data_SMR-606c26e37e360bdf12c907f67ecf40fc_2 _entry.id SMR-606c26e37e360bdf12c907f67ecf40fc_2 _struct.entry_id SMR-606c26e37e360bdf12c907f67ecf40fc_2 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - B2RX88/ CSPP1_MOUSE, Centrosome and spindle pole associated protein 1 Estimated model accuracy of this model is 0.019, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries B2RX88' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 160234.687 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP CSPP1_MOUSE B2RX88 1 ;MADSLDEFIEEQKAKLAKDKAELESDPPYMEMKGKASEKLSENSKILISMAKENIPPSSQQQPKGPLGIE YGLSLPLGEDYEQKKHKLKEELRQDYRRYLTQGITQAKRKKNFLSTGETDPSTLGVSLPIDERLSAKERL KLERNREYNQFLRGKAESTEKVRQVEKNIEPKSQRNKNPISQGKSDLPLQIQTAYTHSEGPWLSRQEEGL YRQLDGEIELRSRRPLKQTKEEVGISGAEHPSLSGSAGVPERRARRANGERVLDRQHCRADRDPGVSEDM DERFRFESDFDRRLLRVYTNGRPHGSRRGYVDGDDVPEEPNTQISAAENKSVHCNGPPRSADLDITSPFA GMLFGGEDRELTKRRKEKYRQELLEQIAEQQKKKRREKDLAFGITTSGVQDPEKSPDRLKQFSLTPRHFE EMPPERPRVAFQTPPPPFSAPSSPSVPPVHSAPSHNEDLHSGLGSTLGELAHPRVLPVPLNPPPPPLLAP PASNYRTPYDDAYYFYGARNTLDPNIVYYGSGMIGGQPAPHVSAPVTHQVAPPAVNTVGQNEQKVLSDGL RNSGLVFEDKPKPSTQSLQSYQEALQEQIREREARRKKERLEKEEYEAKLEAEMRIYNPWGKGGGGAPLR DAKGNLITDLNRMHRQNIDAYHNPDARTYEDKRAVVSIDQNLATSNAENLEDSANKNSGPLQTQSSPFAR GNTFGEPLSELQIKQQELYKNFLRFQIEEKRQREEAEREKLRVAEEKEEKRLAEQRARIQQEYEEEQERR REKEEEQRLKNEELIRLAEERRKEAERKKKEEEEKHNLQLQHYYERENIIGDETKHLRQPSPVVPALQNK IASKLQRPPSVDTIISSFIHESSMSRAQSPPVPARKNQLRAEEEKKNVIMELSEMRKQLRSEERRLQGRL LHLDSDDEIPMRKRERNPMDIFDMARHRVQAPVRRPSPKGLDATTFQNIHDFNELRERDSDTRVDLRLMY PDPPRDHHTLEIQQQALLREQQKRLNRIKMRRDAGADLDTICTDNAQGRRMPRDDTNDFLKNSLLESDSA FIGAYGETYPVIEDNAFPPPSQLPSARERRRNKLKGLDFDSSRLHTPQDGLSLKSISSVNVDQVRMRNED RMRRLTEQQKKPTNTDDEGSLVDPDDIMRHLSDDGRNSAATEPWLRPGTSESLKRFMAEHLNEEQHKGPG KPGTFTWQGLSAAHA ; 'Centrosome and spindle pole associated protein 1' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 1205 1 1205 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . CSPP1_MOUSE B2RX88 . 1 1205 10090 'Mus musculus (Mouse)' 2010-11-30 0668152BE28543CB # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no A ;MADSLDEFIEEQKAKLAKDKAELESDPPYMEMKGKASEKLSENSKILISMAKENIPPSSQQQPKGPLGIE YGLSLPLGEDYEQKKHKLKEELRQDYRRYLTQGITQAKRKKNFLSTGETDPSTLGVSLPIDERLSAKERL KLERNREYNQFLRGKAESTEKVRQVEKNIEPKSQRNKNPISQGKSDLPLQIQTAYTHSEGPWLSRQEEGL YRQLDGEIELRSRRPLKQTKEEVGISGAEHPSLSGSAGVPERRARRANGERVLDRQHCRADRDPGVSEDM DERFRFESDFDRRLLRVYTNGRPHGSRRGYVDGDDVPEEPNTQISAAENKSVHCNGPPRSADLDITSPFA GMLFGGEDRELTKRRKEKYRQELLEQIAEQQKKKRREKDLAFGITTSGVQDPEKSPDRLKQFSLTPRHFE EMPPERPRVAFQTPPPPFSAPSSPSVPPVHSAPSHNEDLHSGLGSTLGELAHPRVLPVPLNPPPPPLLAP PASNYRTPYDDAYYFYGARNTLDPNIVYYGSGMIGGQPAPHVSAPVTHQVAPPAVNTVGQNEQKVLSDGL RNSGLVFEDKPKPSTQSLQSYQEALQEQIREREARRKKERLEKEEYEAKLEAEMRIYNPWGKGGGGAPLR DAKGNLITDLNRMHRQNIDAYHNPDARTYEDKRAVVSIDQNLATSNAENLEDSANKNSGPLQTQSSPFAR GNTFGEPLSELQIKQQELYKNFLRFQIEEKRQREEAEREKLRVAEEKEEKRLAEQRARIQQEYEEEQERR REKEEEQRLKNEELIRLAEERRKEAERKKKEEEEKHNLQLQHYYERENIIGDETKHLRQPSPVVPALQNK IASKLQRPPSVDTIISSFIHESSMSRAQSPPVPARKNQLRAEEEKKNVIMELSEMRKQLRSEERRLQGRL LHLDSDDEIPMRKRERNPMDIFDMARHRVQAPVRRPSPKGLDATTFQNIHDFNELRERDSDTRVDLRLMY PDPPRDHHTLEIQQQALLREQQKRLNRIKMRRDAGADLDTICTDNAQGRRMPRDDTNDFLKNSLLESDSA FIGAYGETYPVIEDNAFPPPSQLPSARERRRNKLKGLDFDSSRLHTPQDGLSLKSISSVNVDQVRMRNED RMRRLTEQQKKPTNTDDEGSLVDPDDIMRHLSDDGRNSAATEPWLRPGTSESLKRFMAEHLNEEQHKGPG KPGTFTWQGLSAAHA ; ;MADSLDEFIEEQKAKLAKDKAELESDPPYMEMKGKASEKLSENSKILISMAKENIPPSSQQQPKGPLGIE YGLSLPLGEDYEQKKHKLKEELRQDYRRYLTQGITQAKRKKNFLSTGETDPSTLGVSLPIDERLSAKERL KLERNREYNQFLRGKAESTEKVRQVEKNIEPKSQRNKNPISQGKSDLPLQIQTAYTHSEGPWLSRQEEGL YRQLDGEIELRSRRPLKQTKEEVGISGAEHPSLSGSAGVPERRARRANGERVLDRQHCRADRDPGVSEDM DERFRFESDFDRRLLRVYTNGRPHGSRRGYVDGDDVPEEPNTQISAAENKSVHCNGPPRSADLDITSPFA GMLFGGEDRELTKRRKEKYRQELLEQIAEQQKKKRREKDLAFGITTSGVQDPEKSPDRLKQFSLTPRHFE EMPPERPRVAFQTPPPPFSAPSSPSVPPVHSAPSHNEDLHSGLGSTLGELAHPRVLPVPLNPPPPPLLAP PASNYRTPYDDAYYFYGARNTLDPNIVYYGSGMIGGQPAPHVSAPVTHQVAPPAVNTVGQNEQKVLSDGL RNSGLVFEDKPKPSTQSLQSYQEALQEQIREREARRKKERLEKEEYEAKLEAEMRIYNPWGKGGGGAPLR DAKGNLITDLNRMHRQNIDAYHNPDARTYEDKRAVVSIDQNLATSNAENLEDSANKNSGPLQTQSSPFAR GNTFGEPLSELQIKQQELYKNFLRFQIEEKRQREEAEREKLRVAEEKEEKRLAEQRARIQQEYEEEQERR REKEEEQRLKNEELIRLAEERRKEAERKKKEEEEKHNLQLQHYYERENIIGDETKHLRQPSPVVPALQNK IASKLQRPPSVDTIISSFIHESSMSRAQSPPVPARKNQLRAEEEKKNVIMELSEMRKQLRSEERRLQGRL LHLDSDDEIPMRKRERNPMDIFDMARHRVQAPVRRPSPKGLDATTFQNIHDFNELRERDSDTRVDLRLMY PDPPRDHHTLEIQQQALLREQQKRLNRIKMRRDAGADLDTICTDNAQGRRMPRDDTNDFLKNSLLESDSA FIGAYGETYPVIEDNAFPPPSQLPSARERRRNKLKGLDFDSSRLHTPQDGLSLKSISSVNVDQVRMRNED RMRRLTEQQKKPTNTDDEGSLVDPDDIMRHLSDDGRNSAATEPWLRPGTSESLKRFMAEHLNEEQHKGPG KPGTFTWQGLSAAHA ; # # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET . 1 2 ALA . 1 3 ASP . 1 4 SER . 1 5 LEU . 1 6 ASP . 1 7 GLU . 1 8 PHE . 1 9 ILE . 1 10 GLU . 1 11 GLU . 1 12 GLN . 1 13 LYS . 1 14 ALA . 1 15 LYS . 1 16 LEU . 1 17 ALA . 1 18 LYS . 1 19 ASP . 1 20 LYS . 1 21 ALA . 1 22 GLU . 1 23 LEU . 1 24 GLU . 1 25 SER . 1 26 ASP . 1 27 PRO . 1 28 PRO . 1 29 TYR . 1 30 MET . 1 31 GLU . 1 32 MET . 1 33 LYS . 1 34 GLY . 1 35 LYS . 1 36 ALA . 1 37 SER . 1 38 GLU . 1 39 LYS . 1 40 LEU . 1 41 SER . 1 42 GLU . 1 43 ASN . 1 44 SER . 1 45 LYS . 1 46 ILE . 1 47 LEU . 1 48 ILE . 1 49 SER . 1 50 MET . 1 51 ALA . 1 52 LYS . 1 53 GLU . 1 54 ASN . 1 55 ILE . 1 56 PRO . 1 57 PRO . 1 58 SER . 1 59 SER . 1 60 GLN . 1 61 GLN . 1 62 GLN . 1 63 PRO . 1 64 LYS . 1 65 GLY . 1 66 PRO . 1 67 LEU . 1 68 GLY . 1 69 ILE . 1 70 GLU . 1 71 TYR . 1 72 GLY . 1 73 LEU . 1 74 SER . 1 75 LEU . 1 76 PRO . 1 77 LEU . 1 78 GLY . 1 79 GLU . 1 80 ASP . 1 81 TYR . 1 82 GLU . 1 83 GLN . 1 84 LYS . 1 85 LYS . 1 86 HIS . 1 87 LYS . 1 88 LEU . 1 89 LYS . 1 90 GLU . 1 91 GLU . 1 92 LEU . 1 93 ARG . 1 94 GLN . 1 95 ASP . 1 96 TYR . 1 97 ARG . 1 98 ARG . 1 99 TYR . 1 100 LEU . 1 101 THR . 1 102 GLN . 1 103 GLY . 1 104 ILE . 1 105 THR . 1 106 GLN . 1 107 ALA . 1 108 LYS . 1 109 ARG . 1 110 LYS . 1 111 LYS . 1 112 ASN . 1 113 PHE . 1 114 LEU . 1 115 SER . 1 116 THR . 1 117 GLY . 1 118 GLU . 1 119 THR . 1 120 ASP . 1 121 PRO . 1 122 SER . 1 123 THR . 1 124 LEU . 1 125 GLY . 1 126 VAL . 1 127 SER . 1 128 LEU . 1 129 PRO . 1 130 ILE . 1 131 ASP . 1 132 GLU . 1 133 ARG . 1 134 LEU . 1 135 SER . 1 136 ALA . 1 137 LYS . 1 138 GLU . 1 139 ARG . 1 140 LEU . 1 141 LYS . 1 142 LEU . 1 143 GLU . 1 144 ARG . 1 145 ASN . 1 146 ARG . 1 147 GLU . 1 148 TYR . 1 149 ASN . 1 150 GLN . 1 151 PHE . 1 152 LEU . 1 153 ARG . 1 154 GLY . 1 155 LYS . 1 156 ALA . 1 157 GLU . 1 158 SER . 1 159 THR . 1 160 GLU . 1 161 LYS . 1 162 VAL . 1 163 ARG . 1 164 GLN . 1 165 VAL . 1 166 GLU . 1 167 LYS . 1 168 ASN . 1 169 ILE . 1 170 GLU . 1 171 PRO . 1 172 LYS . 1 173 SER . 1 174 GLN . 1 175 ARG . 1 176 ASN . 1 177 LYS . 1 178 ASN 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A 1 1059 TYR 1059 ? ? ? A . A 1 1060 PRO 1060 ? ? ? A . A 1 1061 VAL 1061 ? ? ? A . A 1 1062 ILE 1062 ? ? ? A . A 1 1063 GLU 1063 ? ? ? A . A 1 1064 ASP 1064 ? ? ? A . A 1 1065 ASN 1065 ? ? ? A . A 1 1066 ALA 1066 ? ? ? A . A 1 1067 PHE 1067 ? ? ? A . A 1 1068 PRO 1068 ? ? ? A . A 1 1069 PRO 1069 ? ? ? A . A 1 1070 PRO 1070 ? ? ? A . A 1 1071 SER 1071 ? ? ? A . A 1 1072 GLN 1072 ? ? ? A . A 1 1073 LEU 1073 ? ? ? A . A 1 1074 PRO 1074 ? ? ? A . A 1 1075 SER 1075 ? ? ? A . A 1 1076 ALA 1076 ? ? ? A . A 1 1077 ARG 1077 ? ? ? A . A 1 1078 GLU 1078 ? ? ? A . A 1 1079 ARG 1079 ? ? ? A . A 1 1080 ARG 1080 ? ? ? A . A 1 1081 ARG 1081 ? ? ? A . A 1 1082 ASN 1082 ? ? ? A . A 1 1083 LYS 1083 ? ? ? A . A 1 1084 LEU 1084 ? ? ? A . A 1 1085 LYS 1085 ? ? ? A . A 1 1086 GLY 1086 ? ? ? A . A 1 1087 LEU 1087 ? ? ? A . A 1 1088 ASP 1088 ? ? ? A . A 1 1089 PHE 1089 ? ? ? A . A 1 1090 ASP 1090 ? ? ? A . A 1 1091 SER 1091 ? ? ? A . A 1 1092 SER 1092 ? ? ? A . A 1 1093 ARG 1093 ? ? ? A . A 1 1094 LEU 1094 ? ? ? A . A 1 1095 HIS 1095 ? ? ? A . A 1 1096 THR 1096 ? ? ? A . A 1 1097 PRO 1097 ? ? ? A . A 1 1098 GLN 1098 ? ? ? A . A 1 1099 ASP 1099 ? ? ? A . A 1 1100 GLY 1100 ? ? ? A . A 1 1101 LEU 1101 ? ? ? A . A 1 1102 SER 1102 ? ? ? A . A 1 1103 LEU 1103 ? ? ? A . A 1 1104 LYS 1104 ? ? ? A . A 1 1105 SER 1105 ? ? ? A . A 1 1106 ILE 1106 ? ? ? A . A 1 1107 SER 1107 ? ? ? A . A 1 1108 SER 1108 ? ? ? A . A 1 1109 VAL 1109 ? ? ? A . A 1 1110 ASN 1110 ? ? ? A . A 1 1111 VAL 1111 ? ? ? A . A 1 1112 ASP 1112 ? ? ? A . A 1 1113 GLN 1113 ? ? ? A . A 1 1114 VAL 1114 ? ? ? A . A 1 1115 ARG 1115 ? ? ? A . A 1 1116 MET 1116 ? ? ? A . A 1 1117 ARG 1117 ? ? ? A . A 1 1118 ASN 1118 ? ? ? A . A 1 1119 GLU 1119 ? ? ? A . A 1 1120 ASP 1120 ? ? ? A . A 1 1121 ARG 1121 ? ? ? A . A 1 1122 MET 1122 ? ? ? A . A 1 1123 ARG 1123 ? ? ? A . A 1 1124 ARG 1124 ? ? ? A . A 1 1125 LEU 1125 ? ? ? A . A 1 1126 THR 1126 ? ? ? A . A 1 1127 GLU 1127 ? ? ? A . A 1 1128 GLN 1128 ? ? ? A . A 1 1129 GLN 1129 ? ? ? A . A 1 1130 LYS 1130 ? ? ? A . A 1 1131 LYS 1131 ? ? ? A . A 1 1132 PRO 1132 ? ? ? A . A 1 1133 THR 1133 ? ? ? A . A 1 1134 ASN 1134 ? ? ? A . A 1 1135 THR 1135 ? ? ? A . A 1 1136 ASP 1136 ? ? ? A . A 1 1137 ASP 1137 ? ? ? A . A 1 1138 GLU 1138 ? ? ? A . A 1 1139 GLY 1139 ? ? ? A . A 1 1140 SER 1140 ? ? ? A . A 1 1141 LEU 1141 ? ? ? A . A 1 1142 VAL 1142 ? ? ? A . A 1 1143 ASP 1143 ? ? ? A . A 1 1144 PRO 1144 ? ? ? A . A 1 1145 ASP 1145 ? ? ? A . A 1 1146 ASP 1146 ? ? ? A . A 1 1147 ILE 1147 ? ? ? A . A 1 1148 MET 1148 ? ? ? A . A 1 1149 ARG 1149 ? ? ? A . A 1 1150 HIS 1150 ? ? ? A . A 1 1151 LEU 1151 ? ? ? A . A 1 1152 SER 1152 ? ? ? A . A 1 1153 ASP 1153 ? ? ? A . A 1 1154 ASP 1154 ? ? ? A . A 1 1155 GLY 1155 ? ? ? A . A 1 1156 ARG 1156 ? ? ? A . A 1 1157 ASN 1157 ? ? ? A . A 1 1158 SER 1158 ? ? ? A . A 1 1159 ALA 1159 ? ? ? A . A 1 1160 ALA 1160 ? ? ? A . A 1 1161 THR 1161 ? ? ? A . A 1 1162 GLU 1162 ? ? ? A . A 1 1163 PRO 1163 ? ? ? A . A 1 1164 TRP 1164 ? ? ? A . A 1 1165 LEU 1165 ? ? ? A . A 1 1166 ARG 1166 ? ? ? A . A 1 1167 PRO 1167 ? ? ? A . A 1 1168 GLY 1168 ? ? ? A . A 1 1169 THR 1169 ? ? ? A . A 1 1170 SER 1170 ? ? ? A . A 1 1171 GLU 1171 ? ? ? A . A 1 1172 SER 1172 ? ? ? A . A 1 1173 LEU 1173 ? ? ? A . A 1 1174 LYS 1174 ? ? ? A . A 1 1175 ARG 1175 ? ? ? A . A 1 1176 PHE 1176 ? ? ? A . A 1 1177 MET 1177 ? ? ? A . A 1 1178 ALA 1178 ? ? ? A . A 1 1179 GLU 1179 ? ? ? A . A 1 1180 HIS 1180 ? ? ? A . A 1 1181 LEU 1181 ? ? ? A . A 1 1182 ASN 1182 ? ? ? A . A 1 1183 GLU 1183 ? ? ? A . A 1 1184 GLU 1184 ? ? ? A . A 1 1185 GLN 1185 ? ? ? A . A 1 1186 HIS 1186 ? ? ? A . A 1 1187 LYS 1187 ? ? ? A . A 1 1188 GLY 1188 ? ? ? A . A 1 1189 PRO 1189 ? ? ? A . A 1 1190 GLY 1190 ? ? ? A . A 1 1191 LYS 1191 ? ? ? A . A 1 1192 PRO 1192 ? ? ? A . A 1 1193 GLY 1193 ? ? ? A . A 1 1194 THR 1194 ? ? ? A . A 1 1195 PHE 1195 ? ? ? A . A 1 1196 THR 1196 ? ? ? A . A 1 1197 TRP 1197 ? ? ? A . A 1 1198 GLN 1198 ? ? ? A . A 1 1199 GLY 1199 ? ? ? A . A 1 1200 LEU 1200 ? ? ? A . A 1 1201 SER 1201 ? ? ? A . A 1 1202 ALA 1202 ? ? ? A . A 1 1203 ALA 1203 ? ? ? A . A 1 1204 HIS 1204 ? ? ? A . A 1 1205 ALA 1205 ? ? ? A . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'Protofilament ribbon protein {PDB ID=8sf7, label_asym_id=MA, auth_asym_id=1W, SMTL ID=8sf7.39.A}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 8sf7, label_asym_id=MA' 'target-template alignment' . 4 'model 2' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-12-25 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-12-20 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A MA 27 1 1W # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;MKELSQIIDKQISQLNLFGKIKKRKRQSNIYKMSGNTNSDFNRTNYQHKEQIIRCGISSLKCLDGEDLNQ GNRRRLQQLQQRDWIEQQIREKEERKRQEDEEKKAFEQQTLHINMMRGDLEDNLNQKRRNWEKNTKEFNI QQRNEKLDYERSSHLDNQAQNQYHITYCNTNNFQTENTGTCTSAFGPHRVIPYHWKGMNPQQKKDIILEQ DQQRHEREILKNLERDEDKAFSNQTEHNRFMLINLERQKNRQHRQRMDEIKEFNLLAAKEQKIKLKHMYD ; ;MKELSQIIDKQISQLNLFGKIKKRKRQSNIYKMSGNTNSDFNRTNYQHKEQIIRCGISSLKCLDGEDLNQ GNRRRLQQLQQRDWIEQQIREKEERKRQEDEEKKAFEQQTLHINMMRGDLEDNLNQKRRNWEKNTKEFNI QQRNEKLDYERSSHLDNQAQNQYHITYCNTNNFQTENTGTCTSAFGPHRVIPYHWKGMNPQQKKDIILEQ DQQRHEREILKNLERDEDKAFSNQTEHNRFMLINLERQKNRQHRQRMDEIKEFNLLAAKEQKIKLKHMYD ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 196 238 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 8sf7 2024-10-09 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 1205 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 1205 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 46.000 20.930 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MADSLDEFIEEQKAKLAKDKAELESDPPYMEMKGKASEKLSENSKILISMAKENIPPSSQQQPKGPLGIEYGLSLPLGEDYEQKKHKLKEELRQDYRRYLTQGITQAKRKKNFLSTGETDPSTLGVSLPIDERLSAKERLKLERNREYNQFLRGKAESTEKVRQVEKNIEPKSQRNKNPISQGKSDLPLQIQTAYTHSEGPWLSRQEEGLYRQLDGEIELRSRRPLKQTKEEVGISGAEHPSLSGSAGVPERRARRANGERVLDRQHCRADRDPGVSEDMDERFRFESDFDRRLLRVYTNGRPHGSRRGYVDGDDVPEEPNTQISAAENKSVHCNGPPRSADLDITSPFAGMLFGGEDRELTKRRKEKYRQELLEQIAEQQKKKRREKDLAFGITTSGVQDPEKSPDRLKQFSLTPRHFEEMPPERPRVAFQTPPPPFSAPSSPSVPPVHSAPSHNEDLHSGLGSTLGELAHPRVLPVPLNPPPPPLLAPPASNYRTPYDDAYYFYGARNTLDPNIVYYGSGMIGGQPAPHVSAPVTHQVAPPAVNTVGQNEQKVLSDGLRNSGLVFEDKPKPSTQSLQSYQEALQEQIREREARRKKERLEKEEYEAKLEAEMRIYNPWGKGGGGAPLRDAKGNLITDLNRMHRQNIDAYHNPDARTYEDKRAVVSIDQNLATSNAENLEDSANKNSGPLQTQSSPFARGNTFGEPLSELQIKQQELYKNFLRFQIEEKRQREEAEREKLRVAEEKEEKRLAEQRARIQQEYEEEQERRREKEEEQRLKNEELIRLAEERRKEAERKKKEEEEKHNLQLQHYYERENIIGDETKHLRQPSPVVPALQNKIASKLQRPPSVDTIISSFIHESSMSRAQSPPVPARKNQLRAEEEKKNVIMELSEMRKQLRSEERRLQGRLLHLDSDDEIPMRKRERNPMDIFDMARHRVQAPVRRPSPKGLDATTFQNIHDFNELRERDSDTRVDLRLMYPDPPRDHHTLEIQQQALLREQQKRLNRIKMRRDAGADLDTICTDNAQGRRMPRDDTNDFLKNSLLESDSAFIGAYGETYPVIEDNAFPPPSQLPSARERRRNKLKGLDFDSSRLHTPQDGLSLKSISSVNVDQVRMRNEDRMRRLTEQQKKPTNTDDEGSLVDPDDIMRHLSDDGRNSAATEPWLRPGTSESLKRFMAEHLNEEQHKGPGKPGTFTWQGLSAAHA 2 1 2 ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------KGMNPQQKKDIILEQDQQRHEREILKNLERDEDKAFSNQTEHN---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 8sf7.39' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 2' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . 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A 328.545 371.727 580.492 1 1 A ARG 0.660 1 ATOM 158 C CG . ARG 590 590 ? A 327.654 372.821 579.883 1 1 A ARG 0.660 1 ATOM 159 C CD . ARG 590 590 ? A 326.340 372.245 579.356 1 1 A ARG 0.660 1 ATOM 160 N NE . ARG 590 590 ? A 325.533 373.385 578.796 1 1 A ARG 0.660 1 ATOM 161 C CZ . ARG 590 590 ? A 325.585 373.820 577.528 1 1 A ARG 0.660 1 ATOM 162 N NH1 . ARG 590 590 ? A 326.419 373.307 576.631 1 1 A ARG 0.660 1 ATOM 163 N NH2 . ARG 590 590 ? A 324.764 374.789 577.129 1 1 A ARG 0.660 1 ATOM 164 N N . GLU 591 591 ? A 331.280 370.261 581.317 1 1 A GLU 0.790 1 ATOM 165 C CA . GLU 591 591 ? A 331.909 369.165 582.038 1 1 A GLU 0.790 1 ATOM 166 C C . GLU 591 591 ? A 332.906 369.624 583.096 1 1 A GLU 0.790 1 ATOM 167 O O . GLU 591 591 ? A 332.921 369.161 584.235 1 1 A GLU 0.790 1 ATOM 168 C CB . GLU 591 591 ? A 332.656 368.223 581.063 1 1 A GLU 0.790 1 ATOM 169 C CG . GLU 591 591 ? A 333.270 366.989 581.783 1 1 A GLU 0.790 1 ATOM 170 C CD . GLU 591 591 ? 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A 331.148 369.256 588.748 1 1 A ALA 0.830 1 ATOM 197 C CB . ALA 594 594 ? A 329.755 369.093 585.738 1 1 A ALA 0.830 1 ATOM 198 N N . ARG 595 595 ? A 332.683 369.505 587.150 1 1 A ARG 0.680 1 ATOM 199 C CA . ARG 595 595 ? A 333.830 369.228 588.015 1 1 A ARG 0.680 1 ATOM 200 C C . ARG 595 595 ? A 334.088 370.312 589.060 1 1 A ARG 0.680 1 ATOM 201 O O . ARG 595 595 ? A 334.384 370.004 590.211 1 1 A ARG 0.680 1 ATOM 202 C CB . ARG 595 595 ? A 335.139 369.047 587.218 1 1 A ARG 0.680 1 ATOM 203 C CG . ARG 595 595 ? A 335.168 367.793 586.334 1 1 A ARG 0.680 1 ATOM 204 C CD . ARG 595 595 ? A 336.435 367.780 585.487 1 1 A ARG 0.680 1 ATOM 205 N NE . ARG 595 595 ? A 336.431 366.520 584.684 1 1 A ARG 0.680 1 ATOM 206 C CZ . ARG 595 595 ? A 337.314 366.240 583.719 1 1 A ARG 0.680 1 ATOM 207 N NH1 . ARG 595 595 ? A 338.278 367.106 583.416 1 1 A ARG 0.680 1 ATOM 208 N NH2 . ARG 595 595 ? A 337.253 365.080 583.075 1 1 A ARG 0.680 1 ATOM 209 N N . ARG 596 596 ? 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It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. 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