data_SMR-a8c5c6f9de438eaa5ffebf9bc3496021_1 _entry.id SMR-a8c5c6f9de438eaa5ffebf9bc3496021_1 _struct.entry_id SMR-a8c5c6f9de438eaa5ffebf9bc3496021_1 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - Q9JKC9/ SYNRG_RAT, Synergin gamma Estimated model accuracy of this model is 0.072, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries Q9JKC9' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 165420.381 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP SYNRG_RAT Q9JKC9 1 ;MALRPGAGASGAAGAGTGPGGAGSFMFPVAGGMRPPQGLIPMQQQGFPMVSVMQPNMQGMMGMNYSSQMS QGPIAMQAGIPMGPMPAAGVPFLGQPPFLGMRPAAPQYTPDMQKQFAEEQQKRFEQQQKLLEEERKRRQF EEQKQKLRLLSSVKPKTGEKNRDDALEAIKGNLDGFSRDAKMHPTPASHPKKPDCPTSSHSTKTVSPSSA FLGEDEFSGFMQGPVELPTCGPSSTAQPFQSFLPSTPLGQLHTQKAGAQPLPPGQAPVSFAVHGVHGQIP CLSAASASHSMQKAGPSLEEKLLVSCDISASGQEHIKLSSPEAGHRAVVPGSSKNSPGLMAHNGGAVDGC VSGPTTAVAEKTSDQNLSKEESGVGVFPSQDPVQPRMPPWIYNESLVPDAYKKILETTMTPTGIDTAKLY PILMSSGLPRETLGQIWALANRTTPGKLTKEELYTVLAMVAVTQRGVPAMSPDTLNQFPAAPIPTLSGFP MTLPTPVSQPTAMTSGPAGSIPLSLGQPIMGINLVGPVGGAAAPTSSGFMPAYPSNQVGKTEEDDFQDFQ DASKSGSIDDSFTDFQEVPASSKTSNSQHGNSAPSLLIPLPGTKASTDKYAVFKGISAEKPSENPASFGE SGDKYSAFRELEPTADSKPLGESFAEFRSTGTDDGFTDFKTADSVSPLEPPTKDSFPSAFASGAAQQTQT QVKTPLNLADLDMFSSVDCSGEKPVPFSAAFSTSKSVSSRPQPAGSAAAPASLASTKASSLADDFGEFNL FGEYSNPASVGEQDDFADFMAFGNSSIPSEPKADDKYEALREEGSPGALSTSTVEGAHNPPVSSSKYDVF KQLSLEGAGLAIEEFKENTPSTKSDGDFADFHSSKFSSTSSDKSLGEKAVAFRHAKEDSASVKSLDLPSI GGSSVGKEDSEDALSVQFDMKLADVGGDLKHVMSDSSLDLPTVSGQHPPAAGSALASEDALPETPFPAFA SFKDMMPQTTEQKEYESGDFQDFTRQDMPMVDRSQENTCPSPASSVASHETPKEGADDFGEFQSEKPKIS KFDFLVANSQSKMKSSEEMIKSELATFDLSVQGSHKRSLSLGDKEISRSSPSPALEQPFRDRSNTLSERA ALPVIRDKYKDLTGEVEENERYAYEWQRCLGSALDVIKKANDTLNGISSSAVCTEVIQSAQGMEYLLGVV EVYRVTKRVELGIKATAVCSEKLQQLLKDIDKVWNNLIGFMSLTTLTPDENSLDFSSCMLRPGIKNAQEL ACGVCLLNVDSRSRKEETPAEEQPKKAFNSETDSFKLAYGGHQYHASCANFWINCVEPKPPGLLLPDLL ; 'Synergin gamma' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 1329 1 1329 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . SYNRG_RAT Q9JKC9 . 1 1329 10116 'Rattus norvegicus (Rat)' 2007-02-06 D0B06BBF0CDAE083 # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no A ;MALRPGAGASGAAGAGTGPGGAGSFMFPVAGGMRPPQGLIPMQQQGFPMVSVMQPNMQGMMGMNYSSQMS QGPIAMQAGIPMGPMPAAGVPFLGQPPFLGMRPAAPQYTPDMQKQFAEEQQKRFEQQQKLLEEERKRRQF EEQKQKLRLLSSVKPKTGEKNRDDALEAIKGNLDGFSRDAKMHPTPASHPKKPDCPTSSHSTKTVSPSSA FLGEDEFSGFMQGPVELPTCGPSSTAQPFQSFLPSTPLGQLHTQKAGAQPLPPGQAPVSFAVHGVHGQIP CLSAASASHSMQKAGPSLEEKLLVSCDISASGQEHIKLSSPEAGHRAVVPGSSKNSPGLMAHNGGAVDGC VSGPTTAVAEKTSDQNLSKEESGVGVFPSQDPVQPRMPPWIYNESLVPDAYKKILETTMTPTGIDTAKLY PILMSSGLPRETLGQIWALANRTTPGKLTKEELYTVLAMVAVTQRGVPAMSPDTLNQFPAAPIPTLSGFP MTLPTPVSQPTAMTSGPAGSIPLSLGQPIMGINLVGPVGGAAAPTSSGFMPAYPSNQVGKTEEDDFQDFQ DASKSGSIDDSFTDFQEVPASSKTSNSQHGNSAPSLLIPLPGTKASTDKYAVFKGISAEKPSENPASFGE SGDKYSAFRELEPTADSKPLGESFAEFRSTGTDDGFTDFKTADSVSPLEPPTKDSFPSAFASGAAQQTQT QVKTPLNLADLDMFSSVDCSGEKPVPFSAAFSTSKSVSSRPQPAGSAAAPASLASTKASSLADDFGEFNL FGEYSNPASVGEQDDFADFMAFGNSSIPSEPKADDKYEALREEGSPGALSTSTVEGAHNPPVSSSKYDVF KQLSLEGAGLAIEEFKENTPSTKSDGDFADFHSSKFSSTSSDKSLGEKAVAFRHAKEDSASVKSLDLPSI GGSSVGKEDSEDALSVQFDMKLADVGGDLKHVMSDSSLDLPTVSGQHPPAAGSALASEDALPETPFPAFA SFKDMMPQTTEQKEYESGDFQDFTRQDMPMVDRSQENTCPSPASSVASHETPKEGADDFGEFQSEKPKIS KFDFLVANSQSKMKSSEEMIKSELATFDLSVQGSHKRSLSLGDKEISRSSPSPALEQPFRDRSNTLSERA ALPVIRDKYKDLTGEVEENERYAYEWQRCLGSALDVIKKANDTLNGISSSAVCTEVIQSAQGMEYLLGVV EVYRVTKRVELGIKATAVCSEKLQQLLKDIDKVWNNLIGFMSLTTLTPDENSLDFSSCMLRPGIKNAQEL ACGVCLLNVDSRSRKEETPAEEQPKKAFNSETDSFKLAYGGHQYHASCANFWINCVEPKPPGLLLPDLL ; ;MALRPGAGASGAAGAGTGPGGAGSFMFPVAGGMRPPQGLIPMQQQGFPMVSVMQPNMQGMMGMNYSSQMS QGPIAMQAGIPMGPMPAAGVPFLGQPPFLGMRPAAPQYTPDMQKQFAEEQQKRFEQQQKLLEEERKRRQF EEQKQKLRLLSSVKPKTGEKNRDDALEAIKGNLDGFSRDAKMHPTPASHPKKPDCPTSSHSTKTVSPSSA FLGEDEFSGFMQGPVELPTCGPSSTAQPFQSFLPSTPLGQLHTQKAGAQPLPPGQAPVSFAVHGVHGQIP CLSAASASHSMQKAGPSLEEKLLVSCDISASGQEHIKLSSPEAGHRAVVPGSSKNSPGLMAHNGGAVDGC VSGPTTAVAEKTSDQNLSKEESGVGVFPSQDPVQPRMPPWIYNESLVPDAYKKILETTMTPTGIDTAKLY PILMSSGLPRETLGQIWALANRTTPGKLTKEELYTVLAMVAVTQRGVPAMSPDTLNQFPAAPIPTLSGFP MTLPTPVSQPTAMTSGPAGSIPLSLGQPIMGINLVGPVGGAAAPTSSGFMPAYPSNQVGKTEEDDFQDFQ DASKSGSIDDSFTDFQEVPASSKTSNSQHGNSAPSLLIPLPGTKASTDKYAVFKGISAEKPSENPASFGE SGDKYSAFRELEPTADSKPLGESFAEFRSTGTDDGFTDFKTADSVSPLEPPTKDSFPSAFASGAAQQTQT QVKTPLNLADLDMFSSVDCSGEKPVPFSAAFSTSKSVSSRPQPAGSAAAPASLASTKASSLADDFGEFNL FGEYSNPASVGEQDDFADFMAFGNSSIPSEPKADDKYEALREEGSPGALSTSTVEGAHNPPVSSSKYDVF KQLSLEGAGLAIEEFKENTPSTKSDGDFADFHSSKFSSTSSDKSLGEKAVAFRHAKEDSASVKSLDLPSI GGSSVGKEDSEDALSVQFDMKLADVGGDLKHVMSDSSLDLPTVSGQHPPAAGSALASEDALPETPFPAFA SFKDMMPQTTEQKEYESGDFQDFTRQDMPMVDRSQENTCPSPASSVASHETPKEGADDFGEFQSEKPKIS KFDFLVANSQSKMKSSEEMIKSELATFDLSVQGSHKRSLSLGDKEISRSSPSPALEQPFRDRSNTLSERA ALPVIRDKYKDLTGEVEENERYAYEWQRCLGSALDVIKKANDTLNGISSSAVCTEVIQSAQGMEYLLGVV EVYRVTKRVELGIKATAVCSEKLQQLLKDIDKVWNNLIGFMSLTTLTPDENSLDFSSCMLRPGIKNAQEL ACGVCLLNVDSRSRKEETPAEEQPKKAFNSETDSFKLAYGGHQYHASCANFWINCVEPKPPGLLLPDLL ; # # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET . 1 2 ALA . 1 3 LEU . 1 4 ARG . 1 5 PRO . 1 6 GLY . 1 7 ALA . 1 8 GLY . 1 9 ALA . 1 10 SER . 1 11 GLY . 1 12 ALA . 1 13 ALA . 1 14 GLY . 1 15 ALA . 1 16 GLY . 1 17 THR . 1 18 GLY . 1 19 PRO . 1 20 GLY . 1 21 GLY . 1 22 ALA . 1 23 GLY . 1 24 SER . 1 25 PHE . 1 26 MET . 1 27 PHE . 1 28 PRO . 1 29 VAL . 1 30 ALA . 1 31 GLY . 1 32 GLY . 1 33 MET . 1 34 ARG . 1 35 PRO . 1 36 PRO . 1 37 GLN . 1 38 GLY . 1 39 LEU . 1 40 ILE . 1 41 PRO . 1 42 MET . 1 43 GLN . 1 44 GLN . 1 45 GLN . 1 46 GLY . 1 47 PHE . 1 48 PRO . 1 49 MET . 1 50 VAL . 1 51 SER . 1 52 VAL . 1 53 MET . 1 54 GLN . 1 55 PRO . 1 56 ASN . 1 57 MET . 1 58 GLN . 1 59 GLY . 1 60 MET . 1 61 MET . 1 62 GLY . 1 63 MET . 1 64 ASN . 1 65 TYR . 1 66 SER . 1 67 SER . 1 68 GLN . 1 69 MET . 1 70 SER . 1 71 GLN . 1 72 GLY . 1 73 PRO . 1 74 ILE . 1 75 ALA . 1 76 MET . 1 77 GLN . 1 78 ALA . 1 79 GLY . 1 80 ILE . 1 81 PRO . 1 82 MET . 1 83 GLY . 1 84 PRO . 1 85 MET . 1 86 PRO . 1 87 ALA . 1 88 ALA . 1 89 GLY . 1 90 VAL . 1 91 PRO . 1 92 PHE . 1 93 LEU . 1 94 GLY . 1 95 GLN . 1 96 PRO . 1 97 PRO . 1 98 PHE . 1 99 LEU . 1 100 GLY . 1 101 MET . 1 102 ARG . 1 103 PRO . 1 104 ALA . 1 105 ALA . 1 106 PRO . 1 107 GLN . 1 108 TYR . 1 109 THR . 1 110 PRO . 1 111 ASP . 1 112 MET . 1 113 GLN . 1 114 LYS . 1 115 GLN . 1 116 PHE . 1 117 ALA . 1 118 GLU . 1 119 GLU . 1 120 GLN . 1 121 GLN . 1 122 LYS . 1 123 ARG . 1 124 PHE . 1 125 GLU . 1 126 GLN . 1 127 GLN . 1 128 GLN . 1 129 LYS . 1 130 LEU . 1 131 LEU . 1 132 GLU . 1 133 GLU . 1 134 GLU . 1 135 ARG . 1 136 LYS . 1 137 ARG . 1 138 ARG . 1 139 GLN . 1 140 PHE . 1 141 GLU . 1 142 GLU . 1 143 GLN . 1 144 LYS . 1 145 GLN . 1 146 LYS . 1 147 LEU . 1 148 ARG . 1 149 LEU . 1 150 LEU . 1 151 SER . 1 152 SER . 1 153 VAL . 1 154 LYS . 1 155 PRO . 1 156 LYS . 1 157 THR . 1 158 GLY . 1 159 GLU . 1 160 LYS . 1 161 ASN 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A 1 1325 LEU 1325 ? ? ? A . A 1 1326 PRO 1326 ? ? ? A . A 1 1327 ASP 1327 ? ? ? A . A 1 1328 LEU 1328 ? ? ? A . A 1 1329 LEU 1329 ? ? ? A . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'Synergin gamma {PDB ID=2mx7, label_asym_id=A, auth_asym_id=A, SMTL ID=2mx7.1.A}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 2mx7, label_asym_id=A' 'target-template alignment' . 4 'model 1' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-12-25 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-12-20 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A A 1 1 A # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;SMFPSQDPAQPRMPPWIYNESLVPDAYKKILETTMTPTGIDTAKLYPILMSSGLPRETLGQIWALANRTT PGKLTKEELYTVLAMIAVTQRGVPAMSPDALNQFPAAPIPTL ; ;SMFPSQDPAQPRMPPWIYNESLVPDAYKKILETTMTPTGIDTAKLYPILMSSGLPRETLGQIWALANRTT PGKLTKEELYTVLAMIAVTQRGVPAMSPDALNQFPAAPIPTL ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 3 112 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 2mx7 2024-05-01 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 1329 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 1329 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 2.8e-17 97.273 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MALRPGAGASGAAGAGTGPGGAGSFMFPVAGGMRPPQGLIPMQQQGFPMVSVMQPNMQGMMGMNYSSQMSQGPIAMQAGIPMGPMPAAGVPFLGQPPFLGMRPAAPQYTPDMQKQFAEEQQKRFEQQQKLLEEERKRRQFEEQKQKLRLLSSVKPKTGEKNRDDALEAIKGNLDGFSRDAKMHPTPASHPKKPDCPTSSHSTKTVSPSSAFLGEDEFSGFMQGPVELPTCGPSSTAQPFQSFLPSTPLGQLHTQKAGAQPLPPGQAPVSFAVHGVHGQIPCLSAASASHSMQKAGPSLEEKLLVSCDISASGQEHIKLSSPEAGHRAVVPGSSKNSPGLMAHNGGAVDGCVSGPTTAVAEKTSDQNLSKEESGVGVFPSQDPVQPRMPPWIYNESLVPDAYKKILETTMTPTGIDTAKLYPILMSSGLPRETLGQIWALANRTTPGKLTKEELYTVLAMVAVTQRGVPAMSPDTLNQFPAAPIPTLSGFPMTLPTPVSQPTAMTSGPAGSIPLSLGQPIMGINLVGPVGGAAAPTSSGFMPAYPSNQVGKTEEDDFQDFQDASKSGSIDDSFTDFQEVPASSKTSNSQHGNSAPSLLIPLPGTKASTDKYAVFKGISAEKPSENPASFGESGDKYSAFRELEPTADSKPLGESFAEFRSTGTDDGFTDFKTADSVSPLEPPTKDSFPSAFASGAAQQTQTQVKTPLNLADLDMFSSVDCSGEKPVPFSAAFSTSKSVSSRPQPAGSAAAPASLASTKASSLADDFGEFNLFGEYSNPASVGEQDDFADFMAFGNSSIPSEPKADDKYEALREEGSPGALSTSTVEGAHNPPVSSSKYDVFKQLSLEGAGLAIEEFKENTPSTKSDGDFADFHSSKFSSTSSDKSLGEKAVAFRHAKEDSASVKSLDLPSIGGSSVGKEDSEDALSVQFDMKLADVGGDLKHVMSDSSLDLPTVSGQHPPAAGSALASEDALPETPFPAFASFKDMMPQTTEQKEYESGDFQDFTRQDMPMVDRSQENTCPSPASSVASHETPKEGADDFGEFQSEKPKISKFDFLVANSQSKMKSSEEMIKSELATFDLSVQGSHKRSLSLGDKEISRSSPSPALEQPFRDRSNTLSERAALPVIRDKYKDLTGEVEENERYAYEWQRCLGSALDVIKKANDTLNGISSSAVCTEVIQSAQGMEYLLGVVEVYRVTKRVELGIKATAVCSEKLQQLLKDIDKVWNNLIGFMSLTTLTPDENSLDFSSCMLRPGIKNAQELACGVCLLNVDSRSRKEETPAEEQPKKAFNSETDSFKLAYGGHQYHASCANFWINCVEPKPPGLLLPDLL 2 1 2 ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------FPSQDPAQPRMPPWIYNESLVPDAYKKILETTMTPTGIDTAKLYPILMSSGLPRETLGQIWALANRTTPGKLTKEELYTVLAMIAVTQRGVPAMSPDALNQFPAAPIPTL--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 2mx7.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 1' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . PHE 377 377 ? A 20.207 -0.160 5.279 1 1 A PHE 0.290 1 ATOM 2 C CA . PHE 377 377 ? A 21.281 0.781 4.774 1 1 A PHE 0.290 1 ATOM 3 C C . PHE 377 377 ? A 21.528 0.565 3.289 1 1 A PHE 0.290 1 ATOM 4 O O . PHE 377 377 ? A 21.009 -0.432 2.788 1 1 A PHE 0.290 1 ATOM 5 C CB . PHE 377 377 ? A 22.585 0.609 5.611 1 1 A PHE 0.290 1 ATOM 6 C CG . PHE 377 377 ? A 22.357 1.011 7.040 1 1 A PHE 0.290 1 ATOM 7 C CD1 . PHE 377 377 ? A 22.316 2.365 7.410 1 1 A PHE 0.290 1 ATOM 8 C CD2 . PHE 377 377 ? A 22.183 0.028 8.026 1 1 A PHE 0.290 1 ATOM 9 C CE1 . PHE 377 377 ? A 22.120 2.729 8.749 1 1 A PHE 0.290 1 ATOM 10 C CE2 . PHE 377 377 ? A 21.978 0.390 9.363 1 1 A PHE 0.290 1 ATOM 11 C CZ . PHE 377 377 ? A 21.952 1.740 9.726 1 1 A PHE 0.290 1 ATOM 12 N N . PRO 378 378 ? A 22.217 1.412 2.529 1 1 A PRO 0.350 1 ATOM 13 C CA . PRO 378 378 ? A 22.276 1.266 1.081 1 1 A PRO 0.350 1 ATOM 14 C C . PRO 378 378 ? A 23.544 0.521 0.692 1 1 A PRO 0.350 1 ATOM 15 O O . PRO 378 378 ? A 24.627 0.946 1.080 1 1 A PRO 0.350 1 ATOM 16 C CB . PRO 378 378 ? A 22.330 2.720 0.551 1 1 A PRO 0.350 1 ATOM 17 C CG . PRO 378 378 ? A 22.360 3.634 1.792 1 1 A PRO 0.350 1 ATOM 18 C CD . PRO 378 378 ? A 22.763 2.710 2.938 1 1 A PRO 0.350 1 ATOM 19 N N . SER 379 379 ? A 23.451 -0.568 -0.088 1 1 A SER 0.540 1 ATOM 20 C CA . SER 379 379 ? A 24.613 -1.326 -0.510 1 1 A SER 0.540 1 ATOM 21 C C . SER 379 379 ? A 24.429 -1.527 -1.992 1 1 A SER 0.540 1 ATOM 22 O O . SER 379 379 ? A 23.316 -1.782 -2.441 1 1 A SER 0.540 1 ATOM 23 C CB . SER 379 379 ? A 24.721 -2.709 0.189 1 1 A SER 0.540 1 ATOM 24 O OG . SER 379 379 ? A 24.851 -2.535 1.602 1 1 A SER 0.540 1 ATOM 25 N N . GLN 380 380 ? A 25.499 -1.368 -2.800 1 1 A GLN 0.530 1 ATOM 26 C CA . GLN 380 380 ? A 25.482 -1.591 -4.238 1 1 A GLN 0.530 1 ATOM 27 C C . GLN 380 380 ? A 25.467 -3.071 -4.591 1 1 A GLN 0.530 1 ATOM 28 O O . GLN 380 380 ? A 26.471 -3.657 -4.982 1 1 A GLN 0.530 1 ATOM 29 C CB . GLN 380 380 ? A 26.680 -0.875 -4.930 1 1 A GLN 0.530 1 ATOM 30 C CG . GLN 380 380 ? A 26.393 0.603 -5.295 1 1 A GLN 0.530 1 ATOM 31 C CD . GLN 380 380 ? A 25.360 0.682 -6.416 1 1 A GLN 0.530 1 ATOM 32 O OE1 . GLN 380 380 ? A 25.331 -0.162 -7.328 1 1 A GLN 0.530 1 ATOM 33 N NE2 . GLN 380 380 ? A 24.480 1.699 -6.404 1 1 A GLN 0.530 1 ATOM 34 N N . ASP 381 381 ? A 24.294 -3.707 -4.461 1 1 A ASP 0.280 1 ATOM 35 C CA . ASP 381 381 ? A 24.084 -5.049 -4.913 1 1 A ASP 0.280 1 ATOM 36 C C . ASP 381 381 ? A 23.443 -4.936 -6.317 1 1 A ASP 0.280 1 ATOM 37 O O . ASP 381 381 ? A 22.427 -4.249 -6.426 1 1 A ASP 0.280 1 ATOM 38 C CB . ASP 381 381 ? A 23.215 -5.797 -3.882 1 1 A ASP 0.280 1 ATOM 39 C CG . ASP 381 381 ? A 23.171 -7.244 -4.310 1 1 A ASP 0.280 1 ATOM 40 O OD1 . ASP 381 381 ? A 22.315 -7.561 -5.175 1 1 A ASP 0.280 1 ATOM 41 O OD2 . ASP 381 381 ? A 24.038 -8.018 -3.841 1 1 A ASP 0.280 1 ATOM 42 N N . PRO 382 382 ? A 23.920 -5.538 -7.414 1 1 A PRO 0.510 1 ATOM 43 C CA . PRO 382 382 ? A 23.395 -5.279 -8.760 1 1 A PRO 0.510 1 ATOM 44 C C . PRO 382 382 ? A 22.161 -6.137 -9.077 1 1 A PRO 0.510 1 ATOM 45 O O . PRO 382 382 ? A 21.848 -6.309 -10.250 1 1 A PRO 0.510 1 ATOM 46 C CB . PRO 382 382 ? A 24.566 -5.667 -9.710 1 1 A PRO 0.510 1 ATOM 47 C CG . PRO 382 382 ? A 25.794 -5.873 -8.813 1 1 A PRO 0.510 1 ATOM 48 C CD . PRO 382 382 ? A 25.198 -6.241 -7.458 1 1 A PRO 0.510 1 ATOM 49 N N . VAL 383 383 ? A 21.475 -6.705 -8.060 1 1 A VAL 0.510 1 ATOM 50 C CA . VAL 383 383 ? A 20.298 -7.555 -8.192 1 1 A VAL 0.510 1 ATOM 51 C C . VAL 383 383 ? A 19.305 -7.184 -7.106 1 1 A VAL 0.510 1 ATOM 52 O O . VAL 383 383 ? A 18.098 -7.133 -7.342 1 1 A VAL 0.510 1 ATOM 53 C CB . VAL 383 383 ? A 20.689 -9.033 -8.008 1 1 A VAL 0.510 1 ATOM 54 C CG1 . VAL 383 383 ? A 19.506 -9.984 -7.703 1 1 A VAL 0.510 1 ATOM 55 C CG2 . VAL 383 383 ? A 21.414 -9.534 -9.271 1 1 A VAL 0.510 1 ATOM 56 N N . GLN 384 384 ? A 19.775 -6.893 -5.874 1 1 A GLN 0.300 1 ATOM 57 C CA . GLN 384 384 ? A 18.888 -6.601 -4.758 1 1 A GLN 0.300 1 ATOM 58 C C . GLN 384 384 ? A 18.013 -5.344 -4.921 1 1 A GLN 0.300 1 ATOM 59 O O . GLN 384 384 ? A 18.538 -4.270 -5.223 1 1 A GLN 0.300 1 ATOM 60 C CB . GLN 384 384 ? A 19.663 -6.530 -3.415 1 1 A GLN 0.300 1 ATOM 61 C CG . GLN 384 384 ? A 18.833 -6.482 -2.102 1 1 A GLN 0.300 1 ATOM 62 C CD . GLN 384 384 ? A 18.071 -7.763 -1.769 1 1 A GLN 0.300 1 ATOM 63 O OE1 . GLN 384 384 ? A 17.647 -8.559 -2.622 1 1 A GLN 0.300 1 ATOM 64 N NE2 . GLN 384 384 ? A 17.829 -7.990 -0.461 1 1 A GLN 0.300 1 ATOM 65 N N . PRO 385 385 ? A 16.691 -5.353 -4.712 1 1 A PRO 0.460 1 ATOM 66 C CA . PRO 385 385 ? A 15.894 -4.136 -4.743 1 1 A PRO 0.460 1 ATOM 67 C C . PRO 385 385 ? A 16.193 -3.226 -3.560 1 1 A PRO 0.460 1 ATOM 68 O O . PRO 385 385 ? A 16.477 -3.704 -2.466 1 1 A PRO 0.460 1 ATOM 69 C CB . PRO 385 385 ? A 14.427 -4.619 -4.697 1 1 A PRO 0.460 1 ATOM 70 C CG . PRO 385 385 ? A 14.490 -6.125 -4.984 1 1 A PRO 0.460 1 ATOM 71 C CD . PRO 385 385 ? 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A -7.245 3.146 -5.438 1 1 A LEU 0.900 1 ATOM 449 C CB . LEU 433 433 ? A -9.548 5.023 -3.970 1 1 A LEU 0.900 1 ATOM 450 C CG . LEU 433 433 ? A -9.763 5.482 -2.508 1 1 A LEU 0.900 1 ATOM 451 C CD1 . LEU 433 433 ? A -8.650 6.349 -1.897 1 1 A LEU 0.900 1 ATOM 452 C CD2 . LEU 433 433 ? A -11.139 6.148 -2.332 1 1 A LEU 0.900 1 ATOM 453 N N . GLY 434 434 ? A -8.433 4.423 -6.865 1 1 A GLY 0.900 1 ATOM 454 C CA . GLY 434 434 ? A -8.174 3.579 -8.023 1 1 A GLY 0.900 1 ATOM 455 C C . GLY 434 434 ? A -6.751 3.691 -8.501 1 1 A GLY 0.900 1 ATOM 456 O O . GLY 434 434 ? A -6.150 2.712 -8.922 1 1 A GLY 0.900 1 ATOM 457 N N . GLN 435 435 ? A -6.157 4.901 -8.389 1 1 A GLN 0.820 1 ATOM 458 C CA . GLN 435 435 ? A -4.729 5.100 -8.607 1 1 A GLN 0.820 1 ATOM 459 C C . GLN 435 435 ? A -3.884 4.331 -7.604 1 1 A GLN 0.820 1 ATOM 460 O O . GLN 435 435 ? A -2.995 3.555 -8.005 1 1 A GLN 0.820 1 ATOM 461 C CB . GLN 435 435 ? A -4.337 6.604 -8.511 1 1 A GLN 0.820 1 ATOM 462 C CG . GLN 435 435 ? 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It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #