data_SMR-0b671c73de78f7c1c39353c22ca3539c_3 _entry.id SMR-0b671c73de78f7c1c39353c22ca3539c_3 _struct.entry_id SMR-0b671c73de78f7c1c39353c22ca3539c_3 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - Q1LZ53/ DNM3A_RAT, DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A Estimated model accuracy of this model is 0.214, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries Q1LZ53' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 5 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 118148.954 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP DNM3A_RAT Q1LZ53 1 ;MPSSGPGDTSISSLEREDDRKEGEEQEENRGKEERQEPSATARKVGRPGRKRKHPPVESSDTPKDPAVTT KSQPTAQDSGPSDLLPNGDLEKRSEPQPEEGSPAAGQKGGAPAEGEGTETPPEASRAVENGCCVTKEGRG ASAGEGKEQKQTNIESMKMEGSRGRLRGGLGWESSLRQRPMPRLTFQAGDPYYISKRKRDEWLARWKREA EKKAKVIAVMNAVEESQASGESQKVEEASPPAVQQPTDPASPTVATTPEPVGADAGDKNATKAADDEPEY EDGRGFGIGELVWGKLRGFSWWPGRIVSWWMTGRSRAAEGTRWVMWFGDGKFSVVCVEKLMPLSSFCSAF HQATYNKQPMYRKAIYEVLQVASSRAGKLFPACHDSDESDTGKAVEVQNKQMIEWALGGFQPSGPKGLEP PEEEKNPYKEVYTDMWVEPEAAAYAPPPPAKKPRKSTTEKPKVKEIIDERTRERLVYEVRQKCRNIEDIC ISCGSLNVTLEHPLFIGGMCQNCKNCFLECAYQYDDDGYQSYCTICCGGREVLMCGNNNCCRCFCVECVD LLVGPGAAQAAIKEDPWNCYMCGHKGTYGLLRRREDWPSRLQMFFANNHDQEFDPPKVYPPVPAEKRKPI RVLSLFDGIATGLLVLKDLGIQVDRYIASEVCEDSITVGMVRHQGKIMYVGDVRSVTQKHIQEWGPFDLV IGGSPCNDLSIVNPARKGLYEGTGRLFFEFYRLLHDARPKEGDDRPFFWLFENVVAMGVSDKRDISRFLE SNPVMIDAKEVSAAHRARYFWGNLPGMNRPLASTVNDKLELQECLEHGRIAKFSKVRTITTRSNSIKQGK DQHFPVFMNEKEDILWCTEMERVFGFPVHYTDVSNMSRLARQRLLGRSWSVPVIRHLFAPLKEYFACV ; 'DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 908 1 908 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . DNM3A_RAT Q1LZ53 . 1 908 10116 'Rattus norvegicus (Rat)' 2006-05-30 6CCE9EB4E9CEB409 # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no K ;MPSSGPGDTSISSLEREDDRKEGEEQEENRGKEERQEPSATARKVGRPGRKRKHPPVESSDTPKDPAVTT KSQPTAQDSGPSDLLPNGDLEKRSEPQPEEGSPAAGQKGGAPAEGEGTETPPEASRAVENGCCVTKEGRG ASAGEGKEQKQTNIESMKMEGSRGRLRGGLGWESSLRQRPMPRLTFQAGDPYYISKRKRDEWLARWKREA EKKAKVIAVMNAVEESQASGESQKVEEASPPAVQQPTDPASPTVATTPEPVGADAGDKNATKAADDEPEY EDGRGFGIGELVWGKLRGFSWWPGRIVSWWMTGRSRAAEGTRWVMWFGDGKFSVVCVEKLMPLSSFCSAF HQATYNKQPMYRKAIYEVLQVASSRAGKLFPACHDSDESDTGKAVEVQNKQMIEWALGGFQPSGPKGLEP PEEEKNPYKEVYTDMWVEPEAAAYAPPPPAKKPRKSTTEKPKVKEIIDERTRERLVYEVRQKCRNIEDIC ISCGSLNVTLEHPLFIGGMCQNCKNCFLECAYQYDDDGYQSYCTICCGGREVLMCGNNNCCRCFCVECVD LLVGPGAAQAAIKEDPWNCYMCGHKGTYGLLRRREDWPSRLQMFFANNHDQEFDPPKVYPPVPAEKRKPI 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IGGSPCNDLSIVNPARKGLYEGTGRLFFEFYRLLHDARPKEGDDRPFFWLFENVVAMGVSDKRDISRFLE SNPVMIDAKEVSAAHRARYFWGNLPGMNRPLASTVNDKLELQECLEHGRIAKFSKVRTITTRSNSIKQGK DQHFPVFMNEKEDILWCTEMERVFGFPVHYTDVSNMSRLARQRLLGRSWSVPVIRHLFAPLKEYFACV ; # # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET . 1 2 PRO . 1 3 SER . 1 4 SER . 1 5 GLY . 1 6 PRO . 1 7 GLY . 1 8 ASP . 1 9 THR . 1 10 SER . 1 11 ILE . 1 12 SER . 1 13 SER . 1 14 LEU . 1 15 GLU . 1 16 ARG . 1 17 GLU . 1 18 ASP . 1 19 ASP . 1 20 ARG . 1 21 LYS . 1 22 GLU . 1 23 GLY . 1 24 GLU . 1 25 GLU . 1 26 GLN . 1 27 GLU . 1 28 GLU . 1 29 ASN . 1 30 ARG . 1 31 GLY . 1 32 LYS . 1 33 GLU . 1 34 GLU . 1 35 ARG . 1 36 GLN . 1 37 GLU . 1 38 PRO . 1 39 SER . 1 40 ALA . 1 41 THR . 1 42 ALA . 1 43 ARG . 1 44 LYS . 1 45 VAL . 1 46 GLY . 1 47 ARG . 1 48 PRO . 1 49 GLY . 1 50 ARG . 1 51 LYS . 1 52 ARG . 1 53 LYS . 1 54 HIS . 1 55 PRO . 1 56 PRO . 1 57 VAL . 1 58 GLU . 1 59 SER . 1 60 SER . 1 61 ASP . 1 62 THR . 1 63 PRO 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A 1 877 SER 877 ? ? ? K . A 1 878 ARG 878 ? ? ? K . A 1 879 LEU 879 ? ? ? K . A 1 880 ALA 880 ? ? ? K . A 1 881 ARG 881 ? ? ? K . A 1 882 GLN 882 ? ? ? K . A 1 883 ARG 883 ? ? ? K . A 1 884 LEU 884 ? ? ? K . A 1 885 LEU 885 ? ? ? K . A 1 886 GLY 886 ? ? ? K . A 1 887 ARG 887 ? ? ? K . A 1 888 SER 888 ? ? ? K . A 1 889 TRP 889 ? ? ? K . A 1 890 SER 890 ? ? ? K . A 1 891 VAL 891 ? ? ? K . A 1 892 PRO 892 ? ? ? K . A 1 893 VAL 893 ? ? ? K . A 1 894 ILE 894 ? ? ? K . A 1 895 ARG 895 ? ? ? K . A 1 896 HIS 896 ? ? ? K . A 1 897 LEU 897 ? ? ? K . A 1 898 PHE 898 ? ? ? K . A 1 899 ALA 899 ? ? ? K . A 1 900 PRO 900 ? ? ? K . A 1 901 LEU 901 ? ? ? K . A 1 902 LYS 902 ? ? ? K . A 1 903 GLU 903 ? ? ? K . A 1 904 TYR 904 ? ? ? K . A 1 905 PHE 905 ? ? ? K . A 1 906 ALA 906 ? ? ? K . A 1 907 CYS 907 ? ? ? K . A 1 908 VAL 908 ? ? ? K . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A {PDB ID=8qzm, label_asym_id=K, auth_asym_id=K, SMTL ID=8qzm.1.K}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by BLAST to 8qzm, label_asym_id=K' 'target-template alignment' . 4 'model 3' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-12-25 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-12-20 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A K 7 1 K # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;SNAMPAMPSSGPGDTSSSAAEREEDRKDGEEQEEPRGKEERQEPSTTARKVGRPGRKRKHPPVESGDTPK DPAVISKSPSMAQDSGASELLPNGDLEKRSEPQPEEGSPAGGQKGGAPAEGEGAAETLPEASRAVENGCC TPKEGRGAPAEAGKEQKETNIESMKMEGSRGRLRGGLGWESSLRQRPMPRLTFQAGDPYYISKRKRDEWL ARWKREAEKKAKVIAGMNAVEENQGPGESQKVEEASPPAVQQPTDPASPTVATTPEPVGSDAGDKNATKA GDDEPEYEDGRGFGIGELVWGKLRGFSWWPGRIVSWWMTGRSRAAEGTRWVMWFGDGKFSVVCVEKLMPL SSFCSAFHQATYNKQPMYRKAIYEVLQVASSRAGKLFPVCHDSDESDTAKAVEVQNKPMIEWALGGFQPS GPKGLEPPEEEKNPYKEVYTDMWVEPEAAAYAPPPPAKKPRKSTAEKPKVKEIIDERTRERLVYEVRQKC RNIEDICISCGSLNVTLEHPLFVGGMCQNCKNCFLECAYQYDDDGYQSYCTICCGGREVLMCGNNNCCRC FCVECVDLLVGPGAAQAAIKEDPWNCYMCGHKGTYGLLRRREDWPSRLQMFFANNHDQEFDPPKVYPPVP AEKRKPIRVLSLFDGIATGLLVLKDLGIQVDRYIASEVCEDSITVGMVRHQGKIMYVGDVRSVTQKHIQE WGPFDLVIGGSPCNDLSIVNPARKGLYEGTGRLFFEFYRLLHDARPKEGDDRPFFWLFENVVAMGVSDKR DISRFLESNPVMIDAKEVSAAHRARYFWGNLPGMNRPLASTVNDKLELQECLEHGRIAKFSKVRTITTRS NSIKQGKDQHFPVFMNEKEDILWCTEMERVFGFPVHYTDVSNMSRLARQRLLGRSWSVPVIRHLFAPLKE YFACV ; ;SNAMPAMPSSGPGDTSSSAAEREEDRKDGEEQEEPRGKEERQEPSTTARKVGRPGRKRKHPPVESGDTPK DPAVISKSPSMAQDSGASELLPNGDLEKRSEPQPEEGSPAGGQKGGAPAEGEGAAETLPEASRAVENGCC TPKEGRGAPAEAGKEQKETNIESMKMEGSRGRLRGGLGWESSLRQRPMPRLTFQAGDPYYISKRKRDEWL ARWKREAEKKAKVIAGMNAVEENQGPGESQKVEEASPPAVQQPTDPASPTVATTPEPVGSDAGDKNATKA GDDEPEYEDGRGFGIGELVWGKLRGFSWWPGRIVSWWMTGRSRAAEGTRWVMWFGDGKFSVVCVEKLMPL SSFCSAFHQATYNKQPMYRKAIYEVLQVASSRAGKLFPVCHDSDESDTAKAVEVQNKPMIEWALGGFQPS GPKGLEPPEEEKNPYKEVYTDMWVEPEAAAYAPPPPAKKPRKSTAEKPKVKEIIDERTRERLVYEVRQKC RNIEDICISCGSLNVTLEHPLFVGGMCQNCKNCFLECAYQYDDDGYQSYCTICCGGREVLMCGNNNCCRC FCVECVDLLVGPGAAQAAIKEDPWNCYMCGHKGTYGLLRRREDWPSRLQMFFANNHDQEFDPPKVYPPVP AEKRKPIRVLSLFDGIATGLLVLKDLGIQVDRYIASEVCEDSITVGMVRHQGKIMYVGDVRSVTQKHIQE WGPFDLVIGGSPCNDLSIVNPARKGLYEGTGRLFFEFYRLLHDARPKEGDDRPFFWLFENVVAMGVSDKR DISRFLESNPVMIDAKEVSAAHRARYFWGNLPGMNRPLASTVNDKLELQECLEHGRIAKFSKVRTITTRS NSIKQGKDQHFPVFMNEKEDILWCTEMERVFGFPVHYTDVSNMSRLARQRLLGRSWSVPVIRHLFAPLKE YFACV ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 7 915 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 8qzm 2024-12-18 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 908 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 909 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'BLAST e-value' . 0 95.815 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MPSSGPGDTSISSLEREDDRKEGEEQEENRGKEERQEPSATARKVGRPGRKRKHPPVESSDTPKDPAVTTKSQPTAQDSGPSDLLPNGDLEKRSEPQPEEGSPAAGQKGGAPAEGEGTETPP-EASRAVENGCCVTKEGRGASAGEGKEQKQTNIESMKMEGSRGRLRGGLGWESSLRQRPMPRLTFQAGDPYYISKRKRDEWLARWKREAEKKAKVIAVMNAVEESQASGESQKVEEASPPAVQQPTDPASPTVATTPEPVGADAGDKNATKAADDEPEYEDGRGFGIGELVWGKLRGFSWWPGRIVSWWMTGRSRAAEGTRWVMWFGDGKFSVVCVEKLMPLSSFCSAFHQATYNKQPMYRKAIYEVLQVASSRAGKLFPACHDSDESDTGKAVEVQNKQMIEWALGGFQPSGPKGLEPPEEEKNPYKEVYTDMWVEPEAAAYAPPPPAKKPRKSTTEKPKVKEIIDERTRERLVYEVRQKCRNIEDICISCGSLNVTLEHPLFIGGMCQNCKNCFLECAYQYDDDGYQSYCTICCGGREVLMCGNNNCCRCFCVECVDLLVGPGAAQAAIKEDPWNCYMCGHKGTYGLLRRREDWPSRLQMFFANNHDQEFDPPKVYPPVPAEKRKPIRVLSLFDGIATGLLVLKDLGIQVDRYIASEVCEDSITVGMVRHQGKIMYVGDVRSVTQKHIQEWGPFDLVIGGSPCNDLSIVNPARKGLYEGTGRLFFEFYRLLHDARPKEGDDRPFFWLFENVVAMGVSDKRDISRFLESNPVMIDAKEVSAAHRARYFWGNLPGMNRPLASTVNDKLELQECLEHGRIAKFSKVRTITTRSNSIKQGKDQHFPVFMNEKEDILWCTEMERVFGFPVHYTDVSNMSRLARQRLLGRSWSVPVIRHLFAPLKEYFACV 2 1 2 MPSSGPGDTSSSAAEREEDRKDGEEQEEPRGKEERQEPSTTARKVGRPGRKRKHPPVESGDTPKDPAVISKSPSMAQDSGASELLPNGDLEKRSEPQPEEGSPAGGQKGGAPAEGEGAAETLPEASRAVENGCCTPKEGRGAPAEAGKEQKETNIESMKMEGSRGRLRGGLGWESSLRQRPMPRLTFQAGDPYYISKRKRDEWLARWKREAEKKAKVIAGMNAVEENQGPGESQKVEEASPPAVQQPTDPASPTVATTPEPVGSDAGDKNATKAGDDEPEYEDGRGFGIGELVWGKLRGFSWWPGRIVSWWMTGRSRAAEGTRWVMWFGDGKFSVVCVEKLMPLSSFCSAFHQATYNKQPMYRKAIYEVLQVASSRAGKLFPVCHDSDESDTAKAVEVQNKPMIEWALGGFQPSGPKGLEPPEEEKNPYKEVYTDMWVEPEAAAYAPPPPAKKPRKSTAEKPKVKEIIDERTRERLVYEVRQKCRNIEDICISCGSLNVTLEHPLFVGGMCQNCKNCFLECAYQYDDDGYQSYCTICCGGREVLMCGNNNCCRCFCVECVDLLVGPGAAQAAIKEDPWNCYMCGHKGTYGLLRRREDWPSRLQMFFANNHDQEFDPPKVYPPVPAEKRKPIRVLSLFDGIATGLLVLKDLGIQVDRYIASEVCEDSITVGMVRHQGKIMYVGDVRSVTQKHIQEWGPFDLVIGGSPCNDLSIVNPARKGLYEGTGRLFFEFYRLLHDARPKEGDDRPFFWLFENVVAMGVSDKRDISRFLESNPVMIDAKEVSAAHRARYFWGNLPGMNRPLASTVNDKLELQECLEHGRIAKFSKVRTITTRSNSIKQGKDQHFPVFMNEKEDILWCTEMERVFGFPVHYTDVSNMSRLARQRLLGRSWSVPVIRHLFAPLKEYFACV # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL {QSQE=0.000}' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 8qzm.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 3' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . SER 162 162 ? A 125.264 166.874 170.922 1 1 K SER 0.450 1 ATOM 2 C CA . SER 162 162 ? A 125.849 166.905 169.525 1 1 K SER 0.450 1 ATOM 3 C C . SER 162 162 ? A 127.026 167.836 169.517 1 1 K SER 0.450 1 ATOM 4 O O . SER 162 162 ? A 127.041 168.795 170.274 1 1 K SER 0.450 1 ATOM 5 C CB . SER 162 162 ? A 124.790 167.407 168.484 1 1 K SER 0.450 1 ATOM 6 O OG . SER 162 162 ? A 123.980 168.455 169.032 1 1 K SER 0.450 1 ATOM 7 N N . ARG 163 163 ? A 128.078 167.555 168.717 1 1 K ARG 0.470 1 ATOM 8 C CA . ARG 163 163 ? A 129.199 168.472 168.656 1 1 K ARG 0.470 1 ATOM 9 C C . ARG 163 163 ? A 128.891 169.633 167.742 1 1 K ARG 0.470 1 ATOM 10 O O . ARG 163 163 ? A 128.280 169.469 166.687 1 1 K ARG 0.470 1 ATOM 11 C CB . ARG 163 163 ? A 130.501 167.795 168.175 1 1 K ARG 0.470 1 ATOM 12 C CG . ARG 163 163 ? A 130.884 166.540 168.988 1 1 K ARG 0.470 1 ATOM 13 C CD . ARG 163 163 ? A 132.149 165.849 168.472 1 1 K ARG 0.470 1 ATOM 14 N NE . ARG 163 163 ? A 133.283 166.801 168.699 1 1 K ARG 0.470 1 ATOM 15 C CZ . ARG 163 163 ? A 134.289 167.049 167.846 1 1 K ARG 0.470 1 ATOM 16 N NH1 . ARG 163 163 ? A 134.323 166.549 166.615 1 1 K ARG 0.470 1 ATOM 17 N NH2 . ARG 163 163 ? A 135.280 167.839 168.242 1 1 K ARG 0.470 1 ATOM 18 N N . GLY 164 164 ? A 129.314 170.834 168.153 1 1 K GLY 0.600 1 ATOM 19 C CA . GLY 164 164 ? A 129.100 172.057 167.421 1 1 K GLY 0.600 1 ATOM 20 C C . GLY 164 164 ? A 129.996 173.076 168.057 1 1 K GLY 0.600 1 ATOM 21 O O . GLY 164 164 ? A 130.878 172.755 168.827 1 1 K GLY 0.600 1 ATOM 22 N N . ARG 165 165 ? A 129.760 174.347 167.719 1 1 K ARG 0.570 1 ATOM 23 C CA . ARG 165 165 ? A 130.613 175.479 168.042 1 1 K ARG 0.570 1 ATOM 24 C C . ARG 165 165 ? A 129.561 176.564 168.241 1 1 K ARG 0.570 1 ATOM 25 O O . ARG 165 165 ? A 128.358 176.297 168.021 1 1 K ARG 0.570 1 ATOM 26 C CB . ARG 165 165 ? A 131.606 175.692 166.836 1 1 K ARG 0.570 1 ATOM 27 C CG . ARG 165 165 ? A 132.747 176.748 166.892 1 1 K ARG 0.570 1 ATOM 28 C CD . ARG 165 165 ? A 133.387 177.145 165.523 1 1 K ARG 0.570 1 ATOM 29 N NE . ARG 165 165 ? A 133.480 175.967 164.578 1 1 K ARG 0.570 1 ATOM 30 C CZ . ARG 165 165 ? A 133.793 176.089 163.272 1 1 K ARG 0.570 1 ATOM 31 N NH1 . ARG 165 165 ? A 134.016 177.281 162.727 1 1 K ARG 0.570 1 ATOM 32 N NH2 . ARG 165 165 ? A 133.904 175.019 162.482 1 1 K ARG 0.570 1 ATOM 33 N N . LEU 166 166 ? A 129.886 177.810 168.596 1 1 K LEU 0.300 1 ATOM 34 C CA . LEU 166 166 ? A 128.901 178.859 168.734 1 1 K LEU 0.300 1 ATOM 35 C C . LEU 166 166 ? A 129.260 180.019 167.779 1 1 K LEU 0.300 1 ATOM 36 O O . LEU 166 166 ? A 130.376 180.569 167.829 1 1 K LEU 0.300 1 ATOM 37 C CB . LEU 166 166 ? A 128.783 179.189 170.257 1 1 K LEU 0.300 1 ATOM 38 C CG . LEU 166 166 ? A 127.536 179.962 170.760 1 1 K LEU 0.300 1 ATOM 39 C CD1 . LEU 166 166 ? A 127.272 179.706 172.263 1 1 K LEU 0.300 1 ATOM 40 C CD2 . LEU 166 166 ? 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A 146.824 144.307 171.347 1 1 K GLN 0.570 1 ATOM 210 C CG . GLN 187 187 ? A 145.995 145.444 172.007 1 1 K GLN 0.570 1 ATOM 211 C CD . GLN 187 187 ? A 146.465 145.790 173.421 1 1 K GLN 0.570 1 ATOM 212 O OE1 . GLN 187 187 ? A 147.135 145.028 174.121 1 1 K GLN 0.570 1 ATOM 213 N NE2 . GLN 187 187 ? A 146.077 146.993 173.904 1 1 K GLN 0.570 1 ATOM 214 N N . ALA 188 188 ? A 150.231 143.340 170.858 1 1 K ALA 0.590 1 ATOM 215 C CA . ALA 188 188 ? A 151.118 142.283 170.416 1 1 K ALA 0.590 1 ATOM 216 C C . ALA 188 188 ? A 150.979 141.048 171.291 1 1 K ALA 0.590 1 ATOM 217 O O . ALA 188 188 ? A 150.731 141.153 172.490 1 1 K ALA 0.590 1 ATOM 218 C CB . ALA 188 188 ? A 152.587 142.763 170.453 1 1 K ALA 0.590 1 ATOM 219 N N . GLY 189 189 ? A 151.170 139.844 170.710 1 1 K GLY 0.250 1 ATOM 220 C CA . GLY 189 189 ? A 150.892 138.589 171.406 1 1 K GLY 0.250 1 ATOM 221 C C . GLY 189 189 ? A 149.488 138.108 171.185 1 1 K GLY 0.250 1 ATOM 222 O O . GLY 189 189 ? A 148.910 138.356 170.125 1 1 K GLY 0.250 1 ATOM 223 N N . ASP 190 190 ? A 148.972 137.372 172.180 1 1 K ASP 0.200 1 ATOM 224 C CA . ASP 190 190 ? A 147.640 136.821 172.238 1 1 K ASP 0.200 1 ATOM 225 C C . ASP 190 190 ? A 146.614 137.858 172.795 1 1 K ASP 0.200 1 ATOM 226 O O . ASP 190 190 ? A 147.026 138.889 173.385 1 1 K ASP 0.200 1 ATOM 227 C CB . ASP 190 190 ? A 147.646 135.594 173.198 1 1 K ASP 0.200 1 ATOM 228 C CG . ASP 190 190 ? A 148.522 134.433 172.748 1 1 K ASP 0.200 1 ATOM 229 O OD1 . ASP 190 190 ? A 148.945 134.373 171.568 1 1 K ASP 0.200 1 ATOM 230 O OD2 . ASP 190 190 ? A 148.783 133.561 173.626 1 1 K ASP 0.200 1 ATOM 231 O OXT . ASP 190 190 ? A 145.380 137.593 172.649 1 1 K ASP 0.200 1 # # loop_ _atom_type.symbol C N O S # # loop_ _ma_qa_metric.id _ma_qa_metric.name _ma_qa_metric.description _ma_qa_metric.type _ma_qa_metric.mode _ma_qa_metric.type_other_details _ma_qa_metric.software_group_id 1 QMEANDisCo 'Predicted accuracy according to all-atom lDDT in [0,1].' 'pLDDT all-atom in [0,1]' local . 5 2 QMEANDisCo 'Predicted accuracy according to all-atom lDDT in [0,1].' 'pLDDT all-atom in [0,1]' global . 5 3 GMQE 'Global Model Quality Estimate of the model accuracy, calculated by SWISS-MODEL.' 'normalized score' global . 6 # # loop_ _ma_qa_metric_global.ordinal_id _ma_qa_metric_global.model_id _ma_qa_metric_global.metric_id _ma_qa_metric_global.metric_value 1 1 2 0.517 2 1 3 0.214 # # loop_ _ma_qa_metric_local.ordinal_id _ma_qa_metric_local.model_id _ma_qa_metric_local.label_asym_id _ma_qa_metric_local.label_seq_id _ma_qa_metric_local.label_comp_id _ma_qa_metric_local.metric_id _ma_qa_metric_local.metric_value 1 1 A 162 SER 1 0.450 2 1 A 163 ARG 1 0.470 3 1 A 164 GLY 1 0.600 4 1 A 165 ARG 1 0.570 5 1 A 166 LEU 1 0.300 6 1 A 167 ARG 1 0.400 7 1 A 168 GLY 1 0.430 8 1 A 169 GLY 1 0.380 9 1 A 170 LEU 1 0.430 10 1 A 171 GLY 1 0.420 11 1 A 172 TRP 1 0.500 12 1 A 173 GLU 1 0.440 13 1 A 174 SER 1 0.590 14 1 A 175 SER 1 0.650 15 1 A 176 LEU 1 0.630 16 1 A 177 ARG 1 0.610 17 1 A 178 GLN 1 0.620 18 1 A 179 ARG 1 0.610 19 1 A 180 PRO 1 0.610 20 1 A 181 MET 1 0.570 21 1 A 182 PRO 1 0.720 22 1 A 183 ARG 1 0.620 23 1 A 184 LEU 1 0.640 24 1 A 185 THR 1 0.660 25 1 A 186 PHE 1 0.470 26 1 A 187 GLN 1 0.570 27 1 A 188 ALA 1 0.590 28 1 A 189 GLY 1 0.250 29 1 A 190 ASP 1 0.200 # # loop_ _pdbx_data_usage.id _pdbx_data_usage.type _pdbx_data_usage.details _pdbx_data_usage.url 1 license ;This SWISS-MODEL protein model is copyright. It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #