data_SMR-3eedc05fda86cecb4e226172b8099cb3_7 _entry.id SMR-3eedc05fda86cecb4e226172b8099cb3_7 _struct.entry_id SMR-3eedc05fda86cecb4e226172b8099cb3_7 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - Q922J3 (isoform 2)/ CLIP1_MOUSE, CAP-Gly domain-containing linker protein 1 Estimated model accuracy of this model is 0.035, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries Q922J3 (isoform 2)' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 171132.043 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP CLIP1_MOUSE Q922J3 1 ;MSMLKPSGLKAPTKILKPGSTALKTPAAAAAPVEKTIPSEKASGPPSSETQEEFVDDFRVGERVWVNGNK PGFIQFLGETQFAPGQWAGIVLDEPIGKNDGSVAGVRYFQCEPLKGIFTRPSKLTRKVQAEDEANGLQAA PGRTASPLSTAAATMVSSSPATPSNIPHKPSQSTAKEPSATPQISNLTKTASESISNLSEAGSVKKGERE LKVGDRVLVGGTKAGVVRFLGETDFAKGEWCGVELDEPLGKNDGAVAGTRYFQCQPKYGLFAPVHKVTKI GFPSTTPAKAKAAAVRRVMAATPASLKRSPSASSLSSMSSVASSVSSKPSRTGLLTETSSRYARKISGTT ALQEALKEKQQHIEQLLAERDLERAEVAKATSHVGEIEQELALARDGHDQHVLELEAKMDQLRTMVEAAD REKVELLNQLEEEKRKVEDLQFRVEEESITKGDLEVATVSEKSRIMELEKDLALRAQEVAELRRRLESSK PPGDVDMSLSLLQEISALQEKLEAIHTDHQGEMTSLKEHFGAREEAFQKEIKALHTATEKLSKENESLRS KLDHANKENSDVIALWKSKLETAIASHQQAMEELKVSFSKGIGTDSAEFAELKTQIERLRLDYQHEIESL QSKQDSERSAHAKEMETMQAKLMKIIKEKEDSLEAVKARLDSAEDQHLVEMEDTLNKLQEAEIKANSITK ELQEKELVLTGLQDSLNQVNQVKETLEKELQTLKEKFASTSEEAVSAQTRMQDTVNKLHQKEEQFNVLSS ELEKLRENLTDMEAKFKEKDDREDQLVKAKEKLENDIAEIMKMSGDNSSQLTKMNDELRLKERSVEELQL KLTKANENASFLQKSIGEVTLKAEQSQQQAARKHEEEKKELEEKLLELEKKMETSYNQCQDLKAKYEKAS SETKTKHEEILQNLQKMLADTEDKLKAAQEANRDLMQDMEELKTQADKAKAAQTAEDAMQIMEQMTKEKT ETLASLEDTKQTNARLQNELDTLKENNLKTVEELNKSKELLSVENQKMEEFKKEIETLKQAAAQKSQQLS ALQEENVKLAEELGRTRDEVTSHQKLEEERSVLNNQLLEMKKRESEFRKDADEEKASLQKSISLTSALLT EKDAELEKLRNEVTVLRGENATAKSLHSVVQTLESDKVKLELKVKNLELQLKENKRQLSSSSGNTDAQAE EDERAQESQIDFLNSVIVDLQRKNQDLKMKVEMMSEAALNGNGEDLNSYDSDDQEKQSKKKPRLFCDICD CFDLHDTEDCPTQAQMSEDPPHSTHHGSRSEERPYCEICEMFGHWATNCNDDETF ; 'CAP-Gly domain-containing linker protein 1' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 1315 1 1315 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . CLIP1_MOUSE Q922J3 Q922J3-2 1 1315 10090 'Mus musculus (Mouse)' 2001-12-01 449A0909164DFB02 # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no L ;MSMLKPSGLKAPTKILKPGSTALKTPAAAAAPVEKTIPSEKASGPPSSETQEEFVDDFRVGERVWVNGNK PGFIQFLGETQFAPGQWAGIVLDEPIGKNDGSVAGVRYFQCEPLKGIFTRPSKLTRKVQAEDEANGLQAA PGRTASPLSTAAATMVSSSPATPSNIPHKPSQSTAKEPSATPQISNLTKTASESISNLSEAGSVKKGERE LKVGDRVLVGGTKAGVVRFLGETDFAKGEWCGVELDEPLGKNDGAVAGTRYFQCQPKYGLFAPVHKVTKI GFPSTTPAKAKAAAVRRVMAATPASLKRSPSASSLSSMSSVASSVSSKPSRTGLLTETSSRYARKISGTT ALQEALKEKQQHIEQLLAERDLERAEVAKATSHVGEIEQELALARDGHDQHVLELEAKMDQLRTMVEAAD REKVELLNQLEEEKRKVEDLQFRVEEESITKGDLEVATVSEKSRIMELEKDLALRAQEVAELRRRLESSK PPGDVDMSLSLLQEISALQEKLEAIHTDHQGEMTSLKEHFGAREEAFQKEIKALHTATEKLSKENESLRS KLDHANKENSDVIALWKSKLETAIASHQQAMEELKVSFSKGIGTDSAEFAELKTQIERLRLDYQHEIESL 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GFPSTTPAKAKAAAVRRVMAATPASLKRSPSASSLSSMSSVASSVSSKPSRTGLLTETSSRYARKISGTT ALQEALKEKQQHIEQLLAERDLERAEVAKATSHVGEIEQELALARDGHDQHVLELEAKMDQLRTMVEAAD REKVELLNQLEEEKRKVEDLQFRVEEESITKGDLEVATVSEKSRIMELEKDLALRAQEVAELRRRLESSK PPGDVDMSLSLLQEISALQEKLEAIHTDHQGEMTSLKEHFGAREEAFQKEIKALHTATEKLSKENESLRS KLDHANKENSDVIALWKSKLETAIASHQQAMEELKVSFSKGIGTDSAEFAELKTQIERLRLDYQHEIESL QSKQDSERSAHAKEMETMQAKLMKIIKEKEDSLEAVKARLDSAEDQHLVEMEDTLNKLQEAEIKANSITK ELQEKELVLTGLQDSLNQVNQVKETLEKELQTLKEKFASTSEEAVSAQTRMQDTVNKLHQKEEQFNVLSS ELEKLRENLTDMEAKFKEKDDREDQLVKAKEKLENDIAEIMKMSGDNSSQLTKMNDELRLKERSVEELQL KLTKANENASFLQKSIGEVTLKAEQSQQQAARKHEEEKKELEEKLLELEKKMETSYNQCQDLKAKYEKAS SETKTKHEEILQNLQKMLADTEDKLKAAQEANRDLMQDMEELKTQADKAKAAQTAEDAMQIMEQMTKEKT ETLASLEDTKQTNARLQNELDTLKENNLKTVEELNKSKELLSVENQKMEEFKKEIETLKQAAAQKSQQLS ALQEENVKLAEELGRTRDEVTSHQKLEEERSVLNNQLLEMKKRESEFRKDADEEKASLQKSISLTSALLT EKDAELEKLRNEVTVLRGENATAKSLHSVVQTLESDKVKLELKVKNLELQLKENKRQLSSSSGNTDAQAE EDERAQESQIDFLNSVIVDLQRKNQDLKMKVEMMSEAALNGNGEDLNSYDSDDQEKQSKKKPRLFCDICD CFDLHDTEDCPTQAQMSEDPPHSTHHGSRSEERPYCEICEMFGHWATNCNDDETF ; # # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET . 1 2 SER . 1 3 MET . 1 4 LEU . 1 5 LYS . 1 6 PRO . 1 7 SER . 1 8 GLY . 1 9 LEU . 1 10 LYS . 1 11 ALA . 1 12 PRO . 1 13 THR . 1 14 LYS . 1 15 ILE . 1 16 LEU . 1 17 LYS . 1 18 PRO . 1 19 GLY . 1 20 SER . 1 21 THR . 1 22 ALA . 1 23 LEU . 1 24 LYS . 1 25 THR . 1 26 PRO . 1 27 ALA . 1 28 ALA . 1 29 ALA . 1 30 ALA . 1 31 ALA . 1 32 PRO . 1 33 VAL . 1 34 GLU . 1 35 LYS . 1 36 THR . 1 37 ILE . 1 38 PRO . 1 39 SER . 1 40 GLU . 1 41 LYS . 1 42 ALA . 1 43 SER . 1 44 GLY . 1 45 PRO . 1 46 PRO . 1 47 SER . 1 48 SER . 1 49 GLU . 1 50 THR . 1 51 GLN . 1 52 GLU . 1 53 GLU . 1 54 PHE . 1 55 VAL . 1 56 ASP . 1 57 ASP . 1 58 PHE . 1 59 ARG . 1 60 VAL . 1 61 GLY . 1 62 GLU . 1 63 ARG . 1 64 VAL . 1 65 TRP . 1 66 VAL . 1 67 ASN . 1 68 GLY . 1 69 ASN . 1 70 LYS . 1 71 PRO . 1 72 GLY . 1 73 PHE . 1 74 ILE . 1 75 GLN . 1 76 PHE . 1 77 LEU . 1 78 GLY . 1 79 GLU . 1 80 THR . 1 81 GLN . 1 82 PHE . 1 83 ALA . 1 84 PRO . 1 85 GLY . 1 86 GLN . 1 87 TRP . 1 88 ALA . 1 89 GLY . 1 90 ILE . 1 91 VAL . 1 92 LEU . 1 93 ASP . 1 94 GLU . 1 95 PRO . 1 96 ILE . 1 97 GLY . 1 98 LYS . 1 99 ASN . 1 100 ASP . 1 101 GLY . 1 102 SER . 1 103 VAL . 1 104 ALA . 1 105 GLY . 1 106 VAL . 1 107 ARG . 1 108 TYR . 1 109 PHE . 1 110 GLN . 1 111 CYS . 1 112 GLU . 1 113 PRO . 1 114 LEU . 1 115 LYS . 1 116 GLY . 1 117 ILE . 1 118 PHE . 1 119 THR . 1 120 ARG . 1 121 PRO . 1 122 SER . 1 123 LYS . 1 124 LEU . 1 125 THR . 1 126 ARG . 1 127 LYS . 1 128 VAL . 1 129 GLN . 1 130 ALA . 1 131 GLU . 1 132 ASP . 1 133 GLU . 1 134 ALA . 1 135 ASN . 1 136 GLY . 1 137 LEU . 1 138 GLN . 1 139 ALA . 1 140 ALA . 1 141 PRO . 1 142 GLY . 1 143 ARG . 1 144 THR . 1 145 ALA . 1 146 SER . 1 147 PRO . 1 148 LEU . 1 149 SER . 1 150 THR . 1 151 ALA . 1 152 ALA . 1 153 ALA . 1 154 THR . 1 155 MET . 1 156 VAL . 1 157 SER . 1 158 SER . 1 159 SER . 1 160 PRO . 1 161 ALA . 1 162 THR . 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L . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'Tropomyosin alpha-1 chain {PDB ID=7nep, label_asym_id=L, auth_asym_id=P, SMTL ID=7nep.1.L}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 7nep, label_asym_id=L' 'target-template alignment' . 4 'model 7' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-12-25 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-12-20 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A L 2 1 P # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;LKLDKENALDRAEQAEADKKAAEDRSKQLEDELVSLQKKLKGTEDELDKYSEALKDAQEKLELAEKKATD AEADVASLNRRIQLVEEELDRAQERLATALQKLEEAEKAADESERGMKVIESRAQKDEEKMEIQEIQLKE AKHIAEDADRKYEEVARKLVIIESDLERAEERAELSEGKCAELEEELKTVTNNLKSLEAQAEKYSQKEDK YEEEIKVLSDKLKEAETRAEFAERSVTKLEKSIDDLEDELY ; ;LKLDKENALDRAEQAEADKKAAEDRSKQLEDELVSLQKKLKGTEDELDKYSEALKDAQEKLELAEKKATD AEADVASLNRRIQLVEEELDRAQERLATALQKLEEAEKAADESERGMKVIESRAQKDEEKMEIQEIQLKE AKHIAEDADRKYEEVARKLVIIESDLERAEERAELSEGKCAELEEELKTVTNNLKSLEAQAEKYSQKEDK YEEEIKVLSDKLKEAETRAEFAERSVTKLEKSIDDLEDELY ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 159 246 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 7nep 2024-05-01 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 1315 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 1315 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 6.2e-05 12.500 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MSMLKPSGLKAPTKILKPGSTALKTPAAAAAPVEKTIPSEKASGPPSSETQEEFVDDFRVGERVWVNGNKPGFIQFLGETQFAPGQWAGIVLDEPIGKNDGSVAGVRYFQCEPLKGIFTRPSKLTRKVQAEDEANGLQAAPGRTASPLSTAAATMVSSSPATPSNIPHKPSQSTAKEPSATPQISNLTKTASESISNLSEAGSVKKGERELKVGDRVLVGGTKAGVVRFLGETDFAKGEWCGVELDEPLGKNDGAVAGTRYFQCQPKYGLFAPVHKVTKIGFPSTTPAKAKAAAVRRVMAATPASLKRSPSASSLSSMSSVASSVSSKPSRTGLLTETSSRYARKISGTTALQEALKEKQQHIEQLLAERDLERAEVAKATSHVGEIEQELALARDGHDQHVLELEAKMDQLRTMVEAADREKVELLNQLEEEKRKVEDLQFRVEEESITKGDLEVATVSEKSRIMELEKDLALRAQEVAELRRRLESSKPPGDVDMSLSLLQEISALQEKLEAIHTDHQGEMTSLKEHFGAREEAFQKEIKALHTATEKLSKENESLRSKLDHANKENSDVIALWKSKLETAIASHQQAMEELKVSFSKGIGTDSAEFAELKTQIERLRLDYQHEIESLQSKQDSERSAHAKEMETMQAKLMKIIKEKEDSLEAVKARLDSAEDQHLVEMEDTLNKLQEAEIKANSITKELQEKELVLTGLQDSLNQVNQVKETLEKELQTLKEKFASTSEEAVSAQTRMQDTVNKLHQKEEQFNVLSSELEKLRENLTDMEAKFKEKDDREDQLVKAKEKLENDIAEIMKMSGDNSSQLTKMNDELRLKERSVEELQLKLTKANENASFLQKSIGEVTLKAEQSQQQAARKHEEEKKELEEKLLELEKKMETSYNQCQDLKAKYEKASSETKTKHEEILQNLQKMLADTEDKLKAAQEANRDLMQDMEELKTQADKAKAAQTAEDAMQIMEQMTKEKTETLASLEDTKQTNARLQNELDTLKENNLKTVEELNKSKELLSVENQKMEEFKKEIETLKQAAAQKSQQLSALQEENVKLAEELGRTRDEVTSHQKLEEERSVLNNQLLEMKKRESEFRKDADEEKASLQKSISLTSALLTEKDAELEKLRNEVTVLRGENATAKSLHSVVQTLESDKVKLELKVKNLELQLKENKRQLSSSSGNTDAQAEEDERAQESQIDFLNSVIVDLQRKNQDLKMKVEMMSEAALNGNGEDLNSYDSDDQEKQSKKKPRLFCDICDCFDLHDTEDCPTQAQMSEDPPHSTHHGSRSEERPYCEICEMFGHWATNCNDDETF 2 1 2 -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------LVIIESDLERAEERAELSEGKCAELEEELKTVTNNLKSLEAQAEKYSQKEDKYEEEIKVLSDKLKEAETRAEFAERSVTKLEKSIDDL---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL {QSQE=0.000}' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 7nep.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 7' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . MET 972 972 ? A 195.657 209.954 145.602 1 1 L MET 0.490 1 ATOM 2 C CA . MET 972 972 ? A 195.540 208.568 145.049 1 1 L MET 0.490 1 ATOM 3 C C . MET 972 972 ? A 194.492 208.489 143.984 1 1 L MET 0.490 1 ATOM 4 O O . MET 972 972 ? A 194.870 208.346 142.841 1 1 L MET 0.490 1 ATOM 5 C CB . MET 972 972 ? A 195.372 207.507 146.149 1 1 L MET 0.490 1 ATOM 6 C CG . MET 972 972 ? A 196.607 207.404 147.063 1 1 L MET 0.490 1 ATOM 7 S SD . MET 972 972 ? A 196.347 206.352 148.518 1 1 L MET 0.490 1 ATOM 8 C CE . MET 972 972 ? A 196.320 204.756 147.653 1 1 L MET 0.490 1 ATOM 9 N N . GLU 973 973 ? A 193.186 208.674 144.259 1 1 L GLU 0.580 1 ATOM 10 C CA . GLU 973 973 ? A 192.196 208.636 143.195 1 1 L GLU 0.580 1 ATOM 11 C C . GLU 973 973 ? A 192.429 209.521 141.974 1 1 L GLU 0.580 1 ATOM 12 O O . GLU 973 973 ? A 192.281 209.042 140.866 1 1 L GLU 0.580 1 ATOM 13 C CB . GLU 973 973 ? A 190.827 208.991 143.739 1 1 L GLU 0.580 1 ATOM 14 C CG . GLU 973 973 ? A 190.242 207.920 144.671 1 1 L GLU 0.580 1 ATOM 15 C CD . GLU 973 973 ? A 188.889 208.416 145.175 1 1 L GLU 0.580 1 ATOM 16 O OE1 . GLU 973 973 ? A 188.492 209.545 144.775 1 1 L GLU 0.580 1 ATOM 17 O OE2 . GLU 973 973 ? A 188.251 207.659 145.940 1 1 L GLU 0.580 1 ATOM 18 N N . GLN 974 974 ? A 192.849 210.801 142.098 1 1 L GLN 0.790 1 ATOM 19 C CA . GLN 974 974 ? A 193.242 211.585 140.924 1 1 L GLN 0.790 1 ATOM 20 C C . GLN 974 974 ? A 194.376 210.975 140.110 1 1 L GLN 0.790 1 ATOM 21 O O . GLN 974 974 ? A 194.241 210.751 138.914 1 1 L GLN 0.790 1 ATOM 22 C CB . GLN 974 974 ? A 193.664 213.019 141.340 1 1 L GLN 0.790 1 ATOM 23 C CG . GLN 974 974 ? A 194.207 213.926 140.199 1 1 L GLN 0.790 1 ATOM 24 C CD . GLN 974 974 ? A 193.160 214.149 139.100 1 1 L GLN 0.790 1 ATOM 25 O OE1 . GLN 974 974 ? A 191.956 214.023 139.343 1 1 L GLN 0.790 1 ATOM 26 N NE2 . GLN 974 974 ? A 193.608 214.489 137.874 1 1 L GLN 0.790 1 ATOM 27 N N . MET 975 975 ? A 195.487 210.600 140.774 1 1 L MET 0.750 1 ATOM 28 C CA . MET 975 975 ? A 196.611 209.939 140.149 1 1 L MET 0.750 1 ATOM 29 C C . MET 975 975 ? A 196.261 208.585 139.571 1 1 L MET 0.750 1 ATOM 30 O O . MET 975 975 ? A 196.801 208.210 138.549 1 1 L MET 0.750 1 ATOM 31 C CB . MET 975 975 ? A 197.764 209.742 141.148 1 1 L MET 0.750 1 ATOM 32 C CG . MET 975 975 ? A 198.405 211.049 141.635 1 1 L MET 0.750 1 ATOM 33 S SD . MET 975 975 ? A 199.598 210.785 142.983 1 1 L MET 0.750 1 ATOM 34 C CE . MET 975 975 ? A 200.889 209.989 141.979 1 1 L MET 0.750 1 ATOM 35 N N . THR 976 976 ? A 195.367 207.818 140.224 1 1 L THR 0.790 1 ATOM 36 C CA . THR 976 976 ? A 194.717 206.608 139.722 1 1 L THR 0.790 1 ATOM 37 C C . THR 976 976 ? A 193.772 206.845 138.560 1 1 L THR 0.790 1 ATOM 38 O O . THR 976 976 ? A 193.730 206.039 137.648 1 1 L THR 0.790 1 ATOM 39 C CB . THR 976 976 ? A 193.990 205.803 140.792 1 1 L THR 0.790 1 ATOM 40 O OG1 . THR 976 976 ? A 194.913 205.360 141.778 1 1 L THR 0.790 1 ATOM 41 C CG2 . THR 976 976 ? A 193.307 204.530 140.252 1 1 L THR 0.790 1 ATOM 42 N N . LYS 977 977 ? A 192.972 207.927 138.515 1 1 L LYS 0.790 1 ATOM 43 C CA . LYS 977 977 ? A 192.174 208.283 137.350 1 1 L LYS 0.790 1 ATOM 44 C C . LYS 977 977 ? A 193.060 208.627 136.165 1 1 L LYS 0.790 1 ATOM 45 O O . LYS 977 977 ? A 192.920 208.042 135.098 1 1 L LYS 0.790 1 ATOM 46 C CB . LYS 977 977 ? A 191.198 209.452 137.652 1 1 L LYS 0.790 1 ATOM 47 C CG . LYS 977 977 ? A 190.014 209.046 138.544 1 1 L LYS 0.790 1 ATOM 48 C CD . LYS 977 977 ? A 189.139 210.250 138.934 1 1 L LYS 0.790 1 ATOM 49 C CE . LYS 977 977 ? A 188.027 209.900 139.928 1 1 L LYS 0.790 1 ATOM 50 N NZ . LYS 977 977 ? A 187.230 211.105 140.254 1 1 L LYS 0.790 1 ATOM 51 N N . GLU 978 978 ? A 194.083 209.485 136.377 1 1 L GLU 0.780 1 ATOM 52 C CA . GLU 978 978 ? A 195.123 209.745 135.405 1 1 L GLU 0.780 1 ATOM 53 C C . GLU 978 978 ? A 195.864 208.479 135.066 1 1 L GLU 0.780 1 ATOM 54 O O . GLU 978 978 ? A 196.121 208.212 133.912 1 1 L GLU 0.780 1 ATOM 55 C CB . GLU 978 978 ? A 196.161 210.769 135.904 1 1 L GLU 0.780 1 ATOM 56 C CG . GLU 978 978 ? A 195.619 212.207 136.050 1 1 L GLU 0.780 1 ATOM 57 C CD . GLU 978 978 ? A 196.656 213.147 136.665 1 1 L GLU 0.780 1 ATOM 58 O OE1 . GLU 978 978 ? A 197.872 212.838 136.607 1 1 L GLU 0.780 1 ATOM 59 O OE2 . GLU 978 978 ? A 196.220 214.186 137.232 1 1 L GLU 0.780 1 ATOM 60 N N . LYS 979 979 ? A 196.189 207.611 136.039 1 1 L LYS 0.760 1 ATOM 61 C CA . LYS 979 979 ? A 196.758 206.304 135.788 1 1 L LYS 0.760 1 ATOM 62 C C . LYS 979 979 ? A 195.861 205.415 134.957 1 1 L LYS 0.760 1 ATOM 63 O O . LYS 979 979 ? A 196.341 204.812 134.021 1 1 L LYS 0.760 1 ATOM 64 C CB . LYS 979 979 ? A 197.079 205.554 137.100 1 1 L LYS 0.760 1 ATOM 65 C CG . LYS 979 979 ? A 197.706 204.159 136.983 1 1 L LYS 0.760 1 ATOM 66 C CD . LYS 979 979 ? 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'normalized score' global . 6 # # loop_ _ma_qa_metric_global.ordinal_id _ma_qa_metric_global.model_id _ma_qa_metric_global.metric_id _ma_qa_metric_global.metric_value 1 1 2 0.773 2 1 3 0.035 # # loop_ _ma_qa_metric_local.ordinal_id _ma_qa_metric_local.model_id _ma_qa_metric_local.label_asym_id _ma_qa_metric_local.label_seq_id _ma_qa_metric_local.label_comp_id _ma_qa_metric_local.metric_id _ma_qa_metric_local.metric_value 1 1 A 972 MET 1 0.490 2 1 A 973 GLU 1 0.580 3 1 A 974 GLN 1 0.790 4 1 A 975 MET 1 0.750 5 1 A 976 THR 1 0.790 6 1 A 977 LYS 1 0.790 7 1 A 978 GLU 1 0.780 8 1 A 979 LYS 1 0.760 9 1 A 980 THR 1 0.800 10 1 A 981 GLU 1 0.770 11 1 A 982 THR 1 0.780 12 1 A 983 LEU 1 0.760 13 1 A 984 ALA 1 0.810 14 1 A 985 SER 1 0.770 15 1 A 986 LEU 1 0.740 16 1 A 987 GLU 1 0.740 17 1 A 988 ASP 1 0.740 18 1 A 989 THR 1 0.750 19 1 A 990 LYS 1 0.730 20 1 A 991 GLN 1 0.760 21 1 A 992 THR 1 0.770 22 1 A 993 ASN 1 0.770 23 1 A 994 ALA 1 0.850 24 1 A 995 ARG 1 0.730 25 1 A 996 LEU 1 0.790 26 1 A 997 GLN 1 0.800 27 1 A 998 ASN 1 0.810 28 1 A 999 GLU 1 0.780 29 1 A 1000 LEU 1 0.780 30 1 A 1001 ASP 1 0.790 31 1 A 1002 THR 1 0.800 32 1 A 1003 LEU 1 0.770 33 1 A 1004 LYS 1 0.750 34 1 A 1005 GLU 1 0.780 35 1 A 1006 ASN 1 0.770 36 1 A 1007 ASN 1 0.760 37 1 A 1008 LEU 1 0.780 38 1 A 1009 LYS 1 0.760 39 1 A 1010 THR 1 0.780 40 1 A 1011 VAL 1 0.810 41 1 A 1012 GLU 1 0.790 42 1 A 1013 GLU 1 0.770 43 1 A 1014 LEU 1 0.780 44 1 A 1015 ASN 1 0.790 45 1 A 1016 LYS 1 0.760 46 1 A 1017 SER 1 0.790 47 1 A 1018 LYS 1 0.750 48 1 A 1019 GLU 1 0.770 49 1 A 1020 LEU 1 0.760 50 1 A 1021 LEU 1 0.760 51 1 A 1022 SER 1 0.800 52 1 A 1023 VAL 1 0.800 53 1 A 1024 GLU 1 0.760 54 1 A 1025 ASN 1 0.780 55 1 A 1026 GLN 1 0.800 56 1 A 1027 LYS 1 0.770 57 1 A 1028 MET 1 0.790 58 1 A 1029 GLU 1 0.820 59 1 A 1030 GLU 1 0.810 60 1 A 1031 PHE 1 0.790 61 1 A 1032 LYS 1 0.800 62 1 A 1033 LYS 1 0.810 63 1 A 1034 GLU 1 0.800 64 1 A 1035 ILE 1 0.800 65 1 A 1036 GLU 1 0.790 66 1 A 1037 THR 1 0.810 67 1 A 1038 LEU 1 0.790 68 1 A 1039 LYS 1 0.760 69 1 A 1040 GLN 1 0.790 70 1 A 1041 ALA 1 0.840 71 1 A 1042 ALA 1 0.840 72 1 A 1043 ALA 1 0.840 73 1 A 1044 GLN 1 0.790 74 1 A 1045 LYS 1 0.770 75 1 A 1046 SER 1 0.810 76 1 A 1047 GLN 1 0.790 77 1 A 1048 GLN 1 0.790 78 1 A 1049 LEU 1 0.790 79 1 A 1050 SER 1 0.820 80 1 A 1051 ALA 1 0.850 81 1 A 1052 LEU 1 0.800 82 1 A 1053 GLN 1 0.790 83 1 A 1054 GLU 1 0.790 84 1 A 1055 GLU 1 0.770 85 1 A 1056 ASN 1 0.740 86 1 A 1057 VAL 1 0.780 87 1 A 1058 LYS 1 0.610 88 1 A 1059 LEU 1 0.500 # # loop_ _pdbx_data_usage.id _pdbx_data_usage.type _pdbx_data_usage.details _pdbx_data_usage.url 1 license ;This SWISS-MODEL protein model is copyright. It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. 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All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #