data_SMR-fac30e86fa88e0dbeb83879574dbcae5_1 _entry.id SMR-fac30e86fa88e0dbeb83879574dbcae5_1 _struct.entry_id SMR-fac30e86fa88e0dbeb83879574dbcae5_1 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - B1AXS5/ B1AXS5_MOUSE, Zinc finger, MYM-type 3 - Q9JLM4/ ZMYM3_MOUSE, Zinc finger MYM-type protein 3 Estimated model accuracy of this model is 0.022, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries B1AXS5, Q9JLM4' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 177723.203 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP ZMYM3_MOUSE Q9JLM4 1 ;MDPSDFPSPFDPLTLPEKPLAGDLPVDMEFGEDLLESQTAPSRGWAPPGPSPSSGALDLLDTPSGLEKDP GGVLDGATELLGLGGLLYKAPSPPEVDHGPEGTLAWDSGEQTLEPGPGCQTPEVMPPDPGAGASPPSPEG LLEPLAPDSPIILESPHIEEEIPPLATRRRGSPGQEEEHTQGQPQSPNAPPSPSVGETLGDGINSSQSKP GVCTPTAHPSLPGDGLTGKEIEKPPERVQKRSERVRRAEPPKPEVVDSTESIPVSDEDSDAMVDDPNDED FVPFRPRRSPRMSLRSSMAQRAGRSSMGTKMSCAHCRTPLQKGQTAYQRKGLPQLFCSSSCLTTYSKKPL GRKTCTFCKKEIWNTKDSVVVQTGPGGSFHEFCTSVCLSLYEAQQQRPIPQSGDPADATRCSICQKTGEV LHEVSNGSVVHRLCSDSCFSKFRANKGLKTNCCDQCGAYIYARPGGLGPELLFHDGQQKRFCNTTCLGAY KKKNTRVYPCVWCKTLCKNFEMLSHVDRNGKTSLFCSLCCTTSYKVKQAGLTGPPRPCSFCRRSLSDPCY YNKVDRTVYQFCSPSCWTKFQHTSPEGGIHLSCHYCHSLFSGKPEVLEWQDQVFQFCCRDCCEDFKRLRG VVSQCEHCRQEKLLHEKLRFSGVEKSFCSEGCVLLYKQDFTKKLGLCCITCTYCSQTCQRGVTEQLDGST WDFCSEDCKTKYLLWYCKAARCHACKRQGKLLETIHWRGQIRHFCNQQCLLRFYSQQNQPNLDTQSGPES LLNSQSSESKPQTPSQTKVENNHTVRTPDENGNLGKTPVKRATPSVPTPPPPPPPATPRKNKAAMCKPLM QNRGVSCKAEMKSKGSQTEEWKPQVIVLPIPVPIFVPVPMHLYCQKVPVPFSMPIPVPVPMFLPTTLEST EKIVETIEELKVKIPSNPLEADILAMAEMIAEAEELDKASSDLCDLVSNQSAEGLLEDCDLFGTARDDVL AMAVKMANVLDEPGQDLEADFPKNPLDINPSVDFLFDCGLVGPEDVSTEQDLPRAMRKGQKRLMLSESCS RDSLSSQPSCTGLNYSYGVNAWKCWVQSKYANGETSKGDELRFGPKPMRIKEDILACSAAELNYGLAQFV REITRPNGERYEPDSIYYLCLGIQQYLLENNRMVNIFTDLYYLTFVQELNKSLSTWQPTLLPNNTVFSRV EEEHLWECKQLGVYSPFVLLNTLMFFNTKFFGLQTAEEHMQLSFTNVVRQSRKCTTPRGTTKVVSIRYYA PVRQRKGRDTGPGKRKREDETILEQRENRMNPLRCPVKFYEFYLSKCPESLRTRNDVFYLQPERSCIAES PLWYSVIPMDRSMLESMLNRILAVREIYEELGRPGEEDLD ; 'Zinc finger MYM-type protein 3' 2 1 UNP B1AXS5_MOUSE B1AXS5 1 ;MDPSDFPSPFDPLTLPEKPLAGDLPVDMEFGEDLLESQTAPSRGWAPPGPSPSSGALDLLDTPSGLEKDP GGVLDGATELLGLGGLLYKAPSPPEVDHGPEGTLAWDSGEQTLEPGPGCQTPEVMPPDPGAGASPPSPEG LLEPLAPDSPIILESPHIEEEIPPLATRRRGSPGQEEEHTQGQPQSPNAPPSPSVGETLGDGINSSQSKP GVCTPTAHPSLPGDGLTGKEIEKPPERVQKRSERVRRAEPPKPEVVDSTESIPVSDEDSDAMVDDPNDED FVPFRPRRSPRMSLRSSMAQRAGRSSMGTKMSCAHCRTPLQKGQTAYQRKGLPQLFCSSSCLTTYSKKPL GRKTCTFCKKEIWNTKDSVVVQTGPGGSFHEFCTSVCLSLYEAQQQRPIPQSGDPADATRCSICQKTGEV LHEVSNGSVVHRLCSDSCFSKFRANKGLKTNCCDQCGAYIYARPGGLGPELLFHDGQQKRFCNTTCLGAY KKKNTRVYPCVWCKTLCKNFEMLSHVDRNGKTSLFCSLCCTTSYKVKQAGLTGPPRPCSFCRRSLSDPCY YNKVDRTVYQFCSPSCWTKFQHTSPEGGIHLSCHYCHSLFSGKPEVLEWQDQVFQFCCRDCCEDFKRLRG VVSQCEHCRQEKLLHEKLRFSGVEKSFCSEGCVLLYKQDFTKKLGLCCITCTYCSQTCQRGVTEQLDGST WDFCSEDCKTKYLLWYCKAARCHACKRQGKLLETIHWRGQIRHFCNQQCLLRFYSQQNQPNLDTQSGPES LLNSQSSESKPQTPSQTKVENNHTVRTPDENGNLGKTPVKRATPSVPTPPPPPPPATPRKNKAAMCKPLM QNRGVSCKAEMKSKGSQTEEWKPQVIVLPIPVPIFVPVPMHLYCQKVPVPFSMPIPVPVPMFLPTTLEST EKIVETIEELKVKIPSNPLEADILAMAEMIAEAEELDKASSDLCDLVSNQSAEGLLEDCDLFGTARDDVL AMAVKMANVLDEPGQDLEADFPKNPLDINPSVDFLFDCGLVGPEDVSTEQDLPRAMRKGQKRLMLSESCS RDSLSSQPSCTGLNYSYGVNAWKCWVQSKYANGETSKGDELRFGPKPMRIKEDILACSAAELNYGLAQFV REITRPNGERYEPDSIYYLCLGIQQYLLENNRMVNIFTDLYYLTFVQELNKSLSTWQPTLLPNNTVFSRV EEEHLWECKQLGVYSPFVLLNTLMFFNTKFFGLQTAEEHMQLSFTNVVRQSRKCTTPRGTTKVVSIRYYA PVRQRKGRDTGPGKRKREDETILEQRENRMNPLRCPVKFYEFYLSKCPESLRTRNDVFYLQPERSCIAES PLWYSVIPMDRSMLESMLNRILAVREIYEELGRPGEEDLD ; 'Zinc finger, MYM-type 3' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 1370 1 1370 2 2 1 1370 1 1370 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . ZMYM3_MOUSE Q9JLM4 . 1 1370 10090 'Mus musculus (Mouse)' 2000-10-01 E9270E68366E46F1 1 UNP . B1AXS5_MOUSE B1AXS5 . 1 1370 10090 'Mus musculus (Mouse)' 2008-04-08 E9270E68366E46F1 # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no A ;MDPSDFPSPFDPLTLPEKPLAGDLPVDMEFGEDLLESQTAPSRGWAPPGPSPSSGALDLLDTPSGLEKDP GGVLDGATELLGLGGLLYKAPSPPEVDHGPEGTLAWDSGEQTLEPGPGCQTPEVMPPDPGAGASPPSPEG LLEPLAPDSPIILESPHIEEEIPPLATRRRGSPGQEEEHTQGQPQSPNAPPSPSVGETLGDGINSSQSKP GVCTPTAHPSLPGDGLTGKEIEKPPERVQKRSERVRRAEPPKPEVVDSTESIPVSDEDSDAMVDDPNDED FVPFRPRRSPRMSLRSSMAQRAGRSSMGTKMSCAHCRTPLQKGQTAYQRKGLPQLFCSSSCLTTYSKKPL GRKTCTFCKKEIWNTKDSVVVQTGPGGSFHEFCTSVCLSLYEAQQQRPIPQSGDPADATRCSICQKTGEV LHEVSNGSVVHRLCSDSCFSKFRANKGLKTNCCDQCGAYIYARPGGLGPELLFHDGQQKRFCNTTCLGAY KKKNTRVYPCVWCKTLCKNFEMLSHVDRNGKTSLFCSLCCTTSYKVKQAGLTGPPRPCSFCRRSLSDPCY YNKVDRTVYQFCSPSCWTKFQHTSPEGGIHLSCHYCHSLFSGKPEVLEWQDQVFQFCCRDCCEDFKRLRG 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A 1 1234 PHE 1234 ? ? ? A . A 1 1235 THR 1235 ? ? ? A . A 1 1236 ASN 1236 ? ? ? A . A 1 1237 VAL 1237 ? ? ? A . A 1 1238 VAL 1238 ? ? ? A . A 1 1239 ARG 1239 ? ? ? A . A 1 1240 GLN 1240 ? ? ? A . A 1 1241 SER 1241 ? ? ? A . A 1 1242 ARG 1242 ? ? ? A . A 1 1243 LYS 1243 ? ? ? A . A 1 1244 CYS 1244 ? ? ? A . A 1 1245 THR 1245 ? ? ? A . A 1 1246 THR 1246 ? ? ? A . A 1 1247 PRO 1247 ? ? ? A . A 1 1248 ARG 1248 ? ? ? A . A 1 1249 GLY 1249 ? ? ? A . A 1 1250 THR 1250 ? ? ? A . A 1 1251 THR 1251 ? ? ? A . A 1 1252 LYS 1252 ? ? ? A . A 1 1253 VAL 1253 ? ? ? A . A 1 1254 VAL 1254 ? ? ? A . A 1 1255 SER 1255 ? ? ? A . A 1 1256 ILE 1256 ? ? ? A . A 1 1257 ARG 1257 ? ? ? A . A 1 1258 TYR 1258 ? ? ? A . A 1 1259 TYR 1259 ? ? ? A . A 1 1260 ALA 1260 ? ? ? A . A 1 1261 PRO 1261 ? ? ? A . A 1 1262 VAL 1262 ? ? ? A . A 1 1263 ARG 1263 ? ? ? A . A 1 1264 GLN 1264 ? ? ? A . A 1 1265 ARG 1265 ? ? ? A . A 1 1266 LYS 1266 ? ? ? A . A 1 1267 GLY 1267 ? ? ? A . A 1 1268 ARG 1268 ? ? ? A . A 1 1269 ASP 1269 ? ? ? A . A 1 1270 THR 1270 ? ? ? A . A 1 1271 GLY 1271 ? ? ? A . A 1 1272 PRO 1272 ? ? ? A . A 1 1273 GLY 1273 ? ? ? A . A 1 1274 LYS 1274 ? ? ? A . A 1 1275 ARG 1275 ? ? ? A . A 1 1276 LYS 1276 ? ? ? A . A 1 1277 ARG 1277 ? ? ? A . A 1 1278 GLU 1278 ? ? ? A . A 1 1279 ASP 1279 ? ? ? A . A 1 1280 GLU 1280 ? ? ? A . A 1 1281 THR 1281 ? ? ? A . A 1 1282 ILE 1282 ? ? ? A . A 1 1283 LEU 1283 ? ? ? A . A 1 1284 GLU 1284 ? ? ? A . A 1 1285 GLN 1285 ? ? ? A . A 1 1286 ARG 1286 ? ? ? A . A 1 1287 GLU 1287 ? ? ? A . A 1 1288 ASN 1288 ? ? ? A . A 1 1289 ARG 1289 ? ? ? A . A 1 1290 MET 1290 ? ? ? A . A 1 1291 ASN 1291 ? ? ? A . A 1 1292 PRO 1292 ? ? ? A . A 1 1293 LEU 1293 ? ? ? A . A 1 1294 ARG 1294 ? ? ? A . A 1 1295 CYS 1295 ? ? ? A . A 1 1296 PRO 1296 ? ? ? A . A 1 1297 VAL 1297 ? ? ? A . A 1 1298 LYS 1298 ? ? ? A . A 1 1299 PHE 1299 ? ? ? A . A 1 1300 TYR 1300 ? ? ? A . A 1 1301 GLU 1301 ? ? ? A . A 1 1302 PHE 1302 ? ? ? A . A 1 1303 TYR 1303 ? ? ? A . A 1 1304 LEU 1304 ? ? ? A . A 1 1305 SER 1305 ? ? ? A . A 1 1306 LYS 1306 ? ? ? A . A 1 1307 CYS 1307 ? ? ? A . A 1 1308 PRO 1308 ? ? ? A . A 1 1309 GLU 1309 ? ? ? A . A 1 1310 SER 1310 ? ? ? A . A 1 1311 LEU 1311 ? ? ? A . A 1 1312 ARG 1312 ? ? ? A . A 1 1313 THR 1313 ? ? ? A . A 1 1314 ARG 1314 ? ? ? A . A 1 1315 ASN 1315 ? ? ? A . A 1 1316 ASP 1316 ? ? ? A . A 1 1317 VAL 1317 ? ? ? A . A 1 1318 PHE 1318 ? ? ? A . A 1 1319 TYR 1319 ? ? ? A . A 1 1320 LEU 1320 ? ? ? A . A 1 1321 GLN 1321 ? ? ? A . A 1 1322 PRO 1322 ? ? ? A . A 1 1323 GLU 1323 ? ? ? A . A 1 1324 ARG 1324 ? ? ? A . A 1 1325 SER 1325 ? ? ? A . A 1 1326 CYS 1326 ? ? ? A . A 1 1327 ILE 1327 ? ? ? A . A 1 1328 ALA 1328 ? ? ? A . A 1 1329 GLU 1329 ? ? ? A . A 1 1330 SER 1330 ? ? ? A . A 1 1331 PRO 1331 ? ? ? A . A 1 1332 LEU 1332 ? ? ? A . A 1 1333 TRP 1333 ? ? ? A . A 1 1334 TYR 1334 ? ? ? A . A 1 1335 SER 1335 ? ? ? A . A 1 1336 VAL 1336 ? ? ? A . A 1 1337 ILE 1337 ? ? ? A . A 1 1338 PRO 1338 ? ? ? A . A 1 1339 MET 1339 ? ? ? A . A 1 1340 ASP 1340 ? ? ? A . A 1 1341 ARG 1341 ? ? ? A . A 1 1342 SER 1342 ? ? ? A . A 1 1343 MET 1343 ? ? ? A . A 1 1344 LEU 1344 ? ? ? A . A 1 1345 GLU 1345 ? ? ? A . A 1 1346 SER 1346 ? ? ? A . A 1 1347 MET 1347 ? ? ? A . A 1 1348 LEU 1348 ? ? ? A . A 1 1349 ASN 1349 ? ? ? A . A 1 1350 ARG 1350 ? ? ? A . A 1 1351 ILE 1351 ? ? ? A . A 1 1352 LEU 1352 ? ? ? A . A 1 1353 ALA 1353 ? ? ? A . A 1 1354 VAL 1354 ? ? ? A . A 1 1355 ARG 1355 ? ? ? A . A 1 1356 GLU 1356 ? ? ? A . A 1 1357 ILE 1357 ? ? ? A . A 1 1358 TYR 1358 ? ? ? A . A 1 1359 GLU 1359 ? ? ? A . A 1 1360 GLU 1360 ? ? ? A . A 1 1361 LEU 1361 ? ? ? A . A 1 1362 GLY 1362 ? ? ? A . A 1 1363 ARG 1363 ? ? ? A . A 1 1364 PRO 1364 ? ? ? A . A 1 1365 GLY 1365 ? ? ? A . A 1 1366 GLU 1366 ? ? ? A . A 1 1367 GLU 1367 ? ? ? A . A 1 1368 ASP 1368 ? ? ? A . A 1 1369 LEU 1369 ? ? ? A . A 1 1370 ASP 1370 ? ? ? A . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'Zinc finger MYM-type protein 5 {PDB ID=2das, label_asym_id=A, auth_asym_id=A, SMTL ID=2das.1.A}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 2das, label_asym_id=A' 'target-template alignment' . 4 'model 1' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-12-25 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-12-20 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A A 1 1 A # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 GSSGSSGQPTAQQQLTKPAKITCANCKKPLQKGQTAYQRKGSAHLFCSTTCLSSFSSGPSSG GSSGSSGQPTAQQQLTKPAKITCANCKKPLQKGQTAYQRKGSAHLFCSTTCLSSFSSGPSSG # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 12 56 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 2das 2024-05-29 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 1370 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 1370 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 2e-11 53.333 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MDPSDFPSPFDPLTLPEKPLAGDLPVDMEFGEDLLESQTAPSRGWAPPGPSPSSGALDLLDTPSGLEKDPGGVLDGATELLGLGGLLYKAPSPPEVDHGPEGTLAWDSGEQTLEPGPGCQTPEVMPPDPGAGASPPSPEGLLEPLAPDSPIILESPHIEEEIPPLATRRRGSPGQEEEHTQGQPQSPNAPPSPSVGETLGDGINSSQSKPGVCTPTAHPSLPGDGLTGKEIEKPPERVQKRSERVRRAEPPKPEVVDSTESIPVSDEDSDAMVDDPNDEDFVPFRPRRSPRMSLRSSMAQRAGRSSMGTKMSCAHCRTPLQKGQTAYQRKGLPQLFCSSSCLTTYSKKPLGRKTCTFCKKEIWNTKDSVVVQTGPGGSFHEFCTSVCLSLYEAQQQRPIPQSGDPADATRCSICQKTGEVLHEVSNGSVVHRLCSDSCFSKFRANKGLKTNCCDQCGAYIYARPGGLGPELLFHDGQQKRFCNTTCLGAYKKKNTRVYPCVWCKTLCKNFEMLSHVDRNGKTSLFCSLCCTTSYKVKQAGLTGPPRPCSFCRRSLSDPCYYNKVDRTVYQFCSPSCWTKFQHTSPEGGIHLSCHYCHSLFSGKPEVLEWQDQVFQFCCRDCCEDFKRLRGVVSQCEHCRQEKLLHEKLRFSGVEKSFCSEGCVLLYKQDFTKKLGLCCITCTYCSQTCQRGVTEQLDGSTWDFCSEDCKTKYLLWYCKAARCHACKRQGKLLETIHWRGQIRHFCNQQCLLRFYSQQNQPNLDTQSGPESLLNSQSSESKPQTPSQTKVENNHTVRTPDENGNLGKTPVKRATPSVPTPPPPPPPATPRKNKAAMCKPLMQNRGVSCKAEMKSKGSQTEEWKPQVIVLPIPVPIFVPVPMHLYCQKVPVPFSMPIPVPVPMFLPTTLESTEKIVETIEELKVKIPSNPLEADILAMAEMIAEAEELDKASSDLCDLVSNQSAEGLLEDCDLFGTARDDVLAMAVKMANVLDEPGQDLEADFPKNPLDINPSVDFLFDCGLVGPEDVSTEQDLPRAMRKGQKRLMLSESCSRDSLSSQPSCTGLNYSYGVNAWKCWVQSKYANGETSKGDELRFGPKPMRIKEDILACSAAELNYGLAQFVREITRPNGERYEPDSIYYLCLGIQQYLLENNRMVNIFTDLYYLTFVQELNKSLSTWQPTLLPNNTVFSRVEEEHLWECKQLGVYSPFVLLNTLMFFNTKFFGLQTAEEHMQLSFTNVVRQSRKCTTPRGTTKVVSIRYYAPVRQRKGRDTGPGKRKREDETILEQRENRMNPLRCPVKFYEFYLSKCPESLRTRNDVFYLQPERSCIAESPLWYSVIPMDRSMLESMLNRILAVREIYEELGRPGEEDLD 2 1 2 -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------QQQLTKPAKITCANCKKPLQKGQTAYQRKGSAHLFCSTTCLSSFS---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 2das.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 1' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . 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A 15.709 -2.561 -4.386 1 1 A GLN 0.530 1 ATOM 143 N NE2 . GLN 321 321 ? A 15.610 -4.525 -5.502 1 1 A GLN 0.530 1 ATOM 144 N N . LYS 322 322 ? A 12.353 -2.242 -5.120 1 1 A LYS 0.520 1 ATOM 145 C CA . LYS 322 322 ? A 12.245 -1.502 -6.363 1 1 A LYS 0.520 1 ATOM 146 C C . LYS 322 322 ? A 12.894 -2.245 -7.536 1 1 A LYS 0.520 1 ATOM 147 O O . LYS 322 322 ? A 14.093 -2.510 -7.569 1 1 A LYS 0.520 1 ATOM 148 C CB . LYS 322 322 ? A 12.836 -0.068 -6.211 1 1 A LYS 0.520 1 ATOM 149 C CG . LYS 322 322 ? A 14.266 -0.069 -5.638 1 1 A LYS 0.520 1 ATOM 150 C CD . LYS 322 322 ? A 14.973 1.288 -5.643 1 1 A LYS 0.520 1 ATOM 151 C CE . LYS 322 322 ? A 14.656 2.088 -4.384 1 1 A LYS 0.520 1 ATOM 152 N NZ . LYS 322 322 ? A 15.384 3.366 -4.430 1 1 A LYS 0.520 1 ATOM 153 N N . GLY 323 323 ? A 12.081 -2.665 -8.519 1 1 A GLY 0.600 1 ATOM 154 C CA . GLY 323 323 ? A 12.575 -3.366 -9.693 1 1 A GLY 0.600 1 ATOM 155 C C . GLY 323 323 ? A 11.921 -4.704 -9.860 1 1 A GLY 0.600 1 ATOM 156 O O . GLY 323 323 ? A 11.679 -5.124 -10.984 1 1 A GLY 0.600 1 ATOM 157 N N . GLN 324 324 ? A 11.622 -5.418 -8.746 1 1 A GLN 0.510 1 ATOM 158 C CA . GLN 324 324 ? A 10.915 -6.697 -8.770 1 1 A GLN 0.510 1 ATOM 159 C C . GLN 324 324 ? A 9.564 -6.641 -9.461 1 1 A GLN 0.510 1 ATOM 160 O O . GLN 324 324 ? A 8.793 -5.696 -9.318 1 1 A GLN 0.510 1 ATOM 161 C CB . GLN 324 324 ? A 10.727 -7.331 -7.352 1 1 A GLN 0.510 1 ATOM 162 C CG . GLN 324 324 ? A 11.960 -8.063 -6.758 1 1 A GLN 0.510 1 ATOM 163 C CD . GLN 324 324 ? A 12.448 -9.197 -7.660 1 1 A GLN 0.510 1 ATOM 164 O OE1 . GLN 324 324 ? A 11.979 -10.339 -7.579 1 1 A GLN 0.510 1 ATOM 165 N NE2 . GLN 324 324 ? A 13.413 -8.913 -8.556 1 1 A GLN 0.510 1 ATOM 166 N N . THR 325 325 ? A 9.274 -7.689 -10.263 1 1 A THR 0.580 1 ATOM 167 C CA . THR 325 325 ? A 8.039 -7.804 -11.027 1 1 A THR 0.580 1 ATOM 168 C C . THR 325 325 ? A 6.848 -7.870 -10.106 1 1 A THR 0.580 1 ATOM 169 O O . THR 325 325 ? A 6.875 -8.548 -9.085 1 1 A THR 0.580 1 ATOM 170 C CB . THR 325 325 ? 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A 3.267 -11.465 -9.727 1 1 A TYR 0.610 1 ATOM 185 C CD2 . TYR 327 327 ? A 1.975 -12.027 -11.696 1 1 A TYR 0.610 1 ATOM 186 C CE1 . TYR 327 327 ? A 4.276 -12.344 -10.140 1 1 A TYR 0.610 1 ATOM 187 C CE2 . TYR 327 327 ? A 2.975 -12.921 -12.100 1 1 A TYR 0.610 1 ATOM 188 C CZ . TYR 327 327 ? A 4.121 -13.086 -11.314 1 1 A TYR 0.610 1 ATOM 189 O OH . TYR 327 327 ? A 5.119 -14.001 -11.693 1 1 A TYR 0.610 1 ATOM 190 N N . GLN 328 328 ? A -0.727 -7.796 -11.333 1 1 A GLN 0.580 1 ATOM 191 C CA . GLN 328 328 ? A -1.912 -6.976 -11.179 1 1 A GLN 0.580 1 ATOM 192 C C . GLN 328 328 ? A -3.073 -7.677 -11.853 1 1 A GLN 0.580 1 ATOM 193 O O . GLN 328 328 ? A -2.933 -8.227 -12.942 1 1 A GLN 0.580 1 ATOM 194 C CB . GLN 328 328 ? A -1.706 -5.553 -11.771 1 1 A GLN 0.580 1 ATOM 195 C CG . GLN 328 328 ? A -2.678 -4.505 -11.168 1 1 A GLN 0.580 1 ATOM 196 C CD . GLN 328 328 ? A -2.192 -3.059 -11.246 1 1 A GLN 0.580 1 ATOM 197 O OE1 . GLN 328 328 ? A -1.639 -2.520 -10.273 1 1 A GLN 0.580 1 ATOM 198 N NE2 . 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'normalized score' global . 6 # # loop_ _ma_qa_metric_global.ordinal_id _ma_qa_metric_global.model_id _ma_qa_metric_global.metric_id _ma_qa_metric_global.metric_value 1 1 2 0.537 2 1 3 0.022 # # loop_ _ma_qa_metric_local.ordinal_id _ma_qa_metric_local.model_id _ma_qa_metric_local.label_asym_id _ma_qa_metric_local.label_seq_id _ma_qa_metric_local.label_comp_id _ma_qa_metric_local.metric_id _ma_qa_metric_local.metric_value 1 1 A 302 ALA 1 0.260 2 1 A 303 GLY 1 0.340 3 1 A 304 ARG 1 0.160 4 1 A 305 SER 1 0.250 5 1 A 306 SER 1 0.280 6 1 A 307 MET 1 0.260 7 1 A 308 GLY 1 0.330 8 1 A 309 THR 1 0.300 9 1 A 310 LYS 1 0.430 10 1 A 311 MET 1 0.500 11 1 A 312 SER 1 0.630 12 1 A 313 CYS 1 0.680 13 1 A 314 ALA 1 0.700 14 1 A 315 HIS 1 0.620 15 1 A 316 CYS 1 0.650 16 1 A 317 ARG 1 0.570 17 1 A 318 THR 1 0.640 18 1 A 319 PRO 1 0.620 19 1 A 320 LEU 1 0.590 20 1 A 321 GLN 1 0.530 21 1 A 322 LYS 1 0.520 22 1 A 323 GLY 1 0.600 23 1 A 324 GLN 1 0.510 24 1 A 325 THR 1 0.580 25 1 A 326 ALA 1 0.670 26 1 A 327 TYR 1 0.610 27 1 A 328 GLN 1 0.580 28 1 A 329 ARG 1 0.510 29 1 A 330 LYS 1 0.490 30 1 A 331 GLY 1 0.590 31 1 A 332 LEU 1 0.480 32 1 A 333 PRO 1 0.570 33 1 A 334 GLN 1 0.600 34 1 A 335 LEU 1 0.650 35 1 A 336 PHE 1 0.670 36 1 A 337 CYS 1 0.690 37 1 A 338 SER 1 0.700 38 1 A 339 SER 1 0.680 39 1 A 340 SER 1 0.660 40 1 A 341 CYS 1 0.670 41 1 A 342 LEU 1 0.630 42 1 A 343 THR 1 0.600 43 1 A 344 THR 1 0.600 44 1 A 345 TYR 1 0.520 45 1 A 346 SER 1 0.450 # # loop_ _pdbx_data_usage.id _pdbx_data_usage.type _pdbx_data_usage.details _pdbx_data_usage.url 1 license ;This SWISS-MODEL protein model is copyright. It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #