data_SMR-8b6f0c604967ec9d1d67b33c3a16406b_3 _entry.id SMR-8b6f0c604967ec9d1d67b33c3a16406b_3 _struct.entry_id SMR-8b6f0c604967ec9d1d67b33c3a16406b_3 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - A2A4P0/ DHX8_MOUSE, ATP-dependent RNA helicase DHX8 Estimated model accuracy of this model is 0.04, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries A2A4P0' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 165186.581 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP DHX8_MOUSE A2A4P0 1 ;MAVAVAAAGVLMGSEPGPAEELAKLEYLSLVSKVCTELDNHLGINDKDLAEFVISLAEKNTTFDTFKASL VKNGAEFTDSLISNLLRLIQTMRPPAKPSTSKDPVVKPKTEKEKLRELFPVLCQPDNPSARTMLDEEDVK VAVDVLKELEALMPSAAGQEKQRDPEHRDRTKKKKRSRSRDRDRDRDRDRDRDRDRDRDRDKDRERDRDR ERDRERDRERDHKRRHRSRSRSHSRTRERTKGKSRYRSRSRSQSPFKDRKDREKYGERNLDRWRDKHVDR PPPEEPAIGDIYNGKVTSIMQFGCFVQLEGLRKRWEGLVHISELRREGRVANVADVVSKGQRVKVKVLSF TGTKTSLSMKDVDQETGEDLNPNRRRNLVGETNEETSMRNPDRPTHLSLVSAPEVEDDSLERKRLTRISD PEKWEIKQMIAANVLSKEEFPDFDEETGILPKVDDEEDEDLEIELVEEEPPFLRGHTKQSMDMSPIKIVK NPDGSLSQAAMMQSALAKERRELKQAQREAEMDSIPMGLNKHWVDPLPDAEGRQIAANMRGIGMMPNDIP EWKKHAFGGNKASYGKKTQMSILEQRESLPIYKLKEQLVQAVHDNQILIVIGETGSGKTTQITQYLAEAG YTSRGKIGCTQPRRVAAMSVAKRVSEEFGCCLGQEVGYTIRFEDCTSPETVIKYMTDGMLLRECLIDPDL TQYAIIMLDEAHERTIHTDVLFGLLKKTVQKRQDMKLIVTSATLDAVKFSQYFYEAPIFTIPGRTYPVEI LYTKEPETDYLDASLITVMQIHLTEPPGDILVFLTGQEEIDTACEILYERMKSLGPDVPELIILPVYSAL PSEMQTRIFDPAPPGSRKVVIATNIAETSLTIDGIYYVVDPGFVKQKVYNSKTGIDQLVVTPISQAQAKQ RAGRAGRTGPGKCYRLYTERAYRDEMLTTNVPEIQRTNLASTVLSLKAMGINDLLSFDFMDAPPMETLIT AMEQLYTLGALDDEGLLTRLGRRMAEFPLEPMLCKMLIMSVHLGCSEEMLTIVSMLSVQNVFYRPKDKQA LADQKKAKFHQTEGDHLTLLAVYNSWKNNKFSNPWCYENFIQARSLRRAQDIRKQMLGIMDRHKLDVVSC GKSTVRVQKAICSGFFRNAAKKDPQEGYRTLIDQQVVYIHPSSALFNRQPEWVVYHELVLTTKEYMREVT TIDPRWLVEFAPAFFKVSDPTKLSKQKKQQRLEPLYNRYEEPNAWRISRAFRRR ; 'ATP-dependent RNA helicase DHX8' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 1244 1 1244 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . DHX8_MOUSE A2A4P0 . 1 1244 10090 'Mus musculus (Mouse)' 2007-02-20 8FD07949CCCB4DD2 # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no A ;MAVAVAAAGVLMGSEPGPAEELAKLEYLSLVSKVCTELDNHLGINDKDLAEFVISLAEKNTTFDTFKASL VKNGAEFTDSLISNLLRLIQTMRPPAKPSTSKDPVVKPKTEKEKLRELFPVLCQPDNPSARTMLDEEDVK VAVDVLKELEALMPSAAGQEKQRDPEHRDRTKKKKRSRSRDRDRDRDRDRDRDRDRDRDRDKDRERDRDR ERDRERDRERDHKRRHRSRSRSHSRTRERTKGKSRYRSRSRSQSPFKDRKDREKYGERNLDRWRDKHVDR PPPEEPAIGDIYNGKVTSIMQFGCFVQLEGLRKRWEGLVHISELRREGRVANVADVVSKGQRVKVKVLSF TGTKTSLSMKDVDQETGEDLNPNRRRNLVGETNEETSMRNPDRPTHLSLVSAPEVEDDSLERKRLTRISD PEKWEIKQMIAANVLSKEEFPDFDEETGILPKVDDEEDEDLEIELVEEEPPFLRGHTKQSMDMSPIKIVK NPDGSLSQAAMMQSALAKERRELKQAQREAEMDSIPMGLNKHWVDPLPDAEGRQIAANMRGIGMMPNDIP EWKKHAFGGNKASYGKKTQMSILEQRESLPIYKLKEQLVQAVHDNQILIVIGETGSGKTTQITQYLAEAG 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_entity_poly_seq.hetero 1 1 MET . 1 2 ALA . 1 3 VAL . 1 4 ALA . 1 5 VAL . 1 6 ALA . 1 7 ALA . 1 8 ALA . 1 9 GLY . 1 10 VAL . 1 11 LEU . 1 12 MET . 1 13 GLY . 1 14 SER . 1 15 GLU . 1 16 PRO . 1 17 GLY . 1 18 PRO . 1 19 ALA . 1 20 GLU . 1 21 GLU . 1 22 LEU . 1 23 ALA . 1 24 LYS . 1 25 LEU . 1 26 GLU . 1 27 TYR . 1 28 LEU . 1 29 SER . 1 30 LEU . 1 31 VAL . 1 32 SER . 1 33 LYS . 1 34 VAL . 1 35 CYS . 1 36 THR . 1 37 GLU . 1 38 LEU . 1 39 ASP . 1 40 ASN . 1 41 HIS . 1 42 LEU . 1 43 GLY . 1 44 ILE . 1 45 ASN . 1 46 ASP . 1 47 LYS . 1 48 ASP . 1 49 LEU . 1 50 ALA . 1 51 GLU . 1 52 PHE . 1 53 VAL . 1 54 ILE . 1 55 SER . 1 56 LEU . 1 57 ALA . 1 58 GLU . 1 59 LYS . 1 60 ASN . 1 61 THR . 1 62 THR . 1 63 PHE . 1 64 ASP . 1 65 THR . 1 66 PHE . 1 67 LYS . 1 68 ALA . 1 69 SER . 1 70 LEU . 1 71 VAL . 1 72 LYS . 1 73 ASN . 1 74 GLY . 1 75 ALA . 1 76 GLU . 1 77 PHE . 1 78 THR . 1 79 ASP . 1 80 SER . 1 81 LEU . 1 82 ILE . 1 83 SER . 1 84 ASN . 1 85 LEU . 1 86 LEU . 1 87 ARG . 1 88 LEU . 1 89 ILE . 1 90 GLN . 1 91 THR . 1 92 MET . 1 93 ARG . 1 94 PRO . 1 95 PRO . 1 96 ALA . 1 97 LYS . 1 98 PRO . 1 99 SER . 1 100 THR . 1 101 SER . 1 102 LYS . 1 103 ASP . 1 104 PRO . 1 105 VAL . 1 106 VAL . 1 107 LYS . 1 108 PRO . 1 109 LYS . 1 110 THR . 1 111 GLU . 1 112 LYS . 1 113 GLU . 1 114 LYS . 1 115 LEU . 1 116 ARG . 1 117 GLU . 1 118 LEU . 1 119 PHE . 1 120 PRO . 1 121 VAL . 1 122 LEU . 1 123 CYS . 1 124 GLN . 1 125 PRO . 1 126 ASP . 1 127 ASN . 1 128 PRO . 1 129 SER . 1 130 ALA . 1 131 ARG . 1 132 THR . 1 133 MET . 1 134 LEU . 1 135 ASP . 1 136 GLU . 1 137 GLU . 1 138 ASP . 1 139 VAL . 1 140 LYS . 1 141 VAL . 1 142 ALA . 1 143 VAL . 1 144 ASP . 1 145 VAL . 1 146 LEU . 1 147 LYS . 1 148 GLU . 1 149 LEU . 1 150 GLU . 1 151 ALA . 1 152 LEU . 1 153 MET . 1 154 PRO . 1 155 SER . 1 156 ALA . 1 157 ALA . 1 158 GLY . 1 159 GLN . 1 160 GLU . 1 161 LYS . 1 162 GLN . 1 163 ARG . 1 164 ASP . 1 165 PRO . 1 166 GLU . 1 167 HIS . 1 168 ARG . 1 169 ASP . 1 170 ARG . 1 171 THR . 1 172 LYS . 1 173 LYS . 1 174 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A . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 2 SUBUNIT 1 {PDB ID=1kl9, label_asym_id=A, auth_asym_id=A, SMTL ID=1kl9.1.A}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 1kl9, label_asym_id=A' 'target-template alignment' . 4 'model 3' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-12-25 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-12-20 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A A 1 1 A # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;PGLSCRFYQHKFPEVEDVVMVNVRSIAEMGAYVSLLEYNNIEGMILLSELSRRRIRSINKLIRIGRNECV VVIRVDKEKGYIDLSKRRVSPEEAIKCEDKFTKSKTVYSILRHVAEVLEYTKDEQLESLFQRTAWVFDDK YKRPGYGAYDAFKHAVSDPSILDSLDLNEDEREVLINNINRR ; ;PGLSCRFYQHKFPEVEDVVMVNVRSIAEMGAYVSLLEYNNIEGMILLSELSRRRIRSINKLIRIGRNECV VVIRVDKEKGYIDLSKRRVSPEEAIKCEDKFTKSKTVYSILRHVAEVLEYTKDEQLESLFQRTAWVFDDK YKRPGYGAYDAFKHAVSDPSILDSLDLNEDEREVLINNINRR ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 11 93 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 1kl9 2024-10-16 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 1244 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 1246 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 1.2e-06 27.160 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MAVAVAAAGVLMGSEPGPAEELAKLEYLSLVSKVCTELDNHLGINDKDLAEFVISLAEKNTTFDTFKASLVKNGAEFTDSLISNLLRLIQTMRPPAKPSTSKDPVVKPKTEKEKLRELFPVLCQPDNPSARTMLDEEDVKVAVDVLKELEALMPSAAGQEKQRDPEHRDRTKKKKRSRSRDRDRDRDRDRDRDRDRDRDRDKDRERDRDRERDRERDRERDHKRRHRSRSRSHSRTRERTKGKSRYRSRSRSQSPFKDRKDREKYGERNLDRWRDKHVDRPPPEEPAIGDIYNGKVTSIMQFGCFVQLEGLRKRWEGLVHISELRREGRVANVADVVSKGQRVKVKVLSFTG--TKTSLSMKDVDQETGEDLNPNRRRNLVGETNEETSMRNPDRPTHLSLVSAPEVEDDSLERKRLTRISDPEKWEIKQMIAANVLSKEEFPDFDEETGILPKVDDEEDEDLEIELVEEEPPFLRGHTKQSMDMSPIKIVKNPDGSLSQAAMMQSALAKERRELKQAQREAEMDSIPMGLNKHWVDPLPDAEGRQIAANMRGIGMMPNDIPEWKKHAFGGNKASYGKKTQMSILEQRESLPIYKLKEQLVQAVHDNQILIVIGETGSGKTTQITQYLAEAGYTSRGKIGCTQPRRVAAMSVAKRVSEEFGCCLGQEVGYTIRFEDCTSPETVIKYMTDGMLLRECLIDPDLTQYAIIMLDEAHERTIHTDVLFGLLKKTVQKRQDMKLIVTSATLDAVKFSQYFYEAPIFTIPGRTYPVEILYTKEPETDYLDASLITVMQIHLTEPPGDILVFLTGQEEIDTACEILYERMKSLGPDVPELIILPVYSALPSEMQTRIFDPAPPGSRKVVIATNIAETSLTIDGIYYVVDPGFVKQKVYNSKTGIDQLVVTPISQAQAKQRAGRAGRTGPGKCYRLYTERAYRDEMLTTNVPEIQRTNLASTVLSLKAMGINDLLSFDFMDAPPMETLITAMEQLYTLGALDDEGLLTRLGRRMAEFPLEPMLCKMLIMSVHLGCSEEMLTIVSMLSVQNVFYRPKDKQALADQKKAKFHQTEGDHLTLLAVYNSWKNNKFSNPWCYENFIQARSLRRAQDIRKQMLGIMDRHKLDVVSCGKSTVRVQKAICSGFFRNAAKKDPQEGYRTLIDQQVVYIHPSSALFNRQPEWVVYHELVLTTKEYMREVTTIDPRWLVEFAPAFFKVSDPTKLSKQKKQQRLEPLYNRYEEPNAWRISRAFRRR 2 1 2 -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------KFPEVEDVVMVNVRSIAEMGAYVSLLEY-NNIEGMILLSELSR-RRIRSINKLIRIGRNECVVVIRVDKEKGYIDLSKRRVSPEE-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 1kl9.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 3' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . GLU 284 284 ? A 13.811 4.991 5.999 1 1 A GLU 0.600 1 ATOM 2 C CA . GLU 284 284 ? A 13.829 6.210 6.896 1 1 A GLU 0.600 1 ATOM 3 C C . GLU 284 284 ? A 12.603 7.043 6.703 1 1 A GLU 0.600 1 ATOM 4 O O . GLU 284 284 ? A 12.290 7.857 7.551 1 1 A GLU 0.600 1 ATOM 5 C CB . GLU 284 284 ? A 15.087 7.047 6.573 1 1 A GLU 0.600 1 ATOM 6 C CG . GLU 284 284 ? A 16.374 6.324 6.983 1 1 A GLU 0.600 1 ATOM 7 C CD . GLU 284 284 ? A 16.737 6.539 8.445 1 1 A GLU 0.600 1 ATOM 8 O OE1 . GLU 284 284 ? A 16.652 7.674 8.958 1 1 A GLU 0.600 1 ATOM 9 O OE2 . GLU 284 284 ? A 17.077 5.499 9.064 1 1 A GLU 0.600 1 ATOM 10 N N . GLU 285 285 ? A 11.874 6.837 5.585 1 1 A GLU 0.590 1 ATOM 11 C CA . GLU 285 285 ? A 10.706 7.589 5.290 1 1 A GLU 0.590 1 ATOM 12 C C . GLU 285 285 ? A 9.683 6.607 4.879 1 1 A GLU 0.590 1 ATOM 13 O O . GLU 285 285 ? A 9.973 5.530 4.324 1 1 A GLU 0.590 1 ATOM 14 C CB . GLU 285 285 ? A 10.866 8.505 4.068 1 1 A GLU 0.590 1 ATOM 15 C CG . GLU 285 285 ? A 11.884 9.606 4.342 1 1 A GLU 0.590 1 ATOM 16 C CD . GLU 285 285 ? A 11.402 10.651 5.356 1 1 A GLU 0.590 1 ATOM 17 O OE1 . GLU 285 285 ? A 10.185 10.708 5.664 1 1 A GLU 0.590 1 ATOM 18 O OE2 . GLU 285 285 ? A 12.285 11.371 5.889 1 1 A GLU 0.590 1 ATOM 19 N N . PRO 286 286 ? A 8.468 7.024 5.093 1 1 A PRO 0.730 1 ATOM 20 C CA . PRO 286 286 ? A 7.413 6.313 4.467 1 1 A PRO 0.730 1 ATOM 21 C C . PRO 286 286 ? A 7.091 6.499 3.001 1 1 A PRO 0.730 1 ATOM 22 O O . PRO 286 286 ? A 7.326 7.555 2.402 1 1 A PRO 0.730 1 ATOM 23 C CB . PRO 286 286 ? A 6.264 6.984 5.186 1 1 A PRO 0.730 1 ATOM 24 C CG . PRO 286 286 ? A 6.525 8.356 5.748 1 1 A PRO 0.730 1 ATOM 25 C CD . PRO 286 286 ? A 8.011 8.175 5.930 1 1 A PRO 0.730 1 ATOM 26 N N . ALA 287 287 ? A 6.374 5.487 2.431 1 1 A ALA 0.720 1 ATOM 27 C CA . ALA 287 287 ? A 5.857 5.649 1.113 1 1 A ALA 0.720 1 ATOM 28 C C . ALA 287 287 ? A 4.562 6.426 1.096 1 1 A ALA 0.720 1 ATOM 29 O O . ALA 287 287 ? A 3.691 6.329 1.956 1 1 A ALA 0.720 1 ATOM 30 C CB . ALA 287 287 ? A 5.664 4.286 0.441 1 1 A ALA 0.720 1 ATOM 31 N N . ILE 288 288 ? A 4.371 7.248 0.044 1 1 A ILE 0.760 1 ATOM 32 C CA . ILE 288 288 ? A 3.080 7.835 -0.272 1 1 A ILE 0.760 1 ATOM 33 C C . ILE 288 288 ? A 1.968 6.789 -0.264 1 1 A ILE 0.760 1 ATOM 34 O O . ILE 288 288 ? A 2.027 5.701 -0.828 1 1 A ILE 0.760 1 ATOM 35 C CB . ILE 288 288 ? A 3.080 8.638 -1.563 1 1 A ILE 0.760 1 ATOM 36 C CG1 . ILE 288 288 ? A 1.829 9.532 -1.686 1 1 A ILE 0.760 1 ATOM 37 C CG2 . ILE 288 288 ? A 3.238 7.684 -2.763 1 1 A ILE 0.760 1 ATOM 38 C CD1 . ILE 288 288 ? A 1.950 10.524 -2.831 1 1 A ILE 0.760 1 ATOM 39 N N . GLY 289 289 ? A 0.894 7.072 0.454 1 1 A GLY 0.730 1 ATOM 40 C CA . GLY 289 289 ? A -0.150 6.106 0.606 1 1 A GLY 0.730 1 ATOM 41 C C . GLY 289 289 ? A -0.099 5.207 1.768 1 1 A GLY 0.730 1 ATOM 42 O O . GLY 289 289 ? A -1.115 4.626 2.142 1 1 A GLY 0.730 1 ATOM 43 N N . ASP 290 290 ? A 1.028 5.115 2.444 1 1 A ASP 0.700 1 ATOM 44 C CA . ASP 290 290 ? A 1.056 4.372 3.658 1 1 A ASP 0.700 1 ATOM 45 C C . ASP 290 290 ? A 0.290 5.103 4.775 1 1 A ASP 0.700 1 ATOM 46 O O . ASP 290 290 ? A 0.126 6.330 4.819 1 1 A ASP 0.700 1 ATOM 47 C CB . ASP 290 290 ? A 2.488 4.247 4.049 1 1 A ASP 0.700 1 ATOM 48 C CG . ASP 290 290 ? A 3.386 3.320 3.277 1 1 A ASP 0.700 1 ATOM 49 O OD1 . ASP 290 290 ? A 2.864 2.456 2.551 1 1 A ASP 0.700 1 ATOM 50 O OD2 . ASP 290 290 ? A 4.644 3.514 3.441 1 1 A ASP 0.700 1 ATOM 51 N N . ILE 291 291 ? A -0.171 4.321 5.748 1 1 A ILE 0.720 1 ATOM 52 C CA . ILE 291 291 ? A -0.789 4.847 6.942 1 1 A ILE 0.720 1 ATOM 53 C C . ILE 291 291 ? A 0.194 4.754 8.053 1 1 A ILE 0.720 1 ATOM 54 O O . ILE 291 291 ? A 0.765 3.698 8.313 1 1 A ILE 0.720 1 ATOM 55 C CB . ILE 291 291 ? A -2.021 4.100 7.291 1 1 A ILE 0.720 1 ATOM 56 C CG1 . ILE 291 291 ? A -2.777 3.945 5.964 1 1 A ILE 0.720 1 ATOM 57 C CG2 . ILE 291 291 ? A -2.824 4.827 8.409 1 1 A ILE 0.720 1 ATOM 58 C CD1 . ILE 291 291 ? A -3.387 5.213 5.404 1 1 A ILE 0.720 1 ATOM 59 N N . TYR 292 292 ? A 0.429 5.875 8.745 1 1 A TYR 0.700 1 ATOM 60 C CA . TYR 292 292 ? A 1.471 5.940 9.742 1 1 A TYR 0.700 1 ATOM 61 C C . TYR 292 292 ? A 0.907 6.423 11.033 1 1 A TYR 0.700 1 ATOM 62 O O . TYR 292 292 ? A -0 7.246 11.083 1 1 A TYR 0.700 1 ATOM 63 C CB . TYR 292 292 ? A 2.617 6.910 9.386 1 1 A TYR 0.700 1 ATOM 64 C CG . TYR 292 292 ? A 3.512 6.170 8.492 1 1 A TYR 0.700 1 ATOM 65 C CD1 . TYR 292 292 ? A 4.659 5.433 8.923 1 1 A TYR 0.700 1 ATOM 66 C CD2 . TYR 292 292 ? A 3.176 6.219 7.163 1 1 A TYR 0.700 1 ATOM 67 C CE1 . TYR 292 292 ? A 5.347 4.619 8.005 1 1 A TYR 0.700 1 ATOM 68 C CE2 . TYR 292 292 ? A 3.978 5.516 6.264 1 1 A TYR 0.700 1 ATOM 69 C CZ . TYR 292 292 ? A 4.949 4.610 6.701 1 1 A TYR 0.700 1 ATOM 70 O OH . TYR 292 292 ? A 5.876 3.934 5.868 1 1 A TYR 0.700 1 ATOM 71 N N . ASN 293 293 ? A 1.486 5.931 12.147 1 1 A ASN 0.680 1 ATOM 72 C CA . ASN 293 293 ? A 1.152 6.378 13.484 1 1 A ASN 0.680 1 ATOM 73 C C . ASN 293 293 ? 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'normalized score' global . 6 # # loop_ _ma_qa_metric_global.ordinal_id _ma_qa_metric_global.model_id _ma_qa_metric_global.metric_id _ma_qa_metric_global.metric_value 1 1 2 0.605 2 1 3 0.040 # # loop_ _ma_qa_metric_local.ordinal_id _ma_qa_metric_local.model_id _ma_qa_metric_local.label_asym_id _ma_qa_metric_local.label_seq_id _ma_qa_metric_local.label_comp_id _ma_qa_metric_local.metric_id _ma_qa_metric_local.metric_value 1 1 A 284 GLU 1 0.600 2 1 A 285 GLU 1 0.590 3 1 A 286 PRO 1 0.730 4 1 A 287 ALA 1 0.720 5 1 A 288 ILE 1 0.760 6 1 A 289 GLY 1 0.730 7 1 A 290 ASP 1 0.700 8 1 A 291 ILE 1 0.720 9 1 A 292 TYR 1 0.700 10 1 A 293 ASN 1 0.680 11 1 A 294 GLY 1 0.720 12 1 A 295 LYS 1 0.640 13 1 A 296 VAL 1 0.710 14 1 A 297 THR 1 0.760 15 1 A 298 SER 1 0.730 16 1 A 299 ILE 1 0.640 17 1 A 300 MET 1 0.530 18 1 A 301 GLN 1 0.410 19 1 A 302 PHE 1 0.470 20 1 A 303 GLY 1 0.700 21 1 A 304 CYS 1 0.710 22 1 A 305 PHE 1 0.720 23 1 A 306 VAL 1 0.670 24 1 A 307 GLN 1 0.670 25 1 A 308 LEU 1 0.700 26 1 A 309 GLU 1 0.650 27 1 A 310 GLY 1 0.600 28 1 A 311 LEU 1 0.590 29 1 A 312 ARG 1 0.480 30 1 A 313 LYS 1 0.570 31 1 A 314 ARG 1 0.510 32 1 A 315 TRP 1 0.610 33 1 A 316 GLU 1 0.710 34 1 A 317 GLY 1 0.740 35 1 A 318 LEU 1 0.700 36 1 A 319 VAL 1 0.690 37 1 A 320 HIS 1 0.650 38 1 A 321 ILE 1 0.600 39 1 A 322 SER 1 0.650 40 1 A 323 GLU 1 0.700 41 1 A 324 LEU 1 0.600 42 1 A 325 ARG 1 0.450 43 1 A 326 ARG 1 0.390 44 1 A 327 GLU 1 0.450 45 1 A 328 GLY 1 0.440 46 1 A 329 ARG 1 0.380 47 1 A 330 VAL 1 0.400 48 1 A 331 ALA 1 0.410 49 1 A 332 ASN 1 0.350 50 1 A 333 VAL 1 0.320 51 1 A 334 ALA 1 0.280 52 1 A 335 ASP 1 0.360 53 1 A 336 VAL 1 0.540 54 1 A 337 VAL 1 0.500 55 1 A 338 SER 1 0.550 56 1 A 339 LYS 1 0.590 57 1 A 340 GLY 1 0.670 58 1 A 341 GLN 1 0.590 59 1 A 342 ARG 1 0.590 60 1 A 343 VAL 1 0.630 61 1 A 344 LYS 1 0.640 62 1 A 345 VAL 1 0.680 63 1 A 346 LYS 1 0.690 64 1 A 347 VAL 1 0.760 65 1 A 348 LEU 1 0.770 66 1 A 349 SER 1 0.750 67 1 A 350 PHE 1 0.720 68 1 A 351 THR 1 0.640 69 1 A 352 GLY 1 0.600 70 1 A 353 THR 1 0.540 71 1 A 354 LYS 1 0.630 72 1 A 355 THR 1 0.690 73 1 A 356 SER 1 0.740 74 1 A 357 LEU 1 0.690 75 1 A 358 SER 1 0.730 76 1 A 359 MET 1 0.670 77 1 A 360 LYS 1 0.640 78 1 A 361 ASP 1 0.730 79 1 A 362 VAL 1 0.660 80 1 A 363 ASP 1 0.520 81 1 A 364 GLN 1 0.350 82 1 A 365 GLU 1 0.310 83 1 A 366 THR 1 0.430 # # loop_ _pdbx_data_usage.id _pdbx_data_usage.type _pdbx_data_usage.details _pdbx_data_usage.url 1 license ;This SWISS-MODEL protein model is copyright. It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. 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All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #