data_SMR-a0c5fb218dd769457e08686896b459d1_2 _entry.id SMR-a0c5fb218dd769457e08686896b459d1_2 _struct.entry_id SMR-a0c5fb218dd769457e08686896b459d1_2 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - Q9JM99 (isoform 2)/ PRG4_MOUSE, Proteoglycan 4 Estimated model accuracy of this model is 0.029, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries Q9JM99 (isoform 2)' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 129817.969 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP PRG4_MOUSE Q9JM99 1 ;MGWKILPVCLSLLLPVVLIQQVSSQELSCKGRCFESFARGRECDCDSQCKQYGKCCADYDSFCEEVHNST SPSSKTAPTPAGASDTIKSTTKRSPKSPTTRTIKVVESEELTEEHSDSENQESSSSSSSSSSTIRKIKSS KNSANRELQKNPNVKDNKKNTPKKKPNPEPPAVDEAGSGLDNGEFKLTPPPPDPPTTPHSKVATSPKTTA AKPVTPKPSLAPNSETSKEASLASNKETTVETKETTATNKQSSASKKKTTSVKETRSAEKTSDKDVEPTS TTPKNSAPTTTKKPVTTTKESKFLPLPQEPEPTTAKEPPPTTKKPEPTTRKEPEPTTPKEPEPTTPKEPE PTTPKEPEPTTPKEPPPTTKKPEPTTPKEPGPTTPKEPEPTTTKEPEPTTTKEPESTTRKEPEPTTPKEP EPTTPKEPEPTTLKEPEPTTPKEPEPTTPKEPEPTTPKEPEPTTPKEPEPTTPKEPEPTTPKEPEPTTPK EPEPTTPKEPEPTTPKKPEPTTPKEPVPTTPKEPEPTTPKEPEPTTPKEPEPTTRKEPEPTTPKEPEPTT PKEPEPTTPKKPEPTTTSPKTTTLKATTLAPKVTAPAEEIQNKPEETTPASEDSDDSKTTLKPQKPTKAP KPTKKPTKAPKKPTSTKKPKTPKTRKPKTTPSPLKTTSATPELNTTPLEVMLPTTTIPKQTPNPETAEVN PDHEDADGGEGEKPLIPGPPVLFPTAIPGTDLLAGRLNQGININPMLSDETNLCNGKPVDGLTTLRNGTL VAFRGHYFWMLNPFRPPSPPRRITEVWGIPSPIDTVFTRCNCEGKTFFFKDSQYWRFTNDVVDPGYPKQI VKGFGGLTGKIVAALSIAKYKDRPESVYFFKRGGNIQQYTYKQEPMKKCTGRRPAINYSVYGEAAQVRRR RFERAVGPFQTHTFRIHYSVPMRVSYQDKGFLHNEVKVSTMWRGFPNVVTSAITLPNIRKPDGYDYYAFS KDQYYNIDVPTRTARAITTRSGQTLSKIWYNCP ; 'Proteoglycan 4' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 1013 1 1013 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . PRG4_MOUSE Q9JM99 Q9JM99-2 1 1013 10090 'Mus musculus (Mouse)' 2005-12-06 49334633D98BD1E4 # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no B ;MGWKILPVCLSLLLPVVLIQQVSSQELSCKGRCFESFARGRECDCDSQCKQYGKCCADYDSFCEEVHNST SPSSKTAPTPAGASDTIKSTTKRSPKSPTTRTIKVVESEELTEEHSDSENQESSSSSSSSSSTIRKIKSS KNSANRELQKNPNVKDNKKNTPKKKPNPEPPAVDEAGSGLDNGEFKLTPPPPDPPTTPHSKVATSPKTTA AKPVTPKPSLAPNSETSKEASLASNKETTVETKETTATNKQSSASKKKTTSVKETRSAEKTSDKDVEPTS TTPKNSAPTTTKKPVTTTKESKFLPLPQEPEPTTAKEPPPTTKKPEPTTRKEPEPTTPKEPEPTTPKEPE PTTPKEPEPTTPKEPPPTTKKPEPTTPKEPGPTTPKEPEPTTTKEPEPTTTKEPESTTRKEPEPTTPKEP EPTTPKEPEPTTLKEPEPTTPKEPEPTTPKEPEPTTPKEPEPTTPKEPEPTTPKEPEPTTPKEPEPTTPK EPEPTTPKEPEPTTPKKPEPTTPKEPVPTTPKEPEPTTPKEPEPTTPKEPEPTTRKEPEPTTPKEPEPTT PKEPEPTTPKKPEPTTTSPKTTTLKATTLAPKVTAPAEEIQNKPEETTPASEDSDDSKTTLKPQKPTKAP KPTKKPTKAPKKPTSTKKPKTPKTRKPKTTPSPLKTTSATPELNTTPLEVMLPTTTIPKQTPNPETAEVN PDHEDADGGEGEKPLIPGPPVLFPTAIPGTDLLAGRLNQGININPMLSDETNLCNGKPVDGLTTLRNGTL VAFRGHYFWMLNPFRPPSPPRRITEVWGIPSPIDTVFTRCNCEGKTFFFKDSQYWRFTNDVVDPGYPKQI VKGFGGLTGKIVAALSIAKYKDRPESVYFFKRGGNIQQYTYKQEPMKKCTGRRPAINYSVYGEAAQVRRR RFERAVGPFQTHTFRIHYSVPMRVSYQDKGFLHNEVKVSTMWRGFPNVVTSAITLPNIRKPDGYDYYAFS KDQYYNIDVPTRTARAITTRSGQTLSKIWYNCP ; ;MGWKILPVCLSLLLPVVLIQQVSSQELSCKGRCFESFARGRECDCDSQCKQYGKCCADYDSFCEEVHNST SPSSKTAPTPAGASDTIKSTTKRSPKSPTTRTIKVVESEELTEEHSDSENQESSSSSSSSSSTIRKIKSS KNSANRELQKNPNVKDNKKNTPKKKPNPEPPAVDEAGSGLDNGEFKLTPPPPDPPTTPHSKVATSPKTTA AKPVTPKPSLAPNSETSKEASLASNKETTVETKETTATNKQSSASKKKTTSVKETRSAEKTSDKDVEPTS TTPKNSAPTTTKKPVTTTKESKFLPLPQEPEPTTAKEPPPTTKKPEPTTRKEPEPTTPKEPEPTTPKEPE PTTPKEPEPTTPKEPPPTTKKPEPTTPKEPGPTTPKEPEPTTTKEPEPTTTKEPESTTRKEPEPTTPKEP EPTTPKEPEPTTLKEPEPTTPKEPEPTTPKEPEPTTPKEPEPTTPKEPEPTTPKEPEPTTPKEPEPTTPK EPEPTTPKEPEPTTPKKPEPTTPKEPVPTTPKEPEPTTPKEPEPTTPKEPEPTTRKEPEPTTPKEPEPTT PKEPEPTTPKKPEPTTTSPKTTTLKATTLAPKVTAPAEEIQNKPEETTPASEDSDDSKTTLKPQKPTKAP KPTKKPTKAPKKPTSTKKPKTPKTRKPKTTPSPLKTTSATPELNTTPLEVMLPTTTIPKQTPNPETAEVN PDHEDADGGEGEKPLIPGPPVLFPTAIPGTDLLAGRLNQGININPMLSDETNLCNGKPVDGLTTLRNGTL VAFRGHYFWMLNPFRPPSPPRRITEVWGIPSPIDTVFTRCNCEGKTFFFKDSQYWRFTNDVVDPGYPKQI VKGFGGLTGKIVAALSIAKYKDRPESVYFFKRGGNIQQYTYKQEPMKKCTGRRPAINYSVYGEAAQVRRR RFERAVGPFQTHTFRIHYSVPMRVSYQDKGFLHNEVKVSTMWRGFPNVVTSAITLPNIRKPDGYDYYAFS KDQYYNIDVPTRTARAITTRSGQTLSKIWYNCP ; # # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET . 1 2 GLY . 1 3 TRP . 1 4 LYS . 1 5 ILE . 1 6 LEU . 1 7 PRO . 1 8 VAL . 1 9 CYS . 1 10 LEU . 1 11 SER . 1 12 LEU . 1 13 LEU . 1 14 LEU . 1 15 PRO . 1 16 VAL . 1 17 VAL . 1 18 LEU . 1 19 ILE . 1 20 GLN . 1 21 GLN . 1 22 VAL . 1 23 SER . 1 24 SER . 1 25 GLN . 1 26 GLU . 1 27 LEU . 1 28 SER . 1 29 CYS . 1 30 LYS . 1 31 GLY . 1 32 ARG . 1 33 CYS . 1 34 PHE . 1 35 GLU . 1 36 SER . 1 37 PHE . 1 38 ALA . 1 39 ARG . 1 40 GLY . 1 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SER . 1 130 SER . 1 131 SER . 1 132 SER . 1 133 THR . 1 134 ILE . 1 135 ARG . 1 136 LYS . 1 137 ILE . 1 138 LYS . 1 139 SER . 1 140 SER . 1 141 LYS . 1 142 ASN . 1 143 SER . 1 144 ALA . 1 145 ASN . 1 146 ARG . 1 147 GLU . 1 148 LEU . 1 149 GLN . 1 150 LYS . 1 151 ASN . 1 152 PRO . 1 153 ASN . 1 154 VAL . 1 155 LYS . 1 156 ASP . 1 157 ASN . 1 158 LYS . 1 159 LYS . 1 160 ASN . 1 161 THR . 1 162 PRO . 1 163 LYS . 1 164 LYS . 1 165 LYS . 1 166 PRO . 1 167 ASN . 1 168 PRO . 1 169 GLU . 1 170 PRO . 1 171 PRO . 1 172 ALA . 1 173 VAL . 1 174 ASP . 1 175 GLU . 1 176 ALA . 1 177 GLY . 1 178 SER . 1 179 GLY . 1 180 LEU . 1 181 ASP . 1 182 ASN . 1 183 GLY . 1 184 GLU . 1 185 PHE . 1 186 LYS . 1 187 LEU . 1 188 THR . 1 189 PRO . 1 190 PRO . 1 191 PRO . 1 192 PRO . 1 193 ASP . 1 194 PRO . 1 195 PRO . 1 196 THR . 1 197 THR . 1 198 PRO . 1 199 HIS . 1 200 SER . 1 201 LYS . 1 202 VAL . 1 203 ALA . 1 204 THR . 1 205 SER . 1 206 PRO . 1 207 LYS . 1 208 THR . 1 209 THR . 1 210 ALA . 1 211 ALA . 1 212 LYS 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A 1 41 ARG 41 41 ARG ARG B . A 1 42 GLU 42 42 GLU GLU B . A 1 43 CYS 43 43 CYS CYS B . A 1 44 ASP 44 44 ASP ASP B . A 1 45 CYS 45 45 CYS CYS B . A 1 46 ASP 46 46 ASP ASP B . A 1 47 SER 47 47 SER SER B . A 1 48 GLN 48 48 GLN GLN B . A 1 49 CYS 49 49 CYS CYS B . A 1 50 LYS 50 50 LYS LYS B . A 1 51 GLN 51 51 GLN GLN B . A 1 52 TYR 52 52 TYR TYR B . A 1 53 GLY 53 53 GLY GLY B . A 1 54 LYS 54 54 LYS LYS B . A 1 55 CYS 55 55 CYS CYS B . A 1 56 CYS 56 56 CYS CYS B . A 1 57 ALA 57 57 ALA ALA B . A 1 58 ASP 58 58 ASP ASP B . A 1 59 TYR 59 59 TYR TYR B . A 1 60 ASP 60 60 ASP ASP B . A 1 61 SER 61 61 SER SER B . A 1 62 PHE 62 62 PHE PHE B . A 1 63 CYS 63 63 CYS CYS B . A 1 64 GLU 64 ? ? ? B . A 1 65 GLU 65 ? ? ? B . A 1 66 VAL 66 ? ? ? B . A 1 67 HIS 67 ? ? ? B . A 1 68 ASN 68 ? ? ? B . A 1 69 SER 69 ? ? ? B . A 1 70 THR 70 ? ? ? B . A 1 71 SER 71 ? ? ? B . A 1 72 PRO 72 ? ? ? B . A 1 73 SER 73 ? ? ? B . A 1 74 SER 74 ? ? ? B . A 1 75 LYS 75 ? ? ? B . A 1 76 THR 76 ? ? ? B . A 1 77 ALA 77 ? ? ? B . A 1 78 PRO 78 ? ? ? B . A 1 79 THR 79 ? ? ? B . A 1 80 PRO 80 ? ? ? B . A 1 81 ALA 81 ? ? ? B . A 1 82 GLY 82 ? ? ? B . A 1 83 ALA 83 ? ? ? B . A 1 84 SER 84 ? ? ? B . A 1 85 ASP 85 ? ? ? B . A 1 86 THR 86 ? ? ? B . A 1 87 ILE 87 ? ? ? B . A 1 88 LYS 88 ? ? ? B . A 1 89 SER 89 ? ? ? B . A 1 90 THR 90 ? ? ? B . A 1 91 THR 91 ? ? ? B . A 1 92 LYS 92 ? ? ? B . A 1 93 ARG 93 ? ? ? B . A 1 94 SER 94 ? ? ? B . A 1 95 PRO 95 ? ? ? B . A 1 96 LYS 96 ? ? ? B . A 1 97 SER 97 ? ? ? B . A 1 98 PRO 98 ? ? ? B . A 1 99 THR 99 ? ? ? B . A 1 100 THR 100 ? ? ? B . A 1 101 ARG 101 ? ? ? B . A 1 102 THR 102 ? ? ? B . A 1 103 ILE 103 ? ? ? B . A 1 104 LYS 104 ? ? ? B . A 1 105 VAL 105 ? ? ? B . A 1 106 VAL 106 ? ? ? B . A 1 107 GLU 107 ? ? ? B . A 1 108 SER 108 ? ? ? B . A 1 109 GLU 109 ? ? ? B . A 1 110 GLU 110 ? ? ? B . A 1 111 LEU 111 ? ? ? B . A 1 112 THR 112 ? ? ? B . A 1 113 GLU 113 ? ? ? B . A 1 114 GLU 114 ? ? ? B . A 1 115 HIS 115 ? ? ? B . A 1 116 SER 116 ? ? ? B . A 1 117 ASP 117 ? ? ? B . A 1 118 SER 118 ? ? ? B . A 1 119 GLU 119 ? ? ? B . A 1 120 ASN 120 ? ? ? B . A 1 121 GLN 121 ? ? ? B . A 1 122 GLU 122 ? ? ? B . A 1 123 SER 123 ? ? ? B . A 1 124 SER 124 ? ? ? B . A 1 125 SER 125 ? ? ? B . A 1 126 SER 126 ? ? ? B . A 1 127 SER 127 ? ? ? B . A 1 128 SER 128 ? ? ? B . A 1 129 SER 129 ? ? ? B . A 1 130 SER 130 ? ? ? B . A 1 131 SER 131 ? ? ? B . A 1 132 SER 132 ? ? ? B . A 1 133 THR 133 ? ? ? B . A 1 134 ILE 134 ? ? ? B . A 1 135 ARG 135 ? ? ? B . A 1 136 LYS 136 ? ? ? B . A 1 137 ILE 137 ? ? ? B . A 1 138 LYS 138 ? ? ? B . A 1 139 SER 139 ? ? ? B . A 1 140 SER 140 ? ? ? B . A 1 141 LYS 141 ? ? ? B . A 1 142 ASN 142 ? ? ? B . A 1 143 SER 143 ? ? ? B . A 1 144 ALA 144 ? ? ? B . A 1 145 ASN 145 ? ? ? B . A 1 146 ARG 146 ? ? ? B . A 1 147 GLU 147 ? ? ? B . A 1 148 LEU 148 ? ? ? B . A 1 149 GLN 149 ? ? ? B . A 1 150 LYS 150 ? ? ? B . A 1 151 ASN 151 ? ? ? B . A 1 152 PRO 152 ? ? ? B . A 1 153 ASN 153 ? ? ? B . A 1 154 VAL 154 ? ? ? B . A 1 155 LYS 155 ? ? ? B . 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A 1 194 PRO 194 ? ? ? B . A 1 195 PRO 195 ? ? ? B . A 1 196 THR 196 ? ? ? B . A 1 197 THR 197 ? ? ? B . A 1 198 PRO 198 ? ? ? B . A 1 199 HIS 199 ? ? ? B . A 1 200 SER 200 ? ? ? B . A 1 201 LYS 201 ? ? ? B . A 1 202 VAL 202 ? ? ? B . A 1 203 ALA 203 ? ? ? B . A 1 204 THR 204 ? ? ? B . A 1 205 SER 205 ? ? ? B . A 1 206 PRO 206 ? ? ? B . A 1 207 LYS 207 ? ? ? B . A 1 208 THR 208 ? ? ? B . A 1 209 THR 209 ? ? ? B . A 1 210 ALA 210 ? ? ? B . A 1 211 ALA 211 ? ? ? B . A 1 212 LYS 212 ? ? ? B . A 1 213 PRO 213 ? ? ? B . A 1 214 VAL 214 ? ? ? B . A 1 215 THR 215 ? ? ? B . A 1 216 PRO 216 ? ? ? B . A 1 217 LYS 217 ? ? ? B . A 1 218 PRO 218 ? ? ? B . A 1 219 SER 219 ? ? ? B . A 1 220 LEU 220 ? ? ? B . A 1 221 ALA 221 ? ? ? B . A 1 222 PRO 222 ? ? ? B . A 1 223 ASN 223 ? ? ? B . A 1 224 SER 224 ? ? ? B . A 1 225 GLU 225 ? ? ? B . A 1 226 THR 226 ? ? ? B . A 1 227 SER 227 ? ? ? B . A 1 228 LYS 228 ? ? ? B . A 1 229 GLU 229 ? ? ? B . A 1 230 ALA 230 ? ? ? B . A 1 231 SER 231 ? ? ? B . 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A 1 840 ILE 840 ? ? ? B . A 1 841 VAL 841 ? ? ? B . A 1 842 LYS 842 ? ? ? B . A 1 843 GLY 843 ? ? ? B . A 1 844 PHE 844 ? ? ? B . A 1 845 GLY 845 ? ? ? B . A 1 846 GLY 846 ? ? ? B . A 1 847 LEU 847 ? ? ? B . A 1 848 THR 848 ? ? ? B . A 1 849 GLY 849 ? ? ? B . A 1 850 LYS 850 ? ? ? B . A 1 851 ILE 851 ? ? ? B . A 1 852 VAL 852 ? ? ? B . A 1 853 ALA 853 ? ? ? B . A 1 854 ALA 854 ? ? ? B . A 1 855 LEU 855 ? ? ? B . A 1 856 SER 856 ? ? ? B . A 1 857 ILE 857 ? ? ? B . A 1 858 ALA 858 ? ? ? B . A 1 859 LYS 859 ? ? ? B . A 1 860 TYR 860 ? ? ? B . A 1 861 LYS 861 ? ? ? B . A 1 862 ASP 862 ? ? ? B . A 1 863 ARG 863 ? ? ? B . A 1 864 PRO 864 ? ? ? B . A 1 865 GLU 865 ? ? ? B . A 1 866 SER 866 ? ? ? B . A 1 867 VAL 867 ? ? ? B . A 1 868 TYR 868 ? ? ? B . A 1 869 PHE 869 ? ? ? B . A 1 870 PHE 870 ? ? ? B . A 1 871 LYS 871 ? ? ? B . A 1 872 ARG 872 ? ? ? B . A 1 873 GLY 873 ? ? ? B . A 1 874 GLY 874 ? ? ? B . A 1 875 ASN 875 ? ? ? B . A 1 876 ILE 876 ? ? ? B . A 1 877 GLN 877 ? ? ? B . 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B . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'VITRONECTIN {PDB ID=1oc0, label_asym_id=B, auth_asym_id=B, SMTL ID=1oc0.1.B}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 1oc0, label_asym_id=B' 'target-template alignment' . 4 'model 2' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-12-25 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-12-20 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A B 2 1 B # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 DQESCKGRCTEGFNVDKKCQCDELCSYYQSCCTDYTAECKPQVTRGDVFTM DQESCKGRCTEGFNVDKKCQCDELCSYYQSCCTDYTAECKPQVTRGDVFTM # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 2 42 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 1oc0 2024-10-23 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 1013 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 1013 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 1.7e-09 43.902 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MGWKILPVCLSLLLPVVLIQQVSSQELSCKGRCFESFARGRECDCDSQCKQYGKCCADYDSFCEEVHNSTSPSSKTAPTPAGASDTIKSTTKRSPKSPTTRTIKVVESEELTEEHSDSENQESSSSSSSSSSTIRKIKSSKNSANRELQKNPNVKDNKKNTPKKKPNPEPPAVDEAGSGLDNGEFKLTPPPPDPPTTPHSKVATSPKTTAAKPVTPKPSLAPNSETSKEASLASNKETTVETKETTATNKQSSASKKKTTSVKETRSAEKTSDKDVEPTSTTPKNSAPTTTKKPVTTTKESKFLPLPQEPEPTTAKEPPPTTKKPEPTTRKEPEPTTPKEPEPTTPKEPEPTTPKEPEPTTPKEPPPTTKKPEPTTPKEPGPTTPKEPEPTTTKEPEPTTTKEPESTTRKEPEPTTPKEPEPTTPKEPEPTTLKEPEPTTPKEPEPTTPKEPEPTTPKEPEPTTPKEPEPTTPKEPEPTTPKEPEPTTPKEPEPTTPKEPEPTTPKKPEPTTPKEPVPTTPKEPEPTTPKEPEPTTPKEPEPTTRKEPEPTTPKEPEPTTPKEPEPTTPKKPEPTTTSPKTTTLKATTLAPKVTAPAEEIQNKPEETTPASEDSDDSKTTLKPQKPTKAPKPTKKPTKAPKKPTSTKKPKTPKTRKPKTTPSPLKTTSATPELNTTPLEVMLPTTTIPKQTPNPETAEVNPDHEDADGGEGEKPLIPGPPVLFPTAIPGTDLLAGRLNQGININPMLSDETNLCNGKPVDGLTTLRNGTLVAFRGHYFWMLNPFRPPSPPRRITEVWGIPSPIDTVFTRCNCEGKTFFFKDSQYWRFTNDVVDPGYPKQIVKGFGGLTGKIVAALSIAKYKDRPESVYFFKRGGNIQQYTYKQEPMKKCTGRRPAINYSVYGEAAQVRRRRFERAVGPFQTHTFRIHYSVPMRVSYQDKGFLHNEVKVSTMWRGFPNVVTSAITLPNIRKPDGYDYYAFSKDQYYNIDVPTRTARAITTRSGQTLSKIWYNCP 2 1 2 -------------------------QESCKGRCTEGFNVDKKCQCDELCSYYQSCCTDYTAECKPQ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL {QSQE=0.000}' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 1oc0.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 2' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . 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CYS 29 29 ? A 9.725 23.980 45.986 1 1 B CYS 0.690 1 ATOM 17 C C . CYS 29 29 ? A 9.681 25.467 46.316 1 1 B CYS 0.690 1 ATOM 18 O O . CYS 29 29 ? A 10.063 26.297 45.491 1 1 B CYS 0.690 1 ATOM 19 C CB . CYS 29 29 ? A 9.012 23.741 44.620 1 1 B CYS 0.690 1 ATOM 20 S SG . CYS 29 29 ? A 9.652 22.303 43.714 1 1 B CYS 0.690 1 ATOM 21 N N . LYS 30 30 ? A 9.257 25.860 47.538 1 1 B LYS 0.650 1 ATOM 22 C CA . LYS 30 30 ? A 9.154 27.255 47.959 1 1 B LYS 0.650 1 ATOM 23 C C . LYS 30 30 ? A 10.447 28.060 47.841 1 1 B LYS 0.650 1 ATOM 24 O O . LYS 30 30 ? A 11.429 27.794 48.533 1 1 B LYS 0.650 1 ATOM 25 C CB . LYS 30 30 ? A 8.623 27.354 49.415 1 1 B LYS 0.650 1 ATOM 26 C CG . LYS 30 30 ? A 7.885 28.662 49.741 1 1 B LYS 0.650 1 ATOM 27 C CD . LYS 30 30 ? A 7.035 28.559 51.024 1 1 B LYS 0.650 1 ATOM 28 C CE . LYS 30 30 ? A 7.865 28.476 52.311 1 1 B LYS 0.650 1 ATOM 29 N NZ . LYS 30 30 ? A 7.000 28.667 53.499 1 1 B LYS 0.650 1 ATOM 30 N N . GLY 31 31 ? 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A 15.033 21.264 45.196 1 1 B ARG 0.510 1 ATOM 45 N N . CYS 33 33 ? A 12.343 27.671 42.585 1 1 B CYS 0.640 1 ATOM 46 C CA . CYS 33 33 ? A 11.854 27.425 41.231 1 1 B CYS 0.640 1 ATOM 47 C C . CYS 33 33 ? A 12.740 28.041 40.170 1 1 B CYS 0.640 1 ATOM 48 O O . CYS 33 33 ? A 12.423 28.072 38.981 1 1 B CYS 0.640 1 ATOM 49 C CB . CYS 33 33 ? A 10.498 28.137 41.075 1 1 B CYS 0.640 1 ATOM 50 S SG . CYS 33 33 ? A 9.244 27.457 42.177 1 1 B CYS 0.640 1 ATOM 51 N N . PHE 34 34 ? A 13.883 28.574 40.608 1 1 B PHE 0.510 1 ATOM 52 C CA . PHE 34 34 ? A 14.744 29.430 39.842 1 1 B PHE 0.510 1 ATOM 53 C C . PHE 34 34 ? A 16.188 28.981 40.043 1 1 B PHE 0.510 1 ATOM 54 O O . PHE 34 34 ? A 17.108 29.627 39.548 1 1 B PHE 0.510 1 ATOM 55 C CB . PHE 34 34 ? A 14.594 30.883 40.390 1 1 B PHE 0.510 1 ATOM 56 C CG . PHE 34 34 ? A 13.158 31.356 40.300 1 1 B PHE 0.510 1 ATOM 57 C CD1 . PHE 34 34 ? A 12.603 31.685 39.052 1 1 B PHE 0.510 1 ATOM 58 C CD2 . PHE 34 34 ? 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It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #