data_SMR-70cdd681cc785069a111e4535b611643_5 _entry.id SMR-70cdd681cc785069a111e4535b611643_5 _struct.entry_id SMR-70cdd681cc785069a111e4535b611643_5 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - Q8K296 (isoform 2)/ MTMR3_MOUSE, Phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate 3-phosphatase MTMR3 Estimated model accuracy of this model is 0.011, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries Q8K296 (isoform 2)' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 139790.625 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP MTMR3_MOUSE Q8K296 1 ;MDEEMRHSLECIQANQIFPRKQLIREDENLQVPFLELHGESTEYVGRAEEAIIALSNYRLHIKFKESLVN VPLQLIESVECRDIFQLHLTCKDCKVIRCQFPTFEQCQDWLKRLNNAIRPPGKIEDLFSFAYHAWCMEVY ASEKEQHGDLCRPGEHVTSRFKNEVERMGFDMNNAWRISNINEKYKLCGSYPQELIVPAWITDKELESVA GFRSWKRIPAVIYRHQSNGAVIARCGQPEVSWWGWRNADDEHLVQSVARACASDSQSSISKVSTRNSCRD FPNAGDLSDVEFDSSLSNTSGAESLALQPQKLLILDARSYAAAVANRAKGGGCECPEYYPNCEVVFMGMA NIHSIRRSFQSLRLLCTQMPDPGNWLSALESTKWLHHLSVLLKSALLVVHAVDRDQRPVLVHCSDGWDRT PQIVALAKLLLDPYYRTIEGFQVLVEMEWLDFGHKFADRCGHGEDSDDLNERCPVFLQWLDCVHQLQRQF PCSFEFNEAFLVKLVQHTYSCLFGTFLCNNAKERGEKQTQERTCSVWSLLRAGNKAFKNLLYSSQSEAVL YPVCHVRNLMLWSAVYLPCPSPSTPTDDSCAPYPVPGTSPDEPPLSRLPKTRSFDNLTTTCENMVPLASR RSSDPSLNEKWQEHGRSLELSSFASAGEEVPAMDSLRKPSRLLGGAELSVAAGVAEGQMENILQEATKEE SGVEEPTHRGHTEVPEVKEEAPLAKESSMAAEGPVVLYQEPQLDDATLRSHQGPSLSLFSQGIPEHQDGH NVLSSSLQAPLRGEDSQEVPVEQPQVENIAEDRENVAPAVPVDAKVGLGISQSSSLLPSQVPFETRGPHI NNSVHMLLEDKVKSESGPQLHHRPCPASSGRFSGKDMLPVAPEPRSAERPQWDSVLHRTSSPGNTLSLLQ APCALPLDKCRQGIVCNGALETENKASEQPAGFDTLQKYPTPNGHCANWEAGRSKDSLSHQLSATSCSSA HLYSRNLHHKWLNSHSGRPSTTSSPDQPSRSHLDDDGMPVYTDTIQQRLRQIESGHQQEVETLKKQVQEL KSRLESQYLTSSLRFNGDFGDEVTS ; 'Phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate 3-phosphatase MTMR3' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 1075 1 1075 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . MTMR3_MOUSE Q8K296 Q8K296-2 1 1075 10090 'Mus musculus (Mouse)' 2007-05-29 8BDF16BAC02132E8 # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no B ;MDEEMRHSLECIQANQIFPRKQLIREDENLQVPFLELHGESTEYVGRAEEAIIALSNYRLHIKFKESLVN VPLQLIESVECRDIFQLHLTCKDCKVIRCQFPTFEQCQDWLKRLNNAIRPPGKIEDLFSFAYHAWCMEVY ASEKEQHGDLCRPGEHVTSRFKNEVERMGFDMNNAWRISNINEKYKLCGSYPQELIVPAWITDKELESVA GFRSWKRIPAVIYRHQSNGAVIARCGQPEVSWWGWRNADDEHLVQSVARACASDSQSSISKVSTRNSCRD FPNAGDLSDVEFDSSLSNTSGAESLALQPQKLLILDARSYAAAVANRAKGGGCECPEYYPNCEVVFMGMA NIHSIRRSFQSLRLLCTQMPDPGNWLSALESTKWLHHLSVLLKSALLVVHAVDRDQRPVLVHCSDGWDRT PQIVALAKLLLDPYYRTIEGFQVLVEMEWLDFGHKFADRCGHGEDSDDLNERCPVFLQWLDCVHQLQRQF PCSFEFNEAFLVKLVQHTYSCLFGTFLCNNAKERGEKQTQERTCSVWSLLRAGNKAFKNLLYSSQSEAVL YPVCHVRNLMLWSAVYLPCPSPSTPTDDSCAPYPVPGTSPDEPPLSRLPKTRSFDNLTTTCENMVPLASR 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PCSFEFNEAFLVKLVQHTYSCLFGTFLCNNAKERGEKQTQERTCSVWSLLRAGNKAFKNLLYSSQSEAVL YPVCHVRNLMLWSAVYLPCPSPSTPTDDSCAPYPVPGTSPDEPPLSRLPKTRSFDNLTTTCENMVPLASR RSSDPSLNEKWQEHGRSLELSSFASAGEEVPAMDSLRKPSRLLGGAELSVAAGVAEGQMENILQEATKEE SGVEEPTHRGHTEVPEVKEEAPLAKESSMAAEGPVVLYQEPQLDDATLRSHQGPSLSLFSQGIPEHQDGH NVLSSSLQAPLRGEDSQEVPVEQPQVENIAEDRENVAPAVPVDAKVGLGISQSSSLLPSQVPFETRGPHI NNSVHMLLEDKVKSESGPQLHHRPCPASSGRFSGKDMLPVAPEPRSAERPQWDSVLHRTSSPGNTLSLLQ APCALPLDKCRQGIVCNGALETENKASEQPAGFDTLQKYPTPNGHCANWEAGRSKDSLSHQLSATSCSSA HLYSRNLHHKWLNSHSGRPSTTSSPDQPSRSHLDDDGMPVYTDTIQQRLRQIESGHQQEVETLKKQVQEL KSRLESQYLTSSLRFNGDFGDEVTS ; # # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET . 1 2 ASP . 1 3 GLU . 1 4 GLU . 1 5 MET . 1 6 ARG . 1 7 HIS . 1 8 SER . 1 9 LEU . 1 10 GLU . 1 11 CYS . 1 12 ILE . 1 13 GLN . 1 14 ALA . 1 15 ASN . 1 16 GLN . 1 17 ILE . 1 18 PHE . 1 19 PRO . 1 20 ARG . 1 21 LYS . 1 22 GLN . 1 23 LEU . 1 24 ILE . 1 25 ARG . 1 26 GLU . 1 27 ASP . 1 28 GLU . 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B . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'FYVE-finger-containing Rab5 effector protein rabenosyn-5 {PDB ID=1z0j, label_asym_id=B, auth_asym_id=B, SMTL ID=1z0j.1.B}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 1z0j, label_asym_id=B' 'target-template alignment' . 4 'model 5' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-12-25 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-12-20 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A B 2 1 B # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 GSPEAEEPIEEELLLQQIDNIKAYIFDAKQCGRLDEVEVLTENLRELKHTLAKQKGGTD GSPEAEEPIEEELLLQQIDNIKAYIFDAKQCGRLDEVEVLTENLRELKHTLAKQKGGTD # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 10 55 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 1z0j 2024-04-03 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 1075 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 1083 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 51.000 31.579 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MDEEMRHSLECIQANQIFPRKQLIREDENLQVPFLELHGESTEYVGRAEEAIIALSNYRLHIKFKESLVNVPLQLIESVECRDIFQLHLTCKDCKVIRCQFPTFEQCQDWLKRLNNAIRPPGKIEDLFSFAYHAWCMEVYASEKEQHGDLCRPGEHVTSRFKNEVERMGFDMNNAWRISNINEKYKLCGSYPQELIVPAWITDKELESVAGFRSWKRIPAVIYRHQSNGAVIARCGQPEVSWWGWRNADDEHLVQSVARACASDSQSSISKVSTRNSCRDFPNAGDLSDVEFDSSLSNTSGAESLALQPQKLLILDARSYAAAVANRAKGGGCECPEYYPNCEVVFMGMANIHSIRRSFQSLRLLCTQMPDPGNWLSALESTKWLHHLSVLLKSALLVVHAVDRDQRPVLVHCSDGWDRTPQIVALAKLLLDPYYRTIEGFQVLVEMEWLDFGHKFADRCGHGEDSDDLNERCPVFLQWLDCVHQLQRQFPCSFEFNEAFLVKLVQHTYSCLFGTFLCNNAKERGEKQTQERTCSVWSLLRAGNKAFKNLLYSSQSEAVLYPVCHVRNLMLWSAVYLPCPSPSTPTDDSCAPYPVPGTSPDEPPLSRLPKTRSFDNLTTTCENMVPLASRRSSDPSLNEKWQEHGRSLELSSFASAGEEVPAMDSLRKPSRLLGGAELSVAAGVAEGQMENILQEATKEESGVEEPTHRGHTEVPEVKEEAPLAKESSMAAEGPVVLYQEPQLDDATLRSHQGPSLSLFSQGIPEHQDGHNVLSSSLQAPLRGEDSQEVPVEQPQVENIAEDRENVAPAVPVDAKVGLGISQSSSLLPSQVPFETRGPHINNSVHMLLEDKVKSESGPQLHHRPCPASSGRFSGKDMLPVAPEPRSAERPQWDSVLHRTSSPGNTLSLLQAPCALPLDKCRQGIVCNGALETENKASEQPAGFDTLQKYPTPNGHCANWEAGRSKDSLSHQLSATSCSSAHLYSRNLHHKWLNSHSGRPSTTSSPDQPSRSHLDDDGMPVYTDTIQQRLRQI--------ESGHQQEVETLKKQVQELKSRLESQYLTSSLRFNGDFGDEVTS 2 1 2 ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------EEELLLQQIDNIKAYIFDAKQCGRLDEVEVLTENLRELKHTLAKQK----------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL {QSQE=0.000}' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 1z0j.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 5' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . TYR 1021 1021 ? A 41.706 -5.450 10.635 1 1 B TYR 0.570 1 ATOM 2 C CA . TYR 1021 1021 ? A 42.409 -6.760 10.425 1 1 B TYR 0.570 1 ATOM 3 C C . TYR 1021 1021 ? A 42.367 -7.046 8.926 1 1 B TYR 0.570 1 ATOM 4 O O . TYR 1021 1021 ? A 41.313 -6.891 8.317 1 1 B TYR 0.570 1 ATOM 5 C CB . TYR 1021 1021 ? A 41.697 -7.860 11.268 1 1 B TYR 0.570 1 ATOM 6 C CG . TYR 1021 1021 ? A 42.400 -9.190 11.200 1 1 B TYR 0.570 1 ATOM 7 C CD1 . TYR 1021 1021 ? A 41.784 -10.304 10.608 1 1 B TYR 0.570 1 ATOM 8 C CD2 . TYR 1021 1021 ? A 43.672 -9.354 11.779 1 1 B TYR 0.570 1 ATOM 9 C CE1 . TYR 1021 1021 ? A 42.401 -11.560 10.625 1 1 B TYR 0.570 1 ATOM 10 C CE2 . TYR 1021 1021 ? A 44.315 -10.598 11.751 1 1 B TYR 0.570 1 ATOM 11 C CZ . TYR 1021 1021 ? A 43.670 -11.714 11.204 1 1 B TYR 0.570 1 ATOM 12 O OH . TYR 1021 1021 ? A 44.247 -12.991 11.277 1 1 B TYR 0.570 1 ATOM 13 N N . THR 1022 1022 ? A 43.517 -7.389 8.305 1 1 B THR 0.730 1 ATOM 14 C CA . THR 1022 1022 ? A 43.673 -7.491 6.845 1 1 B THR 0.730 1 ATOM 15 C C . THR 1022 1022 ? A 42.784 -8.508 6.164 1 1 B THR 0.730 1 ATOM 16 O O . THR 1022 1022 ? A 42.109 -8.185 5.179 1 1 B THR 0.730 1 ATOM 17 C CB . THR 1022 1022 ? A 45.133 -7.751 6.489 1 1 B THR 0.730 1 ATOM 18 O OG1 . THR 1022 1022 ? A 45.915 -6.707 7.052 1 1 B THR 0.730 1 ATOM 19 C CG2 . THR 1022 1022 ? A 45.377 -7.740 4.975 1 1 B THR 0.730 1 ATOM 20 N N . ASP 1023 1023 ? A 42.672 -9.732 6.696 1 1 B ASP 0.630 1 ATOM 21 C CA . ASP 1023 1023 ? A 41.841 -10.788 6.149 1 1 B ASP 0.630 1 ATOM 22 C C . ASP 1023 1023 ? A 40.361 -10.419 6.107 1 1 B ASP 0.630 1 ATOM 23 O O . ASP 1023 1023 ? A 39.652 -10.703 5.138 1 1 B ASP 0.630 1 ATOM 24 C CB . ASP 1023 1023 ? A 42.059 -12.070 6.979 1 1 B ASP 0.630 1 ATOM 25 C CG . ASP 1023 1023 ? A 43.491 -12.592 6.854 1 1 B ASP 0.630 1 ATOM 26 O OD1 . ASP 1023 1023 ? A 44.274 -12.027 6.033 1 1 B ASP 0.630 1 ATOM 27 O OD2 . ASP 1023 1023 ? A 43.818 -13.524 7.610 1 1 B ASP 0.630 1 ATOM 28 N N . THR 1024 1024 ? A 39.875 -9.715 7.152 1 1 B THR 0.660 1 ATOM 29 C CA . THR 1024 1024 ? A 38.519 -9.167 7.242 1 1 B THR 0.660 1 ATOM 30 C C . THR 1024 1024 ? A 38.240 -8.168 6.132 1 1 B THR 0.660 1 ATOM 31 O O . THR 1024 1024 ? A 37.178 -8.176 5.510 1 1 B THR 0.660 1 ATOM 32 C CB . THR 1024 1024 ? A 38.197 -8.487 8.580 1 1 B THR 0.660 1 ATOM 33 O OG1 . THR 1024 1024 ? A 38.389 -9.386 9.659 1 1 B THR 0.660 1 ATOM 34 C CG2 . THR 1024 1024 ? A 36.735 -8.017 8.663 1 1 B THR 0.660 1 ATOM 35 N N . ILE 1025 1025 ? A 39.214 -7.283 5.830 1 1 B ILE 0.660 1 ATOM 36 C CA . ILE 1025 1025 ? A 39.138 -6.328 4.724 1 1 B ILE 0.660 1 ATOM 37 C C . ILE 1025 1025 ? A 39.096 -7.024 3.383 1 1 B ILE 0.660 1 ATOM 38 O O . ILE 1025 1025 ? A 38.251 -6.738 2.532 1 1 B ILE 0.660 1 ATOM 39 C CB . ILE 1025 1025 ? A 40.297 -5.339 4.772 1 1 B ILE 0.660 1 ATOM 40 C CG1 . ILE 1025 1025 ? A 40.139 -4.472 6.033 1 1 B ILE 0.660 1 ATOM 41 C CG2 . ILE 1025 1025 ? A 40.382 -4.466 3.496 1 1 B ILE 0.660 1 ATOM 42 C CD1 . ILE 1025 1025 ? A 41.392 -3.671 6.349 1 1 B ILE 0.660 1 ATOM 43 N N . GLN 1026 1026 ? A 39.974 -8.021 3.193 1 1 B GLN 0.670 1 ATOM 44 C CA . GLN 1026 1026 ? A 39.991 -8.847 2.008 1 1 B GLN 0.670 1 ATOM 45 C C . GLN 1026 1026 ? A 38.703 -9.637 1.813 1 1 B GLN 0.670 1 ATOM 46 O O . GLN 1026 1026 ? A 38.215 -9.796 0.693 1 1 B GLN 0.670 1 ATOM 47 C CB . GLN 1026 1026 ? A 41.193 -9.800 2.047 1 1 B GLN 0.670 1 ATOM 48 C CG . GLN 1026 1026 ? A 42.559 -9.100 1.894 1 1 B GLN 0.670 1 ATOM 49 C CD . GLN 1026 1026 ? A 43.639 -10.174 1.869 1 1 B GLN 0.670 1 ATOM 50 O OE1 . GLN 1026 1026 ? A 43.363 -11.346 2.219 1 1 B GLN 0.670 1 ATOM 51 N NE2 . GLN 1026 1026 ? A 44.851 -9.837 1.411 1 1 B GLN 0.670 1 ATOM 52 N N . GLN 1027 1027 ? A 38.107 -10.147 2.907 1 1 B GLN 0.660 1 ATOM 53 C CA . GLN 1027 1027 ? A 36.801 -10.774 2.885 1 1 B GLN 0.660 1 ATOM 54 C C . GLN 1027 1027 ? A 35.680 -9.842 2.489 1 1 B GLN 0.660 1 ATOM 55 O O . GLN 1027 1027 ? A 34.845 -10.185 1.661 1 1 B GLN 0.660 1 ATOM 56 C CB . GLN 1027 1027 ? A 36.461 -11.454 4.237 1 1 B GLN 0.660 1 ATOM 57 C CG . GLN 1027 1027 ? A 35.078 -12.146 4.283 1 1 B GLN 0.660 1 ATOM 58 C CD . GLN 1027 1027 ? A 34.927 -13.172 3.157 1 1 B GLN 0.660 1 ATOM 59 O OE1 . GLN 1027 1027 ? A 35.900 -13.678 2.576 1 1 B GLN 0.660 1 ATOM 60 N NE2 . GLN 1027 1027 ? A 33.657 -13.496 2.832 1 1 B GLN 0.660 1 ATOM 61 N N . ARG 1028 1028 ? A 35.645 -8.617 3.034 1 1 B ARG 0.660 1 ATOM 62 C CA . ARG 1028 1028 ? A 34.661 -7.642 2.604 1 1 B ARG 0.660 1 ATOM 63 C C . ARG 1028 1028 ? A 34.810 -7.237 1.149 1 1 B ARG 0.660 1 ATOM 64 O O . ARG 1028 1028 ? A 33.819 -7.082 0.436 1 1 B ARG 0.660 1 ATOM 65 C CB . ARG 1028 1028 ? A 34.640 -6.416 3.523 1 1 B ARG 0.660 1 ATOM 66 C CG . ARG 1028 1028 ? A 34.119 -6.759 4.928 1 1 B ARG 0.660 1 ATOM 67 C CD . ARG 1028 1028 ? A 34.179 -5.543 5.836 1 1 B ARG 0.660 1 ATOM 68 N NE . ARG 1028 1028 ? A 33.679 -5.955 7.184 1 1 B ARG 0.660 1 ATOM 69 C CZ . ARG 1028 1028 ? A 33.724 -5.149 8.254 1 1 B ARG 0.660 1 ATOM 70 N NH1 . ARG 1028 1028 ? A 34.249 -3.931 8.161 1 1 B ARG 0.660 1 ATOM 71 N NH2 . ARG 1028 1028 ? A 33.224 -5.546 9.420 1 1 B ARG 0.660 1 ATOM 72 N N . LEU 1029 1029 ? A 36.043 -7.120 0.636 1 1 B LEU 0.660 1 ATOM 73 C CA . LEU 1029 1029 ? A 36.280 -6.899 -0.780 1 1 B LEU 0.660 1 ATOM 74 C C . LEU 1029 1029 ? A 35.710 -8.000 -1.681 1 1 B LEU 0.660 1 ATOM 75 O O . LEU 1029 1029 ? A 35.171 -7.727 -2.751 1 1 B LEU 0.660 1 ATOM 76 C CB . LEU 1029 1029 ? A 37.794 -6.768 -1.039 1 1 B LEU 0.660 1 ATOM 77 C CG . LEU 1029 1029 ? A 38.173 -6.523 -2.508 1 1 B LEU 0.660 1 ATOM 78 C CD1 . LEU 1029 1029 ? A 37.584 -5.211 -3.027 1 1 B LEU 0.660 1 ATOM 79 C CD2 . LEU 1029 1029 ? A 39.692 -6.565 -2.686 1 1 B LEU 0.660 1 ATOM 80 N N . ARG 1030 1030 ? A 35.825 -9.273 -1.262 1 1 B ARG 0.610 1 ATOM 81 C CA . ARG 1030 1030 ? A 35.157 -10.409 -1.881 1 1 B ARG 0.610 1 ATOM 82 C C . ARG 1030 1030 ? A 33.629 -10.406 -1.767 1 1 B ARG 0.610 1 ATOM 83 O O . ARG 1030 1030 ? A 32.939 -10.864 -2.674 1 1 B ARG 0.610 1 ATOM 84 C CB . ARG 1030 1030 ? A 35.701 -11.741 -1.306 1 1 B ARG 0.610 1 ATOM 85 C CG . ARG 1030 1030 ? A 37.160 -12.047 -1.700 1 1 B ARG 0.610 1 ATOM 86 C CD . ARG 1030 1030 ? A 37.661 -13.425 -1.246 1 1 B ARG 0.610 1 ATOM 87 N NE . ARG 1030 1030 ? A 37.768 -13.448 0.256 1 1 B ARG 0.610 1 ATOM 88 C CZ . ARG 1030 1030 ? A 38.877 -13.164 0.956 1 1 B ARG 0.610 1 ATOM 89 N NH1 . ARG 1030 1030 ? A 39.988 -12.712 0.389 1 1 B ARG 0.610 1 ATOM 90 N NH2 . ARG 1030 1030 ? A 38.844 -13.295 2.284 1 1 B ARG 0.610 1 ATOM 91 N N . GLN 1031 1031 ? A 33.068 -9.944 -0.632 1 1 B GLN 0.580 1 ATOM 92 C CA . GLN 1031 1031 ? A 31.633 -9.764 -0.420 1 1 B GLN 0.580 1 ATOM 93 C C . GLN 1031 1031 ? A 30.999 -8.693 -1.291 1 1 B GLN 0.580 1 ATOM 94 O O . GLN 1031 1031 ? A 29.838 -8.797 -1.692 1 1 B GLN 0.580 1 ATOM 95 C CB . GLN 1031 1031 ? A 31.318 -9.387 1.049 1 1 B GLN 0.580 1 ATOM 96 C CG . GLN 1031 1031 ? A 31.553 -10.545 2.037 1 1 B GLN 0.580 1 ATOM 97 C CD . GLN 1031 1031 ? 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TYR 1058 1058 ? A 52.600 -1.302 2.716 1 1 B TYR 0.480 1 # # loop_ _atom_type.symbol C N O # # loop_ _ma_qa_metric.id _ma_qa_metric.name _ma_qa_metric.description _ma_qa_metric.type _ma_qa_metric.mode _ma_qa_metric.type_other_details _ma_qa_metric.software_group_id 1 QMEANDisCo 'Predicted accuracy according to all-atom lDDT in [0,1].' 'pLDDT all-atom in [0,1]' local . 5 2 QMEANDisCo 'Predicted accuracy according to all-atom lDDT in [0,1].' 'pLDDT all-atom in [0,1]' global . 5 3 GMQE 'Global Model Quality Estimate of the model accuracy, calculated by SWISS-MODEL.' 'normalized score' global . 6 # # loop_ _ma_qa_metric_global.ordinal_id _ma_qa_metric_global.model_id _ma_qa_metric_global.metric_id _ma_qa_metric_global.metric_value 1 1 2 0.608 2 1 3 0.011 # # loop_ _ma_qa_metric_local.ordinal_id _ma_qa_metric_local.model_id _ma_qa_metric_local.label_asym_id _ma_qa_metric_local.label_seq_id _ma_qa_metric_local.label_comp_id _ma_qa_metric_local.metric_id _ma_qa_metric_local.metric_value 1 1 A 1021 TYR 1 0.570 2 1 A 1022 THR 1 0.730 3 1 A 1023 ASP 1 0.630 4 1 A 1024 THR 1 0.660 5 1 A 1025 ILE 1 0.660 6 1 A 1026 GLN 1 0.670 7 1 A 1027 GLN 1 0.660 8 1 A 1028 ARG 1 0.660 9 1 A 1029 LEU 1 0.660 10 1 A 1030 ARG 1 0.610 11 1 A 1031 GLN 1 0.580 12 1 A 1032 ILE 1 0.540 13 1 A 1033 GLU 1 0.430 14 1 A 1034 SER 1 0.410 15 1 A 1035 GLY 1 0.440 16 1 A 1036 HIS 1 0.540 17 1 A 1037 GLN 1 0.520 18 1 A 1038 GLN 1 0.540 19 1 A 1039 GLU 1 0.560 20 1 A 1040 VAL 1 0.520 21 1 A 1041 GLU 1 0.540 22 1 A 1042 THR 1 0.570 23 1 A 1043 LEU 1 0.570 24 1 A 1044 LYS 1 0.600 25 1 A 1045 LYS 1 0.670 26 1 A 1046 GLN 1 0.690 27 1 A 1047 VAL 1 0.710 28 1 A 1048 GLN 1 0.690 29 1 A 1049 GLU 1 0.710 30 1 A 1050 LEU 1 0.710 31 1 A 1051 LYS 1 0.700 32 1 A 1052 SER 1 0.700 33 1 A 1053 ARG 1 0.680 34 1 A 1054 LEU 1 0.660 35 1 A 1055 GLU 1 0.640 36 1 A 1056 SER 1 0.590 37 1 A 1057 GLN 1 0.600 38 1 A 1058 TYR 1 0.480 # # loop_ _pdbx_data_usage.id _pdbx_data_usage.type _pdbx_data_usage.details _pdbx_data_usage.url 1 license ;This SWISS-MODEL protein model is copyright. It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #