data_SMR-afd2264c5b6f08387cde7dada9541e57_5 _entry.id SMR-afd2264c5b6f08387cde7dada9541e57_5 _struct.entry_id SMR-afd2264c5b6f08387cde7dada9541e57_5 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - Q922B9/ ITPI2_MOUSE, Protein ITPRID2 Estimated model accuracy of this model is 0.011, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries Q922B9' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 159650.454 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP ITPI2_MOUSE Q922B9 1 ;MNRPLSAEAEEELEWQVASRRRKAWAKCRSSWQASETEDLSTETTTQDEDEDDEEDLPGTKLPAPAGRGN VPNEKIAIWLKDCRTPLGASLDEQSSGTPKGVLVRNGGSFEDDLSLGAEANHLHEPDAQVENCNNILAKE RRLQFHQKGRSMNSTGSGKSSGTVSSVSELLELYEEDPEEILYNLGFGRDEPDIASKIPSRFFNSSSFAR GIDIKVFLSAQMQRMEVENPNYALTSRFRQIEVLTTVANAFSSLYSQVSGTPLQRIGSMSSVTSTKEVAD SPPPLTRSNTANRLMKTLSKLNLCVDKTEKGEGGSSPATEKGRTLSISLSEDGGGGKSDPKLQKVVKKKE SSSMLATVTEEVSGSSSTVTDSVDADRLSEEADSTISHQEESEESREAHSQEKDPLRKSAVTDPDLGHDG RVSSHCELESSSELKSAQASSSEKEPCAPLTIPSIRNIMTQQKDSFEMEEVQSTEGEAPHVPATCQLSLA KSKRDHLLRTASQHSDSSGFAEDSTDCVSLNHLLVNESLQAMGSSADSCDSETTVTSLGEDHVTPTAQDQ PYFNESEEESLAPLQKGRAKVEIVAEKRKADNQDFPQCVTAENAGNNESTKGPCEPGHQITETGEHPPLA ATGELPREESVESDVEKGSECEFAQYTTHHILRSLASFEAQGSGMSSEKKTGFPSSVDRVNTALQRAQMK VCSMSGQRVGRSLIKSKDLLKQRYLLAKAGYPLRRSQSLPTTLLSPVRVVSSVNVRLSPGKETRCSPPSF TYKYTPEEEQDLEKQGTEHDGQSLVKSTIFIPPPSVKKEEAPQSEGTRLEECHHGRLAPCPQFAPISQST CSLHSVHSEWQDRPLCEHMRTLSAHSVPNISGAACSAFSPFGCPYSHRHAAHPYRACSVNPPSAIEMQLR RVLHDIRSSLQNLSQYPMTRGPDLAAAPYSTQNSSVLPLYENTFQELQVVRRSLNLFRTQMMDLELAMLR QQTVVYPHMTEEDRYEVDQLQGLRNSVRMELQDLEMQLEERLLGLDEQLRAVRVPSPFRPSALPGMCGSR SVDNLSCPSPLNVMEPVTELIREQSYLKSELGLGLGDMAYEIPPGESSESVFSQATSESSSVCSSPSHTN RRSRGLPGSKPRARLVARKKIFRASVALTPTAPSRTGSVQTPPDLESSEEAGGAEEASPVVGLASHVEEE PEDLSLMPAAEEMHRNVEQDELQQVIREIKESIVGEIRREIVSGLLAAVSSSKAPGPKQDSH ; 'Protein ITPRID2' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 1252 1 1252 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . ITPI2_MOUSE Q922B9 . 1 1252 10090 'Mus musculus (Mouse)' 2011-07-27 2FA8C5874C1A573E # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no M ;MNRPLSAEAEEELEWQVASRRRKAWAKCRSSWQASETEDLSTETTTQDEDEDDEEDLPGTKLPAPAGRGN VPNEKIAIWLKDCRTPLGASLDEQSSGTPKGVLVRNGGSFEDDLSLGAEANHLHEPDAQVENCNNILAKE RRLQFHQKGRSMNSTGSGKSSGTVSSVSELLELYEEDPEEILYNLGFGRDEPDIASKIPSRFFNSSSFAR GIDIKVFLSAQMQRMEVENPNYALTSRFRQIEVLTTVANAFSSLYSQVSGTPLQRIGSMSSVTSTKEVAD SPPPLTRSNTANRLMKTLSKLNLCVDKTEKGEGGSSPATEKGRTLSISLSEDGGGGKSDPKLQKVVKKKE SSSMLATVTEEVSGSSSTVTDSVDADRLSEEADSTISHQEESEESREAHSQEKDPLRKSAVTDPDLGHDG RVSSHCELESSSELKSAQASSSEKEPCAPLTIPSIRNIMTQQKDSFEMEEVQSTEGEAPHVPATCQLSLA KSKRDHLLRTASQHSDSSGFAEDSTDCVSLNHLLVNESLQAMGSSADSCDSETTVTSLGEDHVTPTAQDQ PYFNESEEESLAPLQKGRAKVEIVAEKRKADNQDFPQCVTAENAGNNESTKGPCEPGHQITETGEHPPLA 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_entity_poly_seq.hetero 1 1 MET . 1 2 ASN . 1 3 ARG . 1 4 PRO . 1 5 LEU . 1 6 SER . 1 7 ALA . 1 8 GLU . 1 9 ALA . 1 10 GLU . 1 11 GLU . 1 12 GLU . 1 13 LEU . 1 14 GLU . 1 15 TRP . 1 16 GLN . 1 17 VAL . 1 18 ALA . 1 19 SER . 1 20 ARG . 1 21 ARG . 1 22 ARG . 1 23 LYS . 1 24 ALA . 1 25 TRP . 1 26 ALA . 1 27 LYS . 1 28 CYS . 1 29 ARG . 1 30 SER . 1 31 SER . 1 32 TRP . 1 33 GLN . 1 34 ALA . 1 35 SER . 1 36 GLU . 1 37 THR . 1 38 GLU . 1 39 ASP . 1 40 LEU . 1 41 SER . 1 42 THR . 1 43 GLU . 1 44 THR . 1 45 THR . 1 46 THR . 1 47 GLN . 1 48 ASP . 1 49 GLU . 1 50 ASP . 1 51 GLU . 1 52 ASP . 1 53 ASP . 1 54 GLU . 1 55 GLU . 1 56 ASP . 1 57 LEU . 1 58 PRO . 1 59 GLY . 1 60 THR . 1 61 LYS . 1 62 LEU . 1 63 PRO . 1 64 ALA . 1 65 PRO . 1 66 ALA . 1 67 GLY . 1 68 ARG . 1 69 GLY . 1 70 ASN . 1 71 VAL . 1 72 PRO . 1 73 ASN . 1 74 GLU . 1 75 LYS . 1 76 ILE . 1 77 ALA . 1 78 ILE . 1 79 TRP . 1 80 LEU . 1 81 LYS . 1 82 ASP . 1 83 CYS . 1 84 ARG . 1 85 THR . 1 86 PRO . 1 87 LEU . 1 88 GLY . 1 89 ALA . 1 90 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A 1 1020 GLU 1020 ? ? ? M . A 1 1021 ARG 1021 ? ? ? M . A 1 1022 LEU 1022 ? ? ? M . A 1 1023 LEU 1023 ? ? ? M . A 1 1024 GLY 1024 ? ? ? M . A 1 1025 LEU 1025 ? ? ? M . A 1 1026 ASP 1026 ? ? ? M . A 1 1027 GLU 1027 ? ? ? M . A 1 1028 GLN 1028 ? ? ? M . A 1 1029 LEU 1029 ? ? ? M . A 1 1030 ARG 1030 ? ? ? M . A 1 1031 ALA 1031 ? ? ? M . A 1 1032 VAL 1032 ? ? ? M . A 1 1033 ARG 1033 ? ? ? M . A 1 1034 VAL 1034 ? ? ? M . A 1 1035 PRO 1035 ? ? ? M . A 1 1036 SER 1036 ? ? ? M . A 1 1037 PRO 1037 ? ? ? M . A 1 1038 PHE 1038 ? ? ? M . A 1 1039 ARG 1039 ? ? ? M . A 1 1040 PRO 1040 ? ? ? M . A 1 1041 SER 1041 ? ? ? M . A 1 1042 ALA 1042 ? ? ? M . A 1 1043 LEU 1043 ? ? ? M . A 1 1044 PRO 1044 ? ? ? M . A 1 1045 GLY 1045 ? ? ? M . A 1 1046 MET 1046 ? ? ? M . A 1 1047 CYS 1047 ? ? ? M . A 1 1048 GLY 1048 ? ? ? M . A 1 1049 SER 1049 ? ? ? M . A 1 1050 ARG 1050 ? ? ? M . A 1 1051 SER 1051 ? ? ? M . A 1 1052 VAL 1052 ? ? ? M . A 1 1053 ASP 1053 ? ? ? M . A 1 1054 ASN 1054 ? ? ? M . A 1 1055 LEU 1055 ? ? ? M . A 1 1056 SER 1056 ? ? ? M . A 1 1057 CYS 1057 ? ? ? M . A 1 1058 PRO 1058 ? ? ? M . A 1 1059 SER 1059 ? ? ? M . A 1 1060 PRO 1060 ? ? ? M . A 1 1061 LEU 1061 ? ? ? M . A 1 1062 ASN 1062 ? ? ? M . A 1 1063 VAL 1063 ? ? ? M . A 1 1064 MET 1064 ? ? ? M . A 1 1065 GLU 1065 ? ? ? M . A 1 1066 PRO 1066 ? ? ? M . A 1 1067 VAL 1067 ? ? ? M . A 1 1068 THR 1068 ? ? ? M . A 1 1069 GLU 1069 ? ? ? M . A 1 1070 LEU 1070 ? ? ? M . A 1 1071 ILE 1071 ? ? ? M . A 1 1072 ARG 1072 ? ? ? M . A 1 1073 GLU 1073 ? ? ? M . A 1 1074 GLN 1074 ? ? ? M . A 1 1075 SER 1075 ? ? ? M . A 1 1076 TYR 1076 ? ? ? M . A 1 1077 LEU 1077 ? ? ? M . A 1 1078 LYS 1078 ? ? ? M . A 1 1079 SER 1079 ? ? ? M . A 1 1080 GLU 1080 ? ? ? M . A 1 1081 LEU 1081 ? ? ? M . A 1 1082 GLY 1082 ? ? ? M . A 1 1083 LEU 1083 ? ? ? M . A 1 1084 GLY 1084 ? ? ? M . A 1 1085 LEU 1085 ? ? ? M . A 1 1086 GLY 1086 ? ? ? M . A 1 1087 ASP 1087 ? ? ? M . A 1 1088 MET 1088 ? ? ? M . A 1 1089 ALA 1089 ? ? ? M . 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A 1 1125 GLY 1125 ? ? ? M . A 1 1126 LEU 1126 ? ? ? M . A 1 1127 PRO 1127 ? ? ? M . A 1 1128 GLY 1128 ? ? ? M . A 1 1129 SER 1129 ? ? ? M . A 1 1130 LYS 1130 ? ? ? M . A 1 1131 PRO 1131 ? ? ? M . A 1 1132 ARG 1132 ? ? ? M . A 1 1133 ALA 1133 ? ? ? M . A 1 1134 ARG 1134 ? ? ? M . A 1 1135 LEU 1135 ? ? ? M . A 1 1136 VAL 1136 ? ? ? M . A 1 1137 ALA 1137 ? ? ? M . A 1 1138 ARG 1138 ? ? ? M . A 1 1139 LYS 1139 ? ? ? M . A 1 1140 LYS 1140 ? ? ? M . A 1 1141 ILE 1141 ? ? ? M . A 1 1142 PHE 1142 ? ? ? M . A 1 1143 ARG 1143 ? ? ? M . A 1 1144 ALA 1144 ? ? ? M . A 1 1145 SER 1145 ? ? ? M . A 1 1146 VAL 1146 ? ? ? M . A 1 1147 ALA 1147 ? ? ? M . A 1 1148 LEU 1148 ? ? ? M . A 1 1149 THR 1149 ? ? ? M . A 1 1150 PRO 1150 ? ? ? M . A 1 1151 THR 1151 ? ? ? M . A 1 1152 ALA 1152 ? ? ? M . A 1 1153 PRO 1153 ? ? ? M . A 1 1154 SER 1154 ? ? ? M . A 1 1155 ARG 1155 ? ? ? M . A 1 1156 THR 1156 ? ? ? M . A 1 1157 GLY 1157 ? ? ? M . A 1 1158 SER 1158 ? ? ? M . A 1 1159 VAL 1159 ? ? ? M . 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A 1 1195 SER 1195 ? ? ? M . A 1 1196 LEU 1196 ? ? ? M . A 1 1197 MET 1197 ? ? ? M . A 1 1198 PRO 1198 ? ? ? M . A 1 1199 ALA 1199 ? ? ? M . A 1 1200 ALA 1200 ? ? ? M . A 1 1201 GLU 1201 ? ? ? M . A 1 1202 GLU 1202 ? ? ? M . A 1 1203 MET 1203 ? ? ? M . A 1 1204 HIS 1204 ? ? ? M . A 1 1205 ARG 1205 ? ? ? M . A 1 1206 ASN 1206 ? ? ? M . A 1 1207 VAL 1207 ? ? ? M . A 1 1208 GLU 1208 ? ? ? M . A 1 1209 GLN 1209 ? ? ? M . A 1 1210 ASP 1210 ? ? ? M . A 1 1211 GLU 1211 ? ? ? M . A 1 1212 LEU 1212 ? ? ? M . A 1 1213 GLN 1213 ? ? ? M . A 1 1214 GLN 1214 ? ? ? M . A 1 1215 VAL 1215 ? ? ? M . A 1 1216 ILE 1216 ? ? ? M . A 1 1217 ARG 1217 ? ? ? M . A 1 1218 GLU 1218 ? ? ? M . A 1 1219 ILE 1219 ? ? ? M . A 1 1220 LYS 1220 ? ? ? M . A 1 1221 GLU 1221 ? ? ? M . A 1 1222 SER 1222 ? ? ? M . A 1 1223 ILE 1223 ? ? ? M . A 1 1224 VAL 1224 ? ? ? M . A 1 1225 GLY 1225 ? ? ? M . A 1 1226 GLU 1226 ? ? ? M . A 1 1227 ILE 1227 ? ? ? M . A 1 1228 ARG 1228 ? ? ? M . A 1 1229 ARG 1229 ? ? ? M . A 1 1230 GLU 1230 ? ? ? M . A 1 1231 ILE 1231 ? ? ? M . A 1 1232 VAL 1232 ? ? ? M . A 1 1233 SER 1233 ? ? ? M . A 1 1234 GLY 1234 ? ? ? M . A 1 1235 LEU 1235 ? ? ? M . A 1 1236 LEU 1236 ? ? ? M . A 1 1237 ALA 1237 ? ? ? M . A 1 1238 ALA 1238 ? ? ? M . A 1 1239 VAL 1239 ? ? ? M . A 1 1240 SER 1240 ? ? ? M . A 1 1241 SER 1241 ? ? ? M . A 1 1242 SER 1242 ? ? ? M . A 1 1243 LYS 1243 ? ? ? M . A 1 1244 ALA 1244 ? ? ? M . A 1 1245 PRO 1245 ? ? ? M . A 1 1246 GLY 1246 ? ? ? M . A 1 1247 PRO 1247 ? ? ? M . A 1 1248 LYS 1248 ? ? ? M . A 1 1249 GLN 1249 ? ? ? M . A 1 1250 ASP 1250 ? ? ? M . A 1 1251 SER 1251 ? ? ? M . A 1 1252 HIS 1252 ? ? ? M . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN NUP58 {PDB ID=5ijn, label_asym_id=M, auth_asym_id=M, SMTL ID=5ijn.1.M}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 5ijn, label_asym_id=M' 'target-template alignment' . 4 'model 5' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-12-25 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-12-20 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A M 5 1 M # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;MSTGFSFGSGTLGSTTVAAGGTSTGGVFSFGTGASSNPSVGLNFGNLGSTSTPATTSAPSSGFGTGLFGS KPATGFTLGGTNTGIATTITTGLTLGTPATTSAATTGFSLGFNKPAASATPFALPITSTSASGLTLSSAL TSTPAASTGFTLNNLGGTTATTTTASTGLSLGGALAGLGGSLFQSTNTGTSGLGQNALGLTLGTTAATST AGNEGLGGIDFSSSSDKKSDKTGTRPEDSKALKDENLPPVICQDVENLQKFVKEQKQVQEEISRMSSKAM LKVQEDIKALKQLLSLAANGIQRNTLNIDKLKIETAQELKNAEIALRTQKTPPGLQHEYAAPADYFRILV QQFEVQLQQYRQQIEELENHLATQANNSHITPQDLSMAMQKIYQTFVALAAQLQSIHENVKVLKEQYLGY RKMFLGDAVDVFETRRAEAKKWQNTPRVTTGPTPFSTMPNAAAVAMAATLTQQQQPATGPQPSLGVSFGT PFGSGIGTGLQSSGLGSSNLGGFGTSSGFGCSTTGASTFGFGTTNKPSGSLSAGFGSSSTSGFNFSNPGI TASAGLTFGVSNPASAGFGTGGQLLQLKKPPAGNKRGKR ; ;MSTGFSFGSGTLGSTTVAAGGTSTGGVFSFGTGASSNPSVGLNFGNLGSTSTPATTSAPSSGFGTGLFGS KPATGFTLGGTNTGIATTITTGLTLGTPATTSAATTGFSLGFNKPAASATPFALPITSTSASGLTLSSAL TSTPAASTGFTLNNLGGTTATTTTASTGLSLGGALAGLGGSLFQSTNTGTSGLGQNALGLTLGTTAATST AGNEGLGGIDFSSSSDKKSDKTGTRPEDSKALKDENLPPVICQDVENLQKFVKEQKQVQEEISRMSSKAM LKVQEDIKALKQLLSLAANGIQRNTLNIDKLKIETAQELKNAEIALRTQKTPPGLQHEYAAPADYFRILV QQFEVQLQQYRQQIEELENHLATQANNSHITPQDLSMAMQKIYQTFVALAAQLQSIHENVKVLKEQYLGY RKMFLGDAVDVFETRRAEAKKWQNTPRVTTGPTPFSTMPNAAAVAMAATLTQQQQPATGPQPSLGVSFGT PFGSGIGTGLQSSGLGSSNLGGFGTSSGFGCSTTGASTFGFGTTNKPSGSLSAGFGSSSTSGFNFSNPGI TASAGLTFGVSNPASAGFGTGGQLLQLKKPPAGNKRGKR ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 351 411 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 5ijn 2024-05-08 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 1252 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 1253 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 120.000 20.000 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MNRPLSAEAEEELEWQVASRRRKAWAKCRSSWQASETEDLSTETTTQDEDEDDEEDLPGTKLPAPAGRGNVPNEKIAIWLKDCRTPLGASLDEQSSGTPKGVLVRNGGSFEDDLSLGAEANHLHEPDAQVENCNNILAKERRLQFHQKGRSMNSTGSGKSSGTVSSVSELLELYEEDPEEILYNLGFGRDEPDIASKIPSRFFNSSSFARGIDIKVFLSAQMQRMEVENPNYALTSRFRQIEVLTTVANAFSSLYSQVSGTPLQRIGSMSSVTSTKEVADSPPPLTRSNTANRLMKTLSKLNLCVDKTEKGEGGSSPATEKGRTLSISLSEDGGGGKSDPKLQKVVKKKESSSMLATVTEEVSGSSSTVTDSVDADRLSEEADSTISHQEESEESREAHSQEKDPLRKSAVTDPDLGHDGRVSSHCELESSSELKSAQASSSEKEPCAPLTIPSIRNIMTQQKDSFEMEEVQSTEGEAPHVPATCQLSLAKSKRDHLLRTASQHSDSSGFAEDSTDCVSLNHLLVNESLQAMGSSADSCDSETTVTSLGEDHVTPTAQDQPYFNESEEESLAPLQKGRAKVEIVAEKRKADNQDFPQCVTAENAGNNESTKGPCEPGHQITETGEHPPLAATGELPREESVESDVEKGSECEFAQYTTHHILRSLASFEAQGSGMSSEKKTGFPSSVDRVNTALQRAQMKVCSMSGQRVGRSLIKSKDLLKQRYLLAKAGYPLRRSQSLPTTLLSPVRVVSSVNVRLSPGKETRCSPPSFTYKYTPEEEQDLEKQGTEHDGQSLVKSTIFIPPPSVKKEEAPQSEGTRLEECHHGRLAPCPQFAPISQSTCSLHSVHSEWQDRPLCEHMRTLSAHSVPNISGAACSAFSPFGCPYSHRHAAHPYRACSVNPPSAIEMQLRRVLHDIRSSLQNLSQYPMTRGPDLAAAPYSTQNSSVLPLYENTFQELQVVRRSLNLFRTQMMDLELAMLRQQTVVYPHMTEEDRYE-VDQLQGLRNSVRMELQDLEMQLEERLLGLDEQLRAVRVPSPFRPSALPGMCGSRSVDNLSCPSPLNVMEPVTELIREQSYLKSELGLGLGDMAYEIPPGESSESVFSQATSESSSVCSSPSHTNRRSRGLPGSKPRARLVARKKIFRASVALTPTAPSRTGSVQTPPDLESSEEAGGAEEASPVVGLASHVEEEPEDLSLMPAAEEMHRNVEQDELQQVIREIKESIVGEIRREIVSGLLAAVSSSKAPGPKQDSH 2 1 2 ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------QQFEVQLQQYRQQIEELENHLATQANN--SHITPQDLSMAMQKIYQTFVALAAQLQSIHENVK----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL {QSQE=0.000}' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 5ijn.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 5' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . GLN 958 958 ? A 975.045 700.053 753.924 1 1 M GLN 0.280 1 ATOM 2 C CA . GLN 958 958 ? A 975.629 701.184 753.089 1 1 M GLN 0.280 1 ATOM 3 C C . GLN 958 958 ? A 975.387 702.600 753.594 1 1 M GLN 0.280 1 ATOM 4 O O . GLN 958 958 ? A 976.321 703.379 753.617 1 1 M GLN 0.280 1 ATOM 5 C CB . GLN 958 958 ? A 975.200 701.112 751.589 1 1 M GLN 0.280 1 ATOM 6 C CG . GLN 958 958 ? A 976.054 702.003 750.629 1 1 M GLN 0.280 1 ATOM 7 C CD . GLN 958 958 ? A 977.513 701.536 750.542 1 1 M GLN 0.280 1 ATOM 8 O OE1 . GLN 958 958 ? A 977.867 700.428 750.937 1 1 M GLN 0.280 1 ATOM 9 N NE2 . GLN 958 958 ? A 978.408 702.428 750.053 1 1 M GLN 0.280 1 ATOM 10 N N . VAL 959 959 ? A 974.147 702.924 754.060 1 1 M VAL 0.300 1 ATOM 11 C CA . VAL 959 959 ? A 973.761 704.194 754.688 1 1 M VAL 0.300 1 ATOM 12 C C . VAL 959 959 ? A 974.744 704.569 755.790 1 1 M VAL 0.300 1 ATOM 13 O O . VAL 959 959 ? A 975.419 705.593 755.740 1 1 M VAL 0.300 1 ATOM 14 C CB . VAL 959 959 ? A 972.373 704.049 755.310 1 1 M VAL 0.300 1 ATOM 15 C CG1 . VAL 959 959 ? A 972.003 705.316 756.114 1 1 M VAL 0.300 1 ATOM 16 C CG2 . VAL 959 959 ? A 971.313 703.792 754.217 1 1 M VAL 0.300 1 ATOM 17 N N . VAL 960 960 ? A 974.912 703.654 756.772 1 1 M VAL 0.440 1 ATOM 18 C CA . VAL 960 960 ? A 975.756 703.834 757.941 1 1 M VAL 0.440 1 ATOM 19 C C . VAL 960 960 ? A 977.241 703.952 757.632 1 1 M VAL 0.440 1 ATOM 20 O O . VAL 960 960 ? A 977.978 704.646 758.322 1 1 M VAL 0.440 1 ATOM 21 C CB . VAL 960 960 ? A 975.536 702.723 758.966 1 1 M VAL 0.440 1 ATOM 22 C CG1 . VAL 960 960 ? A 976.473 702.900 760.186 1 1 M VAL 0.440 1 ATOM 23 C CG2 . VAL 960 960 ? A 974.065 702.768 759.432 1 1 M VAL 0.440 1 ATOM 24 N N . ARG 961 961 ? A 977.736 703.277 756.568 1 1 M ARG 0.380 1 ATOM 25 C CA . ARG 961 961 ? A 979.160 703.221 756.249 1 1 M ARG 0.380 1 ATOM 26 C C . ARG 961 961 ? A 979.763 704.611 756.052 1 1 M ARG 0.380 1 ATOM 27 O O . ARG 961 961 ? A 980.838 704.939 756.535 1 1 M ARG 0.380 1 ATOM 28 C CB . ARG 961 961 ? A 979.412 702.429 754.934 1 1 M ARG 0.380 1 ATOM 29 C CG . ARG 961 961 ? A 979.131 700.911 754.975 1 1 M ARG 0.380 1 ATOM 30 C CD . ARG 961 961 ? A 979.383 700.260 753.605 1 1 M ARG 0.380 1 ATOM 31 N NE . ARG 961 961 ? A 980.843 700.012 753.429 1 1 M ARG 0.380 1 ATOM 32 C CZ . ARG 961 961 ? A 981.403 699.714 752.246 1 1 M ARG 0.380 1 ATOM 33 N NH1 . ARG 961 961 ? A 980.699 699.688 751.117 1 1 M ARG 0.380 1 ATOM 34 N NH2 . ARG 961 961 ? A 982.699 699.411 752.197 1 1 M ARG 0.380 1 ATOM 35 N N . ARG 962 962 ? A 979.012 705.474 755.343 1 1 M ARG 0.430 1 ATOM 36 C CA . ARG 962 962 ? A 979.309 706.884 755.229 1 1 M ARG 0.430 1 ATOM 37 C C . ARG 962 962 ? A 979.080 707.691 756.496 1 1 M ARG 0.430 1 ATOM 38 O O . ARG 962 962 ? A 979.842 708.607 756.787 1 1 M ARG 0.430 1 ATOM 39 C CB . ARG 962 962 ? A 978.447 707.516 754.135 1 1 M ARG 0.430 1 ATOM 40 C CG . ARG 962 962 ? A 978.744 706.984 752.730 1 1 M ARG 0.430 1 ATOM 41 C CD . ARG 962 962 ? A 977.838 707.697 751.739 1 1 M ARG 0.430 1 ATOM 42 N NE . ARG 962 962 ? A 978.162 707.160 750.384 1 1 M ARG 0.430 1 ATOM 43 C CZ . ARG 962 962 ? A 977.461 707.488 749.292 1 1 M ARG 0.430 1 ATOM 44 N NH1 . ARG 962 962 ? A 976.421 708.311 749.369 1 1 M ARG 0.430 1 ATOM 45 N NH2 . ARG 962 962 ? A 977.812 707.005 748.103 1 1 M ARG 0.430 1 ATOM 46 N N . SER 963 963 ? A 978.033 707.385 757.287 1 1 M SER 0.580 1 ATOM 47 C CA . SER 963 963 ? A 977.763 708.027 758.575 1 1 M SER 0.580 1 ATOM 48 C C . SER 963 963 ? A 978.885 707.878 759.593 1 1 M SER 0.580 1 ATOM 49 O O . SER 963 963 ? A 979.175 708.795 760.352 1 1 M SER 0.580 1 ATOM 50 C CB . SER 963 963 ? A 976.469 707.535 759.273 1 1 M SER 0.580 1 ATOM 51 O OG . SER 963 963 ? A 975.332 707.685 758.425 1 1 M SER 0.580 1 ATOM 52 N N . LEU 964 964 ? A 979.582 706.720 759.617 1 1 M LEU 0.540 1 ATOM 53 C CA . LEU 964 964 ? A 980.825 706.561 760.369 1 1 M LEU 0.540 1 ATOM 54 C C . LEU 964 964 ? A 981.944 707.478 759.911 1 1 M LEU 0.540 1 ATOM 55 O O . LEU 964 964 ? A 982.687 708.040 760.715 1 1 M LEU 0.540 1 ATOM 56 C CB . LEU 964 964 ? A 981.426 705.146 760.237 1 1 M LEU 0.540 1 ATOM 57 C CG . LEU 964 964 ? A 980.630 704.001 760.872 1 1 M LEU 0.540 1 ATOM 58 C CD1 . LEU 964 964 ? A 981.401 702.702 760.583 1 1 M LEU 0.540 1 ATOM 59 C CD2 . LEU 964 964 ? A 980.472 704.210 762.386 1 1 M LEU 0.540 1 ATOM 60 N N . ASN 965 965 ? A 982.093 707.655 758.580 1 1 M ASN 0.560 1 ATOM 61 C CA . ASN 965 965 ? A 983.033 708.609 758.014 1 1 M ASN 0.560 1 ATOM 62 C C . ASN 965 965 ? A 982.724 710.024 758.424 1 1 M ASN 0.560 1 ATOM 63 O O . ASN 965 965 ? A 983.629 710.758 758.783 1 1 M ASN 0.560 1 ATOM 64 C CB . ASN 965 965 ? A 983.115 708.599 756.466 1 1 M ASN 0.560 1 ATOM 65 C CG . ASN 965 965 ? A 983.746 707.313 755.959 1 1 M ASN 0.560 1 ATOM 66 O OD1 . ASN 965 965 ? 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It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #