data_SMR-8f5f1dccaf114b1c25b8ee395d0c9eea_2 _entry.id SMR-8f5f1dccaf114b1c25b8ee395d0c9eea_2 _struct.entry_id SMR-8f5f1dccaf114b1c25b8ee395d0c9eea_2 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - O35375/ NRP2_MOUSE, Neuropilin-2 Estimated model accuracy of this model is 0.0, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries O35375' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 121497.467 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP NRP2_MOUSE O35375 1 ;MDMFPLTWVFLALYFSGHEVRSQQDPPCGGRLNSKDAGYITSPGYPQDYPSHQNCEWIVYAPEPNQKIVL NFNPHFEIEKHDCKYDFIEIRDGDSESADLLGKHCGNIAPPTIISSGSVLYIKFTSDYARQGAGFSLRYE IFKTGSEDCSKNFTSPNGTIESPGFPEKYPHNLDCTFTILAKPRMEIILQFLTFDLEHDPLQVGEGDCKY DWLDIWDGIPHVGPLIGKYCGTKTPSKLRSSTGILSLTFHTDMAVAKDGFSARYYLIHQEPPENFQCNVP LGMESGRIANEQISASSTFSDGRWTPQQSRLHGDDNGWTPNLDSNKEYLQVDLRFLTMLTAIATQGAISR ETQKGYYVKSYKLEVSTNGEDWMVYRHGKNHKIFQANNDATEVVLNKLHMPLLTRFIRIRPQTWHLGIAL RLELFGCRVTDAPCSNMLGMLSGLIADTQISASSTREYLWSPSAARLVSSRSGWFPRNPQAQPGEEWLQV DLGTPKTVKGVIIQGARGGDSITAVEARAFVRKFKVSYSLNGKDWEYIQDPRTQQTKLFEGNMHYDTPDI RRFDPVPAQYVRVYPERWSPAGIGMRLEVLGCDWTDSKPTVETLGPTVKSEETTTPYPMDEDATECGENC SFEDDKDLQLPSGFNCNFDFPEETCGWVYDHAKWLRSTWISSANPNDRTFPDDKNFLKLQSDGRREGQYG RLISPPVHLPRSPVCMEFQYQAMGGHGVALQVVREASQESKLLWVIREDQGSEWKHGRIILPSYDMEYQI VFEGVIGKGRSGEISIDDIRISTDVPLENCMEPISAFAGEDFKVDIPETHGGEGYEDEIDDEYEGDWSNS SSSTSGAGDPSSGKEKSWLYTLDPILITIIAMSSLGVLLGATCAGLLLYCTCSYSGLSSRSCTTLENYNF ELYDGLKHKVKINHQKCCSEA ; Neuropilin-2 # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 931 1 931 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . NRP2_MOUSE O35375 . 1 931 10090 'Mus musculus (Mouse)' 2011-07-27 08AA821E696A2885 # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no A ;MDMFPLTWVFLALYFSGHEVRSQQDPPCGGRLNSKDAGYITSPGYPQDYPSHQNCEWIVYAPEPNQKIVL NFNPHFEIEKHDCKYDFIEIRDGDSESADLLGKHCGNIAPPTIISSGSVLYIKFTSDYARQGAGFSLRYE IFKTGSEDCSKNFTSPNGTIESPGFPEKYPHNLDCTFTILAKPRMEIILQFLTFDLEHDPLQVGEGDCKY DWLDIWDGIPHVGPLIGKYCGTKTPSKLRSSTGILSLTFHTDMAVAKDGFSARYYLIHQEPPENFQCNVP LGMESGRIANEQISASSTFSDGRWTPQQSRLHGDDNGWTPNLDSNKEYLQVDLRFLTMLTAIATQGAISR ETQKGYYVKSYKLEVSTNGEDWMVYRHGKNHKIFQANNDATEVVLNKLHMPLLTRFIRIRPQTWHLGIAL RLELFGCRVTDAPCSNMLGMLSGLIADTQISASSTREYLWSPSAARLVSSRSGWFPRNPQAQPGEEWLQV DLGTPKTVKGVIIQGARGGDSITAVEARAFVRKFKVSYSLNGKDWEYIQDPRTQQTKLFEGNMHYDTPDI RRFDPVPAQYVRVYPERWSPAGIGMRLEVLGCDWTDSKPTVETLGPTVKSEETTTPYPMDEDATECGENC SFEDDKDLQLPSGFNCNFDFPEETCGWVYDHAKWLRSTWISSANPNDRTFPDDKNFLKLQSDGRREGQYG RLISPPVHLPRSPVCMEFQYQAMGGHGVALQVVREASQESKLLWVIREDQGSEWKHGRIILPSYDMEYQI VFEGVIGKGRSGEISIDDIRISTDVPLENCMEPISAFAGEDFKVDIPETHGGEGYEDEIDDEYEGDWSNS SSSTSGAGDPSSGKEKSWLYTLDPILITIIAMSSLGVLLGATCAGLLLYCTCSYSGLSSRSCTTLENYNF ELYDGLKHKVKINHQKCCSEA ; ;MDMFPLTWVFLALYFSGHEVRSQQDPPCGGRLNSKDAGYITSPGYPQDYPSHQNCEWIVYAPEPNQKIVL NFNPHFEIEKHDCKYDFIEIRDGDSESADLLGKHCGNIAPPTIISSGSVLYIKFTSDYARQGAGFSLRYE IFKTGSEDCSKNFTSPNGTIESPGFPEKYPHNLDCTFTILAKPRMEIILQFLTFDLEHDPLQVGEGDCKY DWLDIWDGIPHVGPLIGKYCGTKTPSKLRSSTGILSLTFHTDMAVAKDGFSARYYLIHQEPPENFQCNVP LGMESGRIANEQISASSTFSDGRWTPQQSRLHGDDNGWTPNLDSNKEYLQVDLRFLTMLTAIATQGAISR ETQKGYYVKSYKLEVSTNGEDWMVYRHGKNHKIFQANNDATEVVLNKLHMPLLTRFIRIRPQTWHLGIAL RLELFGCRVTDAPCSNMLGMLSGLIADTQISASSTREYLWSPSAARLVSSRSGWFPRNPQAQPGEEWLQV DLGTPKTVKGVIIQGARGGDSITAVEARAFVRKFKVSYSLNGKDWEYIQDPRTQQTKLFEGNMHYDTPDI RRFDPVPAQYVRVYPERWSPAGIGMRLEVLGCDWTDSKPTVETLGPTVKSEETTTPYPMDEDATECGENC SFEDDKDLQLPSGFNCNFDFPEETCGWVYDHAKWLRSTWISSANPNDRTFPDDKNFLKLQSDGRREGQYG RLISPPVHLPRSPVCMEFQYQAMGGHGVALQVVREASQESKLLWVIREDQGSEWKHGRIILPSYDMEYQI VFEGVIGKGRSGEISIDDIRISTDVPLENCMEPISAFAGEDFKVDIPETHGGEGYEDEIDDEYEGDWSNS SSSTSGAGDPSSGKEKSWLYTLDPILITIIAMSSLGVLLGATCAGLLLYCTCSYSGLSSRSCTTLENYNF ELYDGLKHKVKINHQKCCSEA ; # # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET . 1 2 ASP . 1 3 MET . 1 4 PHE . 1 5 PRO . 1 6 LEU . 1 7 THR . 1 8 TRP . 1 9 VAL . 1 10 PHE . 1 11 LEU . 1 12 ALA . 1 13 LEU . 1 14 TYR . 1 15 PHE . 1 16 SER . 1 17 GLY . 1 18 HIS . 1 19 GLU . 1 20 VAL . 1 21 ARG . 1 22 SER . 1 23 GLN . 1 24 GLN . 1 25 ASP . 1 26 PRO . 1 27 PRO . 1 28 CYS . 1 29 GLY . 1 30 GLY . 1 31 ARG . 1 32 LEU . 1 33 ASN . 1 34 SER . 1 35 LYS . 1 36 ASP . 1 37 ALA . 1 38 GLY . 1 39 TYR . 1 40 ILE . 1 41 THR . 1 42 SER . 1 43 PRO . 1 44 GLY . 1 45 TYR . 1 46 PRO . 1 47 GLN . 1 48 ASP . 1 49 TYR . 1 50 PRO . 1 51 SER . 1 52 HIS . 1 53 GLN . 1 54 ASN . 1 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A 1 880 GLY 880 880 GLY GLY A . A 1 881 ALA 881 881 ALA ALA A . A 1 882 THR 882 882 THR THR A . A 1 883 CYS 883 883 CYS CYS A . A 1 884 ALA 884 884 ALA ALA A . A 1 885 GLY 885 885 GLY GLY A . A 1 886 LEU 886 886 LEU LEU A . A 1 887 LEU 887 887 LEU LEU A . A 1 888 LEU 888 888 LEU LEU A . A 1 889 TYR 889 889 TYR TYR A . A 1 890 CYS 890 ? ? ? A . A 1 891 THR 891 ? ? ? A . A 1 892 CYS 892 ? ? ? A . A 1 893 SER 893 ? ? ? A . A 1 894 TYR 894 ? ? ? A . A 1 895 SER 895 ? ? ? A . A 1 896 GLY 896 ? ? ? A . A 1 897 LEU 897 ? ? ? A . A 1 898 SER 898 ? ? ? A . A 1 899 SER 899 ? ? ? A . A 1 900 ARG 900 ? ? ? A . A 1 901 SER 901 ? ? ? A . A 1 902 CYS 902 ? ? ? A . A 1 903 THR 903 ? ? ? A . A 1 904 THR 904 ? ? ? A . A 1 905 LEU 905 ? ? ? A . A 1 906 GLU 906 ? ? ? A . A 1 907 ASN 907 ? ? ? A . A 1 908 TYR 908 ? ? ? A . A 1 909 ASN 909 ? ? ? A . A 1 910 PHE 910 ? ? ? A . A 1 911 GLU 911 ? ? ? A . A 1 912 LEU 912 ? ? ? A . A 1 913 TYR 913 ? ? ? A . A 1 914 ASP 914 ? ? ? A . A 1 915 GLY 915 ? ? ? A . A 1 916 LEU 916 ? ? ? A . A 1 917 LYS 917 ? ? ? A . A 1 918 HIS 918 ? ? ? A . A 1 919 LYS 919 ? ? ? A . A 1 920 VAL 920 ? ? ? A . A 1 921 LYS 921 ? ? ? A . A 1 922 ILE 922 ? ? ? A . A 1 923 ASN 923 ? ? ? A . A 1 924 HIS 924 ? ? ? A . A 1 925 GLN 925 ? ? ? A . A 1 926 LYS 926 ? ? ? A . A 1 927 CYS 927 ? ? ? A . A 1 928 CYS 928 ? ? ? A . A 1 929 SER 929 ? ? ? A . A 1 930 GLU 930 ? ? ? A . A 1 931 ALA 931 ? ? ? A . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'Syndecan-2 {PDB ID=6ith, label_asym_id=A, auth_asym_id=A, SMTL ID=6ith.1.A}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 6ith, label_asym_id=A' 'target-template alignment' . 4 'model 2' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-12-25 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-12-20 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A A 1 1 A # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 MEQSTEVLAAVIAGGVIGFLFAIFLILLLVYRMRKHHHHHH MEQSTEVLAAVIAGGVIGFLFAIFLILLLVYRMRKHHHHHH # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 7 31 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 6ith 2024-05-15 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 931 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 931 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 36.000 32.000 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MDMFPLTWVFLALYFSGHEVRSQQDPPCGGRLNSKDAGYITSPGYPQDYPSHQNCEWIVYAPEPNQKIVLNFNPHFEIEKHDCKYDFIEIRDGDSESADLLGKHCGNIAPPTIISSGSVLYIKFTSDYARQGAGFSLRYEIFKTGSEDCSKNFTSPNGTIESPGFPEKYPHNLDCTFTILAKPRMEIILQFLTFDLEHDPLQVGEGDCKYDWLDIWDGIPHVGPLIGKYCGTKTPSKLRSSTGILSLTFHTDMAVAKDGFSARYYLIHQEPPENFQCNVPLGMESGRIANEQISASSTFSDGRWTPQQSRLHGDDNGWTPNLDSNKEYLQVDLRFLTMLTAIATQGAISRETQKGYYVKSYKLEVSTNGEDWMVYRHGKNHKIFQANNDATEVVLNKLHMPLLTRFIRIRPQTWHLGIALRLELFGCRVTDAPCSNMLGMLSGLIADTQISASSTREYLWSPSAARLVSSRSGWFPRNPQAQPGEEWLQVDLGTPKTVKGVIIQGARGGDSITAVEARAFVRKFKVSYSLNGKDWEYIQDPRTQQTKLFEGNMHYDTPDIRRFDPVPAQYVRVYPERWSPAGIGMRLEVLGCDWTDSKPTVETLGPTVKSEETTTPYPMDEDATECGENCSFEDDKDLQLPSGFNCNFDFPEETCGWVYDHAKWLRSTWISSANPNDRTFPDDKNFLKLQSDGRREGQYGRLISPPVHLPRSPVCMEFQYQAMGGHGVALQVVREASQESKLLWVIREDQGSEWKHGRIILPSYDMEYQIVFEGVIGKGRSGEISIDDIRISTDVPLENCMEPISAFAGEDFKVDIPETHGGEGYEDEIDDEYEGDWSNSSSSTSGAGDPSSGKEKSWLYTLDPILITIIAMSSLGVLLGATCAGLLLYCTCSYSGLSSRSCTTLENYNFELYDGLKHKVKINHQKCCSEA 2 1 2 ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------VLAAVIAGGVIGFLFAIFLILLLVY------------------------------------------ # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 6ith.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 2' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . ILE 865 865 ? A 6.539 8.020 0.326 1 1 A ILE 0.430 1 ATOM 2 C CA . ILE 865 865 ? A 5.265 8.437 1.024 1 1 A ILE 0.430 1 ATOM 3 C C . ILE 865 865 ? A 5.084 7.754 2.356 1 1 A ILE 0.430 1 ATOM 4 O O . ILE 865 865 ? A 5.033 8.439 3.364 1 1 A ILE 0.430 1 ATOM 5 C CB . ILE 865 865 ? A 4.041 8.284 0.125 1 1 A ILE 0.430 1 ATOM 6 C CG1 . ILE 865 865 ? A 4.175 9.208 -1.105 1 1 A ILE 0.430 1 ATOM 7 C CG2 . ILE 865 865 ? A 2.730 8.615 0.889 1 1 A ILE 0.430 1 ATOM 8 C CD1 . ILE 865 865 ? A 3.147 8.899 -2.195 1 1 A ILE 0.430 1 ATOM 9 N N . LEU 866 866 ? A 5.055 6.398 2.423 1 1 A LEU 0.540 1 ATOM 10 C CA . LEU 866 866 ? A 4.886 5.661 3.672 1 1 A LEU 0.540 1 ATOM 11 C C . LEU 866 866 ? A 5.850 6.076 4.777 1 1 A LEU 0.540 1 ATOM 12 O O . LEU 866 866 ? A 5.420 6.451 5.861 1 1 A LEU 0.540 1 ATOM 13 C CB . LEU 866 866 ? A 5.057 4.153 3.379 1 1 A LEU 0.540 1 ATOM 14 C CG . LEU 866 866 ? A 3.820 3.494 2.738 1 1 A LEU 0.540 1 ATOM 15 C CD1 . LEU 866 866 ? A 4.196 2.177 2.042 1 1 A LEU 0.540 1 ATOM 16 C CD2 . LEU 866 866 ? A 2.743 3.243 3.804 1 1 A LEU 0.540 1 ATOM 17 N N . ILE 867 867 ? A 7.167 6.141 4.482 1 1 A ILE 0.400 1 ATOM 18 C CA . ILE 867 867 ? A 8.210 6.569 5.413 1 1 A ILE 0.400 1 ATOM 19 C C . ILE 867 867 ? A 7.943 7.949 5.988 1 1 A ILE 0.400 1 ATOM 20 O O . ILE 867 867 ? A 8.002 8.156 7.199 1 1 A ILE 0.400 1 ATOM 21 C CB . ILE 867 867 ? A 9.572 6.564 4.718 1 1 A ILE 0.400 1 ATOM 22 C CG1 . ILE 867 867 ? A 9.951 5.117 4.330 1 1 A ILE 0.400 1 ATOM 23 C CG2 . ILE 867 867 ? A 10.661 7.203 5.615 1 1 A ILE 0.400 1 ATOM 24 C CD1 . ILE 867 867 ? A 11.167 5.022 3.402 1 1 A ILE 0.400 1 ATOM 25 N N . THR 868 868 ? A 7.567 8.909 5.116 1 1 A THR 0.510 1 ATOM 26 C CA . THR 868 868 ? A 7.193 10.265 5.496 1 1 A THR 0.510 1 ATOM 27 C C . THR 868 868 ? A 6.012 10.288 6.443 1 1 A THR 0.510 1 ATOM 28 O O . THR 868 868 ? A 6.081 10.892 7.507 1 1 A THR 0.510 1 ATOM 29 C CB . THR 868 868 ? A 6.821 11.131 4.288 1 1 A THR 0.510 1 ATOM 30 O OG1 . THR 868 868 ? A 7.827 11.105 3.282 1 1 A THR 0.510 1 ATOM 31 C CG2 . THR 868 868 ? A 6.609 12.597 4.688 1 1 A THR 0.510 1 ATOM 32 N N . ILE 869 869 ? A 4.918 9.563 6.128 1 1 A ILE 0.510 1 ATOM 33 C CA . ILE 869 869 ? A 3.739 9.465 6.983 1 1 A ILE 0.510 1 ATOM 34 C C . ILE 869 869 ? A 4.074 8.869 8.345 1 1 A ILE 0.510 1 ATOM 35 O O . ILE 869 869 ? A 3.692 9.409 9.382 1 1 A ILE 0.510 1 ATOM 36 C CB . ILE 869 869 ? A 2.631 8.650 6.305 1 1 A ILE 0.510 1 ATOM 37 C CG1 . ILE 869 869 ? A 2.099 9.381 5.049 1 1 A ILE 0.510 1 ATOM 38 C CG2 . ILE 869 869 ? A 1.467 8.349 7.281 1 1 A ILE 0.510 1 ATOM 39 C CD1 . ILE 869 869 ? A 1.219 8.488 4.167 1 1 A ILE 0.510 1 ATOM 40 N N . ILE 870 870 ? A 4.855 7.768 8.382 1 1 A ILE 0.580 1 ATOM 41 C CA . ILE 870 870 ? A 5.253 7.103 9.618 1 1 A ILE 0.580 1 ATOM 42 C C . ILE 870 870 ? A 6.065 8.017 10.528 1 1 A ILE 0.580 1 ATOM 43 O O . ILE 870 870 ? A 5.784 8.125 11.723 1 1 A ILE 0.580 1 ATOM 44 C CB . ILE 870 870 ? A 6.060 5.835 9.328 1 1 A ILE 0.580 1 ATOM 45 C CG1 . ILE 870 870 ? A 5.235 4.793 8.536 1 1 A ILE 0.580 1 ATOM 46 C CG2 . ILE 870 870 ? A 6.587 5.190 10.632 1 1 A ILE 0.580 1 ATOM 47 C CD1 . ILE 870 870 ? A 6.122 3.859 7.703 1 1 A ILE 0.580 1 ATOM 48 N N . ALA 871 871 ? A 7.061 8.734 9.960 1 1 A ALA 0.630 1 ATOM 49 C CA . ALA 871 871 ? A 7.883 9.694 10.669 1 1 A ALA 0.630 1 ATOM 50 C C . ALA 871 871 ? A 7.072 10.856 11.228 1 1 A ALA 0.630 1 ATOM 51 O O . ALA 871 871 ? A 7.214 11.234 12.386 1 1 A ALA 0.630 1 ATOM 52 C CB . ALA 871 871 ? A 8.998 10.212 9.734 1 1 A ALA 0.630 1 ATOM 53 N N . MET 872 872 ? A 6.145 11.422 10.434 1 1 A MET 0.610 1 ATOM 54 C CA . MET 872 872 ? A 5.253 12.476 10.881 1 1 A MET 0.610 1 ATOM 55 C C . MET 872 872 ? A 4.343 12.051 12.024 1 1 A MET 0.610 1 ATOM 56 O O . MET 872 872 ? A 4.198 12.765 13.014 1 1 A MET 0.610 1 ATOM 57 C CB . MET 872 872 ? A 4.403 12.989 9.695 1 1 A MET 0.610 1 ATOM 58 C CG . MET 872 872 ? A 5.225 13.755 8.635 1 1 A MET 0.610 1 ATOM 59 S SD . MET 872 872 ? 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It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. 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All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #