data_SMR-1cea605891a1dd93c4b751cd7202b3f5_2 _entry.id SMR-1cea605891a1dd93c4b751cd7202b3f5_2 _struct.entry_id SMR-1cea605891a1dd93c4b751cd7202b3f5_2 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - B2RX88 (isoform 2)/ CSPP1_MOUSE, Centrosome and spindle pole associated protein 1 Estimated model accuracy of this model is 0.02, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries B2RX88 (isoform 2)' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 159204.477 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP CSPP1_MOUSE B2RX88 1 ;MADSLDEFIEEQKAKLAKDKAELESDPPYMEMKGKASEKLSENSKILISMAKENIPPSSQQQPKGPLGIE YGLSLPLGEDYEQKKHKLKEELRQDYRRYLTQKNFLSTGETDPSTLGVSLPIDERLSAKERLKLERNREY NQFLRGKAESTEKVRQVEKNIEPKSQRNKNPISQGKSDLPLQIQTAYTHSEGPWLSRQEEGLYRQLDGEI ELRSRRPLKQTKEEVGISGAEHPSLSGSAGVPERRARRANGERVLDRQHCRADRDPGVSEDMDERFRFES DFDRRLLRVYTNGRPHGSRRGYVDGDDVPEEPNTQISAAENKSVHCNGPPRSADLDITSPFAGMLFGGED RELTKRRKEKYRQELLEQIAEQQKKKRREKDLAFGITTSGVQDPEKSPDRLKQFSLTPRHFEEMPPERPR VAFQTPPPPFSAPSSPSVPPVHSAPSHNEDLHSGLGSTLGELAHPRVLPVPLNPPPPPLLAPPASNYRTP YDDAYYFYGARNTLDPNIVYYGSGMIGGQPAPHVSAPVTHQVAPPAVNTVGQNEQKVLSDGLRNSGLVFE DKPKPSTQSLQSYQEALQEQIREREARRKKERLEKEEYEAKLEAEMRIYNPWGKGGGGAPLRDAKGNLIT DLNRMHRQNIDAYHNPDARTYEDKRAVVSIDQNLATSNAENLEDSANKNSGPLQTQSSPFARGNTFGEPL SELQIKQQELYKNFLRFQIEEKRQREEAEREKLRVAEEKEEKRLAEQRARIQQEYEEEQERRREKEEEQR LKNEELIRLAEERRKEAERKKKEEEEKHNLQLQHYYERENIIGDETKHLRQPSPVVPALQNKIASKLQRP PSVDTIISSFIHESSMSRAQSPPVPARKNQLRAEEEKKNVIMELSEMRKQLRSEERRLQGRLLHLDSDDE IPMRKRERNPMDIFDMARHRVQAPVRRPSPKGLDATTFQNIHDFNELRERDSDTRVDLRLMYPDPPRDHH TLEIQQQALLREQQKRLNRIKMRRDAGADLDTICTDNAQGRRMPRDDTNDFLKNSLLESDSAFIGAYGET YPVIEDNAFPPPSQLPSARERRRNKLKGLDFDSSRLHTPQDGLSLKSISSVNVDQVRMRNEDRMRRLTEQ QKKPTNTDDEGSLVDPDDIMRHLSDDGRNSAATEPWLRPGTSESLKRFMAEHLNEEQHKGPGKPGTFTWQ GLSAAHA ; 'Centrosome and spindle pole associated protein 1' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 1197 1 1197 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . CSPP1_MOUSE B2RX88 B2RX88-2 1 1197 10090 'Mus musculus (Mouse)' 2010-11-30 C4985238A0BFD736 # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no A ;MADSLDEFIEEQKAKLAKDKAELESDPPYMEMKGKASEKLSENSKILISMAKENIPPSSQQQPKGPLGIE YGLSLPLGEDYEQKKHKLKEELRQDYRRYLTQKNFLSTGETDPSTLGVSLPIDERLSAKERLKLERNREY NQFLRGKAESTEKVRQVEKNIEPKSQRNKNPISQGKSDLPLQIQTAYTHSEGPWLSRQEEGLYRQLDGEI ELRSRRPLKQTKEEVGISGAEHPSLSGSAGVPERRARRANGERVLDRQHCRADRDPGVSEDMDERFRFES DFDRRLLRVYTNGRPHGSRRGYVDGDDVPEEPNTQISAAENKSVHCNGPPRSADLDITSPFAGMLFGGED RELTKRRKEKYRQELLEQIAEQQKKKRREKDLAFGITTSGVQDPEKSPDRLKQFSLTPRHFEEMPPERPR VAFQTPPPPFSAPSSPSVPPVHSAPSHNEDLHSGLGSTLGELAHPRVLPVPLNPPPPPLLAPPASNYRTP YDDAYYFYGARNTLDPNIVYYGSGMIGGQPAPHVSAPVTHQVAPPAVNTVGQNEQKVLSDGLRNSGLVFE DKPKPSTQSLQSYQEALQEQIREREARRKKERLEKEEYEAKLEAEMRIYNPWGKGGGGAPLRDAKGNLIT DLNRMHRQNIDAYHNPDARTYEDKRAVVSIDQNLATSNAENLEDSANKNSGPLQTQSSPFARGNTFGEPL SELQIKQQELYKNFLRFQIEEKRQREEAEREKLRVAEEKEEKRLAEQRARIQQEYEEEQERRREKEEEQR LKNEELIRLAEERRKEAERKKKEEEEKHNLQLQHYYERENIIGDETKHLRQPSPVVPALQNKIASKLQRP PSVDTIISSFIHESSMSRAQSPPVPARKNQLRAEEEKKNVIMELSEMRKQLRSEERRLQGRLLHLDSDDE IPMRKRERNPMDIFDMARHRVQAPVRRPSPKGLDATTFQNIHDFNELRERDSDTRVDLRLMYPDPPRDHH TLEIQQQALLREQQKRLNRIKMRRDAGADLDTICTDNAQGRRMPRDDTNDFLKNSLLESDSAFIGAYGET YPVIEDNAFPPPSQLPSARERRRNKLKGLDFDSSRLHTPQDGLSLKSISSVNVDQVRMRNEDRMRRLTEQ QKKPTNTDDEGSLVDPDDIMRHLSDDGRNSAATEPWLRPGTSESLKRFMAEHLNEEQHKGPGKPGTFTWQ GLSAAHA ; ;MADSLDEFIEEQKAKLAKDKAELESDPPYMEMKGKASEKLSENSKILISMAKENIPPSSQQQPKGPLGIE YGLSLPLGEDYEQKKHKLKEELRQDYRRYLTQKNFLSTGETDPSTLGVSLPIDERLSAKERLKLERNREY NQFLRGKAESTEKVRQVEKNIEPKSQRNKNPISQGKSDLPLQIQTAYTHSEGPWLSRQEEGLYRQLDGEI ELRSRRPLKQTKEEVGISGAEHPSLSGSAGVPERRARRANGERVLDRQHCRADRDPGVSEDMDERFRFES DFDRRLLRVYTNGRPHGSRRGYVDGDDVPEEPNTQISAAENKSVHCNGPPRSADLDITSPFAGMLFGGED RELTKRRKEKYRQELLEQIAEQQKKKRREKDLAFGITTSGVQDPEKSPDRLKQFSLTPRHFEEMPPERPR VAFQTPPPPFSAPSSPSVPPVHSAPSHNEDLHSGLGSTLGELAHPRVLPVPLNPPPPPLLAPPASNYRTP YDDAYYFYGARNTLDPNIVYYGSGMIGGQPAPHVSAPVTHQVAPPAVNTVGQNEQKVLSDGLRNSGLVFE DKPKPSTQSLQSYQEALQEQIREREARRKKERLEKEEYEAKLEAEMRIYNPWGKGGGGAPLRDAKGNLIT DLNRMHRQNIDAYHNPDARTYEDKRAVVSIDQNLATSNAENLEDSANKNSGPLQTQSSPFARGNTFGEPL SELQIKQQELYKNFLRFQIEEKRQREEAEREKLRVAEEKEEKRLAEQRARIQQEYEEEQERRREKEEEQR LKNEELIRLAEERRKEAERKKKEEEEKHNLQLQHYYERENIIGDETKHLRQPSPVVPALQNKIASKLQRP PSVDTIISSFIHESSMSRAQSPPVPARKNQLRAEEEKKNVIMELSEMRKQLRSEERRLQGRLLHLDSDDE IPMRKRERNPMDIFDMARHRVQAPVRRPSPKGLDATTFQNIHDFNELRERDSDTRVDLRLMYPDPPRDHH TLEIQQQALLREQQKRLNRIKMRRDAGADLDTICTDNAQGRRMPRDDTNDFLKNSLLESDSAFIGAYGET YPVIEDNAFPPPSQLPSARERRRNKLKGLDFDSSRLHTPQDGLSLKSISSVNVDQVRMRNEDRMRRLTEQ QKKPTNTDDEGSLVDPDDIMRHLSDDGRNSAATEPWLRPGTSESLKRFMAEHLNEEQHKGPGKPGTFTWQ GLSAAHA ; # # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET . 1 2 ALA . 1 3 ASP . 1 4 SER . 1 5 LEU . 1 6 ASP . 1 7 GLU . 1 8 PHE . 1 9 ILE . 1 10 GLU . 1 11 GLU . 1 12 GLN . 1 13 LYS . 1 14 ALA . 1 15 LYS . 1 16 LEU . 1 17 ALA . 1 18 LYS . 1 19 ASP . 1 20 LYS . 1 21 ALA . 1 22 GLU . 1 23 LEU . 1 24 GLU . 1 25 SER . 1 26 ASP . 1 27 PRO . 1 28 PRO . 1 29 TYR . 1 30 MET . 1 31 GLU . 1 32 MET . 1 33 LYS . 1 34 GLY . 1 35 LYS . 1 36 ALA . 1 37 SER . 1 38 GLU . 1 39 LYS . 1 40 LEU . 1 41 SER . 1 42 GLU . 1 43 ASN . 1 44 SER . 1 45 LYS . 1 46 ILE . 1 47 LEU . 1 48 ILE . 1 49 SER . 1 50 MET . 1 51 ALA . 1 52 LYS . 1 53 GLU . 1 54 ASN . 1 55 ILE . 1 56 PRO . 1 57 PRO . 1 58 SER . 1 59 SER . 1 60 GLN . 1 61 GLN . 1 62 GLN . 1 63 PRO . 1 64 LYS . 1 65 GLY . 1 66 PRO . 1 67 LEU . 1 68 GLY . 1 69 ILE . 1 70 GLU . 1 71 TYR . 1 72 GLY . 1 73 LEU . 1 74 SER . 1 75 LEU . 1 76 PRO . 1 77 LEU . 1 78 GLY . 1 79 GLU . 1 80 ASP . 1 81 TYR . 1 82 GLU . 1 83 GLN . 1 84 LYS . 1 85 LYS . 1 86 HIS . 1 87 LYS . 1 88 LEU . 1 89 LYS . 1 90 GLU . 1 91 GLU . 1 92 LEU . 1 93 ARG . 1 94 GLN . 1 95 ASP . 1 96 TYR . 1 97 ARG . 1 98 ARG . 1 99 TYR . 1 100 LEU . 1 101 THR . 1 102 GLN . 1 103 LYS . 1 104 ASN . 1 105 PHE . 1 106 LEU . 1 107 SER . 1 108 THR . 1 109 GLY . 1 110 GLU . 1 111 THR . 1 112 ASP . 1 113 PRO . 1 114 SER . 1 115 THR . 1 116 LEU . 1 117 GLY . 1 118 VAL . 1 119 SER . 1 120 LEU . 1 121 PRO . 1 122 ILE . 1 123 ASP . 1 124 GLU . 1 125 ARG . 1 126 LEU . 1 127 SER . 1 128 ALA . 1 129 LYS . 1 130 GLU . 1 131 ARG . 1 132 LEU . 1 133 LYS . 1 134 LEU . 1 135 GLU . 1 136 ARG . 1 137 ASN . 1 138 ARG . 1 139 GLU . 1 140 TYR . 1 141 ASN . 1 142 GLN . 1 143 PHE . 1 144 LEU . 1 145 ARG . 1 146 GLY . 1 147 LYS . 1 148 ALA . 1 149 GLU . 1 150 SER . 1 151 THR . 1 152 GLU . 1 153 LYS . 1 154 VAL . 1 155 ARG . 1 156 GLN . 1 157 VAL . 1 158 GLU . 1 159 LYS . 1 160 ASN . 1 161 ILE . 1 162 GLU . 1 163 PRO . 1 164 LYS . 1 165 SER . 1 166 GLN . 1 167 ARG . 1 168 ASN . 1 169 LYS . 1 170 ASN . 1 171 PRO . 1 172 ILE . 1 173 SER . 1 174 GLN . 1 175 GLY . 1 176 LYS . 1 177 SER . 1 178 ASP . 1 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A 1 1059 PHE 1059 ? ? ? A . A 1 1060 PRO 1060 ? ? ? A . A 1 1061 PRO 1061 ? ? ? A . A 1 1062 PRO 1062 ? ? ? A . A 1 1063 SER 1063 ? ? ? A . A 1 1064 GLN 1064 ? ? ? A . A 1 1065 LEU 1065 ? ? ? A . A 1 1066 PRO 1066 ? ? ? A . A 1 1067 SER 1067 ? ? ? A . A 1 1068 ALA 1068 ? ? ? A . A 1 1069 ARG 1069 ? ? ? A . A 1 1070 GLU 1070 ? ? ? A . A 1 1071 ARG 1071 ? ? ? A . A 1 1072 ARG 1072 ? ? ? A . A 1 1073 ARG 1073 ? ? ? A . A 1 1074 ASN 1074 ? ? ? A . A 1 1075 LYS 1075 ? ? ? A . A 1 1076 LEU 1076 ? ? ? A . A 1 1077 LYS 1077 ? ? ? A . A 1 1078 GLY 1078 ? ? ? A . A 1 1079 LEU 1079 ? ? ? A . A 1 1080 ASP 1080 ? ? ? A . A 1 1081 PHE 1081 ? ? ? A . A 1 1082 ASP 1082 ? ? ? A . A 1 1083 SER 1083 ? ? ? A . A 1 1084 SER 1084 ? ? ? A . A 1 1085 ARG 1085 ? ? ? A . A 1 1086 LEU 1086 ? ? ? A . A 1 1087 HIS 1087 ? ? ? A . A 1 1088 THR 1088 ? ? ? A . A 1 1089 PRO 1089 ? ? ? A . A 1 1090 GLN 1090 ? ? ? A . A 1 1091 ASP 1091 ? ? ? A . A 1 1092 GLY 1092 ? ? ? A . A 1 1093 LEU 1093 ? ? ? A . A 1 1094 SER 1094 ? ? ? A . A 1 1095 LEU 1095 ? ? ? A . A 1 1096 LYS 1096 ? ? ? A . A 1 1097 SER 1097 ? ? ? A . A 1 1098 ILE 1098 ? ? ? A . A 1 1099 SER 1099 ? ? ? A . A 1 1100 SER 1100 ? ? ? A . A 1 1101 VAL 1101 ? ? ? A . A 1 1102 ASN 1102 ? ? ? A . A 1 1103 VAL 1103 ? ? ? A . A 1 1104 ASP 1104 ? ? ? A . A 1 1105 GLN 1105 ? ? ? A . A 1 1106 VAL 1106 ? ? ? A . A 1 1107 ARG 1107 ? ? ? A . A 1 1108 MET 1108 ? ? ? A . A 1 1109 ARG 1109 ? ? ? A . A 1 1110 ASN 1110 ? ? ? A . A 1 1111 GLU 1111 ? ? ? A . A 1 1112 ASP 1112 ? ? ? A . A 1 1113 ARG 1113 ? ? ? A . A 1 1114 MET 1114 ? ? ? A . A 1 1115 ARG 1115 ? ? ? A . A 1 1116 ARG 1116 ? ? ? A . A 1 1117 LEU 1117 ? ? ? A . A 1 1118 THR 1118 ? ? ? A . A 1 1119 GLU 1119 ? ? ? A . A 1 1120 GLN 1120 ? ? ? A . A 1 1121 GLN 1121 ? ? ? A . A 1 1122 LYS 1122 ? ? ? A . A 1 1123 LYS 1123 ? ? ? A . A 1 1124 PRO 1124 ? ? ? A . A 1 1125 THR 1125 ? ? ? A . A 1 1126 ASN 1126 ? ? ? A . A 1 1127 THR 1127 ? ? ? A . A 1 1128 ASP 1128 ? ? ? A . A 1 1129 ASP 1129 ? ? ? A . A 1 1130 GLU 1130 ? ? ? A . A 1 1131 GLY 1131 ? ? ? A . A 1 1132 SER 1132 ? ? ? A . A 1 1133 LEU 1133 ? ? ? A . A 1 1134 VAL 1134 ? ? ? A . A 1 1135 ASP 1135 ? ? ? A . A 1 1136 PRO 1136 ? ? ? A . A 1 1137 ASP 1137 ? ? ? A . A 1 1138 ASP 1138 ? ? ? A . A 1 1139 ILE 1139 ? ? ? A . A 1 1140 MET 1140 ? ? ? A . A 1 1141 ARG 1141 ? ? ? A . A 1 1142 HIS 1142 ? ? ? A . A 1 1143 LEU 1143 ? ? ? A . A 1 1144 SER 1144 ? ? ? A . A 1 1145 ASP 1145 ? ? ? A . A 1 1146 ASP 1146 ? ? ? A . A 1 1147 GLY 1147 ? ? ? A . A 1 1148 ARG 1148 ? ? ? A . A 1 1149 ASN 1149 ? ? ? A . A 1 1150 SER 1150 ? ? ? A . A 1 1151 ALA 1151 ? ? ? A . A 1 1152 ALA 1152 ? ? ? A . A 1 1153 THR 1153 ? ? ? A . A 1 1154 GLU 1154 ? ? ? A . A 1 1155 PRO 1155 ? ? ? A . A 1 1156 TRP 1156 ? ? ? A . A 1 1157 LEU 1157 ? ? ? A . A 1 1158 ARG 1158 ? ? ? A . A 1 1159 PRO 1159 ? ? ? A . A 1 1160 GLY 1160 ? ? ? A . A 1 1161 THR 1161 ? ? ? A . A 1 1162 SER 1162 ? ? ? A . A 1 1163 GLU 1163 ? ? ? A . A 1 1164 SER 1164 ? ? ? A . A 1 1165 LEU 1165 ? ? ? A . A 1 1166 LYS 1166 ? ? ? A . A 1 1167 ARG 1167 ? ? ? A . A 1 1168 PHE 1168 ? ? ? A . A 1 1169 MET 1169 ? ? ? A . A 1 1170 ALA 1170 ? ? ? A . A 1 1171 GLU 1171 ? ? ? A . A 1 1172 HIS 1172 ? ? ? A . A 1 1173 LEU 1173 ? ? ? A . A 1 1174 ASN 1174 ? ? ? A . A 1 1175 GLU 1175 ? ? ? A . A 1 1176 GLU 1176 ? ? ? A . A 1 1177 GLN 1177 ? ? ? A . A 1 1178 HIS 1178 ? ? ? A . A 1 1179 LYS 1179 ? ? ? A . A 1 1180 GLY 1180 ? ? ? A . A 1 1181 PRO 1181 ? ? ? A . A 1 1182 GLY 1182 ? ? ? A . A 1 1183 LYS 1183 ? ? ? A . A 1 1184 PRO 1184 ? ? ? A . A 1 1185 GLY 1185 ? ? ? A . A 1 1186 THR 1186 ? ? ? A . A 1 1187 PHE 1187 ? ? ? A . A 1 1188 THR 1188 ? ? ? A . A 1 1189 TRP 1189 ? ? ? A . A 1 1190 GLN 1190 ? ? ? A . A 1 1191 GLY 1191 ? ? ? A . A 1 1192 LEU 1192 ? ? ? A . A 1 1193 SER 1193 ? ? ? A . A 1 1194 ALA 1194 ? ? ? A . A 1 1195 ALA 1195 ? ? ? A . A 1 1196 HIS 1196 ? ? ? A . A 1 1197 ALA 1197 ? ? ? A . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'Protofilament ribbon protein {PDB ID=8sf7, label_asym_id=MA, auth_asym_id=1W, SMTL ID=8sf7.39.A}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 8sf7, label_asym_id=MA' 'target-template alignment' . 4 'model 2' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-12-25 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-12-20 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A MA 27 1 1W # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;MKELSQIIDKQISQLNLFGKIKKRKRQSNIYKMSGNTNSDFNRTNYQHKEQIIRCGISSLKCLDGEDLNQ GNRRRLQQLQQRDWIEQQIREKEERKRQEDEEKKAFEQQTLHINMMRGDLEDNLNQKRRNWEKNTKEFNI QQRNEKLDYERSSHLDNQAQNQYHITYCNTNNFQTENTGTCTSAFGPHRVIPYHWKGMNPQQKKDIILEQ DQQRHEREILKNLERDEDKAFSNQTEHNRFMLINLERQKNRQHRQRMDEIKEFNLLAAKEQKIKLKHMYD ; ;MKELSQIIDKQISQLNLFGKIKKRKRQSNIYKMSGNTNSDFNRTNYQHKEQIIRCGISSLKCLDGEDLNQ GNRRRLQQLQQRDWIEQQIREKEERKRQEDEEKKAFEQQTLHINMMRGDLEDNLNQKRRNWEKNTKEFNI QQRNEKLDYERSSHLDNQAQNQYHITYCNTNNFQTENTGTCTSAFGPHRVIPYHWKGMNPQQKKDIILEQ DQQRHEREILKNLERDEDKAFSNQTEHNRFMLINLERQKNRQHRQRMDEIKEFNLLAAKEQKIKLKHMYD ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 196 238 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 8sf7 2024-10-09 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 1197 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 1197 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 45.000 20.930 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MADSLDEFIEEQKAKLAKDKAELESDPPYMEMKGKASEKLSENSKILISMAKENIPPSSQQQPKGPLGIEYGLSLPLGEDYEQKKHKLKEELRQDYRRYLTQKNFLSTGETDPSTLGVSLPIDERLSAKERLKLERNREYNQFLRGKAESTEKVRQVEKNIEPKSQRNKNPISQGKSDLPLQIQTAYTHSEGPWLSRQEEGLYRQLDGEIELRSRRPLKQTKEEVGISGAEHPSLSGSAGVPERRARRANGERVLDRQHCRADRDPGVSEDMDERFRFESDFDRRLLRVYTNGRPHGSRRGYVDGDDVPEEPNTQISAAENKSVHCNGPPRSADLDITSPFAGMLFGGEDRELTKRRKEKYRQELLEQIAEQQKKKRREKDLAFGITTSGVQDPEKSPDRLKQFSLTPRHFEEMPPERPRVAFQTPPPPFSAPSSPSVPPVHSAPSHNEDLHSGLGSTLGELAHPRVLPVPLNPPPPPLLAPPASNYRTPYDDAYYFYGARNTLDPNIVYYGSGMIGGQPAPHVSAPVTHQVAPPAVNTVGQNEQKVLSDGLRNSGLVFEDKPKPSTQSLQSYQEALQEQIREREARRKKERLEKEEYEAKLEAEMRIYNPWGKGGGGAPLRDAKGNLITDLNRMHRQNIDAYHNPDARTYEDKRAVVSIDQNLATSNAENLEDSANKNSGPLQTQSSPFARGNTFGEPLSELQIKQQELYKNFLRFQIEEKRQREEAEREKLRVAEEKEEKRLAEQRARIQQEYEEEQERRREKEEEQRLKNEELIRLAEERRKEAERKKKEEEEKHNLQLQHYYERENIIGDETKHLRQPSPVVPALQNKIASKLQRPPSVDTIISSFIHESSMSRAQSPPVPARKNQLRAEEEKKNVIMELSEMRKQLRSEERRLQGRLLHLDSDDEIPMRKRERNPMDIFDMARHRVQAPVRRPSPKGLDATTFQNIHDFNELRERDSDTRVDLRLMYPDPPRDHHTLEIQQQALLREQQKRLNRIKMRRDAGADLDTICTDNAQGRRMPRDDTNDFLKNSLLESDSAFIGAYGETYPVIEDNAFPPPSQLPSARERRRNKLKGLDFDSSRLHTPQDGLSLKSISSVNVDQVRMRNEDRMRRLTEQQKKPTNTDDEGSLVDPDDIMRHLSDDGRNSAATEPWLRPGTSESLKRFMAEHLNEEQHKGPGKPGTFTWQGLSAAHA 2 1 2 ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------KGMNPQQKKDIILEQDQQRHEREILKNLERDEDKAFSNQTEHN---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 8sf7.39' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 2' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . PRO 563 563 ? A 341.970 365.862 549.988 1 1 A PRO 0.360 1 ATOM 2 C CA . PRO 563 563 ? A 341.684 367.314 550.308 1 1 A PRO 0.360 1 ATOM 3 C C . PRO 563 563 ? A 341.802 367.630 551.789 1 1 A PRO 0.360 1 ATOM 4 O O . PRO 563 563 ? A 342.698 368.409 552.062 1 1 A PRO 0.360 1 ATOM 5 C CB . PRO 563 563 ? A 340.384 367.656 549.624 1 1 A PRO 0.360 1 ATOM 6 C CG . PRO 563 563 ? A 340.088 366.510 548.624 1 1 A PRO 0.360 1 ATOM 7 C CD . PRO 563 563 ? A 340.823 365.297 549.115 1 1 A PRO 0.360 1 ATOM 8 N N . LYS 564 564 ? A 340.925 367.167 552.723 1 1 A LYS 0.400 1 ATOM 9 C CA . LYS 564 564 ? A 340.773 367.802 554.036 1 1 A LYS 0.400 1 ATOM 10 C C . LYS 564 564 ? A 339.614 367.077 554.763 1 1 A LYS 0.400 1 ATOM 11 O O . LYS 564 564 ? A 339.191 366.064 554.200 1 1 A LYS 0.400 1 ATOM 12 C CB . LYS 564 564 ? A 340.483 369.330 553.877 1 1 A LYS 0.400 1 ATOM 13 C CG . LYS 564 564 ? A 339.111 369.633 553.267 1 1 A LYS 0.400 1 ATOM 14 C CD . LYS 564 564 ? 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A 328.545 371.727 580.492 1 1 A ARG 0.650 1 ATOM 158 C CG . ARG 582 582 ? A 327.654 372.821 579.883 1 1 A ARG 0.650 1 ATOM 159 C CD . ARG 582 582 ? A 326.340 372.245 579.356 1 1 A ARG 0.650 1 ATOM 160 N NE . ARG 582 582 ? A 325.533 373.385 578.796 1 1 A ARG 0.650 1 ATOM 161 C CZ . ARG 582 582 ? A 325.585 373.820 577.528 1 1 A ARG 0.650 1 ATOM 162 N NH1 . ARG 582 582 ? A 326.419 373.307 576.631 1 1 A ARG 0.650 1 ATOM 163 N NH2 . ARG 582 582 ? A 324.764 374.789 577.129 1 1 A ARG 0.650 1 ATOM 164 N N . GLU 583 583 ? A 331.280 370.261 581.317 1 1 A GLU 0.770 1 ATOM 165 C CA . GLU 583 583 ? A 331.909 369.165 582.038 1 1 A GLU 0.770 1 ATOM 166 C C . GLU 583 583 ? A 332.906 369.624 583.096 1 1 A GLU 0.770 1 ATOM 167 O O . GLU 583 583 ? A 332.921 369.161 584.235 1 1 A GLU 0.770 1 ATOM 168 C CB . GLU 583 583 ? A 332.656 368.223 581.063 1 1 A GLU 0.770 1 ATOM 169 C CG . GLU 583 583 ? A 333.270 366.989 581.783 1 1 A GLU 0.770 1 ATOM 170 C CD . GLU 583 583 ? 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A 331.148 369.256 588.748 1 1 A ALA 0.800 1 ATOM 197 C CB . ALA 586 586 ? A 329.755 369.093 585.738 1 1 A ALA 0.800 1 ATOM 198 N N . ARG 587 587 ? A 332.683 369.505 587.150 1 1 A ARG 0.660 1 ATOM 199 C CA . ARG 587 587 ? A 333.830 369.228 588.015 1 1 A ARG 0.660 1 ATOM 200 C C . ARG 587 587 ? A 334.088 370.312 589.060 1 1 A ARG 0.660 1 ATOM 201 O O . ARG 587 587 ? A 334.384 370.004 590.211 1 1 A ARG 0.660 1 ATOM 202 C CB . ARG 587 587 ? A 335.139 369.047 587.218 1 1 A ARG 0.660 1 ATOM 203 C CG . ARG 587 587 ? A 335.168 367.793 586.334 1 1 A ARG 0.660 1 ATOM 204 C CD . ARG 587 587 ? A 336.435 367.780 585.487 1 1 A ARG 0.660 1 ATOM 205 N NE . ARG 587 587 ? A 336.431 366.520 584.684 1 1 A ARG 0.660 1 ATOM 206 C CZ . ARG 587 587 ? A 337.314 366.240 583.719 1 1 A ARG 0.660 1 ATOM 207 N NH1 . ARG 587 587 ? A 338.278 367.106 583.416 1 1 A ARG 0.660 1 ATOM 208 N NH2 . ARG 587 587 ? A 337.253 365.080 583.075 1 1 A ARG 0.660 1 ATOM 209 N N . ARG 588 588 ? 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It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. 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