data_SMR-56ab7aa07363d148dc25138a06f89586_2
_entry.id SMR-56ab7aa07363d148dc25138a06f89586_2
_struct.entry_id SMR-56ab7aa07363d148dc25138a06f89586_2
_struct.pdbx_model_details
;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries:

  - Q5SWW4/ MED13_MOUSE, Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 13

Estimated model accuracy of this model is 0.356, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE).
;
_struct.pdbx_structure_determination_methodology computational
_struct.title 'Model for UniProtKB entries Q5SWW4'
_audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic
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_citation.title
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_citation.year
_citation.pdbx_database_id_PubMed
_citation.pdbx_database_id_DOI
primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality'
'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132
2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes'
'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427
3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1)
1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667
4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation'
Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828
5
'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology'
'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579
10.1107/S0907444913007051
6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500
10.1186/1471-2105-10-421
7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation'
'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7
#
#
loop_
_citation_author.citation_id
_citation_author.name
_citation_author.ordinal
primary 'Bienert, S.' 1
primary 'Waterhouse, A.' 2
primary 'de Beer, T.A.P.' 3
primary 'Tauriello, G.' 4
primary 'Studer, G.' 5
primary 'Bordoli, L.' 6
primary 'Schwede, T.' 7
2 'Waterhouse, A.' 8
2 'Bertoni, M.' 9
2 'Bienert, S.' 10
2 'Studer, G.' 11
2 'Tauriello, G.' 12
2 'Gumienny, R.' 13
2 'Heer, F.T.' 14
2 'de Beer, T.A.P.' 15
2 'Rempfer, C.' 16
2 'Bordoli, L.' 17
2 'Lepore, R.' 18
2 'Schwede, T.' 19
3 'Studer, G.' 20
3 'Tauriello, G.' 21
3 'Bienert, S.' 22
3 'Biasini, M.' 23
3 'Johner, N.' 24
3 'Schwede, T.' 25
4 'Studer, G.' 26
4 'Rempfer, C.' 27
4 'Waterhouse, A.M.' 28
4 'Gumienny, R.' 29
4 'Haas, J.' 30
4 'Schwede, T.' 31
5 'Biasini, M.' 32
5 'Schmidt, T.' 33
5 'Bienert, S.' 34
5 'Mariani, V.' 35
5 'Studer, G.' 36
5 'Haas, J.' 37
5 'Johner, N.' 38
5 'Schenk, A.D.' 39
5 'Philippsen, A.' 40
5 'Schwede, T.' 41
6 'Camacho, C.' 42
6 'Coulouris, G.' 43
6 'Avagyan, V.' 44
6 'Ma, N.' 45
6 'Papadopoulos, J.' 46
6 'Bealer, K.' 47
6 'Madden, T.L.' 48
7 'Steinegger, M.' 49
7 'Meier, M.' 50
7 'Mirdita, M.' 51
7 'Vohringer, H.' 52
7 'Haunsberger, S.J.' 53
7 'Soding, J.' 54
#
#
loop_
_software.pdbx_ordinal
_software.name
_software.classification
_software.description
_software.version
_software.type
_software.location
_software.citation_id
1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3
package https://swissmodel.expasy.org 2
2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library
https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3
3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1
library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4
4 OpenStructure 'data processing'
'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package
https://openstructure.org/ 5
5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6
6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0
package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7
#
#
loop_
_ma_software_group.ordinal_id
_ma_software_group.group_id
_ma_software_group.software_id
_ma_software_group.parameter_group_id
1 1 6 .
2 2 1 .
3 2 4 .
4 2 5 .
5 2 6 .
6 3 1 .
7 3 4 .
8 4 1 .
9 4 2 .
10 4 4 .
11 5 3 .
12 6 1 .
13 6 3 .
14 6 4 .
#
#
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_audit_author.name
_audit_author.pdbx_ordinal
'Bienert, S.' 1
'Waterhouse, A.' 2
'de Beer, T.A.P.' 3
'Tauriello, G.' 4
'Studer, G.' 5
'Bordoli, L.' 6
'Schwede, T.' 7
#
#
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_chem_comp.id
_chem_comp.type
_chem_comp.name
_chem_comp.formula
_chem_comp.formula_weight
_chem_comp.ma_provenance
ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core'
ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core'
ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core'
ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core'
CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core'
GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core'
GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core'
GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core'
HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core'
ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core'
LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core'
LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core'
MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core'
PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core'
PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core'
SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core'
THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core'
TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core'
TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core'
VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core'
#
#
loop_
_entity.id
_entity.type
_entity.src_method
_entity.pdbx_description
_entity.formula_weight
_entity.pdbx_number_of_molecules
_entity.details
1 polymer man . 277927.037 1 .
#
#
loop_
_struct_ref.id
_struct_ref.entity_id
_struct_ref.db_name
_struct_ref.db_code
_struct_ref.pdbx_db_accession
_struct_ref.pdbx_align_begin
_struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code
_struct_ref.details
1 1 UNP MED13_MOUSE Q5SWW4 1
;MSSSFVSNGASLEDCHCNLFCLADLTGIKWKRYVWQGPTSAPILFPVTEEDPILSSFSRCLKADVLGVWR
RDQRPGRRELWIFWWGKDPNFADLIHHDLSEEEDGVWENGLSYECRTLLFKAVHNLLERCLMNRNFVRIG
KWFVKPYEKDEKPINKSEHLSCSFTFFLHGDSNVCTSVEINQHQPVYLLSEEHVTLAQQSNSPFQVILSP
FGLNGTLTGQAFKMSDSATKKLIGEWKQFYPISCGLKEMSEEKQDDMDWEDDSLAAVEVLVAGVRMIYPA
CFVLVPQSDIPAPSSVGASHCSASCLGIHQVPASTRDPAMSSVTLTPPTSPEEVQTVDPQSAQKWVKFSS
VSDGFSTDSTSHHGGKIPRKLANHVVDRVWQECNMNRLQNKRKYSATSSGLCEEETADKIGCWDFVEATQ
RTSCSCLRHKSLKTRNTGQQGQAPSLGQQQQVLPKHKTNEKQDKSEKPQKRPLTPFHHRVSVSDEIGMDT
DSASQRLVISAADSQVRFSNIRTNDVAKTPQMHGTELANSPQPPPLSPHPCDVVDEGVTKTPSTPQSQHF
YQMPTPDPLVPTKPMEDRIDSLSQSFPPPFQEAVEPTVYVGTAVSLEEDEANVAWKYYKVPKKKDVEFLP
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VGCSMFAPLKTLPSHCLPPIKLPEECVYRQSWTVGKLDLLPSGPSMPFIKEGDGSNLDQDYGPAYTPQTH
ASFGMPPSSAPPSNGGAGILPSPSTPRFPTPRTPRTPRTPRGAGGPASAQGSVKYENSDLYSPASTPSTC
RPLNSVEPATVPSIPEAHSLYVNLILSESVMNLFKDCNFDSCCICVCNMNIKGADVGVYIPDPTQEAQYR
CTCGFSAVMNRKFGNNSGLFLEDELDIIGRNTDCGKEAEKRFEALRASSVENVNGGLKESEKVPDELILL
LQDQCTNLFSPFGAADQDPFPKVGISSNWVRVEERDCCSDCCLALEHGRQFMDNMSGGKVDEALVRSSCL
HPWAKQNDASVQCSQDILRMLLSLQPVLQDAIQKKRTVRPWGVQGPLTWQQFHKMAGRGSYGTDESPEPL
PIPTFLLGYDYDFLVLSPFALPYWEKLMLEPYGSQRDIAYVVLCPENEALLNGARSFFRDLTAIYESCRL
GQHRPISRLLTDGIMKVGATASKKLSEKFVTEWFSQAADGNNEAFSKLKLYAQVCRYDLGPYLASQPLDS
SLLSQPNLVAPPNQSLVTAPQMTNTGNANAPSATLASAASSTMTMTSGVPISTSVATANSTLTTTSSSSS
SSLSSGVSSNKLPSFPPFGSMNTSGTGSMSAQASTVQSGQLGGQQSSSLQAAGISGESASLPTQPHPDVS
ESTMDRDKVGIPTDGDSHAITYPPAIVVYIIDPFTYENKDESTNSSNVWTLGLLRCFLEMVQTLPPHIKS
TVSVQIVPCQYLLQPVKHDDRQIYSQHLKSLAFSVFTQCRRPLPTSTNVKTLTGFGPGLAMETALKSPDR
PECIRLYTPPFILAPVKDKQTELGETFGEAGQKYNVLFVGYCLSHDQRWILASCTDLYGELLETCIINID
VPNRARRKKGSARRFGLQKLWEWCLGLVQMSSLPWRVVIGRLGRIGHGELKDWSCLLSRRNLQSLSKRLK
DMCRMCGISAADSPSILSACLVAMEPQGSFVIMPDSVSTGSVFGRSTTLNMQTPQLNTPQDTSCTHILVF
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L
;
'Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 13'
#
#
loop_
_struct_ref_seq.align_id
_struct_ref_seq.ref_id
_struct_ref_seq.seq_align_beg
_struct_ref_seq.seq_align_end
_struct_ref_seq.db_align_beg
_struct_ref_seq.db_align_end
1 1 1 2171 1 2171
#
#
loop_
_ma_target_ref_db_details.target_entity_id
_ma_target_ref_db_details.db_name
_ma_target_ref_db_details.db_name_other_details
_ma_target_ref_db_details.db_code
_ma_target_ref_db_details.db_accession
_ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform
_ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin
_ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end
_ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id
_ma_target_ref_db_details.organism_scientific
_ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date
_ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum
1 UNP . MED13_MOUSE Q5SWW4 . 1 2171 10090 'Mus musculus (Mouse)' 2004-12-21
FD54462F5DC387B9
#
#
loop_
_entity_poly.entity_id
_entity_poly.type
_entity_poly.nstd_linkage
_entity_poly.nstd_monomer
_entity_poly.pdbx_strand_id
_entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code
_entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can
1 polypeptide(L) no no Z
;MSSSFVSNGASLEDCHCNLFCLADLTGIKWKRYVWQGPTSAPILFPVTEEDPILSSFSRCLKADVLGVWR
RDQRPGRRELWIFWWGKDPNFADLIHHDLSEEEDGVWENGLSYECRTLLFKAVHNLLERCLMNRNFVRIG
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L
;

;MSSSFVSNGASLEDCHCNLFCLADLTGIKWKRYVWQGPTSAPILFPVTEEDPILSSFSRCLKADVLGVWR
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L
;

#
#
loop_
_entity_poly_seq.entity_id
_entity_poly_seq.num
_entity_poly_seq.mon_id
_entity_poly_seq.hetero
1 1 MET .
1 2 SER .
1 3 SER .
1 4 SER .
1 5 PHE .
1 6 VAL .
1 7 SER .
1 8 ASN .
1 9 GLY .
1 10 ALA .
1 11 SER .
1 12 LEU .
1 13 GLU .
1 14 ASP .
1 15 CYS .
1 16 HIS .
1 17 CYS .
1 18 ASN .
1 19 LEU .
1 20 PHE .
1 21 CYS .
1 22 LEU .
1 23 ALA .
1 24 ASP .
1 25 LEU .
1 26 THR .
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1 29 LYS .
1 30 TRP .
1 31 LYS .
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1 34 VAL .
1 35 TRP .
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1 37 GLY .
1 38 PRO .
1 39 THR .
1 40 SER .
1 41 ALA .
1 42 PRO .
1 43 ILE .
1 44 LEU .
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1 46 PRO .
1 47 VAL .
1 48 THR .
1 49 GLU .
1 50 GLU .
1 51 ASP .
1 52 PRO .
1 53 ILE .
1 54 LEU .
1 55 SER .
1 56 SER .
1 57 PHE .
1 58 SER .
1 59 ARG .
1 60 CYS .
1 61 LEU .
1 62 LYS .
1 63 ALA .
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1 66 LEU .
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1 68 VAL .
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1 71 ARG .
1 72 ASP .
1 73 GLN .
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#
#
loop_
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A 1 923 PRO 923 ? ? ? Z .
A 1 924 SER 924 ? ? ? Z .
A 1 925 HIS 925 ? ? ? Z .
A 1 926 CYS 926 ? ? ? Z .
A 1 927 LEU 927 ? ? ? Z .
A 1 928 PRO 928 ? ? ? Z .
A 1 929 PRO 929 ? ? ? Z .
A 1 930 ILE 930 ? ? ? Z .
A 1 931 LYS 931 ? ? ? Z .
A 1 932 LEU 932 ? ? ? Z .
A 1 933 PRO 933 ? ? ? Z .
A 1 934 GLU 934 ? ? ? Z .
A 1 935 GLU 935 ? ? ? Z .
A 1 936 CYS 936 ? ? ? Z .
A 1 937 VAL 937 ? ? ? Z .
A 1 938 TYR 938 ? ? ? Z .
A 1 939 ARG 939 ? ? ? Z .
A 1 940 GLN 940 ? ? ? Z .
A 1 941 SER 941 ? ? ? Z .
A 1 942 TRP 942 ? ? ? Z .
A 1 943 THR 943 ? ? ? Z .
A 1 944 VAL 944 ? ? ? Z .
A 1 945 GLY 945 ? ? ? Z .
A 1 946 LYS 946 ? ? ? Z .
A 1 947 LEU 947 ? ? ? Z .
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A 1 949 LEU 949 ? ? ? Z .
A 1 950 LEU 950 ? ? ? Z .
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A 1 953 GLY 953 ? ? ? Z .
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A 1 975 TYR 975 ? ? ? Z .
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A 1 998 GLY 998 ? ? ? Z .
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A 1 1305 GLY 1305 ? ? ? Z .
A 1 1306 PRO 1306 ? ? ? Z .
A 1 1307 LEU 1307 ? ? ? Z .
A 1 1308 THR 1308 ? ? ? Z .
A 1 1309 TRP 1309 ? ? ? Z .
A 1 1310 GLN 1310 ? ? ? Z .
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A 1 1312 PHE 1312 ? ? ? Z .
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A 1 1687 VAL 1687 ? ? ? Z .
A 1 1688 PRO 1688 ? ? ? Z .
A 1 1689 CYS 1689 ? ? ? Z .
A 1 1690 GLN 1690 ? ? ? Z .
A 1 1691 TYR 1691 ? ? ? Z .
A 1 1692 LEU 1692 ? ? ? Z .
A 1 1693 LEU 1693 ? ? ? Z .
A 1 1694 GLN 1694 ? ? ? Z .
A 1 1695 PRO 1695 ? ? ? Z .
A 1 1696 VAL 1696 ? ? ? Z .
A 1 1697 LYS 1697 ? ? ? Z .
A 1 1698 HIS 1698 ? ? ? Z .
A 1 1699 ASP 1699 ? ? ? Z .
A 1 1700 ASP 1700 ? ? ? Z .
A 1 1701 ARG 1701 ? ? ? Z .
A 1 1702 GLN 1702 ? ? ? Z .
A 1 1703 ILE 1703 ? ? ? Z .
A 1 1704 TYR 1704 ? ? ? Z .
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A 1 1706 GLN 1706 ? ? ? Z .
A 1 1707 HIS 1707 ? ? ? Z .
A 1 1708 LEU 1708 ? ? ? Z .
A 1 1709 LYS 1709 ? ? ? Z .
A 1 1710 SER 1710 ? ? ? Z .
A 1 1711 LEU 1711 ? ? ? Z .
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A 1 1719 CYS 1719 ? ? ? Z .
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A 1 1721 ARG 1721 ? ? ? Z .
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A 1 1742 GLU 1742 ? ? ? Z .
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A 1 1747 SER 1747 ? ? ? Z .
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A 1 1750 ARG 1750 ? ? ? Z .
A 1 1751 PRO 1751 ? ? ? Z .
A 1 1752 GLU 1752 ? ? ? Z .
A 1 1753 CYS 1753 ? ? ? Z .
A 1 1754 ILE 1754 ? ? ? Z .
A 1 1755 ARG 1755 ? ? ? Z .
A 1 1756 LEU 1756 ? ? ? Z .
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A 1 1760 PRO 1760 ? ? ? Z .
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A 1 1762 ILE 1762 ? ? ? Z .
A 1 1763 LEU 1763 ? ? ? Z .
A 1 1764 ALA 1764 ? ? ? Z .
A 1 1765 PRO 1765 ? ? ? Z .
A 1 1766 VAL 1766 ? ? ? Z .
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A 1 1777 PHE 1777 ? ? ? Z .
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A 1 1779 GLU 1779 ? ? ? Z .
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A 1 1795 HIS 1795 ? ? ? Z .
A 1 1796 ASP 1796 ? ? ? Z .
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A 1 1800 ILE 1800 ? ? ? Z .
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A 1 1819 ILE 1819 ? ? ? Z .
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A 1 1853 LEU 1853 ? ? ? Z .
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A 1 1922 ILE 1922 ? ? ? Z .
A 1 1923 MET 1923 ? ? ? Z .
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A 1 1926 SER 1926 ? ? ? Z .
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A 1 1936 SER 1936 ? ? ? Z .
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A 1 1972 THR 1972 ? ? ? Z .
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A 1 2000 THR 2000 ? ? ? Z .
A 1 2001 GLY 2001 ? ? ? Z .
A 1 2002 ASP 2002 ? ? ? Z .
A 1 2003 ASP 2003 ? ? ? Z .
A 1 2004 LEU 2004 ? ? ? Z .
A 1 2005 ASP 2005 ? ? ? Z .
A 1 2006 PRO 2006 ? ? ? Z .
A 1 2007 ASP 2007 ? ? ? Z .
A 1 2008 ILE 2008 ? ? ? Z .
A 1 2009 ILE 2009 ? ? ? Z .
A 1 2010 ASN 2010 ? ? ? Z .
A 1 2011 ILE 2011 ? ? ? Z .
A 1 2012 LEU 2012 ? ? ? Z .
A 1 2013 PRO 2013 ? ? ? Z .
A 1 2014 ALA 2014 ? ? ? Z .
A 1 2015 SER 2015 ? ? ? Z .
A 1 2016 PRO 2016 ? ? ? Z .
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A 1 2019 SER 2019 ? ? ? Z .
A 1 2020 PRO 2020 ? ? ? Z .
A 1 2021 VAL 2021 ? ? ? Z .
A 1 2022 HIS 2022 ? ? ? Z .
A 1 2023 SER 2023 ? ? ? Z .
A 1 2024 PRO 2024 ? ? ? Z .
A 1 2025 GLY 2025 ? ? ? Z .
A 1 2026 SER 2026 ? ? ? Z .
A 1 2027 HIS 2027 ? ? ? Z .
A 1 2028 TYR 2028 ? ? ? Z .
A 1 2029 PRO 2029 ? ? ? Z .
A 1 2030 HIS 2030 ? ? ? Z .
A 1 2031 GLY 2031 ? ? ? Z .
A 1 2032 GLY 2032 ? ? ? Z .
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A 1 2066 VAL 2066 ? ? ? Z .
A 1 2067 SER 2067 ? ? ? Z .
A 1 2068 THR 2068 ? ? ? Z .
A 1 2069 ALA 2069 ? ? ? Z .
A 1 2070 LYS 2070 ? ? ? Z .
A 1 2071 ALA 2071 ? ? ? Z .
A 1 2072 GLY 2072 ? ? ? Z .
A 1 2073 PRO 2073 ? ? ? Z .
A 1 2074 LEU 2074 ? ? ? Z .
A 1 2075 PRO 2075 ? ? ? Z .
A 1 2076 ASP 2076 ? ? ? Z .
A 1 2077 TRP 2077 ? ? ? Z .
A 1 2078 PHE 2078 ? ? ? Z .
A 1 2079 TRP 2079 ? ? ? Z .
A 1 2080 SER 2080 ? ? ? Z .
A 1 2081 ALA 2081 ? ? ? Z .
A 1 2082 CYS 2082 ? ? ? Z .
A 1 2083 PRO 2083 ? ? ? Z .
A 1 2084 GLN 2084 ? ? ? Z .
A 1 2085 ALA 2085 ? ? ? Z .
A 1 2086 GLN 2086 ? ? ? Z .
A 1 2087 TYR 2087 ? ? ? Z .
A 1 2088 GLN 2088 ? ? ? Z .
A 1 2089 CYS 2089 ? ? ? Z .
A 1 2090 PRO 2090 ? ? ? Z .
A 1 2091 LEU 2091 ? ? ? Z .
A 1 2092 PHE 2092 ? ? ? Z .
A 1 2093 LEU 2093 ? ? ? Z .
A 1 2094 LYS 2094 ? ? ? Z .
A 1 2095 ALA 2095 ? ? ? Z .
A 1 2096 SER 2096 ? ? ? Z .
A 1 2097 LEU 2097 ? ? ? Z .
A 1 2098 HIS 2098 ? ? ? Z .
A 1 2099 LEU 2099 ? ? ? Z .
A 1 2100 HIS 2100 ? ? ? Z .
A 1 2101 VAL 2101 ? ? ? Z .
A 1 2102 PRO 2102 ? ? ? Z .
A 1 2103 SER 2103 ? ? ? Z .
A 1 2104 VAL 2104 ? ? ? Z .
A 1 2105 GLN 2105 ? ? ? Z .
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A 1 2107 ASP 2107 ? ? ? Z .
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A 1 2110 LEU 2110 ? ? ? Z .
A 1 2111 HIS 2111 ? ? ? Z .
A 1 2112 SER 2112 ? ? ? Z .
A 1 2113 LYS 2113 ? ? ? Z .
A 1 2114 HIS 2114 ? ? ? Z .
A 1 2115 SER 2115 ? ? ? Z .
A 1 2116 HIS 2116 ? ? ? Z .
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A 1 2118 LEU 2118 ? ? ? Z .
A 1 2119 ASP 2119 ? ? ? Z .
A 1 2120 SER 2120 ? ? ? Z .
A 1 2121 ASN 2121 ? ? ? Z .
A 1 2122 GLN 2122 ? ? ? Z .
A 1 2123 THR 2123 ? ? ? Z .
A 1 2124 SER 2124 ? ? ? Z .
A 1 2125 ASP 2125 ? ? ? Z .
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A 1 2131 LEU 2131 ? ? ? Z .
A 1 2132 GLU 2132 ? ? ? Z .
A 1 2133 GLN 2133 ? ? ? Z .
A 1 2134 TYR 2134 ? ? ? Z .
A 1 2135 ASN 2135 ? ? ? Z .
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A 1 2141 THR 2141 ? ? ? Z .
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A 1 2145 ALA 2145 ? ? ? Z .
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A 1 2147 GLN 2147 ? ? ? Z .
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A 1 2153 LEU 2153 ? ? ? Z .
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A 1 2156 HIS 2156 ? ? ? Z .
A 1 2157 PHE 2157 ? ? ? Z .
A 1 2158 VAL 2158 ? ? ? Z .
A 1 2159 VAL 2159 ? ? ? Z .
A 1 2160 LEU 2160 ? ? ? Z .
A 1 2161 ASN 2161 ? ? ? Z .
A 1 2162 GLN 2162 ? ? ? Z .
A 1 2163 LEU 2163 ? ? ? Z .
A 1 2164 TYR 2164 ? ? ? Z .
A 1 2165 ASN 2165 ? ? ? Z .
A 1 2166 PHE 2166 ? ? ? Z .
A 1 2167 ILE 2167 ? ? ? Z .
A 1 2168 MET 2168 ? ? ? Z .
A 1 2169 ASN 2169 ? ? ? Z .
A 1 2170 MET 2170 ? ? ? Z .
A 1 2171 LEU 2171 ? ? ? Z .
#
#
loop_
_ma_data.id
_ma_data.name
_ma_data.content_type
_ma_data.content_type_other_details
1
'Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 13 {PDB ID=8t1l, label_asym_id=Z, auth_asym_id=9, SMTL ID=8t1l.1.Z}'
'template structure' .
2 . target .
3 'Target-template alignment by HHblits to 8t1l, label_asym_id=Z'
'target-template alignment' .
4 'model 2' 'model coordinates' .
5 SMTL 'reference database' .
6 PDB 'reference database' .
7 'Template search output' other 'Results of the sequence search'
#
#
loop_
_ma_data_group.ordinal_id
_ma_data_group.group_id
_ma_data_group.data_id
1 1 2
2 1 5
3 1 6
4 2 7
5 3 2
6 3 1
7 3 3
8 4 1
9 4 3
10 5 4
#
#
loop_
_ma_data_ref_db.data_id
_ma_data_ref_db.name
_ma_data_ref_db.location_url
_ma_data_ref_db.version
_ma_data_ref_db.release_date
5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2025-01-01
6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-12-27
#
#
loop_
_ma_target_entity.entity_id
_ma_target_entity.data_id
_ma_target_entity.origin
1 2 'reference database'
#
#
loop_
_ma_target_entity_instance.asym_id
_ma_target_entity_instance.entity_id
_ma_target_entity_instance.details
A 1 .
#
#
loop_
_ma_template_trans_matrix.id
_ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1]
_ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1]
_ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1]
_ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2]
_ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2]
_ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2]
_ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3]
_ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3]
_ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3]
_ma_template_trans_matrix.tr_vector[1]
_ma_template_trans_matrix.tr_vector[2]
_ma_template_trans_matrix.tr_vector[3]
1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000
1.000000 0 0 0
#
#
loop_
_ma_template_details.ordinal_id
_ma_template_details.template_id
_ma_template_details.template_origin
_ma_template_details.template_entity_type
_ma_template_details.template_trans_matrix_id
_ma_template_details.template_data_id
_ma_template_details.target_asym_id
_ma_template_details.template_label_asym_id
_ma_template_details.template_label_entity_id
_ma_template_details.template_model_num
_ma_template_details.template_auth_asym_id
1 1 'reference database' polymer 1 1 A Z 26 1 9
#
#
loop_
_ma_template_poly.template_id
_ma_template_poly.seq_one_letter_code
_ma_template_poly.seq_one_letter_code_can
1
;MSSSFVSNGASLEDCHCNLFCLADLTGIKWKRYVWQGPTSAPILFPVTEEDPILSSFSRCLKADVLGVWR
RDQRPGRRELWIFWWGKDPNFADLIHHDLSEEEDGVWENGLSYECRTLLFKAVHNLLERCLMNRNFVRIG
KWFVKPYEKDEKPINKSEHLSCSFTFFLHGDSNVCTSVEINQHQPVYLLSEEHVTLAQQSNSPFQVILSP
FGLNGTLTGQAFKMSDSATKKLIGEWKQFYPISCGLKEMSEEKQDDMDWEDDSLAAVEVLVAGVRMIYPA
CFVLVPQSDIPAPSSVGASHCSASCLGIHQVPASTRDPAMSSVTLTPPTSPEEVQTVDPQSAQKWVKFSS
VSDGFSTDSTSHHGGKIPRKLANHVVDRVWQECNMNRLQNKRKYSATSSGLCEEETADKIGCWDFVEATQ
RTSCSCLRHKSLKTRNTGQQGQAPSLGQQQQVLPKHKTNEKQDKSEKPQKRPLTPFHHRVSVSDEIGMDT
DSASQRLVISAADSQVRFSNIRTNDVAKTPQMHGTELANSPQPPPLSPHPCDVVDEGVTKTPSTPQSQHF
YQMPTPDPLVPTKPMEDRIDSLSQSFPPPFQEAVEPTVYVGTAVSLEEDEANVAWKYYKVPKKKDVEFLP
PQLPNDKFKDDPVGPFGQESVTSVTELMVQCKKPLKVSDEIVQQYQIKNQYLSAIASDTEQEPKIDPYAF
VEGDEEFIFTDKKDRQNSEREAGKKHKVEDGTSAVTVLSHEEDAMSLFSPSKQDAPRPTNHARPPSTSLI
YDSDLAVSYTDLDNLFNSDEDELTPGSKKSASGSDDKASSKESKTGNLDPLSCISTADLHKMYPTPPSLE
QHIMGFSPMNMNNKEYGSVDTAPGGTVLEGNSSSVGTQFRIEVEEGFCSPKPSEIKDFSYVYKPENCQVL
VGCSMFAPLKTLPSHCLPPIKLPEECVYRQSWTVGKLDLLPSGPSMPFIKEGDGSNLDQDYGPAYTPQTH
ASFGMPPSSAPPSNGGAGILPSPSTPRFPTPRTPRTPRTPRGAGGPASAQGSVKYENSDLYSPASTPSTC
RPLNSVEPATVPSIPEAHSLYVNLILSESVMNLFKDCNFDSCCICVCNMNIKGADVGVYIPDPTQEAQYR
CTCGFSAVMNRKFGNNSGLFLEDELDIIGRNTDCGKEAEKRFEALRASSVENVNGGLKESEKVPDELILL
LQDQCTNLFSPFGAADQDPFPKVGISSNWVRVEERDCCSDCCLALEHGRQFMDNMSGGKVDEALVRSSCL
HPWAKQNDASVQCSQDILRMLLSLQPVLQDAIQKKRTVRPWGVQGPLTWQQFHKMAGRGSYGTDESPEPL
PIPTFLLGYDYDFLVLSPFALPYWEKLMLEPYGSQRDIAYVVLCPENEALLNGARSFFRDLTAIYESCRL
GQHRPISRLLTDGIMKVGATASKKLSEKFVTEWFSQAADGNNEAFSKLKLYAQVCRYDLGPYLASQPLDS
SLLSQPNLVAPPNQSLVTAPQMTNTGNANAPSATLASAASSTMTMTSGVPISTSVATANSTLTTTSSSSS
SSLSSGVSSNKLPSFPPFGSMNTSGTGSMSAQASTVQSGQLGGQQSSSLQAAGISGESASLPTQPHPDVS
ESTMDRDKVGIPTDGDSHAITYPPAIVVYIIDPFTYENKDESTNSSNVWTLGLLRCFLEMVQTLPPHIKS
TVSVQIVPCQYLLQPVKHDDRQIYSQHLKSLAFSVFTQCRRPLPTSTNVKTLTGFGPGLAMETALKSPDR
PECIRLYTPPFILAPVKDKQTELGETFGEAGQKYNVLFVGYCLSHDQRWILASCTDLYGELLETCIINID
VPNRARRKKGSARRFGLQKLWEWCLGLVQMSSLPWRVVIGRLGRIGHGELKDWSCLLSRRNLQSLSKRLK
DMCRMCGISAADSPSILSACLVAMEPQGSFVIMPDSVSTGSVFGRSTTLNMQTPQLNTPQDTSCTHILVF
PTSASVQVASATYTTENLDLAFNPNNDGADGMGIFDLLDTGDDLDPDIINILPASPTASPVHSPGSHYPH
GGDAGKGQGTDRLLSTESHDEVTNILQQPLALGYFVSTAKAGPLPDWFWSACPQAQYQCPLFLKASLHLH
VPSVQSDELLHSKHSHPLDSNQTSDVLRFVLEQYNALSWLTCDPAVQDRRSCLPVHFVVLNQLYNFIMNM
L
;

;MSSSFVSNGASLEDCHCNLFCLADLTGIKWKRYVWQGPTSAPILFPVTEEDPILSSFSRCLKADVLGVWR
RDQRPGRRELWIFWWGKDPNFADLIHHDLSEEEDGVWENGLSYECRTLLFKAVHNLLERCLMNRNFVRIG
KWFVKPYEKDEKPINKSEHLSCSFTFFLHGDSNVCTSVEINQHQPVYLLSEEHVTLAQQSNSPFQVILSP
FGLNGTLTGQAFKMSDSATKKLIGEWKQFYPISCGLKEMSEEKQDDMDWEDDSLAAVEVLVAGVRMIYPA
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VPSVQSDELLHSKHSHPLDSNQTSDVLRFVLEQYNALSWLTCDPAVQDRRSCLPVHFVVLNQLYNFIMNM
L
;

#
#
loop_
_ma_template_poly_segment.id
_ma_template_poly_segment.template_id
_ma_template_poly_segment.residue_number_begin
_ma_template_poly_segment.residue_number_end
1 1 1 2171
#
#
loop_
_ma_template_ref_db_details.template_id
_ma_template_ref_db_details.db_name
_ma_template_ref_db_details.db_name_other_details
_ma_template_ref_db_details.db_accession_code
_ma_template_ref_db_details.db_version_date
1 PDB . 8t1l 2024-10-16
#
#
loop_
_ma_target_template_poly_mapping.id
_ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id
_ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id
_ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin
_ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end
1 1 A 1 2171
#
#
loop_
_ma_alignment_info.alignment_id
_ma_alignment_info.data_id
_ma_alignment_info.software_group_id
_ma_alignment_info.alignment_length
_ma_alignment_info.alignment_type
_ma_alignment_info.alignment_mode
1 3 1 2171 'target-template pairwise alignment' local
#
#
loop_
_ma_alignment_details.ordinal_id
_ma_alignment_details.alignment_id
_ma_alignment_details.template_segment_id
_ma_alignment_details.target_asym_id
_ma_alignment_details.score_type
_ma_alignment_details.score_type_other_details
_ma_alignment_details.score_value
_ma_alignment_details.percent_sequence_identity
_ma_alignment_details.sequence_identity_denominator
_ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details
1 1 1 A 'HHblits e-value' . 0 100.000
'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' .
#
#
loop_
_ma_alignment.ordinal_id
_ma_alignment.alignment_id
_ma_alignment.target_template_flag
_ma_alignment.sequence
1 1 1
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2 1 2
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#
#
loop_
_ma_protocol_step.ordinal_id
_ma_protocol_step.protocol_id
_ma_protocol_step.step_id
_ma_protocol_step.method_type
_ma_protocol_step.step_name
_ma_protocol_step.details
_ma_protocol_step.software_group_id
_ma_protocol_step.input_data_group_id
_ma_protocol_step.output_data_group_id
1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2
1 2
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'Automatic template selection by SWISS-MODEL {QSQE=0.000}' 3 2 4
3 1 3 modeling 'homology modeling'
'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 8t1l.1' 4 3 5
#
#
loop_
_ma_model_list.ordinal_id
_ma_model_list.model_id
_ma_model_list.model_group_id
_ma_model_list.model_name
_ma_model_list.model_group_name
_ma_model_list.data_id
_ma_model_list.model_type
_ma_model_list.model_type_other_details
1 1 1 'model 2' . 4 'Homology model' .
#
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
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ATOM 4 O O . PRO 621 621 ? A 316.926 349.599 432.792 1 1 Z PRO 0.350 1
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ATOM 6 C CG . PRO 621 621 ? A 316.179 353.034 434.721 1 1 Z PRO 0.350 1
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ATOM 13 C CG . LYS 622 622 ? A 316.471 350.012 427.789 1 1 Z LYS 0.390 1
ATOM 14 C CD . LYS 622 622 ? A 315.744 349.880 426.438 1 1 Z LYS 0.390 1
ATOM 15 C CE . LYS 622 622 ? A 316.203 348.710 425.546 1 1 Z LYS 0.390 1
ATOM 16 N NZ . LYS 622 622 ? A 317.609 348.889 425.097 1 1 Z LYS 0.390 1
ATOM 17 N N . LYS 623 623 ? A 319.189 349.135 429.377 1 1 Z LYS 0.590 1
ATOM 18 C CA . LYS 623 623 ? A 320.531 348.682 429.062 1 1 Z LYS 0.590 1
ATOM 19 C C . LYS 623 623 ? A 321.376 349.924 429.034 1 1 Z LYS 0.590 1
ATOM 20 O O . LYS 623 623 ? A 320.794 351.002 428.912 1 1 Z LYS 0.590 1
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ATOM 22 C CG . LYS 623 623 ? A 320.288 346.484 427.858 1 1 Z LYS 0.590 1
ATOM 23 C CD . LYS 623 623 ? A 320.458 345.737 426.544 1 1 Z LYS 0.590 1
ATOM 24 C CE . LYS 623 623 ? A 320.819 344.277 426.759 1 1 Z LYS 0.590 1
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ATOM 39 C CB . ASP 625 625 ? A 326.044 347.593 427.491 1 1 Z ASP 0.750 1
ATOM 40 C CG . ASP 625 625 ? A 324.813 346.692 427.707 1 1 Z ASP 0.750 1
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ATOM 45 C C . VAL 626 626 ? A 326.446 346.850 422.848 1 1 Z VAL 0.800 1
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ATOM 57 O OE1 . GLU 627 627 ? A 323.078 346.702 424.280 1 1 Z GLU 0.530 1
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ATOM 75 C CG . LEU 629 629 ? A 329.030 339.402 420.999 1 1 Z LEU 0.440 1
ATOM 76 C CD1 . LEU 629 629 ? A 329.920 338.862 422.127 1 1 Z LEU 0.440 1
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ATOM 84 C CD . PRO 630 630 ? A 324.167 340.270 422.063 1 1 Z PRO 0.780 1
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ATOM 161 O OXT . LYS 639 639 ? A 331.302 316.017 406.738 1 1 Z LYS 0.350 1
#
#
loop_
_atom_type.symbol
C
N
O
#
#
loop_
_ma_qa_metric.id
_ma_qa_metric.name
_ma_qa_metric.description
_ma_qa_metric.type
_ma_qa_metric.mode
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_ma_qa_metric.software_group_id
1 QMEANDisCo 'Predicted accuracy according to all-atom lDDT in [0,1].'
'pLDDT all-atom in [0,1]' local . 5
2 QMEANDisCo 'Predicted accuracy according to all-atom lDDT in [0,1].'
'pLDDT all-atom in [0,1]' global . 5
3 GMQE
'Global Model Quality Estimate of the model accuracy, calculated by SWISS-MODEL.'
'normalized score' global . 6
#
#
loop_
_ma_qa_metric_global.ordinal_id
_ma_qa_metric_global.model_id
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_ma_qa_metric_global.metric_value
1 1 2 0.571
2 1 3 0.356
#
#
loop_
_ma_qa_metric_local.ordinal_id
_ma_qa_metric_local.model_id
_ma_qa_metric_local.label_asym_id
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_ma_qa_metric_local.metric_id
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1 1 A 621 PRO 1 0.350
2 1 A 622 LYS 1 0.390
3 1 A 623 LYS 1 0.590
4 1 A 624 LYS 1 0.640
5 1 A 625 ASP 1 0.750
6 1 A 626 VAL 1 0.800
7 1 A 627 GLU 1 0.530
8 1 A 628 PHE 1 0.400
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13 1 A 633 LEU 1 0.470
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15 1 A 635 ASN 1 0.790
16 1 A 636 ASP 1 0.780
17 1 A 637 LYS 1 0.730
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19 1 A 639 LYS 1 0.350
#
#
loop_
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_pdbx_data_usage.type
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1 license
;This SWISS-MODEL protein model is copyright.
It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational
Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the
Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This
model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons
Attribution-ShareAlike 4.0 International License
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can copy and redistribute the model in any medium or format,
transform and build upon the model for any purpose, even
commercially, under the following terms:
Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to
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you must distribute your contributions under the same license as the
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technological measures that legally restrict others from doing
anything the license permits.
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;
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;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for
proteins. The results of any theoretical modelling procedure is
NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may
contain significant errors. This is especially true for automated
modeling since there is no human intervention during model
building. Please read the header section and the logfile carefully
to know what templates and alignments were used during the model
building process. All information by the SWISS-MODEL SERVER is
provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied.
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