data_SMR-f06c8011ef916a26e35f3c119ffb4fed_4 _entry.id SMR-f06c8011ef916a26e35f3c119ffb4fed_4 _struct.entry_id SMR-f06c8011ef916a26e35f3c119ffb4fed_4 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - P97868 (isoform 2)/ RBBP6_MOUSE, E3 ubiquitin-protein ligase RBBP6 Estimated model accuracy of this model is 0.037, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries P97868 (isoform 2)' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 227311.332 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP RBBP6_MOUSE P97868 1 ;MSCVHYKFSSKLNYDTVTFDGLHISLCDLKKQIMGREKLKAADSDLQITNAQTKEEYTDDNALIPKNSSV IVRRIPIGGVKSTSKTYVISRTEPVMGTTKAIDDASASISLAQLTKTANLAEANASEEDKIKAMMSQSGH EYDPINYMKKTLVGPPPPSYTCFRCGKPGHYIKNCPTNGDKNFESGPRIKKSTGIPRSFMMEVKDPNMKG AMLTNTGKYAIPTIDAEAYAIGKKEKPPFLPEEPSSSSEEDDPIPDELLCLICKDIMTDAVVIPCCGNSY CDECIRTALLESDEHTCPTCHQNDVSPDALIANKFLRQAVNNFKNETGYTKRLRKQLPPPPPPVPPPRPL MQRNLQPLMRSPISRQQDPLMIPVTSSSAHSAPSISSLTSNPSALAPSVSGNPSSAPAPVPDITATVSIS VHSEKSDGPFRDSDNKLLPAAALTSEHSKGASSIAITALMEEKGYQVPVLGTPSLLGQSLLHGQLIPTTG PVRINAARPGGGRPGWEHSNKLGYLVSPPQQIRRGERSCYRSINRGRHHSERSQRTQGPSLPATPVFVPV PPPPLYPPPPHTLPLPPGVPPPQFSPQFPPGQPPPAGYSVPPPGFPPAPANISTPWVSSGVQTAHSNTIP TTQAPPLSREEFYREQRRLKEESKSPYSGSSYSRSSYTYSKSRSGSTRSRSYSRSFSRSHSRSYSRSPPY PRRGRGKSRNYRSRSRSHGYHRSRSRSPPYRRYHSRSRSPQAFRGQSPTKRNVPQGETEREYFNRYREVP PPYDIKAYYGRSVDFRDPFEKERYREWERKYREWYEKYYKGYAVGAQPRPSANREDFSPERLLPLNIRNS PFTRGRREDYAAGQSHRNRNLGGNYPEKLSTRDSHNAKDNPKSKEKESENVPGDGKGNKHKKHRKRRKGE ESESFLNPELLETSRKCRESSGIDETKTDTLFVLPSRDDATPVRDEPMDAESITFKSVSDKDKREKDKPK VKSDKTKRKSDGSATAKKDNVLKPSKGPQEKVDGDREKSPRSEPPLKKAKEEATKIDSVKPSSSSQKDEK VTGTPRKAHSKSAKEHQEAKPAKDEKVKKDCSKDIKSEKPASKDEKAKKPEKNKLLDSKGEKRKRKTEEK SVDKDFESSSMKISKVEGTEIVKPSPKRKMEGDVEKLERTPEKDKIASSTTPAKKIKLNRETGKKIGNAE NASTTKEPSEKLESTSSKIKQEKVKGKAKRKVAGSEGSSSTLVDYTSTSSTGGSPVRKSEEKTDTKRTVI KTMEEYNNDNTAPAEDVIIMIQVPQSKWDKDDFESEEEDVKTTQPIQSVGKPSSIIKNVTTKPSATAKYT EKESEQPEKLQKLPKEASHELMQHELRSSKGSASSEKGRAKDREHSGSEKDNPDKRKSGAQPDKESTVDR LSEQGHFKTLSQSSKETRTSEKHESVRGSSNKDFTPGRDKKVDYDSRDYSSSKRRDERGELARRKDSPPR GKESLSGQKSKLREERDLPKKGAESKKSNSSPPRDKKPHDHKAPYETKRPCEETKPVDKNSGKEREKHAA EARNGKESSGGKLPCIPNPPDPPMEKELAAGQVEKSAVKPKPQLSHSSRLSSDLTRETDEAAFEPDYNES DSESNVSVKEEEAVASISKDLKEKTTEKAKESLTVATASQPGADRSQSQSSPSVSPSRSHSPSGSQTRSH SSSASSAGSQDSKKKKKKKEKKKHKKHKKHKKHKKHAGADGDVEKSQKHKHKKKKAKKNKDKEKEKDDQK VRSVTV ; 'E3 ubiquitin-protein ligase RBBP6' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 1756 1 1756 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . RBBP6_MOUSE P97868 P97868-2 1 1756 10090 'Mus musculus (Mouse)' 2006-05-16 E3C0F009CC28107E # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no D ;MSCVHYKFSSKLNYDTVTFDGLHISLCDLKKQIMGREKLKAADSDLQITNAQTKEEYTDDNALIPKNSSV IVRRIPIGGVKSTSKTYVISRTEPVMGTTKAIDDASASISLAQLTKTANLAEANASEEDKIKAMMSQSGH EYDPINYMKKTLVGPPPPSYTCFRCGKPGHYIKNCPTNGDKNFESGPRIKKSTGIPRSFMMEVKDPNMKG AMLTNTGKYAIPTIDAEAYAIGKKEKPPFLPEEPSSSSEEDDPIPDELLCLICKDIMTDAVVIPCCGNSY CDECIRTALLESDEHTCPTCHQNDVSPDALIANKFLRQAVNNFKNETGYTKRLRKQLPPPPPPVPPPRPL MQRNLQPLMRSPISRQQDPLMIPVTSSSAHSAPSISSLTSNPSALAPSVSGNPSSAPAPVPDITATVSIS VHSEKSDGPFRDSDNKLLPAAALTSEHSKGASSIAITALMEEKGYQVPVLGTPSLLGQSLLHGQLIPTTG PVRINAARPGGGRPGWEHSNKLGYLVSPPQQIRRGERSCYRSINRGRHHSERSQRTQGPSLPATPVFVPV PPPPLYPPPPHTLPLPPGVPPPQFSPQFPPGQPPPAGYSVPPPGFPPAPANISTPWVSSGVQTAHSNTIP 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; # # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET . 1 2 SER . 1 3 CYS . 1 4 VAL . 1 5 HIS . 1 6 TYR . 1 7 LYS . 1 8 PHE . 1 9 SER . 1 10 SER . 1 11 LYS . 1 12 LEU . 1 13 ASN . 1 14 TYR . 1 15 ASP . 1 16 THR . 1 17 VAL . 1 18 THR . 1 19 PHE . 1 20 ASP . 1 21 GLY . 1 22 LEU . 1 23 HIS . 1 24 ILE . 1 25 SER . 1 26 LEU . 1 27 CYS . 1 28 ASP . 1 29 LEU . 1 30 LYS . 1 31 LYS . 1 32 GLN . 1 33 ILE . 1 34 MET . 1 35 GLY . 1 36 ARG . 1 37 GLU . 1 38 LYS . 1 39 LEU . 1 40 LYS . 1 41 ALA . 1 42 ALA . 1 43 ASP . 1 44 SER . 1 45 ASP . 1 46 LEU . 1 47 GLN . 1 48 ILE . 1 49 THR . 1 50 ASN . 1 51 ALA . 1 52 GLN . 1 53 THR . 1 54 LYS . 1 55 GLU . 1 56 GLU . 1 57 TYR . 1 58 THR . 1 59 ASP . 1 60 ASP . 1 61 ASN . 1 62 ALA . 1 63 LEU . 1 64 ILE . 1 65 PRO . 1 66 LYS . 1 67 ASN . 1 68 SER . 1 69 SER . 1 70 VAL . 1 71 ILE . 1 72 VAL . 1 73 ARG . 1 74 ARG . 1 75 ILE . 1 76 PRO . 1 77 ILE . 1 78 GLY . 1 79 GLY . 1 80 VAL . 1 81 LYS . 1 82 SER . 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A 1 1748 ASP 1748 ? ? ? D . A 1 1749 GLN 1749 ? ? ? D . A 1 1750 LYS 1750 ? ? ? D . A 1 1751 VAL 1751 ? ? ? D . A 1 1752 ARG 1752 ? ? ? D . A 1 1753 SER 1753 ? ? ? D . A 1 1754 VAL 1754 ? ? ? D . A 1 1755 THR 1755 ? ? ? D . A 1 1756 VAL 1756 ? ? ? D . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'E3 ubiquitin--protein ligase {PDB ID=8qhc, label_asym_id=D, auth_asym_id=D, SMTL ID=8qhc.1.D}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 8qhc, label_asym_id=D' 'target-template alignment' . 4 'model 4' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2025-01-01 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-12-27 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A D 4 1 D # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;MHHHHHHSAGLEVLFQGPMGYRIEMATRNPFDIDHKSKYLREAALEANLSHPETTPTMLTCPIDSGFLKD PVITPEGFVYNKSSILKWLETKKEDPQSRKPLTAKDLQPFPELLIIVNRFVETQTNYEKLKNRLVQNARV AARQKEYTEIPDIFLCPISKTLIKTPVITAQGKVYDQEALSNFLIATGNKDETGKKLSIDDVVVFDELYQ QIKVYNFYRKREMQKNQIQPSVSSGFGFFSLNFLTSWLWGTEEKKEKTSSDMTY ; ;MHHHHHHSAGLEVLFQGPMGYRIEMATRNPFDIDHKSKYLREAALEANLSHPETTPTMLTCPIDSGFLKD PVITPEGFVYNKSSILKWLETKKEDPQSRKPLTAKDLQPFPELLIIVNRFVETQTNYEKLKNRLVQNARV AARQKEYTEIPDIFLCPISKTLIKTPVITAQGKVYDQEALSNFLIATGNKDETGKKLSIDDVVVFDELYQ QIKVYNFYRKREMQKNQIQPSVSSGFGFFSLNFLTSWLWGTEEKKEKTSSDMTY ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 19 126 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 8qhc 2023-11-15 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 1756 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 1756 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 1.6e-10 20.370 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MSCVHYKFSSKLNYDTVTFDGLHISLCDLKKQIMGREKLKAADSDLQITNAQTKEEYTDDNALIPKNSSVIVRRIPIGGVKSTSKTYVISRTEPVMGTTKAIDDASASISLAQLTKTANLAEANASEEDKIKAMMSQSGHEYDPINYMKKTLVGPPPPSYTCFRCGKPGHYIKNCPTNGDKNFESGPRIKKSTGIPRSFMMEVKDPNMKGAMLTNTGKYAIPTIDAEAYAIGKKEKPPFLPEEPSSSSEEDDPIPDELLCLICKDIMTDAVVIPCCGNSYCDECIRTALLESDEHTCPTCHQNDVSPDALIANKFLRQAVNNFKNETGYTKRLRKQLPPPPPPVPPPRPLMQRNLQPLMRSPISRQQDPLMIPVTSSSAHSAPSISSLTSNPSALAPSVSGNPSSAPAPVPDITATVSISVHSEKSDGPFRDSDNKLLPAAALTSEHSKGASSIAITALMEEKGYQVPVLGTPSLLGQSLLHGQLIPTTGPVRINAARPGGGRPGWEHSNKLGYLVSPPQQIRRGERSCYRSINRGRHHSERSQRTQGPSLPATPVFVPVPPPPLYPPPPHTLPLPPGVPPPQFSPQFPPGQPPPAGYSVPPPGFPPAPANISTPWVSSGVQTAHSNTIPTTQAPPLSREEFYREQRRLKEESKSPYSGSSYSRSSYTYSKSRSGSTRSRSYSRSFSRSHSRSYSRSPPYPRRGRGKSRNYRSRSRSHGYHRSRSRSPPYRRYHSRSRSPQAFRGQSPTKRNVPQGETEREYFNRYREVPPPYDIKAYYGRSVDFRDPFEKERYREWERKYREWYEKYYKGYAVGAQPRPSANREDFSPERLLPLNIRNSPFTRGRREDYAAGQSHRNRNLGGNYPEKLSTRDSHNAKDNPKSKEKESENVPGDGKGNKHKKHRKRRKGEESESFLNPELLETSRKCRESSGIDETKTDTLFVLPSRDDATPVRDEPMDAESITFKSVSDKDKREKDKPKVKSDKTKRKSDGSATAKKDNVLKPSKGPQEKVDGDREKSPRSEPPLKKAKEEATKIDSVKPSSSSQKDEKVTGTPRKAHSKSAKEHQEAKPAKDEKVKKDCSKDIKSEKPASKDEKAKKPEKNKLLDSKGEKRKRKTEEKSVDKDFESSSMKISKVEGTEIVKPSPKRKMEGDVEKLERTPEKDKIASSTTPAKKIKLNRETGKKIGNAENASTTKEPSEKLESTSSKIKQEKVKGKAKRKVAGSEGSSSTLVDYTSTSSTGGSPVRKSEEKTDTKRTVIKTMEEYNNDNTAPAEDVIIMIQVPQSKWDKDDFESEEEDVKTTQPIQSVGKPSSIIKNVTTKPSATAKYTEKESEQPEKLQKLPKEASHELMQHELRSSKGSASSEKGRAKDREHSGSEKDNPDKRKSGAQPDKESTVDRLSEQGHFKTLSQSSKETRTSEKHESVRGSSNKDFTPGRDKKVDYDSRDYSSSKRRDERGELARRKDSPPRGKESLSGQKSKLREERDLPKKGAESKKSNSSPPRDKKPHDHKAPYETKRPCEETKPVDKNSGKEREKHAAEARNGKESSGGKLPCIPNPPDPPMEKELAAGQVEKSAVKPKPQLSHSSRLSSDLTRETDEAAFEPDYNESDSESNVSVKEEEAVASISKDLKEKTTEKAKESLTVATASQPGADRSQSQSSPSVSPSRSHSPSGSQTRSHSSSASSAGSQDSKKKKKKKEKKKHKKHKKHKKHKKHAGADGDVEKSQKHKHKKKKAKKNKDKEKEKDDQKVRSVTV 2 1 2 ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------MGYRIEMATRNPFDIDHKSKYLREAA-LEANLSHPETTPTMLTCPIDSGFLKDPVITP-EGFVYNKSSILKWLETK--KEDPQSRKPL-TAKDLQPFPELLIIVNRFVETQTN----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL {QSQE=0.000}' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 8qhc.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 4' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . LYS 233 233 ? A 233.803 191.709 226.374 1 1 D LYS 0.310 1 ATOM 2 C CA . LYS 233 233 ? A 233.258 191.179 225.072 1 1 D LYS 0.310 1 ATOM 3 C C . LYS 233 233 ? A 231.831 191.511 224.801 1 1 D LYS 0.310 1 ATOM 4 O O . LYS 233 233 ? A 231.148 190.712 224.225 1 1 D LYS 0.310 1 ATOM 5 C CB . LYS 233 233 ? A 233.336 189.634 224.910 1 1 D LYS 0.310 1 ATOM 6 C CG . LYS 233 233 ? A 234.679 188.945 225.112 1 1 D LYS 0.310 1 ATOM 7 C CD . LYS 233 233 ? A 234.471 187.419 225.052 1 1 D LYS 0.310 1 ATOM 8 C CE . LYS 233 233 ? A 235.789 186.701 225.329 1 1 D LYS 0.310 1 ATOM 9 N NZ . LYS 233 233 ? A 235.626 185.234 225.371 1 1 D LYS 0.310 1 ATOM 10 N N . LYS 234 234 ? A 231.198 192.522 225.399 1 1 D LYS 0.320 1 ATOM 11 C CA . LYS 234 234 ? A 229.953 193.017 224.856 1 1 D LYS 0.320 1 ATOM 12 C C . LYS 234 234 ? A 230.020 194.241 223.982 1 1 D LYS 0.320 1 ATOM 13 O O . LYS 234 234 ? A 229.048 194.519 223.330 1 1 D LYS 0.320 1 ATOM 14 C CB . LYS 234 234 ? A 229.028 193.451 225.990 1 1 D LYS 0.320 1 ATOM 15 C CG . LYS 234 234 ? A 228.768 192.346 227.015 1 1 D LYS 0.320 1 ATOM 16 C CD . LYS 234 234 ? A 228.401 190.964 226.426 1 1 D LYS 0.320 1 ATOM 17 C CE . LYS 234 234 ? A 228.445 189.827 227.453 1 1 D LYS 0.320 1 ATOM 18 N NZ . LYS 234 234 ? A 229.852 189.568 227.824 1 1 D LYS 0.320 1 ATOM 19 N N . GLU 235 235 ? A 231.140 194.994 223.988 1 1 D GLU 0.310 1 ATOM 20 C CA . GLU 235 235 ? A 231.397 196.066 223.052 1 1 D GLU 0.310 1 ATOM 21 C C . GLU 235 235 ? A 232.026 195.624 221.742 1 1 D GLU 0.310 1 ATOM 22 O O . GLU 235 235 ? A 231.683 196.106 220.669 1 1 D GLU 0.310 1 ATOM 23 C CB . GLU 235 235 ? A 232.334 197.056 223.741 1 1 D GLU 0.310 1 ATOM 24 C CG . GLU 235 235 ? A 231.632 197.796 224.899 1 1 D GLU 0.310 1 ATOM 25 C CD . GLU 235 235 ? A 232.600 198.722 225.622 1 1 D GLU 0.310 1 ATOM 26 O OE1 . GLU 235 235 ? A 233.822 198.630 225.343 1 1 D GLU 0.310 1 ATOM 27 O OE2 . GLU 235 235 ? A 232.112 199.486 226.488 1 1 D GLU 0.310 1 ATOM 28 N N . LYS 236 236 ? A 232.948 194.637 221.798 1 1 D LYS 0.290 1 ATOM 29 C CA . LYS 236 236 ? A 233.540 194.010 220.623 1 1 D LYS 0.290 1 ATOM 30 C C . LYS 236 236 ? A 232.482 193.372 219.690 1 1 D LYS 0.290 1 ATOM 31 O O . LYS 236 236 ? A 232.591 193.564 218.482 1 1 D LYS 0.290 1 ATOM 32 C CB . LYS 236 236 ? A 234.647 192.987 221.048 1 1 D LYS 0.290 1 ATOM 33 C CG . LYS 236 236 ? A 234.983 191.917 219.990 1 1 D LYS 0.290 1 ATOM 34 C CD . LYS 236 236 ? A 235.915 190.811 220.503 1 1 D LYS 0.290 1 ATOM 35 C CE . LYS 236 236 ? A 235.909 189.594 219.561 1 1 D LYS 0.290 1 ATOM 36 N NZ . LYS 236 236 ? A 235.767 188.335 220.326 1 1 D LYS 0.290 1 ATOM 37 N N . PRO 237 237 ? A 231.455 192.637 220.118 1 1 D PRO 0.320 1 ATOM 38 C CA . PRO 237 237 ? A 230.405 192.151 219.231 1 1 D PRO 0.320 1 ATOM 39 C C . PRO 237 237 ? A 229.320 193.098 218.723 1 1 D PRO 0.320 1 ATOM 40 O O . PRO 237 237 ? A 228.416 192.560 218.190 1 1 D PRO 0.320 1 ATOM 41 C CB . PRO 237 237 ? A 229.577 191.164 220.059 1 1 D PRO 0.320 1 ATOM 42 C CG . PRO 237 237 ? A 230.370 190.842 221.303 1 1 D PRO 0.320 1 ATOM 43 C CD . PRO 237 237 ? A 231.507 191.869 221.363 1 1 D PRO 0.320 1 ATOM 44 N N . PRO 238 238 ? A 229.227 194.391 219.088 1 1 D PRO 0.340 1 ATOM 45 C CA . PRO 238 238 ? A 228.646 195.402 218.208 1 1 D PRO 0.340 1 ATOM 46 C C . PRO 238 238 ? A 229.689 196.100 217.373 1 1 D PRO 0.340 1 ATOM 47 O O . PRO 238 238 ? A 229.334 196.541 216.291 1 1 D PRO 0.340 1 ATOM 48 C CB . PRO 238 238 ? A 228.011 196.470 219.124 1 1 D PRO 0.340 1 ATOM 49 C CG . PRO 238 238 ? A 227.713 195.745 220.423 1 1 D PRO 0.340 1 ATOM 50 C CD . PRO 238 238 ? A 228.673 194.560 220.424 1 1 D PRO 0.340 1 ATOM 51 N N . PHE 239 239 ? A 230.953 196.240 217.835 1 1 D PHE 0.260 1 ATOM 52 C CA . PHE 239 239 ? A 232.022 196.868 217.064 1 1 D PHE 0.260 1 ATOM 53 C C . PHE 239 239 ? A 232.274 196.144 215.736 1 1 D PHE 0.260 1 ATOM 54 O O . PHE 239 239 ? A 232.258 196.729 214.660 1 1 D PHE 0.260 1 ATOM 55 C CB . PHE 239 239 ? A 233.322 196.885 217.933 1 1 D PHE 0.260 1 ATOM 56 C CG . PHE 239 239 ? A 234.495 197.540 217.256 1 1 D PHE 0.260 1 ATOM 57 C CD1 . PHE 239 239 ? A 235.471 196.766 216.605 1 1 D PHE 0.260 1 ATOM 58 C CD2 . PHE 239 239 ? A 234.611 198.934 217.229 1 1 D PHE 0.260 1 ATOM 59 C CE1 . PHE 239 239 ? A 236.537 197.376 215.935 1 1 D PHE 0.260 1 ATOM 60 C CE2 . PHE 239 239 ? A 235.680 199.549 216.566 1 1 D PHE 0.260 1 ATOM 61 C CZ . PHE 239 239 ? A 236.645 198.770 215.921 1 1 D PHE 0.260 1 ATOM 62 N N . LEU 240 240 ? A 232.440 194.809 215.786 1 1 D LEU 0.250 1 ATOM 63 C CA . LEU 240 240 ? A 232.559 193.981 214.596 1 1 D LEU 0.250 1 ATOM 64 C C . LEU 240 240 ? A 231.270 193.906 213.722 1 1 D LEU 0.250 1 ATOM 65 O O . LEU 240 240 ? A 231.372 193.914 212.493 1 1 D LEU 0.250 1 ATOM 66 C CB . LEU 240 240 ? 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'pLDDT all-atom in [0,1]' local . 5 2 QMEANDisCo 'Predicted accuracy according to all-atom lDDT in [0,1].' 'pLDDT all-atom in [0,1]' global . 5 3 GMQE 'Global Model Quality Estimate of the model accuracy, calculated by SWISS-MODEL.' 'normalized score' global . 6 # # loop_ _ma_qa_metric_global.ordinal_id _ma_qa_metric_global.model_id _ma_qa_metric_global.metric_id _ma_qa_metric_global.metric_value 1 1 2 0.558 2 1 3 0.037 # # loop_ _ma_qa_metric_local.ordinal_id _ma_qa_metric_local.model_id _ma_qa_metric_local.label_asym_id _ma_qa_metric_local.label_seq_id _ma_qa_metric_local.label_comp_id _ma_qa_metric_local.metric_id _ma_qa_metric_local.metric_value 1 1 A 233 LYS 1 0.310 2 1 A 234 LYS 1 0.320 3 1 A 235 GLU 1 0.310 4 1 A 236 LYS 1 0.290 5 1 A 237 PRO 1 0.320 6 1 A 238 PRO 1 0.340 7 1 A 239 PHE 1 0.260 8 1 A 240 LEU 1 0.250 9 1 A 241 PRO 1 0.360 10 1 A 242 GLU 1 0.340 11 1 A 243 GLU 1 0.480 12 1 A 244 PRO 1 0.320 13 1 A 245 SER 1 0.370 14 1 A 246 SER 1 0.400 15 1 A 247 SER 1 0.390 16 1 A 248 SER 1 0.390 17 1 A 249 GLU 1 0.390 18 1 A 250 GLU 1 0.430 19 1 A 251 ASP 1 0.460 20 1 A 252 ASP 1 0.600 21 1 A 253 PRO 1 0.600 22 1 A 254 ILE 1 0.550 23 1 A 255 PRO 1 0.620 24 1 A 256 ASP 1 0.580 25 1 A 257 GLU 1 0.560 26 1 A 258 LEU 1 0.610 27 1 A 259 LEU 1 0.650 28 1 A 260 CYS 1 0.700 29 1 A 261 LEU 1 0.610 30 1 A 262 ILE 1 0.660 31 1 A 263 CYS 1 0.590 32 1 A 264 LYS 1 0.610 33 1 A 265 ASP 1 0.610 34 1 A 266 ILE 1 0.640 35 1 A 267 MET 1 0.640 36 1 A 268 THR 1 0.670 37 1 A 269 ASP 1 0.660 38 1 A 270 ALA 1 0.740 39 1 A 271 VAL 1 0.740 40 1 A 272 VAL 1 0.750 41 1 A 273 ILE 1 0.690 42 1 A 274 PRO 1 0.670 43 1 A 275 CYS 1 0.530 44 1 A 276 CYS 1 0.560 45 1 A 277 GLY 1 0.710 46 1 A 278 ASN 1 0.700 47 1 A 279 SER 1 0.740 48 1 A 280 TYR 1 0.720 49 1 A 281 CYS 1 0.710 50 1 A 282 ASP 1 0.720 51 1 A 283 GLU 1 0.670 52 1 A 284 CYS 1 0.680 53 1 A 285 ILE 1 0.690 54 1 A 286 ARG 1 0.610 55 1 A 287 THR 1 0.560 56 1 A 288 ALA 1 0.650 57 1 A 289 LEU 1 0.570 58 1 A 290 LEU 1 0.390 59 1 A 291 GLU 1 0.310 60 1 A 292 SER 1 0.360 61 1 A 293 ASP 1 0.430 62 1 A 294 GLU 1 0.470 63 1 A 295 HIS 1 0.570 64 1 A 296 THR 1 0.600 65 1 A 297 CYS 1 0.600 66 1 A 298 PRO 1 0.660 67 1 A 299 THR 1 0.620 68 1 A 300 CYS 1 0.510 69 1 A 301 HIS 1 0.550 70 1 A 302 GLN 1 0.560 71 1 A 303 ASN 1 0.580 72 1 A 304 ASP 1 0.530 73 1 A 305 VAL 1 0.610 74 1 A 306 SER 1 0.640 75 1 A 307 PRO 1 0.660 76 1 A 308 ASP 1 0.630 77 1 A 309 ALA 1 0.690 78 1 A 310 LEU 1 0.680 79 1 A 311 ILE 1 0.580 80 1 A 312 ALA 1 0.630 81 1 A 313 ASN 1 0.650 82 1 A 314 LYS 1 0.610 83 1 A 315 PHE 1 0.590 84 1 A 316 LEU 1 0.610 85 1 A 317 ARG 1 0.590 86 1 A 318 GLN 1 0.580 87 1 A 319 ALA 1 0.560 88 1 A 320 VAL 1 0.620 89 1 A 321 ASN 1 0.630 90 1 A 322 ASN 1 0.590 91 1 A 323 PHE 1 0.560 92 1 A 324 LYS 1 0.650 93 1 A 325 ASN 1 0.700 94 1 A 326 GLU 1 0.640 95 1 A 327 THR 1 0.620 96 1 A 328 GLY 1 0.530 97 1 A 329 TYR 1 0.210 # # loop_ _pdbx_data_usage.id _pdbx_data_usage.type _pdbx_data_usage.details _pdbx_data_usage.url 1 license ;This SWISS-MODEL protein model is copyright. It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. 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All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #