data_SMR-1ee3904b7b61777d9e4d9ae24fc40766_1
_entry.id SMR-1ee3904b7b61777d9e4d9ae24fc40766_1
_struct.entry_id SMR-1ee3904b7b61777d9e4d9ae24fc40766_1
_struct.pdbx_model_details
;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries:

  - Q7KQM6 (isoform 2)/ GGYF1_DROME, GIGYF family protein Gyf

Estimated model accuracy of this model is 0.028, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE).
;
_struct.pdbx_structure_determination_methodology computational
_struct.title 'Model for UniProtKB entries Q7KQM6 (isoform 2)'
_audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic
_audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic
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_citation.title
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_citation.year
_citation.pdbx_database_id_PubMed
_citation.pdbx_database_id_DOI
primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality'
'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132
2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes'
'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427
3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1)
1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667
4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation'
Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828
5
'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology'
'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579
10.1107/S0907444913007051
6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500
10.1186/1471-2105-10-421
7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation'
'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7
#
#
loop_
_citation_author.citation_id
_citation_author.name
_citation_author.ordinal
primary 'Bienert, S.' 1
primary 'Waterhouse, A.' 2
primary 'de Beer, T.A.P.' 3
primary 'Tauriello, G.' 4
primary 'Studer, G.' 5
primary 'Bordoli, L.' 6
primary 'Schwede, T.' 7
2 'Waterhouse, A.' 8
2 'Bertoni, M.' 9
2 'Bienert, S.' 10
2 'Studer, G.' 11
2 'Tauriello, G.' 12
2 'Gumienny, R.' 13
2 'Heer, F.T.' 14
2 'de Beer, T.A.P.' 15
2 'Rempfer, C.' 16
2 'Bordoli, L.' 17
2 'Lepore, R.' 18
2 'Schwede, T.' 19
3 'Studer, G.' 20
3 'Tauriello, G.' 21
3 'Bienert, S.' 22
3 'Biasini, M.' 23
3 'Johner, N.' 24
3 'Schwede, T.' 25
4 'Studer, G.' 26
4 'Rempfer, C.' 27
4 'Waterhouse, A.M.' 28
4 'Gumienny, R.' 29
4 'Haas, J.' 30
4 'Schwede, T.' 31
5 'Biasini, M.' 32
5 'Schmidt, T.' 33
5 'Bienert, S.' 34
5 'Mariani, V.' 35
5 'Studer, G.' 36
5 'Haas, J.' 37
5 'Johner, N.' 38
5 'Schenk, A.D.' 39
5 'Philippsen, A.' 40
5 'Schwede, T.' 41
6 'Camacho, C.' 42
6 'Coulouris, G.' 43
6 'Avagyan, V.' 44
6 'Ma, N.' 45
6 'Papadopoulos, J.' 46
6 'Bealer, K.' 47
6 'Madden, T.L.' 48
7 'Steinegger, M.' 49
7 'Meier, M.' 50
7 'Mirdita, M.' 51
7 'Vohringer, H.' 52
7 'Haunsberger, S.J.' 53
7 'Soding, J.' 54
#
#
loop_
_software.pdbx_ordinal
_software.name
_software.classification
_software.description
_software.version
_software.type
_software.location
_software.citation_id
1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3
package https://swissmodel.expasy.org 2
2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library
https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3
3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1
library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4
4 OpenStructure 'data processing'
'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package
https://openstructure.org/ 5
5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6
6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0
package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7
#
#
loop_
_ma_software_group.ordinal_id
_ma_software_group.group_id
_ma_software_group.software_id
_ma_software_group.parameter_group_id
1 1 6 .
2 2 1 .
3 2 4 .
4 2 5 .
5 2 6 .
6 3 1 .
7 3 4 .
8 4 1 .
9 4 2 .
10 4 4 .
11 5 3 .
12 6 1 .
13 6 3 .
14 6 4 .
#
#
loop_
_audit_author.name
_audit_author.pdbx_ordinal
'Bienert, S.' 1
'Waterhouse, A.' 2
'de Beer, T.A.P.' 3
'Tauriello, G.' 4
'Studer, G.' 5
'Bordoli, L.' 6
'Schwede, T.' 7
#
#
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.type
_chem_comp.name
_chem_comp.formula
_chem_comp.formula_weight
_chem_comp.ma_provenance
ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core'
ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core'
ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core'
ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core'
CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core'
GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core'
GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core'
GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core'
HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core'
ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core'
LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core'
LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core'
MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core'
PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core'
PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core'
SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core'
THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core'
TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core'
TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core'
VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core'
#
#
loop_
_entity.id
_entity.type
_entity.src_method
_entity.pdbx_description
_entity.formula_weight
_entity.pdbx_number_of_molecules
_entity.details
1 polymer man . 201317.348 1 .
#
#
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_struct_ref.db_name
_struct_ref.db_code
_struct_ref.pdbx_db_accession
_struct_ref.pdbx_align_begin
_struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code
_struct_ref.details
1 1 UNP GGYF1_DROME Q7KQM6 1
;MTDSMKFGPEWLRNMSAEPSGSPSTYNVGNAAQNNSIGGHNLGNNTAASASRNLFPEYRYGREEMLSLFD
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;
'GIGYF family protein Gyf'
#
#
loop_
_struct_ref_seq.align_id
_struct_ref_seq.ref_id
_struct_ref_seq.seq_align_beg
_struct_ref_seq.seq_align_end
_struct_ref_seq.db_align_beg
_struct_ref_seq.db_align_end
1 1 1 1567 1 1567
#
#
loop_
_ma_target_ref_db_details.target_entity_id
_ma_target_ref_db_details.db_name
_ma_target_ref_db_details.db_name_other_details
_ma_target_ref_db_details.db_code
_ma_target_ref_db_details.db_accession
_ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform
_ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin
_ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end
_ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id
_ma_target_ref_db_details.organism_scientific
_ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date
_ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum
1 UNP . GGYF1_DROME Q7KQM6 Q7KQM6-2 1 1567 7227
'Drosophila melanogaster (Fruit fly)' 2010-10-05 286AA4E34F7B5CB9
#
#
loop_
_entity_poly.entity_id
_entity_poly.type
_entity_poly.nstd_linkage
_entity_poly.nstd_monomer
_entity_poly.pdbx_strand_id
_entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code
_entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can
1 polypeptide(L) no no A
;MTDSMKFGPEWLRNMSAEPSGSPSTYNVGNAAQNNSIGGHNLGNNTAASASRNLFPEYRYGREEMLSLFD
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;MTDSMKFGPEWLRNMSAEPSGSPSTYNVGNAAQNNSIGGHNLGNNTAASASRNLFPEYRYGREEMLSLFD
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_entity_poly_seq.num
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A 1 68 LEU 68 ? ? ? A .
A 1 69 PHE 69 ? ? ? A .
A 1 70 ASP 70 ? ? ? A .
A 1 71 ARG 71 ? ? ? A .
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A 1 899 ASP 899 ? ? ? A .
A 1 900 PHE 900 ? ? ? A .
A 1 901 LEU 901 ? ? ? A .
A 1 902 THR 902 ? ? ? A .
A 1 903 GLU 903 ? ? ? A .
A 1 904 THR 904 ? ? ? A .
A 1 905 GLN 905 ? ? ? A .
A 1 906 LEU 906 ? ? ? A .
A 1 907 LEU 907 ? ? ? A .
A 1 908 GLU 908 ? ? ? A .
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A 1 910 GLN 910 ? ? ? A .
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A 1 1287 ALA 1287 ? ? ? A .
A 1 1288 TRP 1288 ? ? ? A .
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A 1 1290 SER 1290 ? ? ? A .
A 1 1291 SER 1291 ? ? ? A .
A 1 1292 ALA 1292 ? ? ? A .
A 1 1293 ALA 1293 ? ? ? A .
A 1 1294 GLN 1294 ? ? ? A .
A 1 1295 SER 1295 ? ? ? A .
A 1 1296 LEU 1296 ? ? ? A .
A 1 1297 SER 1297 ? ? ? A .
A 1 1298 LEU 1298 ? ? ? A .
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A 1 1302 SER 1302 ? ? ? A .
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A 1 1305 GLY 1305 ? ? ? A .
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A 1 1381 GLY 1381 ? ? ? A .
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A 1 1408 ARG 1408 ? ? ? A .
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A 1 1513 PRO 1513 ? ? ? A .
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A 1 1517 PRO 1517 ? ? ? A .
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A 1 1555 ARG 1555 ? ? ? A .
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A 1 1557 ASN 1557 ? ? ? A .
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A 1 1559 GLY 1559 ? ? ? A .
A 1 1560 ILE 1560 ? ? ? A .
A 1 1561 ARG 1561 ? ? ? A .
A 1 1562 ASP 1562 ? ? ? A .
A 1 1563 TYR 1563 ? ? ? A .
A 1 1564 VAL 1564 ? ? ? A .
A 1 1565 GLU 1565 ? ? ? A .
A 1 1566 GLY 1566 ? ? ? A .
A 1 1567 PRO 1567 ? ? ? A .
#
#
loop_
_ma_data.id
_ma_data.name
_ma_data.content_type
_ma_data.content_type_other_details
1
'GRB10-interacting GYF protein 2 {PDB ID=7rup, label_asym_id=A, auth_asym_id=A, SMTL ID=7rup.1.A}'
'template structure' .
2 . target .
3 'Target-template alignment by HHblits to 7rup, label_asym_id=A'
'target-template alignment' .
4 'model 1' 'model coordinates' .
5 SMTL 'reference database' .
6 PDB 'reference database' .
7 'Template search output' other 'Results of the sequence search'
#
#
loop_
_ma_data_group.ordinal_id
_ma_data_group.group_id
_ma_data_group.data_id
1 1 2
2 1 5
3 1 6
4 2 7
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9 4 3
10 5 4
#
#
loop_
_ma_data_ref_db.data_id
_ma_data_ref_db.name
_ma_data_ref_db.location_url
_ma_data_ref_db.version
_ma_data_ref_db.release_date
5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2025-01-01
6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-12-27
#
#
loop_
_ma_target_entity.entity_id
_ma_target_entity.data_id
_ma_target_entity.origin
1 2 'reference database'
#
#
loop_
_ma_target_entity_instance.asym_id
_ma_target_entity_instance.entity_id
_ma_target_entity_instance.details
A 1 .
#
#
loop_
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_ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1]
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_ma_template_trans_matrix.tr_vector[3]
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1.000000 0 0 0
#
#
loop_
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_ma_template_details.template_origin
_ma_template_details.template_entity_type
_ma_template_details.template_trans_matrix_id
_ma_template_details.template_data_id
_ma_template_details.target_asym_id
_ma_template_details.template_label_asym_id
_ma_template_details.template_label_entity_id
_ma_template_details.template_model_num
_ma_template_details.template_auth_asym_id
1 1 'reference database' polymer 1 1 A A 1 1 A
#
#
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_ma_template_poly.seq_one_letter_code_can
1
;GPLEMHEAMQKWYYKDPQGEIQGPFNNQEMAEWFQAGYFTMSLLVKRACDESFQPLGDIMKMWGRVPFSP
GPA
;

;GPLEMHEAMQKWYYKDPQGEIQGPFNNQEMAEWFQAGYFTMSLLVKRACDESFQPLGDIMKMWGRVPFSP
GPA
;

#
#
loop_
_ma_template_poly_segment.id
_ma_template_poly_segment.template_id
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_ma_template_poly_segment.residue_number_end
1 1 6 70
#
#
loop_
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_ma_template_ref_db_details.db_name
_ma_template_ref_db_details.db_name_other_details
_ma_template_ref_db_details.db_accession_code
_ma_template_ref_db_details.db_version_date
1 PDB . 7rup 2024-10-23
#
#
loop_
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_ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id
_ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id
_ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin
_ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end
1 1 A 1 1567
#
#
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_ma_alignment_info.alignment_id
_ma_alignment_info.data_id
_ma_alignment_info.software_group_id
_ma_alignment_info.alignment_length
_ma_alignment_info.alignment_type
_ma_alignment_info.alignment_mode
1 3 1 1567 'target-template pairwise alignment' local
#
#
loop_
_ma_alignment_details.ordinal_id
_ma_alignment_details.alignment_id
_ma_alignment_details.template_segment_id
_ma_alignment_details.target_asym_id
_ma_alignment_details.score_type
_ma_alignment_details.score_type_other_details
_ma_alignment_details.score_value
_ma_alignment_details.percent_sequence_identity
_ma_alignment_details.sequence_identity_denominator
_ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details
1 1 1 A 'HHblits e-value' . 9.7e-12 43.077
'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' .
#
#
loop_
_ma_alignment.ordinal_id
_ma_alignment.alignment_id
_ma_alignment.target_template_flag
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1 1 1
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2 1 2
---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------HEAMQKWYYKDPQGEIQGPFNNQEMAEWFQAGYFTMSLLVKRACDESFQPLGDIMKMWGR-VPFSP----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
#
#
loop_
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_ma_protocol_step.protocol_id
_ma_protocol_step.step_id
_ma_protocol_step.method_type
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_ma_protocol_step.details
_ma_protocol_step.software_group_id
_ma_protocol_step.input_data_group_id
_ma_protocol_step.output_data_group_id
1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2
1 2
2 1 2 'template selection' 'template selection'
'Automatic template selection by SWISS-MODEL {QSQE=0.000}' 3 2 4
3 1 3 modeling 'homology modeling'
'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 7rup.1' 4 3 5
#
#
loop_
_ma_model_list.ordinal_id
_ma_model_list.model_id
_ma_model_list.model_group_id
_ma_model_list.model_name
_ma_model_list.model_group_name
_ma_model_list.data_id
_ma_model_list.model_type
_ma_model_list.model_type_other_details
1 1 1 'model 1' . 4 'Homology model' .
#
#
loop_
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_atom_site.type_symbol
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_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.Cartn_x
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_atom_site.occupancy
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
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ATOM 3 C C . GLU 560 560 ? A -8.445 -4.092 15.480 1 1 A GLU 0.450 1
ATOM 4 O O . GLU 560 560 ? A -8.760 -3.464 14.478 1 1 A GLU 0.450 1
ATOM 5 C CB . GLU 560 560 ? A -10.829 -4.299 16.333 1 1 A GLU 0.450 1
ATOM 6 C CG . GLU 560 560 ? A -11.909 -5.284 16.846 1 1 A GLU 0.450 1
ATOM 7 C CD . GLU 560 560 ? A -13.253 -4.579 16.980 1 1 A GLU 0.450 1
ATOM 8 O OE1 . GLU 560 560 ? A -13.289 -3.344 16.773 1 1 A GLU 0.450 1
ATOM 9 O OE2 . GLU 560 560 ? A -14.221 -5.301 17.306 1 1 A GLU 0.450 1
ATOM 10 N N . LEU 561 561 ? A -7.178 -4.056 15.952 1 1 A LEU 0.460 1
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ATOM 12 C C . LEU 561 561 ? A -5.146 -3.970 14.730 1 1 A LEU 0.460 1
ATOM 13 O O . LEU 561 561 ? A -4.391 -4.694 15.377 1 1 A LEU 0.460 1
ATOM 14 C CB . LEU 561 561 ? A -5.456 -2.567 16.732 1 1 A LEU 0.460 1
ATOM 15 C CG . LEU 561 561 ? A -6.380 -1.800 17.698 1 1 A LEU 0.460 1
ATOM 16 C CD1 . LEU 561 561 ? A -5.589 -1.412 18.960 1 1 A LEU 0.460 1
ATOM 17 C CD2 . LEU 561 561 ? A -6.992 -0.566 17.015 1 1 A LEU 0.460 1
ATOM 18 N N . TRP 562 562 ? A -5.102 -3.929 13.391 1 1 A TRP 0.740 1
ATOM 19 C CA . TRP 562 562 ? A -4.247 -4.803 12.614 1 1 A TRP 0.740 1
ATOM 20 C C . TRP 562 562 ? A -2.992 -4.144 12.140 1 1 A TRP 0.740 1
ATOM 21 O O . TRP 562 562 ? A -3.005 -3.016 11.651 1 1 A TRP 0.740 1
ATOM 22 C CB . TRP 562 562 ? A -4.964 -5.281 11.343 1 1 A TRP 0.740 1
ATOM 23 C CG . TRP 562 562 ? A -5.997 -6.314 11.661 1 1 A TRP 0.740 1
ATOM 24 C CD1 . TRP 562 562 ? A -7.332 -6.175 11.899 1 1 A TRP 0.740 1
ATOM 25 C CD2 . TRP 562 562 ? A -5.675 -7.697 11.873 1 1 A TRP 0.740 1
ATOM 26 N NE1 . TRP 562 562 ? A -7.879 -7.388 12.273 1 1 A TRP 0.740 1
ATOM 27 C CE2 . TRP 562 562 ? A -6.859 -8.327 12.263 1 1 A TRP 0.740 1
ATOM 28 C CE3 . TRP 562 562 ? A -4.466 -8.394 11.779 1 1 A TRP 0.740 1
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ATOM 31 C CH2 . TRP 562 562 ? A -5.665 -10.401 12.463 1 1 A TRP 0.740 1
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ATOM 62 N NE . ARG 565 565 ? A 7.676 -8.155 11.670 1 1 A ARG 0.690 1
ATOM 63 C CZ . ARG 565 565 ? A 8.551 -8.977 12.264 1 1 A ARG 0.690 1
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ATOM 89 N NE2 . GLN 568 568 ? A 11.130 -2.701 0.563 1 1 A GLN 0.340 1
ATOM 90 N N . ALA 569 569 ? A 10.539 -4.590 6.293 1 1 A ALA 0.590 1
ATOM 91 C CA . ALA 569 569 ? A 10.407 -4.977 7.686 1 1 A ALA 0.590 1
ATOM 92 C C . ALA 569 569 ? A 9.680 -3.915 8.504 1 1 A ALA 0.590 1
ATOM 93 O O . ALA 569 569 ? A 9.473 -4.094 9.703 1 1 A ALA 0.590 1
ATOM 94 C CB . ALA 569 569 ? A 11.729 -5.412 8.391 1 1 A ALA 0.590 1
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ATOM 96 C CA . ASN 570 570 ? A 8.546 -1.739 8.610 1 1 A ASN 0.600 1
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ATOM 104 C CA . VAL 571 571 ? A 5.487 -2.266 10.810 1 1 A VAL 0.720 1
ATOM 105 C C . VAL 571 571 ? A 4.491 -1.180 10.452 1 1 A VAL 0.720 1
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ATOM 330 N NE . ARG 597 597 ? A -6.182 -10.356 16.170 1 1 A ARG 0.620 1
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ATOM 414 C CD1 . LEU 606 606 ? A -2.462 -12.173 4.472 1 1 A LEU 0.750 1
ATOM 415 C CD2 . LEU 606 606 ? A -3.186 -12.658 6.847 1 1 A LEU 0.750 1
ATOM 416 N N . GLY 607 607 ? A -0.803 -17.415 5.649 1 1 A GLY 0.740 1
ATOM 417 C CA . GLY 607 607 ? A -0.889 -18.847 5.411 1 1 A GLY 0.740 1
ATOM 418 C C . GLY 607 607 ? A -0.854 -19.711 6.650 1 1 A GLY 0.740 1
ATOM 419 O O . GLY 607 607 ? A -1.569 -20.698 6.708 1 1 A GLY 0.740 1
ATOM 420 N N . GLU 608 608 ? A -0.085 -19.360 7.700 1 1 A GLU 0.700 1
ATOM 421 C CA . GLU 608 608 ? A -0.110 -20.089 8.965 1 1 A GLU 0.700 1
ATOM 422 C C . GLU 608 608 ? A -1.374 -19.853 9.771 1 1 A GLU 0.700 1
ATOM 423 O O . GLU 608 608 ? A -1.912 -20.764 10.395 1 1 A GLU 0.700 1
ATOM 424 C CB . GLU 608 608 ? A 1.121 -19.808 9.857 1 1 A GLU 0.700 1
ATOM 425 C CG . GLU 608 608 ? A 2.456 -20.399 9.299 1 1 A GLU 0.700 1
ATOM 426 C CD . GLU 608 608 ? A 2.348 -21.832 8.755 1 1 A GLU 0.700 1
ATOM 427 O OE1 . GLU 608 608 ? A 1.936 -22.713 9.544 1 1 A GLU 0.700 1
ATOM 428 O OE2 . GLU 608 608 ? A 2.633 -22.083 7.547 1 1 A GLU 0.700 1
ATOM 429 N N . LEU 609 609 ? A -1.926 -18.619 9.760 1 1 A LEU 0.680 1
ATOM 430 C CA . LEU 609 609 ? A -3.236 -18.351 10.337 1 1 A LEU 0.680 1
ATOM 431 C C . LEU 609 609 ? A -4.320 -19.139 9.640 1 1 A LEU 0.680 1
ATOM 432 O O . LEU 609 609 ? A -5.201 -19.701 10.282 1 1 A LEU 0.680 1
ATOM 433 C CB . LEU 609 609 ? A -3.618 -16.861 10.218 1 1 A LEU 0.680 1
ATOM 434 C CG . LEU 609 609 ? A -2.816 -15.970 11.170 1 1 A LEU 0.680 1
ATOM 435 C CD1 . LEU 609 609 ? A -2.864 -14.510 10.713 1 1 A LEU 0.680 1
ATOM 436 C CD2 . LEU 609 609 ? A -3.367 -16.098 12.599 1 1 A LEU 0.680 1
ATOM 437 N N . ILE 610 610 ? A -4.215 -19.225 8.293 1 1 A ILE 0.630 1
ATOM 438 C CA . ILE 610 610 ? A -5.038 -20.095 7.467 1 1 A ILE 0.630 1
ATOM 439 C C . ILE 610 610 ? A -4.884 -21.544 7.871 1 1 A ILE 0.630 1
ATOM 440 O O . ILE 610 610 ? A -5.890 -22.200 8.154 1 1 A ILE 0.630 1
ATOM 441 C CB . ILE 610 610 ? A -4.775 -19.897 5.958 1 1 A ILE 0.630 1
ATOM 442 C CG1 . ILE 610 610 ? A -5.249 -18.492 5.529 1 1 A ILE 0.630 1
ATOM 443 C CG2 . ILE 610 610 ? A -5.378 -20.956 4.989 1 1 A ILE 0.630 1
ATOM 444 C CD1 . ILE 610 610 ? A -4.793 -18.154 4.105 1 1 A ILE 0.630 1
ATOM 445 N N . LYS 611 611 ? A -3.682 -22.110 8.017 1 1 A LYS 0.580 1
ATOM 446 C CA . LYS 611 611 ? A -3.534 -23.493 8.425 1 1 A LYS 0.580 1
ATOM 447 C C . LYS 611 611 ? A -4.088 -23.843 9.804 1 1 A LYS 0.580 1
ATOM 448 O O . LYS 611 611 ? A -4.666 -24.903 10.001 1 1 A LYS 0.580 1
ATOM 449 C CB . LYS 611 611 ? A -2.054 -23.885 8.353 1 1 A LYS 0.580 1
ATOM 450 C CG . LYS 611 611 ? A -1.557 -23.918 6.905 1 1 A LYS 0.580 1
ATOM 451 C CD . LYS 611 611 ? A -0.049 -24.148 6.890 1 1 A LYS 0.580 1
ATOM 452 C CE . LYS 611 611 ? A 0.602 -23.829 5.552 1 1 A LYS 0.580 1
ATOM 453 N NZ . LYS 611 611 ? A 2.059 -23.983 5.704 1 1 A LYS 0.580 1
ATOM 454 N N . PHE 612 612 ? A -3.904 -22.941 10.785 1 1 A PHE 0.500 1
ATOM 455 C CA . PHE 612 612 ? A -4.300 -23.136 12.163 1 1 A PHE 0.500 1
ATOM 456 C C . PHE 612 612 ? A -5.806 -22.941 12.430 1 1 A PHE 0.500 1
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ATOM 458 C CB . PHE 612 612 ? A -3.408 -22.186 13.014 1 1 A PHE 0.500 1
ATOM 459 C CG . PHE 612 612 ? A -3.517 -22.460 14.491 1 1 A PHE 0.500 1
ATOM 460 C CD1 . PHE 612 612 ? A -4.185 -21.548 15.317 1 1 A PHE 0.500 1
ATOM 461 C CD2 . PHE 612 612 ? A -3.016 -23.644 15.057 1 1 A PHE 0.500 1
ATOM 462 C CE1 . PHE 612 612 ? A -4.409 -21.833 16.669 1 1 A PHE 0.500 1
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ATOM 465 N N . CYS 613 613 ? A -6.449 -21.920 11.817 1 1 A CYS 0.520 1
ATOM 466 C CA . CYS 613 613 ? A -7.809 -21.501 12.159 1 1 A CYS 0.520 1
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ATOM 469 C CB . CYS 613 613 ? A -7.879 -19.992 12.557 1 1 A CYS 0.520 1
ATOM 470 S SG . CYS 613 613 ? A -6.991 -19.588 14.098 1 1 A CYS 0.520 1
ATOM 471 N N . HIS 614 614 ? A -8.666 -22.957 10.355 1 1 A HIS 0.410 1
ATOM 472 C CA . HIS 614 614 ? A -9.582 -23.467 9.320 1 1 A HIS 0.410 1
ATOM 473 C C . HIS 614 614 ? A -9.664 -22.650 8.059 1 1 A HIS 0.410 1
ATOM 474 O O . HIS 614 614 ? A -10.662 -22.619 7.365 1 1 A HIS 0.410 1
ATOM 475 C CB . HIS 614 614 ? A -11.050 -23.580 9.772 1 1 A HIS 0.410 1
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ATOM 480 N NE2 . HIS 614 614 ? A -11.504 -25.350 12.875 1 1 A HIS 0.410 1
ATOM 481 N N . GLY 615 615 ? A -8.571 -21.957 7.760 1 1 A GLY 0.520 1
ATOM 482 C CA . GLY 615 615 ? A -8.439 -21.094 6.614 1 1 A GLY 0.520 1
ATOM 483 C C . GLY 615 615 ? A -8.994 -19.731 6.752 1 1 A GLY 0.520 1
ATOM 484 O O . GLY 615 615 ? A -8.934 -18.945 5.803 1 1 A GLY 0.520 1
ATOM 485 N N . ASN 616 616 ? A -9.504 -19.363 7.928 1 1 A ASN 0.550 1
ATOM 486 C CA . ASN 616 616 ? A -10.167 -18.104 8.118 1 1 A ASN 0.550 1
ATOM 487 C C . ASN 616 616 ? A -9.212 -17.102 8.736 1 1 A ASN 0.550 1
ATOM 488 O O . ASN 616 616 ? A -8.725 -17.255 9.856 1 1 A ASN 0.550 1
ATOM 489 C CB . ASN 616 616 ? A -11.412 -18.288 9.012 1 1 A ASN 0.550 1
ATOM 490 C CG . ASN 616 616 ? A -12.387 -19.183 8.254 1 1 A ASN 0.550 1
ATOM 491 O OD1 . ASN 616 616 ? A -13.076 -18.736 7.350 1 1 A ASN 0.550 1
ATOM 492 N ND2 . ASN 616 616 ? A -12.416 -20.494 8.587 1 1 A ASN 0.550 1
ATOM 493 N N . MET 617 617 ? A -8.926 -16.003 8.015 1 1 A MET 0.660 1
ATOM 494 C CA . MET 617 617 ? A -8.329 -14.831 8.611 1 1 A MET 0.660 1
ATOM 495 C C . MET 617 617 ? A -9.374 -14.179 9.522 1 1 A MET 0.660 1
ATOM 496 O O . MET 617 617 ? A -10.531 -14.143 9.112 1 1 A MET 0.660 1
ATOM 497 C CB . MET 617 617 ? A -7.942 -13.818 7.515 1 1 A MET 0.660 1
ATOM 498 C CG . MET 617 617 ? A -6.873 -14.350 6.555 1 1 A MET 0.660 1
ATOM 499 S SD . MET 617 617 ? A -6.792 -13.335 5.057 1 1 A MET 0.660 1
ATOM 500 C CE . MET 617 617 ? A -5.499 -14.363 4.355 1 1 A MET 0.660 1
ATOM 501 N N . PRO 618 618 ? A -9.097 -13.643 10.701 1 1 A PRO 0.710 1
ATOM 502 C CA . PRO 618 618 ? A -10.127 -13.068 11.566 1 1 A PRO 0.710 1
ATOM 503 C C . PRO 618 618 ? A -10.849 -11.864 10.999 1 1 A PRO 0.710 1
ATOM 504 O O . PRO 618 618 ? A -11.938 -11.544 11.456 1 1 A PRO 0.710 1
ATOM 505 C CB . PRO 618 618 ? A -9.324 -12.558 12.766 1 1 A PRO 0.710 1
ATOM 506 C CG . PRO 618 618 ? A -8.068 -13.433 12.851 1 1 A PRO 0.710 1
ATOM 507 C CD . PRO 618 618 ? A -7.880 -13.982 11.432 1 1 A PRO 0.710 1
ATOM 508 N N . PHE 619 619 ? A -10.184 -11.103 10.106 1 1 A PHE 0.690 1
ATOM 509 C CA . PHE 619 619 ? A -10.763 -9.913 9.533 1 1 A PHE 0.690 1
ATOM 510 C C . PHE 619 619 ? A -11.765 -10.242 8.438 1 1 A PHE 0.690 1
ATOM 511 O O . PHE 619 619 ? A -12.638 -9.431 8.183 1 1 A PHE 0.690 1
ATOM 512 C CB . PHE 619 619 ? A -9.680 -8.872 9.080 1 1 A PHE 0.690 1
ATOM 513 C CG . PHE 619 619 ? A -8.563 -9.412 8.207 1 1 A PHE 0.690 1
ATOM 514 C CD1 . PHE 619 619 ? A -8.777 -9.672 6.845 1 1 A PHE 0.690 1
ATOM 515 C CD2 . PHE 619 619 ? A -7.259 -9.576 8.714 1 1 A PHE 0.690 1
ATOM 516 C CE1 . PHE 619 619 ? A -7.728 -10.078 6.013 1 1 A PHE 0.690 1
ATOM 517 C CE2 . PHE 619 619 ? A -6.203 -9.985 7.886 1 1 A PHE 0.690 1
ATOM 518 C CZ . PHE 619 619 ? A -6.434 -10.220 6.527 1 1 A PHE 0.690 1
ATOM 519 N N . THR 620 620 ? A -11.695 -11.459 7.819 1 1 A THR 0.610 1
ATOM 520 C CA . THR 620 620 ? A -12.585 -11.886 6.737 1 1 A THR 0.610 1
ATOM 521 C C . THR 620 620 ? A -14.023 -11.791 7.167 1 1 A THR 0.610 1
ATOM 522 O O . THR 620 620 ? A -14.426 -12.365 8.174 1 1 A THR 0.610 1
ATOM 523 C CB . THR 620 620 ? A -12.351 -13.306 6.209 1 1 A THR 0.610 1
ATOM 524 O OG1 . THR 620 620 ? A -11.041 -13.439 5.690 1 1 A THR 0.610 1
ATOM 525 C CG2 . THR 620 620 ? A -13.255 -13.666 5.014 1 1 A THR 0.610 1
ATOM 526 N N . HIS 621 621 ? A -14.787 -11.005 6.393 1 1 A HIS 0.420 1
ATOM 527 C CA . HIS 621 621 ? A -16.173 -10.707 6.649 1 1 A HIS 0.420 1
ATOM 528 C C . HIS 621 621 ? A -17.125 -11.751 6.022 1 1 A HIS 0.420 1
ATOM 529 O O . HIS 621 621 ? A -16.688 -12.546 5.146 1 1 A HIS 0.420 1
ATOM 530 C CB . HIS 621 621 ? A -16.596 -9.370 5.990 1 1 A HIS 0.420 1
ATOM 531 C CG . HIS 621 621 ? A -16.115 -8.152 6.693 1 1 A HIS 0.420 1
ATOM 532 N ND1 . HIS 621 621 ? A -14.809 -7.721 6.534 1 1 A HIS 0.420 1
ATOM 533 C CD2 . HIS 621 621 ? A -16.775 -7.345 7.556 1 1 A HIS 0.420 1
ATOM 534 C CE1 . HIS 621 621 ? A -14.702 -6.674 7.317 1 1 A HIS 0.420 1
ATOM 535 N NE2 . HIS 621 621 ? A -15.866 -6.390 7.960 1 1 A HIS 0.420 1
ATOM 536 O OXT . HIS 621 621 ? A -18.343 -11.648 6.333 1 1 A HIS 0.420 1
#
#
loop_
_atom_type.symbol
C
N
O
S
#
#
loop_
_ma_qa_metric.id
_ma_qa_metric.name
_ma_qa_metric.description
_ma_qa_metric.type
_ma_qa_metric.mode
_ma_qa_metric.type_other_details
_ma_qa_metric.software_group_id
1 QMEANDisCo 'Predicted accuracy according to all-atom lDDT in [0,1].'
'pLDDT all-atom in [0,1]' local . 5
2 QMEANDisCo 'Predicted accuracy according to all-atom lDDT in [0,1].'
'pLDDT all-atom in [0,1]' global . 5
3 GMQE
'Global Model Quality Estimate of the model accuracy, calculated by SWISS-MODEL.'
'normalized score' global . 6
#
#
loop_
_ma_qa_metric_global.ordinal_id
_ma_qa_metric_global.model_id
_ma_qa_metric_global.metric_id
_ma_qa_metric_global.metric_value
1 1 2 0.665
2 1 3 0.028
#
#
loop_
_ma_qa_metric_local.ordinal_id
_ma_qa_metric_local.model_id
_ma_qa_metric_local.label_asym_id
_ma_qa_metric_local.label_seq_id
_ma_qa_metric_local.label_comp_id
_ma_qa_metric_local.metric_id
_ma_qa_metric_local.metric_value
1 1 A 560 GLU 1 0.450
2 1 A 561 LEU 1 0.460
3 1 A 562 TRP 1 0.740
4 1 A 563 PHE 1 0.780
5 1 A 564 TYR 1 0.780
6 1 A 565 ARG 1 0.690
7 1 A 566 ASP 1 0.680
8 1 A 567 PRO 1 0.630
9 1 A 568 GLN 1 0.340
10 1 A 569 ALA 1 0.590
11 1 A 570 ASN 1 0.600
12 1 A 571 VAL 1 0.720
13 1 A 572 GLN 1 0.760
14 1 A 573 GLY 1 0.810
15 1 A 574 PRO 1 0.780
16 1 A 575 PHE 1 0.770
17 1 A 576 SER 1 0.760
18 1 A 577 ALA 1 0.790
19 1 A 578 VAL 1 0.750
20 1 A 579 GLU 1 0.780
21 1 A 580 MET 1 0.790
22 1 A 581 THR 1 0.790
23 1 A 582 GLU 1 0.730
24 1 A 583 TRP 1 0.720
25 1 A 584 TYR 1 0.720
26 1 A 585 ARG 1 0.640
27 1 A 586 ALA 1 0.700
28 1 A 587 GLY 1 0.690
29 1 A 588 TYR 1 0.660
30 1 A 589 PHE 1 0.730
31 1 A 590 ASN 1 0.730
32 1 A 591 GLU 1 0.720
33 1 A 592 ASN 1 0.740
34 1 A 593 LEU 1 0.770
35 1 A 594 PHE 1 0.770
36 1 A 595 VAL 1 0.800
37 1 A 596 ARG 1 0.670
38 1 A 597 ARG 1 0.620
39 1 A 598 TYR 1 0.560
40 1 A 599 SER 1 0.560
41 1 A 600 ASP 1 0.580
42 1 A 601 ASN 1 0.520
43 1 A 602 ARG 1 0.530
44 1 A 603 PHE 1 0.700
45 1 A 604 ARG 1 0.700
46 1 A 605 PRO 1 0.770
47 1 A 606 LEU 1 0.750
48 1 A 607 GLY 1 0.740
49 1 A 608 GLU 1 0.700
50 1 A 609 LEU 1 0.680
51 1 A 610 ILE 1 0.630
52 1 A 611 LYS 1 0.580
53 1 A 612 PHE 1 0.500
54 1 A 613 CYS 1 0.520
55 1 A 614 HIS 1 0.410
56 1 A 615 GLY 1 0.520
57 1 A 616 ASN 1 0.550
58 1 A 617 MET 1 0.660
59 1 A 618 PRO 1 0.710
60 1 A 619 PHE 1 0.690
61 1 A 620 THR 1 0.610
62 1 A 621 HIS 1 0.420
#
#
loop_
_pdbx_data_usage.id
_pdbx_data_usage.type
_pdbx_data_usage.details
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1 license
;This SWISS-MODEL protein model is copyright.
It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational
Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the
Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This
model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons
Attribution-ShareAlike 4.0 International License
(https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you
can copy and redistribute the model in any medium or format,
transform and build upon the model for any purpose, even
commercially, under the following terms:
Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to
the license, and indicate if changes were made. You may do so in any
reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor
endorses you or your use. When you publish, patent or distribute
results that were fully or partially based on the model, please cite
the corresponding papers mentioned under JRNL.
ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material,
you must distribute your contributions under the same license as the
original.
No additional restrictions - you may not apply legal terms or
technological measures that legally restrict others from doing
anything the license permits.
Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the
CC BY-SA 4.0 license at this link:
https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/
;
https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode
2 disclaimer
;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for
proteins. The results of any theoretical modelling procedure is
NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may
contain significant errors. This is especially true for automated
modeling since there is no human intervention during model
building. Please read the header section and the logfile carefully
to know what templates and alignments were used during the model
building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is
provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied.
;
https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer
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