data_SMR-cd1d17bac9349d6aaa727f97ec0fbe51_3 _entry.id SMR-cd1d17bac9349d6aaa727f97ec0fbe51_3 _struct.entry_id SMR-cd1d17bac9349d6aaa727f97ec0fbe51_3 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - Q9NRA8/ 4ET_HUMAN, Eukaryotic translation initiation factor 4E transporter Estimated model accuracy of this model is 0.0, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries Q9NRA8' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 5 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 126082.155 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP 4ET_HUMAN Q9NRA8 1 ;MDRRSMGETESGDAFLDLKKPPASKCPHRYTKEELLDIKELPHSKQRPSCLSEKYDSDGVWDPEKWHASL YPASGRSSPVESLKKELDTDRPSLVRRIVDPRERVKEDDLDVVLSPQRRSFGGGCHVTAAVSSRRSGSPL EKDSDGLRLLGGRRIGSGRIISARTFEKDHRLSDKDLRDLRDRDRERDFKDKRFRREFGDSKRVFGERRR NDSYTEEEPEWFSAGPTSQSETIELTGFDDKILEEDHKGRKRTRRRTASVKEGIVECNGGVAEEDEVEVI LAQEPAADQEVPRDAVLPEQSPGDFDFNEFFNLDKVPCLASMIEDVLGEGSVSASRFSRWFSNPSRSGSR SSSLGSTPHEELERLAGLEQAILSPGQNSGNYFAPIPLEDHAENKVDILEMLQKAKVDLKPLLSSLSANK EKLKESSHSGVVLSVEEVEAGLKGLKVDQQVKNSTPFMAEHLEETLSAVTNNRQLKKDGDMTAFNKLVST MKASGTLPSQPKVSRNLESHLMSPAEIPGQPVPKNILQELLGQPVQRPASSNLLSGLMGSLEPTTSLLGQ RAPSPPLSQVFQTRAASADYLRPRIPSPIGFTPGPQQLLGDPFQGMRKPMSPITAQMSQLELQQAALEGL ALPHDLAVQAANFYQPGFGKPQVDRTRDGFRNRQQRVTKSPAPVHRGNSSSPAPAASITSMLSPSFTPTS VIRKMYESKEKSKEEPASGKAALGDSKEDTQKASEENLLSSSSVPSADRDSSPTTNSKLSALQRSSCSTP LSQANRYTKEQDYRPKATGRKTPTLASPVPTTPFLRPVHQVPLVPHVPMVRPAHQLHPGLVQRMLAQGVH PQHLPSLLQTGVLPPGMDLSHLQGISGPILGQPFYPLPAASHPLLNPRPGTPLHLAMVQQQLQRSVLHPP GSGSHAAAVSVQTTPQNVPSRSGLPHMHSQLEHRPSQRSSSPVGLAKWFGSDVLQQPLPSMPAKVISVDE LEYRQ ; 'Eukaryotic translation initiation factor 4E transporter' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 985 1 985 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . 4ET_HUMAN Q9NRA8 . 1 985 9606 'Homo sapiens (Human)' 2002-08-02 4C898E0488903C04 # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no B ;MDRRSMGETESGDAFLDLKKPPASKCPHRYTKEELLDIKELPHSKQRPSCLSEKYDSDGVWDPEKWHASL YPASGRSSPVESLKKELDTDRPSLVRRIVDPRERVKEDDLDVVLSPQRRSFGGGCHVTAAVSSRRSGSPL 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YPASGRSSPVESLKKELDTDRPSLVRRIVDPRERVKEDDLDVVLSPQRRSFGGGCHVTAAVSSRRSGSPL EKDSDGLRLLGGRRIGSGRIISARTFEKDHRLSDKDLRDLRDRDRERDFKDKRFRREFGDSKRVFGERRR NDSYTEEEPEWFSAGPTSQSETIELTGFDDKILEEDHKGRKRTRRRTASVKEGIVECNGGVAEEDEVEVI LAQEPAADQEVPRDAVLPEQSPGDFDFNEFFNLDKVPCLASMIEDVLGEGSVSASRFSRWFSNPSRSGSR SSSLGSTPHEELERLAGLEQAILSPGQNSGNYFAPIPLEDHAENKVDILEMLQKAKVDLKPLLSSLSANK EKLKESSHSGVVLSVEEVEAGLKGLKVDQQVKNSTPFMAEHLEETLSAVTNNRQLKKDGDMTAFNKLVST MKASGTLPSQPKVSRNLESHLMSPAEIPGQPVPKNILQELLGQPVQRPASSNLLSGLMGSLEPTTSLLGQ RAPSPPLSQVFQTRAASADYLRPRIPSPIGFTPGPQQLLGDPFQGMRKPMSPITAQMSQLELQQAALEGL ALPHDLAVQAANFYQPGFGKPQVDRTRDGFRNRQQRVTKSPAPVHRGNSSSPAPAASITSMLSPSFTPTS VIRKMYESKEKSKEEPASGKAALGDSKEDTQKASEENLLSSSSVPSADRDSSPTTNSKLSALQRSSCSTP LSQANRYTKEQDYRPKATGRKTPTLASPVPTTPFLRPVHQVPLVPHVPMVRPAHQLHPGLVQRMLAQGVH PQHLPSLLQTGVLPPGMDLSHLQGISGPILGQPFYPLPAASHPLLNPRPGTPLHLAMVQQQLQRSVLHPP GSGSHAAAVSVQTTPQNVPSRSGLPHMHSQLEHRPSQRSSSPVGLAKWFGSDVLQQPLPSMPAKVISVDE LEYRQ ; # # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET . 1 2 ASP . 1 3 ARG . 1 4 ARG . 1 5 SER . 1 6 MET . 1 7 GLY . 1 8 GLU . 1 9 THR . 1 10 GLU . 1 11 SER . 1 12 GLY . 1 13 ASP . 1 14 ALA . 1 15 PHE . 1 16 LEU . 1 17 ASP . 1 18 LEU . 1 19 LYS . 1 20 LYS . 1 21 PRO . 1 22 PRO . 1 23 ALA . 1 24 SER . 1 25 LYS . 1 26 CYS . 1 27 PRO . 1 28 HIS . 1 29 ARG . 1 30 TYR . 1 31 THR . 1 32 LYS . 1 33 GLU . 1 34 GLU . 1 35 LEU . 1 36 LEU . 1 37 ASP . 1 38 ILE . 1 39 LYS . 1 40 GLU . 1 41 LEU . 1 42 PRO . 1 43 HIS . 1 44 SER . 1 45 LYS . 1 46 GLN . 1 47 ARG . 1 48 PRO . 1 49 SER . 1 50 CYS . 1 51 LEU . 1 52 SER . 1 53 GLU . 1 54 LYS . 1 55 TYR . 1 56 ASP . 1 57 SER . 1 58 ASP . 1 59 GLY . 1 60 VAL . 1 61 TRP . 1 62 ASP . 1 63 PRO . 1 64 GLU . 1 65 LYS . 1 66 TRP . 1 67 HIS . 1 68 ALA . 1 69 SER . 1 70 LEU . 1 71 TYR . 1 72 PRO . 1 73 ALA . 1 74 SER . 1 75 GLY . 1 76 ARG . 1 77 SER . 1 78 SER . 1 79 PRO . 1 80 VAL . 1 81 GLU . 1 82 SER . 1 83 LEU . 1 84 LYS . 1 85 LYS . 1 86 GLU . 1 87 LEU . 1 88 ASP . 1 89 THR . 1 90 ASP . 1 91 ARG . 1 92 PRO . 1 93 SER . 1 94 LEU . 1 95 VAL . 1 96 ARG . 1 97 ARG . 1 98 ILE . 1 99 VAL . 1 100 ASP . 1 101 PRO . 1 102 ARG . 1 103 GLU . 1 104 ARG . 1 105 VAL . 1 106 LYS . 1 107 GLU . 1 108 ASP . 1 109 ASP . 1 110 LEU . 1 111 ASP . 1 112 VAL . 1 113 VAL . 1 114 LEU . 1 115 SER . 1 116 PRO . 1 117 GLN . 1 118 ARG . 1 119 ARG . 1 120 SER . 1 121 PHE . 1 122 GLY . 1 123 GLY . 1 124 GLY . 1 125 CYS . 1 126 HIS . 1 127 VAL . 1 128 THR . 1 129 ALA . 1 130 ALA . 1 131 VAL . 1 132 SER . 1 133 SER . 1 134 ARG . 1 135 ARG . 1 136 SER . 1 137 GLY . 1 138 SER . 1 139 PRO . 1 140 LEU . 1 141 GLU . 1 142 LYS . 1 143 ASP . 1 144 SER . 1 145 ASP . 1 146 GLY . 1 147 LEU . 1 148 ARG . 1 149 LEU . 1 150 LEU . 1 151 GLY . 1 152 GLY . 1 153 ARG . 1 154 ARG . 1 155 ILE . 1 156 GLY . 1 157 SER . 1 158 GLY . 1 159 ARG . 1 160 ILE . 1 161 ILE . 1 162 SER . 1 163 ALA . 1 164 ARG . 1 165 THR . 1 166 PHE . 1 167 GLU . 1 168 LYS . 1 169 ASP . 1 170 HIS . 1 171 ARG . 1 172 LEU 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A 1 846 SER 846 ? ? ? B . A 1 847 LEU 847 ? ? ? B . A 1 848 LEU 848 ? ? ? B . A 1 849 GLN 849 ? ? ? B . A 1 850 THR 850 ? ? ? B . A 1 851 GLY 851 ? ? ? B . A 1 852 VAL 852 ? ? ? B . A 1 853 LEU 853 ? ? ? B . A 1 854 PRO 854 ? ? ? B . A 1 855 PRO 855 ? ? ? B . A 1 856 GLY 856 ? ? ? B . A 1 857 MET 857 ? ? ? B . A 1 858 ASP 858 ? ? ? B . A 1 859 LEU 859 ? ? ? B . A 1 860 SER 860 ? ? ? B . A 1 861 HIS 861 ? ? ? B . A 1 862 LEU 862 ? ? ? B . A 1 863 GLN 863 ? ? ? B . A 1 864 GLY 864 ? ? ? B . A 1 865 ILE 865 ? ? ? B . A 1 866 SER 866 ? ? ? B . A 1 867 GLY 867 ? ? ? B . A 1 868 PRO 868 ? ? ? B . A 1 869 ILE 869 ? ? ? B . A 1 870 LEU 870 ? ? ? B . A 1 871 GLY 871 ? ? ? B . A 1 872 GLN 872 ? ? ? B . A 1 873 PRO 873 ? ? ? B . A 1 874 PHE 874 ? ? ? B . A 1 875 TYR 875 ? ? ? B . A 1 876 PRO 876 ? ? ? B . A 1 877 LEU 877 ? ? ? B . A 1 878 PRO 878 ? ? ? B . A 1 879 ALA 879 ? ? ? B . A 1 880 ALA 880 ? ? ? B . A 1 881 SER 881 ? ? ? B . A 1 882 HIS 882 ? ? ? B . A 1 883 PRO 883 ? ? ? B . A 1 884 LEU 884 ? ? ? B . A 1 885 LEU 885 ? ? ? B . A 1 886 ASN 886 ? ? ? B . A 1 887 PRO 887 ? ? ? B . A 1 888 ARG 888 ? ? ? B . A 1 889 PRO 889 ? ? ? B . A 1 890 GLY 890 ? ? ? B . A 1 891 THR 891 ? ? ? B . A 1 892 PRO 892 ? ? ? B . A 1 893 LEU 893 ? ? ? B . A 1 894 HIS 894 ? ? ? B . A 1 895 LEU 895 ? ? ? B . A 1 896 ALA 896 ? ? ? B . A 1 897 MET 897 ? ? ? B . A 1 898 VAL 898 ? ? ? B . A 1 899 GLN 899 ? ? ? B . A 1 900 GLN 900 ? ? ? B . A 1 901 GLN 901 ? ? ? B . A 1 902 LEU 902 ? ? ? B . A 1 903 GLN 903 ? ? ? B . A 1 904 ARG 904 ? ? ? B . A 1 905 SER 905 ? ? ? B . A 1 906 VAL 906 ? ? ? B . A 1 907 LEU 907 ? ? ? B . A 1 908 HIS 908 ? ? ? B . A 1 909 PRO 909 ? ? ? B . A 1 910 PRO 910 ? ? ? B . A 1 911 GLY 911 ? ? ? B . A 1 912 SER 912 ? ? ? B . A 1 913 GLY 913 ? ? ? B . A 1 914 SER 914 ? ? ? B . A 1 915 HIS 915 ? ? ? B . A 1 916 ALA 916 ? ? ? B . A 1 917 ALA 917 ? ? ? B . A 1 918 ALA 918 ? ? ? B . A 1 919 VAL 919 ? ? ? B . A 1 920 SER 920 ? ? ? B . A 1 921 VAL 921 ? ? ? B . A 1 922 GLN 922 ? ? ? B . A 1 923 THR 923 ? ? ? B . A 1 924 THR 924 ? ? ? B . A 1 925 PRO 925 ? ? ? B . A 1 926 GLN 926 ? ? ? B . A 1 927 ASN 927 ? ? ? B . A 1 928 VAL 928 ? ? ? B . A 1 929 PRO 929 ? ? ? B . A 1 930 SER 930 ? ? ? B . A 1 931 ARG 931 ? ? ? B . A 1 932 SER 932 ? ? ? B . A 1 933 GLY 933 ? ? ? B . A 1 934 LEU 934 ? ? ? B . A 1 935 PRO 935 ? ? ? B . A 1 936 HIS 936 ? ? ? B . A 1 937 MET 937 ? ? ? B . A 1 938 HIS 938 ? ? ? B . A 1 939 SER 939 ? ? ? B . A 1 940 GLN 940 ? ? ? B . A 1 941 LEU 941 ? ? ? B . A 1 942 GLU 942 ? ? ? B . A 1 943 HIS 943 ? ? ? B . A 1 944 ARG 944 ? ? ? B . A 1 945 PRO 945 ? ? ? B . A 1 946 SER 946 ? ? ? B . A 1 947 GLN 947 ? ? ? B . A 1 948 ARG 948 ? ? ? B . A 1 949 SER 949 ? ? ? B . A 1 950 SER 950 ? ? ? B . A 1 951 SER 951 ? ? ? B . A 1 952 PRO 952 ? ? ? B . A 1 953 VAL 953 ? ? ? B . A 1 954 GLY 954 954 GLY GLY B . A 1 955 LEU 955 955 LEU LEU B . A 1 956 ALA 956 956 ALA ALA B . A 1 957 LYS 957 957 LYS LYS B . A 1 958 TRP 958 958 TRP TRP B . A 1 959 PHE 959 959 PHE PHE B . A 1 960 GLY 960 960 GLY GLY B . A 1 961 SER 961 961 SER SER B . A 1 962 ASP 962 962 ASP ASP B . A 1 963 VAL 963 963 VAL VAL B . A 1 964 LEU 964 964 LEU LEU B . A 1 965 GLN 965 965 GLN GLN B . A 1 966 GLN 966 966 GLN GLN B . A 1 967 PRO 967 967 PRO PRO B . A 1 968 LEU 968 968 LEU LEU B . A 1 969 PRO 969 969 PRO PRO B . A 1 970 SER 970 970 SER SER B . A 1 971 MET 971 971 MET MET B . A 1 972 PRO 972 972 PRO PRO B . A 1 973 ALA 973 973 ALA ALA B . A 1 974 LYS 974 974 LYS LYS B . A 1 975 VAL 975 975 VAL VAL B . A 1 976 ILE 976 976 ILE ILE B . A 1 977 SER 977 977 SER SER B . A 1 978 VAL 978 978 VAL VAL B . A 1 979 ASP 979 979 ASP ASP B . A 1 980 GLU 980 980 GLU GLU B . A 1 981 LEU 981 981 LEU LEU B . A 1 982 GLU 982 982 GLU GLU B . A 1 983 TYR 983 983 TYR TYR B . A 1 984 ARG 984 984 ARG ARG B . A 1 985 GLN 985 985 GLN GLN B . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'Eukaryotic translation initiation factor 4E transporter {PDB ID=6f9w, label_asym_id=B, auth_asym_id=B, SMTL ID=6f9w.1.B}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by BLAST to 6f9w, label_asym_id=B' 'target-template alignment' . 4 'model 3' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-12-25 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-12-20 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A B 2 1 B # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 GPLGSGLAKWFGSDMLQQPLPSMPAKVISVDELEYRQ GPLGSGLAKWFGSDMLQQPLPSMPAKVISVDELEYRQ # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 6 37 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 6f9w 2024-10-23 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 985 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 985 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'BLAST e-value' . 4.63e-13 96.875 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MDRRSMGETESGDAFLDLKKPPASKCPHRYTKEELLDIKELPHSKQRPSCLSEKYDSDGVWDPEKWHASLYPASGRSSPVESLKKELDTDRPSLVRRIVDPRERVKEDDLDVVLSPQRRSFGGGCHVTAAVSSRRSGSPLEKDSDGLRLLGGRRIGSGRIISARTFEKDHRLSDKDLRDLRDRDRERDFKDKRFRREFGDSKRVFGERRRNDSYTEEEPEWFSAGPTSQSETIELTGFDDKILEEDHKGRKRTRRRTASVKEGIVECNGGVAEEDEVEVILAQEPAADQEVPRDAVLPEQSPGDFDFNEFFNLDKVPCLASMIEDVLGEGSVSASRFSRWFSNPSRSGSRSSSLGSTPHEELERLAGLEQAILSPGQNSGNYFAPIPLEDHAENKVDILEMLQKAKVDLKPLLSSLSANKEKLKESSHSGVVLSVEEVEAGLKGLKVDQQVKNSTPFMAEHLEETLSAVTNNRQLKKDGDMTAFNKLVSTMKASGTLPSQPKVSRNLESHLMSPAEIPGQPVPKNILQELLGQPVQRPASSNLLSGLMGSLEPTTSLLGQRAPSPPLSQVFQTRAASADYLRPRIPSPIGFTPGPQQLLGDPFQGMRKPMSPITAQMSQLELQQAALEGLALPHDLAVQAANFYQPGFGKPQVDRTRDGFRNRQQRVTKSPAPVHRGNSSSPAPAASITSMLSPSFTPTSVIRKMYESKEKSKEEPASGKAALGDSKEDTQKASEENLLSSSSVPSADRDSSPTTNSKLSALQRSSCSTPLSQANRYTKEQDYRPKATGRKTPTLASPVPTTPFLRPVHQVPLVPHVPMVRPAHQLHPGLVQRMLAQGVHPQHLPSLLQTGVLPPGMDLSHLQGISGPILGQPFYPLPAASHPLLNPRPGTPLHLAMVQQQLQRSVLHPPGSGSHAAAVSVQTTPQNVPSRSGLPHMHSQLEHRPSQRSSSPVGLAKWFGSDVLQQPLPSMPAKVISVDELEYRQ 2 1 2 -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GLAKWFGSDMLQQPLPSMPAKVISVDELEYRQ # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL {QSQE=0.000}' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 6f9w.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 3' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . GLY 954 954 ? A 30.599 15.974 52.939 1 1 B GLY 0.570 1 ATOM 2 C CA . GLY 954 954 ? A 30.514 17.373 52.343 1 1 B GLY 0.570 1 ATOM 3 C C . GLY 954 954 ? A 29.124 17.955 52.365 1 1 B GLY 0.570 1 ATOM 4 O O . GLY 954 954 ? A 28.892 18.956 53.023 1 1 B GLY 0.570 1 ATOM 5 N N . LEU 955 955 ? A 28.137 17.300 51.709 1 1 B LEU 0.580 1 ATOM 6 C CA . LEU 955 955 ? A 26.743 17.721 51.714 1 1 B LEU 0.580 1 ATOM 7 C C . LEU 955 955 ? A 26.005 17.451 53.024 1 1 B LEU 0.580 1 ATOM 8 O O . LEU 955 955 ? A 24.951 18.018 53.279 1 1 B LEU 0.580 1 ATOM 9 C CB . LEU 955 955 ? A 26.002 17.002 50.564 1 1 B LEU 0.580 1 ATOM 10 C CG . LEU 955 955 ? A 26.342 17.521 49.152 1 1 B LEU 0.580 1 ATOM 11 C CD1 . LEU 955 955 ? A 25.583 16.662 48.128 1 1 B LEU 0.580 1 ATOM 12 C CD2 . LEU 955 955 ? A 25.956 19.004 48.971 1 1 B LEU 0.580 1 ATOM 13 N N . ALA 956 956 ? A 26.584 16.628 53.929 1 1 B ALA 0.630 1 ATOM 14 C CA . ALA 956 956 ? A 26.032 16.301 55.234 1 1 B ALA 0.630 1 ATOM 15 C C . ALA 956 956 ? A 25.877 17.504 56.163 1 1 B ALA 0.630 1 ATOM 16 O O . ALA 956 956 ? A 25.148 17.467 57.141 1 1 B ALA 0.630 1 ATOM 17 C CB . ALA 956 956 ? A 26.959 15.275 55.929 1 1 B ALA 0.630 1 ATOM 18 N N . LYS 957 957 ? A 26.552 18.628 55.836 1 1 B LYS 0.610 1 ATOM 19 C CA . LYS 957 957 ? A 26.399 19.897 56.510 1 1 B LYS 0.610 1 ATOM 20 C C . LYS 957 957 ? A 25.008 20.519 56.350 1 1 B LYS 0.610 1 ATOM 21 O O . LYS 957 957 ? A 24.595 21.344 57.162 1 1 B LYS 0.610 1 ATOM 22 C CB . LYS 957 957 ? A 27.445 20.880 55.926 1 1 B LYS 0.610 1 ATOM 23 C CG . LYS 957 957 ? A 27.686 22.109 56.816 1 1 B LYS 0.610 1 ATOM 24 C CD . LYS 957 957 ? A 28.694 23.083 56.185 1 1 B LYS 0.610 1 ATOM 25 C CE . LYS 957 957 ? A 29.202 24.173 57.135 1 1 B LYS 0.610 1 ATOM 26 N NZ . LYS 957 957 ? A 28.141 25.175 57.364 1 1 B LYS 0.610 1 ATOM 27 N N . TRP 958 958 ? A 24.271 20.150 55.276 1 1 B TRP 0.540 1 ATOM 28 C CA . TRP 958 958 ? A 22.984 20.733 54.952 1 1 B TRP 0.540 1 ATOM 29 C C . TRP 958 958 ? 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A 16.277 8.358 50.928 1 1 B GLN 0.660 1 ATOM 100 C CD . GLN 966 966 ? A 14.796 8.677 51.115 1 1 B GLN 0.660 1 ATOM 101 O OE1 . GLN 966 966 ? A 13.907 7.980 50.638 1 1 B GLN 0.660 1 ATOM 102 N NE2 . GLN 966 966 ? A 14.502 9.784 51.833 1 1 B GLN 0.660 1 ATOM 103 N N . PRO 967 967 ? A 17.520 5.690 48.346 1 1 B PRO 0.690 1 ATOM 104 C CA . PRO 967 967 ? A 17.529 5.925 46.903 1 1 B PRO 0.690 1 ATOM 105 C C . PRO 967 967 ? A 17.005 7.292 46.467 1 1 B PRO 0.690 1 ATOM 106 O O . PRO 967 967 ? A 15.922 7.697 46.886 1 1 B PRO 0.690 1 ATOM 107 C CB . PRO 967 967 ? A 16.687 4.775 46.300 1 1 B PRO 0.690 1 ATOM 108 C CG . PRO 967 967 ? A 16.548 3.750 47.436 1 1 B PRO 0.690 1 ATOM 109 C CD . PRO 967 967 ? A 16.597 4.617 48.693 1 1 B PRO 0.690 1 ATOM 110 N N . LEU 968 968 ? A 17.747 8.012 45.609 1 1 B LEU 0.650 1 ATOM 111 C CA . LEU 968 968 ? A 17.392 9.349 45.188 1 1 B LEU 0.650 1 ATOM 112 C C . LEU 968 968 ? A 16.977 9.301 43.729 1 1 B LEU 0.650 1 ATOM 113 O O . LEU 968 968 ? 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'normalized score' global . 6 # # loop_ _ma_qa_metric_global.ordinal_id _ma_qa_metric_global.model_id _ma_qa_metric_global.metric_id _ma_qa_metric_global.metric_value 1 1 2 0.628 2 1 3 0 # # loop_ _ma_qa_metric_local.ordinal_id _ma_qa_metric_local.model_id _ma_qa_metric_local.label_asym_id _ma_qa_metric_local.label_seq_id _ma_qa_metric_local.label_comp_id _ma_qa_metric_local.metric_id _ma_qa_metric_local.metric_value 1 1 A 954 GLY 1 0.570 2 1 A 955 LEU 1 0.580 3 1 A 956 ALA 1 0.630 4 1 A 957 LYS 1 0.610 5 1 A 958 TRP 1 0.540 6 1 A 959 PHE 1 0.590 7 1 A 960 GLY 1 0.660 8 1 A 961 SER 1 0.640 9 1 A 962 ASP 1 0.650 10 1 A 963 VAL 1 0.670 11 1 A 964 LEU 1 0.630 12 1 A 965 GLN 1 0.650 13 1 A 966 GLN 1 0.660 14 1 A 967 PRO 1 0.690 15 1 A 968 LEU 1 0.650 16 1 A 969 PRO 1 0.660 17 1 A 970 SER 1 0.650 18 1 A 971 MET 1 0.590 19 1 A 972 PRO 1 0.600 20 1 A 973 ALA 1 0.610 21 1 A 974 LYS 1 0.570 22 1 A 975 VAL 1 0.600 23 1 A 976 ILE 1 0.610 24 1 A 977 SER 1 0.660 25 1 A 978 VAL 1 0.680 26 1 A 979 ASP 1 0.690 27 1 A 980 GLU 1 0.660 28 1 A 981 LEU 1 0.630 29 1 A 982 GLU 1 0.630 30 1 A 983 TYR 1 0.600 31 1 A 984 ARG 1 0.630 32 1 A 985 GLN 1 0.610 # # loop_ _pdbx_data_usage.id _pdbx_data_usage.type _pdbx_data_usage.details _pdbx_data_usage.url 1 license ;This SWISS-MODEL protein model is copyright. It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. 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All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #