data_SMR-56662efdc8263ae3d3d67df254ab2251_14 _entry.id SMR-56662efdc8263ae3d3d67df254ab2251_14 _struct.entry_id SMR-56662efdc8263ae3d3d67df254ab2251_14 _struct.pdbx_model_details ;This model was generated unsupervised by the SWISS-MODEL homology-modelling pipeline for the SWISS-MODEL Repository, a database of annotated 3D protein structure models. The modelled monomer covers following UniProtKB entries: - Q9BV73/ CP250_HUMAN, Centrosome-associated protein CEP250 Estimated model accuracy of this model is 0.0, calculated by SWISS-MODEL as Global Model Quality Estimate (GMQE). ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology computational _struct.title 'Model for UniProtKB entries Q9BV73' _audit_conform.dict_location https://raw.githubusercontent.com/ihmwg/ModelCIF/d18ba38/base/mmcif_ma-core.dic _audit_conform.dict_name mmcif_ma.dic _audit_conform.dict_version 1.4.6 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'The SWISS-MODEL Repository - new features and functionality' 'Nucleic Acids Res.' 45 D313 D319 2017 27899672 10.1093/nar/gkw1132 2 'SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes' 'Nucleic Acids Res.' 46 W296 W303 2018 29788355 10.1093/nar/gky427 3 'ProMod3 - A versatile homology modelling toolbox' 'PLoS Comput. Biol.' 17(1) 1 18 2021 33507980 10.1371/journal.pcbi.1008667 4 'QMEANDisCo - distance constraints applied on model quality estimation' Bioinformatics 36 1765 1771 2020 31697312 10.1093/bioinformatics/btz828 5 'OpenStructure: an integrated software framework for computational structural biology' 'Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.' 69 701 709 2013 23633579 10.1107/S0907444913007051 6 'BLAST+: architecture and applications' 'BMC Bioinf.' 10 421 . 2009 20003500 10.1186/1471-2105-10-421 7 'HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation' 'BMC Bioinf.' 20 473 . 2019 31521110 10.1186/s12859-019-3019-7 # # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Bienert, S.' 1 primary 'Waterhouse, A.' 2 primary 'de Beer, T.A.P.' 3 primary 'Tauriello, G.' 4 primary 'Studer, G.' 5 primary 'Bordoli, L.' 6 primary 'Schwede, T.' 7 2 'Waterhouse, A.' 8 2 'Bertoni, M.' 9 2 'Bienert, S.' 10 2 'Studer, G.' 11 2 'Tauriello, G.' 12 2 'Gumienny, R.' 13 2 'Heer, F.T.' 14 2 'de Beer, T.A.P.' 15 2 'Rempfer, C.' 16 2 'Bordoli, L.' 17 2 'Lepore, R.' 18 2 'Schwede, T.' 19 3 'Studer, G.' 20 3 'Tauriello, G.' 21 3 'Bienert, S.' 22 3 'Biasini, M.' 23 3 'Johner, N.' 24 3 'Schwede, T.' 25 4 'Studer, G.' 26 4 'Rempfer, C.' 27 4 'Waterhouse, A.M.' 28 4 'Gumienny, R.' 29 4 'Haas, J.' 30 4 'Schwede, T.' 31 5 'Biasini, M.' 32 5 'Schmidt, T.' 33 5 'Bienert, S.' 34 5 'Mariani, V.' 35 5 'Studer, G.' 36 5 'Haas, J.' 37 5 'Johner, N.' 38 5 'Schenk, A.D.' 39 5 'Philippsen, A.' 40 5 'Schwede, T.' 41 6 'Camacho, C.' 42 6 'Coulouris, G.' 43 6 'Avagyan, V.' 44 6 'Ma, N.' 45 6 'Papadopoulos, J.' 46 6 'Bealer, K.' 47 6 'Madden, T.L.' 48 7 'Steinegger, M.' 49 7 'Meier, M.' 50 7 'Mirdita, M.' 51 7 'Vohringer, H.' 52 7 'Haunsberger, S.J.' 53 7 'Soding, J.' 54 # # loop_ _software.pdbx_ordinal _software.name _software.classification _software.description _software.version _software.type _software.location _software.citation_id 1 SWISS-MODEL 'model building' 'Homology modelling web service' 2024-10.3 package https://swissmodel.expasy.org 2 2 ProMod3 'model building' 'Modular homology modelling engine' 3.4.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/ProMod3 3 3 QMEAN 'model building' 'QMEAN - Qualitative Model Energy ANalysis' 4.3.1 library https://git.scicore.unibas.ch/schwede/QMEAN 4 4 OpenStructure 'data processing' 'Open-Source Computational Structural Biology Framework' 2.8.0 package https://openstructure.org/ 5 5 BLAST 'data collection' . 2.2.31 package https://blast.ncbi.nlm.nih.gov 6 6 HH-suite 'data collection' 'HH-suite3 for sensitive sequence searching' 3.2.0 package https://github.com/soedinglab/hh-suite 7 # # loop_ _ma_software_group.ordinal_id _ma_software_group.group_id _ma_software_group.software_id _ma_software_group.parameter_group_id 1 1 6 . 2 2 1 . 3 2 4 . 4 2 5 . 5 2 6 . 6 3 1 . 7 3 4 . 8 4 1 . 9 4 2 . 10 4 4 . 11 5 3 . 12 6 1 . 13 6 3 . 14 6 4 . # # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Bienert, S.' 1 'Waterhouse, A.' 2 'de Beer, T.A.P.' 3 'Tauriello, G.' 4 'Studer, G.' 5 'Bordoli, L.' 6 'Schwede, T.' 7 # # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.name _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight _chem_comp.ma_provenance ALA 'L-peptide linking' ALANINE 'C3 H7 N O2' 89.094 'CCD Core' ARG 'L-peptide linking' ARGININE 'C6 H15 N4 O2 1' 175.212 'CCD Core' ASN 'L-peptide linking' ASPARAGINE 'C4 H8 N2 O3' 132.119 'CCD Core' ASP 'L-peptide linking' 'ASPARTIC ACID' 'C4 H7 N O4' 133.103 'CCD Core' CYS 'L-peptide linking' CYSTEINE 'C3 H7 N O2 S' 121.154 'CCD Core' GLN 'L-peptide linking' GLUTAMINE 'C5 H10 N2 O3' 146.146 'CCD Core' GLU 'L-peptide linking' 'GLUTAMIC ACID' 'C5 H9 N O4' 147.130 'CCD Core' GLY 'peptide linking' GLYCINE 'C2 H5 N O2' 75.067 'CCD Core' HIS 'L-peptide linking' HISTIDINE 'C6 H10 N3 O2 1' 156.165 'CCD Core' ILE 'L-peptide linking' ISOLEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LEU 'L-peptide linking' LEUCINE 'C6 H13 N O2' 131.175 'CCD Core' LYS 'L-peptide linking' LYSINE 'C6 H15 N2 O2 1' 147.198 'CCD Core' MET 'L-peptide linking' METHIONINE 'C5 H11 N O2 S' 149.208 'CCD Core' PHE 'L-peptide linking' PHENYLALANINE 'C9 H11 N O2' 165.192 'CCD Core' PRO 'L-peptide linking' PROLINE 'C5 H9 N O2' 115.132 'CCD Core' SER 'L-peptide linking' SERINE 'C3 H7 N O3' 105.093 'CCD Core' THR 'L-peptide linking' THREONINE 'C4 H9 N O3' 119.120 'CCD Core' TRP 'L-peptide linking' TRYPTOPHAN 'C11 H12 N2 O2' 204.229 'CCD Core' TYR 'L-peptide linking' TYROSINE 'C9 H11 N O3' 181.191 'CCD Core' VAL 'L-peptide linking' VALINE 'C5 H11 N O2' 117.148 'CCD Core' # # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details 1 polymer man . 325503.511 1 . # # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.entity_id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.details 1 1 UNP CP250_HUMAN Q9BV73 1 ;METRSPGLNNMKPQSLQLVLEEQVLALQQQMAENQAASWRKLKNSQEAQQRQATLVRKLQAKVLQYRSWC QELEKRLEATGGPIPQRWENVEEPNLDELLVRLEEEQQRCESLAEVNTQLRLHMEKADVVNKALREDVEK LTVDWSRARDELMRKESQWQMEQEFFKGYLKGEHGRLLSLWREVVTFRRHFLEMKSATDRDLMELKAEHV RLSGSLLTCCLRLTVGAQSREPNGSGRMDGREPAQLLLLLAKTQELEKEAHERSQELIQLKSQGDLEKAE LQDRVTELSALLTQSQKQNEDYEKMIKALRETVEILETNHTELMEHEASLSRNAQEEKLSLQQVIKDITQ VMVEEGDNIAQGSGHENSLELDSSIFSQFDYQDADKALTLVRSVLTRRRQAVQDLRQQLAGCQEAVNLLQ QQHDQWEEEGKALRQRLQKLTGERDTLAGQTVDLQGEVDSLSKERELLQKAREELRQQLEVLEQEAWRLR RVNVELQLQGDSAQGQKEEQQEELHLAVRERERLQEMLMGLEAKQSESLSELITLREALESSHLEGELLR QEQTEVTAALARAEQSIAELSSSENTLKTEVADLRAAAVKLSALNEALALDKVGLNQQLLQLEEENQSVC SRMEAAEQARNALQVDLAEAEKRREALWEKNTHLEAQLQKAEEAGAELQADLRDIQEEKEEIQKKLSESR HQQEAATTQLEQLHQEAKRQEEVLARAVQEKEALVREKAALEVRLQAVERDRQDLAEQLQGLSSAKELLE SSLFEAQQQNSVIEVTKGQLEVQIQTVTQAKEVIQGEVRCLKLELDTERSQAEQERDAAARQLAQAEQEG KTALEQQKAAHEKEVNQLREKWEKERSWHQQELAKALESLEREKMELEMRLKEQQTEMEAIQAQREEERT QAESALCQMQLETEKERVSLLETLLQTQKELADASQQLERLRQDMKVQKLKEQETTGILQTQLQEAQREL KEAARQHRDDLAALQEESSSLLQDKMDLQKQVEDLKSQLVAQDDSQRLVEQEVQEKLRETQEYNRIQKEL EREKASLTLSLMEKEQRLLVLQEADSIRQQELSALRQDMQEAQGEQKELSAQMELLRQEVKEKEADFLAQ EAQLLEELEASHITEQQLRASLWAQEAKAAQLQLRLRSTESQLEALAAEQQPGNQAQAQAQLASLYSALQ QALGSVCESRPELSGGGDSAPSVWGLEPDQNGARSLFKRGPLLTALSAEAVASALHKLHQDLWKTQQTRD VLRDQVQKLEERLTDTEAEKSQVHTELQDLQRQLSQNQEEKSKWEGKQNSLESELMELHETMASLQSRLR RAELQRMEAQGERELLQAAKENLTAQVEHLQAAVVEARAQASAAGILEEDLRTARSALKLKNEEVESERE RAQALQEQGELKVAQGKALQENLALLTQTLAEREEEVETLRGQIQELEKQREMQKAALELLSLDLKKRNQ EVDLQQEQIQELEKCRSVLEHLPMAVQEREQKLTVQREQIRELEKDRETQRNVLEHQLLELEKKDQMIES QRGQVQDLKKQLVTLECLALELEENHHKMECQQKLIKELEGQRETQRVALTHLTLDLEERSQELQAQSSQ IHDLESHSTVLARELQERDQEVKSQREQIEELQRQKEHLTQDLERRDQELMLQKERIQVLEDQRTRQTKI LEEDLEQIKLSLRERGRELTTQRQLMQERAEEGKGPSKAQRGSLEHMKLILRDKEKEVECQQEHIHELQE LKDQLEQQLQGLHRKVGETSLLLSQREQEIVVLQQQLQEAREQGELKEQSLQSQLDEAQRALAQRDQELE ALQQEQQQAQGQEERVKEKADALQGALEQAHMTLKERHGELQDHKEQARRLEEELAVEGRRVQALEEVLG DLRAESREQEKALLALQQQCAEQAQEHEVETRALQDSWLQAQAVLKERDQELEALRAESQSSRHQEEAAR ARAEALQEALGKAHAALQGKEQHLLEQAELSRSLEASTATLQASLDACQAHSRQLEEALRIQEGEIQDQD LRYQEDVQQLQQALAQRDEELRHQQEREQLLEKSLAQRVQENMIQEKQNLGQEREEEEIRGLHQSVRELQ LTLAQKEQEILELRETQQRNNLEALPHSHKTSPMEEQSLKLDSLEPRLQRELERLQAALRQTEAREIEWR EKAQDLALSLAQTKASVSSLQEVAMFLQASVLERDSEQQRLQDELELTRRALEKERLHSPGATSTAELGS RGEQGVQLGEVSGVEAEPSPDGMEKQSWRQRLEHLQQAVARLEIDRSRLQRHNVQLRSTLEQVERERRKL KREAMRAAQAGSLEISKATASSPTQQDGRGQKNSDAKCVAELQKEVVLLQAQLTLERKQKQDYITRSAQT SRELAGLHHSLSHSLLAVAQAPEATVLEAETRRLDESLTQSLTSPGPVLLHPSPSTTQAASR ; 'Centrosome-associated protein CEP250' # # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.db_align_end 1 1 1 2442 1 2442 # # loop_ _ma_target_ref_db_details.target_entity_id _ma_target_ref_db_details.db_name _ma_target_ref_db_details.db_name_other_details _ma_target_ref_db_details.db_code _ma_target_ref_db_details.db_accession _ma_target_ref_db_details.seq_db_isoform _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_begin _ma_target_ref_db_details.seq_db_align_end _ma_target_ref_db_details.ncbi_taxonomy_id _ma_target_ref_db_details.organism_scientific _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_version_date _ma_target_ref_db_details.seq_db_sequence_checksum 1 UNP . CP250_HUMAN Q9BV73 . 1 2442 9606 'Homo sapiens (Human)' 2003-05-09 BC2B8A36E07B8272 # # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can 1 polypeptide(L) no no M ;METRSPGLNNMKPQSLQLVLEEQVLALQQQMAENQAASWRKLKNSQEAQQRQATLVRKLQAKVLQYRSWC QELEKRLEATGGPIPQRWENVEEPNLDELLVRLEEEQQRCESLAEVNTQLRLHMEKADVVNKALREDVEK LTVDWSRARDELMRKESQWQMEQEFFKGYLKGEHGRLLSLWREVVTFRRHFLEMKSATDRDLMELKAEHV RLSGSLLTCCLRLTVGAQSREPNGSGRMDGREPAQLLLLLAKTQELEKEAHERSQELIQLKSQGDLEKAE LQDRVTELSALLTQSQKQNEDYEKMIKALRETVEILETNHTELMEHEASLSRNAQEEKLSLQQVIKDITQ VMVEEGDNIAQGSGHENSLELDSSIFSQFDYQDADKALTLVRSVLTRRRQAVQDLRQQLAGCQEAVNLLQ QQHDQWEEEGKALRQRLQKLTGERDTLAGQTVDLQGEVDSLSKERELLQKAREELRQQLEVLEQEAWRLR RVNVELQLQGDSAQGQKEEQQEELHLAVRERERLQEMLMGLEAKQSESLSELITLREALESSHLEGELLR QEQTEVTAALARAEQSIAELSSSENTLKTEVADLRAAAVKLSALNEALALDKVGLNQQLLQLEEENQSVC 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A 1 2255 GLU 2255 ? ? ? M . A 1 2256 ALA 2256 ? ? ? M . A 1 2257 GLU 2257 ? ? ? M . A 1 2258 PRO 2258 ? ? ? M . A 1 2259 SER 2259 ? ? ? M . A 1 2260 PRO 2260 ? ? ? M . A 1 2261 ASP 2261 ? ? ? M . A 1 2262 GLY 2262 ? ? ? M . A 1 2263 MET 2263 ? ? ? M . A 1 2264 GLU 2264 ? ? ? M . A 1 2265 LYS 2265 ? ? ? M . A 1 2266 GLN 2266 ? ? ? M . A 1 2267 SER 2267 ? ? ? M . A 1 2268 TRP 2268 ? ? ? M . A 1 2269 ARG 2269 ? ? ? M . A 1 2270 GLN 2270 ? ? ? M . A 1 2271 ARG 2271 ? ? ? M . A 1 2272 LEU 2272 ? ? ? M . A 1 2273 GLU 2273 ? ? ? M . A 1 2274 HIS 2274 ? ? ? M . A 1 2275 LEU 2275 ? ? ? M . A 1 2276 GLN 2276 ? ? ? M . A 1 2277 GLN 2277 ? ? ? M . A 1 2278 ALA 2278 ? ? ? M . A 1 2279 VAL 2279 ? ? ? M . A 1 2280 ALA 2280 ? ? ? M . A 1 2281 ARG 2281 ? ? ? M . A 1 2282 LEU 2282 ? ? ? M . A 1 2283 GLU 2283 ? ? ? M . A 1 2284 ILE 2284 ? ? ? M . A 1 2285 ASP 2285 ? ? ? M . A 1 2286 ARG 2286 ? ? ? M . A 1 2287 SER 2287 ? ? ? M . A 1 2288 ARG 2288 ? ? ? M . A 1 2289 LEU 2289 ? ? ? M . A 1 2290 GLN 2290 ? ? ? M . A 1 2291 ARG 2291 ? ? ? M . A 1 2292 HIS 2292 ? ? ? M . A 1 2293 ASN 2293 ? ? ? M . A 1 2294 VAL 2294 ? ? ? M . A 1 2295 GLN 2295 ? ? ? M . A 1 2296 LEU 2296 ? ? ? M . A 1 2297 ARG 2297 ? ? ? M . A 1 2298 SER 2298 ? ? ? M . A 1 2299 THR 2299 ? ? ? M . A 1 2300 LEU 2300 ? ? ? M . A 1 2301 GLU 2301 ? ? ? M . A 1 2302 GLN 2302 ? ? ? M . A 1 2303 VAL 2303 ? ? ? M . A 1 2304 GLU 2304 ? ? ? M . A 1 2305 ARG 2305 ? ? ? M . A 1 2306 GLU 2306 ? ? ? M . A 1 2307 ARG 2307 ? ? ? M . A 1 2308 ARG 2308 ? ? ? M . A 1 2309 LYS 2309 ? ? ? M . A 1 2310 LEU 2310 ? ? ? M . A 1 2311 LYS 2311 ? ? ? M . A 1 2312 ARG 2312 ? ? ? M . A 1 2313 GLU 2313 ? ? ? M . A 1 2314 ALA 2314 ? ? ? M . A 1 2315 MET 2315 ? ? ? M . A 1 2316 ARG 2316 ? ? ? M . A 1 2317 ALA 2317 ? ? ? M . A 1 2318 ALA 2318 ? ? ? M . A 1 2319 GLN 2319 ? ? ? M . A 1 2320 ALA 2320 ? ? ? M . A 1 2321 GLY 2321 ? ? ? M . A 1 2322 SER 2322 ? ? ? M . A 1 2323 LEU 2323 ? ? ? M . A 1 2324 GLU 2324 ? ? ? M . A 1 2325 ILE 2325 ? ? ? M . A 1 2326 SER 2326 ? ? ? M . A 1 2327 LYS 2327 ? ? ? M . A 1 2328 ALA 2328 ? ? ? M . A 1 2329 THR 2329 ? ? ? M . A 1 2330 ALA 2330 ? ? ? M . A 1 2331 SER 2331 ? ? ? M . A 1 2332 SER 2332 ? ? ? M . A 1 2333 PRO 2333 ? ? ? M . A 1 2334 THR 2334 ? ? ? M . A 1 2335 GLN 2335 ? ? ? M . A 1 2336 GLN 2336 ? ? ? M . A 1 2337 ASP 2337 ? ? ? M . A 1 2338 GLY 2338 ? ? ? M . A 1 2339 ARG 2339 ? ? ? M . A 1 2340 GLY 2340 ? ? ? M . A 1 2341 GLN 2341 ? ? ? M . A 1 2342 LYS 2342 ? ? ? M . A 1 2343 ASN 2343 ? ? ? M . A 1 2344 SER 2344 ? ? ? M . A 1 2345 ASP 2345 ? ? ? M . A 1 2346 ALA 2346 ? ? ? M . A 1 2347 LYS 2347 ? ? ? M . A 1 2348 CYS 2348 ? ? ? M . A 1 2349 VAL 2349 ? ? ? M . A 1 2350 ALA 2350 ? ? ? M . A 1 2351 GLU 2351 ? ? ? M . A 1 2352 LEU 2352 ? ? ? M . A 1 2353 GLN 2353 ? ? ? M . A 1 2354 LYS 2354 ? ? ? M . A 1 2355 GLU 2355 ? ? ? M . A 1 2356 VAL 2356 ? ? ? M . A 1 2357 VAL 2357 ? ? ? M . A 1 2358 LEU 2358 ? ? ? M . A 1 2359 LEU 2359 ? ? ? M . A 1 2360 GLN 2360 ? ? ? M . A 1 2361 ALA 2361 ? ? ? M . A 1 2362 GLN 2362 ? ? ? M . A 1 2363 LEU 2363 ? ? ? M . A 1 2364 THR 2364 ? ? ? M . A 1 2365 LEU 2365 ? ? ? M . A 1 2366 GLU 2366 ? ? ? M . A 1 2367 ARG 2367 ? ? ? M . A 1 2368 LYS 2368 ? ? ? M . A 1 2369 GLN 2369 ? ? ? M . A 1 2370 LYS 2370 ? ? ? M . A 1 2371 GLN 2371 ? ? ? M . A 1 2372 ASP 2372 ? ? ? M . A 1 2373 TYR 2373 ? ? ? M . A 1 2374 ILE 2374 ? ? ? M . A 1 2375 THR 2375 ? ? ? M . A 1 2376 ARG 2376 ? ? ? M . A 1 2377 SER 2377 ? ? ? M . A 1 2378 ALA 2378 ? ? ? M . A 1 2379 GLN 2379 ? ? ? M . A 1 2380 THR 2380 ? ? ? M . A 1 2381 SER 2381 ? ? ? M . A 1 2382 ARG 2382 ? ? ? M . A 1 2383 GLU 2383 ? ? ? M . A 1 2384 LEU 2384 ? ? ? M . A 1 2385 ALA 2385 ? ? ? M . A 1 2386 GLY 2386 ? ? ? M . A 1 2387 LEU 2387 ? ? ? M . A 1 2388 HIS 2388 ? ? ? M . A 1 2389 HIS 2389 ? ? ? M . A 1 2390 SER 2390 ? ? ? M . A 1 2391 LEU 2391 ? ? ? M . A 1 2392 SER 2392 ? ? ? M . A 1 2393 HIS 2393 ? ? ? M . A 1 2394 SER 2394 ? ? ? M . A 1 2395 LEU 2395 ? ? ? M . A 1 2396 LEU 2396 ? ? ? M . A 1 2397 ALA 2397 ? ? ? M . A 1 2398 VAL 2398 ? ? ? M . A 1 2399 ALA 2399 ? ? ? M . A 1 2400 GLN 2400 ? ? ? M . A 1 2401 ALA 2401 ? ? ? M . A 1 2402 PRO 2402 ? ? ? M . A 1 2403 GLU 2403 ? ? ? M . A 1 2404 ALA 2404 ? ? ? M . A 1 2405 THR 2405 ? ? ? M . A 1 2406 VAL 2406 ? ? ? M . A 1 2407 LEU 2407 ? ? ? M . A 1 2408 GLU 2408 ? ? ? M . A 1 2409 ALA 2409 ? ? ? M . A 1 2410 GLU 2410 ? ? ? M . A 1 2411 THR 2411 ? ? ? M . A 1 2412 ARG 2412 ? ? ? M . A 1 2413 ARG 2413 ? ? ? M . A 1 2414 LEU 2414 ? ? ? M . A 1 2415 ASP 2415 ? ? ? M . A 1 2416 GLU 2416 ? ? ? M . A 1 2417 SER 2417 ? ? ? M . A 1 2418 LEU 2418 ? ? ? M . A 1 2419 THR 2419 ? ? ? M . A 1 2420 GLN 2420 ? ? ? M . A 1 2421 SER 2421 ? ? ? M . A 1 2422 LEU 2422 ? ? ? M . A 1 2423 THR 2423 ? ? ? M . A 1 2424 SER 2424 ? ? ? M . A 1 2425 PRO 2425 ? ? ? M . A 1 2426 GLY 2426 ? ? ? M . A 1 2427 PRO 2427 ? ? ? M . A 1 2428 VAL 2428 ? ? ? M . A 1 2429 LEU 2429 ? ? ? M . A 1 2430 LEU 2430 ? ? ? M . A 1 2431 HIS 2431 ? ? ? M . A 1 2432 PRO 2432 ? ? ? M . A 1 2433 SER 2433 ? ? ? M . A 1 2434 PRO 2434 ? ? ? M . A 1 2435 SER 2435 ? ? ? M . A 1 2436 THR 2436 ? ? ? M . A 1 2437 THR 2437 ? ? ? M . A 1 2438 GLN 2438 ? ? ? M . A 1 2439 ALA 2439 ? ? ? M . A 1 2440 ALA 2440 ? ? ? M . A 1 2441 SER 2441 ? ? ? M . A 1 2442 ARG 2442 ? ? ? M . # # loop_ _ma_data.id _ma_data.name _ma_data.content_type _ma_data.content_type_other_details 1 'Tropomyosin alpha-1 chain {PDB ID=7nep, label_asym_id=M, auth_asym_id=Q, SMTL ID=7nep.1.M}' 'template structure' . 2 . target . 3 'Target-template alignment by HHblits to 7nep, label_asym_id=M' 'target-template alignment' . 4 'model 14' 'model coordinates' . 5 SMTL 'reference database' . 6 PDB 'reference database' . 7 'Template search output' other 'Results of the sequence search' # # loop_ _ma_data_group.ordinal_id _ma_data_group.group_id _ma_data_group.data_id 1 1 2 2 1 5 3 1 6 4 2 7 5 3 2 6 3 1 7 3 3 8 4 1 9 4 3 10 5 4 # # loop_ _ma_data_ref_db.data_id _ma_data_ref_db.name _ma_data_ref_db.location_url _ma_data_ref_db.version _ma_data_ref_db.release_date 5 SMTL https://swissmodel.expasy.org/templates/ . 2025-01-01 6 PDB https://www.wwpdb.org . 2024-12-27 # # loop_ _ma_target_entity.entity_id _ma_target_entity.data_id _ma_target_entity.origin 1 2 'reference database' # # loop_ _ma_target_entity_instance.asym_id _ma_target_entity_instance.entity_id _ma_target_entity_instance.details A 1 . # # loop_ _ma_template_trans_matrix.id _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][1] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][2] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[1][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[2][3] _ma_template_trans_matrix.rot_matrix[3][3] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[1] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[2] _ma_template_trans_matrix.tr_vector[3] 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0 0 0 # # loop_ _ma_template_details.ordinal_id _ma_template_details.template_id _ma_template_details.template_origin _ma_template_details.template_entity_type _ma_template_details.template_trans_matrix_id _ma_template_details.template_data_id _ma_template_details.target_asym_id _ma_template_details.template_label_asym_id _ma_template_details.template_label_entity_id _ma_template_details.template_model_num _ma_template_details.template_auth_asym_id 1 1 'reference database' polymer 1 1 A M 2 1 Q # # loop_ _ma_template_poly.template_id _ma_template_poly.seq_one_letter_code _ma_template_poly.seq_one_letter_code_can 1 ;LKLDKENALDRAEQAEADKKAAEDRSKQLEDELVSLQKKLKGTEDELDKYSEALKDAQEKLELAEKKATD AEADVASLNRRIQLVEEELDRAQERLATALQKLEEAEKAADESERGMKVIESRAQKDEEKMEIQEIQLKE AKHIAEDADRKYEEVARKLVIIESDLERAEERAELSEGKCAELEEELKTVTNNLKSLEAQAEKYSQKEDK YEEEIKVLSDKLKEAETRAEFAERSVTKLEKSIDDLEDELY ; ;LKLDKENALDRAEQAEADKKAAEDRSKQLEDELVSLQKKLKGTEDELDKYSEALKDAQEKLELAEKKATD AEADVASLNRRIQLVEEELDRAQERLATALQKLEEAEKAADESERGMKVIESRAQKDEEKMEIQEIQLKE AKHIAEDADRKYEEVARKLVIIESDLERAEERAELSEGKCAELEEELKTVTNNLKSLEAQAEKYSQKEDK YEEEIKVLSDKLKEAETRAEFAERSVTKLEKSIDDLEDELY ; # # loop_ _ma_template_poly_segment.id _ma_template_poly_segment.template_id _ma_template_poly_segment.residue_number_begin _ma_template_poly_segment.residue_number_end 1 1 18 197 # # loop_ _ma_template_ref_db_details.template_id _ma_template_ref_db_details.db_name _ma_template_ref_db_details.db_name_other_details _ma_template_ref_db_details.db_accession_code _ma_template_ref_db_details.db_version_date 1 PDB . 7nep 2024-05-01 # # loop_ _ma_target_template_poly_mapping.id _ma_target_template_poly_mapping.template_segment_id _ma_target_template_poly_mapping.target_asym_id _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_begin _ma_target_template_poly_mapping.target_seq_id_end 1 1 A 1 2442 # # loop_ _ma_alignment_info.alignment_id _ma_alignment_info.data_id _ma_alignment_info.software_group_id _ma_alignment_info.alignment_length _ma_alignment_info.alignment_type _ma_alignment_info.alignment_mode 1 3 1 2442 'target-template pairwise alignment' local # # loop_ _ma_alignment_details.ordinal_id _ma_alignment_details.alignment_id _ma_alignment_details.template_segment_id _ma_alignment_details.target_asym_id _ma_alignment_details.score_type _ma_alignment_details.score_type_other_details _ma_alignment_details.score_value _ma_alignment_details.percent_sequence_identity _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator _ma_alignment_details.sequence_identity_denominator_other_details 1 1 1 A 'HHblits e-value' . 0.004 15.556 'Number of aligned residue pairs (not including the gaps)' . # # loop_ _ma_alignment.ordinal_id _ma_alignment.alignment_id _ma_alignment.target_template_flag _ma_alignment.sequence 1 1 1 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2 1 2 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# # loop_ _ma_protocol_step.ordinal_id _ma_protocol_step.protocol_id _ma_protocol_step.step_id _ma_protocol_step.method_type _ma_protocol_step.step_name _ma_protocol_step.details _ma_protocol_step.software_group_id _ma_protocol_step.input_data_group_id _ma_protocol_step.output_data_group_id 1 1 1 'template search' 'template search' 'SWISS-MODEL template search in PDB' 2 1 2 2 1 2 'template selection' 'template selection' 'Automatic template selection by SWISS-MODEL {QSQE=0.175}' 3 2 4 3 1 3 modeling 'homology modeling' 'SWISS-MODEL auto-model mode using ProMod3 on 7nep.1' 4 3 5 # # loop_ _ma_model_list.ordinal_id _ma_model_list.model_id _ma_model_list.model_group_id _ma_model_list.model_name _ma_model_list.model_group_name _ma_model_list.data_id _ma_model_list.model_type _ma_model_list.model_type_other_details 1 1 1 'model 14' . 4 'Homology model' . # # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.label_entity_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_PDB_model_num ATOM 1 N N . 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A 181.469 211.008 189.646 1 1 M LEU 0.580 1 ATOM 938 O O . LEU 528 528 ? A 182.140 210.805 188.659 1 1 M LEU 0.580 1 ATOM 939 C CB . LEU 528 528 ? A 182.577 211.635 191.798 1 1 M LEU 0.580 1 ATOM 940 C CG . LEU 528 528 ? A 183.866 210.814 191.518 1 1 M LEU 0.580 1 ATOM 941 C CD1 . LEU 528 528 ? A 184.964 211.602 190.780 1 1 M LEU 0.580 1 ATOM 942 C CD2 . LEU 528 528 ? A 184.475 210.224 192.800 1 1 M LEU 0.580 1 ATOM 943 N N . MET 529 529 ? A 180.361 210.298 189.892 1 1 M MET 0.570 1 ATOM 944 C CA . MET 529 529 ? A 179.810 209.259 189.041 1 1 M MET 0.570 1 ATOM 945 C C . MET 529 529 ? A 179.418 209.745 187.651 1 1 M MET 0.570 1 ATOM 946 O O . MET 529 529 ? A 179.660 209.077 186.651 1 1 M MET 0.570 1 ATOM 947 C CB . MET 529 529 ? A 178.549 208.660 189.701 1 1 M MET 0.570 1 ATOM 948 C CG . MET 529 529 ? A 178.827 207.811 190.956 1 1 M MET 0.570 1 ATOM 949 S SD . MET 529 529 ? A 177.330 207.434 191.925 1 1 M MET 0.570 1 ATOM 950 C CE . MET 529 529 ? A 176.624 206.265 190.726 1 1 M MET 0.570 1 ATOM 951 N N . GLY 530 530 ? A 178.803 210.939 187.537 1 1 M GLY 0.630 1 ATOM 952 C CA . GLY 530 530 ? A 178.469 211.547 186.255 1 1 M GLY 0.630 1 ATOM 953 C C . GLY 530 530 ? A 179.669 212.051 185.497 1 1 M GLY 0.630 1 ATOM 954 O O . GLY 530 530 ? A 179.764 211.892 184.284 1 1 M GLY 0.630 1 ATOM 955 N N . LEU 531 531 ? A 180.641 212.647 186.201 1 1 M LEU 0.590 1 ATOM 956 C CA . LEU 531 531 ? A 181.950 212.988 185.694 1 1 M LEU 0.590 1 ATOM 957 C C . LEU 531 531 ? A 182.775 211.771 185.335 1 1 M LEU 0.590 1 ATOM 958 O O . LEU 531 531 ? A 183.407 211.776 184.297 1 1 M LEU 0.590 1 ATOM 959 C CB . LEU 531 531 ? A 182.756 213.872 186.676 1 1 M LEU 0.590 1 ATOM 960 C CG . LEU 531 531 ? A 182.208 215.300 186.899 1 1 M LEU 0.590 1 ATOM 961 C CD1 . LEU 531 531 ? A 182.965 215.978 188.055 1 1 M LEU 0.590 1 ATOM 962 C CD2 . LEU 531 531 ? A 182.261 216.188 185.644 1 1 M LEU 0.590 1 ATOM 963 N N . GLU 532 532 ? A 182.786 210.701 186.143 1 1 M GLU 0.580 1 ATOM 964 C CA . GLU 532 532 ? A 183.448 209.437 185.897 1 1 M GLU 0.580 1 ATOM 965 C C . GLU 532 532 ? A 182.868 208.700 184.717 1 1 M GLU 0.580 1 ATOM 966 O O . GLU 532 532 ? A 183.589 208.268 183.826 1 1 M GLU 0.580 1 ATOM 967 C CB . GLU 532 532 ? A 183.315 208.544 187.147 1 1 M GLU 0.580 1 ATOM 968 C CG . GLU 532 532 ? A 184.045 207.184 187.112 1 1 M GLU 0.580 1 ATOM 969 C CD . GLU 532 532 ? A 183.867 206.419 188.429 1 1 M GLU 0.580 1 ATOM 970 O OE1 . GLU 532 532 ? A 183.062 206.861 189.292 1 1 M GLU 0.580 1 ATOM 971 O OE2 . GLU 532 532 ? A 184.544 205.370 188.573 1 1 M GLU 0.580 1 ATOM 972 N N . ALA 533 533 ? A 181.525 208.600 184.628 1 1 M ALA 0.670 1 ATOM 973 C CA . ALA 533 533 ? A 180.846 208.048 183.476 1 1 M ALA 0.670 1 ATOM 974 C C . ALA 533 533 ? A 181.091 208.853 182.214 1 1 M ALA 0.670 1 ATOM 975 O O . ALA 533 533 ? A 181.458 208.297 181.183 1 1 M ALA 0.670 1 ATOM 976 C CB . ALA 533 533 ? A 179.328 207.952 183.724 1 1 M ALA 0.670 1 ATOM 977 N N . LYS 534 534 ? A 180.978 210.194 182.293 1 1 M LYS 0.580 1 ATOM 978 C CA . LYS 534 534 ? A 181.332 211.061 181.191 1 1 M LYS 0.580 1 ATOM 979 C C . LYS 534 534 ? A 182.816 211.053 180.836 1 1 M LYS 0.580 1 ATOM 980 O O . LYS 534 534 ? A 183.173 211.081 179.670 1 1 M LYS 0.580 1 ATOM 981 C CB . LYS 534 534 ? A 180.853 212.522 181.368 1 1 M LYS 0.580 1 ATOM 982 C CG . LYS 534 534 ? A 181.080 213.313 180.067 1 1 M LYS 0.580 1 ATOM 983 C CD . LYS 534 534 ? A 180.453 214.709 180.015 1 1 M LYS 0.580 1 ATOM 984 C CE . LYS 534 534 ? A 180.836 215.402 178.700 1 1 M LYS 0.580 1 ATOM 985 N NZ . LYS 534 534 ? A 180.240 216.753 178.627 1 1 M LYS 0.580 1 ATOM 986 N N . GLN 535 535 ? A 183.745 211.030 181.805 1 1 M GLN 0.580 1 ATOM 987 C CA . GLN 535 535 ? A 185.165 210.857 181.550 1 1 M GLN 0.580 1 ATOM 988 C C . GLN 535 535 ? A 185.501 209.501 180.989 1 1 M GLN 0.580 1 ATOM 989 O O . GLN 535 535 ? A 186.354 209.405 180.125 1 1 M GLN 0.580 1 ATOM 990 C CB . GLN 535 535 ? A 186.097 211.147 182.749 1 1 M GLN 0.580 1 ATOM 991 C CG . GLN 535 535 ? A 186.224 212.653 183.073 1 1 M GLN 0.580 1 ATOM 992 C CD . GLN 535 535 ? A 187.160 212.879 184.260 1 1 M GLN 0.580 1 ATOM 993 O OE1 . GLN 535 535 ? A 187.396 212.013 185.100 1 1 M GLN 0.580 1 ATOM 994 N NE2 . GLN 535 535 ? A 187.735 214.105 184.344 1 1 M GLN 0.580 1 ATOM 995 N N . SER 536 536 ? A 184.858 208.411 181.433 1 1 M SER 0.640 1 ATOM 996 C CA . SER 536 536 ? A 184.978 207.110 180.789 1 1 M SER 0.640 1 ATOM 997 C C . SER 536 536 ? A 184.422 207.059 179.381 1 1 M SER 0.640 1 ATOM 998 O O . SER 536 536 ? A 185.034 206.458 178.504 1 1 M SER 0.640 1 ATOM 999 C CB . SER 536 536 ? A 184.302 205.957 181.554 1 1 M SER 0.640 1 ATOM 1000 O OG . SER 536 536 ? A 185.018 205.648 182.754 1 1 M SER 0.640 1 ATOM 1001 N N . GLU 537 537 ? A 183.246 207.672 179.133 1 1 M GLU 0.600 1 ATOM 1002 C CA . GLU 537 537 ? A 182.657 207.846 177.815 1 1 M GLU 0.600 1 ATOM 1003 C C . GLU 537 537 ? A 183.502 208.727 176.931 1 1 M GLU 0.600 1 ATOM 1004 O O . GLU 537 537 ? A 183.872 208.333 175.840 1 1 M GLU 0.600 1 ATOM 1005 C CB . GLU 537 537 ? A 181.238 208.439 177.933 1 1 M GLU 0.600 1 ATOM 1006 C CG . GLU 537 537 ? A 180.431 208.621 176.620 1 1 M GLU 0.600 1 ATOM 1007 C CD . GLU 537 537 ? A 179.030 209.184 176.916 1 1 M GLU 0.600 1 ATOM 1008 O OE1 . GLU 537 537 ? A 178.771 209.562 178.092 1 1 M GLU 0.600 1 ATOM 1009 O OE2 . GLU 537 537 ? A 178.197 209.227 175.979 1 1 M GLU 0.600 1 ATOM 1010 N N . SER 538 538 ? A 183.947 209.902 177.416 1 1 M SER 0.620 1 ATOM 1011 C CA . SER 538 538 ? A 184.853 210.771 176.688 1 1 M SER 0.620 1 ATOM 1012 C C . SER 538 538 ? A 186.217 210.180 176.479 1 1 M SER 0.620 1 ATOM 1013 O O . SER 538 538 ? A 186.844 210.454 175.470 1 1 M SER 0.620 1 ATOM 1014 C CB . SER 538 538 ? A 185.049 212.198 177.264 1 1 M SER 0.620 1 ATOM 1015 O OG . SER 538 538 ? 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A 185.267 204.699 175.654 1 1 M SER 0.660 1 ATOM 1029 O OG . SER 540 540 ? A 184.020 205.386 175.737 1 1 M SER 0.660 1 ATOM 1030 N N . GLU 541 541 ? A 185.428 207.349 173.847 1 1 M GLU 0.600 1 ATOM 1031 C CA . GLU 541 541 ? A 185.299 208.192 172.682 1 1 M GLU 0.600 1 ATOM 1032 C C . GLU 541 541 ? A 186.606 208.817 172.253 1 1 M GLU 0.600 1 ATOM 1033 O O . GLU 541 541 ? A 186.924 208.825 171.080 1 1 M GLU 0.600 1 ATOM 1034 C CB . GLU 541 541 ? A 184.240 209.289 172.851 1 1 M GLU 0.600 1 ATOM 1035 C CG . GLU 541 541 ? A 182.796 208.746 172.911 1 1 M GLU 0.600 1 ATOM 1036 C CD . GLU 541 541 ? A 181.802 209.902 173.049 1 1 M GLU 0.600 1 ATOM 1037 O OE1 . GLU 541 541 ? A 182.241 211.040 173.377 1 1 M GLU 0.600 1 ATOM 1038 O OE2 . GLU 541 541 ? A 180.608 209.660 172.755 1 1 M GLU 0.600 1 ATOM 1039 N N . LEU 542 542 ? A 187.459 209.325 173.155 1 1 M LEU 0.640 1 ATOM 1040 C CA . LEU 542 542 ? A 188.780 209.799 172.803 1 1 M LEU 0.640 1 ATOM 1041 C C . LEU 542 542 ? 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A 186.409 210.855 168.713 1 1 M LEU 0.640 1 ATOM 1068 C CD1 . LEU 545 545 ? A 186.148 212.096 169.591 1 1 M LEU 0.640 1 ATOM 1069 C CD2 . LEU 545 545 ? A 185.704 210.976 167.346 1 1 M LEU 0.640 1 ATOM 1070 N N . ARG 546 546 ? A 190.697 209.046 168.568 1 1 M ARG 0.580 1 ATOM 1071 C CA . ARG 546 546 ? A 192.107 208.845 168.355 1 1 M ARG 0.580 1 ATOM 1072 C C . ARG 546 546 ? A 192.403 207.588 167.569 1 1 M ARG 0.580 1 ATOM 1073 O O . ARG 546 546 ? A 193.197 207.642 166.653 1 1 M ARG 0.580 1 ATOM 1074 C CB . ARG 546 546 ? A 192.877 208.829 169.682 1 1 M ARG 0.580 1 ATOM 1075 C CG . ARG 546 546 ? A 194.393 208.633 169.533 1 1 M ARG 0.580 1 ATOM 1076 C CD . ARG 546 546 ? A 195.086 208.736 170.886 1 1 M ARG 0.580 1 ATOM 1077 N NE . ARG 546 546 ? A 196.396 208.044 170.760 1 1 M ARG 0.580 1 ATOM 1078 C CZ . ARG 546 546 ? A 197.273 207.952 171.761 1 1 M ARG 0.580 1 ATOM 1079 N NH1 . ARG 546 546 ? A 197.019 208.515 172.946 1 1 M ARG 0.580 1 ATOM 1080 N NH2 . ARG 546 546 ? 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It is produced by the SWISS-MODEL server, developed by the Computational Structural Biology Group at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics at the Biozentrum, University of Basel (https://swissmodel.expasy.org). This model is licensed under the CC BY-SA 4.0 Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode), i.e. you can copy and redistribute the model in any medium or format, transform and build upon the model for any purpose, even commercially, under the following terms: Attribution - You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use. When you publish, patent or distribute results that were fully or partially based on the model, please cite the corresponding papers mentioned under JRNL. 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All information by the SWISS-MODEL SERVER is provided "AS-IS", without any warranty, expressed or implied. ; https://swissmodel.expasy.org/docs/terms_of_use#disclaimer #