data_SMR-e61e0b6131f983f5cb71523cf87b7a6f_2 _entry.id SMR-e61e0b6131f983f5cb71523cf87b7a6f_2 _struct.entry_id SMR-e61e0b6131f983f5cb71523cf87b7a6f_2 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - P11087/ CO1A1_MOUSE, Collagen alpha-1(I) chain Estimated model accuracy of this model is 0.04, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries P11087' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 164324.583 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP CO1A1_MOUSE P11087 1 ;MFSFVDLRLLLLLGATALLTHGQEDIPEVSCIHNGLRVPNGETWKPEVCLICICHNGTAVCDDVQCNEEL DCPNPQRREGECCAFCPEEYVSPNSEDVGVEGPKGDPGPQGPRGPVGPPGRDGIPGQPGLPGPPGPPGPP GPPGLGGNFASQMSYGYDEKSAGVSVPGPMGPSGPRGLPGPPGAPGPQGFQGPPGEPGEPGGSGPMGPRG PPGPPGKNGDDGEAGKPGRPGERGPPGPQGARGLPGTAGLPGMKGHRGFSGLDGAKGDAGPAGPKGEPGS PGENGAPGQMGPRGLPGERGRPGPPGTAGARGNDGAVGAAGPPGPTGPTGPPGFPGAVGAKGEAGPQGAR GSEGPQGVRGEPGPPGPAGAAGPAGNPGADGQPGAKGANGAPGIAGAPGFPGARGPSGPQGPSGPPGPKG NSGEPGAPGNKGDTGAKGEPGATGVQGPPGPAGEEGKRGARGEPGPSGLPGPPGERGGPGSRGFPGADGV AGPKGPSGERGAPGPAGPKGSPGEAGRPGEAGLPGAKGLTGSPGSPGPDGKTGPPGPAGQDGRPGPAGPP GARGQAGVMGFPGPKGTAGEPGKAGERGLPGPPGAVGPAGKDGEAGAQGAPGPAGPAGERGEQGPAGSPG FQGLPGPAGPPGEAGKPGEQGVPGDLGAPGPSGARGERGFPGERGVQGPPGPAGPRGNNGAPGNDGAKGD TGAPGAPGSQGAPGLQGMPGERGAAGLPGPKGDRGDAGPKGADGSPGKDGARGLTGPIGPPGPAGAPGDK GEAGPSGPPGPTGARGAPGDRGEAGPPGPAGFAGPPGADGQPGAKGEPGDTGVKGDAGPPGPAGPAGPPG PIGNVGAPGPKGPRGAAGPPGATGFPGAAGRVGPPGPSGNAGPPGPPGPVGKEGGKGPRGETGPAGRPGE VGPPGPPGPAGEKGSPGADGPAGSPGTPGPQGIAGQRGVVGLPGQRGERGFPGLPGPSGEPGKQGPSGSS GERGPPGPMGPPGLAGPPGESGREGSPGAEGSPGRDGAPGAKGDRGETGPAGPPGAPGAPGAPGPVGPAG KNGDRGETGPAGPAGPIGPAGARGPAGPQGPRGDKGETGEQGDRGIKGHRGFSGLQGPPGSPGSPGEQGP SGASGPAGPRGPPGSAGSPGKDGLNGLPGPIGPPGPRGRTGDSGPAGPPGPPGPPGPPGPPSGGYDFSFL PQPPQEKSQDGGRYYRADDANVVRDRDLEVDTTLKSLSQQIENIRSPEGSRKNPARTCRDLKMCHSDWKS GEYWIDPNQGCNLDAIKVYCNMETGQTCVFPTQPSVPQKNWYISPNPKEKKHVWFGESMTDGFPFEYGSE GSDPADVAIQLTFLRLMSTEASQNITYHCKNSVAYMDQQTGNLKKALLLQGSNEIELRGEGNSRFTYSTL VDGCTSHTGTWGKTVIEYKTTKTSRLPIIDVAPLDIGAPDQEFGLDIGPACFV ; 'Collagen alpha-1(I) chain' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 1453 1 1453 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . CO1A1_MOUSE P11087 . 1 1453 10090 'Mus musculus (Mouse)' 2005-12-06 0B7F06BBB9A1D5EA # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no A ;MFSFVDLRLLLLLGATALLTHGQEDIPEVSCIHNGLRVPNGETWKPEVCLICICHNGTAVCDDVQCNEEL DCPNPQRREGECCAFCPEEYVSPNSEDVGVEGPKGDPGPQGPRGPVGPPGRDGIPGQPGLPGPPGPPGPP GPPGLGGNFASQMSYGYDEKSAGVSVPGPMGPSGPRGLPGPPGAPGPQGFQGPPGEPGEPGGSGPMGPRG PPGPPGKNGDDGEAGKPGRPGERGPPGPQGARGLPGTAGLPGMKGHRGFSGLDGAKGDAGPAGPKGEPGS PGENGAPGQMGPRGLPGERGRPGPPGTAGARGNDGAVGAAGPPGPTGPTGPPGFPGAVGAKGEAGPQGAR GSEGPQGVRGEPGPPGPAGAAGPAGNPGADGQPGAKGANGAPGIAGAPGFPGARGPSGPQGPSGPPGPKG NSGEPGAPGNKGDTGAKGEPGATGVQGPPGPAGEEGKRGARGEPGPSGLPGPPGERGGPGSRGFPGADGV AGPKGPSGERGAPGPAGPKGSPGEAGRPGEAGLPGAKGLTGSPGSPGPDGKTGPPGPAGQDGRPGPAGPP GARGQAGVMGFPGPKGTAGEPGKAGERGLPGPPGAVGPAGKDGEAGAQGAPGPAGPAGERGEQGPAGSPG 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A 1 1267 PRO 1267 ? ? ? A . A 1 1268 ASN 1268 ? ? ? A . A 1 1269 GLN 1269 ? ? ? A . A 1 1270 GLY 1270 ? ? ? A . A 1 1271 CYS 1271 ? ? ? A . A 1 1272 ASN 1272 ? ? ? A . A 1 1273 LEU 1273 ? ? ? A . A 1 1274 ASP 1274 ? ? ? A . A 1 1275 ALA 1275 ? ? ? A . A 1 1276 ILE 1276 ? ? ? A . A 1 1277 LYS 1277 ? ? ? A . A 1 1278 VAL 1278 ? ? ? A . A 1 1279 TYR 1279 ? ? ? A . A 1 1280 CYS 1280 ? ? ? A . A 1 1281 ASN 1281 ? ? ? A . A 1 1282 MET 1282 ? ? ? A . A 1 1283 GLU 1283 ? ? ? A . A 1 1284 THR 1284 ? ? ? A . A 1 1285 GLY 1285 ? ? ? A . A 1 1286 GLN 1286 ? ? ? A . A 1 1287 THR 1287 ? ? ? A . A 1 1288 CYS 1288 ? ? ? A . A 1 1289 VAL 1289 ? ? ? A . A 1 1290 PHE 1290 ? ? ? A . A 1 1291 PRO 1291 ? ? ? A . A 1 1292 THR 1292 ? ? ? A . A 1 1293 GLN 1293 ? ? ? A . A 1 1294 PRO 1294 ? ? ? A . A 1 1295 SER 1295 ? ? ? A . A 1 1296 VAL 1296 ? ? ? A . A 1 1297 PRO 1297 ? ? ? A . A 1 1298 GLN 1298 ? ? ? A . A 1 1299 LYS 1299 ? ? ? A . A 1 1300 ASN 1300 ? ? ? A . A 1 1301 TRP 1301 ? ? ? A . A 1 1302 TYR 1302 ? ? ? A . A 1 1303 ILE 1303 ? ? ? A . A 1 1304 SER 1304 ? ? ? A . A 1 1305 PRO 1305 ? ? ? A . A 1 1306 ASN 1306 ? ? ? A . A 1 1307 PRO 1307 ? ? ? A . A 1 1308 LYS 1308 ? ? ? A . A 1 1309 GLU 1309 ? ? ? A . A 1 1310 LYS 1310 ? ? ? A . A 1 1311 LYS 1311 ? ? ? A . A 1 1312 HIS 1312 ? ? ? A . A 1 1313 VAL 1313 ? ? ? A . A 1 1314 TRP 1314 ? ? ? A . A 1 1315 PHE 1315 ? ? ? A . A 1 1316 GLY 1316 ? ? ? A . A 1 1317 GLU 1317 ? ? ? A . A 1 1318 SER 1318 ? ? ? A . A 1 1319 MET 1319 ? ? ? A . A 1 1320 THR 1320 ? ? ? A . A 1 1321 ASP 1321 ? ? ? A . A 1 1322 GLY 1322 ? ? ? A . A 1 1323 PHE 1323 ? ? ? A . A 1 1324 PRO 1324 ? ? ? A . A 1 1325 PHE 1325 ? ? ? A . A 1 1326 GLU 1326 ? ? ? A . A 1 1327 TYR 1327 ? ? ? A . A 1 1328 GLY 1328 ? ? ? A . A 1 1329 SER 1329 ? ? ? A . A 1 1330 GLU 1330 ? ? ? A . A 1 1331 GLY 1331 ? ? ? A . A 1 1332 SER 1332 ? ? ? A . A 1 1333 ASP 1333 ? ? ? A . A 1 1334 PRO 1334 ? ? ? A . A 1 1335 ALA 1335 ? ? ? A . A 1 1336 ASP 1336 ? ? ? A . A 1 1337 VAL 1337 ? ? ? A . A 1 1338 ALA 1338 ? ? ? A . A 1 1339 ILE 1339 ? ? ? A . A 1 1340 GLN 1340 ? ? ? A . A 1 1341 LEU 1341 ? ? ? A . A 1 1342 THR 1342 ? ? ? A . A 1 1343 PHE 1343 ? ? ? A . A 1 1344 LEU 1344 ? ? ? A . A 1 1345 ARG 1345 ? ? ? A . A 1 1346 LEU 1346 ? ? ? A . A 1 1347 MET 1347 ? ? ? A . A 1 1348 SER 1348 ? ? ? A . A 1 1349 THR 1349 ? ? ? A . A 1 1350 GLU 1350 ? ? ? A . A 1 1351 ALA 1351 ? ? ? A . A 1 1352 SER 1352 ? ? ? A . A 1 1353 GLN 1353 ? ? ? A . A 1 1354 ASN 1354 ? ? ? A . A 1 1355 ILE 1355 ? ? ? A . A 1 1356 THR 1356 ? ? ? A . A 1 1357 TYR 1357 ? ? ? A . A 1 1358 HIS 1358 ? ? ? A . A 1 1359 CYS 1359 ? ? ? A . A 1 1360 LYS 1360 ? ? ? A . A 1 1361 ASN 1361 ? ? ? A . A 1 1362 SER 1362 ? ? ? A . A 1 1363 VAL 1363 ? ? ? A . A 1 1364 ALA 1364 ? ? ? A . A 1 1365 TYR 1365 ? ? ? A . A 1 1366 MET 1366 ? ? ? A . A 1 1367 ASP 1367 ? ? ? A . A 1 1368 GLN 1368 ? ? ? A . A 1 1369 GLN 1369 ? ? ? A . A 1 1370 THR 1370 ? ? ? A . A 1 1371 GLY 1371 ? ? ? A . 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A 1 1442 GLU 1442 ? ? ? A . A 1 1443 PHE 1443 ? ? ? A . A 1 1444 GLY 1444 ? ? ? A . A 1 1445 LEU 1445 ? ? ? A . A 1 1446 ASP 1446 ? ? ? A . A 1 1447 ILE 1447 ? ? ? A . A 1 1448 GLY 1448 ? ? ? A . A 1 1449 PRO 1449 ? ? ? A . A 1 1450 ALA 1450 ? ? ? A . A 1 1451 CYS 1451 ? ? ? A . A 1 1452 PHE 1452 ? ? ? A . A 1 1453 VAL 1453 ? ? ? A . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'Collagen alpha-1(II) chain {PDB ID=5nir, label_asym_id=B, auth_asym_id=B, SMTL ID=5nir.2.A}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 5nir, label_asym_id=B' 'target-template alignment' . 4 'model 2' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2025-01-01 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-12-27 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A B 1 1 B # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;GSMAQEAGSCVQDGQRYNDKDVWKPEPCRICVCDTGTVLCDDIICEDVKDCLSPEIPFGECCPICPTDLA TASG ; ;GSMAQEAGSCVQDGQRYNDKDVWKPEPCRICVCDTGTVLCDDIICEDVKDCLSPEIPFGECCPICPTDLA TASG ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 6 71 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 5nir 2024-11-06 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 1453 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 1453 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 2.2e-10 40.909 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MFSFVDLRLLLLLGATALLTHGQEDIPEVSCIHNGLRVPNGETWKPEVCLICICHNGTAVCDDVQCNEELDCPNPQRREGECCAFCPEEYVSPNSEDVGVEGPKGDPGPQGPRGPVGPPGRDGIPGQPGLPGPPGPPGPPGPPGLGGNFASQMSYGYDEKSAGVSVPGPMGPSGPRGLPGPPGAPGPQGFQGPPGEPGEPGGSGPMGPRGPPGPPGKNGDDGEAGKPGRPGERGPPGPQGARGLPGTAGLPGMKGHRGFSGLDGAKGDAGPAGPKGEPGSPGENGAPGQMGPRGLPGERGRPGPPGTAGARGNDGAVGAAGPPGPTGPTGPPGFPGAVGAKGEAGPQGARGSEGPQGVRGEPGPPGPAGAAGPAGNPGADGQPGAKGANGAPGIAGAPGFPGARGPSGPQGPSGPPGPKGNSGEPGAPGNKGDTGAKGEPGATGVQGPPGPAGEEGKRGARGEPGPSGLPGPPGERGGPGSRGFPGADGVAGPKGPSGERGAPGPAGPKGSPGEAGRPGEAGLPGAKGLTGSPGSPGPDGKTGPPGPAGQDGRPGPAGPPGARGQAGVMGFPGPKGTAGEPGKAGERGLPGPPGAVGPAGKDGEAGAQGAPGPAGPAGERGEQGPAGSPGFQGLPGPAGPPGEAGKPGEQGVPGDLGAPGPSGARGERGFPGERGVQGPPGPAGPRGNNGAPGNDGAKGDTGAPGAPGSQGAPGLQGMPGERGAAGLPGPKGDRGDAGPKGADGSPGKDGARGLTGPIGPPGPAGAPGDKGEAGPSGPPGPTGARGAPGDRGEAGPPGPAGFAGPPGADGQPGAKGEPGDTGVKGDAGPPGPAGPAGPPGPIGNVGAPGPKGPRGAAGPPGATGFPGAAGRVGPPGPSGNAGPPGPPGPVGKEGGKGPRGETGPAGRPGEVGPPGPPGPAGEKGSPGADGPAGSPGTPGPQGIAGQRGVVGLPGQRGERGFPGLPGPSGEPGKQGPSGSSGERGPPGPMGPPGLAGPPGESGREGSPGAEGSPGRDGAPGAKGDRGETGPAGPPGAPGAPGAPGPVGPAGKNGDRGETGPAGPAGPIGPAGARGPAGPQGPRGDKGETGEQGDRGIKGHRGFSGLQGPPGSPGSPGEQGPSGASGPAGPRGPPGSAGSPGKDGLNGLPGPIGPPGPRGRTGDSGPAGPPGPPGPPGPPGPPSGGYDFSFLPQPPQEKSQDGGRYYRADDANVVRDRDLEVDTTLKSLSQQIENIRSPEGSRKNPARTCRDLKMCHSDWKSGEYWIDPNQGCNLDAIKVYCNMETGQTCVFPTQPSVPQKNWYISPNPKEKKHVWFGESMTDGFPFEYGSEGSDPADVAIQLTFLRLMSTEASQNITYHCKNSVAYMDQQTGNLKKALLLQGSNEIELRGEGNSRFTYSTLVDGCTSHTGTWGKTVIEYKTTKTSRLPIIDVAPLDIGAPDQEFGLDIGPACFV 2 1 2 --------------------------EAGSCVQDGQRYNDKDVWKPEPCRICVCDTGTVLCDDIICEDVKDCLSPEIPFGECCPICPTDLAT----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 5nir.2' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 2' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . PRO 27 27 ? A 6.814 36.468 12.872 1 1 A PRO 0.420 1 ATOM 2 C CA . PRO 27 27 ? A 6.756 35.703 11.592 1 1 A PRO 0.420 1 ATOM 3 C C . PRO 27 27 ? A 7.640 34.509 11.477 1 1 A PRO 0.420 1 ATOM 4 O O . PRO 27 27 ? A 7.078 33.420 11.506 1 1 A PRO 0.420 1 ATOM 5 C CB . PRO 27 27 ? A 6.969 36.722 10.505 1 1 A PRO 0.420 1 ATOM 6 C CG . PRO 27 27 ? A 6.762 38.101 11.132 1 1 A PRO 0.420 1 ATOM 7 C CD . PRO 27 27 ? A 7.021 37.950 12.621 1 1 A PRO 0.420 1 ATOM 8 N N . GLU 28 28 ? A 8.971 34.651 11.288 1 1 A GLU 0.370 1 ATOM 9 C CA . GLU 28 28 ? A 9.846 33.527 11.057 1 1 A GLU 0.370 1 ATOM 10 C C . GLU 28 28 ? A 9.871 32.658 12.297 1 1 A GLU 0.370 1 ATOM 11 O O . GLU 28 28 ? A 9.742 33.167 13.417 1 1 A GLU 0.370 1 ATOM 12 C CB . GLU 28 28 ? A 11.244 34.028 10.634 1 1 A GLU 0.370 1 ATOM 13 C CG . GLU 28 28 ? A 12.267 32.937 10.242 1 1 A GLU 0.370 1 ATOM 14 C CD . GLU 28 28 ? A 13.577 33.530 9.715 1 1 A GLU 0.370 1 ATOM 15 O OE1 . GLU 28 28 ? A 14.469 32.712 9.378 1 1 A GLU 0.370 1 ATOM 16 O OE2 . GLU 28 28 ? A 13.684 34.780 9.647 1 1 A GLU 0.370 1 ATOM 17 N N . VAL 29 29 ? A 9.902 31.326 12.114 1 1 A VAL 0.650 1 ATOM 18 C CA . VAL 29 29 ? A 10.086 30.354 13.175 1 1 A VAL 0.650 1 ATOM 19 C C . VAL 29 29 ? A 8.776 30.079 13.968 1 1 A VAL 0.650 1 ATOM 20 O O . VAL 29 29 ? A 8.681 29.170 14.787 1 1 A VAL 0.650 1 ATOM 21 C CB . VAL 29 29 ? A 11.381 30.643 13.970 1 1 A VAL 0.650 1 ATOM 22 C CG1 . VAL 29 29 ? A 11.530 29.775 15.193 1 1 A VAL 0.650 1 ATOM 23 C CG2 . VAL 29 29 ? A 12.650 30.227 13.203 1 1 A VAL 0.650 1 ATOM 24 N N . SER 30 30 ? A 7.674 30.810 13.678 1 1 A SER 0.670 1 ATOM 25 C CA . SER 30 30 ? A 6.409 30.736 14.406 1 1 A SER 0.670 1 ATOM 26 C C . SER 30 30 ? A 5.644 29.419 14.375 1 1 A SER 0.670 1 ATOM 27 O O . SER 30 30 ? A 5.684 28.665 13.406 1 1 A SER 0.670 1 ATOM 28 C CB . SER 30 30 ? A 5.460 31.921 14.069 1 1 A SER 0.670 1 ATOM 29 O OG . SER 30 30 ? A 4.817 31.811 12.798 1 1 A SER 0.670 1 ATOM 30 N N . CYS 31 31 ? A 4.896 29.118 15.458 1 1 A CYS 0.730 1 ATOM 31 C CA . CYS 31 31 ? A 4.173 27.866 15.603 1 1 A CYS 0.730 1 ATOM 32 C C . CYS 31 31 ? A 2.689 28.167 15.595 1 1 A CYS 0.730 1 ATOM 33 O O . CYS 31 31 ? A 2.292 29.320 15.749 1 1 A CYS 0.730 1 ATOM 34 C CB . CYS 31 31 ? A 4.531 27.113 16.916 1 1 A CYS 0.730 1 ATOM 35 S SG . CYS 31 31 ? A 6.297 26.786 17.168 1 1 A CYS 0.730 1 ATOM 36 N N . ILE 32 32 ? A 1.823 27.149 15.403 1 1 A ILE 0.650 1 ATOM 37 C CA . ILE 32 32 ? A 0.378 27.315 15.450 1 1 A ILE 0.650 1 ATOM 38 C C . ILE 32 32 ? A -0.216 26.312 16.423 1 1 A ILE 0.650 1 ATOM 39 O O . ILE 32 32 ? A 0.132 25.135 16.410 1 1 A ILE 0.650 1 ATOM 40 C CB . ILE 32 32 ? A -0.285 27.218 14.070 1 1 A ILE 0.650 1 ATOM 41 C CG1 . ILE 32 32 ? A -1.822 27.431 14.145 1 1 A ILE 0.650 1 ATOM 42 C CG2 . ILE 32 32 ? A 0.095 25.899 13.353 1 1 A ILE 0.650 1 ATOM 43 C CD1 . ILE 32 32 ? A -2.475 27.722 12.788 1 1 A ILE 0.650 1 ATOM 44 N N . HIS 33 33 ? A -1.111 26.760 17.329 1 1 A HIS 0.650 1 ATOM 45 C CA . HIS 33 33 ? A -1.834 25.868 18.217 1 1 A HIS 0.650 1 ATOM 46 C C . HIS 33 33 ? A -3.257 26.373 18.349 1 1 A HIS 0.650 1 ATOM 47 O O . HIS 33 33 ? A -3.469 27.516 18.745 1 1 A HIS 0.650 1 ATOM 48 C CB . HIS 33 33 ? A -1.189 25.840 19.622 1 1 A HIS 0.650 1 ATOM 49 C CG . HIS 33 33 ? A -1.875 24.954 20.610 1 1 A HIS 0.650 1 ATOM 50 N ND1 . HIS 33 33 ? A -1.761 23.595 20.449 1 1 A HIS 0.650 1 ATOM 51 C CD2 . HIS 33 33 ? A -2.593 25.243 21.729 1 1 A HIS 0.650 1 ATOM 52 C CE1 . HIS 33 33 ? A -2.400 23.070 21.474 1 1 A HIS 0.650 1 ATOM 53 N NE2 . HIS 33 33 ? A -2.921 24.024 22.282 1 1 A HIS 0.650 1 ATOM 54 N N . ASN 34 34 ? A -4.273 25.551 18.001 1 1 A ASN 0.650 1 ATOM 55 C CA . ASN 34 34 ? A -5.697 25.887 18.087 1 1 A ASN 0.650 1 ATOM 56 C C . ASN 34 34 ? A -6.112 27.202 17.431 1 1 A ASN 0.650 1 ATOM 57 O O . ASN 34 34 ? A -6.905 27.969 17.969 1 1 A ASN 0.650 1 ATOM 58 C CB . ASN 34 34 ? A -6.221 25.846 19.542 1 1 A ASN 0.650 1 ATOM 59 C CG . ASN 34 34 ? A -6.093 24.426 20.060 1 1 A ASN 0.650 1 ATOM 60 O OD1 . ASN 34 34 ? A -6.264 23.449 19.329 1 1 A ASN 0.650 1 ATOM 61 N ND2 . ASN 34 34 ? A -5.792 24.289 21.368 1 1 A ASN 0.650 1 ATOM 62 N N . GLY 35 35 ? A -5.584 27.486 16.224 1 1 A GLY 0.700 1 ATOM 63 C CA . GLY 35 35 ? A -5.887 28.712 15.492 1 1 A GLY 0.700 1 ATOM 64 C C . GLY 35 35 ? A -5.126 29.942 15.924 1 1 A GLY 0.700 1 ATOM 65 O O . GLY 35 35 ? A -5.320 31.014 15.358 1 1 A GLY 0.700 1 ATOM 66 N N . LEU 36 36 ? A -4.206 29.827 16.899 1 1 A LEU 0.630 1 ATOM 67 C CA . LEU 36 36 ? A -3.410 30.939 17.379 1 1 A LEU 0.630 1 ATOM 68 C C . LEU 36 36 ? A -1.971 30.743 16.976 1 1 A LEU 0.630 1 ATOM 69 O O . LEU 36 36 ? A -1.448 29.629 16.979 1 1 A LEU 0.630 1 ATOM 70 C CB . LEU 36 36 ? A -3.467 31.074 18.919 1 1 A LEU 0.630 1 ATOM 71 C CG . LEU 36 36 ? A -4.886 31.290 19.479 1 1 A LEU 0.630 1 ATOM 72 C CD1 . LEU 36 36 ? A -4.855 31.319 21.015 1 1 A LEU 0.630 1 ATOM 73 C CD2 . LEU 36 36 ? A -5.545 32.568 18.933 1 1 A LEU 0.630 1 ATOM 74 N N . ARG 37 37 ? A -1.291 31.841 16.599 1 1 A ARG 0.630 1 ATOM 75 C CA . ARG 37 37 ? A 0.075 31.796 16.139 1 1 A ARG 0.630 1 ATOM 76 C C . ARG 37 37 ? A 0.957 32.385 17.204 1 1 A ARG 0.630 1 ATOM 77 O O . ARG 37 37 ? A 0.704 33.471 17.714 1 1 A ARG 0.630 1 ATOM 78 C CB . ARG 37 37 ? A 0.265 32.586 14.823 1 1 A ARG 0.630 1 ATOM 79 C CG . ARG 37 37 ? A 1.684 32.457 14.226 1 1 A ARG 0.630 1 ATOM 80 C CD . ARG 37 37 ? A 1.830 33.028 12.812 1 1 A ARG 0.630 1 ATOM 81 N NE . ARG 37 37 ? A 1.053 32.161 11.870 1 1 A ARG 0.630 1 ATOM 82 C CZ . ARG 37 37 ? A 1.470 31.007 11.325 1 1 A ARG 0.630 1 ATOM 83 N NH1 . ARG 37 37 ? A 2.666 30.468 11.538 1 1 A ARG 0.630 1 ATOM 84 N NH2 . ARG 37 37 ? A 0.640 30.361 10.504 1 1 A ARG 0.630 1 ATOM 85 N N . VAL 38 38 ? A 2.025 31.669 17.563 1 1 A VAL 0.740 1 ATOM 86 C CA . VAL 38 38 ? A 2.893 32.061 18.648 1 1 A VAL 0.740 1 ATOM 87 C C . VAL 38 38 ? A 4.234 32.366 18.007 1 1 A VAL 0.740 1 ATOM 88 O O . 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A 10.270 32.855 20.176 1 1 A ASN 0.680 1 ATOM 103 C CB . ASN 40 40 ? A 10.664 31.891 17.324 1 1 A ASN 0.680 1 ATOM 104 C CG . ASN 40 40 ? A 11.308 33.287 17.314 1 1 A ASN 0.680 1 ATOM 105 O OD1 . ASN 40 40 ? A 10.714 34.303 16.954 1 1 A ASN 0.680 1 ATOM 106 N ND2 . ASN 40 40 ? A 12.641 33.277 17.572 1 1 A ASN 0.680 1 ATOM 107 N N . GLY 41 41 ? A 10.091 30.637 20.433 1 1 A GLY 0.750 1 ATOM 108 C CA . GLY 41 41 ? A 10.601 30.719 21.783 1 1 A GLY 0.750 1 ATOM 109 C C . GLY 41 41 ? A 9.595 31.275 22.754 1 1 A GLY 0.750 1 ATOM 110 O O . GLY 41 41 ? A 9.928 31.500 23.913 1 1 A GLY 0.750 1 ATOM 111 N N . GLU 42 42 ? A 8.336 31.507 22.303 1 1 A GLU 0.790 1 ATOM 112 C CA . GLU 42 42 ? A 7.226 31.836 23.170 1 1 A GLU 0.790 1 ATOM 113 C C . GLU 42 42 ? A 6.997 30.727 24.149 1 1 A GLU 0.790 1 ATOM 114 O O . GLU 42 42 ? A 7.071 29.553 23.781 1 1 A GLU 0.790 1 ATOM 115 C CB . GLU 42 42 ? A 5.887 32.043 22.412 1 1 A GLU 0.790 1 ATOM 116 C CG . GLU 42 42 ? 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'normalized score' global . 6 # # loop_ _ma_qa_metric_global.ordinal_id _ma_qa_metric_global.model_id _ma_qa_metric_global.metric_id _ma_qa_metric_global.metric_value 1 1 2 0.655 2 1 3 0.040 # # loop_ _ma_qa_metric_local.ordinal_id _ma_qa_metric_local.model_id _ma_qa_metric_local.label_asym_id _ma_qa_metric_local.label_seq_id _ma_qa_metric_local.label_comp_id _ma_qa_metric_local.metric_id _ma_qa_metric_local.metric_value 1 1 A 27 PRO 1 0.420 2 1 A 28 GLU 1 0.370 3 1 A 29 VAL 1 0.650 4 1 A 30 SER 1 0.670 5 1 A 31 CYS 1 0.730 6 1 A 32 ILE 1 0.650 7 1 A 33 HIS 1 0.650 8 1 A 34 ASN 1 0.650 9 1 A 35 GLY 1 0.700 10 1 A 36 LEU 1 0.630 11 1 A 37 ARG 1 0.630 12 1 A 38 VAL 1 0.740 13 1 A 39 PRO 1 0.710 14 1 A 40 ASN 1 0.680 15 1 A 41 GLY 1 0.750 16 1 A 42 GLU 1 0.790 17 1 A 43 THR 1 0.870 18 1 A 44 TRP 1 0.750 19 1 A 45 LYS 1 0.810 20 1 A 46 PRO 1 0.750 21 1 A 47 GLU 1 0.710 22 1 A 48 VAL 1 0.750 23 1 A 49 CYS 1 0.750 24 1 A 50 LEU 1 0.680 25 1 A 51 ILE 1 0.700 26 1 A 52 CYS 1 0.850 27 1 A 53 ILE 1 0.760 28 1 A 54 CYS 1 0.760 29 1 A 55 HIS 1 0.680 30 1 A 56 ASN 1 0.660 31 1 A 57 GLY 1 0.700 32 1 A 58 THR 1 0.700 33 1 A 59 ALA 1 0.750 34 1 A 60 VAL 1 0.740 35 1 A 61 CYS 1 0.740 36 1 A 62 ASP 1 0.670 37 1 A 63 ASP 1 0.650 38 1 A 64 VAL 1 0.680 39 1 A 65 GLN 1 0.610 40 1 A 66 CYS 1 0.660 41 1 A 67 ASN 1 0.600 42 1 A 68 GLU 1 0.390 43 1 A 69 GLU 1 0.530 44 1 A 70 LEU 1 0.520 45 1 A 71 ASP 1 0.610 46 1 A 72 CYS 1 0.640 47 1 A 73 PRO 1 0.670 48 1 A 74 ASN 1 0.660 49 1 A 75 PRO 1 0.660 50 1 A 76 GLN 1 0.590 51 1 A 77 ARG 1 0.550 52 1 A 78 ARG 1 0.540 53 1 A 79 GLU 1 0.610 54 1 A 80 GLY 1 0.680 55 1 A 81 GLU 1 0.730 56 1 A 82 CYS 1 0.760 57 1 A 83 CYS 1 0.690 58 1 A 84 ALA 1 0.680 59 1 A 85 PHE 1 0.580 60 1 A 86 CYS 1 0.630 61 1 A 87 PRO 1 0.620 62 1 A 88 GLU 1 0.540 63 1 A 89 GLU 1 0.500 64 1 A 90 TYR 1 0.460 65 1 A 91 VAL 1 0.520 66 1 A 92 SER 1 0.460 # # loop_ _pdbx_data_usage.id _pdbx_data_usage.type _pdbx_data_usage.details _pdbx_data_usage.url 1 license ;This SWISS-MODEL protein model is copyright. It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. 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All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #