data_SMR-af1e45977da7025fcedfd05c41bb8f36_3 _entry.id SMR-af1e45977da7025fcedfd05c41bb8f36_3 _struct.entry_id SMR-af1e45977da7025fcedfd05c41bb8f36_3 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - Q8CGF7 (isoform 2)/ TCRG1_MOUSE, Transcription elongation regulator 1 Estimated model accuracy of this model is 0.026, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries Q8CGF7 (isoform 2)' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 134831.177 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP TCRG1_MOUSE Q8CGF7 1 ;MAERGGDGGEGERFNPGELRMAQQQALRFRGPAPPPNAVMRGPPPLMRPPPPFGMMRGPPPPPRPPFGRP PFDPNMPPMPPPGGIPPPMGPPHLQRPPFMPPPMGAMPPPPGMMFPPGMPPGTAPGAPALPPTEEIWVEN KTPDGKVYYYNARTRESAWTKPDGVKVIQQSELTPMLAAQAQVQAQAQAQAQAQAQAQAQAQAQAQAQAQ AQAQAQAQAQAQAQAQAQAQAQAQAQAQAQAQAQAQAQAQAQVQAQAVGAPTPTTSSPAPAVSTSTPTST PSSTTATTTTATSVAQTVSTPTTQDQTPSSAVSVATPTVSVSAPAPTATPVQTVPQPHPQTLPPAVPHSV PQPAAAIPAFPPVMVPPFRVPLPGMPIPLPGVAMMQIVSCPYVKTVATTKTGVLPGMAPPIVPMIHPQVA IAASPATLAGATAVSEWTEYKTADGKTYYYNNRTLESTWEKPQELKEKEKLDEKIKEPIKEASEEPLPME TEEEDPKEEPVKEIKEEPKEEEMTEEEKAAQKAKPVATTPIPGTPWCVVWTGDERVFFYNPTTRLSMWDR PDDLIGRADVDKIIQEPPHKKGLEDMKKLRHPAPTMLSIQKWQFSMSAIKEEQELMEEMNEDEPIKAKKR KRDDNKDIDSEKEAAMEAEIKAARERAIVPLEARMKQFKDMLLERGVSAFSTWEKELHKIVFDPRYLLLN PKERKQVFDQYVKTRAEEERREKKNKIMQAKEDFKKMMEEAKFNPRATFSEFAAKHAKDSRFKAIEKMKD REALFNEFVAAARKKEKEDSKTRGEKIKSDFFELLSNHHLDSQSRWSKVKDKVESDPRYKAVDSSSMRED LFKQYIEKIAKNLDSEKEKELERQARIEASLREREREVQKARSEQTKEIDREREQHKREEAIQNFKALLS DMVRSSDVSWSDTRRTLRKDHRWESGSLLEREEKEKLFNEHIEALTKKKREHFRQLLDETSAITLTSTWK EVKKIIKEDPRCIKFSSSDRKKQREFEEYIRDKYITAKADFRTLLKETKFITYS ; 'Transcription elongation regulator 1' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 1034 1 1034 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . TCRG1_MOUSE Q8CGF7 Q8CGF7-2 1 1034 10090 'Mus musculus (Mouse)' 2004-09-27 464F8E1F0FB2E9C7 # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no A ;MAERGGDGGEGERFNPGELRMAQQQALRFRGPAPPPNAVMRGPPPLMRPPPPFGMMRGPPPPPRPPFGRP PFDPNMPPMPPPGGIPPPMGPPHLQRPPFMPPPMGAMPPPPGMMFPPGMPPGTAPGAPALPPTEEIWVEN KTPDGKVYYYNARTRESAWTKPDGVKVIQQSELTPMLAAQAQVQAQAQAQAQAQAQAQAQAQAQAQAQAQ AQAQAQAQAQAQAQAQAQAQAQAQAQAQAQAQAQAQAQAQAQVQAQAVGAPTPTTSSPAPAVSTSTPTST PSSTTATTTTATSVAQTVSTPTTQDQTPSSAVSVATPTVSVSAPAPTATPVQTVPQPHPQTLPPAVPHSV PQPAAAIPAFPPVMVPPFRVPLPGMPIPLPGVAMMQIVSCPYVKTVATTKTGVLPGMAPPIVPMIHPQVA IAASPATLAGATAVSEWTEYKTADGKTYYYNNRTLESTWEKPQELKEKEKLDEKIKEPIKEASEEPLPME TEEEDPKEEPVKEIKEEPKEEEMTEEEKAAQKAKPVATTPIPGTPWCVVWTGDERVFFYNPTTRLSMWDR PDDLIGRADVDKIIQEPPHKKGLEDMKKLRHPAPTMLSIQKWQFSMSAIKEEQELMEEMNEDEPIKAKKR KRDDNKDIDSEKEAAMEAEIKAARERAIVPLEARMKQFKDMLLERGVSAFSTWEKELHKIVFDPRYLLLN PKERKQVFDQYVKTRAEEERREKKNKIMQAKEDFKKMMEEAKFNPRATFSEFAAKHAKDSRFKAIEKMKD REALFNEFVAAARKKEKEDSKTRGEKIKSDFFELLSNHHLDSQSRWSKVKDKVESDPRYKAVDSSSMRED LFKQYIEKIAKNLDSEKEKELERQARIEASLREREREVQKARSEQTKEIDREREQHKREEAIQNFKALLS DMVRSSDVSWSDTRRTLRKDHRWESGSLLEREEKEKLFNEHIEALTKKKREHFRQLLDETSAITLTSTWK EVKKIIKEDPRCIKFSSSDRKKQREFEEYIRDKYITAKADFRTLLKETKFITYS ; ;MAERGGDGGEGERFNPGELRMAQQQALRFRGPAPPPNAVMRGPPPLMRPPPPFGMMRGPPPPPRPPFGRP PFDPNMPPMPPPGGIPPPMGPPHLQRPPFMPPPMGAMPPPPGMMFPPGMPPGTAPGAPALPPTEEIWVEN KTPDGKVYYYNARTRESAWTKPDGVKVIQQSELTPMLAAQAQVQAQAQAQAQAQAQAQAQAQAQAQAQAQ AQAQAQAQAQAQAQAQAQAQAQAQAQAQAQAQAQAQAQAQAQVQAQAVGAPTPTTSSPAPAVSTSTPTST PSSTTATTTTATSVAQTVSTPTTQDQTPSSAVSVATPTVSVSAPAPTATPVQTVPQPHPQTLPPAVPHSV PQPAAAIPAFPPVMVPPFRVPLPGMPIPLPGVAMMQIVSCPYVKTVATTKTGVLPGMAPPIVPMIHPQVA IAASPATLAGATAVSEWTEYKTADGKTYYYNNRTLESTWEKPQELKEKEKLDEKIKEPIKEASEEPLPME TEEEDPKEEPVKEIKEEPKEEEMTEEEKAAQKAKPVATTPIPGTPWCVVWTGDERVFFYNPTTRLSMWDR PDDLIGRADVDKIIQEPPHKKGLEDMKKLRHPAPTMLSIQKWQFSMSAIKEEQELMEEMNEDEPIKAKKR KRDDNKDIDSEKEAAMEAEIKAARERAIVPLEARMKQFKDMLLERGVSAFSTWEKELHKIVFDPRYLLLN PKERKQVFDQYVKTRAEEERREKKNKIMQAKEDFKKMMEEAKFNPRATFSEFAAKHAKDSRFKAIEKMKD REALFNEFVAAARKKEKEDSKTRGEKIKSDFFELLSNHHLDSQSRWSKVKDKVESDPRYKAVDSSSMRED LFKQYIEKIAKNLDSEKEKELERQARIEASLREREREVQKARSEQTKEIDREREQHKREEAIQNFKALLS DMVRSSDVSWSDTRRTLRKDHRWESGSLLEREEKEKLFNEHIEALTKKKREHFRQLLDETSAITLTSTWK EVKKIIKEDPRCIKFSSSDRKKQREFEEYIRDKYITAKADFRTLLKETKFITYS ; # # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET . 1 2 ALA . 1 3 GLU . 1 4 ARG . 1 5 GLY . 1 6 GLY . 1 7 ASP . 1 8 GLY . 1 9 GLY . 1 10 GLU . 1 11 GLY . 1 12 GLU . 1 13 ARG . 1 14 PHE . 1 15 ASN . 1 16 PRO . 1 17 GLY . 1 18 GLU . 1 19 LEU . 1 20 ARG . 1 21 MET . 1 22 ALA . 1 23 GLN . 1 24 GLN . 1 25 GLN . 1 26 ALA . 1 27 LEU . 1 28 ARG . 1 29 PHE . 1 30 ARG . 1 31 GLY . 1 32 PRO . 1 33 ALA . 1 34 PRO . 1 35 PRO . 1 36 PRO . 1 37 ASN . 1 38 ALA . 1 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ALA . 1 128 PRO . 1 129 ALA . 1 130 LEU . 1 131 PRO . 1 132 PRO . 1 133 THR . 1 134 GLU . 1 135 GLU . 1 136 ILE . 1 137 TRP . 1 138 VAL . 1 139 GLU . 1 140 ASN . 1 141 LYS . 1 142 THR . 1 143 PRO . 1 144 ASP . 1 145 GLY . 1 146 LYS . 1 147 VAL . 1 148 TYR . 1 149 TYR . 1 150 TYR . 1 151 ASN . 1 152 ALA . 1 153 ARG . 1 154 THR . 1 155 ARG . 1 156 GLU . 1 157 SER . 1 158 ALA . 1 159 TRP . 1 160 THR . 1 161 LYS . 1 162 PRO . 1 163 ASP . 1 164 GLY . 1 165 VAL . 1 166 LYS . 1 167 VAL . 1 168 ILE . 1 169 GLN . 1 170 GLN . 1 171 SER . 1 172 GLU . 1 173 LEU . 1 174 THR . 1 175 PRO . 1 176 MET . 1 177 LEU . 1 178 ALA . 1 179 ALA . 1 180 GLN . 1 181 ALA . 1 182 GLN . 1 183 VAL . 1 184 GLN . 1 185 ALA . 1 186 GLN . 1 187 ALA . 1 188 GLN . 1 189 ALA . 1 190 GLN . 1 191 ALA . 1 192 GLN . 1 193 ALA . 1 194 GLN . 1 195 ALA . 1 196 GLN . 1 197 ALA . 1 198 GLN . 1 199 ALA . 1 200 GLN . 1 201 ALA . 1 202 GLN . 1 203 ALA . 1 204 GLN . 1 205 ALA . 1 206 GLN . 1 207 ALA . 1 208 GLN . 1 209 ALA . 1 210 GLN 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A 1 839 GLU 839 ? ? ? A . A 1 840 ASP 840 ? ? ? A . A 1 841 LEU 841 ? ? ? A . A 1 842 PHE 842 ? ? ? A . A 1 843 LYS 843 ? ? ? A . A 1 844 GLN 844 ? ? ? A . A 1 845 TYR 845 ? ? ? A . A 1 846 ILE 846 ? ? ? A . A 1 847 GLU 847 ? ? ? A . A 1 848 LYS 848 ? ? ? A . A 1 849 ILE 849 ? ? ? A . A 1 850 ALA 850 ? ? ? A . A 1 851 LYS 851 ? ? ? A . A 1 852 ASN 852 ? ? ? A . A 1 853 LEU 853 ? ? ? A . A 1 854 ASP 854 ? ? ? A . A 1 855 SER 855 ? ? ? A . A 1 856 GLU 856 ? ? ? A . A 1 857 LYS 857 ? ? ? A . A 1 858 GLU 858 ? ? ? A . A 1 859 LYS 859 ? ? ? A . A 1 860 GLU 860 ? ? ? A . A 1 861 LEU 861 ? ? ? A . A 1 862 GLU 862 ? ? ? A . A 1 863 ARG 863 ? ? ? A . A 1 864 GLN 864 ? ? ? A . A 1 865 ALA 865 ? ? ? A . A 1 866 ARG 866 ? ? ? A . A 1 867 ILE 867 ? ? ? A . A 1 868 GLU 868 ? ? ? A . A 1 869 ALA 869 ? ? ? A . A 1 870 SER 870 ? ? ? A . A 1 871 LEU 871 ? ? ? A . A 1 872 ARG 872 ? ? ? A . A 1 873 GLU 873 ? ? ? A . A 1 874 ARG 874 ? ? ? A . A 1 875 GLU 875 ? ? ? A . A 1 876 ARG 876 ? ? ? A . A 1 877 GLU 877 ? ? ? A . A 1 878 VAL 878 ? ? ? A . A 1 879 GLN 879 ? ? ? A . A 1 880 LYS 880 ? ? ? A . A 1 881 ALA 881 ? ? ? A . A 1 882 ARG 882 ? ? ? A . A 1 883 SER 883 ? ? ? A . A 1 884 GLU 884 ? ? ? A . A 1 885 GLN 885 ? ? ? A . A 1 886 THR 886 ? ? ? A . A 1 887 LYS 887 ? ? ? A . A 1 888 GLU 888 ? ? ? A . A 1 889 ILE 889 ? ? ? A . A 1 890 ASP 890 ? ? ? A . A 1 891 ARG 891 ? ? ? A . A 1 892 GLU 892 ? ? ? A . A 1 893 ARG 893 ? ? ? A . A 1 894 GLU 894 ? ? ? A . A 1 895 GLN 895 ? ? ? A . A 1 896 HIS 896 ? ? ? A . A 1 897 LYS 897 ? ? ? A . A 1 898 ARG 898 ? ? ? A . A 1 899 GLU 899 ? ? ? A . A 1 900 GLU 900 ? ? ? A . A 1 901 ALA 901 ? ? ? A . A 1 902 ILE 902 ? ? ? A . A 1 903 GLN 903 ? ? ? A . A 1 904 ASN 904 ? ? ? A . A 1 905 PHE 905 ? ? ? A . A 1 906 LYS 906 ? ? ? A . A 1 907 ALA 907 ? ? ? A . A 1 908 LEU 908 ? ? ? A . A 1 909 LEU 909 ? ? ? A . A 1 910 SER 910 ? ? ? A . A 1 911 ASP 911 ? ? ? A . A 1 912 MET 912 ? ? ? A . A 1 913 VAL 913 ? ? ? A . A 1 914 ARG 914 ? ? ? A . 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A 1 1027 GLU 1027 ? ? ? A . A 1 1028 THR 1028 ? ? ? A . A 1 1029 LYS 1029 ? ? ? A . A 1 1030 PHE 1030 ? ? ? A . A 1 1031 ILE 1031 ? ? ? A . A 1 1032 THR 1032 ? ? ? A . A 1 1033 TYR 1033 ? ? ? A . A 1 1034 SER 1034 ? ? ? A . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'Transcription elongation regulator 1 {PDB ID=2mwe, label_asym_id=A, auth_asym_id=A, SMTL ID=2mwe.1.A}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 2mwe, label_asym_id=A' 'target-template alignment' . 4 'model 3' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-12-25 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-12-20 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A A 1 1 A # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 SEWTERKTADGKTYYYNNRTAESTWEKP SEWTERKTADGKTYYYNNRTAESTWEKP # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 1 28 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 2mwe 2024-05-01 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 1034 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 1034 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 7.7e-06 92.857 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MAERGGDGGEGERFNPGELRMAQQQALRFRGPAPPPNAVMRGPPPLMRPPPPFGMMRGPPPPPRPPFGRPPFDPNMPPMPPPGGIPPPMGPPHLQRPPFMPPPMGAMPPPPGMMFPPGMPPGTAPGAPALPPTEEIWVENKTPDGKVYYYNARTRESAWTKPDGVKVIQQSELTPMLAAQAQVQAQAQAQAQAQAQAQAQAQAQAQAQAQAQAQAQAQAQAQAQAQAQAQAQAQAQAQAQAQAQAQAQAQAQVQAQAVGAPTPTTSSPAPAVSTSTPTSTPSSTTATTTTATSVAQTVSTPTTQDQTPSSAVSVATPTVSVSAPAPTATPVQTVPQPHPQTLPPAVPHSVPQPAAAIPAFPPVMVPPFRVPLPGMPIPLPGVAMMQIVSCPYVKTVATTKTGVLPGMAPPIVPMIHPQVAIAASPATLAGATAVSEWTEYKTADGKTYYYNNRTLESTWEKPQELKEKEKLDEKIKEPIKEASEEPLPMETEEEDPKEEPVKEIKEEPKEEEMTEEEKAAQKAKPVATTPIPGTPWCVVWTGDERVFFYNPTTRLSMWDRPDDLIGRADVDKIIQEPPHKKGLEDMKKLRHPAPTMLSIQKWQFSMSAIKEEQELMEEMNEDEPIKAKKRKRDDNKDIDSEKEAAMEAEIKAARERAIVPLEARMKQFKDMLLERGVSAFSTWEKELHKIVFDPRYLLLNPKERKQVFDQYVKTRAEEERREKKNKIMQAKEDFKKMMEEAKFNPRATFSEFAAKHAKDSRFKAIEKMKDREALFNEFVAAARKKEKEDSKTRGEKIKSDFFELLSNHHLDSQSRWSKVKDKVESDPRYKAVDSSSMREDLFKQYIEKIAKNLDSEKEKELERQARIEASLREREREVQKARSEQTKEIDREREQHKREEAIQNFKALLSDMVRSSDVSWSDTRRTLRKDHRWESGSLLEREEKEKLFNEHIEALTKKKREHFRQLLDETSAITLTSTWKEVKKIIKEDPRCIKFSSSDRKKQREFEEYIRDKYITAKADFRTLLKETKFITYS 2 1 2 --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------SEWTERKTADGKTYYYNNRTAESTWEKP-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 2mwe.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 3' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . SER 435 435 ? A -8.519 3.939 6.988 1 1 A SER 0.510 1 ATOM 2 C CA . SER 435 435 ? A -9.316 2.926 6.180 1 1 A SER 0.510 1 ATOM 3 C C . SER 435 435 ? A -9.386 3.090 4.668 1 1 A SER 0.510 1 ATOM 4 O O . SER 435 435 ? A -9.989 2.266 3.998 1 1 A SER 0.510 1 ATOM 5 C CB . SER 435 435 ? A -10.793 2.875 6.676 1 1 A SER 0.510 1 ATOM 6 O OG . SER 435 435 ? A -10.845 2.782 8.103 1 1 A SER 0.510 1 ATOM 7 N N . GLU 436 436 ? A -8.772 4.155 4.115 1 1 A GLU 0.530 1 ATOM 8 C CA . GLU 436 436 ? A -8.704 4.569 2.733 1 1 A GLU 0.530 1 ATOM 9 C C . GLU 436 436 ? A -7.414 4.097 2.075 1 1 A GLU 0.530 1 ATOM 10 O O . GLU 436 436 ? A -7.268 4.132 0.854 1 1 A GLU 0.530 1 ATOM 11 C CB . GLU 436 436 ? A -8.676 6.136 2.720 1 1 A GLU 0.530 1 ATOM 12 C CG . GLU 436 436 ? A -7.515 6.851 3.494 1 1 A GLU 0.530 1 ATOM 13 C CD . GLU 436 436 ? A -7.628 6.811 5.016 1 1 A GLU 0.530 1 ATOM 14 O OE1 . GLU 436 436 ? A -7.277 5.749 5.600 1 1 A GLU 0.530 1 ATOM 15 O OE2 . GLU 436 436 ? A -8.084 7.804 5.618 1 1 A GLU 0.530 1 ATOM 16 N N . TRP 437 437 ? A -6.436 3.621 2.872 1 1 A TRP 0.540 1 ATOM 17 C CA . TRP 437 437 ? A -5.215 3.023 2.372 1 1 A TRP 0.540 1 ATOM 18 C C . TRP 437 437 ? A -5.425 1.529 2.251 1 1 A TRP 0.540 1 ATOM 19 O O . TRP 437 437 ? A -5.668 0.841 3.238 1 1 A TRP 0.540 1 ATOM 20 C CB . TRP 437 437 ? A -3.993 3.274 3.300 1 1 A TRP 0.540 1 ATOM 21 C CG . TRP 437 437 ? A -3.670 4.747 3.498 1 1 A TRP 0.540 1 ATOM 22 C CD1 . TRP 437 437 ? A -4.216 5.600 4.412 1 1 A TRP 0.540 1 ATOM 23 C CD2 . TRP 437 437 ? A -2.732 5.503 2.726 1 1 A TRP 0.540 1 ATOM 24 N NE1 . TRP 437 437 ? A -3.741 6.868 4.206 1 1 A TRP 0.540 1 ATOM 25 C CE2 . TRP 437 437 ? A -2.810 6.852 3.197 1 1 A TRP 0.540 1 ATOM 26 C CE3 . TRP 437 437 ? A -1.855 5.161 1.706 1 1 A TRP 0.540 1 ATOM 27 C CZ2 . TRP 437 437 ? A -2.004 7.830 2.641 1 1 A TRP 0.540 1 ATOM 28 C CZ3 . TRP 437 437 ? A -1.060 6.161 1.136 1 1 A TRP 0.540 1 ATOM 29 C CH2 . TRP 437 437 ? A -1.127 7.484 1.603 1 1 A TRP 0.540 1 ATOM 30 N N . THR 438 438 ? A -5.331 0.995 1.022 1 1 A THR 0.660 1 ATOM 31 C CA . THR 438 438 ? A -5.595 -0.411 0.756 1 1 A THR 0.660 1 ATOM 32 C C . THR 438 438 ? A -4.308 -1.171 0.785 1 1 A THR 0.660 1 ATOM 33 O O . THR 438 438 ? A -3.425 -0.937 -0.031 1 1 A THR 0.660 1 ATOM 34 C CB . THR 438 438 ? A -6.156 -0.645 -0.631 1 1 A THR 0.660 1 ATOM 35 O OG1 . THR 438 438 ? A -7.443 -0.076 -0.737 1 1 A THR 0.660 1 ATOM 36 C CG2 . THR 438 438 ? A -6.331 -2.138 -0.968 1 1 A THR 0.660 1 ATOM 37 N N . GLU 439 439 ? A -4.173 -2.136 1.711 1 1 A GLU 0.670 1 ATOM 38 C CA . GLU 439 439 ? A -3.058 -3.047 1.720 1 1 A GLU 0.670 1 ATOM 39 C C . GLU 439 439 ? A -3.254 -4.112 0.634 1 1 A GLU 0.670 1 ATOM 40 O O . GLU 439 439 ? A -4.189 -4.908 0.647 1 1 A GLU 0.670 1 ATOM 41 C CB . GLU 439 439 ? A -2.826 -3.619 3.155 1 1 A GLU 0.670 1 ATOM 42 C CG . GLU 439 439 ? A -3.935 -4.522 3.761 1 1 A GLU 0.670 1 ATOM 43 C CD . GLU 439 439 ? A -3.374 -5.509 4.773 1 1 A GLU 0.670 1 ATOM 44 O OE1 . GLU 439 439 ? A -2.374 -6.199 4.413 1 1 A GLU 0.670 1 ATOM 45 O OE2 . GLU 439 439 ? A -3.995 -5.747 5.839 1 1 A GLU 0.670 1 ATOM 46 N N . TYR 440 440 ? A -2.395 -4.112 -0.405 1 1 A TYR 0.650 1 ATOM 47 C CA . TYR 440 440 ? A -2.532 -5.034 -1.517 1 1 A TYR 0.650 1 ATOM 48 C C . TYR 440 440 ? A -1.687 -6.256 -1.273 1 1 A TYR 0.650 1 ATOM 49 O O . TYR 440 440 ? A -0.466 -6.229 -1.402 1 1 A TYR 0.650 1 ATOM 50 C CB . TYR 440 440 ? A -2.087 -4.395 -2.847 1 1 A TYR 0.650 1 ATOM 51 C CG . TYR 440 440 ? A -3.191 -3.529 -3.358 1 1 A TYR 0.650 1 ATOM 52 C CD1 . TYR 440 440 ? A -4.186 -4.068 -4.190 1 1 A TYR 0.650 1 ATOM 53 C CD2 . TYR 440 440 ? A -3.285 -2.191 -2.967 1 1 A TYR 0.650 1 ATOM 54 C CE1 . TYR 440 440 ? A -5.221 -3.257 -4.678 1 1 A TYR 0.650 1 ATOM 55 C CE2 . TYR 440 440 ? A -4.335 -1.392 -3.431 1 1 A TYR 0.650 1 ATOM 56 C CZ . TYR 440 440 ? A -5.286 -1.912 -4.306 1 1 A TYR 0.650 1 ATOM 57 O OH . TYR 440 440 ? A -6.310 -1.074 -4.782 1 1 A TYR 0.650 1 ATOM 58 N N . LYS 441 441 ? A -2.340 -7.377 -0.920 1 1 A LYS 0.630 1 ATOM 59 C CA . LYS 441 441 ? A -1.675 -8.601 -0.541 1 1 A LYS 0.630 1 ATOM 60 C C . LYS 441 441 ? A -1.309 -9.419 -1.763 1 1 A LYS 0.630 1 ATOM 61 O O . LYS 441 441 ? A -2.087 -10.230 -2.254 1 1 A LYS 0.630 1 ATOM 62 C CB . LYS 441 441 ? A -2.592 -9.447 0.383 1 1 A LYS 0.630 1 ATOM 63 C CG . LYS 441 441 ? A -3.029 -8.692 1.651 1 1 A LYS 0.630 1 ATOM 64 C CD . LYS 441 441 ? A -4.028 -9.503 2.495 1 1 A LYS 0.630 1 ATOM 65 C CE . LYS 441 441 ? A -4.603 -8.758 3.716 1 1 A LYS 0.630 1 ATOM 66 N NZ . LYS 441 441 ? A -3.572 -8.478 4.733 1 1 A LYS 0.630 1 ATOM 67 N N . THR 442 442 ? A -0.088 -9.237 -2.295 1 1 A THR 0.590 1 ATOM 68 C CA . THR 442 442 ? A 0.378 -10.050 -3.399 1 1 A THR 0.590 1 ATOM 69 C C . THR 442 442 ? A 1.050 -11.288 -2.847 1 1 A THR 0.590 1 ATOM 70 O O . THR 442 442 ? A 1.765 -11.267 -1.848 1 1 A THR 0.590 1 ATOM 71 C CB . THR 442 442 ? A 1.308 -9.334 -4.377 1 1 A THR 0.590 1 ATOM 72 O OG1 . THR 442 442 ? A 2.361 -8.656 -3.721 1 1 A THR 0.590 1 ATOM 73 C CG2 . THR 442 442 ? A 0.514 -8.260 -5.129 1 1 A THR 0.590 1 ATOM 74 N N . ALA 443 443 ? A 0.851 -12.440 -3.518 1 1 A ALA 0.550 1 ATOM 75 C CA . ALA 443 443 ? A 1.426 -13.711 -3.112 1 1 A ALA 0.550 1 ATOM 76 C C . ALA 443 443 ? A 2.920 -13.860 -3.432 1 1 A ALA 0.550 1 ATOM 77 O O . ALA 443 443 ? A 3.505 -14.922 -3.235 1 1 A ALA 0.550 1 ATOM 78 C CB . ALA 443 443 ? A 0.644 -14.848 -3.805 1 1 A ALA 0.550 1 ATOM 79 N N . ASP 444 444 ? A 3.571 -12.753 -3.847 1 1 A ASP 0.410 1 ATOM 80 C CA . ASP 444 444 ? A 4.989 -12.541 -4.013 1 1 A ASP 0.410 1 ATOM 81 C C . ASP 444 444 ? A 5.658 -12.406 -2.627 1 1 A ASP 0.410 1 ATOM 82 O O . ASP 444 444 ? A 6.876 -12.458 -2.476 1 1 A ASP 0.410 1 ATOM 83 C CB . ASP 444 444 ? A 5.097 -11.261 -4.887 1 1 A ASP 0.410 1 ATOM 84 C CG . ASP 444 444 ? A 6.517 -11.026 -5.346 1 1 A ASP 0.410 1 ATOM 85 O OD1 . ASP 444 444 ? A 7.019 -11.781 -6.205 1 1 A ASP 0.410 1 ATOM 86 O OD2 . ASP 444 444 ? A 7.074 -9.992 -4.896 1 1 A ASP 0.410 1 ATOM 87 N N . GLY 445 445 ? A 4.851 -12.254 -1.548 1 1 A GLY 0.590 1 ATOM 88 C CA . GLY 445 445 ? A 5.351 -12.151 -0.182 1 1 A GLY 0.590 1 ATOM 89 C C . GLY 445 445 ? A 5.486 -10.737 0.262 1 1 A GLY 0.590 1 ATOM 90 O O . GLY 445 445 ? A 6.330 -10.403 1.091 1 1 A GLY 0.590 1 ATOM 91 N N . LYS 446 446 ? A 4.631 -9.850 -0.257 1 1 A LYS 0.620 1 ATOM 92 C CA . LYS 446 446 ? A 4.702 -8.470 0.121 1 1 A LYS 0.620 1 ATOM 93 C C . LYS 446 446 ? A 3.315 -7.866 0.133 1 1 A LYS 0.620 1 ATOM 94 O O . LYS 446 446 ? A 2.447 -8.191 -0.670 1 1 A LYS 0.620 1 ATOM 95 C CB . LYS 446 446 ? A 5.670 -7.692 -0.810 1 1 A LYS 0.620 1 ATOM 96 C CG . LYS 446 446 ? A 5.413 -7.887 -2.319 1 1 A LYS 0.620 1 ATOM 97 C CD . LYS 446 446 ? A 6.054 -6.763 -3.148 1 1 A LYS 0.620 1 ATOM 98 C CE . LYS 446 446 ? A 5.815 -6.786 -4.667 1 1 A LYS 0.620 1 ATOM 99 N NZ . LYS 446 446 ? 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'pLDDT all-atom in [0,1]' global . 5 3 GMQE 'Global Model Quality Estimate of the model accuracy, calculated by SWISS-MODEL.' 'normalized score' global . 6 # # loop_ _ma_qa_metric_global.ordinal_id _ma_qa_metric_global.model_id _ma_qa_metric_global.metric_id _ma_qa_metric_global.metric_value 1 1 2 0.575 2 1 3 0.026 # # loop_ _ma_qa_metric_local.ordinal_id _ma_qa_metric_local.model_id _ma_qa_metric_local.label_asym_id _ma_qa_metric_local.label_seq_id _ma_qa_metric_local.label_comp_id _ma_qa_metric_local.metric_id _ma_qa_metric_local.metric_value 1 1 A 435 SER 1 0.510 2 1 A 436 GLU 1 0.530 3 1 A 437 TRP 1 0.540 4 1 A 438 THR 1 0.660 5 1 A 439 GLU 1 0.670 6 1 A 440 TYR 1 0.650 7 1 A 441 LYS 1 0.630 8 1 A 442 THR 1 0.590 9 1 A 443 ALA 1 0.550 10 1 A 444 ASP 1 0.410 11 1 A 445 GLY 1 0.590 12 1 A 446 LYS 1 0.620 13 1 A 447 THR 1 0.670 14 1 A 448 TYR 1 0.660 15 1 A 449 TYR 1 0.660 16 1 A 450 TYR 1 0.620 17 1 A 451 ASN 1 0.620 18 1 A 452 ASN 1 0.480 19 1 A 453 ARG 1 0.440 20 1 A 454 THR 1 0.520 21 1 A 455 LEU 1 0.520 22 1 A 456 GLU 1 0.590 23 1 A 457 SER 1 0.690 24 1 A 458 THR 1 0.680 25 1 A 459 TRP 1 0.570 26 1 A 460 GLU 1 0.560 27 1 A 461 LYS 1 0.390 28 1 A 462 PRO 1 0.470 # # loop_ _pdbx_data_usage.id _pdbx_data_usage.type _pdbx_data_usage.details _pdbx_data_usage.url 1 license ;This SWISS-MODEL protein model is copyright. It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #