data_SMR-21fc3318b63d1016eae93053e96ee734_2 _entry.id SMR-21fc3318b63d1016eae93053e96ee734_2 _struct.entry_id SMR-21fc3318b63d1016eae93053e96ee734_2 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - Q62315 (isoform 2)/ JARD2_MOUSE, Protein Jumonji Estimated model accuracy of this model is 0.042, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries Q62315 (isoform 2)' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 154697.190 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP JARD2_MOUSE Q62315 1 ;MAAPRVCQVQFLVAYLEEPGIEGLLGNAQAKALGPASEQSENEKDDASQVSSTSNDVSSSDFEEGPSRKR PRLQAQRKFAQSQPNSPSTTPVKIVEPLLPPPATQISDLSKRKPKTEDFLTFLCLRGSPALPNSMVYFGS SQDEEDVEEEDDETEDVKATTNNASSSCQSTPRKGKTHKHVHNGHVFNGSSRSAREKEPAHKHRSKEATP GKEKHSEPRADSRREQASGAQPTAASAAASSAKGLAANHQPPPSHRSAQDLRKQVSKVNGVTRMSSLGAG TNSAKKIREVRPSPSKTVKYTATVTKGTVTYTKAKRELVKETKPNHHKPSSAVNHTISGKTESSNAKTRK QVLSLGGASKSTGPAASGLKASSRLNPKSCTKEVGGRQLREGLRNSKRRLEEAQQVDKPQSPPKKMKGVA GNAEAPGKKASAASGEKSLLNGHVKKEVPERSLERNRPKRAAAGKNMLGKQAHGKTEGTPCENRSTSQPE SSHKPHDPQGKPEKGSGKSGWAAMDEIPVLRPSAKEFHDPLIYIESVRAQVEKYGMCRVIPPPDWRPECK LNDEMRFVTQIQHIHKLGRRWGPNVQRLACIKKHLRSQGITMDELPLIGGCELDLACFFRLINEMGGMQQ VTDLKKWNKLADMLRIPKTAQDRLAKLQEAYCQYLLSYDSLSPEEHRRLEKEVLMEKEILEKRKGPLEGH TESDHHKFHSLPRFEPKNGLVHGVTPRNGFRSKLKEVGRAPLKTGRRRLFAQEKEVVKEEEEDKGVLNDF HKCIYKGRSVSLTTFYRTARNIMNMCFSKEPAPAEIEQEYWRLVEEKDCHVAVHCGKVDTNTHGSGFPVG KSEPFSRHGWNLTVLPNNTGSILRHLGAVPGVTIPWLNIGMVFSTSCWSRDQNHLPYIDYLHTGADCIWY CIPAEEENKLEDVVHTLLQGNGTPGLQMLESNVMISPEVLCKKGIKVHRTVQQSGQFVVCFPGSFVSKVC CGYNVSETVHFATTQWTSMGFETAKEMKRRHIAKPFSMEKLLYQIAQAEAKKENGPTLSTISALLDELRD TELRQRRLLFEAGLHSSARYGSHDGNSTVADGKKKPRKWLQLETSERRCQICQHLCYLSMVVQENENVVF CLECALRHVEKQKSCRGLKLMYRYDEEQIISLVNQICGKVSGKHGGIENCLNKPTPKRGPRKRATVDVPP SRLPSS ; 'Protein Jumonji' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 1196 1 1196 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . JARD2_MOUSE Q62315 Q62315-2 1 1196 10090 'Mus musculus (Mouse)' 1997-11-01 DE32BC3F7733C6F5 # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no B ;MAAPRVCQVQFLVAYLEEPGIEGLLGNAQAKALGPASEQSENEKDDASQVSSTSNDVSSSDFEEGPSRKR PRLQAQRKFAQSQPNSPSTTPVKIVEPLLPPPATQISDLSKRKPKTEDFLTFLCLRGSPALPNSMVYFGS SQDEEDVEEEDDETEDVKATTNNASSSCQSTPRKGKTHKHVHNGHVFNGSSRSAREKEPAHKHRSKEATP GKEKHSEPRADSRREQASGAQPTAASAAASSAKGLAANHQPPPSHRSAQDLRKQVSKVNGVTRMSSLGAG TNSAKKIREVRPSPSKTVKYTATVTKGTVTYTKAKRELVKETKPNHHKPSSAVNHTISGKTESSNAKTRK QVLSLGGASKSTGPAASGLKASSRLNPKSCTKEVGGRQLREGLRNSKRRLEEAQQVDKPQSPPKKMKGVA GNAEAPGKKASAASGEKSLLNGHVKKEVPERSLERNRPKRAAAGKNMLGKQAHGKTEGTPCENRSTSQPE SSHKPHDPQGKPEKGSGKSGWAAMDEIPVLRPSAKEFHDPLIYIESVRAQVEKYGMCRVIPPPDWRPECK LNDEMRFVTQIQHIHKLGRRWGPNVQRLACIKKHLRSQGITMDELPLIGGCELDLACFFRLINEMGGMQQ 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QVLSLGGASKSTGPAASGLKASSRLNPKSCTKEVGGRQLREGLRNSKRRLEEAQQVDKPQSPPKKMKGVA GNAEAPGKKASAASGEKSLLNGHVKKEVPERSLERNRPKRAAAGKNMLGKQAHGKTEGTPCENRSTSQPE SSHKPHDPQGKPEKGSGKSGWAAMDEIPVLRPSAKEFHDPLIYIESVRAQVEKYGMCRVIPPPDWRPECK LNDEMRFVTQIQHIHKLGRRWGPNVQRLACIKKHLRSQGITMDELPLIGGCELDLACFFRLINEMGGMQQ VTDLKKWNKLADMLRIPKTAQDRLAKLQEAYCQYLLSYDSLSPEEHRRLEKEVLMEKEILEKRKGPLEGH TESDHHKFHSLPRFEPKNGLVHGVTPRNGFRSKLKEVGRAPLKTGRRRLFAQEKEVVKEEEEDKGVLNDF HKCIYKGRSVSLTTFYRTARNIMNMCFSKEPAPAEIEQEYWRLVEEKDCHVAVHCGKVDTNTHGSGFPVG KSEPFSRHGWNLTVLPNNTGSILRHLGAVPGVTIPWLNIGMVFSTSCWSRDQNHLPYIDYLHTGADCIWY CIPAEEENKLEDVVHTLLQGNGTPGLQMLESNVMISPEVLCKKGIKVHRTVQQSGQFVVCFPGSFVSKVC CGYNVSETVHFATTQWTSMGFETAKEMKRRHIAKPFSMEKLLYQIAQAEAKKENGPTLSTISALLDELRD TELRQRRLLFEAGLHSSARYGSHDGNSTVADGKKKPRKWLQLETSERRCQICQHLCYLSMVVQENENVVF CLECALRHVEKQKSCRGLKLMYRYDEEQIISLVNQICGKVSGKHGGIENCLNKPTPKRGPRKRATVDVPP SRLPSS ; # # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET . 1 2 ALA . 1 3 ALA . 1 4 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A 1 1063 GLY 1063 ? ? ? B . A 1 1064 LEU 1064 ? ? ? B . A 1 1065 HIS 1065 ? ? ? B . A 1 1066 SER 1066 ? ? ? B . A 1 1067 SER 1067 ? ? ? B . A 1 1068 ALA 1068 ? ? ? B . A 1 1069 ARG 1069 ? ? ? B . A 1 1070 TYR 1070 ? ? ? B . A 1 1071 GLY 1071 ? ? ? B . A 1 1072 SER 1072 ? ? ? B . A 1 1073 HIS 1073 ? ? ? B . A 1 1074 ASP 1074 ? ? ? B . A 1 1075 GLY 1075 ? ? ? B . A 1 1076 ASN 1076 ? ? ? B . A 1 1077 SER 1077 ? ? ? B . A 1 1078 THR 1078 ? ? ? B . A 1 1079 VAL 1079 ? ? ? B . A 1 1080 ALA 1080 ? ? ? B . A 1 1081 ASP 1081 ? ? ? B . A 1 1082 GLY 1082 ? ? ? B . A 1 1083 LYS 1083 ? ? ? B . A 1 1084 LYS 1084 ? ? ? B . A 1 1085 LYS 1085 ? ? ? B . A 1 1086 PRO 1086 ? ? ? B . A 1 1087 ARG 1087 ? ? ? B . A 1 1088 LYS 1088 ? ? ? B . A 1 1089 TRP 1089 ? ? ? B . A 1 1090 LEU 1090 ? ? ? B . A 1 1091 GLN 1091 ? ? ? B . A 1 1092 LEU 1092 ? ? ? B . A 1 1093 GLU 1093 ? ? ? B . A 1 1094 THR 1094 ? ? ? B . A 1 1095 SER 1095 ? ? ? B . A 1 1096 GLU 1096 ? ? ? B . A 1 1097 ARG 1097 ? ? ? B . A 1 1098 ARG 1098 ? ? ? B . A 1 1099 CYS 1099 ? ? ? B . A 1 1100 GLN 1100 ? ? ? B . A 1 1101 ILE 1101 ? ? ? B . A 1 1102 CYS 1102 ? ? ? B . A 1 1103 GLN 1103 ? ? ? B . A 1 1104 HIS 1104 ? ? ? B . A 1 1105 LEU 1105 ? ? ? B . A 1 1106 CYS 1106 ? ? ? B . A 1 1107 TYR 1107 ? ? ? B . A 1 1108 LEU 1108 ? ? ? B . A 1 1109 SER 1109 ? ? ? B . A 1 1110 MET 1110 ? ? ? B . A 1 1111 VAL 1111 ? ? ? B . A 1 1112 VAL 1112 ? ? ? B . A 1 1113 GLN 1113 ? ? ? B . A 1 1114 GLU 1114 ? ? ? B . A 1 1115 ASN 1115 ? ? ? B . A 1 1116 GLU 1116 ? ? ? B . A 1 1117 ASN 1117 ? ? ? B . A 1 1118 VAL 1118 ? ? ? B . A 1 1119 VAL 1119 ? ? ? B . A 1 1120 PHE 1120 ? ? ? B . A 1 1121 CYS 1121 ? ? ? B . A 1 1122 LEU 1122 ? ? ? B . A 1 1123 GLU 1123 ? ? ? B . A 1 1124 CYS 1124 ? ? ? B . A 1 1125 ALA 1125 ? ? ? B . A 1 1126 LEU 1126 ? ? ? B . A 1 1127 ARG 1127 ? ? ? B . A 1 1128 HIS 1128 ? ? ? B . A 1 1129 VAL 1129 ? ? ? B . A 1 1130 GLU 1130 ? ? ? B . A 1 1131 LYS 1131 ? ? ? B . A 1 1132 GLN 1132 ? ? ? B . A 1 1133 LYS 1133 ? ? ? B . A 1 1134 SER 1134 ? ? ? B . A 1 1135 CYS 1135 ? ? ? B . A 1 1136 ARG 1136 ? ? ? B . A 1 1137 GLY 1137 ? ? ? B . A 1 1138 LEU 1138 ? ? ? B . A 1 1139 LYS 1139 ? ? ? B . A 1 1140 LEU 1140 ? ? ? B . A 1 1141 MET 1141 ? ? ? B . A 1 1142 TYR 1142 ? ? ? B . A 1 1143 ARG 1143 ? ? ? B . A 1 1144 TYR 1144 ? ? ? B . A 1 1145 ASP 1145 ? ? ? B . A 1 1146 GLU 1146 ? ? ? B . A 1 1147 GLU 1147 ? ? ? B . A 1 1148 GLN 1148 ? ? ? B . A 1 1149 ILE 1149 ? ? ? B . A 1 1150 ILE 1150 ? ? ? B . A 1 1151 SER 1151 ? ? ? B . A 1 1152 LEU 1152 ? ? ? B . A 1 1153 VAL 1153 ? ? ? B . A 1 1154 ASN 1154 ? ? ? B . A 1 1155 GLN 1155 ? ? ? B . A 1 1156 ILE 1156 ? ? ? B . A 1 1157 CYS 1157 ? ? ? B . A 1 1158 GLY 1158 ? ? ? B . A 1 1159 LYS 1159 ? ? ? B . A 1 1160 VAL 1160 ? ? ? B . A 1 1161 SER 1161 ? ? ? B . A 1 1162 GLY 1162 ? ? ? B . A 1 1163 LYS 1163 ? ? ? B . A 1 1164 HIS 1164 ? ? ? B . A 1 1165 GLY 1165 ? ? ? B . A 1 1166 GLY 1166 ? ? ? B . A 1 1167 ILE 1167 ? ? ? B . A 1 1168 GLU 1168 ? ? ? B . A 1 1169 ASN 1169 ? ? ? B . A 1 1170 CYS 1170 ? ? ? B . A 1 1171 LEU 1171 ? ? ? B . A 1 1172 ASN 1172 ? ? ? B . A 1 1173 LYS 1173 ? ? ? B . A 1 1174 PRO 1174 ? ? ? B . A 1 1175 THR 1175 ? ? ? B . A 1 1176 PRO 1176 ? ? ? B . A 1 1177 LYS 1177 ? ? ? B . A 1 1178 ARG 1178 ? ? ? B . A 1 1179 GLY 1179 ? ? ? B . A 1 1180 PRO 1180 ? ? ? B . A 1 1181 ARG 1181 ? ? ? B . A 1 1182 LYS 1182 ? ? ? B . A 1 1183 ARG 1183 ? ? ? B . A 1 1184 ALA 1184 ? ? ? B . A 1 1185 THR 1185 ? ? ? B . A 1 1186 VAL 1186 ? ? ? B . A 1 1187 ASP 1187 ? ? ? B . A 1 1188 VAL 1188 ? ? ? B . A 1 1189 PRO 1189 ? ? ? B . A 1 1190 PRO 1190 ? ? ? B . A 1 1191 SER 1191 ? ? ? B . A 1 1192 ARG 1192 ? ? ? B . A 1 1193 LEU 1193 ? ? ? B . A 1 1194 PRO 1194 ? ? ? B . A 1 1195 SER 1195 ? ? ? B . A 1 1196 SER 1196 ? ? ? B . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'Protein Jumonji {PDB ID=6c23, label_asym_id=B, auth_asym_id=E, SMTL ID=6c23.1.B}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 6c23, label_asym_id=B' 'target-template alignment' . 4 'model 2' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-12-25 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-12-20 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A B 2 1 E # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;SNARKRPRLQAQRKFAQSQPNSPSTTPVKIVEPLLPPPATQISDLSKRKPKTEDFLTFLCLRGSPALPNS MVYFGSSQDEEEVEEEDDETEDVKTATNNASSSCQSTPRKGKTHKHVHNGHVFNGSSRSTREKEPVQKHK SKEATPAKEKHSDHRADSRREQASANHPAAAPSTGSSAKGLAATHHHPPLHRSAQDLRKQVSKVNGVTRM SSLGAGVTSAKKMREVRPSPSKTVKYTATVTKGAVTYTKAKRELVKDTKPNHHKPSSAVNHTISGKTESS NAKTRKQVLSLGGASKSTGPAVNGLKVSGRLNPKSCTKEVGGRQLREGLQLREGLRNSKRRLEEAHQA ; ;SNARKRPRLQAQRKFAQSQPNSPSTTPVKIVEPLLPPPATQISDLSKRKPKTEDFLTFLCLRGSPALPNS MVYFGSSQDEEEVEEEDDETEDVKTATNNASSSCQSTPRKGKTHKHVHNGHVFNGSSRSTREKEPVQKHK SKEATPAKEKHSDHRADSRREQASANHPAAAPSTGSSAKGLAATHHHPPLHRSAQDLRKQVSKVNGVTRM SSLGAGVTSAKKMREVRPSPSKTVKYTATVTKGAVTYTKAKRELVKDTKPNHHKPSSAVNHTISGKTESS NAKTRKQVLSLGGASKSTGPAVNGLKVSGRLNPKSCTKEVGGRQLREGLQLREGLRNSKRRLEEAHQA ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 4 347 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 6c23 2019-12-18 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 1196 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 1202 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 2e-102 90.533 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MAAPRVCQVQFLVAYLEEPGIEGLLGNAQAKALGPASEQSENEKDDASQVSSTSNDVSSSDFEEGPSRKRPRLQAQRKFAQSQPNSPSTTPVKIVEPLLPPPATQISDLSKRKPKTEDFLTFLCLRGSPALPNSMVYFGSSQDEEDVEEEDDETEDVKATTNNASSSCQSTPRKGKTHKHVHNGHVFNGSSRSAREKEPAHKHRSKEATPGKEKHSEPRADSRREQASGAQPTAASAAASSAKGLAANHQPPPSHRSAQDLRKQVSKVNGVTRMSSLGAGTNSAKKIREVRPSPSKTVKYTATVTKGTVTYTKAKRELVKETKPNHHKPSSAVNHTISGKTESSNAKTRKQVLSLGGASKSTGPAASGLKASSRLNPKSCTKEVGGRQL------REGLRNSKRRLEEAQQVDKPQSPPKKMKGVAGNAEAPGKKASAASGEKSLLNGHVKKEVPERSLERNRPKRAAAGKNMLGKQAHGKTEGTPCENRSTSQPESSHKPHDPQGKPEKGSGKSGWAAMDEIPVLRPSAKEFHDPLIYIESVRAQVEKYGMCRVIPPPDWRPECKLNDEMRFVTQIQHIHKLGRRWGPNVQRLACIKKHLRSQGITMDELPLIGGCELDLACFFRLINEMGGMQQVTDLKKWNKLADMLRIPKTAQDRLAKLQEAYCQYLLSYDSLSPEEHRRLEKEVLMEKEILEKRKGPLEGHTESDHHKFHSLPRFEPKNGLVHGVTPRNGFRSKLKEVGRAPLKTGRRRLFAQEKEVVKEEEEDKGVLNDFHKCIYKGRSVSLTTFYRTARNIMNMCFSKEPAPAEIEQEYWRLVEEKDCHVAVHCGKVDTNTHGSGFPVGKSEPFSRHGWNLTVLPNNTGSILRHLGAVPGVTIPWLNIGMVFSTSCWSRDQNHLPYIDYLHTGADCIWYCIPAEEENKLEDVVHTLLQGNGTPGLQMLESNVMISPEVLCKKGIKVHRTVQQSGQFVVCFPGSFVSKVCCGYNVSETVHFATTQWTSMGFETAKEMKRRHIAKPFSMEKLLYQIAQAEAKKENGPTLSTISALLDELRDTELRQRRLLFEAGLHSSARYGSHDGNSTVADGKKKPRKWLQLETSERRCQICQHLCYLSMVVQENENVVFCLECALRHVEKQKSCRGLKLMYRYDEEQIISLVNQICGKVSGKHGGIENCLNKPTPKRGPRKRATVDVPPSRLPSS 2 1 2 -------------------------------------------------------------------RKRPRLQAQRKFAQSQPNSPSTTPVKIVEPLLPPPATQISDLSKRKPKTEDFLTFLCLRGSPALPNSMVYFGSSQDEEEVEEEDDETEDVKTATNNASSSCQSTPRKGKTHKHVHNGHVFNGSSRSTREKEPVQKHKSKEATPAKEKHSDHRADSRREQASANHPAAAPSTGSSAKGLAATHHHPPLHRSAQDLRKQVSKVNGVTRMSSLGAGVTSAKKMREVRPSPSKTVKYTATVTKGAVTYTKAKRELVKDTKPNHHKPSSAVNHTISGKTESSNAKTRKQVLSLGGASKSTGPAVNGLKVSGRLNPKSCTKEVGGRQLREGLQLREGLRNSKRRLEEAHQ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL {QSQE=0.000}' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 6c23.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 2' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . PRO 102 102 ? A 112.544 99.086 87.844 1 1 B PRO 0.130 1 ATOM 2 C CA . PRO 102 102 ? A 111.833 99.810 88.952 1 1 B PRO 0.130 1 ATOM 3 C C . PRO 102 102 ? A 110.561 99.039 89.261 1 1 B PRO 0.130 1 ATOM 4 O O . PRO 102 102 ? A 109.527 99.347 88.679 1 1 B PRO 0.130 1 ATOM 5 C CB . PRO 102 102 ? A 111.632 101.200 88.340 1 1 B PRO 0.130 1 ATOM 6 C CG . PRO 102 102 ? A 111.380 100.966 86.844 1 1 B PRO 0.130 1 ATOM 7 C CD . PRO 102 102 ? A 112.239 99.755 86.505 1 1 B PRO 0.130 1 ATOM 8 N N . ALA 103 103 ? A 110.590 98.033 90.168 1 1 B ALA 0.420 1 ATOM 9 C CA . ALA 103 103 ? A 109.389 97.543 90.816 1 1 B ALA 0.420 1 ATOM 10 C C . ALA 103 103 ? A 109.243 98.380 92.092 1 1 B ALA 0.420 1 ATOM 11 O O . ALA 103 103 ? A 109.755 99.496 92.138 1 1 B ALA 0.420 1 ATOM 12 C CB . ALA 103 103 ? A 109.573 96.034 91.126 1 1 B ALA 0.420 1 ATOM 13 N N . THR 104 104 ? A 108.595 97.846 93.149 1 1 B THR 0.540 1 ATOM 14 C CA . THR 104 104 ? A 108.732 98.340 94.527 1 1 B THR 0.540 1 ATOM 15 C C . THR 104 104 ? A 108.244 99.775 94.784 1 1 B THR 0.540 1 ATOM 16 O O . THR 104 104 ? A 109.012 100.694 95.039 1 1 B THR 0.540 1 ATOM 17 C CB . THR 104 104 ? A 110.045 97.971 95.263 1 1 B THR 0.540 1 ATOM 18 O OG1 . THR 104 104 ? A 111.197 98.695 94.872 1 1 B THR 0.540 1 ATOM 19 C CG2 . THR 104 104 ? A 110.430 96.507 94.997 1 1 B THR 0.540 1 ATOM 20 N N . GLN 105 105 ? A 106.903 100.027 94.700 1 1 B GLN 0.550 1 ATOM 21 C CA . GLN 105 105 ? A 106.292 101.333 94.969 1 1 B GLN 0.550 1 ATOM 22 C C . GLN 105 105 ? A 106.723 101.996 96.275 1 1 B GLN 0.550 1 ATOM 23 O O . GLN 105 105 ? A 107.148 101.324 97.210 1 1 B GLN 0.550 1 ATOM 24 C CB . GLN 105 105 ? A 104.732 101.274 94.954 1 1 B GLN 0.550 1 ATOM 25 C CG . GLN 105 105 ? A 104.113 100.859 93.597 1 1 B GLN 0.550 1 ATOM 26 C CD . GLN 105 105 ? A 104.424 101.919 92.543 1 1 B GLN 0.550 1 ATOM 27 O OE1 . GLN 105 105 ? A 104.226 103.114 92.794 1 1 B GLN 0.550 1 ATOM 28 N NE2 . GLN 105 105 ? A 104.923 101.523 91.354 1 1 B GLN 0.550 1 ATOM 29 N N . 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A 103.436 100.073 100.725 1 1 B SER 0.640 1 ATOM 43 N N . ASP 108 108 ? A 107.525 101.168 100.071 1 1 B ASP 0.630 1 ATOM 44 C CA . ASP 108 108 ? A 108.793 100.968 100.732 1 1 B ASP 0.630 1 ATOM 45 C C . ASP 108 108 ? A 109.037 101.981 101.889 1 1 B ASP 0.630 1 ATOM 46 O O . ASP 108 108 ? A 109.574 101.666 102.947 1 1 B ASP 0.630 1 ATOM 47 C CB . ASP 108 108 ? A 109.860 101.062 99.630 1 1 B ASP 0.630 1 ATOM 48 C CG . ASP 108 108 ? A 111.219 100.594 100.088 1 1 B ASP 0.630 1 ATOM 49 O OD1 . ASP 108 108 ? A 111.406 99.986 101.169 1 1 B ASP 0.630 1 ATOM 50 O OD2 . ASP 108 108 ? A 112.148 101.079 99.395 1 1 B ASP 0.630 1 ATOM 51 N N . LEU 109 109 ? A 108.609 103.257 101.784 1 1 B LEU 0.600 1 ATOM 52 C CA . LEU 109 109 ? A 108.645 104.233 102.874 1 1 B LEU 0.600 1 ATOM 53 C C . LEU 109 109 ? A 107.789 103.810 104.069 1 1 B LEU 0.600 1 ATOM 54 O O . LEU 109 109 ? A 108.123 104.054 105.233 1 1 B LEU 0.600 1 ATOM 55 C CB . LEU 109 109 ? A 108.131 105.614 102.399 1 1 B LEU 0.600 1 ATOM 56 C CG . LEU 109 109 ? A 108.815 106.220 101.152 1 1 B LEU 0.600 1 ATOM 57 C CD1 . LEU 109 109 ? A 108.088 107.522 100.774 1 1 B LEU 0.600 1 ATOM 58 C CD2 . LEU 109 109 ? A 110.318 106.474 101.341 1 1 B LEU 0.600 1 ATOM 59 N N . SER 110 110 ? A 106.667 103.118 103.803 1 1 B SER 0.620 1 ATOM 60 C CA . SER 110 110 ? A 105.743 102.619 104.801 1 1 B SER 0.620 1 ATOM 61 C C . SER 110 110 ? A 106.074 101.182 105.197 1 1 B SER 0.620 1 ATOM 62 O O . SER 110 110 ? A 105.307 100.571 105.933 1 1 B SER 0.620 1 ATOM 63 C CB . SER 110 110 ? A 104.249 102.760 104.379 1 1 B SER 0.620 1 ATOM 64 O OG . SER 110 110 ? A 104.000 102.200 103.095 1 1 B SER 0.620 1 ATOM 65 N N . LYS 111 111 ? A 107.257 100.633 104.807 1 1 B LYS 0.600 1 ATOM 66 C CA . LYS 111 111 ? A 107.875 99.525 105.525 1 1 B LYS 0.600 1 ATOM 67 C C . LYS 111 111 ? A 109.104 100.001 106.293 1 1 B LYS 0.600 1 ATOM 68 O O . LYS 111 111 ? 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A 106.442 95.649 99.762 1 1 B LEU 0.530 1 ATOM 175 C CB . LEU 123 123 ? A 103.812 95.214 97.998 1 1 B LEU 0.530 1 ATOM 176 C CG . LEU 123 123 ? A 103.179 94.470 96.807 1 1 B LEU 0.530 1 ATOM 177 C CD1 . LEU 123 123 ? A 102.217 95.420 96.082 1 1 B LEU 0.530 1 ATOM 178 C CD2 . LEU 123 123 ? A 104.228 93.906 95.829 1 1 B LEU 0.530 1 ATOM 179 N N . CYS 124 124 ? A 104.696 95.387 101.114 1 1 B CYS 0.590 1 ATOM 180 C CA . CYS 124 124 ? A 105.359 95.961 102.268 1 1 B CYS 0.590 1 ATOM 181 C C . CYS 124 124 ? A 106.419 94.995 102.793 1 1 B CYS 0.590 1 ATOM 182 O O . CYS 124 124 ? A 107.418 95.375 103.390 1 1 B CYS 0.590 1 ATOM 183 C CB . CYS 124 124 ? A 104.292 96.265 103.345 1 1 B CYS 0.590 1 ATOM 184 S SG . CYS 124 124 ? A 102.957 97.331 102.694 1 1 B CYS 0.590 1 ATOM 185 N N . LEU 125 125 ? A 106.280 93.685 102.515 1 1 B LEU 0.530 1 ATOM 186 C CA . LEU 125 125 ? A 107.302 92.717 102.850 1 1 B LEU 0.530 1 ATOM 187 C C . LEU 125 125 ? A 108.308 92.505 101.707 1 1 B LEU 0.530 1 ATOM 188 O O . 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A 105.958 87.343 98.640 1 1 B ARG 0.540 1 ATOM 202 N NH1 . ARG 126 126 ? A 105.258 88.084 99.483 1 1 B ARG 0.540 1 ATOM 203 N NH2 . ARG 126 126 ? A 105.838 86.019 98.723 1 1 B ARG 0.540 1 ATOM 204 N N . GLY 127 127 ? A 109.128 94.721 99.456 1 1 B GLY 0.440 1 ATOM 205 C CA . GLY 127 127 ? A 109.483 96.065 99.024 1 1 B GLY 0.440 1 ATOM 206 C C . GLY 127 127 ? A 110.924 96.410 99.193 1 1 B GLY 0.440 1 ATOM 207 O O . GLY 127 127 ? A 111.297 97.552 98.952 1 1 B GLY 0.440 1 ATOM 208 N N . SER 128 128 ? A 111.750 95.464 99.655 1 1 B SER 0.420 1 ATOM 209 C CA . SER 128 128 ? A 113.145 95.713 99.949 1 1 B SER 0.420 1 ATOM 210 C C . SER 128 128 ? A 113.995 94.701 99.170 1 1 B SER 0.420 1 ATOM 211 O O . SER 128 128 ? A 113.410 93.816 98.487 1 1 B SER 0.420 1 ATOM 212 C CB . SER 128 128 ? A 113.548 95.675 101.455 1 1 B SER 0.420 1 ATOM 213 O OG . SER 128 128 ? A 113.098 94.533 102.209 1 1 B SER 0.420 1 ATOM 214 O OXT . SER 128 128 ? A 115.245 94.816 99.259 1 1 B SER 0.420 1 # # loop_ _atom_type.symbol C N O S # # loop_ _ma_qa_metric.id _ma_qa_metric.name _ma_qa_metric.description _ma_qa_metric.type _ma_qa_metric.mode _ma_qa_metric.type_other_details _ma_qa_metric.software_group_id 1 QMEANDisCo 'Predicted accuracy according to all-atom lDDT in [0,1].' 'pLDDT all-atom in [0,1]' local . 5 2 QMEANDisCo 'Predicted accuracy according to all-atom lDDT in [0,1].' 'pLDDT all-atom in [0,1]' global . 5 3 GMQE 'Global Model Quality Estimate of the model accuracy, calculated by SWISS-MODEL.' 'normalized score' global . 6 # # loop_ _ma_qa_metric_global.ordinal_id _ma_qa_metric_global.model_id _ma_qa_metric_global.metric_id _ma_qa_metric_global.metric_value 1 1 2 0.526 2 1 3 0.042 # # loop_ _ma_qa_metric_local.ordinal_id _ma_qa_metric_local.model_id _ma_qa_metric_local.label_asym_id _ma_qa_metric_local.label_seq_id _ma_qa_metric_local.label_comp_id _ma_qa_metric_local.metric_id _ma_qa_metric_local.metric_value 1 1 A 102 PRO 1 0.130 2 1 A 103 ALA 1 0.420 3 1 A 104 THR 1 0.540 4 1 A 105 GLN 1 0.550 5 1 A 106 ILE 1 0.560 6 1 A 107 SER 1 0.640 7 1 A 108 ASP 1 0.630 8 1 A 109 LEU 1 0.600 9 1 A 110 SER 1 0.620 10 1 A 111 LYS 1 0.600 11 1 A 112 ARG 1 0.540 12 1 A 113 LYS 1 0.590 13 1 A 114 PRO 1 0.600 14 1 A 115 LYS 1 0.560 15 1 A 116 THR 1 0.590 16 1 A 117 GLU 1 0.440 17 1 A 118 ASP 1 0.590 18 1 A 119 PHE 1 0.490 19 1 A 120 LEU 1 0.480 20 1 A 121 THR 1 0.500 21 1 A 122 PHE 1 0.490 22 1 A 123 LEU 1 0.530 23 1 A 124 CYS 1 0.590 24 1 A 125 LEU 1 0.530 25 1 A 126 ARG 1 0.540 26 1 A 127 GLY 1 0.440 27 1 A 128 SER 1 0.420 # # loop_ _pdbx_data_usage.id _pdbx_data_usage.type _pdbx_data_usage.details _pdbx_data_usage.url 1 license ;This SWISS-MODEL protein model is copyright. It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #