data_SMR-39478f108237357c9c87ba87c5bd7c08_2 _entry.id SMR-39478f108237357c9c87ba87c5bd7c08_2 _struct.entry_id SMR-39478f108237357c9c87ba87c5bd7c08_2 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - Q8VIM5/ MYCD_MOUSE, Myocardin Estimated model accuracy of this model is 0.038, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries Q8VIM5' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 5 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 118337.369 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP MYCD_MOUSE Q8VIM5 1 ;MTLLGSEHSLLIRRKFRSVLQLRLQQRRTQEQLANQGLIPPLKGPTEFHDPRKQLDSAKTEDSLRRKGRN RSDRASLVTMHILQASTAERSIPTAQMKLKRARLADDLNEKIALRPGPLELVEKNILPMDSSVKEAIKGT EVSLSKAADAFAFEDDSSRDGLSPDQARSEDPQGSTGSTPDIKSTEAPLDTIQDLTPGSESDKNDAASQP GNQSDPGKQVLGPLSTPIPVHTAVKSKSLGDSKNRHKKPKDPKPKVKKLKYHQYIPPDQKAEKSPPPMDS AYARLLQQQQLFLQLQILSQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQRFSYPGMHQTHLKEPNEQMARNPNPSSTPL SNTPLSPVKNSISGQTGVSSLKPGPLPPNLDDLKVSELRQQLRIRGLPVSGTKTALVDRLRPFQDCAGNP VPNFGDITTVTFPVTPNTLPSYQSSPTGFYHFGSTSSSPPISPASSDLSAAGSLPDTFTDASPGFGLHAS PVPACTDESLLSSLNGGSGPSEPDGLDSEKDKMLVEKQKVINQLTWKLRQEQRQVEELRMQLQKQKSSCS DQKPLPFLATTIKQEDVSSCPFAPQQASGKGQGHSSDSPPPACETAQLLPHCVESSGQTHVLSSTFLSPQ CSPQHSPLGGLKSPQHISLPPSPNNHYFLASSSGAQRENHGVSSPSSSQGCAQMTGLQSSDKVGPTFSIP SPTFSKSSSAVSDITQPPSYEDAVKQQMTRSQQMDELLDVLIESGEMPADAREDHSCLQKIPKIPGSSCS PTAIPPKPSASFEQASSGGQMAFDHYANDSDEHLEVLLNSHSPIGKVSDVTLLKIGSEEPPFDSIMDGFP GKAAEDLFSAHELLPGPLSPMHAQLSPPSVDSSGLQLSFTESPWETMEWLDLTPPSSTPGFSNLTSSGPS IFNIDFLDVTDLNLNSPMDLHLQQW ; Myocardin # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 935 1 935 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . MYCD_MOUSE Q8VIM5 . 1 935 10090 'Mus musculus (Mouse)' 2011-07-27 A8FCFC68A923A5CB # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no A ;MTLLGSEHSLLIRRKFRSVLQLRLQQRRTQEQLANQGLIPPLKGPTEFHDPRKQLDSAKTEDSLRRKGRN RSDRASLVTMHILQASTAERSIPTAQMKLKRARLADDLNEKIALRPGPLELVEKNILPMDSSVKEAIKGT EVSLSKAADAFAFEDDSSRDGLSPDQARSEDPQGSTGSTPDIKSTEAPLDTIQDLTPGSESDKNDAASQP GNQSDPGKQVLGPLSTPIPVHTAVKSKSLGDSKNRHKKPKDPKPKVKKLKYHQYIPPDQKAEKSPPPMDS AYARLLQQQQLFLQLQILSQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQRFSYPGMHQTHLKEPNEQMARNPNPSSTPL SNTPLSPVKNSISGQTGVSSLKPGPLPPNLDDLKVSELRQQLRIRGLPVSGTKTALVDRLRPFQDCAGNP VPNFGDITTVTFPVTPNTLPSYQSSPTGFYHFGSTSSSPPISPASSDLSAAGSLPDTFTDASPGFGLHAS PVPACTDESLLSSLNGGSGPSEPDGLDSEKDKMLVEKQKVINQLTWKLRQEQRQVEELRMQLQKQKSSCS DQKPLPFLATTIKQEDVSSCPFAPQQASGKGQGHSSDSPPPACETAQLLPHCVESSGQTHVLSSTFLSPQ CSPQHSPLGGLKSPQHISLPPSPNNHYFLASSSGAQRENHGVSSPSSSQGCAQMTGLQSSDKVGPTFSIP SPTFSKSSSAVSDITQPPSYEDAVKQQMTRSQQMDELLDVLIESGEMPADAREDHSCLQKIPKIPGSSCS PTAIPPKPSASFEQASSGGQMAFDHYANDSDEHLEVLLNSHSPIGKVSDVTLLKIGSEEPPFDSIMDGFP GKAAEDLFSAHELLPGPLSPMHAQLSPPSVDSSGLQLSFTESPWETMEWLDLTPPSSTPGFSNLTSSGPS IFNIDFLDVTDLNLNSPMDLHLQQW ; ;MTLLGSEHSLLIRRKFRSVLQLRLQQRRTQEQLANQGLIPPLKGPTEFHDPRKQLDSAKTEDSLRRKGRN RSDRASLVTMHILQASTAERSIPTAQMKLKRARLADDLNEKIALRPGPLELVEKNILPMDSSVKEAIKGT EVSLSKAADAFAFEDDSSRDGLSPDQARSEDPQGSTGSTPDIKSTEAPLDTIQDLTPGSESDKNDAASQP GNQSDPGKQVLGPLSTPIPVHTAVKSKSLGDSKNRHKKPKDPKPKVKKLKYHQYIPPDQKAEKSPPPMDS AYARLLQQQQLFLQLQILSQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQRFSYPGMHQTHLKEPNEQMARNPNPSSTPL SNTPLSPVKNSISGQTGVSSLKPGPLPPNLDDLKVSELRQQLRIRGLPVSGTKTALVDRLRPFQDCAGNP VPNFGDITTVTFPVTPNTLPSYQSSPTGFYHFGSTSSSPPISPASSDLSAAGSLPDTFTDASPGFGLHAS PVPACTDESLLSSLNGGSGPSEPDGLDSEKDKMLVEKQKVINQLTWKLRQEQRQVEELRMQLQKQKSSCS DQKPLPFLATTIKQEDVSSCPFAPQQASGKGQGHSSDSPPPACETAQLLPHCVESSGQTHVLSSTFLSPQ 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A 1 873 SER 873 ? ? ? A . A 1 874 GLY 874 ? ? ? A . A 1 875 LEU 875 ? ? ? A . A 1 876 GLN 876 ? ? ? A . A 1 877 LEU 877 ? ? ? A . A 1 878 SER 878 ? ? ? A . A 1 879 PHE 879 ? ? ? A . A 1 880 THR 880 ? ? ? A . A 1 881 GLU 881 ? ? ? A . A 1 882 SER 882 ? ? ? A . A 1 883 PRO 883 ? ? ? A . A 1 884 TRP 884 ? ? ? A . A 1 885 GLU 885 ? ? ? A . A 1 886 THR 886 ? ? ? A . A 1 887 MET 887 ? ? ? A . A 1 888 GLU 888 ? ? ? A . A 1 889 TRP 889 ? ? ? A . A 1 890 LEU 890 ? ? ? A . A 1 891 ASP 891 ? ? ? A . A 1 892 LEU 892 ? ? ? A . A 1 893 THR 893 ? ? ? A . A 1 894 PRO 894 ? ? ? A . A 1 895 PRO 895 ? ? ? A . A 1 896 SER 896 ? ? ? A . A 1 897 SER 897 ? ? ? A . A 1 898 THR 898 ? ? ? A . A 1 899 PRO 899 ? ? ? A . A 1 900 GLY 900 ? ? ? A . A 1 901 PHE 901 ? ? ? A . A 1 902 SER 902 ? ? ? A . A 1 903 ASN 903 ? ? ? A . A 1 904 LEU 904 ? ? ? A . A 1 905 THR 905 ? ? ? A . A 1 906 SER 906 ? ? ? A . A 1 907 SER 907 ? ? ? A . A 1 908 GLY 908 ? ? ? A . A 1 909 PRO 909 ? ? ? A . A 1 910 SER 910 ? ? ? A . A 1 911 ILE 911 ? ? ? A . A 1 912 PHE 912 ? ? ? A . A 1 913 ASN 913 ? ? ? A . A 1 914 ILE 914 ? ? ? A . A 1 915 ASP 915 ? ? ? A . A 1 916 PHE 916 ? ? ? A . A 1 917 LEU 917 ? ? ? A . A 1 918 ASP 918 ? ? ? A . A 1 919 VAL 919 ? ? ? A . A 1 920 THR 920 ? ? ? A . A 1 921 ASP 921 ? ? ? A . A 1 922 LEU 922 ? ? ? A . A 1 923 ASN 923 ? ? ? A . A 1 924 LEU 924 ? ? ? A . A 1 925 ASN 925 ? ? ? A . A 1 926 SER 926 ? ? ? A . A 1 927 PRO 927 ? ? ? A . A 1 928 MET 928 ? ? ? A . A 1 929 ASP 929 ? ? ? A . A 1 930 LEU 930 ? ? ? A . A 1 931 HIS 931 ? ? ? A . A 1 932 LEU 932 ? ? ? A . A 1 933 GLN 933 ? ? ? A . A 1 934 GLN 934 ? ? ? A . A 1 935 TRP 935 ? ? ? A . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'MKL/myocardin-like protein 1 {PDB ID=2kvu, label_asym_id=A, auth_asym_id=A, SMTL ID=2kvu.1.A}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by BLAST to 2kvu, label_asym_id=A' 'target-template alignment' . 4 'model 2' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-12-25 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-12-20 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A A 1 1 A # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;MGHHHHHHSHMSTPLTGKPGALPANLDDMKVAELKQELKLRSLPVSGTKTELIERLRAYQDQISPVPGAP KAPAA ; ;MGHHHHHHSHMSTPLTGKPGALPANLDDMKVAELKQELKLRSLPVSGTKTELIERLRAYQDQISPVPGAP KAPAA ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 18 68 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 2kvu 2024-05-15 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 935 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 935 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'BLAST e-value' . 1.78e-13 64.706 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MTLLGSEHSLLIRRKFRSVLQLRLQQRRTQEQLANQGLIPPLKGPTEFHDPRKQLDSAKTEDSLRRKGRNRSDRASLVTMHILQASTAERSIPTAQMKLKRARLADDLNEKIALRPGPLELVEKNILPMDSSVKEAIKGTEVSLSKAADAFAFEDDSSRDGLSPDQARSEDPQGSTGSTPDIKSTEAPLDTIQDLTPGSESDKNDAASQPGNQSDPGKQVLGPLSTPIPVHTAVKSKSLGDSKNRHKKPKDPKPKVKKLKYHQYIPPDQKAEKSPPPMDSAYARLLQQQQLFLQLQILSQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQRFSYPGMHQTHLKEPNEQMARNPNPSSTPLSNTPLSPVKNSISGQTGVSSLKPGPLPPNLDDLKVSELRQQLRIRGLPVSGTKTALVDRLRPFQDCAGNPVPNFGDITTVTFPVTPNTLPSYQSSPTGFYHFGSTSSSPPISPASSDLSAAGSLPDTFTDASPGFGLHASPVPACTDESLLSSLNGGSGPSEPDGLDSEKDKMLVEKQKVINQLTWKLRQEQRQVEELRMQLQKQKSSCSDQKPLPFLATTIKQEDVSSCPFAPQQASGKGQGHSSDSPPPACETAQLLPHCVESSGQTHVLSSTFLSPQCSPQHSPLGGLKSPQHISLPPSPNNHYFLASSSGAQRENHGVSSPSSSQGCAQMTGLQSSDKVGPTFSIPSPTFSKSSSAVSDITQPPSYEDAVKQQMTRSQQMDELLDVLIESGEMPADAREDHSCLQKIPKIPGSSCSPTAIPPKPSASFEQASSGGQMAFDHYANDSDEHLEVLLNSHSPIGKVSDVTLLKIGSEEPPFDSIMDGFPGKAAEDLFSAHELLPGPLSPMHAQLSPPSVDSSGLQLSFTESPWETMEWLDLTPPSSTPGFSNLTSSGPSIFNIDFLDVTDLNLNSPMDLHLQQW 2 1 2 -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------KPGALPANLDDMKVAELKQELKLRSLPVSGTKTELIERLRAYQDQI-SPVPG-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 2kvu.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 2' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . LYS 372 372 ? A 4.641 -5.774 -9.576 1 1 A LYS 0.500 1 ATOM 2 C CA . LYS 372 372 ? A 3.813 -6.796 -8.843 1 1 A LYS 0.500 1 ATOM 3 C C . LYS 372 372 ? A 4.666 -7.799 -8.111 1 1 A LYS 0.500 1 ATOM 4 O O . LYS 372 372 ? A 4.991 -8.830 -8.685 1 1 A LYS 0.500 1 ATOM 5 C CB . LYS 372 372 ? A 2.901 -7.564 -9.828 1 1 A LYS 0.500 1 ATOM 6 C CG . LYS 372 372 ? A 1.687 -6.752 -10.287 1 1 A LYS 0.500 1 ATOM 7 C CD . LYS 372 372 ? A 0.862 -7.435 -11.391 1 1 A LYS 0.500 1 ATOM 8 C CE . LYS 372 372 ? A 0.381 -8.862 -11.103 1 1 A LYS 0.500 1 ATOM 9 N NZ . LYS 372 372 ? A -0.531 -8.867 -9.939 1 1 A LYS 0.500 1 ATOM 10 N N . PRO 373 373 ? A 5.056 -7.527 -6.886 1 1 A PRO 0.530 1 ATOM 11 C CA . PRO 373 373 ? A 5.701 -8.503 -6.037 1 1 A PRO 0.530 1 ATOM 12 C C . PRO 373 373 ? A 4.664 -9.346 -5.282 1 1 A PRO 0.530 1 ATOM 13 O O . PRO 373 373 ? A 3.473 -9.009 -5.308 1 1 A PRO 0.530 1 ATOM 14 C CB . PRO 373 373 ? A 6.537 -7.557 -5.157 1 1 A PRO 0.530 1 ATOM 15 C CG . PRO 373 373 ? A 5.671 -6.317 -4.943 1 1 A PRO 0.530 1 ATOM 16 C CD . PRO 373 373 ? A 4.774 -6.286 -6.169 1 1 A PRO 0.530 1 ATOM 17 N N . GLY 374 374 ? A 5.106 -10.461 -4.660 1 1 A GLY 0.510 1 ATOM 18 C CA . GLY 374 374 ? A 4.420 -11.301 -3.666 1 1 A GLY 0.510 1 ATOM 19 C C . GLY 374 374 ? A 4.679 -10.939 -2.209 1 1 A GLY 0.510 1 ATOM 20 O O . GLY 374 374 ? A 3.950 -11.462 -1.373 1 1 A GLY 0.510 1 ATOM 21 N N . PRO 375 375 ? A 5.627 -10.051 -1.833 1 1 A PRO 0.550 1 ATOM 22 C CA . PRO 375 375 ? A 5.622 -9.480 -0.491 1 1 A PRO 0.550 1 ATOM 23 C C . PRO 375 375 ? A 5.498 -7.953 -0.473 1 1 A PRO 0.550 1 ATOM 24 O O . PRO 375 375 ? A 4.851 -7.377 -1.354 1 1 A PRO 0.550 1 ATOM 25 C CB . PRO 375 375 ? A 6.951 -9.970 0.096 1 1 A PRO 0.550 1 ATOM 26 C CG . PRO 375 375 ? A 7.923 -10.062 -1.081 1 1 A PRO 0.550 1 ATOM 27 C CD . PRO 375 375 ? A 7.017 -10.181 -2.306 1 1 A PRO 0.550 1 ATOM 28 N N . LEU 376 376 ? A 6.065 -7.279 0.564 1 1 A LEU 0.660 1 ATOM 29 C CA . LEU 376 376 ? A 6.139 -5.834 0.734 1 1 A LEU 0.660 1 ATOM 30 C C . LEU 376 376 ? A 7.554 -5.417 1.127 1 1 A LEU 0.660 1 ATOM 31 O O . LEU 376 376 ? A 8.250 -6.191 1.783 1 1 A LEU 0.660 1 ATOM 32 C CB . LEU 376 376 ? A 5.203 -5.316 1.856 1 1 A LEU 0.660 1 ATOM 33 C CG . LEU 376 376 ? A 3.726 -5.348 1.459 1 1 A LEU 0.660 1 ATOM 34 C CD1 . LEU 376 376 ? A 2.824 -5.114 2.673 1 1 A LEU 0.660 1 ATOM 35 C CD2 . LEU 376 376 ? A 3.394 -4.391 0.308 1 1 A LEU 0.660 1 ATOM 36 N N . PRO 377 377 ? A 8.029 -4.222 0.759 1 1 A PRO 0.730 1 ATOM 37 C CA . PRO 377 377 ? A 9.276 -3.658 1.257 1 1 A PRO 0.730 1 ATOM 38 C C . PRO 377 377 ? A 9.124 -3.283 2.738 1 1 A PRO 0.730 1 ATOM 39 O O . PRO 377 377 ? A 7.996 -2.979 3.120 1 1 A PRO 0.730 1 ATOM 40 C CB . PRO 377 377 ? A 9.505 -2.415 0.362 1 1 A PRO 0.730 1 ATOM 41 C CG . PRO 377 377 ? A 8.120 -2.021 -0.159 1 1 A PRO 0.730 1 ATOM 42 C CD . PRO 377 377 ? A 7.366 -3.344 -0.197 1 1 A PRO 0.730 1 ATOM 43 N N . PRO 378 378 ? A 10.131 -3.222 3.608 1 1 A PRO 0.700 1 ATOM 44 C CA . PRO 378 378 ? A 9.939 -2.959 5.032 1 1 A PRO 0.700 1 ATOM 45 C C . PRO 378 378 ? A 10.005 -1.469 5.287 1 1 A PRO 0.700 1 ATOM 46 O O . PRO 378 378 ? A 10.096 -1.039 6.431 1 1 A PRO 0.700 1 ATOM 47 C CB . PRO 378 378 ? A 11.102 -3.707 5.702 1 1 A PRO 0.700 1 ATOM 48 C CG . PRO 378 378 ? A 12.220 -3.743 4.653 1 1 A PRO 0.700 1 ATOM 49 C CD . PRO 378 378 ? A 11.506 -3.606 3.302 1 1 A PRO 0.700 1 ATOM 50 N N . ASN 379 379 ? A 9.931 -0.665 4.215 1 1 A ASN 0.710 1 ATOM 51 C CA . ASN 379 379 ? A 10.118 0.763 4.231 1 1 A ASN 0.710 1 ATOM 52 C C . ASN 379 379 ? A 8.840 1.481 3.817 1 1 A ASN 0.710 1 ATOM 53 O O . ASN 379 379 ? A 8.870 2.618 3.372 1 1 A ASN 0.710 1 ATOM 54 C CB . ASN 379 379 ? A 11.329 1.108 3.317 1 1 A ASN 0.710 1 ATOM 55 C CG . ASN 379 379 ? A 12.154 2.285 3.834 1 1 A ASN 0.710 1 ATOM 56 O OD1 . ASN 379 379 ? A 12.551 3.148 3.058 1 1 A ASN 0.710 1 ATOM 57 N ND2 . ASN 379 379 ? 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'normalized score' global . 6 # # loop_ _ma_qa_metric_global.ordinal_id _ma_qa_metric_global.model_id _ma_qa_metric_global.metric_id _ma_qa_metric_global.metric_value 1 1 2 0.679 2 1 3 0.038 # # loop_ _ma_qa_metric_local.ordinal_id _ma_qa_metric_local.model_id _ma_qa_metric_local.label_asym_id _ma_qa_metric_local.label_seq_id _ma_qa_metric_local.label_comp_id _ma_qa_metric_local.metric_id _ma_qa_metric_local.metric_value 1 1 A 372 LYS 1 0.500 2 1 A 373 PRO 1 0.530 3 1 A 374 GLY 1 0.510 4 1 A 375 PRO 1 0.550 5 1 A 376 LEU 1 0.660 6 1 A 377 PRO 1 0.730 7 1 A 378 PRO 1 0.700 8 1 A 379 ASN 1 0.710 9 1 A 380 LEU 1 0.750 10 1 A 381 ASP 1 0.730 11 1 A 382 ASP 1 0.700 12 1 A 383 LEU 1 0.720 13 1 A 384 LYS 1 0.730 14 1 A 385 VAL 1 0.760 15 1 A 386 SER 1 0.770 16 1 A 387 GLU 1 0.750 17 1 A 388 LEU 1 0.790 18 1 A 389 ARG 1 0.760 19 1 A 390 GLN 1 0.750 20 1 A 391 GLN 1 0.740 21 1 A 392 LEU 1 0.780 22 1 A 393 ARG 1 0.700 23 1 A 394 ILE 1 0.680 24 1 A 395 ARG 1 0.680 25 1 A 396 GLY 1 0.760 26 1 A 397 LEU 1 0.770 27 1 A 398 PRO 1 0.790 28 1 A 399 VAL 1 0.770 29 1 A 400 SER 1 0.760 30 1 A 401 GLY 1 0.760 31 1 A 402 THR 1 0.770 32 1 A 403 LYS 1 0.770 33 1 A 404 THR 1 0.750 34 1 A 405 ALA 1 0.810 35 1 A 406 LEU 1 0.810 36 1 A 407 VAL 1 0.790 37 1 A 408 ASP 1 0.780 38 1 A 409 ARG 1 0.790 39 1 A 410 LEU 1 0.790 40 1 A 411 ARG 1 0.710 41 1 A 412 PRO 1 0.680 42 1 A 413 PHE 1 0.660 43 1 A 414 GLN 1 0.620 44 1 A 415 ASP 1 0.560 45 1 A 416 CYS 1 0.500 46 1 A 417 ALA 1 0.490 47 1 A 418 GLY 1 0.510 48 1 A 419 ASN 1 0.330 49 1 A 420 PRO 1 0.490 50 1 A 421 VAL 1 0.500 51 1 A 422 PRO 1 0.480 52 1 A 423 ASN 1 0.450 # # loop_ _pdbx_data_usage.id _pdbx_data_usage.type _pdbx_data_usage.details _pdbx_data_usage.url 1 license ;This SWISS-MODEL protein model is copyright. It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #