data_SMR-fbc7854cfc77fae1fc6c0dfb9c276021_5 _entry.id SMR-fbc7854cfc77fae1fc6c0dfb9c276021_5 _struct.entry_id SMR-fbc7854cfc77fae1fc6c0dfb9c276021_5 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - O43426 (isoform 2)/ SYNJ1_HUMAN, Synaptojanin-1 Estimated model accuracy of this model is 0.019, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries O43426 (isoform 2)' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 168630.731 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP SYNJ1_HUMAN O43426 1 ;MAFSKGFRIYHKLDPPPFSLIVETRHKEECLMFESGAVAVLSSAEKEAIKGTYSKVLDAYGLLGVLRLNL GDTMLHYLVLVTGCMSVGKIQESEVFRVTSTEFISLRIDSSDEDRISEVRKVLNSGNFYFAWSASGISLD LSLNAHRSMQEQTTDNRFFWNQSLHLHLKHYGVNCDDWLLRLMCGGVEIRTIYAAHKQAKACLISRLSCE RAGTRFNVRGTNDDGHVANFVETEQVVYLDDSVSSFIQIRGSVPLFWEQPGLQVGSHRVRMSRGFEANAP AFDRHFRTLKNLYGKQIIVNLLGSKEGEHMLSKAFQSHLKASEHAADIQMVNFDYHQMVKGGKAEKLHSV LKPQVQKFLDYGFFYFNGSEVQRCQSGTVRTNCLDCLDRTNSVQAFLGLEMLAKQLEALGLAEKPQLVTR FQEVFRSMWSVNGDSISKIYAGTGALEGKAKLKDGARSVTRTIQNNFFDSSKQEAIDVLLLGNTLNSDLA DKARALLTTGSLRVSEQTLQSASSKVLKSMCENFYKYSKPKKIRVCVGTWNVNGGKQFRSIAFKNQTLTD WLLDAPKLAGIQEFQDKRSKPTDIFAIGFEEMVELNAGNIVSASTTNQKLWAVELQKTISRDNKYVLLAS EQLVGVCLFVFIRPQHAPFIRDVAVDTVKTGMGGATGNKGAVAIRMLFHTTSLCFVCSHFAAGQSQVKER NEDFIEIARKLSFPMGRMLFSHDYVFWCGDFNYRIDLPNEEVKELIRQQNWDSLIAGDQLINQKNAGQVF RGFLEGKVTFAPTYKYDLFSDDYDTSEKCRTPAWTDRVLWRRRKWPFDRSAEDLDLLNASFQDESKILYT WTPGTLLHYGRAELKTSDHRPVVALIDIDIFEVEAEERQNIYKEVIAVQGPPDGTVLVSIKSSLPENNFF DDALIDELLQQFASFGEVILIRFVEDKMWVTFLEGSSALNVLSLNGKELLNRTITIALKSPDWIKNLEEE MSLEKISIALPSSTSSTLLGEDAEVAADFDMEGDVDDYSAEVEELLPQHLQPSSSSGLGTSPSSSPRTSP CQSPTISEGPVPSLPIRPSRAPSRTPGPPSAQSSPIDAQPATPLPQKDPAQPLEPKRPPPPRPVAPPTRP APPQRPPPPSGARSPAPTRKEFGGIGAPPSPGVARREMEAPKSPGTTRKDNIGRSQPSPQAGLAGPGPAG YSTARPTIPPRAGVISAPQSHARASAGRLTPESQSKTSETSKGSTFLPEPLKPQAAFPPQSSLPPPAQRL QEPLVPVAAPMPQSGPQPNLETPPQPPPRSRSSHSLPSEASSQPQQEQPSG ; Synaptojanin-1 # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 1311 1 1311 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . SYNJ1_HUMAN O43426 O43426-2 1 1311 9606 'Homo sapiens (Human)' 2008-11-25 26F2B693F03D2617 # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no A ;MAFSKGFRIYHKLDPPPFSLIVETRHKEECLMFESGAVAVLSSAEKEAIKGTYSKVLDAYGLLGVLRLNL GDTMLHYLVLVTGCMSVGKIQESEVFRVTSTEFISLRIDSSDEDRISEVRKVLNSGNFYFAWSASGISLD LSLNAHRSMQEQTTDNRFFWNQSLHLHLKHYGVNCDDWLLRLMCGGVEIRTIYAAHKQAKACLISRLSCE RAGTRFNVRGTNDDGHVANFVETEQVVYLDDSVSSFIQIRGSVPLFWEQPGLQVGSHRVRMSRGFEANAP AFDRHFRTLKNLYGKQIIVNLLGSKEGEHMLSKAFQSHLKASEHAADIQMVNFDYHQMVKGGKAEKLHSV LKPQVQKFLDYGFFYFNGSEVQRCQSGTVRTNCLDCLDRTNSVQAFLGLEMLAKQLEALGLAEKPQLVTR FQEVFRSMWSVNGDSISKIYAGTGALEGKAKLKDGARSVTRTIQNNFFDSSKQEAIDVLLLGNTLNSDLA DKARALLTTGSLRVSEQTLQSASSKVLKSMCENFYKYSKPKKIRVCVGTWNVNGGKQFRSIAFKNQTLTD WLLDAPKLAGIQEFQDKRSKPTDIFAIGFEEMVELNAGNIVSASTTNQKLWAVELQKTISRDNKYVLLAS EQLVGVCLFVFIRPQHAPFIRDVAVDTVKTGMGGATGNKGAVAIRMLFHTTSLCFVCSHFAAGQSQVKER NEDFIEIARKLSFPMGRMLFSHDYVFWCGDFNYRIDLPNEEVKELIRQQNWDSLIAGDQLINQKNAGQVF RGFLEGKVTFAPTYKYDLFSDDYDTSEKCRTPAWTDRVLWRRRKWPFDRSAEDLDLLNASFQDESKILYT WTPGTLLHYGRAELKTSDHRPVVALIDIDIFEVEAEERQNIYKEVIAVQGPPDGTVLVSIKSSLPENNFF DDALIDELLQQFASFGEVILIRFVEDKMWVTFLEGSSALNVLSLNGKELLNRTITIALKSPDWIKNLEEE MSLEKISIALPSSTSSTLLGEDAEVAADFDMEGDVDDYSAEVEELLPQHLQPSSSSGLGTSPSSSPRTSP CQSPTISEGPVPSLPIRPSRAPSRTPGPPSAQSSPIDAQPATPLPQKDPAQPLEPKRPPPPRPVAPPTRP APPQRPPPPSGARSPAPTRKEFGGIGAPPSPGVARREMEAPKSPGTTRKDNIGRSQPSPQAGLAGPGPAG YSTARPTIPPRAGVISAPQSHARASAGRLTPESQSKTSETSKGSTFLPEPLKPQAAFPPQSSLPPPAQRL QEPLVPVAAPMPQSGPQPNLETPPQPPPRSRSSHSLPSEASSQPQQEQPSG ; ;MAFSKGFRIYHKLDPPPFSLIVETRHKEECLMFESGAVAVLSSAEKEAIKGTYSKVLDAYGLLGVLRLNL GDTMLHYLVLVTGCMSVGKIQESEVFRVTSTEFISLRIDSSDEDRISEVRKVLNSGNFYFAWSASGISLD LSLNAHRSMQEQTTDNRFFWNQSLHLHLKHYGVNCDDWLLRLMCGGVEIRTIYAAHKQAKACLISRLSCE RAGTRFNVRGTNDDGHVANFVETEQVVYLDDSVSSFIQIRGSVPLFWEQPGLQVGSHRVRMSRGFEANAP AFDRHFRTLKNLYGKQIIVNLLGSKEGEHMLSKAFQSHLKASEHAADIQMVNFDYHQMVKGGKAEKLHSV LKPQVQKFLDYGFFYFNGSEVQRCQSGTVRTNCLDCLDRTNSVQAFLGLEMLAKQLEALGLAEKPQLVTR FQEVFRSMWSVNGDSISKIYAGTGALEGKAKLKDGARSVTRTIQNNFFDSSKQEAIDVLLLGNTLNSDLA DKARALLTTGSLRVSEQTLQSASSKVLKSMCENFYKYSKPKKIRVCVGTWNVNGGKQFRSIAFKNQTLTD WLLDAPKLAGIQEFQDKRSKPTDIFAIGFEEMVELNAGNIVSASTTNQKLWAVELQKTISRDNKYVLLAS EQLVGVCLFVFIRPQHAPFIRDVAVDTVKTGMGGATGNKGAVAIRMLFHTTSLCFVCSHFAAGQSQVKER NEDFIEIARKLSFPMGRMLFSHDYVFWCGDFNYRIDLPNEEVKELIRQQNWDSLIAGDQLINQKNAGQVF RGFLEGKVTFAPTYKYDLFSDDYDTSEKCRTPAWTDRVLWRRRKWPFDRSAEDLDLLNASFQDESKILYT WTPGTLLHYGRAELKTSDHRPVVALIDIDIFEVEAEERQNIYKEVIAVQGPPDGTVLVSIKSSLPENNFF DDALIDELLQQFASFGEVILIRFVEDKMWVTFLEGSSALNVLSLNGKELLNRTITIALKSPDWIKNLEEE MSLEKISIALPSSTSSTLLGEDAEVAADFDMEGDVDDYSAEVEELLPQHLQPSSSSGLGTSPSSSPRTSP CQSPTISEGPVPSLPIRPSRAPSRTPGPPSAQSSPIDAQPATPLPQKDPAQPLEPKRPPPPRPVAPPTRP APPQRPPPPSGARSPAPTRKEFGGIGAPPSPGVARREMEAPKSPGTTRKDNIGRSQPSPQAGLAGPGPAG YSTARPTIPPRAGVISAPQSHARASAGRLTPESQSKTSETSKGSTFLPEPLKPQAAFPPQSSLPPPAQRL 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A . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'Synaptojanin-1 {PDB ID=2dnr, label_asym_id=A, auth_asym_id=A, SMTL ID=2dnr.1.A}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 2dnr, label_asym_id=A' 'target-template alignment' . 4 'model 5' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-12-25 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-12-20 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A A 1 1 A # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;GSSGSSGGTVLVSIKSSLPENNFFDDALIDELLQQFASFGEVILIRFVEDKMWVTFLEGSSALNVLSLNG KELLNRTITIALKSPSGPSSG ; ;GSSGSSGGTVLVSIKSSLPENNFFDDALIDELLQQFASFGEVILIRFVEDKMWVTFLEGSSALNVLSLNG KELLNRTITIALKSPSGPSSG ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 8 85 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 2dnr 2024-05-29 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 1311 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 1311 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 3.1e-09 100.000 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MAFSKGFRIYHKLDPPPFSLIVETRHKEECLMFESGAVAVLSSAEKEAIKGTYSKVLDAYGLLGVLRLNLGDTMLHYLVLVTGCMSVGKIQESEVFRVTSTEFISLRIDSSDEDRISEVRKVLNSGNFYFAWSASGISLDLSLNAHRSMQEQTTDNRFFWNQSLHLHLKHYGVNCDDWLLRLMCGGVEIRTIYAAHKQAKACLISRLSCERAGTRFNVRGTNDDGHVANFVETEQVVYLDDSVSSFIQIRGSVPLFWEQPGLQVGSHRVRMSRGFEANAPAFDRHFRTLKNLYGKQIIVNLLGSKEGEHMLSKAFQSHLKASEHAADIQMVNFDYHQMVKGGKAEKLHSVLKPQVQKFLDYGFFYFNGSEVQRCQSGTVRTNCLDCLDRTNSVQAFLGLEMLAKQLEALGLAEKPQLVTRFQEVFRSMWSVNGDSISKIYAGTGALEGKAKLKDGARSVTRTIQNNFFDSSKQEAIDVLLLGNTLNSDLADKARALLTTGSLRVSEQTLQSASSKVLKSMCENFYKYSKPKKIRVCVGTWNVNGGKQFRSIAFKNQTLTDWLLDAPKLAGIQEFQDKRSKPTDIFAIGFEEMVELNAGNIVSASTTNQKLWAVELQKTISRDNKYVLLASEQLVGVCLFVFIRPQHAPFIRDVAVDTVKTGMGGATGNKGAVAIRMLFHTTSLCFVCSHFAAGQSQVKERNEDFIEIARKLSFPMGRMLFSHDYVFWCGDFNYRIDLPNEEVKELIRQQNWDSLIAGDQLINQKNAGQVFRGFLEGKVTFAPTYKYDLFSDDYDTSEKCRTPAWTDRVLWRRRKWPFDRSAEDLDLLNASFQDESKILYTWTPGTLLHYGRAELKTSDHRPVVALIDIDIFEVEAEERQNIYKEVIAVQGPPDGTVLVSIKSSLPENNFFDDALIDELLQQFASFGEVILIRFVEDKMWVTFLEGSSALNVLSLNGKELLNRTITIALKSPDWIKNLEEEMSLEKISIALPSSTSSTLLGEDAEVAADFDMEGDVDDYSAEVEELLPQHLQPSSSSGLGTSPSSSPRTSPCQSPTISEGPVPSLPIRPSRAPSRTPGPPSAQSSPIDAQPATPLPQKDPAQPLEPKRPPPPRPVAPPTRPAPPQRPPPPSGARSPAPTRKEFGGIGAPPSPGVARREMEAPKSPGTTRKDNIGRSQPSPQAGLAGPGPAGYSTARPTIPPRAGVISAPQSHARASAGRLTPESQSKTSETSKGSTFLPEPLKPQAAFPPQSSLPPPAQRLQEPLVPVAAPMPQSGPQPNLETPPQPPPRSRSSHSLPSEASSQPQQEQPSG 2 1 2 -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GTVLVSIKSSLPENNFFDDALIDELLQQFASFGEVILIRFVEDKMWVTFLEGSSALNVLSLNGKELLNRTITIALKSP---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 2dnr.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 5' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . GLY 894 894 ? A 0.961 16.308 2.683 1 1 A GLY 0.630 1 ATOM 2 C CA . GLY 894 894 ? A 0.659 15.088 1.827 1 1 A GLY 0.630 1 ATOM 3 C C . GLY 894 894 ? A 0.759 13.770 2.531 1 1 A GLY 0.630 1 ATOM 4 O O . GLY 894 894 ? A 1.360 12.859 1.970 1 1 A GLY 0.630 1 ATOM 5 N N . THR 895 895 ? A 0.189 13.635 3.746 1 1 A THR 0.690 1 ATOM 6 C CA . THR 895 895 ? A 0.295 12.462 4.602 1 1 A THR 0.690 1 ATOM 7 C C . THR 895 895 ? A -0.982 11.679 4.437 1 1 A THR 0.690 1 ATOM 8 O O . THR 895 895 ? A -2.055 12.201 4.706 1 1 A THR 0.690 1 ATOM 9 C CB . THR 895 895 ? A 0.394 12.837 6.078 1 1 A THR 0.690 1 ATOM 10 O OG1 . THR 895 895 ? A 1.568 13.607 6.273 1 1 A THR 0.690 1 ATOM 11 C CG2 . THR 895 895 ? A 0.495 11.598 6.984 1 1 A THR 0.690 1 ATOM 12 N N . VAL 896 896 ? A -0.878 10.417 3.974 1 1 A VAL 0.810 1 ATOM 13 C CA . VAL 896 896 ? A -2.002 9.517 3.765 1 1 A VAL 0.810 1 ATOM 14 C C . VAL 896 896 ? A -1.874 8.361 4.722 1 1 A VAL 0.810 1 ATOM 15 O O . VAL 896 896 ? A -0.781 7.967 5.073 1 1 A VAL 0.810 1 ATOM 16 C CB . VAL 896 896 ? A -2.090 8.955 2.338 1 1 A VAL 0.810 1 ATOM 17 C CG1 . VAL 896 896 ? A -2.059 10.141 1.375 1 1 A VAL 0.810 1 ATOM 18 C CG2 . VAL 896 896 ? A -0.937 8.012 1.923 1 1 A VAL 0.810 1 ATOM 19 N N . LEU 897 897 ? A -3.016 7.816 5.190 1 1 A LEU 0.850 1 ATOM 20 C CA . LEU 897 897 ? A -3.094 6.717 6.120 1 1 A LEU 0.850 1 ATOM 21 C C . LEU 897 897 ? A -3.349 5.460 5.337 1 1 A LEU 0.850 1 ATOM 22 O O . LEU 897 897 ? A -4.179 5.439 4.451 1 1 A LEU 0.850 1 ATOM 23 C CB . LEU 897 897 ? A -4.307 6.888 7.077 1 1 A LEU 0.850 1 ATOM 24 C CG . LEU 897 897 ? A -4.033 7.828 8.266 1 1 A LEU 0.850 1 ATOM 25 C CD1 . LEU 897 897 ? A -3.323 9.160 7.932 1 1 A LEU 0.850 1 ATOM 26 C CD2 . LEU 897 897 ? A -5.271 8.098 9.137 1 1 A LEU 0.850 1 ATOM 27 N N . VAL 898 898 ? A -2.626 4.381 5.665 1 1 A VAL 0.900 1 ATOM 28 C CA . VAL 898 898 ? A -2.717 3.094 5.036 1 1 A VAL 0.900 1 ATOM 29 C C . VAL 898 898 ? A -2.847 2.073 6.170 1 1 A VAL 0.900 1 ATOM 30 O O . VAL 898 898 ? A -2.192 2.158 7.195 1 1 A VAL 0.900 1 ATOM 31 C CB . VAL 898 898 ? A -1.477 2.884 4.161 1 1 A VAL 0.900 1 ATOM 32 C CG1 . VAL 898 898 ? A -1.587 1.533 3.445 1 1 A VAL 0.900 1 ATOM 33 C CG2 . VAL 898 898 ? A -1.419 4.007 3.092 1 1 A VAL 0.900 1 ATOM 34 N N . SER 899 899 ? A -3.771 1.101 6.058 1 1 A SER 0.890 1 ATOM 35 C CA . SER 899 899 ? A -3.894 -0.009 7.001 1 1 A SER 0.890 1 ATOM 36 C C . SER 899 899 ? A -4.040 -1.268 6.179 1 1 A SER 0.890 1 ATOM 37 O O . SER 899 899 ? A -4.438 -1.186 5.028 1 1 A SER 0.890 1 ATOM 38 C CB . SER 899 899 ? A -5.105 0.207 7.949 1 1 A SER 0.890 1 ATOM 39 O OG . SER 899 899 ? A -5.312 -0.845 8.890 1 1 A SER 0.890 1 ATOM 40 N N . ILE 900 900 ? A -3.692 -2.440 6.750 1 1 A ILE 0.820 1 ATOM 41 C CA . ILE 900 900 ? A -3.777 -3.753 6.137 1 1 A ILE 0.820 1 ATOM 42 C C . ILE 900 900 ? A -4.685 -4.608 6.975 1 1 A ILE 0.820 1 ATOM 43 O O . ILE 900 900 ? A -4.574 -4.699 8.188 1 1 A ILE 0.820 1 ATOM 44 C CB . ILE 900 900 ? A -2.442 -4.490 6.054 1 1 A ILE 0.820 1 ATOM 45 C CG1 . ILE 900 900 ? A -1.565 -4.240 7.310 1 1 A ILE 0.820 1 ATOM 46 C CG2 . ILE 900 900 ? A -1.803 -4.038 4.727 1 1 A ILE 0.820 1 ATOM 47 C CD1 . ILE 900 900 ? A -0.344 -5.157 7.385 1 1 A ILE 0.820 1 ATOM 48 N N . LYS 901 901 ? A -5.636 -5.279 6.317 1 1 A LYS 0.800 1 ATOM 49 C CA . LYS 901 901 ? A -6.521 -6.193 6.988 1 1 A LYS 0.800 1 ATOM 50 C C . LYS 901 901 ? A -5.861 -7.539 7.236 1 1 A LYS 0.800 1 ATOM 51 O O . LYS 901 901 ? A -5.412 -8.217 6.323 1 1 A LYS 0.800 1 ATOM 52 C CB . LYS 901 901 ? A -7.811 -6.347 6.161 1 1 A LYS 0.800 1 ATOM 53 C CG . LYS 901 901 ? A -9.055 -6.709 6.989 1 1 A LYS 0.800 1 ATOM 54 C CD . LYS 901 901 ? A -9.274 -8.206 7.278 1 1 A LYS 0.800 1 ATOM 55 C CE . LYS 901 901 ? A -9.638 -8.994 6.013 1 1 A LYS 0.800 1 ATOM 56 N NZ . LYS 901 901 ? A -10.151 -10.331 6.378 1 1 A LYS 0.800 1 ATOM 57 N N . SER 902 902 ? A -5.800 -7.952 8.517 1 1 A SER 0.690 1 ATOM 58 C CA . SER 902 902 ? A -5.177 -9.195 8.906 1 1 A SER 0.690 1 ATOM 59 C C . SER 902 902 ? A -6.071 -9.901 9.896 1 1 A SER 0.690 1 ATOM 60 O O . SER 902 902 ? A -7.102 -9.380 10.299 1 1 A SER 0.690 1 ATOM 61 C CB . SER 902 902 ? A -3.779 -8.981 9.525 1 1 A SER 0.690 1 ATOM 62 O OG . SER 902 902 ? A -3.026 -10.192 9.403 1 1 A SER 0.690 1 ATOM 63 N N . SER 903 903 ? A -5.698 -11.146 10.248 1 1 A SER 0.530 1 ATOM 64 C CA . SER 903 903 ? A -6.385 -11.966 11.241 1 1 A SER 0.530 1 ATOM 65 C C . SER 903 903 ? A -5.743 -11.857 12.604 1 1 A SER 0.530 1 ATOM 66 O O . SER 903 903 ? A -6.425 -11.662 13.611 1 1 A SER 0.530 1 ATOM 67 C CB . SER 903 903 ? A -6.401 -13.464 10.837 1 1 A SER 0.530 1 ATOM 68 O OG . SER 903 903 ? A -7.366 -13.675 9.805 1 1 A SER 0.530 1 ATOM 69 N N . LEU 904 904 ? A -4.407 -11.982 12.702 1 1 A LEU 0.520 1 ATOM 70 C CA . LEU 904 904 ? A -3.707 -11.924 13.973 1 1 A LEU 0.520 1 ATOM 71 C C . LEU 904 904 ? A -3.285 -10.504 14.362 1 1 A LEU 0.520 1 ATOM 72 O O . LEU 904 904 ? A -2.925 -9.714 13.486 1 1 A LEU 0.520 1 ATOM 73 C CB . LEU 904 904 ? A -2.425 -12.779 13.897 1 1 A LEU 0.520 1 ATOM 74 C CG . LEU 904 904 ? A -2.638 -14.280 14.156 1 1 A LEU 0.520 1 ATOM 75 C CD1 . LEU 904 904 ? A -1.463 -15.078 13.569 1 1 A LEU 0.520 1 ATOM 76 C CD2 . LEU 904 904 ? A -2.770 -14.584 15.664 1 1 A LEU 0.520 1 ATOM 77 N N . PRO 905 905 ? A -3.238 -10.140 15.651 1 1 A PRO 0.520 1 ATOM 78 C CA . PRO 905 905 ? A -2.896 -8.796 16.098 1 1 A PRO 0.520 1 ATOM 79 C C . PRO 905 905 ? A -1.421 -8.491 15.895 1 1 A PRO 0.520 1 ATOM 80 O O . PRO 905 905 ? A -1.063 -7.321 15.814 1 1 A PRO 0.520 1 ATOM 81 C CB . PRO 905 905 ? A -3.289 -8.797 17.590 1 1 A PRO 0.520 1 ATOM 82 C CG . PRO 905 905 ? A -3.140 -10.257 18.041 1 1 A PRO 0.520 1 ATOM 83 C CD . PRO 905 905 ? A -3.457 -11.053 16.774 1 1 A PRO 0.520 1 ATOM 84 N N . GLU 906 906 ? A -0.553 -9.520 15.778 1 1 A GLU 0.550 1 ATOM 85 C CA . GLU 906 906 ? 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A -4.270 -6.286 -3.882 1 1 A GLU 0.800 1 ATOM 506 C CB . GLU 958 958 ? A -6.759 -7.106 -2.065 1 1 A GLU 0.800 1 ATOM 507 C CG . GLU 958 958 ? A -6.081 -8.415 -1.597 1 1 A GLU 0.800 1 ATOM 508 C CD . GLU 958 958 ? A -7.063 -9.450 -1.069 1 1 A GLU 0.800 1 ATOM 509 O OE1 . GLU 958 958 ? A -7.373 -9.382 0.147 1 1 A GLU 0.800 1 ATOM 510 O OE2 . GLU 958 958 ? A -7.461 -10.333 -1.867 1 1 A GLU 0.800 1 ATOM 511 N N . LEU 959 959 ? A -3.437 -6.400 -1.783 1 1 A LEU 0.770 1 ATOM 512 C CA . LEU 959 959 ? A -2.098 -6.696 -2.202 1 1 A LEU 0.770 1 ATOM 513 C C . LEU 959 959 ? A -1.453 -7.662 -1.233 1 1 A LEU 0.770 1 ATOM 514 O O . LEU 959 959 ? A -1.579 -7.505 -0.025 1 1 A LEU 0.770 1 ATOM 515 C CB . LEU 959 959 ? A -1.228 -5.433 -2.182 1 1 A LEU 0.770 1 ATOM 516 C CG . LEU 959 959 ? A 0.090 -5.669 -2.915 1 1 A LEU 0.770 1 ATOM 517 C CD1 . LEU 959 959 ? A -0.132 -5.796 -4.433 1 1 A LEU 0.770 1 ATOM 518 C CD2 . LEU 959 959 ? A 1.092 -4.585 -2.539 1 1 A LEU 0.770 1 ATOM 519 N N . LEU 960 960 ? 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It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #