data_SMR-c7b090b32ba2715afc01d67513df0373_2 _entry.id SMR-c7b090b32ba2715afc01d67513df0373_2 _struct.entry_id SMR-c7b090b32ba2715afc01d67513df0373_2 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - F1MA98/ TPR_RAT, Nucleoprotein TPR Estimated model accuracy of this model is 0.0, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries F1MA98' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 310162.467 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP TPR_RAT F1MA98 1 ;MAAVLQQVLERPELNKLPKSTQNKLEKFLAEQQSEIDCLKGRHEKFKVESEQQYFEIEKRLSQSQERLVN ETRECQNLRLELEKLNNQVKVLTEKNKELETAQDRNLGIQSQFTRAKEELEAEKRDLIRTNERLSQEVEY LTEDVKRLNEKLKESNTTKGELQLKLDELQASDVTVKYREKRLEQEKELLHNQNSWLNTELKTKTDELLA LGREKGNEILELKCTLENKKEEVLRLEEQMNGLKTSNEHLQKHVEDLLTKLKEAKEQQASMEEKFHNELN AHIKLSNLYKSAADDSEAKSNELTRAVDELHKLLKEAGEANKTIQDHLLQVEESKDQMEKEMLEKIGKLE KELENANDLLSATKRKGAILSEEELAAMSPTAAAVAKIVKPGMKLTELYNAYVETQDQLLLEKLENKRIN KYLDEIVKEVEAKAPILKRQREEYERAQKAVASLSAKLEQAMKEIQRLQEDTDKANKHSSVLERDNQRME IQIKDLSQQIRVLLMELEEARGNHVIRDEEVSSADISSSSEVISQHLVSYRNIEELQQQNQRLLFALREL GETREREEQETTSSKIAELQNKLENSLTELEQLRESRQHQMQLVDSIVRQRDMYRILLSQTTGMAIPLQA SSLDDISLVSTPKRSSTSQTVSTPAPEPIIESTETIEAKAALKQLQEIFENYKKEKMDSEKLQNEQLEKL QEQVTDLRSQNTKISTQLDFASKRYEMLQDNVEGYRREITSLQERNQKLTATTQKQEQIINTMTQDLRGA NEKLAVAEVRAENLKKEKEMLKLSEVRLSQQRESLLAEQRGQNLLLTNLQTIQGILERSETETKQRLSSQ IEKLEHEISHLKKKLENEVEQRHTLTRNLDVQLLDTKRQLDTEINLHLNTKELLKNAQKDIATLKQHLNN MEAQLASQSTQRTGKGQPGDRDDVDDLKSQLRQAEEQVNDLKERLKTSASNVEQYRAMVTSLEDSLNKEK QVTEEVHKNIEVRLKESAEFQTQLEKKLMEVEKEKQELQDDKRKAIESMEQQLTELKKTLSSVQSEVQEA LQRASTALSNEQQARRDCQEQAKIAVEAQNKYERELMLHAADVEALQAAKEQVSKMASVRQHLEETTQKA ESQLLECKASWEERERVLKDEVSKSVSRCEDLEKQNRLLHDQIEKLSDKVVTSMKEVVQSPLNISLNEEG KSQEQILEILRFIRREKEIAETRFEVAQVESLRYRQRVELLERELQELQDSLNAEREKVQVTAKTMAQHE ELMKKTETMNVVMETNKMLREEKERLEQNLQQMQAKVRKLELDILPLQEANAELSEKSGMLQAEKKLLEE DVKRWKARNQHLINQQKDPDTEEYRKLLSEKEIHTKRIQQLNEEVGRLKAEIARSNASLTNNQNLIQSLK EDLSKVRTEKESIQKDLDAKIIDIQEKVKTITQVKKIGRRYKTQFEELKAQQKAMETSTQSSGDHQEQHI SVQEMQELKDNLSQSETKTKSLEGQVENLQKTLSEKETEARSLQEQTAQLQSELSRLRQELQDKTTKEEQ LRQQMNEKDEKTWKAITVARSKIAHLSGVKDQLTKENEELKQRNGALDQQKDELDVRMTALKSQYEGRIS RLERELREHQERHLEQRDEPQEPTNKAPEQQRQITLKTTPASGERGIASTSDPPTANIKPTPVVSTPSKV TAAAMAGNKSTPRASIRPMVTPATVTNPTTTPTATVMPTTQVESQEAMQSEGPVEHVPVFGSTSGSVRST SPNVQPSISQPLLTVQQQTQATAFVQPTQQSHPQIEPANQELSPNIVEVVQSSPVERPSTSTAVFGTVSA TPSSSLPKRAREEEEDSTIEAGDQVSDDTVEMPLPKKLKTVTPVGTEEEVMAEESTDGEAETQTYNQDSQ DSIGEGVTQGDYTPMEDSEETSQSLQIDLGPLQSDQQTTSSQDGQGKGDDVIVIDSDDEDDDEENDGEHE DYEEDEDEDDDEEDDTGMGDEGEDSNEGTGSADGNDGYEADDAEGGDGTDPGTETEESMGGAESNQRAAD SQNSGEGNTSAAESSFSQEVAREQQPTSASERQTPQAPQSPRRPPHPLPPRLTIHAPPQELGPPVQRIQM TRRQSVGRGLQLTPGIGGMQQHFFDDEDRTVPSTPTLVVPHRTDGFAEAIHSPQVAGVPRFRFGPPEDMP QTSSSHSDLGQLASQGGLGMYETPLFLAHEEESGGRSVPTTPLQVAAPVTVFTESTTSDASEHASQSVPM VTTSTGTLSTTNETPAGDDGDEVFVETESEGISSEAGLEIDSQQEEEPVQASDESDLPSTSQDPPSSSSV DTSSSQPKPFRRVRLQTTLRQGVRGRQFNRQRGISHAMGGRGGINRGNIN ; 'Nucleoprotein TPR' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 2360 1 2360 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . TPR_RAT F1MA98 . 1 2360 10116 'Rattus norvegicus (Rat)' 2011-05-03 8540034E08DAF079 # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no C ;MAAVLQQVLERPELNKLPKSTQNKLEKFLAEQQSEIDCLKGRHEKFKVESEQQYFEIEKRLSQSQERLVN ETRECQNLRLELEKLNNQVKVLTEKNKELETAQDRNLGIQSQFTRAKEELEAEKRDLIRTNERLSQEVEY LTEDVKRLNEKLKESNTTKGELQLKLDELQASDVTVKYREKRLEQEKELLHNQNSWLNTELKTKTDELLA LGREKGNEILELKCTLENKKEEVLRLEEQMNGLKTSNEHLQKHVEDLLTKLKEAKEQQASMEEKFHNELN AHIKLSNLYKSAADDSEAKSNELTRAVDELHKLLKEAGEANKTIQDHLLQVEESKDQMEKEMLEKIGKLE KELENANDLLSATKRKGAILSEEELAAMSPTAAAVAKIVKPGMKLTELYNAYVETQDQLLLEKLENKRIN KYLDEIVKEVEAKAPILKRQREEYERAQKAVASLSAKLEQAMKEIQRLQEDTDKANKHSSVLERDNQRME IQIKDLSQQIRVLLMELEEARGNHVIRDEEVSSADISSSSEVISQHLVSYRNIEELQQQNQRLLFALREL GETREREEQETTSSKIAELQNKLENSLTELEQLRESRQHQMQLVDSIVRQRDMYRILLSQTTGMAIPLQA 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C . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'Nucleoprotein TPR {PDB ID=5to7, label_asym_id=C, auth_asym_id=C, SMTL ID=5to7.1.C}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 5to7, label_asym_id=C' 'target-template alignment' . 4 'model 2' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2025-01-01 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-12-27 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A C 1 1 C # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;AAVLQQVLERTELNKLPKSVQNKLEKFLADQQSEIDGLKGRHEKFKVESEQQYFEIEKRLSHSQERLVNE TRECQSLRLELEKLNNQLKALTEKNKELEIAQDRNIAIQSQMTRTKEELEAEKRDLIRTNERLSQELEYL T ; ;AAVLQQVLERTELNKLPKSVQNKLEKFLADQQSEIDGLKGRHEKFKVESEQQYFEIEKRLSHSQERLVNE TRECQSLRLELEKLNNQLKALTEKNKELEIAQDRNIAIQSQMTRTKEELEAEKRDLIRTNERLSQELEYL T ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 1 141 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 5to7 2024-10-23 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 2360 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 2360 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 2.3e-19 90.071 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 MAAVLQQVLERPELNKLPKSTQNKLEKFLAEQQSEIDCLKGRHEKFKVESEQQYFEIEKRLSQSQERLVNETRECQNLRLELEKLNNQVKVLTEKNKELETAQDRNLGIQSQFTRAKEELEAEKRDLIRTNERLSQEVEYLTEDVKRLNEKLKESNTTKGELQLKLDELQASDVTVKYREKRLEQEKELLHNQNSWLNTELKTKTDELLALGREKGNEILELKCTLENKKEEVLRLEEQMNGLKTSNEHLQKHVEDLLTKLKEAKEQQASMEEKFHNELNAHIKLSNLYKSAADDSEAKSNELTRAVDELHKLLKEAGEANKTIQDHLLQVEESKDQMEKEMLEKIGKLEKELENANDLLSATKRKGAILSEEELAAMSPTAAAVAKIVKPGMKLTELYNAYVETQDQLLLEKLENKRINKYLDEIVKEVEAKAPILKRQREEYERAQKAVASLSAKLEQAMKEIQRLQEDTDKANKHSSVLERDNQRMEIQIKDLSQQIRVLLMELEEARGNHVIRDEEVSSADISSSSEVISQHLVSYRNIEELQQQNQRLLFALRELGETREREEQETTSSKIAELQNKLENSLTELEQLRESRQHQMQLVDSIVRQRDMYRILLSQTTGMAIPLQASSLDDISLVSTPKRSSTSQTVSTPAPEPIIESTETIEAKAALKQLQEIFENYKKEKMDSEKLQNEQLEKLQEQVTDLRSQNTKISTQLDFASKRYEMLQDNVEGYRREITSLQERNQKLTATTQKQEQIINTMTQDLRGANEKLAVAEVRAENLKKEKEMLKLSEVRLSQQRESLLAEQRGQNLLLTNLQTIQGILERSETETKQRLSSQIEKLEHEISHLKKKLENEVEQRHTLTRNLDVQLLDTKRQLDTEINLHLNTKELLKNAQKDIATLKQHLNNMEAQLASQSTQRTGKGQPGDRDDVDDLKSQLRQAEEQVNDLKERLKTSASNVEQYRAMVTSLEDSLNKEKQVTEEVHKNIEVRLKESAEFQTQLEKKLMEVEKEKQELQDDKRKAIESMEQQLTELKKTLSSVQSEVQEALQRASTALSNEQQARRDCQEQAKIAVEAQNKYERELMLHAADVEALQAAKEQVSKMASVRQHLEETTQKAESQLLECKASWEERERVLKDEVSKSVSRCEDLEKQNRLLHDQIEKLSDKVVTSMKEVVQSPLNISLNEEGKSQEQILEILRFIRREKEIAETRFEVAQVESLRYRQRVELLERELQELQDSLNAEREKVQVTAKTMAQHEELMKKTETMNVVMETNKMLREEKERLEQNLQQMQAKVRKLELDILPLQEANAELSEKSGMLQAEKKLLEEDVKRWKARNQHLINQQKDPDTEEYRKLLSEKEIHTKRIQQLNEEVGRLKAEIARSNASLTNNQNLIQSLKEDLSKVRTEKESIQKDLDAKIIDIQEKVKTITQVKKIGRRYKTQFEELKAQQKAMETSTQSSGDHQEQHISVQEMQELKDNLSQSETKTKSLEGQVENLQKTLSEKETEARSLQEQTAQLQSELSRLRQELQDKTTKEEQLRQQMNEKDEKTWKAITVARSKIAHLSGVKDQLTKENEELKQRNGALDQQKDELDVRMTALKSQYEGRISRLERELREHQERHLEQRDEPQEPTNKAPEQQRQITLKTTPASGERGIASTSDPPTANIKPTPVVSTPSKVTAAAMAGNKSTPRASIRPMVTPATVTNPTTTPTATVMPTTQVESQEAMQSEGPVEHVPVFGSTSGSVRSTSPNVQPSISQPLLTVQQQTQATAFVQPTQQSHPQIEPANQELSPNIVEVVQSSPVERPSTSTAVFGTVSATPSSSLPKRAREEEEDSTIEAGDQVSDDTVEMPLPKKLKTVTPVGTEEEVMAEESTDGEAETQTYNQDSQDSIGEGVTQGDYTPMEDSEETSQSLQIDLGPLQSDQQTTSSQDGQGKGDDVIVIDSDDEDDDEENDGEHEDYEEDEDEDDDEEDDTGMGDEGEDSNEGTGSADGNDGYEADDAEGGDGTDPGTETEESMGGAESNQRAADSQNSGEGNTSAAESSFSQEVAREQQPTSASERQTPQAPQSPRRPPHPLPPRLTIHAPPQELGPPVQRIQMTRRQSVGRGLQLTPGIGGMQQHFFDDEDRTVPSTPTLVVPHRTDGFAEAIHSPQVAGVPRFRFGPPEDMPQTSSSHSDLGQLASQGGLGMYETPLFLAHEEESGGRSVPTTPLQVAAPVTVFTESTTSDASEHASQSVPMVTTSTGTLSTTNETPAGDDGDEVFVETESEGISSEAGLEIDSQQEEEPVQASDESDLPSTSQDPPSSSSVDTSSSQPKPFRRVRLQTTLRQGVRGRQFNRQRGISHAMGGRGGINRGNIN 2 1 2 -AAVLQQVLERTELNKLPKSVQNKLEKFLADQQSEIDGLKGRHEKFKVESEQQYFEIEKRLSHSQERLVNETRECQSLRLELEKLNNQLKALTEKNKELEIAQDRNIAIQSQMTRTKEELEAEKRDLIRTNERLSQELEYLT---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL {QSQE=0.269}' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 5to7.1, oligomeric state (monomer) as predicted' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 2' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . ALA 2 2 ? A -34.494 11.124 157.848 1 1 C ALA 0.310 1 ATOM 2 C CA . ALA 2 2 ? A -35.684 11.901 157.362 1 1 C ALA 0.310 1 ATOM 3 C C . ALA 2 2 ? A -36.676 12.330 158.430 1 1 C ALA 0.310 1 ATOM 4 O O . ALA 2 2 ? A -37.729 12.826 158.071 1 1 C ALA 0.310 1 ATOM 5 C CB . ALA 2 2 ? A -36.424 11.015 156.324 1 1 C ALA 0.310 1 ATOM 6 N N . ALA 3 3 ? A -36.371 12.178 159.748 1 1 C ALA 0.450 1 ATOM 7 C CA . ALA 3 3 ? A -37.294 12.528 160.803 1 1 C ALA 0.450 1 ATOM 8 C C . ALA 3 3 ? A -37.138 14.012 161.078 1 1 C ALA 0.450 1 ATOM 9 O O . ALA 3 3 ? A -36.126 14.457 161.623 1 1 C ALA 0.450 1 ATOM 10 C CB . ALA 3 3 ? A -36.994 11.671 162.064 1 1 C ALA 0.450 1 ATOM 11 N N . VAL 4 4 ? A -38.117 14.806 160.624 1 1 C VAL 0.670 1 ATOM 12 C CA . VAL 4 4 ? A -38.141 16.253 160.710 1 1 C VAL 0.670 1 ATOM 13 C C . VAL 4 4 ? A -38.364 16.696 162.136 1 1 C VAL 0.670 1 ATOM 14 O O . VAL 4 4 ? A -37.766 17.655 162.628 1 1 C VAL 0.670 1 ATOM 15 C CB . VAL 4 4 ? A -39.210 16.812 159.780 1 1 C VAL 0.670 1 ATOM 16 C CG1 . VAL 4 4 ? A -39.390 18.335 159.968 1 1 C VAL 0.670 1 ATOM 17 C CG2 . VAL 4 4 ? A -38.767 16.518 158.331 1 1 C VAL 0.670 1 ATOM 18 N N . LEU 5 5 ? A -39.211 15.965 162.881 1 1 C LEU 0.670 1 ATOM 19 C CA . LEU 5 5 ? A -39.581 16.300 164.235 1 1 C LEU 0.670 1 ATOM 20 C C . LEU 5 5 ? A -38.410 16.384 165.220 1 1 C LEU 0.670 1 ATOM 21 O O . LEU 5 5 ? A -38.391 17.207 166.132 1 1 C LEU 0.670 1 ATOM 22 C CB . LEU 5 5 ? A -40.660 15.310 164.710 1 1 C LEU 0.670 1 ATOM 23 C CG . LEU 5 5 ? A -41.470 15.788 165.926 1 1 C LEU 0.670 1 ATOM 24 C CD1 . LEU 5 5 ? A -42.194 17.128 165.689 1 1 C LEU 0.670 1 ATOM 25 C CD2 . LEU 5 5 ? A -42.465 14.693 166.335 1 1 C LEU 0.670 1 ATOM 26 N N . GLN 6 6 ? A -37.364 15.561 164.999 1 1 C GLN 0.540 1 ATOM 27 C CA . GLN 6 6 ? A -36.139 15.542 165.781 1 1 C GLN 0.540 1 ATOM 28 C C . GLN 6 6 ? A -35.234 16.756 165.550 1 1 C GLN 0.540 1 ATOM 29 O O . GLN 6 6 ? A -34.377 17.069 166.374 1 1 C GLN 0.540 1 ATOM 30 C CB . GLN 6 6 ? A -35.346 14.246 165.445 1 1 C GLN 0.540 1 ATOM 31 C CG . GLN 6 6 ? A -34.072 13.995 166.304 1 1 C GLN 0.540 1 ATOM 32 C CD . GLN 6 6 ? A -34.394 13.855 167.796 1 1 C GLN 0.540 1 ATOM 33 O OE1 . GLN 6 6 ? A -34.937 12.849 168.243 1 1 C GLN 0.540 1 ATOM 34 N NE2 . GLN 6 6 ? A -34.053 14.879 168.613 1 1 C GLN 0.540 1 ATOM 35 N N . GLN 7 7 ? A -35.389 17.466 164.410 1 1 C GLN 0.540 1 ATOM 36 C CA . GLN 7 7 ? A -34.674 18.694 164.112 1 1 C GLN 0.540 1 ATOM 37 C C . GLN 7 7 ? A -35.275 19.905 164.809 1 1 C GLN 0.540 1 ATOM 38 O O . GLN 7 7 ? A -34.562 20.760 165.323 1 1 C GLN 0.540 1 ATOM 39 C CB . GLN 7 7 ? A -34.711 18.960 162.585 1 1 C GLN 0.540 1 ATOM 40 C CG . GLN 7 7 ? A -34.063 17.822 161.761 1 1 C GLN 0.540 1 ATOM 41 C CD . GLN 7 7 ? A -34.297 18.006 160.261 1 1 C GLN 0.540 1 ATOM 42 O OE1 . GLN 7 7 ? A -35.208 18.682 159.797 1 1 C GLN 0.540 1 ATOM 43 N NE2 . GLN 7 7 ? A -33.435 17.353 159.446 1 1 C GLN 0.540 1 ATOM 44 N N . VAL 8 8 ? A -36.621 20.013 164.802 1 1 C VAL 0.510 1 ATOM 45 C CA . VAL 8 8 ? A -37.355 21.106 165.425 1 1 C VAL 0.510 1 ATOM 46 C C . VAL 8 8 ? A -37.422 21.023 166.948 1 1 C VAL 0.510 1 ATOM 47 O O . VAL 8 8 ? A -37.321 22.046 167.619 1 1 C VAL 0.510 1 ATOM 48 C CB . VAL 8 8 ? A -38.739 21.300 164.787 1 1 C VAL 0.510 1 ATOM 49 C CG1 . VAL 8 8 ? A -39.591 20.017 164.858 1 1 C VAL 0.510 1 ATOM 50 C CG2 . VAL 8 8 ? A -39.483 22.512 165.397 1 1 C VAL 0.510 1 ATOM 51 N N . LEU 9 9 ? A -37.589 19.815 167.530 1 1 C LEU 0.610 1 ATOM 52 C CA . LEU 9 9 ? A -37.787 19.636 168.957 1 1 C LEU 0.610 1 ATOM 53 C C . LEU 9 9 ? A -36.654 18.852 169.566 1 1 C LEU 0.610 1 ATOM 54 O O . LEU 9 9 ? A -36.065 17.946 168.971 1 1 C LEU 0.610 1 ATOM 55 C CB . LEU 9 9 ? A -39.082 18.848 169.279 1 1 C LEU 0.610 1 ATOM 56 C CG . LEU 9 9 ? A -40.400 19.603 169.018 1 1 C LEU 0.610 1 ATOM 57 C CD1 . LEU 9 9 ? 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A -41.557 26.265 141.316 1 1 C HIS 0.530 1 ATOM 338 N NE2 . HIS 43 43 ? A -40.733 26.689 142.306 1 1 C HIS 0.530 1 ATOM 339 N N . GLU 44 44 ? A -36.951 22.854 138.483 1 1 C GLU 0.490 1 ATOM 340 C CA . GLU 44 44 ? A -35.779 22.300 137.834 1 1 C GLU 0.490 1 ATOM 341 C C . GLU 44 44 ? A -36.127 21.680 136.493 1 1 C GLU 0.490 1 ATOM 342 O O . GLU 44 44 ? A -35.481 21.930 135.479 1 1 C GLU 0.490 1 ATOM 343 C CB . GLU 44 44 ? A -35.097 21.261 138.762 1 1 C GLU 0.490 1 ATOM 344 C CG . GLU 44 44 ? A -33.700 20.804 138.263 1 1 C GLU 0.490 1 ATOM 345 C CD . GLU 44 44 ? A -32.673 21.942 138.195 1 1 C GLU 0.490 1 ATOM 346 O OE1 . GLU 44 44 ? A -32.834 22.979 138.893 1 1 C GLU 0.490 1 ATOM 347 O OE2 . GLU 44 44 ? A -31.701 21.786 137.415 1 1 C GLU 0.490 1 ATOM 348 N N . LYS 45 45 ? A -37.244 20.923 136.430 1 1 C LYS 0.480 1 ATOM 349 C CA . LYS 45 45 ? A -37.761 20.391 135.189 1 1 C LYS 0.480 1 ATOM 350 C C . LYS 45 45 ? A -38.055 21.464 134.137 1 1 C LYS 0.480 1 ATOM 351 O O . LYS 45 45 ? A -37.540 21.397 133.027 1 1 C LYS 0.480 1 ATOM 352 C CB . LYS 45 45 ? A -39.059 19.609 135.501 1 1 C LYS 0.480 1 ATOM 353 C CG . LYS 45 45 ? A -39.657 18.922 134.271 1 1 C LYS 0.480 1 ATOM 354 C CD . LYS 45 45 ? A -40.881 18.065 134.619 1 1 C LYS 0.480 1 ATOM 355 C CE . LYS 45 45 ? A -41.454 17.299 133.418 1 1 C LYS 0.480 1 ATOM 356 N NZ . LYS 45 45 ? A -41.976 18.227 132.398 1 1 C LYS 0.480 1 ATOM 357 N N . PHE 46 46 ? A -38.811 22.528 134.499 1 1 C PHE 0.530 1 ATOM 358 C CA . PHE 46 46 ? A -39.124 23.662 133.638 1 1 C PHE 0.530 1 ATOM 359 C C . PHE 46 46 ? A -37.864 24.398 133.180 1 1 C PHE 0.530 1 ATOM 360 O O . PHE 46 46 ? A -37.724 24.783 132.018 1 1 C PHE 0.530 1 ATOM 361 C CB . PHE 46 46 ? A -40.044 24.641 134.446 1 1 C PHE 0.530 1 ATOM 362 C CG . PHE 46 46 ? A -40.364 25.931 133.710 1 1 C PHE 0.530 1 ATOM 363 C CD1 . PHE 46 46 ? A -41.513 26.038 132.912 1 1 C PHE 0.530 1 ATOM 364 C CD2 . PHE 46 46 ? A -39.478 27.026 133.764 1 1 C PHE 0.530 1 ATOM 365 C CE1 . PHE 46 46 ? A -41.774 27.209 132.185 1 1 C PHE 0.530 1 ATOM 366 C CE2 . PHE 46 46 ? A -39.715 28.184 133.014 1 1 C PHE 0.530 1 ATOM 367 C CZ . PHE 46 46 ? A -40.871 28.280 132.230 1 1 C PHE 0.530 1 ATOM 368 N N . LYS 47 47 ? A -36.918 24.614 134.115 1 1 C LYS 0.490 1 ATOM 369 C CA . LYS 47 47 ? A -35.683 25.330 133.885 1 1 C LYS 0.490 1 ATOM 370 C C . LYS 47 47 ? A -34.800 24.684 132.831 1 1 C LYS 0.490 1 ATOM 371 O O . LYS 47 47 ? A -34.342 25.352 131.908 1 1 C LYS 0.490 1 ATOM 372 C CB . LYS 47 47 ? A -34.887 25.417 135.212 1 1 C LYS 0.490 1 ATOM 373 C CG . LYS 47 47 ? A -33.548 26.147 135.059 1 1 C LYS 0.490 1 ATOM 374 C CD . LYS 47 47 ? A -32.752 26.234 136.362 1 1 C LYS 0.490 1 ATOM 375 C CE . LYS 47 47 ? A -31.378 26.851 136.111 1 1 C LYS 0.490 1 ATOM 376 N NZ . LYS 47 47 ? A -30.700 27.029 137.406 1 1 C LYS 0.490 1 ATOM 377 N N . VAL 48 48 ? A -34.592 23.355 132.918 1 1 C VAL 0.490 1 ATOM 378 C CA . VAL 48 48 ? A -33.865 22.581 131.924 1 1 C VAL 0.490 1 ATOM 379 C C . VAL 48 48 ? A -34.574 22.582 130.565 1 1 C VAL 0.490 1 ATOM 380 O O . VAL 48 48 ? A -33.952 22.732 129.511 1 1 C VAL 0.490 1 ATOM 381 C CB . VAL 48 48 ? A -33.651 21.147 132.409 1 1 C VAL 0.490 1 ATOM 382 C CG1 . VAL 48 48 ? A -32.946 20.302 131.323 1 1 C VAL 0.490 1 ATOM 383 C CG2 . VAL 48 48 ? A -32.770 21.169 133.680 1 1 C VAL 0.490 1 ATOM 384 N N . GLU 49 49 ? A -35.921 22.441 130.537 1 1 C GLU 0.460 1 ATOM 385 C CA . GLU 49 49 ? A -36.699 22.442 129.304 1 1 C GLU 0.460 1 ATOM 386 C C . GLU 49 49 ? A -36.581 23.756 128.524 1 1 C GLU 0.460 1 ATOM 387 O O . GLU 49 49 ? A -36.314 23.770 127.319 1 1 C GLU 0.460 1 ATOM 388 C CB . GLU 49 49 ? A -38.199 22.163 129.615 1 1 C GLU 0.460 1 ATOM 389 C CG . GLU 49 49 ? A -38.484 20.712 130.088 1 1 C GLU 0.460 1 ATOM 390 C CD . GLU 49 49 ? A -39.889 20.471 130.626 1 1 C GLU 0.460 1 ATOM 391 O OE1 . GLU 49 49 ? A -40.761 21.370 130.668 1 1 C GLU 0.460 1 ATOM 392 O OE2 . GLU 49 49 ? A -40.111 19.300 131.044 1 1 C GLU 0.460 1 ATOM 393 N N . SER 50 50 ? 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It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. ShareAlike - If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same license as the original. No additional restrictions - you may not apply legal terms or technological measures that legally restrict others from doing anything the license permits. Find a human-readable summary of (and not a substitute for) the CC BY-SA 4.0 license at this link: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ ; https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode 2 disclaimer ;The SWISS-MODEL SERVER produces theoretical models for proteins. The results of any theoretical modelling procedure is NON-EXPERIMENTAL and MUST be considered with care. These models may contain significant errors. This is especially true for automated modeling since there is no human intervention during model building. Please read the header section and the logfile carefully to know what templates and alignments were used during the model building process. 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