data_SMR-3f2a1b792030775f337faa3b7ba2e8a2_1 _entry.id SMR-3f2a1b792030775f337faa3b7ba2e8a2_1 _struct.entry_id SMR-3f2a1b792030775f337faa3b7ba2e8a2_1 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - Q5SV85 (isoform 2)/ SYNRG_MOUSE, Synergin gamma Estimated model accuracy of this model is 0.063, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries Q5SV85 (isoform 2)' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 142682.744 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP SYNRG_MOUSE Q5SV85 1 ;MALRPGAGASGAAGAGAGPGGAGSFMFPVAGGMRPPQGLIPMQQQGFPMVSVMQPNMQGMMGMNYSSQMS QGPIAMQAGIPMGPMPAAGVPFLGQPPFLSMRPAGPQYTPDMQKQFAEEQQKRFEQQQKLLEEERKRRQF EEQKQKLRLLSSVKPKTGEKNRDDALEAIKGNLDGFSRDAKMHPTPASHPKKQGVGVFPSQDPAQSRMPP WIYNESLVPDAYKKILETTMTPTGIDTAKLYPILMSSGLPRETLGQIWALANRTTPGRLTKEELYTVLAM VAVTQRGVPAMSPDALSQFPAAPIPTLSGFPMTLPTPVSQPTAMPSGPTGSMPLTLGQPIMGINLVGPVG GAAAPTSSGFMPAYPSNQVGKTEEDDFQDFQDASKSGSIDDSFTDFQEMPASSKTSNSQHGNSAPSLLIP FPGTKASTDKYAVFKGISTDKPSENPASFGESGDKYSAFRELEQTTDSKPLGESFAEFRSTGTDDGFTDF KTADSVSPLEPPTKDTFPSAFASGAAQQTQTQVKTPLNLEDLDMFSSVDCSGEKQVPFSATFSTAKSVST RPQPAGSAAASAALASTKTSSLADDFGEFNLFGEYSNPASAGEQDDFADFMAFGNSSISSEPKASDKYEA LREEVSPSPLSSSTVEGAQHPPAAATKYDVFKQLSLEGAGLAMEEFKENTSSTKSEDDFADFHSSKFSST SSDKSLGEKAVAFRHAKEDSSSVKSLDLPSIGGSSVGKEDSEDALSVQFDMKLADVGGDLKHVMSDSSLD LPTVSGQHPPAAGSALASEDALPETAFPAFASFKDMMPQTTEQKEFESGDFQDFTRQDMPTVDRSQETSC PSPASSVASHETPKEGADDFGEFQSEKSKISKFDFLVANSQSKMKSSEEMIKSELATFDLSVQGSHKRSL SLGDKEISRSSPSPALEQPFRDRSNTLSERAALPVIRDKYKDLTGEVEENERYAYEWQRCLGSALDVIKK ANDTLNGISSSAVCTEVIQSAQGMEYLLGVVEVYRVTKRVELGIKATAVCSEKLQQLLKDIDKVWNNLIG FMSLATLTPDENSLDFSSCMLRPGIKNAQELACGVCLLNVDSRSRAFNSETDSFKLAYGGHQYHASCANF WINCVEPKPPGLLLPDLL ; 'Synergin gamma' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 1138 1 1138 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . SYNRG_MOUSE Q5SV85 Q5SV85-2 1 1138 10090 'Mus musculus (Mouse)' 2004-12-21 2FDF97B632587B8E # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no A ;MALRPGAGASGAAGAGAGPGGAGSFMFPVAGGMRPPQGLIPMQQQGFPMVSVMQPNMQGMMGMNYSSQMS QGPIAMQAGIPMGPMPAAGVPFLGQPPFLSMRPAGPQYTPDMQKQFAEEQQKRFEQQQKLLEEERKRRQF EEQKQKLRLLSSVKPKTGEKNRDDALEAIKGNLDGFSRDAKMHPTPASHPKKQGVGVFPSQDPAQSRMPP WIYNESLVPDAYKKILETTMTPTGIDTAKLYPILMSSGLPRETLGQIWALANRTTPGRLTKEELYTVLAM VAVTQRGVPAMSPDALSQFPAAPIPTLSGFPMTLPTPVSQPTAMPSGPTGSMPLTLGQPIMGINLVGPVG GAAAPTSSGFMPAYPSNQVGKTEEDDFQDFQDASKSGSIDDSFTDFQEMPASSKTSNSQHGNSAPSLLIP FPGTKASTDKYAVFKGISTDKPSENPASFGESGDKYSAFRELEQTTDSKPLGESFAEFRSTGTDDGFTDF KTADSVSPLEPPTKDTFPSAFASGAAQQTQTQVKTPLNLEDLDMFSSVDCSGEKQVPFSATFSTAKSVST RPQPAGSAAASAALASTKTSSLADDFGEFNLFGEYSNPASAGEQDDFADFMAFGNSSISSEPKASDKYEA 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FPGTKASTDKYAVFKGISTDKPSENPASFGESGDKYSAFRELEQTTDSKPLGESFAEFRSTGTDDGFTDF KTADSVSPLEPPTKDTFPSAFASGAAQQTQTQVKTPLNLEDLDMFSSVDCSGEKQVPFSATFSTAKSVST RPQPAGSAAASAALASTKTSSLADDFGEFNLFGEYSNPASAGEQDDFADFMAFGNSSISSEPKASDKYEA LREEVSPSPLSSSTVEGAQHPPAAATKYDVFKQLSLEGAGLAMEEFKENTSSTKSEDDFADFHSSKFSST SSDKSLGEKAVAFRHAKEDSSSVKSLDLPSIGGSSVGKEDSEDALSVQFDMKLADVGGDLKHVMSDSSLD LPTVSGQHPPAAGSALASEDALPETAFPAFASFKDMMPQTTEQKEFESGDFQDFTRQDMPTVDRSQETSC PSPASSVASHETPKEGADDFGEFQSEKSKISKFDFLVANSQSKMKSSEEMIKSELATFDLSVQGSHKRSL SLGDKEISRSSPSPALEQPFRDRSNTLSERAALPVIRDKYKDLTGEVEENERYAYEWQRCLGSALDVIKK ANDTLNGISSSAVCTEVIQSAQGMEYLLGVVEVYRVTKRVELGIKATAVCSEKLQQLLKDIDKVWNNLIG FMSLATLTPDENSLDFSSCMLRPGIKNAQELACGVCLLNVDSRSRAFNSETDSFKLAYGGHQYHASCANF WINCVEPKPPGLLLPDLL ; # # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET . 1 2 ALA . 1 3 LEU . 1 4 ARG . 1 5 PRO . 1 6 GLY . 1 7 ALA . 1 8 GLY . 1 9 ALA . 1 10 SER . 1 11 GLY . 1 12 ALA . 1 13 ALA . 1 14 GLY . 1 15 ALA . 1 16 GLY . 1 17 ALA . 1 18 GLY . 1 19 PRO . 1 20 GLY . 1 21 GLY . 1 22 ALA . 1 23 GLY . 1 24 SER . 1 25 PHE . 1 26 MET . 1 27 PHE . 1 28 PRO . 1 29 VAL . 1 30 ALA . 1 31 GLY . 1 32 GLY . 1 33 MET . 1 34 ARG . 1 35 PRO . 1 36 PRO . 1 37 GLN . 1 38 GLY . 1 39 LEU . 1 40 ILE . 1 41 PRO . 1 42 MET . 1 43 GLN . 1 44 GLN . 1 45 GLN . 1 46 GLY . 1 47 PHE . 1 48 PRO . 1 49 MET . 1 50 VAL . 1 51 SER . 1 52 VAL . 1 53 MET . 1 54 GLN . 1 55 PRO . 1 56 ASN . 1 57 MET . 1 58 GLN . 1 59 GLY . 1 60 MET . 1 61 MET . 1 62 GLY . 1 63 MET . 1 64 ASN . 1 65 TYR . 1 66 SER . 1 67 SER . 1 68 GLN . 1 69 MET . 1 70 SER . 1 71 GLN . 1 72 GLY . 1 73 PRO . 1 74 ILE . 1 75 ALA . 1 76 MET . 1 77 GLN . 1 78 ALA . 1 79 GLY . 1 80 ILE . 1 81 PRO . 1 82 MET . 1 83 GLY . 1 84 PRO . 1 85 MET . 1 86 PRO . 1 87 ALA . 1 88 ALA . 1 89 GLY . 1 90 VAL . 1 91 PRO . 1 92 PHE . 1 93 LEU . 1 94 GLY . 1 95 GLN . 1 96 PRO . 1 97 PRO . 1 98 PHE . 1 99 LEU . 1 100 SER . 1 101 MET . 1 102 ARG . 1 103 PRO . 1 104 ALA . 1 105 GLY . 1 106 PRO . 1 107 GLN . 1 108 TYR . 1 109 THR . 1 110 PRO . 1 111 ASP . 1 112 MET . 1 113 GLN . 1 114 LYS . 1 115 GLN . 1 116 PHE . 1 117 ALA . 1 118 GLU . 1 119 GLU . 1 120 GLN . 1 121 GLN . 1 122 LYS . 1 123 ARG . 1 124 PHE . 1 125 GLU . 1 126 GLN . 1 127 GLN . 1 128 GLN . 1 129 LYS . 1 130 LEU . 1 131 LEU . 1 132 GLU . 1 133 GLU . 1 134 GLU . 1 135 ARG . 1 136 LYS . 1 137 ARG . 1 138 ARG . 1 139 GLN . 1 140 PHE . 1 141 GLU . 1 142 GLU . 1 143 GLN . 1 144 LYS . 1 145 GLN . 1 146 LYS . 1 147 LEU . 1 148 ARG . 1 149 LEU . 1 150 LEU . 1 151 SER . 1 152 SER . 1 153 VAL . 1 154 LYS . 1 155 PRO . 1 156 LYS . 1 157 THR . 1 158 GLY . 1 159 GLU . 1 160 LYS . 1 161 ASN . 1 162 ARG . 1 163 ASP . 1 164 ASP . 1 165 ALA . 1 166 LEU . 1 167 GLU . 1 168 ALA . 1 169 ILE . 1 170 LYS . 1 171 GLY . 1 172 ASN . 1 173 LEU . 1 174 ASP . 1 175 GLY . 1 176 PHE . 1 177 SER . 1 178 ARG . 1 179 ASP . 1 180 ALA . 1 181 LYS . 1 182 MET . 1 183 HIS . 1 184 PRO . 1 185 THR . 1 186 PRO . 1 187 ALA . 1 188 SER . 1 189 HIS . 1 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A 1 1081 LEU 1081 ? ? ? A . A 1 1082 ALA 1082 ? ? ? A . A 1 1083 CYS 1083 ? ? ? A . A 1 1084 GLY 1084 ? ? ? A . A 1 1085 VAL 1085 ? ? ? A . A 1 1086 CYS 1086 ? ? ? A . A 1 1087 LEU 1087 ? ? ? A . A 1 1088 LEU 1088 ? ? ? A . A 1 1089 ASN 1089 ? ? ? A . A 1 1090 VAL 1090 ? ? ? A . A 1 1091 ASP 1091 ? ? ? A . A 1 1092 SER 1092 ? ? ? A . A 1 1093 ARG 1093 ? ? ? A . A 1 1094 SER 1094 ? ? ? A . A 1 1095 ARG 1095 ? ? ? A . A 1 1096 ALA 1096 ? ? ? A . A 1 1097 PHE 1097 ? ? ? A . A 1 1098 ASN 1098 ? ? ? A . A 1 1099 SER 1099 ? ? ? A . A 1 1100 GLU 1100 ? ? ? A . A 1 1101 THR 1101 ? ? ? A . A 1 1102 ASP 1102 ? ? ? A . A 1 1103 SER 1103 ? ? ? A . A 1 1104 PHE 1104 ? ? ? A . A 1 1105 LYS 1105 ? ? ? A . A 1 1106 LEU 1106 ? ? ? A . A 1 1107 ALA 1107 ? ? ? A . A 1 1108 TYR 1108 ? ? ? A . A 1 1109 GLY 1109 ? ? ? A . A 1 1110 GLY 1110 ? ? ? A . A 1 1111 HIS 1111 ? ? ? A . A 1 1112 GLN 1112 ? ? ? A . A 1 1113 TYR 1113 ? ? ? A . A 1 1114 HIS 1114 ? ? ? A . A 1 1115 ALA 1115 ? ? ? A . A 1 1116 SER 1116 ? ? ? A . A 1 1117 CYS 1117 ? ? ? A . A 1 1118 ALA 1118 ? ? ? A . A 1 1119 ASN 1119 ? ? ? A . A 1 1120 PHE 1120 ? ? ? A . A 1 1121 TRP 1121 ? ? ? A . A 1 1122 ILE 1122 ? ? ? A . A 1 1123 ASN 1123 ? ? ? A . A 1 1124 CYS 1124 ? ? ? A . A 1 1125 VAL 1125 ? ? ? A . A 1 1126 GLU 1126 ? ? ? A . A 1 1127 PRO 1127 ? ? ? A . A 1 1128 LYS 1128 ? ? ? A . A 1 1129 PRO 1129 ? ? ? A . A 1 1130 PRO 1130 ? ? ? A . A 1 1131 GLY 1131 ? ? ? A . A 1 1132 LEU 1132 ? ? ? A . A 1 1133 LEU 1133 ? ? ? A . A 1 1134 LEU 1134 ? ? ? A . A 1 1135 PRO 1135 ? ? ? A . A 1 1136 ASP 1136 ? ? ? A . A 1 1137 LEU 1137 ? ? ? A . A 1 1138 LEU 1138 ? ? ? A . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'Synergin gamma {PDB ID=2mx7, label_asym_id=A, auth_asym_id=A, SMTL ID=2mx7.1.A}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 2mx7, label_asym_id=A' 'target-template alignment' . 4 'model 1' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-12-25 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-12-20 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A A 1 1 A # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;SMFPSQDPAQPRMPPWIYNESLVPDAYKKILETTMTPTGIDTAKLYPILMSSGLPRETLGQIWALANRTT PGKLTKEELYTVLAMIAVTQRGVPAMSPDALNQFPAAPIPTL ; ;SMFPSQDPAQPRMPPWIYNESLVPDAYKKILETTMTPTGIDTAKLYPILMSSGLPRETLGQIWALANRTT PGKLTKEELYTVLAMIAVTQRGVPAMSPDALNQFPAAPIPTL ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 3 112 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 2mx7 2024-05-01 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 1138 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 1138 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 1.1e-17 96.364 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MALRPGAGASGAAGAGAGPGGAGSFMFPVAGGMRPPQGLIPMQQQGFPMVSVMQPNMQGMMGMNYSSQMSQGPIAMQAGIPMGPMPAAGVPFLGQPPFLSMRPAGPQYTPDMQKQFAEEQQKRFEQQQKLLEEERKRRQFEEQKQKLRLLSSVKPKTGEKNRDDALEAIKGNLDGFSRDAKMHPTPASHPKKQGVGVFPSQDPAQSRMPPWIYNESLVPDAYKKILETTMTPTGIDTAKLYPILMSSGLPRETLGQIWALANRTTPGRLTKEELYTVLAMVAVTQRGVPAMSPDALSQFPAAPIPTLSGFPMTLPTPVSQPTAMPSGPTGSMPLTLGQPIMGINLVGPVGGAAAPTSSGFMPAYPSNQVGKTEEDDFQDFQDASKSGSIDDSFTDFQEMPASSKTSNSQHGNSAPSLLIPFPGTKASTDKYAVFKGISTDKPSENPASFGESGDKYSAFRELEQTTDSKPLGESFAEFRSTGTDDGFTDFKTADSVSPLEPPTKDTFPSAFASGAAQQTQTQVKTPLNLEDLDMFSSVDCSGEKQVPFSATFSTAKSVSTRPQPAGSAAASAALASTKTSSLADDFGEFNLFGEYSNPASAGEQDDFADFMAFGNSSISSEPKASDKYEALREEVSPSPLSSSTVEGAQHPPAAATKYDVFKQLSLEGAGLAMEEFKENTSSTKSEDDFADFHSSKFSSTSSDKSLGEKAVAFRHAKEDSSSVKSLDLPSIGGSSVGKEDSEDALSVQFDMKLADVGGDLKHVMSDSSLDLPTVSGQHPPAAGSALASEDALPETAFPAFASFKDMMPQTTEQKEFESGDFQDFTRQDMPTVDRSQETSCPSPASSVASHETPKEGADDFGEFQSEKSKISKFDFLVANSQSKMKSSEEMIKSELATFDLSVQGSHKRSLSLGDKEISRSSPSPALEQPFRDRSNTLSERAALPVIRDKYKDLTGEVEENERYAYEWQRCLGSALDVIKKANDTLNGISSSAVCTEVIQSAQGMEYLLGVVEVYRVTKRVELGIKATAVCSEKLQQLLKDIDKVWNNLIGFMSLATLTPDENSLDFSSCMLRPGIKNAQELACGVCLLNVDSRSRAFNSETDSFKLAYGGHQYHASCANFWINCVEPKPPGLLLPDLL 2 1 2 -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------FPSQDPAQPRMPPWIYNESLVPDAYKKILETTMTPTGIDTAKLYPILMSSGLPRETLGQIWALANRTTPGKLTKEELYTVLAMIAVTQRGVPAMSPDALNQFPAAPIPTL--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 2mx7.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 1' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . PHE 198 198 ? A 20.207 -0.160 5.280 1 1 A PHE 0.380 1 ATOM 2 C CA . PHE 198 198 ? A 21.280 0.781 4.773 1 1 A PHE 0.380 1 ATOM 3 C C . PHE 198 198 ? A 21.530 0.560 3.289 1 1 A PHE 0.380 1 ATOM 4 O O . PHE 198 198 ? A 21.014 -0.439 2.791 1 1 A PHE 0.380 1 ATOM 5 C CB . PHE 198 198 ? A 22.585 0.611 5.610 1 1 A PHE 0.380 1 ATOM 6 C CG . PHE 198 198 ? A 22.356 1.012 7.039 1 1 A PHE 0.380 1 ATOM 7 C CD1 . PHE 198 198 ? A 22.315 2.367 7.410 1 1 A PHE 0.380 1 ATOM 8 C CD2 . PHE 198 198 ? A 22.181 0.029 8.025 1 1 A PHE 0.380 1 ATOM 9 C CE1 . PHE 198 198 ? A 22.120 2.730 8.750 1 1 A PHE 0.380 1 ATOM 10 C CE2 . PHE 198 198 ? A 21.978 0.390 9.362 1 1 A PHE 0.380 1 ATOM 11 C CZ . PHE 198 198 ? A 21.953 1.741 9.725 1 1 A PHE 0.380 1 ATOM 12 N N . PRO 199 199 ? A 22.218 1.408 2.529 1 1 A PRO 0.390 1 ATOM 13 C CA . PRO 199 199 ? A 22.278 1.263 1.082 1 1 A PRO 0.390 1 ATOM 14 C C . PRO 199 199 ? A 23.546 0.520 0.694 1 1 A PRO 0.390 1 ATOM 15 O O . PRO 199 199 ? A 24.628 0.944 1.085 1 1 A PRO 0.390 1 ATOM 16 C CB . PRO 199 199 ? A 22.331 2.717 0.551 1 1 A PRO 0.390 1 ATOM 17 C CG . PRO 199 199 ? A 22.363 3.631 1.792 1 1 A PRO 0.390 1 ATOM 18 C CD . PRO 199 199 ? A 22.765 2.705 2.938 1 1 A PRO 0.390 1 ATOM 19 N N . SER 200 200 ? A 23.452 -0.566 -0.090 1 1 A SER 0.400 1 ATOM 20 C CA . SER 200 200 ? A 24.613 -1.324 -0.512 1 1 A SER 0.400 1 ATOM 21 C C . SER 200 200 ? A 24.429 -1.528 -1.992 1 1 A SER 0.400 1 ATOM 22 O O . SER 200 200 ? A 23.316 -1.786 -2.439 1 1 A SER 0.400 1 ATOM 23 C CB . SER 200 200 ? A 24.720 -2.706 0.189 1 1 A SER 0.400 1 ATOM 24 O OG . SER 200 200 ? A 24.849 -2.528 1.602 1 1 A SER 0.400 1 ATOM 25 N N . GLN 201 201 ? A 25.499 -1.369 -2.800 1 1 A GLN 0.230 1 ATOM 26 C CA . GLN 201 201 ? A 25.481 -1.592 -4.239 1 1 A GLN 0.230 1 ATOM 27 C C . GLN 201 201 ? A 25.462 -3.072 -4.594 1 1 A GLN 0.230 1 ATOM 28 O O . GLN 201 201 ? A 26.467 -3.658 -4.982 1 1 A GLN 0.230 1 ATOM 29 C CB . GLN 201 201 ? A 26.681 -0.877 -4.929 1 1 A GLN 0.230 1 ATOM 30 C CG . GLN 201 201 ? A 26.393 0.601 -5.296 1 1 A GLN 0.230 1 ATOM 31 C CD . GLN 201 201 ? A 25.360 0.681 -6.417 1 1 A GLN 0.230 1 ATOM 32 O OE1 . GLN 201 201 ? A 25.330 -0.163 -7.331 1 1 A GLN 0.230 1 ATOM 33 N NE2 . GLN 201 201 ? A 24.480 1.696 -6.405 1 1 A GLN 0.230 1 ATOM 34 N N . ASP 202 202 ? A 24.285 -3.706 -4.470 1 1 A ASP 0.250 1 ATOM 35 C CA . ASP 202 202 ? A 24.073 -5.051 -4.918 1 1 A ASP 0.250 1 ATOM 36 C C . ASP 202 202 ? A 23.435 -4.947 -6.323 1 1 A ASP 0.250 1 ATOM 37 O O . ASP 202 202 ? A 22.396 -4.295 -6.438 1 1 A ASP 0.250 1 ATOM 38 C CB . ASP 202 202 ? A 23.208 -5.798 -3.885 1 1 A ASP 0.250 1 ATOM 39 C CG . ASP 202 202 ? A 23.165 -7.245 -4.309 1 1 A ASP 0.250 1 ATOM 40 O OD1 . ASP 202 202 ? A 22.303 -7.568 -5.167 1 1 A ASP 0.250 1 ATOM 41 O OD2 . ASP 202 202 ? A 24.038 -8.015 -3.844 1 1 A ASP 0.250 1 ATOM 42 N N . PRO 203 203 ? A 23.969 -5.491 -7.424 1 1 A PRO 0.400 1 ATOM 43 C CA . PRO 203 203 ? 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It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #