data_SMR-fbcbe815bd6be0ee77f806e624c3a236_2 _entry.id SMR-fbcbe815bd6be0ee77f806e624c3a236_2 _struct.entry_id SMR-fbcbe815bd6be0ee77f806e624c3a236_2 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - Q9VWC6 (isoform 2)/ ZELDA_DROME, Transcription factor Zelda Estimated model accuracy of this model is 0.041, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries Q9VWC6 (isoform 2)' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 170940.974 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP ZELDA_DROME Q9VWC6 1 ;MTSIKTEMPPLHAAEALASSSATDSGGGGAGGGGGGGGGGSGGPGAGGTGGVGSAPATPNATISAAADSS DNQPGTPQPTQQQQSTQQQLQQPQSQQQQQQAMGGGDPQQQQQQQQVTGITHQPYATHHMYSASGGQQQQ QQQIYGGLYGGDMQQQQGYASSYINSYEQFYQQQQQQQQGTDYAFGTVGVDYGKSAGVRYHPYLQTPTSG LGGIPTASSAQEEAGSAPSAVSTTTAVAMSPRVVSSSSPTSTSSHLQLGSSSGQTPGSPGGAAGSAGCKL QCKKCGILTTNESELQEHIANVHGESPYGSSGYASSPYIKEEMPTPQPPGVGSATANPGELLDLDSQKMV YHQQLLQQQQQQHDVVAGLPLGALPDPLHSMQSMQQRALHSWEQQPQQTVASVEGLPPYMQQGLGVGLGV GVDKSPYYSPKQSPYHQSTGVGGATLIKQEYGGHGLIKSEYPDSQHYVDKSFDPTAGGAGGAELCASVAT SPAEFPSTTTGGPGQEGAAGAAPGGGYRGFEPPSSSSVLPANSLTAKAATWKSNEARRPKTYNCTACNKW FTSSGHLKRHYNTTLHKNAVKSSGQPDPATLPISAHHHPARDPVTKPSRRGNAAAAAAAAAAAASASGQG QQQQPPIPPPPANVPPPEPPRSPPDYGGGGGLGVGAMGGAAMSQYSASPSPTQQQQHHLNHHQQQANGYA NGTANGYGYMQQQVQSTTNASPQHASNNNSNNQQQQQQQQQHHQQQMPQHHNSVLNGHPNGLAGPSAPHN NNTTQMPSSQMRGLLNETTTTPPPTTTTRAPQITTTATTTTTAATTVAIKSEQMEDSNHTHTHTHTHPNH SHSQDRSHSSSSSSSMATEEAEEQELRDQEQADDHLHQHQQASQQYLLSARHYHSSTPNTLSSSNTNPST PSSNSPHTIYRQEQQGTDFSRTTPPPQPLPPMGMLPPMAMDYNMLALDMPMPMPTLMHSNMLQCSSTSTT PLATTITTSMPDTMQPPQQQLVHHYQAVLHPLHQQLGEQHQRQEADHHQQQRELHQLDQQQQQQQALILA DSLPHSSSSPTSSSPPPTMPMPLTTITAPQLLPLQPPPPHITSTMPMPPTMHMPIMPPPPQCYQQLQPLD PTMSYHTIIGSGPEAHTGTAGGGYSNQITTSDGQILQLMPTSLFAPYAPLSPYSVAAQRSPQEGDLPPVH TLTTALHAHQQGGQQEAQTPTLTVLSTPYSPTVSSSRATPALEMDMATLMQHHQDYEMEQYQMQHQQLDQ MQQHQQQLDHQQQQQILADQTQTMAQQPLAKKRRGGNATPSTTKRRRNSSVGSTSPHSTTLPSGRIKCLE CDKEFTKNCYLTQHNKSFHSASRRQNKSNPSMYPANAQRRIKI ; 'Transcription factor Zelda' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 1373 1 1373 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . ZELDA_DROME Q9VWC6 Q9VWC6-2 1 1373 7227 'Drosophila melanogaster (Fruit fly)' 2000-05-01 26C8814FB5325107 # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no P ;MTSIKTEMPPLHAAEALASSSATDSGGGGAGGGGGGGGGGSGGPGAGGTGGVGSAPATPNATISAAADSS DNQPGTPQPTQQQQSTQQQLQQPQSQQQQQQAMGGGDPQQQQQQQQVTGITHQPYATHHMYSASGGQQQQ QQQIYGGLYGGDMQQQQGYASSYINSYEQFYQQQQQQQQGTDYAFGTVGVDYGKSAGVRYHPYLQTPTSG LGGIPTASSAQEEAGSAPSAVSTTTAVAMSPRVVSSSSPTSTSSHLQLGSSSGQTPGSPGGAAGSAGCKL QCKKCGILTTNESELQEHIANVHGESPYGSSGYASSPYIKEEMPTPQPPGVGSATANPGELLDLDSQKMV YHQQLLQQQQQQHDVVAGLPLGALPDPLHSMQSMQQRALHSWEQQPQQTVASVEGLPPYMQQGLGVGLGV GVDKSPYYSPKQSPYHQSTGVGGATLIKQEYGGHGLIKSEYPDSQHYVDKSFDPTAGGAGGAELCASVAT SPAEFPSTTTGGPGQEGAAGAAPGGGYRGFEPPSSSSVLPANSLTAKAATWKSNEARRPKTYNCTACNKW FTSSGHLKRHYNTTLHKNAVKSSGQPDPATLPISAHHHPARDPVTKPSRRGNAAAAAAAAAAAASASGQG QQQQPPIPPPPANVPPPEPPRSPPDYGGGGGLGVGAMGGAAMSQYSASPSPTQQQQHHLNHHQQQANGYA NGTANGYGYMQQQVQSTTNASPQHASNNNSNNQQQQQQQQQHHQQQMPQHHNSVLNGHPNGLAGPSAPHN NNTTQMPSSQMRGLLNETTTTPPPTTTTRAPQITTTATTTTTAATTVAIKSEQMEDSNHTHTHTHTHPNH SHSQDRSHSSSSSSSMATEEAEEQELRDQEQADDHLHQHQQASQQYLLSARHYHSSTPNTLSSSNTNPST PSSNSPHTIYRQEQQGTDFSRTTPPPQPLPPMGMLPPMAMDYNMLALDMPMPMPTLMHSNMLQCSSTSTT PLATTITTSMPDTMQPPQQQLVHHYQAVLHPLHQQLGEQHQRQEADHHQQQRELHQLDQQQQQQQALILA DSLPHSSSSPTSSSPPPTMPMPLTTITAPQLLPLQPPPPHITSTMPMPPTMHMPIMPPPPQCYQQLQPLD PTMSYHTIIGSGPEAHTGTAGGGYSNQITTSDGQILQLMPTSLFAPYAPLSPYSVAAQRSPQEGDLPPVH TLTTALHAHQQGGQQEAQTPTLTVLSTPYSPTVSSSRATPALEMDMATLMQHHQDYEMEQYQMQHQQLDQ MQQHQQQLDHQQQQQILADQTQTMAQQPLAKKRRGGNATPSTTKRRRNSSVGSTSPHSTTLPSGRIKCLE CDKEFTKNCYLTQHNKSFHSASRRQNKSNPSMYPANAQRRIKI ; ;MTSIKTEMPPLHAAEALASSSATDSGGGGAGGGGGGGGGGSGGPGAGGTGGVGSAPATPNATISAAADSS DNQPGTPQPTQQQQSTQQQLQQPQSQQQQQQAMGGGDPQQQQQQQQVTGITHQPYATHHMYSASGGQQQQ QQQIYGGLYGGDMQQQQGYASSYINSYEQFYQQQQQQQQGTDYAFGTVGVDYGKSAGVRYHPYLQTPTSG LGGIPTASSAQEEAGSAPSAVSTTTAVAMSPRVVSSSSPTSTSSHLQLGSSSGQTPGSPGGAAGSAGCKL QCKKCGILTTNESELQEHIANVHGESPYGSSGYASSPYIKEEMPTPQPPGVGSATANPGELLDLDSQKMV YHQQLLQQQQQQHDVVAGLPLGALPDPLHSMQSMQQRALHSWEQQPQQTVASVEGLPPYMQQGLGVGLGV GVDKSPYYSPKQSPYHQSTGVGGATLIKQEYGGHGLIKSEYPDSQHYVDKSFDPTAGGAGGAELCASVAT SPAEFPSTTTGGPGQEGAAGAAPGGGYRGFEPPSSSSVLPANSLTAKAATWKSNEARRPKTYNCTACNKW FTSSGHLKRHYNTTLHKNAVKSSGQPDPATLPISAHHHPARDPVTKPSRRGNAAAAAAAAAAAASASGQG QQQQPPIPPPPANVPPPEPPRSPPDYGGGGGLGVGAMGGAAMSQYSASPSPTQQQQHHLNHHQQQANGYA NGTANGYGYMQQQVQSTTNASPQHASNNNSNNQQQQQQQQQHHQQQMPQHHNSVLNGHPNGLAGPSAPHN NNTTQMPSSQMRGLLNETTTTPPPTTTTRAPQITTTATTTTTAATTVAIKSEQMEDSNHTHTHTHTHPNH SHSQDRSHSSSSSSSMATEEAEEQELRDQEQADDHLHQHQQASQQYLLSARHYHSSTPNTLSSSNTNPST PSSNSPHTIYRQEQQGTDFSRTTPPPQPLPPMGMLPPMAMDYNMLALDMPMPMPTLMHSNMLQCSSTSTT PLATTITTSMPDTMQPPQQQLVHHYQAVLHPLHQQLGEQHQRQEADHHQQQRELHQLDQQQQQQQALILA DSLPHSSSSPTSSSPPPTMPMPLTTITAPQLLPLQPPPPHITSTMPMPPTMHMPIMPPPPQCYQQLQPLD PTMSYHTIIGSGPEAHTGTAGGGYSNQITTSDGQILQLMPTSLFAPYAPLSPYSVAAQRSPQEGDLPPVH TLTTALHAHQQGGQQEAQTPTLTVLSTPYSPTVSSSRATPALEMDMATLMQHHQDYEMEQYQMQHQQLDQ MQQHQQQLDHQQQQQILADQTQTMAQQPLAKKRRGGNATPSTTKRRRNSSVGSTSPHSTTLPSGRIKCLE CDKEFTKNCYLTQHNKSFHSASRRQNKSNPSMYPANAQRRIKI ; # # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET . 1 2 THR . 1 3 SER . 1 4 ILE . 1 5 LYS . 1 6 THR . 1 7 GLU . 1 8 MET . 1 9 PRO . 1 10 PRO . 1 11 LEU . 1 12 HIS . 1 13 ALA . 1 14 ALA . 1 15 GLU . 1 16 ALA . 1 17 LEU . 1 18 ALA . 1 19 SER . 1 20 SER . 1 21 SER . 1 22 ALA . 1 23 THR . 1 24 ASP . 1 25 SER . 1 26 GLY . 1 27 GLY . 1 28 GLY . 1 29 GLY . 1 30 ALA . 1 31 GLY . 1 32 GLY . 1 33 GLY . 1 34 GLY . 1 35 GLY . 1 36 GLY . 1 37 GLY . 1 38 GLY . 1 39 GLY . 1 40 GLY . 1 41 SER . 1 42 GLY . 1 43 GLY . 1 44 PRO . 1 45 GLY . 1 46 ALA . 1 47 GLY . 1 48 GLY . 1 49 THR . 1 50 GLY . 1 51 GLY . 1 52 VAL . 1 53 GLY . 1 54 SER . 1 55 ALA . 1 56 PRO . 1 57 ALA . 1 58 THR . 1 59 PRO . 1 60 ASN . 1 61 ALA . 1 62 THR . 1 63 ILE . 1 64 SER . 1 65 ALA . 1 66 ALA . 1 67 ALA . 1 68 ASP . 1 69 SER . 1 70 SER . 1 71 ASP . 1 72 ASN . 1 73 GLN . 1 74 PRO . 1 75 GLY . 1 76 THR . 1 77 PRO . 1 78 GLN . 1 79 PRO . 1 80 THR . 1 81 GLN . 1 82 GLN . 1 83 GLN . 1 84 GLN . 1 85 SER . 1 86 THR . 1 87 GLN . 1 88 GLN . 1 89 GLN . 1 90 LEU . 1 91 GLN . 1 92 GLN . 1 93 PRO . 1 94 GLN . 1 95 SER . 1 96 GLN . 1 97 GLN . 1 98 GLN . 1 99 GLN . 1 100 GLN . 1 101 GLN . 1 102 ALA . 1 103 MET . 1 104 GLY . 1 105 GLY . 1 106 GLY . 1 107 ASP . 1 108 PRO . 1 109 GLN . 1 110 GLN . 1 111 GLN . 1 112 GLN . 1 113 GLN . 1 114 GLN . 1 115 GLN . 1 116 GLN . 1 117 VAL . 1 118 THR . 1 119 GLY . 1 120 ILE . 1 121 THR . 1 122 HIS . 1 123 GLN . 1 124 PRO . 1 125 TYR . 1 126 ALA . 1 127 THR . 1 128 HIS . 1 129 HIS . 1 130 MET . 1 131 TYR . 1 132 SER . 1 133 ALA . 1 134 SER . 1 135 GLY . 1 136 GLY . 1 137 GLN . 1 138 GLN . 1 139 GLN . 1 140 GLN . 1 141 GLN . 1 142 GLN . 1 143 GLN . 1 144 ILE . 1 145 TYR . 1 146 GLY . 1 147 GLY . 1 148 LEU . 1 149 TYR . 1 150 GLY . 1 151 GLY . 1 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A 1 1306 ARG 1306 ? ? ? P . A 1 1307 ARG 1307 ? ? ? P . A 1 1308 ASN 1308 ? ? ? P . A 1 1309 SER 1309 ? ? ? P . A 1 1310 SER 1310 ? ? ? P . A 1 1311 VAL 1311 ? ? ? P . A 1 1312 GLY 1312 ? ? ? P . A 1 1313 SER 1313 ? ? ? P . A 1 1314 THR 1314 ? ? ? P . A 1 1315 SER 1315 ? ? ? P . A 1 1316 PRO 1316 ? ? ? P . A 1 1317 HIS 1317 ? ? ? P . A 1 1318 SER 1318 ? ? ? P . A 1 1319 THR 1319 ? ? ? P . A 1 1320 THR 1320 ? ? ? P . A 1 1321 LEU 1321 ? ? ? P . A 1 1322 PRO 1322 ? ? ? P . A 1 1323 SER 1323 ? ? ? P . A 1 1324 GLY 1324 ? ? ? P . A 1 1325 ARG 1325 ? ? ? P . A 1 1326 ILE 1326 ? ? ? P . A 1 1327 LYS 1327 ? ? ? P . A 1 1328 CYS 1328 ? ? ? P . A 1 1329 LEU 1329 ? ? ? P . A 1 1330 GLU 1330 ? ? ? P . A 1 1331 CYS 1331 ? ? ? P . A 1 1332 ASP 1332 ? ? ? P . A 1 1333 LYS 1333 ? ? ? P . A 1 1334 GLU 1334 ? ? ? P . A 1 1335 PHE 1335 ? ? ? P . A 1 1336 THR 1336 ? ? ? P . A 1 1337 LYS 1337 ? ? ? P . A 1 1338 ASN 1338 ? ? ? P . A 1 1339 CYS 1339 ? ? ? P . A 1 1340 TYR 1340 ? ? ? P . A 1 1341 LEU 1341 ? ? ? P . A 1 1342 THR 1342 ? ? ? P . A 1 1343 GLN 1343 ? ? ? P . A 1 1344 HIS 1344 ? ? ? P . A 1 1345 ASN 1345 ? ? ? P . A 1 1346 LYS 1346 ? ? ? P . A 1 1347 SER 1347 ? ? ? P . A 1 1348 PHE 1348 ? ? ? P . A 1 1349 HIS 1349 ? ? ? P . A 1 1350 SER 1350 ? ? ? P . A 1 1351 ALA 1351 ? ? ? P . A 1 1352 SER 1352 ? ? ? P . A 1 1353 ARG 1353 ? ? ? P . A 1 1354 ARG 1354 ? ? ? P . A 1 1355 GLN 1355 ? ? ? P . A 1 1356 ASN 1356 ? ? ? P . A 1 1357 LYS 1357 ? ? ? P . A 1 1358 SER 1358 ? ? ? P . A 1 1359 ASN 1359 ? ? ? P . A 1 1360 PRO 1360 ? ? ? P . A 1 1361 SER 1361 ? ? ? P . A 1 1362 MET 1362 ? ? ? P . A 1 1363 TYR 1363 ? ? ? P . A 1 1364 PRO 1364 ? ? ? P . A 1 1365 ALA 1365 ? ? ? P . A 1 1366 ASN 1366 ? ? ? P . A 1 1367 ALA 1367 ? ? ? P . A 1 1368 GLN 1368 ? ? ? P . A 1 1369 ARG 1369 ? ? ? P . A 1 1370 ARG 1370 ? ? ? P . A 1 1371 ILE 1371 ? ? ? P . A 1 1372 LYS 1372 ? ? ? P . A 1 1373 ILE 1373 ? ? ? P . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'Zinc finger domain-containing protein {PDB ID=8pv1, label_asym_id=P, auth_asym_id=Cb, SMTL ID=8pv1.1.P}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 8pv1, label_asym_id=P' 'target-template alignment' . 4 'model 2' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2024-12-25 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-12-20 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A P 16 1 Cb # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;MGVFAKRTMTKTRRRLRDLDQIERDLRSPRHLQQYKETKAAEDLPGLGLYYCIECAKWFESETSLVGHRK GKPHKRRLKQLKEGAYTHEEAMAAIGYRIDNGKKTTEQPKTQDVEMS ; ;MGVFAKRTMTKTRRRLRDLDQIERDLRSPRHLQQYKETKAAEDLPGLGLYYCIECAKWFESETSLVGHRK GKPHKRRLKQLKEGAYTHEEAMAAIGYRIDNGKKTTEQPKTQDVEMS ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 48 82 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 8pv1 2023-12-20 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 1373 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 1373 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 0.002 34.286 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MTSIKTEMPPLHAAEALASSSATDSGGGGAGGGGGGGGGGSGGPGAGGTGGVGSAPATPNATISAAADSSDNQPGTPQPTQQQQSTQQQLQQPQSQQQQQQAMGGGDPQQQQQQQQVTGITHQPYATHHMYSASGGQQQQQQQIYGGLYGGDMQQQQGYASSYINSYEQFYQQQQQQQQGTDYAFGTVGVDYGKSAGVRYHPYLQTPTSGLGGIPTASSAQEEAGSAPSAVSTTTAVAMSPRVVSSSSPTSTSSHLQLGSSSGQTPGSPGGAAGSAGCKLQCKKCGILTTNESELQEHIANVHGESPYGSSGYASSPYIKEEMPTPQPPGVGSATANPGELLDLDSQKMVYHQQLLQQQQQQHDVVAGLPLGALPDPLHSMQSMQQRALHSWEQQPQQTVASVEGLPPYMQQGLGVGLGVGVDKSPYYSPKQSPYHQSTGVGGATLIKQEYGGHGLIKSEYPDSQHYVDKSFDPTAGGAGGAELCASVATSPAEFPSTTTGGPGQEGAAGAAPGGGYRGFEPPSSSSVLPANSLTAKAATWKSNEARRPKTYNCTACNKWFTSSGHLKRHYNTTLHKNAVKSSGQPDPATLPISAHHHPARDPVTKPSRRGNAAAAAAAAAAAASASGQGQQQQPPIPPPPANVPPPEPPRSPPDYGGGGGLGVGAMGGAAMSQYSASPSPTQQQQHHLNHHQQQANGYANGTANGYGYMQQQVQSTTNASPQHASNNNSNNQQQQQQQQQHHQQQMPQHHNSVLNGHPNGLAGPSAPHNNNTTQMPSSQMRGLLNETTTTPPPTTTTRAPQITTTATTTTTAATTVAIKSEQMEDSNHTHTHTHTHPNHSHSQDRSHSSSSSSSMATEEAEEQELRDQEQADDHLHQHQQASQQYLLSARHYHSSTPNTLSSSNTNPSTPSSNSPHTIYRQEQQGTDFSRTTPPPQPLPPMGMLPPMAMDYNMLALDMPMPMPTLMHSNMLQCSSTSTTPLATTITTSMPDTMQPPQQQLVHHYQAVLHPLHQQLGEQHQRQEADHHQQQRELHQLDQQQQQQQALILADSLPHSSSSPTSSSPPPTMPMPLTTITAPQLLPLQPPPPHITSTMPMPPTMHMPIMPPPPQCYQQLQPLDPTMSYHTIIGSGPEAHTGTAGGGYSNQITTSDGQILQLMPTSLFAPYAPLSPYSVAAQRSPQEGDLPPVHTLTTALHAHQQGGQQEAQTPTLTVLSTPYSPTVSSSRATPALEMDMATLMQHHQDYEMEQYQMQHQQLDQMQQHQQQLDHQQQQQILADQTQTMAQQPLAKKRRGGNATPSTTKRRRNSSVGSTSPHSTTLPSGRIKCLECDKEFTKNCYLTQHNKSFHSASRRQNKSNPSMYPANAQRRIKI 2 1 2 ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GLYYCIECAKWFESETSLVGHRKGKPHKRRLKQLK--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL {QSQE=0.000}' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 8pv1.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 2' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . LYS 550 550 ? A 238.313 336.905 251.229 1 1 P LYS 0.600 1 ATOM 2 C CA . LYS 550 550 ? A 238.882 337.939 250.298 1 1 P LYS 0.600 1 ATOM 3 C C . LYS 550 550 ? A 238.829 339.391 250.741 1 1 P LYS 0.600 1 ATOM 4 O O . LYS 550 550 ? A 239.274 340.263 250.014 1 1 P LYS 0.600 1 ATOM 5 C CB . LYS 550 550 ? A 238.190 337.833 248.917 1 1 P LYS 0.600 1 ATOM 6 C CG . LYS 550 550 ? A 238.498 336.537 248.155 1 1 P LYS 0.600 1 ATOM 7 C CD . LYS 550 550 ? A 237.790 336.491 246.790 1 1 P LYS 0.600 1 ATOM 8 C CE . LYS 550 550 ? A 238.089 335.202 246.017 1 1 P LYS 0.600 1 ATOM 9 N NZ . LYS 550 550 ? A 237.351 335.178 244.735 1 1 P LYS 0.600 1 ATOM 10 N N . THR 551 551 ? A 238.301 339.691 251.940 1 1 P THR 0.800 1 ATOM 11 C CA . THR 551 551 ? A 238.026 341.040 252.401 1 1 P THR 0.800 1 ATOM 12 C C . THR 551 551 ? A 239.254 341.760 252.926 1 1 P THR 0.800 1 ATOM 13 O O . THR 551 551 ? A 239.278 342.984 253.014 1 1 P THR 0.800 1 ATOM 14 C CB . THR 551 551 ? A 237.004 340.961 253.523 1 1 P THR 0.800 1 ATOM 15 O OG1 . THR 551 551 ? A 237.367 339.914 254.419 1 1 P THR 0.800 1 ATOM 16 C CG2 . THR 551 551 ? A 235.629 340.556 252.969 1 1 P THR 0.800 1 ATOM 17 N N . TYR 552 552 ? A 240.327 341.018 253.256 1 1 P TYR 0.460 1 ATOM 18 C CA . TYR 552 552 ? A 241.559 341.581 253.759 1 1 P TYR 0.460 1 ATOM 19 C C . TYR 552 552 ? A 242.650 341.172 252.787 1 1 P TYR 0.460 1 ATOM 20 O O . TYR 552 552 ? A 243.026 340.010 252.688 1 1 P TYR 0.460 1 ATOM 21 C CB . TYR 552 552 ? A 241.876 341.068 255.190 1 1 P TYR 0.460 1 ATOM 22 C CG . TYR 552 552 ? A 240.648 341.152 256.059 1 1 P TYR 0.460 1 ATOM 23 C CD1 . TYR 552 552 ? A 240.150 342.390 256.489 1 1 P TYR 0.460 1 ATOM 24 C CD2 . TYR 552 552 ? A 239.938 339.989 256.399 1 1 P TYR 0.460 1 ATOM 25 C CE1 . TYR 552 552 ? A 238.966 342.462 257.235 1 1 P TYR 0.460 1 ATOM 26 C CE2 . TYR 552 552 ? A 238.765 340.058 257.165 1 1 P TYR 0.460 1 ATOM 27 C CZ . TYR 552 552 ? A 238.278 341.299 257.581 1 1 P TYR 0.460 1 ATOM 28 O OH . TYR 552 552 ? A 237.100 341.399 258.345 1 1 P TYR 0.460 1 ATOM 29 N N . ASN 553 553 ? A 243.162 342.146 252.010 1 1 P ASN 0.530 1 ATOM 30 C CA . ASN 553 553 ? A 244.143 341.896 250.984 1 1 P ASN 0.530 1 ATOM 31 C C . ASN 553 553 ? A 245.225 342.945 251.125 1 1 P ASN 0.530 1 ATOM 32 O O . ASN 553 553 ? A 244.956 344.119 251.354 1 1 P ASN 0.530 1 ATOM 33 C CB . ASN 553 553 ? A 243.486 341.956 249.580 1 1 P ASN 0.530 1 ATOM 34 C CG . ASN 553 553 ? A 244.471 341.621 248.465 1 1 P ASN 0.530 1 ATOM 35 O OD1 . ASN 553 553 ? A 245.053 342.513 247.860 1 1 P ASN 0.530 1 ATOM 36 N ND2 . ASN 553 553 ? A 244.688 340.316 248.191 1 1 P ASN 0.530 1 ATOM 37 N N . CYS 554 554 ? A 246.491 342.518 250.993 1 1 P CYS 0.630 1 ATOM 38 C CA . CYS 554 554 ? A 247.597 343.432 250.864 1 1 P CYS 0.630 1 ATOM 39 C C . CYS 554 554 ? A 248.079 343.377 249.436 1 1 P CYS 0.630 1 ATOM 40 O O . CYS 554 554 ? 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'pLDDT all-atom in [0,1]' global . 5 3 GMQE 'Global Model Quality Estimate of the model accuracy, calculated by SWISS-MODEL.' 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It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #