data_SMR-3eedc05fda86cecb4e226172b8099cb3_2 _entry.id SMR-3eedc05fda86cecb4e226172b8099cb3_2 _struct.entry_id SMR-3eedc05fda86cecb4e226172b8099cb3_2 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - Q922J3 (isoform 2)/ CLIP1_MOUSE, CAP-Gly domain-containing linker protein 1 Estimated model accuracy of this model is 0.046, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries Q922J3 (isoform 2)' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 171132.043 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP CLIP1_MOUSE Q922J3 1 ;MSMLKPSGLKAPTKILKPGSTALKTPAAAAAPVEKTIPSEKASGPPSSETQEEFVDDFRVGERVWVNGNK PGFIQFLGETQFAPGQWAGIVLDEPIGKNDGSVAGVRYFQCEPLKGIFTRPSKLTRKVQAEDEANGLQAA PGRTASPLSTAAATMVSSSPATPSNIPHKPSQSTAKEPSATPQISNLTKTASESISNLSEAGSVKKGERE LKVGDRVLVGGTKAGVVRFLGETDFAKGEWCGVELDEPLGKNDGAVAGTRYFQCQPKYGLFAPVHKVTKI GFPSTTPAKAKAAAVRRVMAATPASLKRSPSASSLSSMSSVASSVSSKPSRTGLLTETSSRYARKISGTT ALQEALKEKQQHIEQLLAERDLERAEVAKATSHVGEIEQELALARDGHDQHVLELEAKMDQLRTMVEAAD REKVELLNQLEEEKRKVEDLQFRVEEESITKGDLEVATVSEKSRIMELEKDLALRAQEVAELRRRLESSK PPGDVDMSLSLLQEISALQEKLEAIHTDHQGEMTSLKEHFGAREEAFQKEIKALHTATEKLSKENESLRS KLDHANKENSDVIALWKSKLETAIASHQQAMEELKVSFSKGIGTDSAEFAELKTQIERLRLDYQHEIESL QSKQDSERSAHAKEMETMQAKLMKIIKEKEDSLEAVKARLDSAEDQHLVEMEDTLNKLQEAEIKANSITK ELQEKELVLTGLQDSLNQVNQVKETLEKELQTLKEKFASTSEEAVSAQTRMQDTVNKLHQKEEQFNVLSS ELEKLRENLTDMEAKFKEKDDREDQLVKAKEKLENDIAEIMKMSGDNSSQLTKMNDELRLKERSVEELQL KLTKANENASFLQKSIGEVTLKAEQSQQQAARKHEEEKKELEEKLLELEKKMETSYNQCQDLKAKYEKAS SETKTKHEEILQNLQKMLADTEDKLKAAQEANRDLMQDMEELKTQADKAKAAQTAEDAMQIMEQMTKEKT ETLASLEDTKQTNARLQNELDTLKENNLKTVEELNKSKELLSVENQKMEEFKKEIETLKQAAAQKSQQLS ALQEENVKLAEELGRTRDEVTSHQKLEEERSVLNNQLLEMKKRESEFRKDADEEKASLQKSISLTSALLT EKDAELEKLRNEVTVLRGENATAKSLHSVVQTLESDKVKLELKVKNLELQLKENKRQLSSSSGNTDAQAE EDERAQESQIDFLNSVIVDLQRKNQDLKMKVEMMSEAALNGNGEDLNSYDSDDQEKQSKKKPRLFCDICD CFDLHDTEDCPTQAQMSEDPPHSTHHGSRSEERPYCEICEMFGHWATNCNDDETF ; 'CAP-Gly domain-containing linker protein 1' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 1315 1 1315 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . CLIP1_MOUSE Q922J3 Q922J3-2 1 1315 10090 'Mus musculus (Mouse)' 2001-12-01 449A0909164DFB02 # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no A ;MSMLKPSGLKAPTKILKPGSTALKTPAAAAAPVEKTIPSEKASGPPSSETQEEFVDDFRVGERVWVNGNK PGFIQFLGETQFAPGQWAGIVLDEPIGKNDGSVAGVRYFQCEPLKGIFTRPSKLTRKVQAEDEANGLQAA PGRTASPLSTAAATMVSSSPATPSNIPHKPSQSTAKEPSATPQISNLTKTASESISNLSEAGSVKKGERE LKVGDRVLVGGTKAGVVRFLGETDFAKGEWCGVELDEPLGKNDGAVAGTRYFQCQPKYGLFAPVHKVTKI GFPSTTPAKAKAAAVRRVMAATPASLKRSPSASSLSSMSSVASSVSSKPSRTGLLTETSSRYARKISGTT ALQEALKEKQQHIEQLLAERDLERAEVAKATSHVGEIEQELALARDGHDQHVLELEAKMDQLRTMVEAAD REKVELLNQLEEEKRKVEDLQFRVEEESITKGDLEVATVSEKSRIMELEKDLALRAQEVAELRRRLESSK PPGDVDMSLSLLQEISALQEKLEAIHTDHQGEMTSLKEHFGAREEAFQKEIKALHTATEKLSKENESLRS KLDHANKENSDVIALWKSKLETAIASHQQAMEELKVSFSKGIGTDSAEFAELKTQIERLRLDYQHEIESL 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GFPSTTPAKAKAAAVRRVMAATPASLKRSPSASSLSSMSSVASSVSSKPSRTGLLTETSSRYARKISGTT ALQEALKEKQQHIEQLLAERDLERAEVAKATSHVGEIEQELALARDGHDQHVLELEAKMDQLRTMVEAAD REKVELLNQLEEEKRKVEDLQFRVEEESITKGDLEVATVSEKSRIMELEKDLALRAQEVAELRRRLESSK PPGDVDMSLSLLQEISALQEKLEAIHTDHQGEMTSLKEHFGAREEAFQKEIKALHTATEKLSKENESLRS KLDHANKENSDVIALWKSKLETAIASHQQAMEELKVSFSKGIGTDSAEFAELKTQIERLRLDYQHEIESL QSKQDSERSAHAKEMETMQAKLMKIIKEKEDSLEAVKARLDSAEDQHLVEMEDTLNKLQEAEIKANSITK ELQEKELVLTGLQDSLNQVNQVKETLEKELQTLKEKFASTSEEAVSAQTRMQDTVNKLHQKEEQFNVLSS ELEKLRENLTDMEAKFKEKDDREDQLVKAKEKLENDIAEIMKMSGDNSSQLTKMNDELRLKERSVEELQL KLTKANENASFLQKSIGEVTLKAEQSQQQAARKHEEEKKELEEKLLELEKKMETSYNQCQDLKAKYEKAS SETKTKHEEILQNLQKMLADTEDKLKAAQEANRDLMQDMEELKTQADKAKAAQTAEDAMQIMEQMTKEKT ETLASLEDTKQTNARLQNELDTLKENNLKTVEELNKSKELLSVENQKMEEFKKEIETLKQAAAQKSQQLS ALQEENVKLAEELGRTRDEVTSHQKLEEERSVLNNQLLEMKKRESEFRKDADEEKASLQKSISLTSALLT EKDAELEKLRNEVTVLRGENATAKSLHSVVQTLESDKVKLELKVKNLELQLKENKRQLSSSSGNTDAQAE EDERAQESQIDFLNSVIVDLQRKNQDLKMKVEMMSEAALNGNGEDLNSYDSDDQEKQSKKKPRLFCDICD CFDLHDTEDCPTQAQMSEDPPHSTHHGSRSEERPYCEICEMFGHWATNCNDDETF ; # # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET . 1 2 SER . 1 3 MET . 1 4 LEU . 1 5 LYS . 1 6 PRO . 1 7 SER . 1 8 GLY . 1 9 LEU . 1 10 LYS . 1 11 ALA . 1 12 PRO . 1 13 THR . 1 14 LYS . 1 15 ILE . 1 16 LEU . 1 17 LYS . 1 18 PRO . 1 19 GLY . 1 20 SER . 1 21 THR . 1 22 ALA . 1 23 LEU . 1 24 LYS . 1 25 THR . 1 26 PRO . 1 27 ALA . 1 28 ALA . 1 29 ALA . 1 30 ALA . 1 31 ALA . 1 32 PRO . 1 33 VAL . 1 34 GLU . 1 35 LYS . 1 36 THR . 1 37 ILE . 1 38 PRO . 1 39 SER . 1 40 GLU . 1 41 LYS . 1 42 ALA . 1 43 SER . 1 44 GLY . 1 45 PRO . 1 46 PRO . 1 47 SER . 1 48 SER . 1 49 GLU . 1 50 THR . 1 51 GLN . 1 52 GLU . 1 53 GLU . 1 54 PHE . 1 55 VAL . 1 56 ASP . 1 57 ASP . 1 58 PHE . 1 59 ARG . 1 60 VAL . 1 61 GLY . 1 62 GLU . 1 63 ARG . 1 64 VAL . 1 65 TRP . 1 66 VAL . 1 67 ASN . 1 68 GLY . 1 69 ASN . 1 70 LYS . 1 71 PRO . 1 72 GLY . 1 73 PHE . 1 74 ILE . 1 75 GLN . 1 76 PHE . 1 77 LEU . 1 78 GLY . 1 79 GLU . 1 80 THR . 1 81 GLN . 1 82 PHE . 1 83 ALA . 1 84 PRO . 1 85 GLY . 1 86 GLN . 1 87 TRP . 1 88 ALA . 1 89 GLY . 1 90 ILE . 1 91 VAL . 1 92 LEU . 1 93 ASP . 1 94 GLU . 1 95 PRO . 1 96 ILE . 1 97 GLY . 1 98 LYS . 1 99 ASN . 1 100 ASP . 1 101 GLY . 1 102 SER . 1 103 VAL . 1 104 ALA . 1 105 GLY . 1 106 VAL . 1 107 ARG . 1 108 TYR . 1 109 PHE . 1 110 GLN . 1 111 CYS . 1 112 GLU . 1 113 PRO . 1 114 LEU . 1 115 LYS . 1 116 GLY . 1 117 ILE . 1 118 PHE . 1 119 THR . 1 120 ARG . 1 121 PRO . 1 122 SER . 1 123 LYS . 1 124 LEU . 1 125 THR . 1 126 ARG . 1 127 LYS . 1 128 VAL . 1 129 GLN . 1 130 ALA . 1 131 GLU . 1 132 ASP . 1 133 GLU . 1 134 ALA . 1 135 ASN . 1 136 GLY . 1 137 LEU . 1 138 GLN . 1 139 ALA . 1 140 ALA . 1 141 PRO . 1 142 GLY . 1 143 ARG . 1 144 THR . 1 145 ALA . 1 146 SER . 1 147 PRO . 1 148 LEU . 1 149 SER . 1 150 THR . 1 151 ALA . 1 152 ALA . 1 153 ALA . 1 154 THR . 1 155 MET . 1 156 VAL . 1 157 SER . 1 158 SER . 1 159 SER . 1 160 PRO . 1 161 ALA . 1 162 THR . 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A . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'Restin {PDB ID=2cp6, label_asym_id=A, auth_asym_id=A, SMTL ID=2cp6.1.A}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 2cp6, label_asym_id=A' 'target-template alignment' . 4 'model 2' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-12-25 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-12-20 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A A 1 1 A # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;GSSGSSGATPPISNLTKTASESISNLSEAGSIKKGERELKIGDRVLVGGTKAGVVRFLGETDFAKGEWCG VELDEPLGKNDGAVAGTRYFQCQPKYGLFAPVHKVTKIGFPSTTPAKAKANAVRRVMATTSASLKRSPSA SSLSSMSSVASSVSSRPSRTGLLTETSGPSSG ; ;GSSGSSGATPPISNLTKTASESISNLSEAGSIKKGERELKIGDRVLVGGTKAGVVRFLGETDFAKGEWCG VELDEPLGKNDGAVAGTRYFQCQPKYGLFAPVHKVTKIGFPSTTPAKAKANAVRRVMATTSASLKRSPSA SSLSSMSSVASSVSSRPSRTGLLTETSGPSSG ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 33 115 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 2cp6 2024-05-29 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 1315 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 1315 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 1e-21 98.795 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MSMLKPSGLKAPTKILKPGSTALKTPAAAAAPVEKTIPSEKASGPPSSETQEEFVDDFRVGERVWVNGNKPGFIQFLGETQFAPGQWAGIVLDEPIGKNDGSVAGVRYFQCEPLKGIFTRPSKLTRKVQAEDEANGLQAAPGRTASPLSTAAATMVSSSPATPSNIPHKPSQSTAKEPSATPQISNLTKTASESISNLSEAGSVKKGERELKVGDRVLVGGTKAGVVRFLGETDFAKGEWCGVELDEPLGKNDGAVAGTRYFQCQPKYGLFAPVHKVTKIGFPSTTPAKAKAAAVRRVMAATPASLKRSPSASSLSSMSSVASSVSSKPSRTGLLTETSSRYARKISGTTALQEALKEKQQHIEQLLAERDLERAEVAKATSHVGEIEQELALARDGHDQHVLELEAKMDQLRTMVEAADREKVELLNQLEEEKRKVEDLQFRVEEESITKGDLEVATVSEKSRIMELEKDLALRAQEVAELRRRLESSKPPGDVDMSLSLLQEISALQEKLEAIHTDHQGEMTSLKEHFGAREEAFQKEIKALHTATEKLSKENESLRSKLDHANKENSDVIALWKSKLETAIASHQQAMEELKVSFSKGIGTDSAEFAELKTQIERLRLDYQHEIESLQSKQDSERSAHAKEMETMQAKLMKIIKEKEDSLEAVKARLDSAEDQHLVEMEDTLNKLQEAEIKANSITKELQEKELVLTGLQDSLNQVNQVKETLEKELQTLKEKFASTSEEAVSAQTRMQDTVNKLHQKEEQFNVLSSELEKLRENLTDMEAKFKEKDDREDQLVKAKEKLENDIAEIMKMSGDNSSQLTKMNDELRLKERSVEELQLKLTKANENASFLQKSIGEVTLKAEQSQQQAARKHEEEKKELEEKLLELEKKMETSYNQCQDLKAKYEKASSETKTKHEEILQNLQKMLADTEDKLKAAQEANRDLMQDMEELKTQADKAKAAQTAEDAMQIMEQMTKEKTETLASLEDTKQTNARLQNELDTLKENNLKTVEELNKSKELLSVENQKMEEFKKEIETLKQAAAQKSQQLSALQEENVKLAEELGRTRDEVTSHQKLEEERSVLNNQLLEMKKRESEFRKDADEEKASLQKSISLTSALLTEKDAELEKLRNEVTVLRGENATAKSLHSVVQTLESDKVKLELKVKNLELQLKENKRQLSSSSGNTDAQAEEDERAQESQIDFLNSVIVDLQRKNQDLKMKVEMMSEAALNGNGEDLNSYDSDDQEKQSKKKPRLFCDICDCFDLHDTEDCPTQAQMSEDPPHSTHHGSRSEERPYCEICEMFGHWATNCNDDETF 2 1 2 ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------KKGERELKIGDRVLVGGTKAGVVRFLGETDFAKGEWCGVELDEPLGKNDGAVAGTRYFQCQPKYGLFAPVHKVTKIGFPSTTP-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 2cp6.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 2' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . LYS 205 205 ? A 9.360 -15.699 13.940 1 1 A LYS 0.390 1 ATOM 2 C CA . LYS 205 205 ? A 9.805 -16.123 12.561 1 1 A LYS 0.390 1 ATOM 3 C C . LYS 205 205 ? A 11.170 -15.551 12.194 1 1 A LYS 0.390 1 ATOM 4 O O . LYS 205 205 ? A 12.109 -16.321 12.172 1 1 A LYS 0.390 1 ATOM 5 C CB . LYS 205 205 ? A 8.745 -15.829 11.461 1 1 A LYS 0.390 1 ATOM 6 C CG . LYS 205 205 ? A 9.008 -16.488 10.079 1 1 A LYS 0.390 1 ATOM 7 C CD . LYS 205 205 ? A 8.523 -17.948 9.932 1 1 A LYS 0.390 1 ATOM 8 C CE . LYS 205 205 ? A 8.679 -18.515 8.507 1 1 A LYS 0.390 1 ATOM 9 N NZ . LYS 205 205 ? A 7.913 -19.780 8.360 1 1 A LYS 0.390 1 ATOM 10 N N . LYS 206 206 ? A 11.296 -14.215 11.960 1 1 A LYS 0.420 1 ATOM 11 C CA . LYS 206 206 ? A 12.524 -13.511 11.563 1 1 A LYS 0.420 1 ATOM 12 C C . LYS 206 206 ? A 12.724 -13.625 10.049 1 1 A LYS 0.420 1 ATOM 13 O O . LYS 206 206 ? A 13.047 -14.682 9.514 1 1 A LYS 0.420 1 ATOM 14 C CB . LYS 206 206 ? A 13.814 -13.823 12.396 1 1 A LYS 0.420 1 ATOM 15 C CG . LYS 206 206 ? A 13.985 -13.064 13.732 1 1 A LYS 0.420 1 ATOM 16 C CD . LYS 206 206 ? A 14.941 -11.860 13.606 1 1 A LYS 0.420 1 ATOM 17 C CE . LYS 206 206 ? A 15.849 -11.615 14.819 1 1 A LYS 0.420 1 ATOM 18 N NZ . LYS 206 206 ? A 15.041 -11.274 16.007 1 1 A LYS 0.420 1 ATOM 19 N N . GLY 207 207 ? A 12.487 -12.518 9.317 1 1 A GLY 0.530 1 ATOM 20 C CA . GLY 207 207 ? A 12.723 -12.435 7.881 1 1 A GLY 0.530 1 ATOM 21 C C . GLY 207 207 ? A 13.942 -11.603 7.597 1 1 A GLY 0.530 1 ATOM 22 O O . GLY 207 207 ? A 14.705 -11.246 8.488 1 1 A GLY 0.530 1 ATOM 23 N N . GLU 208 208 ? A 14.116 -11.239 6.319 1 1 A GLU 0.560 1 ATOM 24 C CA . GLU 208 208 ? A 15.256 -10.485 5.836 1 1 A GLU 0.560 1 ATOM 25 C C . GLU 208 208 ? A 14.809 -9.165 5.222 1 1 A GLU 0.560 1 ATOM 26 O O . GLU 208 208 ? A 15.441 -8.124 5.377 1 1 A GLU 0.560 1 ATOM 27 C CB . GLU 208 208 ? A 15.910 -11.334 4.728 1 1 A GLU 0.560 1 ATOM 28 C CG . GLU 208 208 ? A 16.581 -12.626 5.241 1 1 A GLU 0.560 1 ATOM 29 C CD . GLU 208 208 ? A 16.897 -13.532 4.058 1 1 A GLU 0.560 1 ATOM 30 O OE1 . GLU 208 208 ? A 17.706 -13.103 3.197 1 1 A GLU 0.560 1 ATOM 31 O OE2 . GLU 208 208 ? A 16.286 -14.628 3.983 1 1 A GLU 0.560 1 ATOM 32 N N . ARG 209 209 ? A 13.655 -9.177 4.519 1 1 A ARG 0.550 1 ATOM 33 C CA . ARG 209 209 ? A 13.093 -8.021 3.843 1 1 A ARG 0.550 1 ATOM 34 C C . ARG 209 209 ? A 11.691 -7.705 4.337 1 1 A ARG 0.550 1 ATOM 35 O O . ARG 209 209 ? A 10.896 -7.062 3.655 1 1 A ARG 0.550 1 ATOM 36 C CB . ARG 209 209 ? A 13.141 -8.207 2.299 1 1 A ARG 0.550 1 ATOM 37 C CG . ARG 209 209 ? A 12.318 -9.366 1.693 1 1 A ARG 0.550 1 ATOM 38 C CD . ARG 209 209 ? A 12.404 -9.539 0.164 1 1 A ARG 0.550 1 ATOM 39 N NE . ARG 209 209 ? A 12.071 -8.222 -0.490 1 1 A ARG 0.550 1 ATOM 40 C CZ . ARG 209 209 ? A 12.963 -7.313 -0.911 1 1 A ARG 0.550 1 ATOM 41 N NH1 . ARG 209 209 ? A 14.268 -7.516 -0.780 1 1 A ARG 0.550 1 ATOM 42 N NH2 . ARG 209 209 ? A 12.570 -6.129 -1.378 1 1 A ARG 0.550 1 ATOM 43 N N . GLU 210 210 ? A 11.356 -8.167 5.552 1 1 A GLU 0.670 1 ATOM 44 C CA . GLU 210 210 ? A 10.060 -7.954 6.158 1 1 A GLU 0.670 1 ATOM 45 C C . GLU 210 210 ? A 10.058 -6.603 6.860 1 1 A GLU 0.670 1 ATOM 46 O O . GLU 210 210 ? A 11.076 -6.136 7.372 1 1 A GLU 0.670 1 ATOM 47 C CB . GLU 210 210 ? A 9.745 -9.085 7.159 1 1 A GLU 0.670 1 ATOM 48 C CG . GLU 210 210 ? A 8.465 -9.919 6.928 1 1 A GLU 0.670 1 ATOM 49 C CD . GLU 210 210 ? A 8.367 -10.870 8.132 1 1 A GLU 0.670 1 ATOM 50 O OE1 . GLU 210 210 ? A 8.164 -10.322 9.257 1 1 A GLU 0.670 1 ATOM 51 O OE2 . GLU 210 210 ? A 8.599 -12.088 7.978 1 1 A GLU 0.670 1 ATOM 52 N N . LEU 211 211 ? A 8.905 -5.923 6.876 1 1 A LEU 0.650 1 ATOM 53 C CA . LEU 211 211 ? A 8.771 -4.616 7.476 1 1 A LEU 0.650 1 ATOM 54 C C . LEU 211 211 ? A 8.085 -4.746 8.814 1 1 A LEU 0.650 1 ATOM 55 O O . LEU 211 211 ? A 7.387 -5.717 9.089 1 1 A LEU 0.650 1 ATOM 56 C CB . LEU 211 211 ? A 7.937 -3.682 6.586 1 1 A LEU 0.650 1 ATOM 57 C CG . LEU 211 211 ? A 8.426 -3.592 5.135 1 1 A LEU 0.650 1 ATOM 58 C CD1 . LEU 211 211 ? A 7.470 -2.681 4.379 1 1 A LEU 0.650 1 ATOM 59 C CD2 . LEU 211 211 ? A 9.863 -3.078 4.997 1 1 A LEU 0.650 1 ATOM 60 N N . LYS 212 212 ? A 8.254 -3.758 9.701 1 1 A LYS 0.630 1 ATOM 61 C CA . LYS 212 212 ? A 7.721 -3.848 11.037 1 1 A LYS 0.630 1 ATOM 62 C C . LYS 212 212 ? A 6.568 -2.866 11.189 1 1 A LYS 0.630 1 ATOM 63 O O . LYS 212 212 ? A 6.501 -1.870 10.479 1 1 A LYS 0.630 1 ATOM 64 C CB . LYS 212 212 ? A 8.834 -3.563 12.066 1 1 A LYS 0.630 1 ATOM 65 C CG . LYS 212 212 ? A 8.586 -4.278 13.399 1 1 A LYS 0.630 1 ATOM 66 C CD . LYS 212 212 ? A 9.662 -3.950 14.440 1 1 A LYS 0.630 1 ATOM 67 C CE . LYS 212 212 ? A 9.178 -4.087 15.885 1 1 A LYS 0.630 1 ATOM 68 N NZ . LYS 212 212 ? A 9.515 -2.848 16.621 1 1 A LYS 0.630 1 ATOM 69 N N . VAL 213 213 ? A 5.612 -3.113 12.113 1 1 A VAL 0.640 1 ATOM 70 C CA . VAL 213 213 ? A 4.539 -2.176 12.451 1 1 A VAL 0.640 1 ATOM 71 C C . VAL 213 213 ? A 5.070 -0.822 12.896 1 1 A VAL 0.640 1 ATOM 72 O O . VAL 213 213 ? A 6.015 -0.736 13.683 1 1 A VAL 0.640 1 ATOM 73 C CB . VAL 213 213 ? A 3.632 -2.727 13.555 1 1 A VAL 0.640 1 ATOM 74 C CG1 . VAL 213 213 ? A 2.457 -1.786 13.895 1 1 A VAL 0.640 1 ATOM 75 C CG2 . VAL 213 213 ? A 3.055 -4.073 13.097 1 1 A VAL 0.640 1 ATOM 76 N N . GLY 214 214 ? A 4.454 0.267 12.389 1 1 A GLY 0.640 1 ATOM 77 C CA . GLY 214 214 ? A 4.799 1.627 12.764 1 1 A GLY 0.640 1 ATOM 78 C C . GLY 214 214 ? A 5.979 2.216 12.042 1 1 A GLY 0.640 1 ATOM 79 O O . GLY 214 214 ? A 6.592 3.148 12.533 1 1 A GLY 0.640 1 ATOM 80 N N . ASP 215 215 ? A 6.286 1.715 10.837 1 1 A ASP 0.600 1 ATOM 81 C CA . ASP 215 215 ? A 7.425 2.142 10.057 1 1 A ASP 0.600 1 ATOM 82 C C . ASP 215 215 ? A 6.938 2.908 8.830 1 1 A ASP 0.600 1 ATOM 83 O O . ASP 215 215 ? A 5.934 2.545 8.213 1 1 A ASP 0.600 1 ATOM 84 C CB . ASP 215 215 ? A 8.299 0.911 9.682 1 1 A ASP 0.600 1 ATOM 85 C CG . ASP 215 215 ? 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A 5.970 3.777 -1.712 1 1 A VAL 0.660 1 ATOM 115 C CA . VAL 219 219 ? A 5.682 2.892 -2.821 1 1 A VAL 0.660 1 ATOM 116 C C . VAL 219 219 ? A 5.639 3.748 -4.084 1 1 A VAL 0.660 1 ATOM 117 O O . VAL 219 219 ? A 4.943 4.757 -4.170 1 1 A VAL 0.660 1 ATOM 118 C CB . VAL 219 219 ? A 4.455 2.002 -2.568 1 1 A VAL 0.660 1 ATOM 119 C CG1 . VAL 219 219 ? A 4.855 1.009 -1.465 1 1 A VAL 0.660 1 ATOM 120 C CG2 . VAL 219 219 ? A 3.214 2.783 -2.109 1 1 A VAL 0.660 1 ATOM 121 N N . GLY 220 220 ? A 6.479 3.425 -5.093 1 1 A GLY 0.580 1 ATOM 122 C CA . GLY 220 220 ? A 6.478 4.017 -6.441 1 1 A GLY 0.580 1 ATOM 123 C C . GLY 220 220 ? A 7.146 5.368 -6.601 1 1 A GLY 0.580 1 ATOM 124 O O . GLY 220 220 ? A 7.468 5.777 -7.711 1 1 A GLY 0.580 1 ATOM 125 N N . GLY 221 221 ? A 7.421 6.058 -5.479 1 1 A GLY 0.550 1 ATOM 126 C CA . GLY 221 221 ? A 8.070 7.367 -5.432 1 1 A GLY 0.550 1 ATOM 127 C C . GLY 221 221 ? A 7.159 8.515 -5.058 1 1 A GLY 0.550 1 ATOM 128 O O . GLY 221 221 ? 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A 25.560 2.746 17.133 1 1 A PRO 0.380 1 # # loop_ _atom_type.symbol C N O S # # loop_ _ma_qa_metric.id _ma_qa_metric.name _ma_qa_metric.description _ma_qa_metric.type _ma_qa_metric.mode _ma_qa_metric.type_other_details _ma_qa_metric.software_group_id 1 QMEANDisCo 'Predicted accuracy according to all-atom lDDT in [0,1].' 'pLDDT all-atom in [0,1]' local . 5 2 QMEANDisCo 'Predicted accuracy according to all-atom lDDT in [0,1].' 'pLDDT all-atom in [0,1]' global . 5 3 GMQE 'Global Model Quality Estimate of the model accuracy, calculated by SWISS-MODEL.' 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It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #