data_SMR-1f79ebbffc5b8b41bb95ffc79069596d_2 _entry.id SMR-1f79ebbffc5b8b41bb95ffc79069596d_2 _struct.entry_id SMR-1f79ebbffc5b8b41bb95ffc79069596d_2 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - A2BH40 (isoform 2)/ ARI1A_MOUSE, AT-rich interactive domain-containing protein 1A Estimated model accuracy of this model is 0.054, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries A2BH40 (isoform 2)' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 255866.864 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP ARI1A_MOUSE A2BH40 1 ;MAAQVAPAAASSLGNPPPPPSELKKAEQQQREEAGGEAAAAAAERGEMKAAAGQESEGPAVGPPQPLGKE LQDGAESNGGGGGGGAGSGGGPGAEPDLKNSNGNAGPRPALNNNLPEPPGGGGGGGSSSSDGVGAPPHSA AAALPPPAYGFGQAYGRSPSAVAAAAAAVFHQQHGGQQSPGLAALQSGGGGGLEPYAGPQQNSHDHGFPN HQYNSYYPNRSAYPPPPQAYALSSPRGGTPGSGAAAAAGSKPPPSSSASASSSSSSFAQQRFGAMGGGGP SAAGGGTPQPTATPTLNQLLTSPSSARGYQGYPGGDYGGGPQDGGAGKGPADMASQCWGAAAAAAAAAAA VSGGAQQRSHHAPMSPGSSGGGGQPLARTPQSSSPMDQMGKMRPQPYGGTNPYSQQQGPPSGPQQGHGYP GQPYGSQTPQRYPMTMQGRAQSAMGSLSYAQQIPPYGQQGPSAYGQQGQTPYYNQQSPHPQQQPPYAQQP PSQTPHAQPSYQQQPQTQQPQLQSSQPPYSQQPSQPPHQQSPTPYPSQQSTTQQHPQSQPPYSQPQAQSP YQQQQPQQPASSSLSQQAAYPQPQPQQSQQTAYSQQRFPPPQELSQDSFGSQASSAPSMTSSKGGQEDMN LSLQSRPSSLPDLSGSIDDLPMGTEGALSPGVSTSGISSSQGEQSNPAQSPFSPHTSPHLPGIRGPSPSP VGSPASVAQSRSGPLSPAAVPGNQMPPRPPSGQSDSIMHPSMNQSSIAQDRGYMQRNPQMPQYTSPQPGS ALSPRQPSGGQMHSGVGSYQQNSMGSYGPQGSQYGPQGGYPRQPNYNALPNANYPNAGMAGSMNPMGAGG QMHGQPGIPPYGTLPPGRMAHASMGNRPYGPNMANMPPQVGSGMCPPPGGMNRKTQESAVAMHVAANSIQ NRPPGYPNMNQGGMMGTGPPYGQGINSMAGMINPQGPPYPMGGTMANNSAGMAASPEMMGLGDVKLTPAT KMNNKADGTPKTESKSKKSSSSTTTNEKITKLYELGGEPERKMWVDRYLAFTEEKAMGMTNLPAVGRKPL DLYRLYVSVKEIGGLTQVNKNKKWRELATNLNVGTSSSAASSLKKQYIQCLYAFECKIERGEDPPPDIFA AADSKKSQPKIQPPSPAGSGSMQGPQTPQSTSSSMAEGGDLKPPTPASTPHSQIPPLPGMSRSNSVGIQD AFPDGSDPTFQKRNSMTPNPGYQPSMNTSDMMGRMSYEPNKDPYGSMRKAPGSDPFMSSGQGPNGGMGDP YSRAAGPGLGSVAMGPRQHYPYGGPYDRVRTEPGIGPEGNMGTGAPQPNLMPSTPDSGMYSPSRYPPQQQ QQQQQQHDSYGNQFSTQGTPSSSPFPSQQTTMYQQQPQVSSPAPLPRPMENRTSPSKSPFLHSGMKMQKA GPPVPASHIAPTPVQPPMIRRDITFPPGSVEATQPVLKQRRRLTMKDIGTPEAWRVMMSLKSGLLAESTW ALDTINILLYDDNSIMTFNLSQLPGLLELLVEYFRRCLIEIFGILKEYEVGDPGQRTLLDPGRFTKVYSP AHTEEEEEEHLDPKLEEEEEEGVGNDEEMAFLGKDKPSSENNEEKLVSKFDKLPVKIVQRNDPFVVDCSD KLGRVQEFDSGLLHWRIGGGDTTEHIQTHFESKIELLPSRPYVPCPTPPRKHLTTVEGTPGTTEQEGPPP DGLPEKRITATMDDMLSTRSSTLTDEGAKSAEATKESSKFPFGISPAQSHRNIKILEDEPHSKDETPLCT LLDWQDSLAKRCVCVSNTIRSLSFVPGNDFEMSKHPGLLLILGKLILLHHKHPERKQAPLTYEKEEEQDQ GVSCDKVEWWWDCLEMLRENTLVTLANISGQLDLSPYPESICLPVLDGLLHWAVCPSAEAQDPFSTLGPN AVLSPQRLVLETLSKLSIQDNNVDLILATPPFSRLEKLYSTMVRFLSDRKNPVCREMAVVLLANLAQGDS LAARAIAVQKGSIGNLLGFLEDSLAATQFQQSQASLLHMQNPPFEPTSVDMMRRAARALLALAKVDENHS EFTLYESRLLDISVSPLMNSLVSQVICDVLFLIGQS ; 'AT-rich interactive domain-containing protein 1A' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 2066 1 2066 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . ARI1A_MOUSE A2BH40 A2BH40-2 1 2066 10090 'Mus musculus (Mouse)' 2007-02-20 4532D4C3766E31D5 # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no A ;MAAQVAPAAASSLGNPPPPPSELKKAEQQQREEAGGEAAAAAAERGEMKAAAGQESEGPAVGPPQPLGKE LQDGAESNGGGGGGGAGSGGGPGAEPDLKNSNGNAGPRPALNNNLPEPPGGGGGGGSSSSDGVGAPPHSA AAALPPPAYGFGQAYGRSPSAVAAAAAAVFHQQHGGQQSPGLAALQSGGGGGLEPYAGPQQNSHDHGFPN HQYNSYYPNRSAYPPPPQAYALSSPRGGTPGSGAAAAAGSKPPPSSSASASSSSSSFAQQRFGAMGGGGP SAAGGGTPQPTATPTLNQLLTSPSSARGYQGYPGGDYGGGPQDGGAGKGPADMASQCWGAAAAAAAAAAA VSGGAQQRSHHAPMSPGSSGGGGQPLARTPQSSSPMDQMGKMRPQPYGGTNPYSQQQGPPSGPQQGHGYP GQPYGSQTPQRYPMTMQGRAQSAMGSLSYAQQIPPYGQQGPSAYGQQGQTPYYNQQSPHPQQQPPYAQQP PSQTPHAQPSYQQQPQTQQPQLQSSQPPYSQQPSQPPHQQSPTPYPSQQSTTQQHPQSQPPYSQPQAQSP YQQQQPQQPASSSLSQQAAYPQPQPQQSQQTAYSQQRFPPPQELSQDSFGSQASSAPSMTSSKGGQEDMN 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A 1 1881 GLN 1881 ? ? ? A . A 1 1882 ASP 1882 ? ? ? A . A 1 1883 PRO 1883 ? ? ? A . A 1 1884 PHE 1884 ? ? ? A . A 1 1885 SER 1885 ? ? ? A . A 1 1886 THR 1886 ? ? ? A . A 1 1887 LEU 1887 ? ? ? A . A 1 1888 GLY 1888 ? ? ? A . A 1 1889 PRO 1889 ? ? ? A . A 1 1890 ASN 1890 ? ? ? A . A 1 1891 ALA 1891 ? ? ? A . A 1 1892 VAL 1892 ? ? ? A . A 1 1893 LEU 1893 ? ? ? A . A 1 1894 SER 1894 ? ? ? A . A 1 1895 PRO 1895 ? ? ? A . A 1 1896 GLN 1896 ? ? ? A . A 1 1897 ARG 1897 ? ? ? A . A 1 1898 LEU 1898 ? ? ? A . A 1 1899 VAL 1899 ? ? ? A . A 1 1900 LEU 1900 ? ? ? A . A 1 1901 GLU 1901 ? ? ? A . A 1 1902 THR 1902 ? ? ? A . A 1 1903 LEU 1903 ? ? ? A . A 1 1904 SER 1904 ? ? ? A . A 1 1905 LYS 1905 ? ? ? A . A 1 1906 LEU 1906 ? ? ? A . A 1 1907 SER 1907 ? ? ? A . A 1 1908 ILE 1908 ? ? ? A . A 1 1909 GLN 1909 ? ? ? A . A 1 1910 ASP 1910 ? ? ? A . A 1 1911 ASN 1911 ? ? ? A . A 1 1912 ASN 1912 ? ? ? A . A 1 1913 VAL 1913 ? ? ? A . A 1 1914 ASP 1914 ? ? ? A . A 1 1915 LEU 1915 ? ? ? A . A 1 1916 ILE 1916 ? ? ? A . A 1 1917 LEU 1917 ? ? ? A . A 1 1918 ALA 1918 ? ? ? A . A 1 1919 THR 1919 ? ? ? A . A 1 1920 PRO 1920 ? ? ? A . A 1 1921 PRO 1921 ? ? ? A . A 1 1922 PHE 1922 ? ? ? A . A 1 1923 SER 1923 ? ? ? A . A 1 1924 ARG 1924 ? ? ? A . A 1 1925 LEU 1925 ? ? ? A . A 1 1926 GLU 1926 ? ? ? A . A 1 1927 LYS 1927 ? ? ? A . A 1 1928 LEU 1928 ? ? ? A . A 1 1929 TYR 1929 ? ? ? A . A 1 1930 SER 1930 ? ? ? A . A 1 1931 THR 1931 ? ? ? A . A 1 1932 MET 1932 ? ? ? A . A 1 1933 VAL 1933 ? ? ? A . A 1 1934 ARG 1934 ? ? ? A . A 1 1935 PHE 1935 ? ? ? A . A 1 1936 LEU 1936 ? ? ? A . A 1 1937 SER 1937 ? ? ? A . A 1 1938 ASP 1938 ? ? ? A . A 1 1939 ARG 1939 ? ? ? A . A 1 1940 LYS 1940 ? ? ? A . A 1 1941 ASN 1941 ? ? ? A . A 1 1942 PRO 1942 ? ? ? A . A 1 1943 VAL 1943 ? ? ? A . A 1 1944 CYS 1944 ? ? ? A . A 1 1945 ARG 1945 ? ? ? A . A 1 1946 GLU 1946 ? ? ? A . A 1 1947 MET 1947 ? ? ? A . A 1 1948 ALA 1948 ? ? ? A . A 1 1949 VAL 1949 ? ? ? A . A 1 1950 VAL 1950 ? ? ? A . A 1 1951 LEU 1951 ? ? ? A . A 1 1952 LEU 1952 ? ? ? A . A 1 1953 ALA 1953 ? ? ? A . A 1 1954 ASN 1954 ? ? ? A . A 1 1955 LEU 1955 ? ? ? A . A 1 1956 ALA 1956 ? ? ? A . A 1 1957 GLN 1957 ? ? ? A . A 1 1958 GLY 1958 ? ? ? A . A 1 1959 ASP 1959 ? ? ? A . A 1 1960 SER 1960 ? ? ? A . A 1 1961 LEU 1961 ? ? ? A . A 1 1962 ALA 1962 ? ? ? A . A 1 1963 ALA 1963 ? ? ? A . A 1 1964 ARG 1964 ? ? ? A . A 1 1965 ALA 1965 ? ? ? A . A 1 1966 ILE 1966 ? ? ? A . A 1 1967 ALA 1967 ? ? ? A . A 1 1968 VAL 1968 ? ? ? A . A 1 1969 GLN 1969 ? ? ? A . A 1 1970 LYS 1970 ? ? ? A . A 1 1971 GLY 1971 ? ? ? A . A 1 1972 SER 1972 ? ? ? A . A 1 1973 ILE 1973 ? ? ? A . A 1 1974 GLY 1974 ? ? ? A . A 1 1975 ASN 1975 ? ? ? A . A 1 1976 LEU 1976 ? ? ? A . A 1 1977 LEU 1977 ? ? ? A . A 1 1978 GLY 1978 ? ? ? A . A 1 1979 PHE 1979 ? ? ? A . A 1 1980 LEU 1980 ? ? ? A . A 1 1981 GLU 1981 ? ? ? A . A 1 1982 ASP 1982 ? ? ? A . A 1 1983 SER 1983 ? ? ? A . A 1 1984 LEU 1984 ? ? ? A . A 1 1985 ALA 1985 ? ? ? A . A 1 1986 ALA 1986 ? ? ? A . A 1 1987 THR 1987 ? ? ? A . A 1 1988 GLN 1988 ? ? ? A . A 1 1989 PHE 1989 ? ? ? A . A 1 1990 GLN 1990 ? ? ? A . A 1 1991 GLN 1991 ? ? ? A . A 1 1992 SER 1992 ? ? ? A . A 1 1993 GLN 1993 ? ? ? A . A 1 1994 ALA 1994 ? ? ? A . A 1 1995 SER 1995 ? ? ? A . A 1 1996 LEU 1996 ? ? ? A . A 1 1997 LEU 1997 ? ? ? A . A 1 1998 HIS 1998 ? ? ? A . A 1 1999 MET 1999 ? ? ? A . A 1 2000 GLN 2000 ? ? ? A . A 1 2001 ASN 2001 ? ? ? A . A 1 2002 PRO 2002 ? ? ? A . A 1 2003 PRO 2003 ? ? ? A . A 1 2004 PHE 2004 ? ? ? A . A 1 2005 GLU 2005 ? ? ? A . A 1 2006 PRO 2006 ? ? ? A . A 1 2007 THR 2007 ? ? ? A . A 1 2008 SER 2008 ? ? ? A . A 1 2009 VAL 2009 ? ? ? A . A 1 2010 ASP 2010 ? ? ? A . A 1 2011 MET 2011 ? ? ? A . A 1 2012 MET 2012 ? ? ? A . A 1 2013 ARG 2013 ? ? ? A . A 1 2014 ARG 2014 ? ? ? A . A 1 2015 ALA 2015 ? ? ? A . A 1 2016 ALA 2016 ? ? ? A . A 1 2017 ARG 2017 ? ? ? A . A 1 2018 ALA 2018 ? ? ? A . A 1 2019 LEU 2019 ? ? ? A . A 1 2020 LEU 2020 ? ? ? A . A 1 2021 ALA 2021 ? ? ? A . A 1 2022 LEU 2022 ? ? ? A . A 1 2023 ALA 2023 ? ? ? A . A 1 2024 LYS 2024 ? ? ? A . A 1 2025 VAL 2025 ? ? ? A . A 1 2026 ASP 2026 ? ? ? A . A 1 2027 GLU 2027 ? ? ? A . A 1 2028 ASN 2028 ? ? ? A . A 1 2029 HIS 2029 ? ? ? A . A 1 2030 SER 2030 ? ? ? A . A 1 2031 GLU 2031 ? ? ? A . A 1 2032 PHE 2032 ? ? ? A . A 1 2033 THR 2033 ? ? ? A . A 1 2034 LEU 2034 ? ? ? A . A 1 2035 TYR 2035 ? ? ? A . A 1 2036 GLU 2036 ? ? ? A . A 1 2037 SER 2037 ? ? ? A . A 1 2038 ARG 2038 ? ? ? A . A 1 2039 LEU 2039 ? ? ? A . A 1 2040 LEU 2040 ? ? ? A . A 1 2041 ASP 2041 ? ? ? A . A 1 2042 ILE 2042 ? ? ? A . A 1 2043 SER 2043 ? ? ? A . A 1 2044 VAL 2044 ? ? ? A . A 1 2045 SER 2045 ? ? ? A . A 1 2046 PRO 2046 ? ? ? A . A 1 2047 LEU 2047 ? ? ? A . A 1 2048 MET 2048 ? ? ? A . A 1 2049 ASN 2049 ? ? ? A . A 1 2050 SER 2050 ? ? ? A . A 1 2051 LEU 2051 ? ? ? A . A 1 2052 VAL 2052 ? ? ? A . A 1 2053 SER 2053 ? ? ? A . A 1 2054 GLN 2054 ? ? ? A . A 1 2055 VAL 2055 ? ? ? A . A 1 2056 ILE 2056 ? ? ? A . A 1 2057 CYS 2057 ? ? ? A . A 1 2058 ASP 2058 ? ? ? A . A 1 2059 VAL 2059 ? ? ? A . A 1 2060 LEU 2060 ? ? ? A . A 1 2061 PHE 2061 ? ? ? A . A 1 2062 LEU 2062 ? ? ? A . A 1 2063 ILE 2063 ? ? ? A . A 1 2064 GLY 2064 ? ? ? A . A 1 2065 GLN 2065 ? ? ? A . A 1 2066 SER 2066 ? ? ? A . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'AT-rich interactive domain-containing protein 1B {PDB ID=2eh9, label_asym_id=A, auth_asym_id=A, SMTL ID=2eh9.1.A}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 2eh9, label_asym_id=A' 'target-template alignment' . 4 'model 2' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2025-01-01 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-12-27 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A A 1 1 A # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;GSSGSSGEKITKVYELGNEPERKLWVDRYLTFMEERGSPVSSLPAVGKKPLDLFRLYVCVKEIGGLAQVN KNKKWRELATNLNVGTSSSAASSLKKQYIQYLFAFECKIERGEEPPPEVFSTGDT ; ;GSSGSSGEKITKVYELGNEPERKLWVDRYLTFMEERGSPVSSLPAVGKKPLDLFRLYVCVKEIGGLAQVN KNKKWRELATNLNVGTSSSAASSLKKQYIQYLFAFECKIERGEEPPPEVFSTGDT ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 7 123 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 2eh9 2024-10-30 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 2066 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 2066 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 2.7e-22 78.632 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MAAQVAPAAASSLGNPPPPPSELKKAEQQQREEAGGEAAAAAAERGEMKAAAGQESEGPAVGPPQPLGKELQDGAESNGGGGGGGAGSGGGPGAEPDLKNSNGNAGPRPALNNNLPEPPGGGGGGGSSSSDGVGAPPHSAAAALPPPAYGFGQAYGRSPSAVAAAAAAVFHQQHGGQQSPGLAALQSGGGGGLEPYAGPQQNSHDHGFPNHQYNSYYPNRSAYPPPPQAYALSSPRGGTPGSGAAAAAGSKPPPSSSASASSSSSSFAQQRFGAMGGGGPSAAGGGTPQPTATPTLNQLLTSPSSARGYQGYPGGDYGGGPQDGGAGKGPADMASQCWGAAAAAAAAAAAVSGGAQQRSHHAPMSPGSSGGGGQPLARTPQSSSPMDQMGKMRPQPYGGTNPYSQQQGPPSGPQQGHGYPGQPYGSQTPQRYPMTMQGRAQSAMGSLSYAQQIPPYGQQGPSAYGQQGQTPYYNQQSPHPQQQPPYAQQPPSQTPHAQPSYQQQPQTQQPQLQSSQPPYSQQPSQPPHQQSPTPYPSQQSTTQQHPQSQPPYSQPQAQSPYQQQQPQQPASSSLSQQAAYPQPQPQQSQQTAYSQQRFPPPQELSQDSFGSQASSAPSMTSSKGGQEDMNLSLQSRPSSLPDLSGSIDDLPMGTEGALSPGVSTSGISSSQGEQSNPAQSPFSPHTSPHLPGIRGPSPSPVGSPASVAQSRSGPLSPAAVPGNQMPPRPPSGQSDSIMHPSMNQSSIAQDRGYMQRNPQMPQYTSPQPGSALSPRQPSGGQMHSGVGSYQQNSMGSYGPQGSQYGPQGGYPRQPNYNALPNANYPNAGMAGSMNPMGAGGQMHGQPGIPPYGTLPPGRMAHASMGNRPYGPNMANMPPQVGSGMCPPPGGMNRKTQESAVAMHVAANSIQNRPPGYPNMNQGGMMGTGPPYGQGINSMAGMINPQGPPYPMGGTMANNSAGMAASPEMMGLGDVKLTPATKMNNKADGTPKTESKSKKSSSSTTTNEKITKLYELGGEPERKMWVDRYLAFTEEKAMGMTNLPAVGRKPLDLYRLYVSVKEIGGLTQVNKNKKWRELATNLNVGTSSSAASSLKKQYIQCLYAFECKIERGEDPPPDIFAAADSKKSQPKIQPPSPAGSGSMQGPQTPQSTSSSMAEGGDLKPPTPASTPHSQIPPLPGMSRSNSVGIQDAFPDGSDPTFQKRNSMTPNPGYQPSMNTSDMMGRMSYEPNKDPYGSMRKAPGSDPFMSSGQGPNGGMGDPYSRAAGPGLGSVAMGPRQHYPYGGPYDRVRTEPGIGPEGNMGTGAPQPNLMPSTPDSGMYSPSRYPPQQQQQQQQQHDSYGNQFSTQGTPSSSPFPSQQTTMYQQQPQVSSPAPLPRPMENRTSPSKSPFLHSGMKMQKAGPPVPASHIAPTPVQPPMIRRDITFPPGSVEATQPVLKQRRRLTMKDIGTPEAWRVMMSLKSGLLAESTWALDTINILLYDDNSIMTFNLSQLPGLLELLVEYFRRCLIEIFGILKEYEVGDPGQRTLLDPGRFTKVYSPAHTEEEEEEHLDPKLEEEEEEGVGNDEEMAFLGKDKPSSENNEEKLVSKFDKLPVKIVQRNDPFVVDCSDKLGRVQEFDSGLLHWRIGGGDTTEHIQTHFESKIELLPSRPYVPCPTPPRKHLTTVEGTPGTTEQEGPPPDGLPEKRITATMDDMLSTRSSTLTDEGAKSAEATKESSKFPFGISPAQSHRNIKILEDEPHSKDETPLCTLLDWQDSLAKRCVCVSNTIRSLSFVPGNDFEMSKHPGLLLILGKLILLHHKHPERKQAPLTYEKEEEQDQGVSCDKVEWWWDCLEMLRENTLVTLANISGQLDLSPYPESICLPVLDGLLHWAVCPSAEAQDPFSTLGPNAVLSPQRLVLETLSKLSIQDNNVDLILATPPFSRLEKLYSTMVRFLSDRKNPVCREMAVVLLANLAQGDSLAARAIAVQKGSIGNLLGFLEDSLAATQFQQSQASLLHMQNPPFEPTSVDMMRRAARALLALAKVDENHSEFTLYESRLLDISVSPLMNSLVSQVICDVLFLIGQS 2 1 2 ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GEKITKVYELGNEPERKLWVDRYLTFMEERGSPVSSLPAVGKKPLDLFRLYVCVKEIGGLAQVNKNKKWRELATNLNVGTSSSAASSLKKQYIQYLFAFECKIERGEEPPPEVFSTG-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 2eh9.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 2' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . 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A 38.647 9.572 11.433 1 1 A THR 0.740 1 ATOM 221 C CB . THR 1032 1032 ? A 39.104 9.053 14.621 1 1 A THR 0.740 1 ATOM 222 O OG1 . THR 1032 1032 ? A 39.839 7.877 14.901 1 1 A THR 0.740 1 ATOM 223 C CG2 . THR 1032 1032 ? A 38.517 9.539 15.948 1 1 A THR 0.740 1 ATOM 224 N N . GLU 1033 1033 ? A 38.918 7.375 11.871 1 1 A GLU 0.670 1 ATOM 225 C CA . GLU 1033 1033 ? A 39.276 6.967 10.519 1 1 A GLU 0.670 1 ATOM 226 C C . GLU 1033 1033 ? A 38.191 7.231 9.486 1 1 A GLU 0.670 1 ATOM 227 O O . GLU 1033 1033 ? A 38.460 7.838 8.449 1 1 A GLU 0.670 1 ATOM 228 C CB . GLU 1033 1033 ? A 39.615 5.457 10.470 1 1 A GLU 0.670 1 ATOM 229 C CG . GLU 1033 1033 ? A 41.100 5.159 10.758 1 1 A GLU 0.670 1 ATOM 230 C CD . GLU 1033 1033 ? A 41.389 3.676 10.556 1 1 A GLU 0.670 1 ATOM 231 O OE1 . GLU 1033 1033 ? A 41.116 2.882 11.491 1 1 A GLU 0.670 1 ATOM 232 O OE2 . GLU 1033 1033 ? A 41.885 3.333 9.451 1 1 A GLU 0.670 1 ATOM 233 N N . GLU 1034 1034 ? A 36.925 6.854 9.785 1 1 A GLU 0.680 1 ATOM 234 C CA . GLU 1034 1034 ? A 35.754 7.051 8.940 1 1 A GLU 0.680 1 ATOM 235 C C . GLU 1034 1034 ? A 35.531 8.522 8.575 1 1 A GLU 0.680 1 ATOM 236 O O . GLU 1034 1034 ? A 35.211 8.861 7.439 1 1 A GLU 0.680 1 ATOM 237 C CB . GLU 1034 1034 ? A 34.472 6.475 9.623 1 1 A GLU 0.680 1 ATOM 238 C CG . GLU 1034 1034 ? A 33.141 6.964 8.978 1 1 A GLU 0.680 1 ATOM 239 C CD . GLU 1034 1034 ? A 31.839 6.410 9.556 1 1 A GLU 0.680 1 ATOM 240 O OE1 . GLU 1034 1034 ? A 31.693 6.417 10.801 1 1 A GLU 0.680 1 ATOM 241 O OE2 . GLU 1034 1034 ? A 30.921 6.143 8.737 1 1 A GLU 0.680 1 ATOM 242 N N . LYS 1035 1035 ? A 35.733 9.455 9.532 1 1 A LYS 0.650 1 ATOM 243 C CA . LYS 1035 1035 ? A 35.491 10.880 9.305 1 1 A LYS 0.650 1 ATOM 244 C C . LYS 1035 1035 ? A 36.701 11.660 8.823 1 1 A LYS 0.650 1 ATOM 245 O O . LYS 1035 1035 ? A 36.648 12.903 8.777 1 1 A LYS 0.650 1 ATOM 246 C CB . LYS 1035 1035 ? A 35.002 11.567 10.604 1 1 A LYS 0.650 1 ATOM 247 C CG . LYS 1035 1035 ? A 33.668 11.035 11.124 1 1 A LYS 0.650 1 ATOM 248 C CD . LYS 1035 1035 ? A 32.561 11.243 10.091 1 1 A LYS 0.650 1 ATOM 249 C CE . LYS 1035 1035 ? A 31.215 10.830 10.636 1 1 A LYS 0.650 1 ATOM 250 N NZ . LYS 1035 1035 ? A 30.233 11.046 9.566 1 1 A LYS 0.650 1 ATOM 251 N N . ALA 1036 1036 ? A 37.788 10.981 8.456 1 1 A ALA 0.580 1 ATOM 252 C CA . ALA 1036 1036 ? A 38.983 11.500 7.815 1 1 A ALA 0.580 1 ATOM 253 C C . ALA 1036 1036 ? A 40.051 12.024 8.783 1 1 A ALA 0.580 1 ATOM 254 O O . ALA 1036 1036 ? A 41.009 12.669 8.368 1 1 A ALA 0.580 1 ATOM 255 C CB . ALA 1036 1036 ? A 38.716 12.546 6.694 1 1 A ALA 0.580 1 ATOM 256 N N . MET 1037 1037 ? A 39.967 11.717 10.095 1 1 A MET 0.580 1 ATOM 257 C CA . MET 1037 1037 ? A 40.847 12.299 11.094 1 1 A MET 0.580 1 ATOM 258 C C . MET 1037 1037 ? A 41.358 11.211 12.007 1 1 A MET 0.580 1 ATOM 259 O O . MET 1037 1037 ? A 41.193 11.264 13.220 1 1 A MET 0.580 1 ATOM 260 C CB . MET 1037 1037 ? A 40.148 13.382 11.958 1 1 A MET 0.580 1 ATOM 261 C CG . MET 1037 1037 ? A 39.707 14.619 11.153 1 1 A MET 0.580 1 ATOM 262 S SD . MET 1037 1037 ? A 38.976 15.946 12.167 1 1 A MET 0.580 1 ATOM 263 C CE . MET 1037 1037 ? A 40.490 16.433 13.050 1 1 A MET 0.580 1 ATOM 264 N N . GLY 1038 1038 ? A 41.992 10.170 11.424 1 1 A GLY 0.640 1 ATOM 265 C CA . GLY 1038 1038 ? A 42.617 9.072 12.162 1 1 A GLY 0.640 1 ATOM 266 C C . GLY 1038 1038 ? A 43.569 9.474 13.268 1 1 A GLY 0.640 1 ATOM 267 O O . GLY 1038 1038 ? A 44.403 10.365 13.110 1 1 A GLY 0.640 1 ATOM 268 N N . MET 1039 1039 ? A 43.511 8.782 14.416 1 1 A MET 0.650 1 ATOM 269 C CA . MET 1039 1039 ? A 44.297 9.133 15.581 1 1 A MET 0.650 1 ATOM 270 C C . MET 1039 1039 ? A 45.421 8.136 15.717 1 1 A MET 0.650 1 ATOM 271 O O . MET 1039 1039 ? A 45.185 6.969 16.021 1 1 A MET 0.650 1 ATOM 272 C CB . MET 1039 1039 ? A 43.442 9.087 16.877 1 1 A MET 0.650 1 ATOM 273 C CG . MET 1039 1039 ? A 42.261 10.078 16.878 1 1 A MET 0.650 1 ATOM 274 S SD . MET 1039 1039 ? A 42.732 11.829 16.755 1 1 A MET 0.650 1 ATOM 275 C CE . MET 1039 1039 ? A 43.498 11.983 18.392 1 1 A MET 0.650 1 ATOM 276 N N . THR 1040 1040 ? A 46.677 8.555 15.480 1 1 A THR 0.650 1 ATOM 277 C CA . THR 1040 1040 ? A 47.827 7.658 15.497 1 1 A THR 0.650 1 ATOM 278 C C . THR 1040 1040 ? A 48.646 7.796 16.764 1 1 A THR 0.650 1 ATOM 279 O O . THR 1040 1040 ? A 49.245 6.837 17.250 1 1 A THR 0.650 1 ATOM 280 C CB . THR 1040 1040 ? A 48.760 7.939 14.327 1 1 A THR 0.650 1 ATOM 281 O OG1 . THR 1040 1040 ? A 49.135 9.309 14.260 1 1 A THR 0.650 1 ATOM 282 C CG2 . THR 1040 1040 ? A 48.013 7.643 13.022 1 1 A THR 0.650 1 ATOM 283 N N . ASN 1041 1041 ? A 48.633 8.999 17.369 1 1 A ASN 0.660 1 ATOM 284 C CA . ASN 1041 1041 ? A 49.363 9.326 18.573 1 1 A ASN 0.660 1 ATOM 285 C C . ASN 1041 1041 ? A 48.380 9.452 19.708 1 1 A ASN 0.660 1 ATOM 286 O O . ASN 1041 1041 ? A 47.259 9.934 19.533 1 1 A ASN 0.660 1 ATOM 287 C CB . ASN 1041 1041 ? A 50.132 10.669 18.458 1 1 A ASN 0.660 1 ATOM 288 C CG . ASN 1041 1041 ? 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'pLDDT all-atom in [0,1]' local . 5 2 QMEANDisCo 'Predicted accuracy according to all-atom lDDT in [0,1].' 'pLDDT all-atom in [0,1]' global . 5 3 GMQE 'Global Model Quality Estimate of the model accuracy, calculated by SWISS-MODEL.' 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It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. 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All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #