data_SMR-ae9b969c09a4ad2abd8d75eafee6054d_2 _entry.id SMR-ae9b969c09a4ad2abd8d75eafee6054d_2 _struct.entry_id SMR-ae9b969c09a4ad2abd8d75eafee6054d_2 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - Q8R5I7/ MYCD_RAT, Myocardin Estimated model accuracy of this model is 0.038, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries Q8R5I7' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 5 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 118864.047 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP MYCD_RAT Q8R5I7 1 ;MTLLGSEHSLLIRRKFRSVLQLRLQQRRTQEQLANQGLIPPLKSPTEFHDPRKKLDSAKTEDSLRRKVRN RSDRASLVNMHILQASTAERSIPTAQMKLKRARLADDLNEKIALRPGPLELVEKNILPMDSSVKEAIKGT EVSLSKAADAFAFEDDSSRDGLSPDQARSEDPQGSGGSTPDIKSTEAPLAGPLDTIQDLTPGSESDKNDT ASQLSNQSDSGKQVLGPLSTPIPVHTAVKSKSLGDSKNRHKKPKDPKPKVKKLKYHQYIPPDQKAEKSPP PMDSAYARLLQQQQLFLQLQILSQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQRFSYPGMHQAHLKEPNEQMTRNPNSSS TPLNNTPLSPVKNSLSGQTGVSSLKPGPLPPNLDDLKVSELRQQLRIRGLPVSGTKTALVDRLRPFQDCA GNPVPNFGDITTVTFPVTPNTLPSYQSSPSGFYHFGSTSSSPPISPASSDLSAAGSLPDTFTDASPGFGL HASPVPACTDESLLSSLNGGSGPSEPDGLDSEKDKMLVEKQKVINQLTWKLRQEQRQVEELRMQLQKQKS GCNDQKPLPFLATTIKQEDVSSCPFAAQQASGKGQGHSSDSPPPACETAQLLPHCVESSGQTHVLSSTFL SPQCSPQHSPLGTLKSPQHISLPPSPNNHYFLASSSGAQRENHGVSSPNSSQGCAQMTGLQSSDKVGPTF SIPSPTFPKSSPTVPEITQPPSYEDAVKQQMTRSQQMDELLDVLIESGEMPADAREDHSCLQKIPKIPGS SCSPTTILPKSSASFEQASSGGQISFDHYATDSEEHLEVLLNSHSPIGKVSDVTLLKIGSEEPPFDGIMD GFPGKAAEDLFSAHELLPGPLSPMHTQLSPPSVDSSGLQLSFTESPWETMEWLDLTPPSSTPGFSNLTSS GPSIFNIDFLDVTDLNLNSPMDLHLQQW ; Myocardin # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 938 1 938 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . MYCD_RAT Q8R5I7 . 1 938 10116 'Rattus norvegicus (Rat)' 2003-06-27 C64F10796AD53618 # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no A ;MTLLGSEHSLLIRRKFRSVLQLRLQQRRTQEQLANQGLIPPLKSPTEFHDPRKKLDSAKTEDSLRRKVRN RSDRASLVNMHILQASTAERSIPTAQMKLKRARLADDLNEKIALRPGPLELVEKNILPMDSSVKEAIKGT EVSLSKAADAFAFEDDSSRDGLSPDQARSEDPQGSGGSTPDIKSTEAPLAGPLDTIQDLTPGSESDKNDT ASQLSNQSDSGKQVLGPLSTPIPVHTAVKSKSLGDSKNRHKKPKDPKPKVKKLKYHQYIPPDQKAEKSPP PMDSAYARLLQQQQLFLQLQILSQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQRFSYPGMHQAHLKEPNEQMTRNPNSSS TPLNNTPLSPVKNSLSGQTGVSSLKPGPLPPNLDDLKVSELRQQLRIRGLPVSGTKTALVDRLRPFQDCA GNPVPNFGDITTVTFPVTPNTLPSYQSSPSGFYHFGSTSSSPPISPASSDLSAAGSLPDTFTDASPGFGL HASPVPACTDESLLSSLNGGSGPSEPDGLDSEKDKMLVEKQKVINQLTWKLRQEQRQVEELRMQLQKQKS GCNDQKPLPFLATTIKQEDVSSCPFAAQQASGKGQGHSSDSPPPACETAQLLPHCVESSGQTHVLSSTFL 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LYS . 1 55 LEU . 1 56 ASP . 1 57 SER . 1 58 ALA . 1 59 LYS . 1 60 THR . 1 61 GLU . 1 62 ASP . 1 63 SER . 1 64 LEU . 1 65 ARG . 1 66 ARG . 1 67 LYS . 1 68 VAL . 1 69 ARG . 1 70 ASN . 1 71 ARG . 1 72 SER . 1 73 ASP . 1 74 ARG . 1 75 ALA . 1 76 SER . 1 77 LEU . 1 78 VAL . 1 79 ASN . 1 80 MET . 1 81 HIS . 1 82 ILE . 1 83 LEU . 1 84 GLN . 1 85 ALA . 1 86 SER . 1 87 THR . 1 88 ALA . 1 89 GLU . 1 90 ARG . 1 91 SER . 1 92 ILE . 1 93 PRO . 1 94 THR . 1 95 ALA . 1 96 GLN . 1 97 MET . 1 98 LYS . 1 99 LEU . 1 100 LYS . 1 101 ARG . 1 102 ALA . 1 103 ARG . 1 104 LEU . 1 105 ALA . 1 106 ASP . 1 107 ASP . 1 108 LEU . 1 109 ASN . 1 110 GLU . 1 111 LYS . 1 112 ILE . 1 113 ALA . 1 114 LEU . 1 115 ARG . 1 116 PRO . 1 117 GLY . 1 118 PRO . 1 119 LEU . 1 120 GLU . 1 121 LEU . 1 122 VAL . 1 123 GLU . 1 124 LYS . 1 125 ASN . 1 126 ILE . 1 127 LEU . 1 128 PRO . 1 129 MET . 1 130 ASP . 1 131 SER . 1 132 SER . 1 133 VAL . 1 134 LYS . 1 135 GLU . 1 136 ALA . 1 137 ILE . 1 138 LYS . 1 139 GLY . 1 140 THR . 1 141 GLU . 1 142 VAL . 1 143 SER . 1 144 LEU . 1 145 SER . 1 146 LYS . 1 147 ALA . 1 148 ALA . 1 149 ASP . 1 150 ALA . 1 151 PHE . 1 152 ALA . 1 153 PHE . 1 154 GLU . 1 155 ASP . 1 156 ASP . 1 157 SER . 1 158 SER . 1 159 ARG . 1 160 ASP . 1 161 GLY . 1 162 LEU . 1 163 SER . 1 164 PRO . 1 165 ASP . 1 166 GLN . 1 167 ALA . 1 168 ARG . 1 169 SER . 1 170 GLU . 1 171 ASP . 1 172 PRO . 1 173 GLN . 1 174 GLY . 1 175 SER . 1 176 GLY . 1 177 GLY . 1 178 SER . 1 179 THR . 1 180 PRO . 1 181 ASP . 1 182 ILE . 1 183 LYS . 1 184 SER . 1 185 THR . 1 186 GLU . 1 187 ALA . 1 188 PRO . 1 189 LEU . 1 190 ALA . 1 191 GLY . 1 192 PRO . 1 193 LEU . 1 194 ASP . 1 195 THR . 1 196 ILE . 1 197 GLN . 1 198 ASP . 1 199 LEU . 1 200 THR . 1 201 PRO . 1 202 GLY . 1 203 SER . 1 204 GLU . 1 205 SER . 1 206 ASP . 1 207 LYS . 1 208 ASN . 1 209 ASP . 1 210 THR . 1 211 ALA . 1 212 SER . 1 213 GLN . 1 214 LEU . 1 215 SER . 1 216 ASN . 1 217 GLN . 1 218 SER . 1 219 ASP . 1 220 SER . 1 221 GLY . 1 222 LYS . 1 223 GLN . 1 224 VAL 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A 1 872 SER 872 ? ? ? A . A 1 873 VAL 873 ? ? ? A . A 1 874 ASP 874 ? ? ? A . A 1 875 SER 875 ? ? ? A . A 1 876 SER 876 ? ? ? A . A 1 877 GLY 877 ? ? ? A . A 1 878 LEU 878 ? ? ? A . A 1 879 GLN 879 ? ? ? A . A 1 880 LEU 880 ? ? ? A . A 1 881 SER 881 ? ? ? A . A 1 882 PHE 882 ? ? ? A . A 1 883 THR 883 ? ? ? A . A 1 884 GLU 884 ? ? ? A . A 1 885 SER 885 ? ? ? A . A 1 886 PRO 886 ? ? ? A . A 1 887 TRP 887 ? ? ? A . A 1 888 GLU 888 ? ? ? A . A 1 889 THR 889 ? ? ? A . A 1 890 MET 890 ? ? ? A . A 1 891 GLU 891 ? ? ? A . A 1 892 TRP 892 ? ? ? A . A 1 893 LEU 893 ? ? ? A . A 1 894 ASP 894 ? ? ? A . A 1 895 LEU 895 ? ? ? A . A 1 896 THR 896 ? ? ? A . A 1 897 PRO 897 ? ? ? A . A 1 898 PRO 898 ? ? ? A . A 1 899 SER 899 ? ? ? A . A 1 900 SER 900 ? ? ? A . A 1 901 THR 901 ? ? ? A . A 1 902 PRO 902 ? ? ? A . A 1 903 GLY 903 ? ? ? A . A 1 904 PHE 904 ? ? ? A . A 1 905 SER 905 ? ? ? A . A 1 906 ASN 906 ? ? ? A . A 1 907 LEU 907 ? ? ? A . A 1 908 THR 908 ? ? ? A . A 1 909 SER 909 ? ? ? A . A 1 910 SER 910 ? ? ? A . A 1 911 GLY 911 ? ? ? A . A 1 912 PRO 912 ? ? ? A . A 1 913 SER 913 ? ? ? A . A 1 914 ILE 914 ? ? ? A . A 1 915 PHE 915 ? ? ? A . A 1 916 ASN 916 ? ? ? A . A 1 917 ILE 917 ? ? ? A . A 1 918 ASP 918 ? ? ? A . A 1 919 PHE 919 ? ? ? A . A 1 920 LEU 920 ? ? ? A . A 1 921 ASP 921 ? ? ? A . A 1 922 VAL 922 ? ? ? A . A 1 923 THR 923 ? ? ? A . A 1 924 ASP 924 ? ? ? A . A 1 925 LEU 925 ? ? ? A . A 1 926 ASN 926 ? ? ? A . A 1 927 LEU 927 ? ? ? A . A 1 928 ASN 928 ? ? ? A . A 1 929 SER 929 ? ? ? A . A 1 930 PRO 930 ? ? ? A . A 1 931 MET 931 ? ? ? A . A 1 932 ASP 932 ? ? ? A . A 1 933 LEU 933 ? ? ? A . A 1 934 HIS 934 ? ? ? A . A 1 935 LEU 935 ? ? ? A . A 1 936 GLN 936 ? ? ? A . A 1 937 GLN 937 ? ? ? A . A 1 938 TRP 938 ? ? ? A . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'MKL/myocardin-like protein 1 {PDB ID=2kvu, label_asym_id=A, auth_asym_id=A, SMTL ID=2kvu.1.A}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by BLAST to 2kvu, label_asym_id=A' 'target-template alignment' . 4 'model 2' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-12-25 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-12-20 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A A 1 1 A # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;MGHHHHHHSHMSTPLTGKPGALPANLDDMKVAELKQELKLRSLPVSGTKTELIERLRAYQDQISPVPGAP KAPAA ; ;MGHHHHHHSHMSTPLTGKPGALPANLDDMKVAELKQELKLRSLPVSGTKTELIERLRAYQDQISPVPGAP KAPAA ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 18 68 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 2kvu 2024-05-15 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 938 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 938 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'BLAST e-value' . 1.8e-13 64.706 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MTLLGSEHSLLIRRKFRSVLQLRLQQRRTQEQLANQGLIPPLKSPTEFHDPRKKLDSAKTEDSLRRKVRNRSDRASLVNMHILQASTAERSIPTAQMKLKRARLADDLNEKIALRPGPLELVEKNILPMDSSVKEAIKGTEVSLSKAADAFAFEDDSSRDGLSPDQARSEDPQGSGGSTPDIKSTEAPLAGPLDTIQDLTPGSESDKNDTASQLSNQSDSGKQVLGPLSTPIPVHTAVKSKSLGDSKNRHKKPKDPKPKVKKLKYHQYIPPDQKAEKSPPPMDSAYARLLQQQQLFLQLQILSQQQQQQQQQQQQQQQQQQQQRFSYPGMHQAHLKEPNEQMTRNPNSSSTPLNNTPLSPVKNSLSGQTGVSSLKPGPLPPNLDDLKVSELRQQLRIRGLPVSGTKTALVDRLRPFQDCAGNPVPNFGDITTVTFPVTPNTLPSYQSSPSGFYHFGSTSSSPPISPASSDLSAAGSLPDTFTDASPGFGLHASPVPACTDESLLSSLNGGSGPSEPDGLDSEKDKMLVEKQKVINQLTWKLRQEQRQVEELRMQLQKQKSGCNDQKPLPFLATTIKQEDVSSCPFAAQQASGKGQGHSSDSPPPACETAQLLPHCVESSGQTHVLSSTFLSPQCSPQHSPLGTLKSPQHISLPPSPNNHYFLASSSGAQRENHGVSSPNSSQGCAQMTGLQSSDKVGPTFSIPSPTFPKSSPTVPEITQPPSYEDAVKQQMTRSQQMDELLDVLIESGEMPADAREDHSCLQKIPKIPGSSCSPTTILPKSSASFEQASSGGQISFDHYATDSEEHLEVLLNSHSPIGKVSDVTLLKIGSEEPPFDGIMDGFPGKAAEDLFSAHELLPGPLSPMHTQLSPPSVDSSGLQLSFTESPWETMEWLDLTPPSSTPGFSNLTSSGPSIFNIDFLDVTDLNLNSPMDLHLQQW 2 1 2 --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------KPGALPANLDDMKVAELKQELKLRSLPVSGTKTELIERLRAYQDQI-SPVPG-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 2kvu.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 2' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . LYS 375 375 ? A 4.641 -5.774 -9.576 1 1 A LYS 0.490 1 ATOM 2 C CA . LYS 375 375 ? A 3.813 -6.796 -8.843 1 1 A LYS 0.490 1 ATOM 3 C C . LYS 375 375 ? A 4.666 -7.798 -8.111 1 1 A LYS 0.490 1 ATOM 4 O O . LYS 375 375 ? A 4.991 -8.830 -8.685 1 1 A LYS 0.490 1 ATOM 5 C CB . LYS 375 375 ? A 2.901 -7.564 -9.828 1 1 A LYS 0.490 1 ATOM 6 C CG . LYS 375 375 ? A 1.687 -6.752 -10.287 1 1 A LYS 0.490 1 ATOM 7 C CD . LYS 375 375 ? A 0.862 -7.435 -11.391 1 1 A LYS 0.490 1 ATOM 8 C CE . LYS 375 375 ? A 0.381 -8.862 -11.103 1 1 A LYS 0.490 1 ATOM 9 N NZ . LYS 375 375 ? A -0.531 -8.867 -9.939 1 1 A LYS 0.490 1 ATOM 10 N N . PRO 376 376 ? A 5.058 -7.526 -6.887 1 1 A PRO 0.510 1 ATOM 11 C CA . PRO 376 376 ? A 5.702 -8.502 -6.038 1 1 A PRO 0.510 1 ATOM 12 C C . PRO 376 376 ? A 4.665 -9.345 -5.285 1 1 A PRO 0.510 1 ATOM 13 O O . PRO 376 376 ? A 3.474 -9.009 -5.314 1 1 A PRO 0.510 1 ATOM 14 C CB . PRO 376 376 ? A 6.538 -7.556 -5.157 1 1 A PRO 0.510 1 ATOM 15 C CG . PRO 376 376 ? A 5.671 -6.317 -4.943 1 1 A PRO 0.510 1 ATOM 16 C CD . PRO 376 376 ? A 4.775 -6.286 -6.169 1 1 A PRO 0.510 1 ATOM 17 N N . GLY 377 377 ? A 5.106 -10.461 -4.663 1 1 A GLY 0.520 1 ATOM 18 C CA . GLY 377 377 ? A 4.419 -11.299 -3.670 1 1 A GLY 0.520 1 ATOM 19 C C . GLY 377 377 ? A 4.681 -10.938 -2.213 1 1 A GLY 0.520 1 ATOM 20 O O . GLY 377 377 ? A 3.951 -11.465 -1.380 1 1 A GLY 0.520 1 ATOM 21 N N . PRO 378 378 ? A 5.628 -10.050 -1.836 1 1 A PRO 0.560 1 ATOM 22 C CA . PRO 378 378 ? A 5.620 -9.481 -0.493 1 1 A PRO 0.560 1 ATOM 23 C C . PRO 378 378 ? A 5.497 -7.953 -0.474 1 1 A PRO 0.560 1 ATOM 24 O O . PRO 378 378 ? A 4.856 -7.375 -1.356 1 1 A PRO 0.560 1 ATOM 25 C CB . PRO 378 378 ? A 6.949 -9.971 0.096 1 1 A PRO 0.560 1 ATOM 26 C CG . PRO 378 378 ? A 7.923 -10.062 -1.080 1 1 A PRO 0.560 1 ATOM 27 C CD . PRO 378 378 ? A 7.018 -10.180 -2.306 1 1 A PRO 0.560 1 ATOM 28 N N . LEU 379 379 ? A 6.063 -7.281 0.566 1 1 A LEU 0.700 1 ATOM 29 C CA . LEU 379 379 ? A 6.139 -5.836 0.735 1 1 A LEU 0.700 1 ATOM 30 C C . LEU 379 379 ? A 7.554 -5.417 1.127 1 1 A LEU 0.700 1 ATOM 31 O O . LEU 379 379 ? A 8.251 -6.190 1.783 1 1 A LEU 0.700 1 ATOM 32 C CB . LEU 379 379 ? A 5.203 -5.316 1.857 1 1 A LEU 0.700 1 ATOM 33 C CG . LEU 379 379 ? A 3.726 -5.347 1.459 1 1 A LEU 0.700 1 ATOM 34 C CD1 . LEU 379 379 ? A 2.824 -5.114 2.673 1 1 A LEU 0.700 1 ATOM 35 C CD2 . LEU 379 379 ? A 3.394 -4.390 0.308 1 1 A LEU 0.700 1 ATOM 36 N N . PRO 380 380 ? A 8.029 -4.223 0.759 1 1 A PRO 0.740 1 ATOM 37 C CA . PRO 380 380 ? A 9.276 -3.658 1.257 1 1 A PRO 0.740 1 ATOM 38 C C . PRO 380 380 ? A 9.124 -3.283 2.738 1 1 A PRO 0.740 1 ATOM 39 O O . PRO 380 380 ? A 7.996 -2.979 3.120 1 1 A PRO 0.740 1 ATOM 40 C CB . PRO 380 380 ? A 9.505 -2.415 0.362 1 1 A PRO 0.740 1 ATOM 41 C CG . PRO 380 380 ? A 8.120 -2.021 -0.159 1 1 A PRO 0.740 1 ATOM 42 C CD . PRO 380 380 ? A 7.366 -3.344 -0.197 1 1 A PRO 0.740 1 ATOM 43 N N . PRO 381 381 ? A 10.131 -3.222 3.608 1 1 A PRO 0.730 1 ATOM 44 C CA . PRO 381 381 ? A 9.940 -2.958 5.032 1 1 A PRO 0.730 1 ATOM 45 C C . PRO 381 381 ? A 10.005 -1.469 5.287 1 1 A PRO 0.730 1 ATOM 46 O O . PRO 381 381 ? A 10.095 -1.039 6.432 1 1 A PRO 0.730 1 ATOM 47 C CB . PRO 381 381 ? A 11.102 -3.707 5.702 1 1 A PRO 0.730 1 ATOM 48 C CG . PRO 381 381 ? A 12.220 -3.743 4.653 1 1 A PRO 0.730 1 ATOM 49 C CD . PRO 381 381 ? A 11.506 -3.606 3.302 1 1 A PRO 0.730 1 ATOM 50 N N . ASN 382 382 ? A 9.931 -0.665 4.216 1 1 A ASN 0.720 1 ATOM 51 C CA . ASN 382 382 ? A 10.118 0.763 4.231 1 1 A ASN 0.720 1 ATOM 52 C C . ASN 382 382 ? A 8.840 1.482 3.817 1 1 A ASN 0.720 1 ATOM 53 O O . ASN 382 382 ? A 8.870 2.619 3.373 1 1 A ASN 0.720 1 ATOM 54 C CB . ASN 382 382 ? A 11.330 1.108 3.317 1 1 A ASN 0.720 1 ATOM 55 C CG . ASN 382 382 ? A 12.154 2.285 3.834 1 1 A ASN 0.720 1 ATOM 56 O OD1 . ASN 382 382 ? A 12.551 3.148 3.058 1 1 A ASN 0.720 1 ATOM 57 N ND2 . ASN 382 382 ? 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It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #