data_SMR-c0957c7f521ada00aba6d83135a22026_2 _entry.id SMR-c0957c7f521ada00aba6d83135a22026_2 _struct.entry_id SMR-c0957c7f521ada00aba6d83135a22026_2 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - Q80WC1 (isoform 2)/ UBN2_MOUSE, Ubinuclein-2 Estimated model accuracy of this model is 0.0, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries Q80WC1 (isoform 2)' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 5 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' UNK 'L-peptide linking' UNKNOWN . . 'CCD local' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 165814.302 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP UBN2_MOUSE Q80WC1 1 ;MAEPRRVAFISLSPVRRREADFAGAEREPPRLEPQPYREPARAEPAPRADAQPPARDKPLPQREVSRAEP PMALQREPPRPEPPPPPLPLQTPPPRESASRAEPPPRPPKETVRLELVLKDPTDESCVEFSYPELLLCGE QRKKLVHTEDPFTDEHKERQEVEMLAKKFEMKYGGKARKHRKDRLQDLIDIGFGYDETDPFIDNSEAYDE LVPASLTTKYGGFYINTGTLQFRQASDTEEDDFTDNQKHKPPKVPKIKEDDIEVKKRKRKEEGEKEKKPR KKVPKQLGVVALNSHKSEKKKKRYKDSLSLAAMIRKFQKEKDALKKESTPKVPVTPSSSSLPKPPCVTTA LGDDIPDLGLNSADPDLPIFVSTNEHELFQEAENALEMLDDFDFDRLLDATSDGSPLSESGGENGNTTHP TFPSQVVPKVVPTLPEGLPVLLEKRIEDLRVVSAAKLFDEEGRKKFFTQDMNNILLDIELQLQELGPVIR SGVYSHLEAFVPCNKETLVKRLKKLHLNVQDDRLREPLQKLKLAVSNVMPEQLFKYQEDCQARSQAKCAK LQADEEREKNGSDDDDDEKPGKRVIGPRKKFHWDDTIRTLLCNLVEIKLGCYELEPNKSQSAEDYLKSFM ETEVKPLWPKGWMQARMLFKESRSVHNHLTSAPAKKKVIPASKPKVKECSPKKDPKAPASVVASGGGPST SSSTSIVASASSSSAPAQETICLDDSLDEDLSFPSASLDLVSEALAVINNGNKGPSVGSRLNVPTTKPRP GLREEKLASIMSKLPLATPKKLDSTQTAHSSSLIAGHTGPVPKKPQDLAHTGISSGLIAGSSIQNPKVSL EPLPARLLQQGLQRSSQIHASSSSQTHVSSSQAQAAASSHALGTSEAQDASSLTQVTKVHQHSAVQQNYV SPLQATISKSQTNPVVKLSNNPQLSCSSQLLKTSDKPLMYRLPLSTPSPGNGSQGPHPLVSRTAPSTTTS SNYLAKAMVSQISTQGFKSPFSMAASPKLAASPKPATSPKPLPSPKPSVSPKPSLSAKPSISTKQISKSN PAPKPAVCPSSSSPNTLVAQSSHSTSNNPVHKQPSGMNISRQSPTLNLLPSNRTSGLPTTKTLQAPSKLT NSSSTGTAGKNSLSGIPMNVPASRGSNLNSSGANRTSLSGGTGSGTQGATKPLSTPHRPTSASGSSVVTA SVQSTAGASLLANASPLTLMTSPLSVTNQTVTPFGMLGGLVPVTMPFQFPLELLGFGTDTAGVTATSGST SAALHHSLTQNLLKSLQPGAQHAAALPHSPLPAHLQQAFNDGGQSKGDTKLPRKPQ ; Ubinuclein-2 # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 1316 1 1316 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . UBN2_MOUSE Q80WC1 Q80WC1-2 1 1316 10090 'Mus musculus (Mouse)' 2007-07-24 61AFABE29E833FFA # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no D ;MAEPRRVAFISLSPVRRREADFAGAEREPPRLEPQPYREPARAEPAPRADAQPPARDKPLPQREVSRAEP PMALQREPPRPEPPPPPLPLQTPPPRESASRAEPPPRPPKETVRLELVLKDPTDESCVEFSYPELLLCGE QRKKLVHTEDPFTDEHKERQEVEMLAKKFEMKYGGKARKHRKDRLQDLIDIGFGYDETDPFIDNSEAYDE LVPASLTTKYGGFYINTGTLQFRQASDTEEDDFTDNQKHKPPKVPKIKEDDIEVKKRKRKEEGEKEKKPR KKVPKQLGVVALNSHKSEKKKKRYKDSLSLAAMIRKFQKEKDALKKESTPKVPVTPSSSSLPKPPCVTTA LGDDIPDLGLNSADPDLPIFVSTNEHELFQEAENALEMLDDFDFDRLLDATSDGSPLSESGGENGNTTHP TFPSQVVPKVVPTLPEGLPVLLEKRIEDLRVVSAAKLFDEEGRKKFFTQDMNNILLDIELQLQELGPVIR SGVYSHLEAFVPCNKETLVKRLKKLHLNVQDDRLREPLQKLKLAVSNVMPEQLFKYQEDCQARSQAKCAK LQADEEREKNGSDDDDDEKPGKRVIGPRKKFHWDDTIRTLLCNLVEIKLGCYELEPNKSQSAEDYLKSFM ETEVKPLWPKGWMQARMLFKESRSVHNHLTSAPAKKKVIPASKPKVKECSPKKDPKAPASVVASGGGPST SSSTSIVASASSSSAPAQETICLDDSLDEDLSFPSASLDLVSEALAVINNGNKGPSVGSRLNVPTTKPRP GLREEKLASIMSKLPLATPKKLDSTQTAHSSSLIAGHTGPVPKKPQDLAHTGISSGLIAGSSIQNPKVSL EPLPARLLQQGLQRSSQIHASSSSQTHVSSSQAQAAASSHALGTSEAQDASSLTQVTKVHQHSAVQQNYV SPLQATISKSQTNPVVKLSNNPQLSCSSQLLKTSDKPLMYRLPLSTPSPGNGSQGPHPLVSRTAPSTTTS SNYLAKAMVSQISTQGFKSPFSMAASPKLAASPKPATSPKPLPSPKPSVSPKPSLSAKPSISTKQISKSN PAPKPAVCPSSSSPNTLVAQSSHSTSNNPVHKQPSGMNISRQSPTLNLLPSNRTSGLPTTKTLQAPSKLT NSSSTGTAGKNSLSGIPMNVPASRGSNLNSSGANRTSLSGGTGSGTQGATKPLSTPHRPTSASGSSVVTA SVQSTAGASLLANASPLTLMTSPLSVTNQTVTPFGMLGGLVPVTMPFQFPLELLGFGTDTAGVTATSGST SAALHHSLTQNLLKSLQPGAQHAAALPHSPLPAHLQQAFNDGGQSKGDTKLPRKPQ ; ;MAEPRRVAFISLSPVRRREADFAGAEREPPRLEPQPYREPARAEPAPRADAQPPARDKPLPQREVSRAEP PMALQREPPRPEPPPPPLPLQTPPPRESASRAEPPPRPPKETVRLELVLKDPTDESCVEFSYPELLLCGE QRKKLVHTEDPFTDEHKERQEVEMLAKKFEMKYGGKARKHRKDRLQDLIDIGFGYDETDPFIDNSEAYDE LVPASLTTKYGGFYINTGTLQFRQASDTEEDDFTDNQKHKPPKVPKIKEDDIEVKKRKRKEEGEKEKKPR 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D . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'Ubinuclein-1 {PDB ID=4zbj, label_asym_id=D, auth_asym_id=D, SMTL ID=4zbj.1.D}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by BLAST to 4zbj, label_asym_id=D' 'target-template alignment' . 4 'model 2' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-12-25 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-12-20 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A D 4 1 D # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 (UNK)IQDLIDMGYGYDESDSFIDNSEAYDEL XIQDLIDMGYGYDESDSFIDNSEAYDEL # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 2 28 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 4zbj 2024-10-30 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 1316 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 1316 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'BLAST e-value' . 2.03e-08 81.481 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MAEPRRVAFISLSPVRRREADFAGAEREPPRLEPQPYREPARAEPAPRADAQPPARDKPLPQREVSRAEPPMALQREPPRPEPPPPPLPLQTPPPRESASRAEPPPRPPKETVRLELVLKDPTDESCVEFSYPELLLCGEQRKKLVHTEDPFTDEHKERQEVEMLAKKFEMKYGGKARKHRKDRLQDLIDIGFGYDETDPFIDNSEAYDELVPASLTTKYGGFYINTGTLQFRQASDTEEDDFTDNQKHKPPKVPKIKEDDIEVKKRKRKEEGEKEKKPRKKVPKQLGVVALNSHKSEKKKKRYKDSLSLAAMIRKFQKEKDALKKESTPKVPVTPSSSSLPKPPCVTTALGDDIPDLGLNSADPDLPIFVSTNEHELFQEAENALEMLDDFDFDRLLDATSDGSPLSESGGENGNTTHPTFPSQVVPKVVPTLPEGLPVLLEKRIEDLRVVSAAKLFDEEGRKKFFTQDMNNILLDIELQLQELGPVIRSGVYSHLEAFVPCNKETLVKRLKKLHLNVQDDRLREPLQKLKLAVSNVMPEQLFKYQEDCQARSQAKCAKLQADEEREKNGSDDDDDEKPGKRVIGPRKKFHWDDTIRTLLCNLVEIKLGCYELEPNKSQSAEDYLKSFMETEVKPLWPKGWMQARMLFKESRSVHNHLTSAPAKKKVIPASKPKVKECSPKKDPKAPASVVASGGGPSTSSSTSIVASASSSSAPAQETICLDDSLDEDLSFPSASLDLVSEALAVINNGNKGPSVGSRLNVPTTKPRPGLREEKLASIMSKLPLATPKKLDSTQTAHSSSLIAGHTGPVPKKPQDLAHTGISSGLIAGSSIQNPKVSLEPLPARLLQQGLQRSSQIHASSSSQTHVSSSQAQAAASSHALGTSEAQDASSLTQVTKVHQHSAVQQNYVSPLQATISKSQTNPVVKLSNNPQLSCSSQLLKTSDKPLMYRLPLSTPSPGNGSQGPHPLVSRTAPSTTTSSNYLAKAMVSQISTQGFKSPFSMAASPKLAASPKPATSPKPLPSPKPSVSPKPSLSAKPSISTKQISKSNPAPKPAVCPSSSSPNTLVAQSSHSTSNNPVHKQPSGMNISRQSPTLNLLPSNRTSGLPTTKTLQAPSKLTNSSSTGTAGKNSLSGIPMNVPASRGSNLNSSGANRTSLSGGTGSGTQGATKPLSTPHRPTSASGSSVVTASVQSTAGASLLANASPLTLMTSPLSVTNQTVTPFGMLGGLVPVTMPFQFPLELLGFGTDTAGVTATSGSTSAALHHSLTQNLLKSLQPGAQHAAALPHSPLPAHLQQAFNDGGQSKGDTKLPRKPQ 2 1 2 ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------IQDLIDMGYGYDESDSFIDNSEAYDEL------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL {QSQE=0.000}' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 4zbj.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 2' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . LEU 185 185 ? A 11.884 23.937 3.664 1 1 D LEU 0.830 1 ATOM 2 C CA . LEU 185 185 ? A 10.550 23.371 4.054 1 1 D LEU 0.830 1 ATOM 3 C C . LEU 185 185 ? A 9.358 24.019 3.390 1 1 D LEU 0.830 1 ATOM 4 O O . LEU 185 185 ? A 8.488 23.295 2.904 1 1 D LEU 0.830 1 ATOM 5 C CB . LEU 185 185 ? A 10.384 23.345 5.589 1 1 D LEU 0.830 1 ATOM 6 C CG . LEU 185 185 ? A 11.381 22.439 6.340 1 1 D LEU 0.830 1 ATOM 7 C CD1 . LEU 185 185 ? A 11.228 22.634 7.851 1 1 D LEU 0.830 1 ATOM 8 C CD2 . LEU 185 185 ? A 11.198 20.954 6.004 1 1 D LEU 0.830 1 ATOM 9 N N . GLN 186 186 ? A 9.259 25.346 3.279 1 1 D GLN 0.810 1 ATOM 10 C CA . GLN 186 186 ? A 8.138 25.993 2.608 1 1 D GLN 0.810 1 ATOM 11 C C . GLN 186 186 ? A 8.009 25.561 1.154 1 1 D GLN 0.810 1 ATOM 12 O O . GLN 186 186 ? A 6.933 25.084 0.752 1 1 D GLN 0.810 1 ATOM 13 C CB . GLN 186 186 ? A 8.293 27.522 2.761 1 1 D GLN 0.810 1 ATOM 14 C CG . GLN 186 186 ? A 7.075 28.355 2.316 1 1 D GLN 0.810 1 ATOM 15 C CD . GLN 186 186 ? A 5.820 27.881 3.045 1 1 D GLN 0.810 1 ATOM 16 O OE1 . GLN 186 186 ? A 5.849 27.666 4.267 1 1 D GLN 0.810 1 ATOM 17 N NE2 . GLN 186 186 ? A 4.709 27.684 2.321 1 1 D GLN 0.810 1 ATOM 18 N N . ASP 187 187 ? A 9.069 25.501 0.357 1 1 D ASP 0.530 1 ATOM 19 C CA . ASP 187 187 ? A 9.092 25.001 -1.012 1 1 D ASP 0.530 1 ATOM 20 C C . ASP 187 187 ? A 8.541 23.585 -1.165 1 1 D ASP 0.530 1 ATOM 21 O O . ASP 187 187 ? A 7.874 23.249 -2.148 1 1 D ASP 0.530 1 ATOM 22 C CB . ASP 187 187 ? A 10.543 25.021 -1.549 1 1 D ASP 0.530 1 ATOM 23 C CG . ASP 187 187 ? A 11.156 26.411 -1.449 1 1 D ASP 0.530 1 ATOM 24 O OD1 . ASP 187 187 ? A 10.407 27.411 -1.539 1 1 D ASP 0.530 1 ATOM 25 O OD2 . ASP 187 187 ? A 12.381 26.463 -1.172 1 1 D ASP 0.530 1 ATOM 26 N N . LEU 188 188 ? A 8.790 22.715 -0.175 1 1 D LEU 0.470 1 ATOM 27 C CA . LEU 188 188 ? A 8.237 21.373 -0.074 1 1 D LEU 0.470 1 ATOM 28 C C . LEU 188 188 ? A 6.734 21.358 0.131 1 1 D LEU 0.470 1 ATOM 29 O O . LEU 188 188 ? A 6.031 20.505 -0.422 1 1 D LEU 0.470 1 ATOM 30 C CB . LEU 188 188 ? A 8.919 20.563 1.054 1 1 D LEU 0.470 1 ATOM 31 C CG . LEU 188 188 ? A 8.444 19.103 1.203 1 1 D LEU 0.470 1 ATOM 32 C CD1 . LEU 188 188 ? A 8.584 18.296 -0.092 1 1 D LEU 0.470 1 ATOM 33 C CD2 . LEU 188 188 ? A 9.173 18.411 2.359 1 1 D LEU 0.470 1 ATOM 34 N N . ILE 189 189 ? A 6.180 22.283 0.923 1 1 D ILE 0.520 1 ATOM 35 C CA . ILE 189 189 ? A 4.744 22.461 1.076 1 1 D ILE 0.520 1 ATOM 36 C C . ILE 189 189 ? A 4.140 22.937 -0.237 1 1 D ILE 0.520 1 ATOM 37 O O . ILE 189 189 ? A 3.151 22.384 -0.731 1 1 D ILE 0.520 1 ATOM 38 C CB . ILE 189 189 ? A 4.420 23.402 2.235 1 1 D ILE 0.520 1 ATOM 39 C CG1 . ILE 189 189 ? A 5.006 22.830 3.549 1 1 D ILE 0.520 1 ATOM 40 C CG2 . ILE 189 189 ? A 2.897 23.628 2.342 1 1 D ILE 0.520 1 ATOM 41 C CD1 . ILE 189 189 ? A 4.940 23.785 4.741 1 1 D ILE 0.520 1 ATOM 42 N N . ASP 190 190 ? A 4.784 23.904 -0.905 1 1 D ASP 0.610 1 ATOM 43 C CA . ASP 190 190 ? A 4.198 24.568 -2.045 1 1 D ASP 0.610 1 ATOM 44 C C . ASP 190 190 ? A 4.454 23.826 -3.374 1 1 D ASP 0.610 1 ATOM 45 O O . ASP 190 190 ? A 3.930 24.200 -4.421 1 1 D ASP 0.610 1 ATOM 46 C CB . ASP 190 190 ? A 4.625 26.062 -2.095 1 1 D ASP 0.610 1 ATOM 47 C CG . ASP 190 190 ? A 4.266 26.801 -0.807 1 1 D ASP 0.610 1 ATOM 48 O OD1 . ASP 190 190 ? A 3.286 26.405 -0.127 1 1 D ASP 0.610 1 ATOM 49 O OD2 . ASP 190 190 ? A 4.972 27.787 -0.469 1 1 D ASP 0.610 1 ATOM 50 N N . ILE 191 191 ? A 5.199 22.693 -3.346 1 1 D ILE 0.520 1 ATOM 51 C CA . ILE 191 191 ? A 5.742 21.957 -4.502 1 1 D ILE 0.520 1 ATOM 52 C C . ILE 191 191 ? A 4.739 21.470 -5.529 1 1 D ILE 0.520 1 ATOM 53 O O . ILE 191 191 ? A 4.995 21.509 -6.746 1 1 D ILE 0.520 1 ATOM 54 C CB . ILE 191 191 ? A 6.636 20.778 -4.062 1 1 D ILE 0.520 1 ATOM 55 C CG1 . ILE 191 191 ? A 7.555 20.272 -5.204 1 1 D ILE 0.520 1 ATOM 56 C CG2 . ILE 191 191 ? A 5.837 19.628 -3.414 1 1 D ILE 0.520 1 ATOM 57 C CD1 . ILE 191 191 ? A 8.670 19.338 -4.723 1 1 D ILE 0.520 1 ATOM 58 N N . GLY 192 192 ? A 3.576 20.977 -5.086 1 1 D GLY 0.640 1 ATOM 59 C CA . GLY 192 192 ? A 2.558 20.376 -5.939 1 1 D GLY 0.640 1 ATOM 60 C C . GLY 192 192 ? A 1.571 21.362 -6.493 1 1 D GLY 0.640 1 ATOM 61 O O . GLY 192 192 ? A 0.773 21.033 -7.369 1 1 D GLY 0.640 1 ATOM 62 N N . PHE 193 193 ? A 1.574 22.606 -5.992 1 1 D PHE 0.580 1 ATOM 63 C CA . PHE 193 193 ? A 0.642 23.623 -6.434 1 1 D PHE 0.580 1 ATOM 64 C C . PHE 193 193 ? A 0.996 24.182 -7.800 1 1 D PHE 0.580 1 ATOM 65 O O . PHE 193 193 ? A 2.157 24.274 -8.191 1 1 D PHE 0.580 1 ATOM 66 C CB . PHE 193 193 ? A 0.518 24.800 -5.439 1 1 D PHE 0.580 1 ATOM 67 C CG . PHE 193 193 ? A -0.174 24.371 -4.181 1 1 D PHE 0.580 1 ATOM 68 C CD1 . PHE 193 193 ? A -1.572 24.273 -4.075 1 1 D PHE 0.580 1 ATOM 69 C CD2 . PHE 193 193 ? A 0.600 24.085 -3.056 1 1 D PHE 0.580 1 ATOM 70 C CE1 . PHE 193 193 ? A -2.162 23.920 -2.853 1 1 D PHE 0.580 1 ATOM 71 C CE2 . PHE 193 193 ? 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A 4.004 21.637 -12.844 1 1 D TYR 0.510 1 ATOM 86 C CE2 . TYR 195 195 ? A 3.764 21.534 -10.439 1 1 D TYR 0.510 1 ATOM 87 C CZ . TYR 195 195 ? A 4.575 21.667 -11.569 1 1 D TYR 0.510 1 ATOM 88 O OH . TYR 195 195 ? A 5.966 21.824 -11.426 1 1 D TYR 0.510 1 ATOM 89 N N . ASP 196 196 ? A -2.115 21.821 -13.833 1 1 D ASP 0.640 1 ATOM 90 C CA . ASP 196 196 ? A -3.454 21.501 -14.278 1 1 D ASP 0.640 1 ATOM 91 C C . ASP 196 196 ? A -3.836 20.089 -13.828 1 1 D ASP 0.640 1 ATOM 92 O O . ASP 196 196 ? A -3.443 19.100 -14.435 1 1 D ASP 0.640 1 ATOM 93 C CB . ASP 196 196 ? A -3.561 21.643 -15.821 1 1 D ASP 0.640 1 ATOM 94 C CG . ASP 196 196 ? A -4.997 21.414 -16.280 1 1 D ASP 0.640 1 ATOM 95 O OD1 . ASP 196 196 ? A -5.927 21.686 -15.473 1 1 D ASP 0.640 1 ATOM 96 O OD2 . ASP 196 196 ? A -5.188 20.931 -17.420 1 1 D ASP 0.640 1 ATOM 97 N N . GLU 197 197 ? A -4.652 19.972 -12.759 1 1 D GLU 0.650 1 ATOM 98 C CA . GLU 197 197 ? A -5.068 18.696 -12.196 1 1 D GLU 0.650 1 ATOM 99 C C . GLU 197 197 ? 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'normalized score' global . 6 # # loop_ _ma_qa_metric_global.ordinal_id _ma_qa_metric_global.model_id _ma_qa_metric_global.metric_id _ma_qa_metric_global.metric_value 1 1 2 0.609 2 1 3 0 # # loop_ _ma_qa_metric_local.ordinal_id _ma_qa_metric_local.model_id _ma_qa_metric_local.label_asym_id _ma_qa_metric_local.label_seq_id _ma_qa_metric_local.label_comp_id _ma_qa_metric_local.metric_id _ma_qa_metric_local.metric_value 1 1 A 185 LEU 1 0.830 2 1 A 186 GLN 1 0.810 3 1 A 187 ASP 1 0.530 4 1 A 188 LEU 1 0.470 5 1 A 189 ILE 1 0.520 6 1 A 190 ASP 1 0.610 7 1 A 191 ILE 1 0.520 8 1 A 192 GLY 1 0.640 9 1 A 193 PHE 1 0.580 10 1 A 194 GLY 1 0.630 11 1 A 195 TYR 1 0.510 12 1 A 196 ASP 1 0.640 13 1 A 197 GLU 1 0.650 14 1 A 198 THR 1 0.650 15 1 A 199 ASP 1 0.660 16 1 A 200 PRO 1 0.610 17 1 A 201 PHE 1 0.530 18 1 A 202 ILE 1 0.560 19 1 A 203 ASP 1 0.600 20 1 A 204 ASN 1 0.670 21 1 A 205 SER 1 0.570 # # loop_ _pdbx_data_usage.id _pdbx_data_usage.type _pdbx_data_usage.details _pdbx_data_usage.url 1 license ;This SWISS-MODEL protein model is copyright. It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #