data_SMR-f06c8011ef916a26e35f3c119ffb4fed_3 _entry.id SMR-f06c8011ef916a26e35f3c119ffb4fed_3 _struct.entry_id SMR-f06c8011ef916a26e35f3c119ffb4fed_3 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - P97868 (isoform 2)/ RBBP6_MOUSE, E3 ubiquitin-protein ligase RBBP6 Estimated model accuracy of this model is 0.0, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries P97868 (isoform 2)' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' ZN non-polymer 'ZINC ION' Zn 65.380 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 227311.332 1 . 2 non-polymer man 'ZINC ION' 65.380 2 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP RBBP6_MOUSE P97868 1 ;MSCVHYKFSSKLNYDTVTFDGLHISLCDLKKQIMGREKLKAADSDLQITNAQTKEEYTDDNALIPKNSSV IVRRIPIGGVKSTSKTYVISRTEPVMGTTKAIDDASASISLAQLTKTANLAEANASEEDKIKAMMSQSGH EYDPINYMKKTLVGPPPPSYTCFRCGKPGHYIKNCPTNGDKNFESGPRIKKSTGIPRSFMMEVKDPNMKG AMLTNTGKYAIPTIDAEAYAIGKKEKPPFLPEEPSSSSEEDDPIPDELLCLICKDIMTDAVVIPCCGNSY CDECIRTALLESDEHTCPTCHQNDVSPDALIANKFLRQAVNNFKNETGYTKRLRKQLPPPPPPVPPPRPL MQRNLQPLMRSPISRQQDPLMIPVTSSSAHSAPSISSLTSNPSALAPSVSGNPSSAPAPVPDITATVSIS VHSEKSDGPFRDSDNKLLPAAALTSEHSKGASSIAITALMEEKGYQVPVLGTPSLLGQSLLHGQLIPTTG PVRINAARPGGGRPGWEHSNKLGYLVSPPQQIRRGERSCYRSINRGRHHSERSQRTQGPSLPATPVFVPV PPPPLYPPPPHTLPLPPGVPPPQFSPQFPPGQPPPAGYSVPPPGFPPAPANISTPWVSSGVQTAHSNTIP TTQAPPLSREEFYREQRRLKEESKSPYSGSSYSRSSYTYSKSRSGSTRSRSYSRSFSRSHSRSYSRSPPY PRRGRGKSRNYRSRSRSHGYHRSRSRSPPYRRYHSRSRSPQAFRGQSPTKRNVPQGETEREYFNRYREVP PPYDIKAYYGRSVDFRDPFEKERYREWERKYREWYEKYYKGYAVGAQPRPSANREDFSPERLLPLNIRNS PFTRGRREDYAAGQSHRNRNLGGNYPEKLSTRDSHNAKDNPKSKEKESENVPGDGKGNKHKKHRKRRKGE ESESFLNPELLETSRKCRESSGIDETKTDTLFVLPSRDDATPVRDEPMDAESITFKSVSDKDKREKDKPK VKSDKTKRKSDGSATAKKDNVLKPSKGPQEKVDGDREKSPRSEPPLKKAKEEATKIDSVKPSSSSQKDEK VTGTPRKAHSKSAKEHQEAKPAKDEKVKKDCSKDIKSEKPASKDEKAKKPEKNKLLDSKGEKRKRKTEEK SVDKDFESSSMKISKVEGTEIVKPSPKRKMEGDVEKLERTPEKDKIASSTTPAKKIKLNRETGKKIGNAE NASTTKEPSEKLESTSSKIKQEKVKGKAKRKVAGSEGSSSTLVDYTSTSSTGGSPVRKSEEKTDTKRTVI KTMEEYNNDNTAPAEDVIIMIQVPQSKWDKDDFESEEEDVKTTQPIQSVGKPSSIIKNVTTKPSATAKYT EKESEQPEKLQKLPKEASHELMQHELRSSKGSASSEKGRAKDREHSGSEKDNPDKRKSGAQPDKESTVDR LSEQGHFKTLSQSSKETRTSEKHESVRGSSNKDFTPGRDKKVDYDSRDYSSSKRRDERGELARRKDSPPR GKESLSGQKSKLREERDLPKKGAESKKSNSSPPRDKKPHDHKAPYETKRPCEETKPVDKNSGKEREKHAA EARNGKESSGGKLPCIPNPPDPPMEKELAAGQVEKSAVKPKPQLSHSSRLSSDLTRETDEAAFEPDYNES DSESNVSVKEEEAVASISKDLKEKTTEKAKESLTVATASQPGADRSQSQSSPSVSPSRSHSPSGSQTRSH SSSASSAGSQDSKKKKKKKEKKKHKKHKKHKKHKKHAGADGDVEKSQKHKHKKKKAKKNKDKEKEKDDQK VRSVTV ; 'E3 ubiquitin-protein ligase RBBP6' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 1756 1 1756 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . RBBP6_MOUSE P97868 P97868-2 1 1756 10090 'Mus musculus (Mouse)' 2006-05-16 E3C0F009CC28107E # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no A ;MSCVHYKFSSKLNYDTVTFDGLHISLCDLKKQIMGREKLKAADSDLQITNAQTKEEYTDDNALIPKNSSV IVRRIPIGGVKSTSKTYVISRTEPVMGTTKAIDDASASISLAQLTKTANLAEANASEEDKIKAMMSQSGH EYDPINYMKKTLVGPPPPSYTCFRCGKPGHYIKNCPTNGDKNFESGPRIKKSTGIPRSFMMEVKDPNMKG AMLTNTGKYAIPTIDAEAYAIGKKEKPPFLPEEPSSSSEEDDPIPDELLCLICKDIMTDAVVIPCCGNSY CDECIRTALLESDEHTCPTCHQNDVSPDALIANKFLRQAVNNFKNETGYTKRLRKQLPPPPPPVPPPRPL MQRNLQPLMRSPISRQQDPLMIPVTSSSAHSAPSISSLTSNPSALAPSVSGNPSSAPAPVPDITATVSIS VHSEKSDGPFRDSDNKLLPAAALTSEHSKGASSIAITALMEEKGYQVPVLGTPSLLGQSLLHGQLIPTTG PVRINAARPGGGRPGWEHSNKLGYLVSPPQQIRRGERSCYRSINRGRHHSERSQRTQGPSLPATPVFVPV PPPPLYPPPPHTLPLPPGVPPPQFSPQFPPGQPPPAGYSVPPPGFPPAPANISTPWVSSGVQTAHSNTIP 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; # # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id _pdbx_entity_nonpoly.ma_model_mode 2 'ZINC ION' ZN implicit # # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET . 1 2 SER . 1 3 CYS . 1 4 VAL . 1 5 HIS . 1 6 TYR . 1 7 LYS . 1 8 PHE . 1 9 SER . 1 10 SER . 1 11 LYS . 1 12 LEU . 1 13 ASN . 1 14 TYR . 1 15 ASP . 1 16 THR . 1 17 VAL . 1 18 THR . 1 19 PHE . 1 20 ASP . 1 21 GLY . 1 22 LEU . 1 23 HIS . 1 24 ILE . 1 25 SER . 1 26 LEU . 1 27 CYS . 1 28 ASP . 1 29 LEU . 1 30 LYS . 1 31 LYS . 1 32 GLN . 1 33 ILE . 1 34 MET . 1 35 GLY . 1 36 ARG . 1 37 GLU . 1 38 LYS . 1 39 LEU . 1 40 LYS . 1 41 ALA . 1 42 ALA . 1 43 ASP . 1 44 SER . 1 45 ASP . 1 46 LEU . 1 47 GLN . 1 48 ILE . 1 49 THR . 1 50 ASN . 1 51 ALA . 1 52 GLN . 1 53 THR . 1 54 LYS . 1 55 GLU . 1 56 GLU . 1 57 TYR . 1 58 THR . 1 59 ASP . 1 60 ASP . 1 61 ASN . 1 62 ALA . 1 63 LEU . 1 64 ILE . 1 65 PRO . 1 66 LYS . 1 67 ASN . 1 68 SER 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A 1 1743 GLU 1743 ? ? ? A . A 1 1744 LYS 1744 ? ? ? A . A 1 1745 GLU 1745 ? ? ? A . A 1 1746 LYS 1746 ? ? ? A . A 1 1747 ASP 1747 ? ? ? A . A 1 1748 ASP 1748 ? ? ? A . A 1 1749 GLN 1749 ? ? ? A . A 1 1750 LYS 1750 ? ? ? A . A 1 1751 VAL 1751 ? ? ? A . A 1 1752 ARG 1752 ? ? ? A . A 1 1753 SER 1753 ? ? ? A . A 1 1754 VAL 1754 ? ? ? A . A 1 1755 THR 1755 ? ? ? A . A 1 1756 VAL 1756 ? ? ? A . # # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code B 2 ZN 1 1 1 ZN '_' . C 2 ZN 1 2 2 ZN '_' . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'Retinoblastoma-binding protein 6 {PDB ID=2yur, label_asym_id=A, auth_asym_id=A, SMTL ID=2yur.1.A}' 'template structure' . 2 'ZINC ION {PDB ID=2yur, label_asym_id=B, auth_asym_id=A, SMTL ID=2yur.1._.1}' 'template structure' . 3 'ZINC ION {PDB ID=2yur, label_asym_id=C, auth_asym_id=A, SMTL ID=2yur.1._.2}' 'template structure' . 4 . target . 5 'ZINC ION' target . 6 'Target-template alignment by HHblits to 2yur, label_asym_id=A' 'target-template alignment' . 7 'model 3' 'model coordinates' . 8 SMTL 'reference database' . 9 PDB 'reference database' . 10 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 4 2 1 8 3 1 9 4 2 10 5 3 4 6 3 5 7 3 1 8 3 2 9 3 3 10 3 6 11 4 1 12 4 2 13 4 3 14 4 6 15 4 5 16 5 7 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 8 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2025-01-01 9 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-12-27 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 4 'reference database' 2 5 . # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . B 2 . C 2 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A A 1 1 A 2 2 'reference database' non-polymer 1 2 B B 2 1 A 3 3 'reference database' non-polymer 1 3 C C 2 1 A # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;GSSGSSGEDDPIPDELLCLICKDIMTDAVVIPCCGNSYCDECIRTALLESDEHTCPTCHQNDVSPDALSG PSSG ; ;GSSGSSGEDDPIPDELLCLICKDIMTDAVVIPCCGNSYCDECIRTALLESDEHTCPTCHQNDVSPDALSG PSSG ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 9 66 # # loop_ _ma_template_non_poly.template_id _ma_template_non_poly.comp_id _ma_template_non_poly.details 2 ZN 'ZINC ION' 3 ZN 'ZINC ION' # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 2yur 2024-05-29 2 PDB . 2yur 2024-05-29 3 PDB . 2yur 2024-05-29 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 1756 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 6 1 1756 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 1.9e-05 100.000 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MSCVHYKFSSKLNYDTVTFDGLHISLCDLKKQIMGREKLKAADSDLQITNAQTKEEYTDDNALIPKNSSVIVRRIPIGGVKSTSKTYVISRTEPVMGTTKAIDDASASISLAQLTKTANLAEANASEEDKIKAMMSQSGHEYDPINYMKKTLVGPPPPSYTCFRCGKPGHYIKNCPTNGDKNFESGPRIKKSTGIPRSFMMEVKDPNMKGAMLTNTGKYAIPTIDAEAYAIGKKEKPPFLPEEPSSSSEEDDPIPDELLCLICKDIMTDAVVIPCCGNSYCDECIRTALLESDEHTCPTCHQNDVSPDALIANKFLRQAVNNFKNETGYTKRLRKQLPPPPPPVPPPRPLMQRNLQPLMRSPISRQQDPLMIPVTSSSAHSAPSISSLTSNPSALAPSVSGNPSSAPAPVPDITATVSISVHSEKSDGPFRDSDNKLLPAAALTSEHSKGASSIAITALMEEKGYQVPVLGTPSLLGQSLLHGQLIPTTGPVRINAARPGGGRPGWEHSNKLGYLVSPPQQIRRGERSCYRSINRGRHHSERSQRTQGPSLPATPVFVPVPPPPLYPPPPHTLPLPPGVPPPQFSPQFPPGQPPPAGYSVPPPGFPPAPANISTPWVSSGVQTAHSNTIPTTQAPPLSREEFYREQRRLKEESKSPYSGSSYSRSSYTYSKSRSGSTRSRSYSRSFSRSHSRSYSRSPPYPRRGRGKSRNYRSRSRSHGYHRSRSRSPPYRRYHSRSRSPQAFRGQSPTKRNVPQGETEREYFNRYREVPPPYDIKAYYGRSVDFRDPFEKERYREWERKYREWYEKYYKGYAVGAQPRPSANREDFSPERLLPLNIRNSPFTRGRREDYAAGQSHRNRNLGGNYPEKLSTRDSHNAKDNPKSKEKESENVPGDGKGNKHKKHRKRRKGEESESFLNPELLETSRKCRESSGIDETKTDTLFVLPSRDDATPVRDEPMDAESITFKSVSDKDKREKDKPKVKSDKTKRKSDGSATAKKDNVLKPSKGPQEKVDGDREKSPRSEPPLKKAKEEATKIDSVKPSSSSQKDEKVTGTPRKAHSKSAKEHQEAKPAKDEKVKKDCSKDIKSEKPASKDEKAKKPEKNKLLDSKGEKRKRKTEEKSVDKDFESSSMKISKVEGTEIVKPSPKRKMEGDVEKLERTPEKDKIASSTTPAKKIKLNRETGKKIGNAENASTTKEPSEKLESTSSKIKQEKVKGKAKRKVAGSEGSSSTLVDYTSTSSTGGSPVRKSEEKTDTKRTVIKTMEEYNNDNTAPAEDVIIMIQVPQSKWDKDDFESEEEDVKTTQPIQSVGKPSSIIKNVTTKPSATAKYTEKESEQPEKLQKLPKEASHELMQHELRSSKGSASSEKGRAKDREHSGSEKDNPDKRKSGAQPDKESTVDRLSEQGHFKTLSQSSKETRTSEKHESVRGSSNKDFTPGRDKKVDYDSRDYSSSKRRDERGELARRKDSPPRGKESLSGQKSKLREERDLPKKGAESKKSNSSPPRDKKPHDHKAPYETKRPCEETKPVDKNSGKEREKHAAEARNGKESSGGKLPCIPNPPDPPMEKELAAGQVEKSAVKPKPQLSHSSRLSSDLTRETDEAAFEPDYNESDSESNVSVKEEEAVASISKDLKEKTTEKAKESLTVATASQPGADRSQSQSSPSVSPSRSHSPSGSQTRSHSSSASSAGSQDSKKKKKKKEKKKHKKHKKHKKHKKHAGADGDVEKSQKHKHKKKKAKKNKDKEKEKDDQKVRSVTV 2 1 2 ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------DDPIPDELLCLICKDIMTDAVVIPCCGNSYCDECIRTALLESDEHTCPTCHQNDVSPD-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 2yur.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 3' . 7 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . ASP 251 251 ? A 7.907 -27.056 -4.448 1 1 A ASP 0.310 1 ATOM 2 C CA . ASP 251 251 ? A 6.833 -26.086 -4.873 1 1 A ASP 0.310 1 ATOM 3 C C . ASP 251 251 ? A 7.362 -24.666 -4.750 1 1 A ASP 0.310 1 ATOM 4 O O . ASP 251 251 ? A 8.453 -24.454 -4.237 1 1 A ASP 0.310 1 ATOM 5 C CB . ASP 251 251 ? A 5.525 -26.377 -4.057 1 1 A ASP 0.310 1 ATOM 6 C CG . ASP 251 251 ? A 5.839 -26.718 -2.602 1 1 A ASP 0.310 1 ATOM 7 O OD1 . ASP 251 251 ? A 6.944 -26.327 -2.155 1 1 A ASP 0.310 1 ATOM 8 O OD2 . ASP 251 251 ? A 5.096 -27.549 -2.041 1 1 A ASP 0.310 1 ATOM 9 N N . ASP 252 252 ? A 6.647 -23.672 -5.293 1 1 A ASP 0.290 1 ATOM 10 C CA . ASP 252 252 ? A 6.987 -22.286 -5.166 1 1 A ASP 0.290 1 ATOM 11 C C . ASP 252 252 ? A 6.079 -21.684 -4.070 1 1 A ASP 0.290 1 ATOM 12 O O . ASP 252 252 ? A 4.879 -21.952 -4.033 1 1 A ASP 0.290 1 ATOM 13 C CB . ASP 252 252 ? A 6.946 -21.592 -6.560 1 1 A ASP 0.290 1 ATOM 14 C CG . ASP 252 252 ? A 5.688 -21.926 -7.350 1 1 A ASP 0.290 1 ATOM 15 O OD1 . ASP 252 252 ? A 5.502 -23.133 -7.667 1 1 A ASP 0.290 1 ATOM 16 O OD2 . ASP 252 252 ? A 4.929 -20.986 -7.674 1 1 A ASP 0.290 1 ATOM 17 N N . PRO 253 253 ? A 6.598 -20.936 -3.092 1 1 A PRO 0.330 1 ATOM 18 C CA . PRO 253 253 ? A 5.786 -20.186 -2.143 1 1 A PRO 0.330 1 ATOM 19 C C . PRO 253 253 ? A 5.097 -19.015 -2.820 1 1 A PRO 0.330 1 ATOM 20 O O . PRO 253 253 ? A 5.351 -18.765 -3.994 1 1 A PRO 0.330 1 ATOM 21 C CB . PRO 253 253 ? A 6.811 -19.691 -1.103 1 1 A PRO 0.330 1 ATOM 22 C CG . PRO 253 253 ? A 8.127 -19.579 -1.882 1 1 A PRO 0.330 1 ATOM 23 C CD . PRO 253 253 ? A 8.025 -20.704 -2.906 1 1 A PRO 0.330 1 ATOM 24 N N . ILE 254 254 ? A 4.222 -18.286 -2.078 1 1 A ILE 0.350 1 ATOM 25 C CA . ILE 254 254 ? A 3.494 -17.081 -2.502 1 1 A ILE 0.350 1 ATOM 26 C C . ILE 254 254 ? A 4.238 -16.200 -3.527 1 1 A ILE 0.350 1 ATOM 27 O O . ILE 254 254 ? A 5.310 -15.685 -3.202 1 1 A ILE 0.350 1 ATOM 28 C CB . ILE 254 254 ? A 3.026 -16.211 -1.322 1 1 A ILE 0.350 1 ATOM 29 C CG1 . ILE 254 254 ? A 2.022 -16.999 -0.441 1 1 A ILE 0.350 1 ATOM 30 C CG2 . ILE 254 254 ? A 2.379 -14.884 -1.816 1 1 A ILE 0.350 1 ATOM 31 C CD1 . ILE 254 254 ? A 1.646 -16.259 0.851 1 1 A ILE 0.350 1 ATOM 32 N N . PRO 255 255 ? A 3.737 -15.996 -4.750 1 1 A PRO 0.450 1 ATOM 33 C CA . PRO 255 255 ? A 4.441 -15.251 -5.787 1 1 A PRO 0.450 1 ATOM 34 C C . PRO 255 255 ? A 4.549 -13.764 -5.471 1 1 A PRO 0.450 1 ATOM 35 O O . PRO 255 255 ? A 3.811 -13.259 -4.631 1 1 A PRO 0.450 1 ATOM 36 C CB . PRO 255 255 ? A 3.591 -15.490 -7.049 1 1 A PRO 0.450 1 ATOM 37 C CG . PRO 255 255 ? A 2.186 -15.778 -6.517 1 1 A PRO 0.450 1 ATOM 38 C CD . PRO 255 255 ? A 2.471 -16.540 -5.229 1 1 A PRO 0.450 1 ATOM 39 N N . ASP 256 256 ? A 5.459 -13.033 -6.159 1 1 A ASP 0.530 1 ATOM 40 C CA . ASP 256 256 ? A 5.693 -11.610 -5.938 1 1 A ASP 0.530 1 ATOM 41 C C . ASP 256 256 ? A 4.491 -10.715 -6.243 1 1 A ASP 0.530 1 ATOM 42 O O . ASP 256 256 ? A 4.287 -9.672 -5.600 1 1 A ASP 0.530 1 ATOM 43 C CB . ASP 256 256 ? A 6.984 -11.118 -6.666 1 1 A ASP 0.530 1 ATOM 44 C CG . ASP 256 256 ? A 6.750 -10.652 -8.096 1 1 A ASP 0.530 1 ATOM 45 O OD1 . ASP 256 256 ? A 6.600 -9.423 -8.275 1 1 A ASP 0.530 1 ATOM 46 O OD2 . ASP 256 256 ? A 6.715 -11.527 -8.993 1 1 A ASP 0.530 1 ATOM 47 N N . GLU 257 257 ? A 3.646 -11.119 -7.204 1 1 A GLU 0.550 1 ATOM 48 C CA . GLU 257 257 ? A 2.440 -10.448 -7.655 1 1 A GLU 0.550 1 ATOM 49 C C . GLU 257 257 ? A 1.401 -10.238 -6.538 1 1 A GLU 0.550 1 ATOM 50 O O . GLU 257 257 ? A 0.587 -9.310 -6.559 1 1 A GLU 0.550 1 ATOM 51 C CB . GLU 257 257 ? A 1.827 -11.258 -8.843 1 1 A GLU 0.550 1 ATOM 52 C CG . GLU 257 257 ? A 1.156 -12.605 -8.445 1 1 A GLU 0.550 1 ATOM 53 C CD . GLU 257 257 ? A 0.528 -13.408 -9.588 1 1 A GLU 0.550 1 ATOM 54 O OE1 . GLU 257 257 ? A 1.003 -13.311 -10.744 1 1 A GLU 0.550 1 ATOM 55 O OE2 . GLU 257 257 ? A -0.436 -14.157 -9.274 1 1 A GLU 0.550 1 ATOM 56 N N . LEU 258 258 ? A 1.445 -11.104 -5.503 1 1 A LEU 0.500 1 ATOM 57 C CA . LEU 258 258 ? 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'normalized score' global . 6 # # loop_ _ma_qa_metric_global.ordinal_id _ma_qa_metric_global.model_id _ma_qa_metric_global.metric_id _ma_qa_metric_global.metric_value 1 1 2 0.602 2 1 3 0 # # loop_ _ma_qa_metric_local.ordinal_id _ma_qa_metric_local.model_id _ma_qa_metric_local.label_asym_id _ma_qa_metric_local.label_seq_id _ma_qa_metric_local.label_comp_id _ma_qa_metric_local.metric_id _ma_qa_metric_local.metric_value 1 1 A 251 ASP 1 0.310 2 1 A 252 ASP 1 0.290 3 1 A 253 PRO 1 0.330 4 1 A 254 ILE 1 0.350 5 1 A 255 PRO 1 0.450 6 1 A 256 ASP 1 0.530 7 1 A 257 GLU 1 0.550 8 1 A 258 LEU 1 0.500 9 1 A 259 LEU 1 0.560 10 1 A 260 CYS 1 0.640 11 1 A 261 LEU 1 0.620 12 1 A 262 ILE 1 0.610 13 1 A 263 CYS 1 0.550 14 1 A 264 LYS 1 0.580 15 1 A 265 ASP 1 0.550 16 1 A 266 ILE 1 0.490 17 1 A 267 MET 1 0.580 18 1 A 268 THR 1 0.560 19 1 A 269 ASP 1 0.600 20 1 A 270 ALA 1 0.680 21 1 A 271 VAL 1 0.690 22 1 A 272 VAL 1 0.670 23 1 A 273 ILE 1 0.680 24 1 A 274 PRO 1 0.640 25 1 A 275 CYS 1 0.650 26 1 A 276 CYS 1 0.620 27 1 A 277 GLY 1 0.720 28 1 A 278 ASN 1 0.750 29 1 A 279 SER 1 0.710 30 1 A 280 TYR 1 0.730 31 1 A 281 CYS 1 0.730 32 1 A 282 ASP 1 0.710 33 1 A 283 GLU 1 0.750 34 1 A 284 CYS 1 0.770 35 1 A 285 ILE 1 0.760 36 1 A 286 ARG 1 0.710 37 1 A 287 THR 1 0.750 38 1 A 288 ALA 1 0.780 39 1 A 289 LEU 1 0.680 40 1 A 290 LEU 1 0.570 41 1 A 291 GLU 1 0.640 42 1 A 292 SER 1 0.570 43 1 A 293 ASP 1 0.520 44 1 A 294 GLU 1 0.500 45 1 A 295 HIS 1 0.610 46 1 A 296 THR 1 0.630 47 1 A 297 CYS 1 0.660 48 1 A 298 PRO 1 0.660 49 1 A 299 THR 1 0.670 50 1 A 300 CYS 1 0.560 51 1 A 301 HIS 1 0.530 52 1 A 302 GLN 1 0.600 53 1 A 303 ASN 1 0.580 54 1 A 304 ASP 1 0.610 55 1 A 305 VAL 1 0.710 56 1 A 306 SER 1 0.620 57 1 A 307 PRO 1 0.510 58 1 A 308 ASP 1 0.340 # # loop_ _pdbx_data_usage.id _pdbx_data_usage.type _pdbx_data_usage.details _pdbx_data_usage.url 1 license ;This SWISS-MODEL protein model is copyright. It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. 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