data_SMR-577ef0afd3d10f2d1e41ee53bb857adc_3 _entry.id SMR-577ef0afd3d10f2d1e41ee53bb857adc_3 _struct.entry_id SMR-577ef0afd3d10f2d1e41ee53bb857adc_3 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - Q80U44/ ZFY16_MOUSE, Zinc finger FYVE domain-containing protein 16 Estimated model accuracy of this model is 0.034, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries Q80U44' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 5 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 194342.944 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP ZFY16_MOUSE Q80U44 1 ;MDSYFKAAVSGLDKLLDDFEQNPDKQDYLPDAYAFNQCSVSSESASPQLALLSKDQRCISTCASSEACCE DANETFLEGKIHEGLTSRPNEKNVAGLDLLSSVDASTSDEIQPSCMRRCSKPVCDLISDMGNLVHATNSE EDIKQLLPDDPKSSADTLITLDSSSVSEALTVSSVDCGSNAVREEQNNINAGIKNRDISIKELGVKVDMA LFDSCKYNRTENLKDKIISNELETVDFDMPSVLMEQSSEMSNTKDNPQYKRLPCELLKDDGCLAEEKVAV AVNNTECLEEGGGSNTIAMPCKLPENEGISPSDPASKDENFKLPDFPLQENRTSVFMKQTVKEDSRNLDL KDNNDIVHVSGDDVPPSLSCLSLSGSLCGSLIHNNEHSDILPPNESEGQNNDAVTIHEEIQKSDVLDGET DLSKKETCRSIFLQPVNEKKGEGKVEVEEMVISGESLESPEDASSAAAAGSPVALSAASVPEAPGPCEGL TFPSSDMDGQELDYFNIDESMRSGILISDAELDAFLKEQCLSNSNTMSAGENVNDSQLQMNQITMKGLHD ENAGDIYFNAEAGAAGENGGVGNCETSDKENTENNGLSIGEKGAIPTERELSACQPDIRDELPVPSIKTQ AVGGARPKQLLSLPPGTRSSKELNKPDVVDVPESEPCTANATAVSTCSADHIPDSQVSFNSNYIDIESNF EDGSSFVTANKDSLPENKRKESLVLGQKQPTWVPDSEAPNCMNCQVKFTFTKRRHHCRACGKVFCGVCCN RKCKLQYLEKEARVCVICYETINKAQAFERMMSPGGSCLKSNHSNECATDQPLQETQTSSTPSPTTLPIS ALKQPNVEGPCSKEQKRVWFADGILPNGEVADTTKLSSGSKRCSDDFSPVLPDVPTMINKVDRTHSPTVE KPNNGLGDIIRSEISQSPTCHTAPVERLPGNTGTEGLPMPGPFTLEDDVFVDSEEPSTPTVVPANSGLPV ASISDYRLLCSVAKCVCNNISLLPDDDIGLPPLLATSGEDGSVPVVQERPSHEQIILLLEGEGFPPATFV LNANLLVNVKLVLYSSEKYWYFSTNGLHGLGQAEIIVLLQCLPNEDTVPKDIFRLFITIYKDALKGKYIE NLDNLTFTESFLNSKDHGGFLFITPTFQNLDGLPVPRSPFLCGILIQKLEIPWAKVFPMRLMLRLGAEYK AYPAPLTSVRGRKPLFGEIGHTIMNLLVDLRNYQYTLHNIDQLLIHMEMGKSCIKIPRKKYSDVMKVIHS SNEHVISIGASFSTEADSHLVCVQSDGVYQTQANSATGQPRKVTGASFVVFNGALKTSSGFLAKSSIVED GLMVQITPETMEGLRLALREQKDFRIQCGKVDAVDLREYVDICWVDSEERKNKGVISSVDGMSVEGFPSE KIKLETDFETEEKTVKCTEVFYFLKDQDISILSSSYQFAKEIAVACSAALCPHLRTLKSNRMNKIGLRVS IDTDMVEFQAGCEGQLLPQHYLNDLDSALIPVIHGGTSNSSLPLEIELAFFILENLSE ; 'Zinc finger FYVE domain-containing protein 16' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 1528 1 1528 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . ZFY16_MOUSE Q80U44 . 1 1528 10090 'Mus musculus (Mouse)' 2004-07-19 063019BFD1665E2A # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no A ;MDSYFKAAVSGLDKLLDDFEQNPDKQDYLPDAYAFNQCSVSSESASPQLALLSKDQRCISTCASSEACCE DANETFLEGKIHEGLTSRPNEKNVAGLDLLSSVDASTSDEIQPSCMRRCSKPVCDLISDMGNLVHATNSE EDIKQLLPDDPKSSADTLITLDSSSVSEALTVSSVDCGSNAVREEQNNINAGIKNRDISIKELGVKVDMA LFDSCKYNRTENLKDKIISNELETVDFDMPSVLMEQSSEMSNTKDNPQYKRLPCELLKDDGCLAEEKVAV AVNNTECLEEGGGSNTIAMPCKLPENEGISPSDPASKDENFKLPDFPLQENRTSVFMKQTVKEDSRNLDL KDNNDIVHVSGDDVPPSLSCLSLSGSLCGSLIHNNEHSDILPPNESEGQNNDAVTIHEEIQKSDVLDGET DLSKKETCRSIFLQPVNEKKGEGKVEVEEMVISGESLESPEDASSAAAAGSPVALSAASVPEAPGPCEGL TFPSSDMDGQELDYFNIDESMRSGILISDAELDAFLKEQCLSNSNTMSAGENVNDSQLQMNQITMKGLHD ENAGDIYFNAEAGAAGENGGVGNCETSDKENTENNGLSIGEKGAIPTERELSACQPDIRDELPVPSIKTQ 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DANETFLEGKIHEGLTSRPNEKNVAGLDLLSSVDASTSDEIQPSCMRRCSKPVCDLISDMGNLVHATNSE EDIKQLLPDDPKSSADTLITLDSSSVSEALTVSSVDCGSNAVREEQNNINAGIKNRDISIKELGVKVDMA LFDSCKYNRTENLKDKIISNELETVDFDMPSVLMEQSSEMSNTKDNPQYKRLPCELLKDDGCLAEEKVAV AVNNTECLEEGGGSNTIAMPCKLPENEGISPSDPASKDENFKLPDFPLQENRTSVFMKQTVKEDSRNLDL KDNNDIVHVSGDDVPPSLSCLSLSGSLCGSLIHNNEHSDILPPNESEGQNNDAVTIHEEIQKSDVLDGET DLSKKETCRSIFLQPVNEKKGEGKVEVEEMVISGESLESPEDASSAAAAGSPVALSAASVPEAPGPCEGL TFPSSDMDGQELDYFNIDESMRSGILISDAELDAFLKEQCLSNSNTMSAGENVNDSQLQMNQITMKGLHD ENAGDIYFNAEAGAAGENGGVGNCETSDKENTENNGLSIGEKGAIPTERELSACQPDIRDELPVPSIKTQ AVGGARPKQLLSLPPGTRSSKELNKPDVVDVPESEPCTANATAVSTCSADHIPDSQVSFNSNYIDIESNF EDGSSFVTANKDSLPENKRKESLVLGQKQPTWVPDSEAPNCMNCQVKFTFTKRRHHCRACGKVFCGVCCN RKCKLQYLEKEARVCVICYETINKAQAFERMMSPGGSCLKSNHSNECATDQPLQETQTSSTPSPTTLPIS ALKQPNVEGPCSKEQKRVWFADGILPNGEVADTTKLSSGSKRCSDDFSPVLPDVPTMINKVDRTHSPTVE KPNNGLGDIIRSEISQSPTCHTAPVERLPGNTGTEGLPMPGPFTLEDDVFVDSEEPSTPTVVPANSGLPV ASISDYRLLCSVAKCVCNNISLLPDDDIGLPPLLATSGEDGSVPVVQERPSHEQIILLLEGEGFPPATFV LNANLLVNVKLVLYSSEKYWYFSTNGLHGLGQAEIIVLLQCLPNEDTVPKDIFRLFITIYKDALKGKYIE NLDNLTFTESFLNSKDHGGFLFITPTFQNLDGLPVPRSPFLCGILIQKLEIPWAKVFPMRLMLRLGAEYK AYPAPLTSVRGRKPLFGEIGHTIMNLLVDLRNYQYTLHNIDQLLIHMEMGKSCIKIPRKKYSDVMKVIHS SNEHVISIGASFSTEADSHLVCVQSDGVYQTQANSATGQPRKVTGASFVVFNGALKTSSGFLAKSSIVED GLMVQITPETMEGLRLALREQKDFRIQCGKVDAVDLREYVDICWVDSEERKNKGVISSVDGMSVEGFPSE KIKLETDFETEEKTVKCTEVFYFLKDQDISILSSSYQFAKEIAVACSAALCPHLRTLKSNRMNKIGLRVS IDTDMVEFQAGCEGQLLPQHYLNDLDSALIPVIHGGTSNSSLPLEIELAFFILENLSE ; # # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET . 1 2 ASP . 1 3 SER . 1 4 TYR . 1 5 PHE . 1 6 LYS . 1 7 ALA . 1 8 ALA . 1 9 VAL . 1 10 SER . 1 11 GLY . 1 12 LEU . 1 13 ASP . 1 14 LYS . 1 15 LEU . 1 16 LEU . 1 17 ASP . 1 18 ASP . 1 19 PHE . 1 20 GLU . 1 21 GLN . 1 22 ASN . 1 23 PRO . 1 24 ASP . 1 25 LYS . 1 26 GLN . 1 27 ASP . 1 28 TYR . 1 29 LEU . 1 30 PRO . 1 31 ASP . 1 32 ALA . 1 33 TYR . 1 34 ALA . 1 35 PHE . 1 36 ASN . 1 37 GLN . 1 38 CYS . 1 39 SER . 1 40 VAL . 1 41 SER . 1 42 SER . 1 43 GLU . 1 44 SER . 1 45 ALA . 1 46 SER . 1 47 PRO . 1 48 GLN . 1 49 LEU . 1 50 ALA . 1 51 LEU . 1 52 LEU . 1 53 SER . 1 54 LYS . 1 55 ASP . 1 56 GLN . 1 57 ARG . 1 58 CYS . 1 59 ILE . 1 60 SER . 1 61 THR . 1 62 CYS . 1 63 ALA . 1 64 SER . 1 65 SER . 1 66 GLU . 1 67 ALA . 1 68 CYS . 1 69 CYS . 1 70 GLU . 1 71 ASP . 1 72 ALA . 1 73 ASN . 1 74 GLU . 1 75 THR . 1 76 PHE . 1 77 LEU . 1 78 GLU . 1 79 GLY . 1 80 LYS . 1 81 ILE . 1 82 HIS . 1 83 GLU . 1 84 GLY . 1 85 LEU . 1 86 THR . 1 87 SER . 1 88 ARG . 1 89 PRO . 1 90 ASN . 1 91 GLU . 1 92 LYS . 1 93 ASN . 1 94 VAL . 1 95 ALA . 1 96 GLY . 1 97 LEU . 1 98 ASP . 1 99 LEU . 1 100 LEU . 1 101 SER . 1 102 SER . 1 103 VAL . 1 104 ASP . 1 105 ALA . 1 106 SER . 1 107 THR . 1 108 SER . 1 109 ASP . 1 110 GLU . 1 111 ILE . 1 112 GLN . 1 113 PRO . 1 114 SER . 1 115 CYS . 1 116 MET . 1 117 ARG . 1 118 ARG . 1 119 CYS . 1 120 SER . 1 121 LYS . 1 122 PRO . 1 123 VAL . 1 124 CYS . 1 125 ASP . 1 126 LEU . 1 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A . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'RUN and FYVE domain-containing protein 1 {PDB ID=2yqm, label_asym_id=A, auth_asym_id=A, SMTL ID=2yqm.1.A}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by BLAST to 2yqm, label_asym_id=A' 'target-template alignment' . 4 'model 3' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2025-01-01 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-12-27 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A A 1 1 A # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;GSSGSSGIKEVNQALKGHAWLKDDEATHCRQCEKEFSISRRKHHCRNCGHIFCNTCSSNELALPSYPKPV RVCDSCHTLLLQRCSSTAS ; ;GSSGSSGIKEVNQALKGHAWLKDDEATHCRQCEKEFSISRRKHHCRNCGHIFCNTCSSNELALPSYPKPV RVCDSCHTLLLQRCSSTAS ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 16 77 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 2yqm 2024-05-29 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 1528 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 1528 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'BLAST e-value' . 1.33e-08 38.710 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MDSYFKAAVSGLDKLLDDFEQNPDKQDYLPDAYAFNQCSVSSESASPQLALLSKDQRCISTCASSEACCEDANETFLEGKIHEGLTSRPNEKNVAGLDLLSSVDASTSDEIQPSCMRRCSKPVCDLISDMGNLVHATNSEEDIKQLLPDDPKSSADTLITLDSSSVSEALTVSSVDCGSNAVREEQNNINAGIKNRDISIKELGVKVDMALFDSCKYNRTENLKDKIISNELETVDFDMPSVLMEQSSEMSNTKDNPQYKRLPCELLKDDGCLAEEKVAVAVNNTECLEEGGGSNTIAMPCKLPENEGISPSDPASKDENFKLPDFPLQENRTSVFMKQTVKEDSRNLDLKDNNDIVHVSGDDVPPSLSCLSLSGSLCGSLIHNNEHSDILPPNESEGQNNDAVTIHEEIQKSDVLDGETDLSKKETCRSIFLQPVNEKKGEGKVEVEEMVISGESLESPEDASSAAAAGSPVALSAASVPEAPGPCEGLTFPSSDMDGQELDYFNIDESMRSGILISDAELDAFLKEQCLSNSNTMSAGENVNDSQLQMNQITMKGLHDENAGDIYFNAEAGAAGENGGVGNCETSDKENTENNGLSIGEKGAIPTERELSACQPDIRDELPVPSIKTQAVGGARPKQLLSLPPGTRSSKELNKPDVVDVPESEPCTANATAVSTCSADHIPDSQVSFNSNYIDIESNFEDGSSFVTANKDSLPENKRKESLVLGQKQPTWVPDSEAPNCMNCQVKFTFTKRRHHCRACGKVFCGVCCNRKCKLQYLEKEARVCVICYETINKAQAFERMMSPGGSCLKSNHSNECATDQPLQETQTSSTPSPTTLPISALKQPNVEGPCSKEQKRVWFADGILPNGEVADTTKLSSGSKRCSDDFSPVLPDVPTMINKVDRTHSPTVEKPNNGLGDIIRSEISQSPTCHTAPVERLPGNTGTEGLPMPGPFTLEDDVFVDSEEPSTPTVVPANSGLPVASISDYRLLCSVAKCVCNNISLLPDDDIGLPPLLATSGEDGSVPVVQERPSHEQIILLLEGEGFPPATFVLNANLLVNVKLVLYSSEKYWYFSTNGLHGLGQAEIIVLLQCLPNEDTVPKDIFRLFITIYKDALKGKYIENLDNLTFTESFLNSKDHGGFLFITPTFQNLDGLPVPRSPFLCGILIQKLEIPWAKVFPMRLMLRLGAEYKAYPAPLTSVRGRKPLFGEIGHTIMNLLVDLRNYQYTLHNIDQLLIHMEMGKSCIKIPRKKYSDVMKVIHSSNEHVISIGASFSTEADSHLVCVQSDGVYQTQANSATGQPRKVTGASFVVFNGALKTSSGFLAKSSIVEDGLMVQITPETMEGLRLALREQKDFRIQCGKVDAVDLREYVDICWVDSEERKNKGVISSVDGMSVEGFPSEKIKLETDFETEEKTVKCTEVFYFLKDQDISILSSSYQFAKEIAVACSAALCPHLRTLKSNRMNKIGLRVSIDTDMVEFQAGCEGQLLPQHYLNDLDSALIPVIHGGTSNSSLPLEIELAFFILENLSE 2 1 2 -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------KGHAWLKDDEATHCRQCEKEFSISRRKHHCRNCGHIFCNTCSSNELALPSYPKPVRVCDSCH------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 2yqm.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 3' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . LYS 728 728 ? A 11.299 0.662 31.646 1 1 A LYS 0.250 1 ATOM 2 C CA . LYS 728 728 ? A 10.951 2.136 31.663 1 1 A LYS 0.250 1 ATOM 3 C C . LYS 728 728 ? A 10.697 2.574 30.229 1 1 A LYS 0.250 1 ATOM 4 O O . LYS 728 728 ? A 11.273 1.948 29.348 1 1 A LYS 0.250 1 ATOM 5 C CB . LYS 728 728 ? A 12.118 2.965 32.311 1 1 A LYS 0.250 1 ATOM 6 C CG . LYS 728 728 ? A 11.672 4.070 33.296 1 1 A LYS 0.250 1 ATOM 7 C CD . LYS 728 728 ? A 12.396 4.023 34.665 1 1 A LYS 0.250 1 ATOM 8 C CE . LYS 728 728 ? A 12.005 2.814 35.537 1 1 A LYS 0.250 1 ATOM 9 N NZ . LYS 728 728 ? A 12.477 2.963 36.936 1 1 A LYS 0.250 1 ATOM 10 N N . GLN 729 729 ? A 9.871 3.607 29.936 1 1 A GLN 0.260 1 ATOM 11 C CA . GLN 729 729 ? A 9.696 4.104 28.573 1 1 A GLN 0.260 1 ATOM 12 C C . GLN 729 729 ? A 10.232 5.527 28.406 1 1 A GLN 0.260 1 ATOM 13 O O . GLN 729 729 ? A 9.529 6.480 28.709 1 1 A GLN 0.260 1 ATOM 14 C CB . GLN 729 729 ? A 8.177 4.095 28.220 1 1 A GLN 0.260 1 ATOM 15 C CG . GLN 729 729 ? A 7.802 4.600 26.802 1 1 A GLN 0.260 1 ATOM 16 C CD . GLN 729 729 ? A 8.415 3.693 25.739 1 1 A GLN 0.260 1 ATOM 17 O OE1 . GLN 729 729 ? A 8.084 2.518 25.662 1 1 A GLN 0.260 1 ATOM 18 N NE2 . GLN 729 729 ? A 9.339 4.223 24.904 1 1 A GLN 0.260 1 ATOM 19 N N . PRO 730 730 ? A 11.458 5.713 27.898 1 1 A PRO 0.180 1 ATOM 20 C CA . PRO 730 730 ? A 11.878 7.031 27.444 1 1 A PRO 0.180 1 ATOM 21 C C . PRO 730 730 ? A 12.507 6.999 26.044 1 1 A PRO 0.180 1 ATOM 22 O O . PRO 730 730 ? A 13.686 6.677 25.912 1 1 A PRO 0.180 1 ATOM 23 C CB . PRO 730 730 ? A 12.961 7.404 28.475 1 1 A PRO 0.180 1 ATOM 24 C CG . PRO 730 730 ? A 13.641 6.071 28.851 1 1 A PRO 0.180 1 ATOM 25 C CD . PRO 730 730 ? A 12.626 4.988 28.432 1 1 A PRO 0.180 1 ATOM 26 N N . THR 731 731 ? A 11.794 7.409 24.973 1 1 A THR 0.210 1 ATOM 27 C CA . THR 731 731 ? A 12.373 7.466 23.628 1 1 A THR 0.210 1 ATOM 28 C C . THR 731 731 ? A 11.675 8.619 22.943 1 1 A THR 0.210 1 ATOM 29 O O . THR 731 731 ? A 10.448 8.669 22.961 1 1 A THR 0.210 1 ATOM 30 C CB . THR 731 731 ? A 12.154 6.200 22.780 1 1 A THR 0.210 1 ATOM 31 O OG1 . THR 731 731 ? A 12.782 5.075 23.371 1 1 A THR 0.210 1 ATOM 32 C CG2 . THR 731 731 ? A 12.765 6.303 21.373 1 1 A THR 0.210 1 ATOM 33 N N . TRP 732 732 ? A 12.404 9.589 22.341 1 1 A TRP 0.120 1 ATOM 34 C CA . TRP 732 732 ? A 11.857 10.713 21.582 1 1 A TRP 0.120 1 ATOM 35 C C . TRP 732 732 ? A 11.021 10.306 20.374 1 1 A TRP 0.120 1 ATOM 36 O O . TRP 732 732 ? A 11.546 9.799 19.372 1 1 A TRP 0.120 1 ATOM 37 C CB . TRP 732 732 ? A 12.983 11.682 21.103 1 1 A TRP 0.120 1 ATOM 38 C CG . TRP 732 732 ? A 13.906 12.183 22.209 1 1 A TRP 0.120 1 ATOM 39 C CD1 . TRP 732 732 ? A 15.052 11.606 22.687 1 1 A TRP 0.120 1 ATOM 40 C CD2 . TRP 732 732 ? A 13.714 13.389 22.974 1 1 A TRP 0.120 1 ATOM 41 N NE1 . TRP 732 732 ? A 15.572 12.354 23.721 1 1 A TRP 0.120 1 ATOM 42 C CE2 . TRP 732 732 ? A 14.771 13.458 23.909 1 1 A TRP 0.120 1 ATOM 43 C CE3 . TRP 732 732 ? A 12.739 14.381 22.920 1 1 A TRP 0.120 1 ATOM 44 C CZ2 . TRP 732 732 ? A 14.866 14.519 24.803 1 1 A TRP 0.120 1 ATOM 45 C CZ3 . TRP 732 732 ? A 12.839 15.453 23.820 1 1 A TRP 0.120 1 ATOM 46 C CH2 . TRP 732 732 ? A 13.887 15.522 24.748 1 1 A TRP 0.120 1 ATOM 47 N N . VAL 733 733 ? A 9.701 10.510 20.430 1 1 A VAL 0.180 1 ATOM 48 C CA . VAL 733 733 ? A 8.789 10.080 19.394 1 1 A VAL 0.180 1 ATOM 49 C C . VAL 733 733 ? A 7.734 11.131 19.191 1 1 A VAL 0.180 1 ATOM 50 O O . VAL 733 733 ? A 7.015 11.502 20.125 1 1 A VAL 0.180 1 ATOM 51 C CB . VAL 733 733 ? A 8.181 8.703 19.690 1 1 A VAL 0.180 1 ATOM 52 C CG1 . VAL 733 733 ? A 7.346 8.664 20.998 1 1 A VAL 0.180 1 ATOM 53 C CG2 . VAL 733 733 ? A 7.415 8.183 18.451 1 1 A VAL 0.180 1 ATOM 54 N N . PRO 734 734 ? A 7.619 11.664 17.987 1 1 A PRO 0.340 1 ATOM 55 C CA . PRO 734 734 ? A 6.401 12.375 17.654 1 1 A PRO 0.340 1 ATOM 56 C C . PRO 734 734 ? A 5.797 12.060 16.289 1 1 A PRO 0.340 1 ATOM 57 O O . PRO 734 734 ? 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A 1.522 14.704 12.204 1 1 A SER 0.440 1 ATOM 72 O O . SER 736 736 ? A 0.356 14.752 11.837 1 1 A SER 0.440 1 ATOM 73 C CB . SER 736 736 ? A 2.307 16.035 14.108 1 1 A SER 0.440 1 ATOM 74 O OG . SER 736 736 ? A 2.567 16.061 15.511 1 1 A SER 0.440 1 ATOM 75 N N . GLU 737 737 ? A 2.524 14.691 11.301 1 1 A GLU 0.610 1 ATOM 76 C CA . GLU 737 737 ? A 2.321 14.817 9.863 1 1 A GLU 0.610 1 ATOM 77 C C . GLU 737 737 ? A 2.502 13.488 9.150 1 1 A GLU 0.610 1 ATOM 78 O O . GLU 737 737 ? A 2.848 13.417 7.971 1 1 A GLU 0.610 1 ATOM 79 C CB . GLU 737 737 ? A 3.291 15.853 9.265 1 1 A GLU 0.610 1 ATOM 80 C CG . GLU 737 737 ? A 3.066 17.246 9.889 1 1 A GLU 0.610 1 ATOM 81 C CD . GLU 737 737 ? A 3.608 18.361 9.003 1 1 A GLU 0.610 1 ATOM 82 O OE1 . GLU 737 737 ? A 3.398 18.279 7.765 1 1 A GLU 0.610 1 ATOM 83 O OE2 . GLU 737 737 ? A 4.216 19.303 9.568 1 1 A GLU 0.610 1 ATOM 84 N N . ALA 738 738 ? A 2.292 12.385 9.892 1 1 A ALA 0.710 1 ATOM 85 C CA . ALA 738 738 ? 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It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #