRHGRYLTVAAVFRGRMSMKEVDEQMLNVQNKNSSYFVEWIPNNVK TAVCDIPPRGLKMSATFIGNSTAIQELFKRISEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNMNDLVS EYQQYQDATADEQGEFEEEGEEDEAXXEXX ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 409 446 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 8v4l 2024-10-23 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 868 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 868 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 38.000 28.947 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MAGVGRSGGPWGRTRGGRSGRLGVSLGALSSLPLEELPRPLCCRRCRRHFGFALRGETIPVSVAGSASSQFAPLALHLSLLLSRISASRLTRWPPPDKREGSAVDPGKRRSLAATPSSSLPCTLIALGLRHEKEANELMEDLFETFQDEMGFSNMEDDGPEEEERVAEPQANFNTPQALRFEELLANLLNEQHQIAKELFEQLKMKKPSAKQQKEVEKVKPQCKEVHQTLILDPAQRKRLQQQMQQHVQLLTQIHLLATCNPNLNPEASSTRICLKELGTFAQSSIALHHQYNPKFQTLFQPCNLMGAMQLIEDFSTHVSIDCSPHKTVKKTANEFPCLPKQVAWILATSKVFMYPELLPVCSLKAKNPQDKILFTKAEDNKYLLTCKTARQLTVRIKNLNMNRAPDNIIKFYKKTKQLPVLGKCCEEIQPHQWKPPIEREEHRLPFWLKASLPSIQEELRHMADGAREVGNMTGTTEINSDQGLEKDNSELGSETRYPLLLPKGVVLKLKPVADRFPKKAWRQKRSSVLKPLLIQPSPSLQPSFNPGKTPAQSTHSEAPPSKMVLRIPHPIQPATVLQTVPGVPPLGVSGGESFESPAALPAMPPEARTSFPLSESQTLLSSAPVPKVMMPSPASSMFRKPYVRRRPSKRRGARAFRCIKPAPVIHPASVIFTVPATTVKIVSLGGGCNMIQPVNAAVAQSPQTIPIATLLVNPTSFPCPLNQPLVASSVSPLIVSGNSVNLPIPSTPEDKAHMNVDIACAVADGENAFQGLEPKLEPQELSPLSATVFPKVEHSPGPPPVDKQCQEGLSENSAYRWTVVKTEEGRQALEPLPQGIQESLNNSSPGDLEEVVKMEPEDATEEISGFL 2 1 2 ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TEAESNMNDLVSEYQQYQDATADEQGEFEEEGEEDEAX-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL {QSQE=0.000}' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 8v4l.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 1' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . LYS 133 133 ? A 402.419 372.774 323.557 1 1 B LYS 0.390 1 ATOM 2 C CA . LYS 133 133 ? A 402.771 373.979 322.738 1 1 B LYS 0.390 1 ATOM 3 C C . LYS 133 133 ? A 402.728 373.688 321.251 1 1 B LYS 0.390 1 ATOM 4 O O . LYS 133 133 ? A 401.898 374.273 320.589 1 1 B LYS 0.390 1 ATOM 5 C CB . LYS 133 133 ? A 404.079 374.634 323.243 1 1 B LYS 0.390 1 ATOM 6 C CG . LYS 133 133 ? A 403.935 375.246 324.654 1 1 B LYS 0.390 1 ATOM 7 C CD . LYS 133 133 ? A 405.248 375.867 325.160 1 1 B LYS 0.390 1 ATOM 8 C CE . LYS 133 133 ? A 405.133 376.483 326.562 1 1 B LYS 0.390 1 ATOM 9 N NZ . LYS 133 133 ? A 406.442 377.008 327.010 1 1 B LYS 0.390 1 ATOM 10 N N . GLU 134 134 ? A 403.486 372.695 320.738 1 1 B GLU 0.380 1 ATOM 11 C CA . GLU 134 134 ? A 403.493 372.343 319.326 1 1 B GLU 0.380 1 ATOM 12 C C . GLU 134 134 ? A 402.113 372.050 318.737 1 1 B GLU 0.380 1 ATOM 13 O O . GLU 134 134 ? A 401.762 372.540 317.683 1 1 B GLU 0.380 1 ATOM 14 C CB . GLU 134 134 ? A 404.393 371.108 319.168 1 1 B GLU 0.380 1 ATOM 15 C CG . GLU 134 134 ? A 405.902 371.440 319.249 1 1 B GLU 0.380 1 ATOM 16 C CD . GLU 134 134 ? A 406.755 370.173 319.300 1 1 B GLU 0.380 1 ATOM 17 O OE1 . GLU 134 134 ? A 406.219 369.131 319.758 1 1 B GLU 0.380 1 ATOM 18 O OE2 . GLU 134 134 ? A 407.948 370.256 318.919 1 1 B GLU 0.380 1 ATOM 19 N N . ALA 135 135 ? A 401.252 371.302 319.476 1 1 B ALA 0.610 1 ATOM 20 C CA . ALA 135 135 ? A 399.877 371.073 319.055 1 1 B ALA 0.610 1 ATOM 21 C C . ALA 135 135 ? A 399.035 372.344 318.891 1 1 B ALA 0.610 1 ATOM 22 O O . ALA 135 135 ? A 398.306 372.494 317.911 1 1 B ALA 0.610 1 ATOM 23 C CB . ALA 135 135 ? A 399.193 370.106 320.046 1 1 B ALA 0.610 1 ATOM 24 N N . ASN 136 136 ? A 399.167 373.304 319.831 1 1 B ASN 0.570 1 ATOM 25 C CA . ASN 136 136 ? A 398.560 374.626 319.757 1 1 B ASN 0.570 1 ATOM 26 C C . ASN 136 136 ? A 399.076 375.431 318.574 1 1 B ASN 0.570 1 ATOM 27 O O . ASN 136 136 ? A 398.278 375.932 317.796 1 1 B ASN 0.570 1 ATOM 28 C CB . ASN 136 136 ? A 398.800 375.432 321.062 1 1 B ASN 0.570 1 ATOM 29 C CG . ASN 136 136 ? A 398.058 374.814 322.216 1 1 B ASN 0.570 1 ATOM 30 O OD1 . ASN 136 136 ? A 397.098 374.010 322.045 1 1 B ASN 0.570 1 ATOM 31 N ND2 . ASN 136 136 ? A 398.436 375.146 323.467 1 1 B ASN 0.570 1 ATOM 32 N N . GLU 137 137 ? A 400.419 375.485 318.374 1 1 B GLU 0.600 1 ATOM 33 C CA . GLU 137 137 ? A 401.038 376.169 317.249 1 1 B GLU 0.600 1 ATOM 34 C C . GLU 137 137 ? A 400.574 375.595 315.908 1 1 B GLU 0.600 1 ATOM 35 O O . GLU 137 137 ? A 400.069 376.306 315.058 1 1 B GLU 0.600 1 ATOM 36 C CB . GLU 137 137 ? A 402.589 376.114 317.383 1 1 B GLU 0.600 1 ATOM 37 C CG . GLU 137 137 ? A 403.139 376.962 318.567 1 1 B GLU 0.600 1 ATOM 38 C CD . GLU 137 137 ? A 404.627 376.773 318.889 1 1 B GLU 0.600 1 ATOM 39 O OE1 . GLU 137 137 ? A 405.295 375.937 318.229 1 1 B GLU 0.600 1 ATOM 40 O OE2 . GLU 137 137 ? A 405.078 377.410 319.876 1 1 B GLU 0.600 1 ATOM 41 N N . LEU 138 138 ? A 400.596 374.256 315.735 1 1 B LEU 0.590 1 ATOM 42 C CA . LEU 138 138 ? A 400.135 373.628 314.504 1 1 B LEU 0.590 1 ATOM 43 C C . LEU 138 138 ? A 398.648 373.803 314.210 1 1 B LEU 0.590 1 ATOM 44 O O . LEU 138 138 ? A 398.220 373.884 313.060 1 1 B LEU 0.590 1 ATOM 45 C CB . LEU 138 138 ? A 400.516 372.132 314.455 1 1 B LEU 0.590 1 ATOM 46 C CG . LEU 138 138 ? A 402.036 371.863 314.391 1 1 B LEU 0.590 1 ATOM 47 C CD1 . LEU 138 138 ? A 402.321 370.360 314.515 1 1 B LEU 0.590 1 ATOM 48 C CD2 . LEU 138 138 ? A 402.687 372.414 313.113 1 1 B LEU 0.590 1 ATOM 49 N N . MET 139 139 ? A 397.800 373.881 315.257 1 1 B MET 0.570 1 ATOM 50 C CA . MET 139 139 ? A 396.420 374.302 315.103 1 1 B MET 0.570 1 ATOM 51 C C . MET 139 139 ? A 396.268 375.753 314.655 1 1 B MET 0.570 1 ATOM 52 O O . MET 139 139 ? A 395.423 376.056 313.812 1 1 B MET 0.570 1 ATOM 53 C CB . MET 139 139 ? A 395.596 374.039 316.375 1 1 B MET 0.570 1 ATOM 54 C CG . MET 139 139 ? A 394.103 374.383 316.208 1 1 B MET 0.570 1 ATOM 55 S SD . MET 139 139 ? A 392.965 373.294 317.121 1 1 B MET 0.570 1 ATOM 56 C CE . MET 139 139 ? A 393.723 373.446 318.764 1 1 B MET 0.570 1 ATOM 57 N N . GLU 140 140 ? A 397.105 376.682 315.177 1 1 B GLU 0.640 1 ATOM 58 C CA . GLU 140 140 ? A 397.205 378.046 314.681 1 1 B GLU 0.640 1 ATOM 59 C C . GLU 140 140 ? A 397.641 378.085 313.220 1 1 B GLU 0.640 1 ATOM 60 O O . GLU 140 140 ? A 396.967 378.711 312.416 1 1 B GLU 0.640 1 ATOM 61 C CB . GLU 140 140 ? A 398.118 378.924 315.575 1 1 B GLU 0.640 1 ATOM 62 C CG . GLU 140 140 ? A 397.488 379.186 316.968 1 1 B GLU 0.640 1 ATOM 63 C CD . GLU 140 140 ? A 398.341 380.015 317.933 1 1 B GLU 0.640 1 ATOM 64 O OE1 . GLU 140 140 ? A 399.510 380.336 317.618 1 1 B GLU 0.640 1 ATOM 65 O OE2 . GLU 140 140 ? A 397.796 380.322 319.028 1 1 B GLU 0.640 1 ATOM 66 N N . ASP 141 141 ? A 398.671 377.298 312.820 1 1 B ASP 0.640 1 ATOM 67 C CA . ASP 141 141 ? A 399.068 377.175 311.422 1 1 B ASP 0.640 1 ATOM 68 C C . ASP 141 141 ? A 397.897 376.716 310.535 1 1 B ASP 0.640 1 ATOM 69 O O . ASP 141 141 ? A 397.621 377.288 309.489 1 1 B ASP 0.640 1 ATOM 70 C CB . ASP 141 141 ? A 400.265 376.197 311.219 1 1 B ASP 0.640 1 ATOM 71 C CG . ASP 141 141 ? A 401.519 376.607 311.978 1 1 B ASP 0.640 1 ATOM 72 O OD1 . ASP 141 141 ? A 401.833 377.817 312.000 1 1 B ASP 0.640 1 ATOM 73 O OD2 . ASP 141 141 ? A 402.217 375.685 312.468 1 1 B ASP 0.640 1 ATOM 74 N N . LEU 142 142 ? A 397.117 375.712 310.990 1 1 B LEU 0.600 1 ATOM 75 C CA . LEU 142 142 ? A 395.898 375.260 310.333 1 1 B LEU 0.600 1 ATOM 76 C C . LEU 142 142 ? A 394.806 376.324 310.221 1 1 B LEU 0.600 1 ATOM 77 O O . LEU 142 142 ? A 394.107 376.430 309.214 1 1 B LEU 0.600 1 ATOM 78 C CB . LEU 142 142 ? A 395.345 373.996 311.025 1 1 B LEU 0.600 1 ATOM 79 C CG . LEU 142 142 ? 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A 398.268 402.236 276.584 1 1 B GLN 0.460 1 # # loop_ _atom_type.symbol C N O S # # loop_ _ma_qa_metric.id _ma_qa_metric.name _ma_qa_metric.description _ma_qa_metric.type _ma_qa_metric.mode _ma_qa_metric.type_other_details _ma_qa_metric.software_group_id 1 QMEANDisCo 'Predicted accuracy according to all-atom lDDT in [0,1].' 'pLDDT all-atom in [0,1]' local . 5 2 QMEANDisCo 'Predicted accuracy according to all-atom lDDT in [0,1].' 'pLDDT all-atom in [0,1]' global . 5 3 GMQE 'Global Model Quality Estimate of the model accuracy, calculated by SWISS-MODEL.' 'normalized score' global . 6 # # loop_ _ma_qa_metric_global.ordinal_id _ma_qa_metric_global.model_id _ma_qa_metric_global.metric_id _ma_qa_metric_global.metric_value 1 1 2 0.505 2 1 3 0.004 # # loop_ _ma_qa_metric_local.ordinal_id _ma_qa_metric_local.model_id _ma_qa_metric_local.label_asym_id _ma_qa_metric_local.label_seq_id _ma_qa_metric_local.label_comp_id _ma_qa_metric_local.metric_id _ma_qa_metric_local.metric_value 1 1 A 133 LYS 1 0.390 2 1 A 134 GLU 1 0.380 3 1 A 135 ALA 1 0.610 4 1 A 136 ASN 1 0.570 5 1 A 137 GLU 1 0.600 6 1 A 138 LEU 1 0.590 7 1 A 139 MET 1 0.570 8 1 A 140 GLU 1 0.640 9 1 A 141 ASP 1 0.640 10 1 A 142 LEU 1 0.600 11 1 A 143 PHE 1 0.540 12 1 A 144 GLU 1 0.580 13 1 A 145 THR 1 0.570 14 1 A 146 PHE 1 0.460 15 1 A 147 GLN 1 0.500 16 1 A 148 ASP 1 0.480 17 1 A 149 GLU 1 0.420 18 1 A 150 MET 1 0.380 19 1 A 151 GLY 1 0.420 20 1 A 152 PHE 1 0.340 21 1 A 153 SER 1 0.390 22 1 A 154 ASN 1 0.360 23 1 A 155 MET 1 0.530 24 1 A 156 GLU 1 0.510 25 1 A 157 ASP 1 0.510 26 1 A 158 ASP 1 0.510 27 1 A 159 GLY 1 0.530 28 1 A 160 PRO 1 0.540 29 1 A 161 GLU 1 0.510 30 1 A 162 GLU 1 0.520 31 1 A 163 GLU 1 0.520 32 1 A 164 GLU 1 0.510 33 1 A 165 ARG 1 0.490 34 1 A 166 VAL 1 0.520 35 1 A 167 ALA 1 0.530 36 1 A 168 GLU 1 0.520 37 1 A 169 PRO 1 0.460 38 1 A 170 GLN 1 0.460 # # loop_ _pdbx_data_usage.id _pdbx_data_usage.type _pdbx_data_usage.details _pdbx_data_usage.url 1 license ;This SWISS-MODEL protein model is copyright. It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #